单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 951 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2026-05-29 |
Single-cell omics uncovers novel pathological mechanisms and therapeutic targets for congenital heart diseases: insights from integrated intercellular communication analysis
2026-Apr-16, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-05015-3
PMID:41992274
|
综述 | 通过整合单细胞组学与细胞间通讯分析，揭示先天性心脏病各亚型的病理机制和治疗靶点 | 首次通过整合重新分析大规模单细胞核数据（157,273个细胞核），系统描绘五种先天性心脏病亚型（新生及婴儿左心发育不良综合征、法洛四联症、扩张型心肌病、肥厚型心肌病）的细胞间通讯网络重塑特征，发现各亚型具有独特的信号架构 | 尚未进行基于单细胞数据的基因功能验证实验，也未有体内或体外功能性研究证实所发现的信号通路变化与疾病机制之间的直接因果关系 | 利用单细胞组学技术探究先天性心脏病的细胞异质性和细胞间通讯机制，为精准治疗提供靶点 | 先天性心脏病患者（包括新生和婴儿左心发育不良综合征、法洛四联症、扩张型心肌病、肥厚型心肌病）及健康供体对照 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 网络拓扑分析、通路富集分析 | 单细胞核转录组数据 | 157,273个细胞核，来自162名儿科患者（5种诊断类别）和健康供体 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA |
| 322 | 2026-05-29 |
Microbial Monotherapy With Leuconostoc sp LB-P8 Improves Inflammation and Fibrosis in Mouse Primary Sclerosing Cholangitis by Inhibiting Transforming Growth Factor β1/SMAD Signaling
2026-Apr-15, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101789
PMID:41997362
|
研究论文 | 本文鉴定了一种新型明串珠菌属菌株LB-P8，发现其通过抑制TGF-β1/SMAD信号通路改善小鼠原发性硬化性胆管炎的炎症和纤维化 | 首次揭示了明串珠菌属菌株LB-P8通过抑制TGF-β/SMAD信号通路发挥抗纤维化和抗炎作用，并将其作为PSC的潜在治疗策略 | 尚未在临床试验中验证LB-P8对人类PSC患者的疗效和安全性 | 研究微生物单药疗法LB-P8对原发性硬化性胆管炎的疗效及其作用机制 | 人肠道细胞、小鼠原代硬化性胆管炎模型（BDL、DDC喂养、Mdr2-/-小鼠）及DSS诱导的结肠炎模型 | NA | 原发性硬化性胆管炎 | 代谢组学分析、RNA测序、空间转录组学分析、实时荧光定量PCR | NA | 文本、图像 | 多个小鼠模型（具体数量未明确）及人肠道细胞培养系统 | NA | 空间转录组学 | NanoString GeoMX | NA |
| 323 | 2026-05-27 |
Exploration of the roles of SSR2 in hepatocellular carcinogenesis based on single-cell transcriptomics and spatial transcriptomics
2026-Apr-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05017-w
PMID:41979818
|
研究论文 | 基于单细胞转录组和空间转录组数据，探索SSR2基因在肝细胞癌发生中的作用机制 | 首次结合单细胞转录组和空间转录组分析，发现SSR2在NK细胞中高表达伴随细胞质翻译通路增强，驱动肿瘤免疫微环境紊乱 | NA | 探索SSR2基因在肝细胞癌发生中的作用，为改善预后提供新的诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌患者的肝脏组织 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序, 批量转录组测序 | 非负矩阵分解, 加权基因共表达网络分析, 集成机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 324 | 2026-05-29 |
Chemokine-defined macrophage niches establish spatial organization of tumor immunity
2026-Apr, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-026-02445-2
PMID:41872505
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了肺癌中巨噬细胞谱系和空间组织对肿瘤免疫的调控机制 | 首次发现趋化因子定义的巨噬细胞亚群在肿瘤区域中划分不同的空间生态位，并揭示其对立功能：支气管血管区域的IM亚群促进抗肿瘤免疫，而肿瘤区域的IM亚群招募促肿瘤的recMacs | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证；莫拉维罗治疗的效果可能需要更广泛的临床评估 | 阐明巨噬细胞谱系和空间组织如何塑造抗肿瘤免疫，并识别保护保护性IM功能同时破坏巨噬细胞驱动的免疫抑制的策略 | 肺癌中的组织驻留CD206+和CD206-间质巨噬细胞亚群以及Ly6c2+Fn1+Vcan+募集巨噬细胞 | 计算机视觉, 机器学习 | 肺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 小鼠模型中的肿瘤样本和引流淋巴结样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学平台, Illumina NovaSeq测序平台 |
| 325 | 2026-05-29 |
Single-cell profiling reveals that dynamic lung immune responses distinguish protection from susceptibility to tuberculosis
2026-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013635
PMID:42044120
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示肺部免疫反应的动态变化如何区分对结核病的保护性与易感性 | 首次通过单细胞RNA测序，在多时间点、多小鼠品系和多结核分枝杆菌菌株下，系统比较了初次感染与已受控感染小鼠的肺免疫反应动态差异，发现保护性免疫依赖于免疫激活的时序和协调，而非单一反应的强度 | 研究中主要使用小鼠模型，结果向人类和灵长类的推广仍需进一步验证；且未深入探讨相关信号通路的分子机制 | 阐明肺结核保护性免疫的免疫相关因素，特别是时间动态和细胞协调机制 | 小鼠（未感染和已受控结核分枝杆菌感染的品系）及非人灵长类（静脉注射BCG疫苗后的样本） | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达谱（单细胞转录组数据） | 多个时间点、多个小鼠品系和多个结核分枝杆菌菌株的肺免疫细胞样本，以及非人灵长类样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 平台 |
| 326 | 2026-05-28 |
Glial multicellular programs reveal distinct patient stratification in Parkinson's disease
2026-Apr-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9520754/v1
PMID:42094040
|
研究论文 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组学，揭示帕金森病中胶质细胞的多细胞程序，并实现患者分层 | 首次发现帕金森病中胶质细胞存在两种互斥的多细胞程序（炎症相关和内质网应激相关），且这些程序能覆盖传统帕金森病分子变化的不同方面，重新定义了疾病为全脑范围内的系统性胶质细胞多细胞状态 | 未明确提及 | 解析帕金森病背侧纹状体中胶质细胞协调的多细胞反应及其对患者分层的意义 | 56名捐赠者的背侧纹状体样本（涉及不同Lewy小体疾病阶段） | 数字病理学 | 帕金森病 | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据，空间转录组数据 | 56名捐赠者 | 10x Genomics | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序，10x Visium空间转录组学 |
| 327 | 2026-05-28 |
Diverse high-fat diets drive multi-omic reprogramming that persists after dietary reversal
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.708620
PMID:41889866
|
研究论文 | 本研究探讨了不同高脂饮食对宿主和肠道微生物组的多组学重编程影响，以及这些变化在饮食逆转后的持久性 | 首次系统揭示了高脂饮食来源、基线微生物组结构和饮食历史如何共同塑造宿主-微生物组相互作用，并发现饮食逆转后部分微生物和宿主基因表达的改变持续存在，形成“微生物组记忆”效应 | 研究仅在动物模型中进行，对人类影响的直接推断需谨慎；饮食逆转观察时间窗口有限，未能完全捕捉所有改变的恢复过程 | 定义高脂饮食中不同脂肪来源对宿主和微生物组的长期影响，并评估这些影响在饮食逆转后的可逆性 | 小鼠及肠道微生物组 | 数字病理学 | NA | 多组学技术，包括粪便宏基因组学、粪便代谢组学、血浆代谢组学、脂质组学和肠道单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据（宏基因组、代谢组、脂质组、单细胞转录组） | 小鼠多个队列，包括一年饲养和饮食逆转实验，具体样本量文中未明述 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于肠道单细胞RNA测序 |
| 328 | 2026-05-28 |
The heterogeneity and sexual-dimorphism of human TCRαβ+CD4-CD8- double negative T cells
2026-Apr-18, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2026.04.008
PMID:42009279
|
研究论文 | 通过单细胞转录组、TCR库和染色质可及性分析，揭示了人类外周血TCRαβ+CD4-CD8-双阴性T细胞的异质性和性别二态性 | 首次系统描绘了外周血双阴性T细胞的单细胞多组学特征，发现了其亚群在基因表达、转录调控、发育特征和性别异质性方面的差异，并揭示了这些亚群在溃疡性结肠炎和1型糖尿病中的变化 | 仅基于10个健康供体的样本，且未对功能机制进行深入验证 | 探究人类外周血TCRαβ+CD4-CD8-双阴性T细胞的分子和功能特征及其在疾病中的潜在作用 | 10名健康供体的外周血双阴性T细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎, 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 单细胞ATAC测序 | 未明确提及 | 单细胞转录组数据, TCR库数据, 染色质可及性数据 | 10名健康供体的外周血样本，以及公开数据中的溃疡性结肠炎和1型糖尿病患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和单细胞ATAC测序平台 |
| 329 | 2026-05-28 |
RTCB is essential for early mouse embryogenesis
2026-04-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioag008
PMID:41524728
|
研究论文 | 通过条件性敲除小鼠模型，发现RTCB对早期小鼠胚胎发生至关重要，其缺失导致原肠胚形成失败 | 首次揭示RTCB在小鼠胚胎原肠胚形成中的关键作用，并提出了YY1-RTCB-NUSAP1调控轴 | 研究主要基于小鼠模型，人类胚胎中相关机制的验证仍需进一步实验 | 探索RTCB在哺乳动物生殖和早期胚胎发育中的功能 | 小鼠胚胎组织和NIH 3T3细胞 | 机器学习 | NA | 条件性基因敲除、组织学分析、免疫组化、定量PCR、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠胚胎样本（E3.5至E7.5）及NIH 3T3细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 330 | 2026-05-28 |
Characterization and regulatory mechanism evaluation of C8orf33 in hepatocellular carcinoma through multiomics profiling
2026-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04951-z
PMID:41965457
|
研究论文 | 通过多组学分析表征C8orf33在肝细胞癌中的表达谱及其调控机制 | 首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学多组学方法，全面解析C8orf33在肝细胞癌中的表达景观及其与巨噬细胞免疫调节的潜在联系 | 仅使用Huh7细胞系进行功能验证，缺乏其他细胞系及体内模型的深入验证 | 探究C8orf33在肝细胞癌中的生物学功能及调控机制 | C8orf33基因及其在肝细胞癌中的表达与功能 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 多个癌症样本（具体数量未说明）及肝细胞癌细胞系Huh7 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 331 | 2026-04-11 |
Single-cell and spatial transcriptomics analyses reveal tumor microenvironment-driven proliferation of NF2-associated vestibular schwannomas
2026-Apr-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03799-y
PMID:41957607
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2026-05-28 |
Integrating single-cell transcriptomics and epigenetics in a multi-omics MR framework identifies PARK7 as a causal gene in streptococcal septicemia
2026-Apr-05, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-026-00673-2
PMID:41937214
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2026-04-06 |
Integration of machine learning-based screening approaches and single-cell sequencing technique to identify cancer stemness genes associated with radiotherapy resistance in lung adenocarcinoma
2026-Apr-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04873-w
PMID:41934581
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2026-05-28 |
Helicobacter pylori-linked gene CFAP73 rewires epithelial programs and shapes the gastric cancer microenvironment
2026-Apr-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04891-8
PMID:41934579
|
研究论文 | 该研究揭示了HP感染相关基因CFAP73通过重编程上皮程序并塑造胃癌微环境，促进肿瘤抑制和免疫激活的作用 | 首次发现CFAP73作为HP感染过程中进行性下调的肿瘤保护基因，并明确其通过抑制增殖、EMT和激活p53/凋亡通路来维持上皮抑癌状态，同时通过配体-受体分析和空间转录组学揭示其重塑纤维细胞和T细胞状态以维持抗肿瘤免疫微环境的机制 | 研究主要基于公共数据库和体外/体内实验，尚需更大规模的前瞻性队列验证CFAP73作为生物标志物的临床价值，且CFAP73在HP感染早期下调的具体分子机制有待进一步阐明 | 探究胃上皮细胞在HP感染过程中逐渐紊乱的分子程序，并寻找与恶性转化相关的关键基因 | HP感染相关的胃黏膜上皮细胞和胃癌微环境中的免疫细胞、成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq | 随机森林 | 文本 | 多个公共数据集（GSE60662、GSE60427、TCGA-STAD）及单细胞RNA-seq数据集GSE249874 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 335 | 2026-05-27 |
A single-cell and spatial transcriptomic atlas of human tuberculous constrictive pericardium
2026-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106233
PMID:41875497
|
研究论文 | 对人类结核性缩窄性心包炎进行了单细胞和空间转录组图谱分析 | 首次构建了结核性缩窄性心包炎的人体心包单细胞和空间转录组图谱，揭示了与肉芽肿形成、血管重塑和纤维化激活相关的异质性转录程序，并识别了MMP9+巨噬细胞、CCL19+成纤维细胞和S100A4+内皮细胞等关键细胞类型及其空间组织 | 样本量有限（6例患者和3例正常对照），可能无法完全代表疾病异质性；仅通过观察性分析提出细胞间相互作用，功能性验证尚需进一步研究 | 阐明结核性缩窄性心包炎中肉芽肿性炎症与心包纤维化之间的细胞结构和细胞间信号回路 | 手术切除的结核性缩窄性心包炎患者和正常对照的心包组织 | 数字病理学 | 结核病、心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 6例结核性缩窄性心包炎患者和3例正常对照的81,634个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 336 | 2026-04-12 |
Spatial Transcriptomics of the Cyst Microenvironment in an Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Model
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001050
PMID:41920711
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2026-05-25 |
ANP32E drives lung adenocarcinoma progression via GSK3β-mediated glycolytic reprogramming
2026-Apr-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08712-2
PMID:41980942
|
研究论文 | 发现ANP32E通过KDM3B/EGFR介导的GSK3β失活促进肺腺癌糖酵解重编程和进展 | 首次揭示ANP32E通过表观遗传-代谢串扰调控肺腺癌进展的机制，并筛选出靶向ANP32E的化合物PGG | 未提及临床验证PGG在人体中的疗效和安全性 | 探究ANP32E在肺腺癌进展中的表观遗传-代谢调控机制及其作为治疗靶点的潜力 | 肺腺癌细胞系A549/H1975和异种移植小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 多重组学分析 | NA | 基因表达数据 | TCGA和临床样本分析，具体数量未提及 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina Novaseq (推断) | NA |
| 338 | 2026-05-25 |
Cre-dependent gene expression enables thymic development of autoreactive tumor-associated antigen targeting CAR-T cells
2026-Apr-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.12.047
PMID:41445186
|
研究论文 | 开发了一种通过基因工程造血干细胞在胸腺中持续生成CAR-T细胞的平台，并利用诱导型基因表达克服胸腺负选择 | 首次利用胸腺微环境持续生成CAR-T细胞，并通过诱导型基因表达系统绕过中枢耐受，实现自体更新的CAR-T细胞疗法 | NA | 解决CAR-T细胞体内持久性有限和肿瘤复发问题，开发可持续生成CAR-T细胞的平台 | 造血干细胞和祖细胞、CAR-T细胞、胸腺微环境 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 339 | 2026-05-25 |
Multi-modal molecular and spatial profiling reveals NNT as a prognostic biomarker in obesity-associated colorectal cancer
2026-Apr, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02339-4
PMID:41457181
|
研究论文 | 通过多模态分子与空间分析，发现NNT作为肥胖相关结直肠癌的预后生物标志物 | 首次整合转录组数据、临床验证和空间转录组学揭示NNT在肥胖相关结直肠癌中的预后价值及其肿瘤微环境特征 | 未提及明确局限性 | 识别反映肥胖相关肿瘤特征并分层患者预后的分子生物标志物 | 肥胖相关结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 免疫组化, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | TCGA-COADREAD数据集及独立队列 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx DSP | GeoMx数字空间分析系统 |
| 340 | 2026-05-25 |
Oxidative stress reprograms benign prostatic hyperplasia microenvironments: insights from integrative multi-omics and machine learning
2026-04-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08055-8
PMID:41923163
|
研究论文 | 整合多组学和机器学习方法，揭示氧化应激在良性前列腺增生微环境中的重编程作用 | 首次通过整合多组学和机器学习构建氧化应激相关诊断模型，并结合单细胞转录组、空间转录组及体内外实验验证ACOX2等关键基因在BPH中的功能 | 样本量较小（12个BPH样本，16个对照），研究结论应视为假设生成性质，需在更大规模独立人群中验证 | 识别与氧化应激相关的良性前列腺增生生物标志物，并刻画氧化应激相关的基质细胞状态 | 良性前列腺增生患者的组织样本及前列腺基质细胞系WPMY-1 | 机器学习和数字病理学 | 前列腺增生 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, RT-qPCR, western blot, 免疫组化 | WGCNA, 四种机器学习算法（逻辑回归、随机森林、支持向量机、XGBoost）, 一致性聚类 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 实验数据 | 28个组织样本（12 BPH, 16 对照）; 124,616个单细胞; 细胞系实验（WPMY-1） | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组, Illumina NovaSeq批量转录组测序 |