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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-06-30 |
Thymic stromal lymphopoietin promotes ozone-induced inflammation in the airway
2026-04-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2025-0281OC
PMID:41025995
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research paper | 研究表明胸腺基质淋巴细胞生成素通过调控cDC1来源的Fscn1促进臭氧诱导的气道炎症 | 首次发现TSLP通过cDC1中的Fscn1基因调控臭氧诱导的中性粒细胞性气道炎症,为2型低炎症表型哮喘提供潜在治疗靶点 | 研究仅限于小鼠模型,且未深入探讨Fscn1在人类中的对应机制 | 探究TSLP在臭氧诱导的气道炎症中的作用机制 | BALB/c小鼠和TSLP受体缺陷小鼠 | machine learning, digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序用于识别靶细胞簇和基因 |
| 222 | 2026-06-30 |
Single cell omics identify an anti-inflammatory niche in macrophages of mild to moderate chronic obstructive pulmonary disease
2026-04-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2025-0134OC
PMID:41071173
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研究论文 | 利用单细胞组学技术鉴定轻中度慢性阻塞性肺疾病中巨噬细胞的抗炎微环境 | 首次在轻中度COPD中发现一种称为间质COPD相关巨噬细胞(ICM)的新亚群,该亚群具有抗炎活性,并揭示了SCGB3A2-MARCO通路在分泌细胞与巨噬细胞间的保护性调控作用 | 未明确提及局限性 | 探究轻中度COPD中巨噬细胞与分泌细胞的协同抗炎作用 | 轻中度COPD患者及对照组的肺组织样本、小鼠肺组织、重度COPD患者肺组织 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | Microwell-seq、微流控单细胞RNA测序、高通量单核总RNA测序(snHH-seq)、空间转录组学、免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 轻中度COPD患者及对照组的肺组织、小鼠肺组织、重度COPD患者肺组织 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 223 | 2026-06-26 |
Somatic Mutation Trajectories Define Prognostically Distinct Subtypes and Shape the Tumor Microenvironment in Gastric Cancer
2026-Apr-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17050536
PMID:42194993
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研究论文 | 通过重构体细胞突变轨迹,定义胃癌中预后不同的亚型并揭示其肿瘤微环境特征 | 首次应用SuStaIn算法推断胃癌体细胞突变累积的时间顺序,识别出两种预后截然不同的进化轨迹(加速路径和渐进路径),并系统关联了转录组、肿瘤微环境和药物敏感性特征 | 计算药物敏感性预测及基因表达模式与临床结局之间的机制联系为假说生成性发现,需前瞻性和功能性验证 | 通过重构体细胞突变轨迹,识别胃癌中预后不同的亚型并研究其转录组与微环境特征 | 胃癌患者的体细胞突变、基因表达、肿瘤微环境特征及药物敏感性 | 机器学习 | 胃癌 | NGS | SuStaIn算法 | 基因突变数据、转录组数据 | TCGA-STAD队列及三个独立外部转录组队列 | NA | NA | NA | NA |
| 224 | 2026-06-26 |
Characterizing Infiltrating Macrophages in Intracranial Aneurysm with IA Animal Models and Spatial Transcriptomics
2026-Apr-29, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-026-01437-6
PMID:42053685
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综述 | 总结颅内动脉瘤中浸润性巨噬细胞的研究现状,并介绍用于研究巨噬细胞浸润的动物模型和空间转录组学方法 | 结合空间转录组学和动物模型,系统性总结浸润性巨噬细胞在颅内动脉瘤中的特征,包括其发生起源、转录组谱及与其他细胞亚群的相互作用 | 空间转录组学受限于样本可用性,动物模型的应用需要谨慎以转化研究解决未满足的临床需求 | 理解颅内动脉瘤病理生理学,识别潜在治疗靶点 | 颅内动脉瘤中的浸润性巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 225 | 2026-06-26 |
Spatial profiling of chronic liver disease: a pilot spatial case series
2026-Apr-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-49400-7
PMID:42010014
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研究论文 | 利用基于测序的空间转录组学对酒精性肝病、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎和慢性丙型肝炎患者的肝脏组织进行空间分析,揭示慢性肝病组织可能共享重复的假小叶功能结构 | 首次采用病毒感知工作流程的空间转录组学进行慢性肝病空间病例系列研究,实现丙肝病毒RNA原位检测、组织学指导的微环境注释及细胞间通讯分析,发现跨病因的共享假小叶功能架构 | 样本量小(仅4例通过质控),为初步试点研究;乙型肝炎样本未纳入核心分析,结论外推性受限 | 探究不同病因慢性肝病在保留组织学背景下的空间组织规律 | 酒精性肝病、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎和慢性丙型肝炎患者肝脏八份组织样本(其中四份通过质控) | 数字病理学 | 肝病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 四例通过质控的慢性肝病患者肝脏组织 | NA | 空间转录组学 | NA | 基于测序的空间转录组学,包含病毒感知工作流程(用于丙肝病毒RNA原位检测) |
| 226 | 2026-06-26 |
Advances in the Genetics and Molecular Biology of Brain Arteriovenous Malformations
2026-Apr-18, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-026-01436-7
PMID:41999461
|
综述 | 本文综述了脑动静脉畸形在遗传学和分子生物学方面的最新进展,包括体细胞突变、转录组图谱和动物模型的研究 | 揭示了KRAS和BRAF体细胞突变在散发性bAVM内皮细胞中的关键作用,以及RAS/MAPK通路激活驱动异常血管生成的新机制 | 临床转化仍面临挑战,原因是变异等位基因频率低且组织获取受限 | 总结bAVM的遗传和分子机制进展,为靶向治疗提供基础 | 脑动静脉畸形的内皮细胞、体细胞突变和血管病变 | 分子生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序、全转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2026-06-26 |
Aging restricts maturation of CXCL13+ T follicular helper cells in human immunity
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.03.715992
PMID:41993471
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研究论文 | 利用人类扁桃体类器官、单细胞RNA测序和CRISPR扰动技术,揭示了衰老通过限制CXCL13+ T滤泡辅助细胞的成熟来削弱人类体液免疫的机制 | 首次发现人类特异性CXCL13+ Tfh细胞在衰老过程中成熟受阻,并确定BACH2和SOX4为年龄相关的分化转录调控因子 | 研究仅基于扁桃体类器官模型,可能无法完全反映体内复杂免疫微环境;样本量较小且未涉及其他淋巴组织 | 探究人类免疫衰老过程中抗体反应下降的B细胞和T细胞相对贡献,以及CXCL13 Tfh细胞的调控机制 | 人类扁桃体样本(来自年轻和老年供体) | 机器学习和数字病理学 | 免疫衰老 | 单细胞RNA测序、CRISPR扰动、类器官培养 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 涉及年轻和老年供体的扁桃体类器官样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 228 | 2026-06-26 |
ISL1 Restricts Progenitor Programs and Promotes β-Cell Maturation, Revealing Sex Differences in Diabetes Progression
2026-04-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0673
PMID:41700921
|
研究论文 | 通过条件性敲除Isl1结合单细胞测序和染色质分析,揭示ISL1在维持内分泌细胞身份和促进β细胞成熟中的关键作用,并发现性别差异影响糖尿病进展 | 首次阐明ISL1在抑制中间祖细胞程序、促进染色质重塑及β细胞终末分化中的新角色,并揭示性别特异性响应影响糖尿病进程 | 研究基于小鼠模型,人类胰岛中ISL1功能的直接验证尚需进一步研究;未深入探讨性别差异的分子机制 | 阐明ISL1在胰岛内分泌细胞分化和成熟中的分子功能及其与糖尿病进展的关联 | 小鼠胰岛细胞(特别是α细胞、β细胞、δ细胞和γ细胞) | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序(H3K27ac和H3K27me3) | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、染色质组蛋白修饰数据 | Isl1条件性敲除小鼠(Isl1CKO)及其对照胰岛样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 文库制备 |
| 229 | 2026-06-26 |
Activation of the Pancreatic "Metabolic Synapse" Aggravates Type 2 Diabetes Mellitus by Inducing PANoptosis in β-Cells
2026-04-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0863
PMID:41701561
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研究论文 | 提出了“代谢突触”新概念,揭示胰腺成纤维细胞通过谷氨酸-NMDAR信号轴诱导β细胞PANoptosis,加剧2型糖尿病进展 | 首次提出“代谢突触”概念,发现成纤维细胞-β细胞新型通信途径,阐明谷氨酸-NMDAR轴在2型糖尿病发病机制中的作用 | 未提及具体局限性 | 探究胰腺成纤维细胞在β细胞功能障碍和2型糖尿病进展中的作用机制 | 胰腺成纤维细胞和β细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞测序, 体外实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 230 | 2026-06-26 |
A Novel CRYBB2 Splicing Mutation Is Associated With Lens Extracellular Matrix Remodeling and Vascular Alterations in Congenital Cataract
2026-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.4.36
PMID:41989229
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研究论文 | 在一个先天性白内障家系中发现新的CRYBB2剪接突变,并通过功能研究揭示其导致晶状体细胞外基质重塑和血管改变的机制 | 首次报道CRYBB2剪接位点突变导致晶状体细胞外基质重塑和玻璃体血管异常,且通过单细胞转录组学揭示晶状体与血管间的非细胞自主性相互作用 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类晶状体组织的直接验证有限;突变对晶状体发育的长期影响未充分探讨 | 鉴定先天性白内障的遗传病因并解析CRYBB2剪接突变导致眼部表型的分子机制 | 一个常染色体显性遗传先天性白内障大家系及其成员 | 数字病理学 | 先天性白内障 | 全外显子测序, Sanger测序, RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫染色, 细胞黏附实验 | NA | 测序数据, 图像数据 | 一个大家系中的多名成员;斑马鱼模型(未明确具体数量) | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 全外显子测序和单细胞RNA测序平台 |
| 231 | 2026-06-26 |
A diagnostic plasma omics-biomarker for Alzheimer's disease informed by microglial single-cell transcriptomics: A pilot study
2026 Apr-Jun, Alzheimer's & dementia (New York, N. Y.)
DOI:10.1002/trc2.70273
PMID:42344882
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研究论文 | 通过微胶质细胞单细胞转录组学数据开发血浆组学生物标志物用于阿尔茨海默病诊断的先导研究 | 利用微胶质细胞单细胞核RNA测序数据,通过六种统计方法和基于最优传输的图映射方法,从单细胞转录组数据转移至血液转录组数据,开发出新型血液诊断生物标志物 | 300基因面板预测认知正常患者的准确率较低(53%),且样本量有限(先导研究) | 从早期阶段开发基于组学信息的阿尔茨海默病血液诊断生物标志物 | 阿尔茨海默病患者和认知正常对照人群的微胶质细胞及单核细胞转录组数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞核RNA测序 | 图映射方法(基于最优传输统计) | 基因表达数据 | 78个基因面板,大小从30到2000个基因不等 | NA | 单细胞核RNA测序 | NA | NA |
| 232 | 2026-06-23 |
Revealing the Heterogeneity of Renal Tubular Epithelial Cell Senescence and Its Impact on Renal Fibrosis via Single-Cell Sequencing and Spatial Omics Technologies
2026-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504960R
PMID:41996177
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综述 | 通过单细胞测序和空间组学技术揭示肾小管上皮细胞衰老的异质性及其对肾纤维化的影响 | 利用单细胞测序和空间组学技术分析肾小管上皮细胞衰老的异质性特征、空间分布模式及其与纤维化的因果关系 | 未提及具体局限性 | 系统综述单细胞测序和空间组学技术在揭示肾小管上皮细胞衰老异质性及其对肾纤维化影响中的应用 | 肾小管上皮细胞的衰老亚群及其在肾纤维化中的作用 | 数字病理学 | 慢性肾脏病、肾纤维化 | 单细胞测序、空间组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 233 | 2026-06-23 |
The intestinal microbiota impacts nutritional immunity and resistance to Acinetobacter baumannii pneumonia
2026-Apr-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2534432123
PMID:42012958
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research paper | 研究抗生素治疗引起的肠道菌群失调如何增加宿主对鲍曼不动杆菌肺炎的易感性,并揭示相关免疫机制 | 首次通过单细胞RNA测序和动物模型,证明肠道菌群失调通过损害吞噬细胞的营养免疫功能(如脂质运载蛋白-2和钙卫蛋白途径)加剧肺部感染,并指出粪便微生物移植可恢复对感染的抵抗能力 | 研究主要基于小鼠模型和少量临床患者队列,未在更大规模人群中验证;单细胞RNA测序仅分析肺组织,未全面评估其他组织的免疫应答变化 | 阐明抗生素诱导的肠道菌群失调如何影响宿主对鲍曼不动杆菌肺炎的防御机制 | 住院患者队列和小鼠模型 | machine learning | pneumonia | single-cell RNA-seq, 抗生素治疗, 粪便微生物移植 | NA | scRNA-seq data, 临床数据 | 住院患者队列(具体数量未提供)和小鼠模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 234 | 2026-06-23 |
Poor sleep impairs immune responses and influenza vaccine protection
2026-Apr-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72212-2
PMID:42014403
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研究论文 | 慢性睡眠碎片化会严重损害流感疫苗诱导的免疫反应,降低抗体水平和保护效果 | 通过小鼠模型和大型临床数据分析,首次揭示了慢性睡眠碎片化通过干扰B细胞成熟、生发中心程序以及浆细胞应激反应来损害疫苗免疫应答的机制 | 小鼠模型与人类睡眠障碍的差异可能影响结论的普适性;临床部分为回顾性分析,无法完全排除混杂因素 | 探究睡眠碎片化影响流感疫苗效力的免疫机制及其临床意义 | 小鼠模型及916307名接种流感疫苗的成年人 | 机器学习 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型未具体说明数量;临床数据含916307名受试者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 235 | 2026-06-23 |
Chromosome-level genome assembly of the sponge Halisarca dujardinii
2026-Apr-21, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-07161-y
PMID:42014710
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研究论文 | 首次染色体级别的多氏海绵基因组组装,结合Oxford Nanopore长读长、Illumina短读长和Hi-C数据 | 首次实现多氏海绵的染色体级别基因组组装,并完成线粒体基因组组装和全面注释 | 未提及相关局限性 | 提供多氏海绵染色体级别基因组资源,用于研究其再生机制及海绵进化比较 | 多氏海绵(Halisarca dujardinii) | 基因组学 | NA | Oxford Nanopore长读长测序、Illumina短读长测序、Hi-C测序、RNA-seq | NA | 测序数据(基因组、转录组) | 单个海绵样本(具体数量未明确) | Oxford Nanopore, Illumina | 长读长测序、短读长测序、Hi-C、单细胞RNA-seq | Oxford Nanopore测序仪、Illumina测序平台(未具体说明型号) | 使用Oxford Nanopore长读长、Illumina短读长和Hi-C数据进行基因组组装,并利用体细胞和单细胞RNA-seq数据优化转录模型 |
| 236 | 2026-06-23 |
Identifying omic biomarkers for chronic inflammatory diseases associated with periodontitis using percolation on multi-disease gene co-expression networks
2026-Apr-21, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01591-w
PMID:42014834
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研究论文 | 开发了PMGCN框架,利用多疾病基因共表达网络上的渗流理论识别与牙周炎相关的慢性炎症疾病的组学生物标志物 | 首次利用多疾病关联性来识别组学生物标志物,通过多疾病基因共表达网络上的最优渗流实现,提高了预测性能 | 未明确说明局限性,但可能受限于已有数据集和炎症信号通路分析的细胞类型覆盖 | 识别与牙周炎相关的慢性炎症疾病(如溃疡性结肠炎、克罗恩病、阿尔茨海默病、帕金森病)的组学生物标志物 | 慢性炎症疾病包括溃疡性结肠炎、克罗恩病、阿尔茨海默病和帕金森病 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎, 克罗恩病, 阿尔茨海默病, 帕金森病 | RNA-seq | 渗流模型 | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 237 | 2026-06-23 |
Exploring the CeRNA landscape in plants: advances, methods, and challenges
2026-Apr-20, TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik
DOI:10.1007/s00122-025-05135-z
PMID:42008014
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综述 | 探讨植物中竞争性内源RNA的研究进展、方法及挑战,揭示植物与动物ceRNA的差异及其在胁迫响应和信号转导中的作用 | 系统总结了植物ceRNA与动物ceRNA在序列特征、相互作用模式及功能上的关键差异,并提出了将单细胞测序和空间转录组学等前沿技术与多组学工具结合的综合研究方法 | 现有生物信息学工具预测准确性有限,且在复杂植物组织中进行功能验证存在困难 | 梳理植物ceRNA研究现状,提出未来应优先开发植物优化的预测模型并整合空间分辨多组学数据 | 植物ceRNA网络及其在生长发育、胁迫响应和信号转导中的调控作用 | 机器学习 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞测序系统, 10x Visium空间转录组平台 |
| 238 | 2026-06-23 |
Unveiling DEFB1 as a novel driver and promising therapeutic target in lung adenocarcinoma
2026-Apr-20, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08748-4
PMID:42009648
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research paper | 本研究通过全基因组CRISPR/Cas9筛选和单细胞测序等技术,发现DEFB1是肺腺癌的一个新驱动因子,并开发了抗DEFB1单克隆抗体mAb-5作为潜在治疗靶点 | 首次发现DEFB1作为肺腺癌新驱动因子,并开发抗DEFB1单克隆抗体mAb-5,在多种模型中显示治疗潜力 | 未明确提及研究局限性 | 鉴定肺腺癌中与增殖和预后相关的新基因并开发靶向疗法 | 肺腺癌细胞系、类器官、异种移植模型和自发肺癌模型 | machine learning | lung cancer | CRISPR/Cas9筛选、单细胞测序、多重免疫组化、免疫共沉淀联合质谱分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 涉及多种细胞系、类器官、小鼠模型及TCGA和GEO公共数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 239 | 2026-06-23 |
Subcellular mRNA localization patterns across tissues resolved with spatial transcriptomics
2026-Apr-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72156-7
PMID:42009650
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研究论文 | 利用高分辨率空间转录组学系统解析哺乳动物不同组织中亚细胞mRNA定位模式 | 开发了一种利用图像特征从空间数据提取亚细胞信息的计算方法,并量化转录本定位模式,首次在完整组织切片中实现高通量mRNA定位研究 | 仅分析了胃肠道上皮和肝细胞等特定组织,其他组织的定位模式尚待验证 | 解析亚细胞RNA定位在组织切片中的分布规律及其在健康与疾病组织中的差异 | 哺乳动物的胃肠道上皮和肝细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | 多种哺乳动物组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 高分辨率空间转录组学技术 |
| 240 | 2026-06-23 |
Dedifferentiation-driven oncogenic stemness promotes tumor-sustaining adaptability in the intestinal epithelium
2026-Apr-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08669-2
PMID:41997917
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研究论文 | 该研究通过Smad4功能丧失和β-catenin功能获得的小鼠模型,揭示了去分化驱动的癌性干性促进肠道肿瘤维持适应性的机制 | 发现去分化衍生的癌性干细胞比内源性突变干细胞更有效地维持肿瘤发生,并阐明Notch信号异常和代谢可塑性在自上而下肠道肿瘤发生中的协同作用 | 未明确提及 | 探究去分化驱动的癌性干性在肠道肿瘤发生中的作用及其生物学决定因素 | Smad4:β-catenin小鼠模型的肠上皮细胞,包括绒毛上皮细胞和Lgr5+干细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |