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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
uPAR-Targeting Cytotoxic Antibody-Drug Conjugates Selectively Deplete Proinflammatory Myeloid Cells for Autoimmune Indications
2026-Apr-29, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15090803
PMID:42121904
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别类风湿关节炎滑膜中高表达uPAR的促炎性髓系细胞亚群,并开发靶向uPAR的抗体药物偶联物以清除这些细胞,为自身免疫疾病提供新疗法 | 首次利用单细胞RNA测序发现类风湿关节炎滑膜中uPAR高表达的促炎性髓系细胞亚群,并开发靶向uPAR的抗体药物偶联物选择性清除这些细胞 | 小鼠髓系细胞uPAR表达较低且对BCL-2家族抑制剂敏感性较弱,限制了体内概念验证实验的可靠性 | 开发靶向uPAR的抗体药物偶联物以选择性清除促炎性髓系细胞,用于自身免疫性疾病治疗 | 类风湿关节炎患者滑膜组织中的髓系细胞(单核细胞和巨噬细胞) | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 类风湿关节炎患者滑膜组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-16 |
Glioblastoma Stem Cells as Targets for Emerging Precision Immunotherapies and Molecular Treatments
2026-Apr-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15090783
PMID:42121884
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综述 | 探讨胶质母细胞瘤干细胞作为新兴精准免疫疗法和分子治疗靶点的研究进展 | 整合类器官培养、单细胞与空间转录组学、多组学和高分辨率成像等技术,并结合数据科学,构建神经干细胞及恶性干细胞样状态分子图谱,揭示发育程序、细胞可塑性和微环境信号在胶质瘤发生中的作用 | 综述性质,未提及具体实验验证或临床应用数据,可能缺乏对不同技术整合的量化评估 | 阐述胶质母细胞瘤干细胞在精准免疫治疗和分子治疗中的靶向潜力,提供改进肿瘤建模、早期检测和个性化治疗的概念与技术框架 | 胶质母细胞瘤干细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-16 |
Unique nasal cell states induced by common pediatric respiratory viruses
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.719671
PMID:42079074
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研究论文 | 通过单细胞 RNA 测序构建了 132 名五岁以下儿童的鼻粘膜细胞图谱,揭示了 SARS-CoV-2、鼻病毒和呼吸道合胞病毒(RSV)感染诱导的独特鼻细胞状态和粘膜免疫程序 | 首次在单细胞分辨率下系统比较三种常见儿童呼吸道病毒对鼻粘膜的重塑作用,发现了 RSV 感染中一种先前未描述的鳞状样上皮亚型,并整合哮喘全基因组关联数据识别出与儿童哮喘风险相关的 hillock 样鳞状上皮亚群 | 未提及 | 解析儿童常见呼吸道病毒如何以细胞分辨率重塑鼻粘膜,并探究这些变化与疾病严重程度及哮喘风险的关联 | 五岁以下儿童鼻粘膜上皮细胞和免疫细胞,涵盖 SARS-CoV-2、鼻病毒、RSV 感染及未感染对照组 | 数字病理学 | 呼吸道病毒感染、儿童哮喘 | 单细胞 RNA 测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 132 名儿童,335174 个鼻粘膜上皮和免疫细胞 | 10x Genomics | 单细胞 RNA 测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞 3' 测序 |
| 4 | 2026-05-16 |
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.720010
PMID:42079271
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研究论文 | 发现单羧酸转运蛋白1(MCT1)依赖的代谢检查点控制哺乳动物精子发生中的减数分裂进程,MCT1缺失导致粗线期停滞 | 首次揭示MCT1通过乳酸内流驱动组蛋白H4赖氨酸12乳酰化(H4K12la)表观遗传修饰,调控减数分裂基因表达,定义了一个以前未知的粗线期代谢检查点 | 未提及具体局限,但可能涉及机制细节的深入验证和临床转化潜力 | 研究代谢流如何直接调控哺乳动物精子发生中从有丝分裂到减数分裂的细胞命运决定 | 小鼠精子发生过程中的生殖细胞 | 自然语言处理 | 生殖疾病 | 单细胞转录组学、代谢组学、多组学分析、计算扰动模型 | NA | 单细胞转录组数据、代谢谱数据 | 小鼠精原细胞和精母细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 5 | 2026-05-16 |
Spatial Biology Evolution: Past, Present and Future of Mapping Life in Context
2026-Apr-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15090743
PMID:42121845
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综述 | 本文回顾了空间生物学从19世纪组织化学起源到现代空间多组学技术的发展历程,并探讨了其在理解组织微环境、细胞通讯及疾病机制中的关键作用 | 系统整合了空间生物学从经典免疫组化到高通量空间多组学的技术演变,提出‘空间法医学’概念,并强调多重免疫荧光、空间转录组学和蛋白质组学之间的功能共生关系 | 未具体讨论不同空间生物学技术在实际应用中的比较优势或数据整合的具体计算挑战 | 探讨空间生物学技术的演进及其在揭示组织微环境结构和功能中的必要性,以推动疾病机制理解和药物开发 | 空间生物学技术、组织微环境、细胞通讯机制 | 计算病理学 | 癌症、常见病、罕见病 | 空间多组学、多重免疫荧光、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 基因组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-16 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis on Multi-Subtypes of Idiopathic Inflammatory Myopathy Reveals Pathologic Hallmarks Associated With Stromal Stem and Immune Cells in Damaged Skeletal Muscles
2026-Apr-20, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70185
PMID:42007840
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研究论文 | 利用单细胞转录组学分析揭示特发性炎症性肌病亚型中受损骨骼肌的病理特征与基质干细胞和免疫细胞的关系 | 首次在多个特发性炎症性肌病亚型中进行单细胞转录组分析,识别出MEF2C表达减少与肌纤维生成延迟相关,以及CXCL10+成纤维细胞通过CCL19-CCR7/CCRL2轴招募M1样巨噬细胞等新机制 | 每个亚型样本量较小(n=3-5),结果需在更大队列中验证 | 研究特发性炎症性肌病不同亚型的致病特征 | 健康对照者和四种特发性炎症性肌病亚型患者的受累骨骼肌和外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | 特发性炎症性肌病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 细胞培养 | NA | 单细胞转录组数据, 图像 | 健康对照5例,每种特发性炎症性肌病亚型3-5例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-16 |
Stromal NNMT overexpression as an independent prognostic biomarker in lung adenocarcinoma and breast carcinoma
2026-Apr-09, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgag020
PMID:41913584
|
研究论文 | 研究烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)在泛癌基质中的表达及预后意义,重点验证肺腺癌和乳腺癌中的基质NNMT过表达及其预后价值 | 首次在泛癌水平系统分析基质NNMT表达,并利用单细胞RNA测序揭示其在成纤维细胞中高表达,证实其作为肺腺癌和乳腺癌独立预后生物标志物的潜力 | 未说明具体局限性(如样本量、验证队列、机制研究不足等) | 探讨NNMT在肿瘤基质中的表达特征及其作为肺腺癌和乳腺癌预后生物标志物的价值 | 肺腺癌和乳腺癌患者肿瘤样本及临床数据 | 数字病理学 | 肺癌,乳腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,定量免疫组织化学 | NA | mRNA表达数据,蛋白质表达数据 | 来自多项公共数据库(如GTEx、TCGA、HPA等)及独立临床队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-16 |
Single-cell transcriptomics and RNAi screening define a hierarchical program of planarian eye regeneration
2026-Apr-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117245
PMID:41964952
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和RNAi筛选定义了涡虫眼再生的层级程序 | 首次结合单细胞转录组学和大规模RNAi筛选,系统揭示了涡虫眼再生的完整层级序列及每个步骤的调控基因 | 信息不足,无法确定 | 阐明涡虫眼再生的分子机制和层级调控程序 | 涡虫眼再生过程中的细胞类型和基因 | 计算机视觉 | 年龄相关退行性眼病 | 单细胞RNA测序,RNA干扰筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 信息不足,无法确定 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-16 |
Heterogeneity and clinical relevance of group 2 innate lymphoid cells subsets in nasal polyps
2026-Apr-07, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.03.021
PMID:41956382
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研究论文 | 本研究探究鼻息肉中2型固有淋巴样细胞亚群的异质性及其与临床严重程度的相关性 | 首次鉴定出鼻息肉中ILC2的四个功能亚群(迁移性、过渡性、炎症性和耗竭样),并揭示其与CT评分及症状严重度的关联 | 未提及具体限制 | 明确鼻息肉中ILC2亚群的异质性及其与临床特征的关系 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉组织和外周血样本 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个鼻息肉样本和4个外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-04-04 |
Alignment of spatial transcriptomics slices across diseases, platforms and conditions
2026-Apr-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-026-01634-w
PMID:41928322
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2026-05-16 |
Multiomic, Histologic, and scRNA-seq Profiling of Pleural Mesothelioma Reveals Negative Prognosis Associated With a Novel Uncommitted Molecular Phenotype
2026-04, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.11.019
PMID:41319863
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研究论文 | 通过多组学、组织学和单细胞RNA测序分析恶性胸膜间皮瘤,发现与一种新的未定型分子表型相关的负面预后 | 首次发现恶性胸膜间皮瘤中存在一种新的未定型恶性细胞状态,该状态在双相型肿瘤中富集,并识别了TGF-β和GAS6-AXL信号通路作为候选驱动因子 | 样本量有限(40例患者93个样本),且未对发现的候选生物标志物进行进一步实验验证和临床验证 | 阐明恶性胸膜间皮瘤不同组织学类型背后的生物学机制,识别候选驱动因子和预后生物标志物 | 40例恶性胸膜间皮瘤患者的93个肿瘤样本,包括上皮样型、双相型和肉瘤样型 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序、全外显子组测序、RNA测序、光学基因组图谱、空间转录组学、组织学分析 | NA | 基因表达数据、拷贝数变异数据、空间转录组数据、组织学图像 | 40例患者93个样本 | 10x Genomics, Illumina, BGI | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全外显子组测序, RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq, BGI MGISEQ | 10x Chromium单细胞3'基因表达文库, Illumina NovaSeq6000测序, BGI MGISEQ-2000测序 |
| 12 | 2026-05-16 |
Deciphering the Cellular and Metabolic Landscape of Lymph Node Metastasis in Breast Cancer Using Single-Cell and Spatial Multi-Omics
2026-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.01.002
PMID:41580234
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研究论文 | 利用单细胞和空间多组学构建乳腺癌淋巴结转移的细胞和代谢图谱 | 首次全面描绘了淋巴结转移微环境的单细胞图谱,鉴定了早期播散癌细胞亚群,揭示了恶性转化过程中的代谢重编程和免疫调控网络,并通过计算药物重定位识别了潜在治疗靶点 | 数据来源主要是单细胞RNA测序和空间转录组学,缺乏功能验证实验;药物重定位结果需进一步临床验证 | 阐明乳腺癌淋巴结转移的细胞组成和分子机制,为转移性患者提供靶向治疗新见解 | 78例原发性乳腺癌及其配对淋巴结转移样本中的上皮细胞、淋巴细胞、巨噬细胞等 | 单细胞组学、空间转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、计算药物重定位 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 78例原发性乳腺癌及其配对淋巴结转移样本,4个转移淋巴结组织切片 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-16 |
Single-Cell Network Analysis Reveals Cell-Type-Specific Pathology following Retinal Detachment
2026-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.015
PMID:41621620
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞图形高斯模型分析,揭示视网膜脱离后细胞类型特异性的病理变化 | 首次利用单细胞图形高斯模型分析视网膜脱离后的细胞类型特异性基因模块,发现糖酵解、细胞凋亡、细胞外基质组织和白细胞迁移等通路在不同细胞类型中的差异调控 | T细胞浸润的发现仍属初步,需进一步验证;样本量可能有限 | 阐明视网膜脱离后细胞类型特异性病理机制,为理解视力障碍提供新见解 | 视网膜脱离患者的视网膜组织 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | 图形高斯模型 | 基因表达数据 | 视网膜脱离患者的视网膜组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-05-16 |
A comprehensive benchmarking study on computational tools for cross-omics label transfer from single-cell RNA to ATAC data
2026-04-01, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag026
PMID:41655240
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研究论文 | 该研究对27种计算工具进行了全面基准测试,评估它们从单细胞RNA数据到ATAC数据的跨组学标签转移性能 | 首次系统评估27种跨组学标签转移工具,涵盖多种人类和小鼠组织数据,并提出未来方法发展建议 | 研究发现数据不平衡、跨组学差异和半监督策略可能负面影响模型性能,且仅基于特定数据集评估 | 系统比较不同计算工具在scRNA-seq到scATAC-seq标签转移中的表现,为方法开发提供指导 | 27种计算工具在多种人类和小鼠组织单细胞数据上的标签转移性能 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | CNN, LSTM, 深度学习 | 单细胞基因表达数据, 单细胞染色质可及性数据 | 多种人类和小鼠组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台用于单细胞RNA和ATAC数据生成 |
| 15 | 2026-05-16 |
Oxidative stress reprograms benign prostatic hyperplasia microenvironments: insights from integrative multi-omics and machine learning
2026-Apr-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08055-8
PMID:41923163
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研究论文 | 结合多组学和机器学习,揭示氧化应激在良性前列腺增生微环境中的重编程作用,并识别相关生物标志物 | 首次整合多组学(批量转录组、单细胞RNA-seq、空间转录组)和机器学习,系统分析氧化应激在良性前列腺增生中的细胞程序变化,并实验验证ACOX2的功能 | 样本量适中,结果应视为假设生成性质,需在更大独立人群队列中验证 | 识别氧化应激相关的良性前列腺增生生物标志物,并表征与氧化应激相关的基质细胞状态 | 良性前列腺增生组织和细胞样本,包括批量转录组数据集(12例BPH、16例对照)、单细胞RNA-seq(124,616个细胞)和空间转录组数据,以及WPMY-1前列腺基质细胞 | 机器学习 | 前列腺疾病(良性前列腺增生) | 多组学(批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组)、机器学习 | WGCNA、四种机器学习算法(具体未明确,但包括诊断列线图)、一致性聚类 | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | 12例BPH和16例对照的批量转录组样本;124,616个细胞的单细胞RNA-seq数据 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组 | NA | NA |
| 16 | 2026-05-16 |
Dual-targeted lipid nanoparticles for TET3 siRNA delivery: nanobiotechnology strategy to remodel tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04312-6
PMID:41923247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TET3在肝细胞癌M2型肿瘤相关巨噬细胞中高表达,并开发了双靶向脂质纳米颗粒递送TET3 siRNA,重塑肿瘤免疫微环境 | 首次揭示TET3通过羟甲基化增强IRF4转录活性驱动M2极化,并构建巨噬细胞特异性双靶向脂质纳米颗粒实现精准递送 | 未在更多临床样本中验证该策略的有效性和安全性,且纳米颗粒的长期毒性有待评估 | 鉴定肝细胞癌免疫抑制微环境的关键表观遗传调控因子并开发靶向纳米治疗平台 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的M2型肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 机器学习和纳米生物技术 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、siRNA递送 | NA | 单细胞转录组数据 | 肝细胞癌组织样本(未明确数量)和动物模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 17 | 2026-05-15 |
Transcriptional regulators predicted to drive macrophage dysregulation during impaired wound healing in diabetic mice
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.719960
PMID:42079057
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研究论文 | 通过时间序列单细胞RNA测序数据,识别驱动糖尿病小鼠伤口愈合过程中巨噬细胞失调的转录调控因子 | 将Lamian框架与伪时间图扩散新方法结合,使用BITFAM模型和CellOracle进行计算机扰动,系统预测调控不同细胞状态转换的转录因子群 | 研究发现主要基于计算机预测,虽然部分结果经实验数据验证,但尚缺乏全面的实验功能验证 | 揭示糖尿病伤口愈合中巨噬细胞失调的转录调控机制 | 非糖尿病和糖尿病小鼠伤口部位的巨噬细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型、图扩散模型 | 基因表达数据 | 非糖尿病和糖尿病小鼠的伤口巨噬细胞时间序列单细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-05-15 |
Construction of a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma Based on Cell Death-related Genes and Characterization of Immune Microenvironment
2026-Apr-22, Iranian journal of allergy, asthma, and immunology
DOI:10.18502/ijaai.v25i3.21259
PMID:42130143
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研究论文 | 基于细胞死亡相关基因构建肝细胞癌预后模型并表征免疫微环境 | 整合25种细胞死亡模式相关基因,通过多步骤分析筛选出6个预后基因并构建风险评分模型和列线图,结合单细胞RNA测序解析关键细胞类型和细胞间通讯 | 研究基于公开转录组数据集,样本规模有限,且单细胞分析结果需进一步实验验证 | 阐明与25种细胞死亡模式相关的基因在肝细胞癌发生发展中的作用,并构建预后模型 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | Cox比例风险模型,多变量回归模型 | 基因表达数据 | 多项公开数据集及临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-05-15 |
Deep single-cell decoding of human pancreatic islets reveals T2D β-cell gene expression defects
2026-Apr-15, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-026-00744-w
PMID:41986506
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研究论文 | 对人类胰腺胰岛进行深度单细胞解码,揭示了2型糖尿病β细胞基因表达缺陷 | 首次对来自非糖尿病、糖尿病前期和2型糖尿病状态的48名供体的245,878个人类胰岛细胞进行全面的单细胞转录组分析,并识别出14种不同细胞类型,发现T2Dβ细胞中511个差异表达基因,包括维生素A代谢相关基因,并通过多模态功能验证与β细胞活力受损关联;整合T2D遗传学、蛋白质组学和小鼠模型代谢表型,确定了58个候选因果T2D基因 | 可能受限于样本来源和数量,尚未充分验证所有候选基因在T2D病理生理中的具体作用机制 | 揭示2型糖尿病中人类胰岛细胞类型特异性的改变及其基因表达缺陷 | 48名供体的人类胰岛细胞,包括非糖尿病、糖尿病前期和2型糖尿病状态 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 245,878个细胞来自48名供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-05-15 |
Loss of MITF activity leads to emergent cell states from the melanocyte stem cell lineage
2026-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.23.695681
PMID:41993564
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研究论文 | 利用斑马鱼模型研究MITF活性缺失对黑素细胞干细胞谱系中细胞状态涌现的影响 | 首次通过活体成像结合单细胞转录组学和谱系追踪,揭示MITF活性缺失导致黑素细胞干细胞在胚胎发育过程中出现异常早期扩张及新的转录细胞状态 | 未明确说明研究的局限性 | 探究MITF在胚胎发育中保护黑素细胞干细胞及其成体色素生成潜能的作用机制 | 斑马鱼黑素细胞干细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | 单细胞转录组数据、活体成像数据 | 斑马鱼胚胎及幼体样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |