单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 13 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-06 |
Efferocytosis-associated transcriptomic patterns characterize prognosis and immune landscape in osteosarcoma
2026-Apr, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2026.100743
PMID:41631009
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，构建了一个与胞葬作用相关的骨肉瘤预后特征，并揭示了MAGEA11通过Gas6-MERTK/AXL通路促进免疫抑制的机制 | 首次在骨肉瘤中系统性地将胞葬作用与预后、免疫微环境及单细胞/空间转录组特征联系起来，并鉴定出关键基因MAGEA11的功能机制 | 研究结论主要基于生物信息学分析和有限的实验验证，需要在更大规模的独立队列和更深入的体内外模型中进一步确认 | 阐明胞葬作用在骨肉瘤进展和免疫微环境重塑中的作用，并开发相关的预后标志物 | 骨肉瘤患者（来自TARGET-OS和GEO数据库的队列）及相关的细胞与动物模型 | 生物信息学，计算生物学，肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，加权基因共表达网络分析，机器学习模型，体内外功能实验 | StepCox + Ridge 回归模型，机器学习模型 | 转录组数据，单细胞RNA-seq数据，空间转录组数据 | 多个公共数据库队列（TARGET-OS及三个GEO数据集）用于建模与验证，额外包括6名骨肉瘤患者的单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2026-02-05 |
Repeated proliferative events ameliorate age-associated accumulation of DNA damage in HSPCs
2026-Apr, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202503337
PMID:41611449
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研究论文 | 本研究探讨了增加造血干细胞和祖细胞（HSPCs）增殖率对造血衰老的影响，发现重复放血可清除DNA损伤而不影响HSPCs功能 | 首次证明通过重复放血（模拟临床献血）诱导HSPCs增殖，可在体内激活DNA损伤反应并减少年龄相关的双链断裂积累 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自scRNA-Seq分析，需进一步临床验证；未明确DNA损伤清除的具体分子机制 | 探究增殖事件对造血干细胞年龄相关DNA损伤积累的影响 | 小鼠和人类的造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-02-05 |
Single-cell RNA-seq data of wild type and fli1b mutant zebrafish embryos
2026-Apr, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2026.112459
PMID:41624301
|
研究论文 | 本文提供了野生型和fli1b突变斑马鱼胚胎在受精后24小时的单细胞RNA测序数据，用于研究血管和造血发育的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术比较野生型和fli1b突变斑马鱼胚胎的转录组，识别出34个不同的细胞簇，为血管和造血发育研究提供了新的数据资源 | 研究仅基于24小时时间点的胚胎样本，未涵盖其他发育阶段；样本量相对较小（约40个胚胎），可能影响统计效力 | 研究fli1b转录因子在斑马鱼血管和造血发育中的作用，并提供单细胞转录组数据以支持相关分子机制分析 | 野生型和母体合子fli1b突变斑马鱼胚胎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 约40个母体合子fli1b突变胚胎和野生型同胞胚胎 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium平台用于单细胞RNA测序 |
| 4 | 2026-02-03 |
Duhuo Jisheng decoction alleviates knee osteoarthritis via synovial mesenchymal stem cell-derived exosomes mediating the microRNA-194-5p/wnt signaling pathway
2026-Apr-06, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.121140
PMID:41506303
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研究论文 | 本研究探讨了独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导microRNA-194-5p/Wnt信号通路，从而缓解膝骨关节炎的机制 | 首次探索了独活寄生汤对滑膜间充质干细胞及其外泌体的影响，并揭示了其通过外泌体传递miR-194-5p调控Wnt信号通路促进软骨修复的新机制 | 研究为临床前动物和细胞模型，未来需进行更深入的机制探索、转化研究并确保复方中药成分的一致性以推进临床应用 | 研究独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导的miR-194-5p/Wnt信号通路修复软骨的治疗效果 | 膝骨关节炎大鼠模型、原代滑膜间充质干细胞、H2O2诱导的软骨细胞 | NA | 膝骨关节炎 | LC-MS, RNA测序, 定量聚合酶链反应, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹法, 流式细胞术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-01-21 |
Multi-omics profiling of ACOX3 unveils pan-cancer clinical biomarker potential
2026-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析全面评估了ACOX3作为新型泛癌生物标志物的表达异质性、临床相关性、肿瘤-免疫相互作用和治疗潜力 | 首次将ACOX3作为泛癌生物标志物进行系统表征，结合单细胞和空间转录组学揭示其在肿瘤微环境中的富集模式，并通过分子对接和动力学模拟筛选出潜在抑制剂 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于HNSCC细胞系，缺乏体内模型验证和更广泛的癌症类型实验数据 | 评估ACOX3作为泛癌生物标志物的诊断和预后价值，探索其与肿瘤免疫微环境的关联及治疗潜力 | 多种癌症类型（包括KICH、PRAD、THCA、COAD、HNSCC等）的肿瘤样本和HNSCC细胞系 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 多组学分析、Cox回归、Kaplan-Meier生存分析、ROC分析、分子对接、分子动力学模拟、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 涉及多种癌症类型的公共数据集和HNSCC细胞系 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-01-21 |
Cellular and molecular determinants of lymph node metastasis in papillary thyroid carcinoma: Integrated multi-omics profiling and machine learning models
2026-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大块转录组数据，系统解析了甲状腺乳头状癌淋巴结转移的细胞和分子决定因素，并构建了基于随机森林的预测模型 | 首次整合多组学数据揭示PTC淋巴结转移的免疫微环境变化、恶性细胞异质性及FN1-SDC4轴的关键调控作用，并开发了17个关键基因的预测签名 | 研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏体内模型验证；样本量可能有限，需进一步临床队列验证 | 阐明甲状腺乳头状癌淋巴结转移的机制并开发预测工具 | 甲状腺乳头状癌的原发灶和转移灶组织 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 大块转录组测序 | 随机森林 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 大块转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-01-21 |
scGImpute: A hybrid BiLayer multi-head graph attention-based imputation framework for zero dropout in single-cell sequencing datasets
2026-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGImpute的混合双层多头图注意力神经网络框架，用于在单细胞测序数据中恢复技术性零值同时保留生物性零值 | 提出了一种新颖的混合双层多头图注意力神经网络框架，专门针对单细胞测序数据中的零值丢失问题，并适用于多种组学数据类型 | NA | 解决单细胞测序数据中高频零读计数或丢失事件的技术挑战，以降低技术噪声并改善下游分析 | 单细胞测序数据集，包括scRNA-seq、scATAC-seq和CITE-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 混合双层多头图注意力神经网络 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, CITE-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-01-10 |
PLIN2 exacerbates Allergic Rhinitis by inhibiting PINK1/Parkin-mediated mitophagy
2026-Apr, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2025.107107
PMID:41192682
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研究论文 | 本研究探讨了PLIN2通过抑制PINK1/Parkin介导的线粒体自噬，从而加剧过敏性鼻炎（AR）的促炎作用和潜在机制 | 首次在单细胞水平上鉴定出PLIN2是AR上皮细胞中显著上调的基因，并揭示了其通过抑制线粒体自噬、促进脂质积累和氧化应激来加剧AR病理的新机制，将代谢失调与炎症联系起来 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，需要在更广泛的人类临床样本中进行验证；PLIN2调控线粒体自噬的具体分子通路细节有待进一步阐明 | 研究PLIN2在过敏性鼻炎中的促炎作用及其调控PINK1/Parkin介导线粒体自噬的机制 | 小鼠过敏性鼻炎模型、人类鼻上皮细胞（HNEpCs）、GEO数据库中的单细胞RNA测序数据（GSE261706） | 单细胞组学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、qRT-PCR、流式细胞术、ELISA、免疫荧光/组织学染色 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质印迹数据、基因表达数据、细胞表型数据 | 涉及GEO数据库中的GSE261706数据集（包含AR患者和健康对照的鼻黏膜样本）、小鼠AR模型、体外培养的HNEpCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-01-09 |
Dual itaconate delivery systems modulate macrophage Acod1-Hif-1α-glycolysis axis for immunotherapy of bioprosthetic heart valve calcification
2026-Apr, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.11.040
PMID:41492369
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学及多种实验模型，揭示了生物人工心脏瓣膜钙化的免疫学机制，并开发了基于衣康酸递送的靶向免疫调节策略以抑制钙化 | 首次构建了BHV钙化的时空细胞图谱，鉴定出低Acod1表达的新型促钙化巨噬细胞亚群，并揭示了Acod1-Hif-1α-糖酵解轴在钙化中的作用机制；创新性地设计了两种基于生物材料的衣康酸递送系统用于局部免疫调节治疗 | NA | 阐明生物人工心脏瓣膜钙化的免疫学机制并开发靶向免疫调节治疗策略 | 生物人工心脏瓣膜、巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2026-01-09 |
Bioinspired scaffold recapitulating chondrogenic ontogeny and microenvironment for functional cartilage regeneration
2026-Apr, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.11.041
PMID:41502980
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研究论文 | 本文开发了一种仿生三层支架，通过模拟软骨发育过程和微环境，有效修复局灶性关节软骨缺损并促进功能性软骨再生 | 创新性地设计了一种三层仿生支架（CE-SKP/CPH/P2G3），该支架能模拟软骨发育过程（从软骨到钙化软骨）并重建局部缺氧微环境，成功修复了软骨缺损并恢复了正常的生理结构 | NA | 开发一种能够模拟软骨发育过程和微环境的支架，以实现功能性关节软骨再生和治疗骨关节炎 | 局灶性关节软骨缺损、骨关节炎 | 组织工程、再生医学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-12-29 |
LncRNA ZFAS1 in hepatocellular carcinoma: A systematic review of molecular mechanisms and clinical translation
2026-Apr, Non-coding RNA research
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.ncrna.2025.11.003
PMID:41450817
|
综述 | 本文系统综述了长链非编码RNA ZFAS1在肝细胞癌中的分子机制及其临床转化前景 | 系统性地整合了ZFAS1作为竞争性内源RNA、编码微肽调控铁死亡、通过外泌体重塑肿瘤微环境等多维机制，并提出了结合多组学与AI建模的未来研究方向 | 当前转化挑战包括ZFAS1亚型异质性、液体活检灵敏度不足以及肿瘤微环境动态相互作用的复杂性 | 阐明长链非编码RNA ZFAS1在肝细胞癌发生发展中的分子机制，并探讨其作为诊断标志物和治疗靶点的临床转化潜力 | 肝细胞癌患者组织、血浆样本及相关分子机制 | 自然语言处理 | 肝细胞癌 | 多组学整合（空间转录组学/单细胞测序）、AI驱动的网络建模 | NA | 文本（文献数据） | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-12-06 |
Human bone marrow niche organoids for disease modeling and therapeutic application in hematopoietic syndrome
2026-Apr, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究利用hiPSCs建立了人骨髓类器官模型，用于模拟辐射诱导的造血损伤并评估其治疗潜力 | 首次建立了源自hiPSCs的人骨髓类器官模型，该模型具有基质-血管结构并支持多谱系造血，为研究造血急性辐射综合征提供了生理相关的人类模型 | 模型在体内移植实验中使用免疫缺陷小鼠，可能无法完全模拟人体免疫微环境；辐射剂量范围有限 | 建立人类骨髓微环境模型，用于疾病建模和治疗应用研究 | 造血急性辐射综合征 | 数字病理 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，γ-辐射 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及hiPSCs来源的类器官和NSG小鼠移植实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Organelle symphony: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology
2026-Apr-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404
PMID:40146002
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综述 | 本文综述了核因子E2相关因子2和核因子κB在卒中病理生物学中的作用机制 | 重点探讨了两种关键转录因子在卒中中通过细胞器互作调控氧化应激和炎症的机制，并引入单细胞测序等新技术视角 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据验证 | 阐明Nrf2和NF-κB在缺血性和出血性卒中中的分子机制及相互作用 | 卒中相关的转录因子信号通路及细胞器功能 | 分子病理学 | 卒中 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 文献资料 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |