单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 945 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-24 |
Mechanotransduction unifies healthy nondiabetic wound healing over time by promoting a Cd14+/C1qa+ fibroblast subpopulation
2026-Apr-15, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.02.027
PMID:41997300
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研究论文 | 通过对遗传诱导型和病理生理型糖尿病小鼠伤口愈合各阶段成纤维细胞进行单细胞RNA测序，揭示了机械转导通路在正常愈合中的关键作用及其在糖尿病中的缺失 | 首次在遗传诱导型和病理生理型糖尿病小鼠模型中系统表征伤口愈合全过程的成纤维细胞异质性，发现正常愈合中特有的Cd14+/C1qa+血管生成性成纤维细胞亚群及其依赖的机械转导通路（FAK和MAPK），并揭示糖尿病中WNT通路过度激活导致愈合障碍 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类糖尿病伤口中验证；单细胞RNA测序时间点有限（0、2、7、30天）；未进行功能验证实验证实机械转导通路的具体调控机制 | 表征糖尿病小鼠伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性，探究机械转导通路在正常愈合与糖尿病愈合中的差异及其对愈合结果的影响 | C57BL/6非糖尿病野生型小鼠、高脂饮食诱导的病理生理型糖尿病小鼠、瘦素受体缺陷的遗传诱导型糖尿病小鼠的全层切除伤口组织 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种小鼠模型（非糖尿病野生型、病理生理型糖尿病、遗传诱导型糖尿病）在术后第0、2、7、30天的伤口组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 2 | 2026-09-23 |
Lipid metabolism as a central driver of immune remodeling and therapeutic vulnerability in metastatic colorectal cancer
2026-Apr-30, Lipids in health and disease
IF:3.9Q2
DOI:10.1186/s12944-026-02956-9
PMID:42063056
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综述 | 本文综述了脂质代谢在转移性结直肠癌中作为免疫重塑中心驱动因素及治疗脆弱性的作用，整合了多组学见解并讨论了靶向脂质代谢的治疗策略 | 将脂质代谢重编程与新兴多组学见解（单细胞和空间转录组学、代谢组学和脂质组学）相结合，揭示脂质代谢是肿瘤-免疫相互作用的中心组织者，并识别了先前未被认识的代谢脆弱性，提出了脂质代谢作为理解mCRC生物学的统一框架 | 文中提到许多证据主要基于相关性和临床前研究，尚缺乏足够的临床验证 | 整合结直肠癌脂质代谢重编程的当前知识与新兴多组学见解，阐明脂质代谢、铁死亡、肠道微生物群相互作用和免疫重塑之间的机制联系，并讨论靶向脂质代谢通路的治疗策略及其与免疫治疗的潜在协同作用 | 转移性结直肠癌（mCRC）及其肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、代谢组学、脂质组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-09-23 |
Glial multicellular programs reveal distinct patient stratification in Parkinson's disease
2026-Apr-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9520754/v1
PMID:42094040
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研究论文 | 该研究通过整合56名供体的单核RNA测序与靶向空间转录组学，揭示了帕金森病中由炎症和UPR相关程序组成的两种互斥性胶质细胞多细胞程序及患者分层 | 首次在帕金森病背侧纹状体中识别出两种互斥的胶质细胞多细胞程序（炎症型和UPR相关型），将PD相关分子变化划分为两个非重叠特征，并证明这些特征在全脑范围内富集且跨越不同路易体病阶段 | 摘要未明确说明样本量在空间转录组验证中的具体分配、未提及不同脑区采样数量的差异以及未讨论两种程序在疾病进展中的动态变化 | 解析帕金森病背侧纹状体中星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞的区域特异性与PD相关分子程序，建立患者分层框架 | 56名供体的背侧纹状体及其他脑区组织，涵盖星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 56名供体 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序, 10x Visium靶向空间转录组学 |
| 4 | 2026-09-23 |
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9544748/v1
PMID:42094045
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研究论文 | 本文揭示了MCT1介导的代谢检查点通过乳酸驱动的H4K12la修饰调控精子发生中减数分裂进程的机制 | 首次鉴定出MCT1依赖的代谢检查点调控哺乳动物精子发生中的减数分裂进程，揭示了MCT1介导的乳酸内流通过驱动减数分裂基因启动子区H4K12la修饰来表观遗传许可其表达的新机制 | 未在摘要中明确说明 | 探究代谢通量如何直接调控从有丝分裂到减数分裂的转变过程，以及MCT1在精子发生减数分裂进程中的作用机制 | 哺乳动物精子发生过程中的生殖细胞 | 单细胞组学、代谢组学、表观遗传学 | NA | 单细胞转录组学、代谢谱分析、计算扰动建模、多组学分析 | 计算扰动模型 | 单细胞转录组数据、代谢数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、多组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-09-23 |
SpatialQuery: scalable discovery and molecular characterization of multicellular motifs from spatial omics data
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.22.720136
PMID:42094390
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研究论文 | 本文提出了SpatialQuery框架，可从空间组学数据中识别多细胞空间模式（细胞基序）并对其进行分子特征分析，包括差异表达和协变分析，并在空间转录组和蛋白质组数据中验证了其应用价值 | 首次提出能够同时发现多细胞空间共定位模式并对其分子程序进行系统表征的计算框架，超越了传统的成对分析方法，能够识别功能性组织单元和多细胞相互作用；计算轻量化，可集成到基于网络的细胞图谱门户中实现交互式可视化和探索 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一个可扩展的计算框架，用于从空间组学数据中发现多细胞基序并对其进行分子表征 | 空间转录组和空间蛋白质组数据，包括肠道管模式形成、肾脏和结肠疾病微环境、小鼠脑图谱 | 空间组学 | 肾脏疾病, 结肠疾病 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间组学数据, 图像 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-09-23 |
UNLOCKING MULTI-SAMPLE DIFFERENTIAL EXPRESSION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS DATA WITH TESSERA
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.27.720955
PMID:42094441
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研究论文 | 本文提出了一种基于空间广义线性模型的新方法TESSERA，用于分析多样本空间转录组计数数据，解决多样本间坐标系统、细胞数量和类型、组织架构差异等挑战，实现跨样本的共同固定效应估计和差异表达分析 | 首次提供了多样本空间转录组差异表达分析的数学和计算框架，能够高效可扩展地拟合模型和进行统计推断，估计跨样本的共同固定效应，在单样本场景下也保持竞争力或优于现有算法 | 未明确提及 | 为多样本空间转录组数据提供差异表达分析的新方法，解决传统空间统计方法无法处理的多样本挑战 | 多样本空间转录组计数数据，具体应用于人类肾脏样本数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间广义线性模型 | 计数数据（基因表达计数） | 模拟数据以及人类肾脏样本数据集，具体样本数量未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-09-23 |
A Head and Neck Cancer Patient-Specific Microphysiological System for Predicting Response to Chemoradiation
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.28.721391
PMID:42094510
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研究论文 | 该研究开发了一种患者特异性微生理系统，用于重建头颈癌的肿瘤微环境并预测放化疗反应 | 开发了血管化3D微生理系统，保留了12种转录 distinct 细胞群体，并能捕捉患者间对放化疗的差异反应 | 样本量有限，需要更大规模的验证来确认预测指标的临床实用性 | 开发功能工具以预测头颈癌患者对放化疗的反应 | 头颈癌患者的肿瘤细胞、成纤维细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | 微生理系统 | 图像 | 来自头颈癌患者手术切除肿瘤的恶性细胞、成纤维细胞和免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-09-23 |
A transcriptomic-driven segmentation and cell simulation framework for high-resolution spatial transcriptomics and cell-cell communication
2026-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.24.720489
PMID:42094555
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研究论文 | 该文章开发了TENGU，一个端到端的生物信息学软件包，采用转录本优先的分割方法和高分辨率细胞模拟算法，用于Visium HD空间转录组学的细胞分割、细胞类型注释和细胞间通讯分析 | 采用转录本优先的分割策略，以转录信号密度为主要模态，组织学图像仅作为二级补充；引入新颖的转录组驱动的细胞模拟算法，通过基于局部基因表达概率的迭代优化来精炼细胞边界，有效减少空间散射并保留生物学上独特的分子特征 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决Visium HD空间转录组平台中细胞分割依赖组织学图像的问题，实现高分辨率空间转录组学和细胞间通讯分析 | 小鼠大脑、小鼠骨髓炎模型中的骨细胞和骨免疫细胞间通讯网络、人结直肠癌异种移植模型 | 空间转录组学, 生物信息学 | 骨髓炎, 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本（转录组数据） | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | Visium HD空间转录组平台，近单细胞分辨率转录组范围分析 |
| 9 | 2026-09-23 |
CD47 Blockade Reprograms the Monocyte-Macrophage Axis to Promote Inflammation Resolution in Atherosclerosis
2026-Apr-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.24.720546
PMID:42094377
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研究论文 | 该研究利用单细胞转录组学、单核细胞命运图谱和功能分析，在预防性和干预性小鼠动脉粥样硬化模型中揭示CD47阻断通过重编程单核-巨噬细胞轴促进炎症消退 | 首次在已建立的动脉粥样硬化病变中证明CD47阻断选择性地抑制炎性Ly6C单核细胞募集并减少局部巨噬细胞增殖，而不改变斑块巨噬细胞总量，实现了定性的而非定量的浸润重塑；同时通过跨物种整合人类冠状动脉单细胞数据集，鉴定出一个保守的TREM2巨噬细胞群体 | 研究主要基于小鼠动脉粥样硬化模型，人类数据仅为单细胞数据集的跨物种整合分析，缺乏直接的人体功能验证 | 探究促胞葬作用干预如何重塑已建立动脉粥样硬化病变的免疫格局 | 小鼠动脉粥样硬化模型（预防性和干预性）及人类冠状动脉单细胞数据集 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学，单核细胞命运图谱，功能分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-09-23 |
Myeloid Cell States in Influenza-Associated Pulmonary Aspergillosis Are Shaped by Iron Overload and Metabolic Reprogramming
2026-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.22.720189
PMID:42079193
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研究论文 | 该研究整合小鼠流感相关性肺曲霉病模型与单细胞RNA测序，揭示流感病毒与曲霉共感染时髓系细胞因铁过载和代谢重编程而发生功能障碍的机制 | 首次将小鼠IAPA模型与scRNA-seq整合，揭示IAV诱导的肺部铁积累是髓系细胞免疫代谢重编程的关键驱动因素，并发现铁负荷与细胞铁处理能力之间存在根本性脱节 | 研究基于小鼠模型，其发现需要在人类IAPA患者中进一步验证；未涉及其他呼吸道病毒与曲霉共感染的比较分析 | 阐明IAV感染如何通过塑造肺部微环境（特别是铁代谢改变）导致髓系细胞功能障碍，从而增加宿主对继发性曲霉感染的易感性 | IAV与烟曲霉共感染小鼠模型中的肺部单核细胞和巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 流感相关性肺曲霉病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-09-23 |
The dual molecular identity of vestibular kinocilia bridges structural and functional traits of primary and motile cilia
2026-Apr-24, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108071
PMID:42029006
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和免疫染色等技术，揭示前庭毛细胞动纤毛兼具初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并发现其具有自发运动能力 | 首次发现前庭毛细胞动纤毛同时富集初级纤毛和运动纤毛相关基因，尤其是轴丝重复复合体相关基因，并在斑马鱼和人类中保守；首次通过活体成像证实牛蛙和小鼠动纤毛具有自发运动 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明前庭毛细胞动纤毛的结构、分子组成和功能特征 | 成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼、人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-09-23 |
Transcriptional regulators predicted to drive macrophage dysregulation during impaired wound healing in diabetic mice
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.719960
PMID:42079057
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研究论文 | 该研究利用时间序列单细胞RNA测序数据和多种生物信息学方法，识别驱动糖尿病小鼠伤口愈合过程中巨噬细胞状态转变的转录调控因子 | 结合Lamian框架和新开发的Pseudotime Graph Diffusion方法分析细胞状态转变，使用BITFAM模型识别转录调控因子，并利用CellOracle进行计算机模拟扰动预测驱动细胞状态转变的转录调控因子 | 研究主要基于生物信息学预测和计算机模拟，虽然部分发现通过现有实验数据验证，但仍需要更多体内实验验证这些转录调控因子的功能 | 识别驱动糖尿病小鼠伤口愈合过程中单核/巨噬细胞状态转变的转录调控因子，为改善糖尿病伤口愈合提供新靶点 | 非糖尿病和糖尿病小鼠伤口中的单核/巨噬细胞 | 机器学习 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | BITFAM, CellOracle, Lamian | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-09-23 |
Unique nasal cell states induced by common pediatric respiratory viruses
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.719671
PMID:42079074
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序构建了儿童鼻黏膜细胞图谱，揭示了不同呼吸道病毒引起的特异性细胞状态和免疫反应 | 首次在细胞分辨率上系统比较了SARS-CoV-2、鼻病毒和RSV感染儿童鼻黏膜的差异，发现了病毒特异性的感染上皮细胞状态和免疫程序 | 样本仅来自5岁以下儿童，可能无法推广到其他年龄段；未明确说明样本采集时间点与病程的关系 | 解析常见儿童呼吸道病毒如何以细胞分辨率重塑鼻黏膜，并建立与疾病严重程度和哮喘风险相关的病毒特异性黏膜免疫程序 | 132名5岁以下儿童，包括SARS-CoV-2、鼻病毒或RSV感染者及未感染对照 | 单细胞转录组学 | 呼吸道病毒感染、哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 132名5岁以下儿童，共335,174个鼻上皮和免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-09-23 |
Synovial transcriptional clusters link cartilage degeneration to cell-type-specific gene expression in knee osteoarthritis
2026-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.719697
PMID:42079156
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研究论文 | 通过膝关节骨关节炎患者滑膜组织的转录组聚类分析，揭示滑膜转录簇与软骨退变严重程度及细胞类型特异性基因表达的关联 | 首次在人类膝关节骨关节炎中鉴定出四种滑膜转录簇，并将其与滑膜组织学特征、细胞类型相关基因表达及软骨退变严重程度相关联，结合单细胞RNA测序和空间转录组学解析细胞来源 | 样本量相对有限，单细胞RNA测序仅纳入18例患者，需要更大规模研究验证滑膜转录簇的普适性及其临床转化价值 | 鉴定人类膝关节骨关节炎的滑膜转录簇，并确定这些转录簇与滑膜组织学特征、细胞类型相关基因表达及软骨退变严重程度的关系 | 135例膝关节骨关节炎患者的滑膜组织，其中18例进行单细胞RNA测序 | 数字病理学 | 骨关节炎 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 共识聚类 | 转录组数据, 图像 | 135例膝关节骨关节炎患者滑膜组织（bulk RNA-seq），18例患者（单细胞RNA-seq） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-09-23 |
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.720010
PMID:42079271
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研究论文 | 该研究揭示了MCT1介导的代谢检查点在哺乳动物精子发生减数分裂粗线期中的关键调控作用 | 首次发现MCT1依赖的代谢检查点通过乳酸驱动的H4K12la组蛋白乳酸化修饰表观遗传调控减数分裂基因表达，将代谢状态与表观遗传调控整合以决定减数分裂细胞命运 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 探究代谢通量如何直接调控减数分裂进入与进展，特别是MCT1在精子发生减数分裂中的作用机制 | 哺乳动物精子发生过程中的生殖细胞（精原细胞向精母细胞减数分裂转变过程） | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学, 代谢谱分析, 计算扰动建模, 多组学分析 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-09-23 |
Dissecting the coordinated progression of cell states in spatial transcriptomics with CoPro
2026-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.17.719309
PMID:42079111
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研究论文 | 本文提出了一个名为CoPro的计算框架，用于检测空间转录组学中细胞状态的协调进展，能够识别在细胞类型内部或之间共变的基因程序，并分离多个重叠的空间模式 | CoPro支持监督和无监督两种模式，能够识别空间上连续变化且在细胞类型之间协调的基因表达程序，并通过灵活的核函数设计解耦多个重叠的空间模式，适用于多种单细胞级空间转录组学数据集 | 未明确提及 | 开发一个计算框架，用于检测空间转录组学中细胞状态的协调进展，识别在空间上连续变化且在不同细胞类型之间协调的基因表达程序，并分离重叠的生物学过程 | 结肠组织、大脑组织、肝脏组织和肾脏组织的空间转录组学数据 | 空间转录组学，计算生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据，图像 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, SeqFISH+, Xenium | MERFISH, SeqFISH+, Xenium，以及组织学推断的转录组数据 |
| 17 | 2026-09-23 |
Microporous annealed particle scaffolds avoid foreign body response by down regulating complement-fibroblast-macrophage signaling loop
2026-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.17.719225
PMID:42079188
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研究论文 | 本文通过对比微孔退火颗粒支架和纳米孔水凝胶皮下植入后的免疫反应，揭示了微孔支架通过下调补体-成纤维细胞-巨噬细胞信号环路来避免异物反应。 | 首次采用质谱流式、单细胞RNA测序和多重细胞因子检测联用，系统对比微孔支架与纳米孔水凝胶对异物反应的影响，并发现MAP支架通过抑制C5a信号串扰通路及补体-成纤维细胞-巨噬细胞信号环路减轻FBR。 | 未明确说明研究样本量、动物模型数量及长期植入效果，且机制验证主要依赖C5缺陷小鼠，可能未完全涵盖其他补体途径或细胞类型的贡献。 | 探究植入物孔隙结构如何影响异物反应，并阐明微孔退火颗粒支架减少FBR、促进组织整合的免疫学机制。 | 皮下植入的微孔退火颗粒支架与纳米孔水凝胶，以及C5缺陷小鼠模型。 | 生物材料免疫学、单细胞组学、组织工程 | 异物反应、纤维化 | 质谱流式、单细胞RNA测序、多重细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组、蛋白质组、细胞因子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-09-23 |
PALINCODE: Recording cell lineage with ternary palindromic CRISPR bits
2026-Apr-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.16.718941
PMID:42039399
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研究论文 | 本文介绍了一种利用三元CRISPR位点（cBits）随机写入三种状态，从而在基因组中永久记录细胞谱系关系的系统PALINCODE，并通过模拟、细胞培养和黑色素瘤模型验证了其谱系记录能力 | 利用三元CRISPR位点（cBits）和截短的Cas9引导序列实现高效的三元结果写入，理论编码容量高达10^25比特，能够在单细胞测序中重建32次细胞分裂深度的谱系树，并首次在体内黑色素瘤模型中同时读取谱系历史和基因表达，实现肿瘤克隆演化的体内重建 | 目前仅在293T细胞系和黑色素瘤模型中验证，尚未在更复杂的体内系统或多种物种中广泛应用；长期稳定性和多重编辑的准确性仍需进一步评估 | 开发一种高密度、高信息容量的细胞谱系记录平台，以克服现有CRISPR谱系追踪系统的局限性，并实现体内克隆演化的重建 | 293T细胞系和体内黑色素瘤模型 | 单细胞组学，基因组学，谱系追踪 | 黑色素瘤 | CRISPR编辑，单细胞测序 | NA | 基因组序列，单细胞转录组 | 293T细胞系和黑色素瘤模型（具体数量未提供） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-09-23 |
SpaTRACE: Spatiotemporal recurrent auto-encoder for reconstructing signaling and regulatory networks from spatiotemporal transcriptomics data
2026-Apr-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.20.689569
PMID:42039614
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研究论文 | 提出SpaTRACE，一种时空递归自编码器框架，从时空转录组学数据中联合推断细胞间信号传导和基因调控网络 | 联合推断细胞间信号传导和基因调控网络；使用基于注意力的编码器-解码器架构建模伪时间采样的细胞轨迹上的时间滞后依赖关系；无需预定义的配体-受体数据库即可重建TF-TG调控相互作用、LR-TG信号通路和LR结合关系 | 未明确提及 | 从时空转录组学数据中重建信号传导和调控网络 | 时空转录组学数据，包括小鼠中脑发育和蝾螈脑再生数据 | 计算生物学、生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 时空递归自编码器、注意力机制 | 基因表达数据、空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-09-23 |
The B7 family subgroup reflects tumor cell heterogeneity and patient post-operative prognosis in gallbladder cancer
2026-Apr-18, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00802-7
PMID:42001193
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序解析胆囊癌细胞的B7家族免疫检查点分子表达异质性，并构建机器学习模型用于术后风险分层 | 首次在单细胞分辨率下揭示胆囊癌中B7家族亚群（CD276、VTCN1、HHLA2）的生物学异质性，发现HHLA2通过RAC1/CDC42-PAK1-Cofilin信号通路促进上皮间质转化，并构建了整合B7分子表达与临床变量的梯度提升机模型用于术后预后预测 | 样本量相对有限（7例原发肿瘤的单细胞数据，188例患者生存建模），需要更大规模的多中心队列验证模型的普适性；机制研究主要基于体外和皮下移植瘤模型，缺乏原位模型或临床前治疗验证 | 阐明胆囊癌细胞的生物学异质性，并通过研究B7家族免疫检查点分子（CD276、VTCN1、HHLA2）在单细胞水平的表达及下游信号，优化术后风险分层 | 胆囊癌（GBC）细胞及接受手术治疗的胆囊癌患者 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序, 慢病毒操作, 药理学抑制, 皮下异种移植, 机器学习生存分析 | 梯度提升机, NMF, 机器学习生存算法 | 单细胞转录组数据, 临床数据, 图像 | 7例原发肿瘤的单细胞RNA测序数据，188例手术治疗的胆囊癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |