单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202603-202603] [清除筛选条件]
当前共找到 1054 篇文献,本页显示第 161 - 180 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
161 2026-08-27
Opportunities and Challenges in Implementing Large Language Models (LLMs) in Oncology
2026-03, JCO clinical cancer informatics IF:3.3Q2
综述 本文探讨了大型语言模型在肿瘤学中的应用机遇与挑战,涵盖临床应用、转化研究及伦理监管等方面 系统性地分析了LLM在肿瘤学中的多维度应用潜力,并强调了负责任实施所需的审慎态度和验证框架 未提供实证数据或案例研究,主要基于概念性分析 评估LLM在肿瘤学应用中的机遇与挑战,并提出负责任实施的原则 大型语言模型在肿瘤临床、转化研究及患者支持中的应用 自然语言处理 肿瘤 NA 大型语言模型 文本、图像、基因组数据 NA NA NA NA NA
162 2026-08-25
Fibroblast-like cells accumulate late in human coronary atherosclerosis contributing to necrotic core formation
2026-03-26, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 该研究通过多重免疫染色和机器学习辅助细胞分类,绘制了人类冠状动脉粥样硬化进展过程中间充质细胞群体的分布图,发现成纤维细胞样细胞在粥样纤维瘤阶段积累,并参与坏死核心形成。 首次基于单细胞RNA测序验证的标志物,在人类冠状动脉粥样硬化不同阶段详细解析间充质细胞亚群,特别是成纤维细胞样lumican表达细胞的积累和凋亡贡献。 研究基于尸检样本和颈动脉内膜切除术样本,可能存在样本选择偏差,且未涉及功能实验验证。 研究人类冠状动脉粥样硬化进展过程中间充质细胞群体的积累模式及其与斑块坏死核心形成的关系。 人类冠状动脉左前降支动脉切片及颈动脉内膜切除术样本。 数字病理学 冠状动脉粥样硬化 多重免疫染色、单细胞RNA测序、机器学习辅助细胞分类 机器学习分类器 图像 44个动脉段,来自38个个体的尸检样本,以及颈动脉内膜切除术样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
163 2026-08-25
RUNX1 N6-methyladenosine methylation enhances cytoskeleton remodelling and boosts cardiac fibrosis
2026-03-26, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究揭示了RUNX1的m6A甲基化通过YTHDF1增强其翻译,进而促进细胞骨架重塑和心脏纤维化的新机制 首次揭示YTHDF1识别m6A修饰的RUNX1 mRNA并增强其翻译,从而刺激RUNX1介导的Ctgf转录,在心脏纤维化中发挥关键作用,提供了表观转录组学调控的新视角 具体限制未在摘要中提及,可能需要进一步研究以确定临床转化潜力 阐明m6A修饰在RUNX1调控心脏纤维化中的作用机制 人类心房颤动组织、心脏成纤维细胞、小鼠模型以及相关基因表达 分子生物学、表观转录组学 心脏纤维化 RNA-seq, MeRIP-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq 条件性基因敲除小鼠模型 转录组数据、表观转录组数据、基因组数据 人类心房颤动组织样本、小鼠心脏组织和成纤维细胞样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA-seq、RNA-seq、表观转录组测序 NA NA
164 2026-08-25
Ferroptosis in heart failure: from molecular insights to therapeutic implications
2026-03-26, Cardiovascular research IF:10.2Q1
综述 本文综述了铁死亡在心力衰竭中的作用机制,从分子机制到治疗意义,并提出了新的概念框架“铁死亡连接点” 提出了‘铁死亡连接点’新概念框架,该框架将铁动员、抗氧化崩溃、脂质启动和线粒体/钙扩增器形成自我强化循环,导致泵衰竭 尚缺乏铁死亡与心力衰竭之间确定因果关系的证据,且需要标准化铁死亡特征、单细胞和空间转录组学分析以及机制驱动的临床试验来验证 综合分析现有文献,讨论转化障碍,并提出新的概念框架,以促进铁死亡调节在心力衰竭精准心脏保护中的应用 心力衰竭动物模型(包括慢性缺血、压力超负荷、糖尿病、脓毒症、肥胖相关和多柔比星诱导的心肌病模型)以及人心力衰竭心肌和心外膜脂肪组织 数字病理学 心力衰竭 NA NA 文本 多个心力衰竭动物模型及人类组织样本,具体数量未提供 NA NA NA NA
165 2026-08-25
ChemR23 prevents phenotypic switching of vascular smooth muscle cells into macrophage-like foam cells in atherosclerosis
2026-03-16, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究探讨ChemR23在动脉粥样硬化中对血管平滑肌细胞表型转化为巨噬细胞样泡沫细胞的抑制作用 首次揭示ChemR23在非造血细胞(特别是血管平滑肌细胞)中调控表型转换,并区分了系统性缺失与细胞特异性缺失的效应,提出ChemR23作为治疗靶点分别调节炎症或巨噬细胞极化 未提供具体局限性信息,可能包括体内模型主要基于小鼠,以及药物处理的长期效应和安全性未完全评估 研究ChemR23在血管平滑肌细胞中对动脉粥样硬化发展的作用及其潜在治疗价值 血管平滑肌细胞(VSMCs)和动脉粥样硬化斑块,涉及小鼠模型和人类斑块样本 心血管疾病研究 动脉粥样硬化 批量RNA测序、单细胞转录组测序、骨髓移植、药物治疗 NA 基因表达数据、转录组数据 小鼠模型(Apoe-/- ►ChemR23e/e Apoe-/-)和人类动脉粥样硬化斑块样本(具体数量未提及) NA 批量RNA测序、单细胞转录组测序 NA NA
166 2026-08-25
ERBB2 amplification is a late event in the pathogenesis of high-grade endometrial carcinomas with heterogeneous HER2 expression
2026-Mar, The Journal of pathology IF:5.6Q1
研究论文 该研究通过空间和基因组分析,揭示了高级别子宫内膜癌中ERBB2扩增的异质性是由于肿瘤进化晚期获得ERBB2扩增所致,HER2阳性与阴性成分共享大部分体细胞突变,而ERBB2扩增是唯一显著不同的拷贝数改变。 首次通过空间转录组学和全外显子测序分析HER2异质性高级别子宫内膜癌的肿瘤进化和分子机制,发现ERBB2扩增是肿瘤进展中的晚期事件,而非起始驱动因素。 样本量小(仅9例),且空间转录组学分析为探索性,需进一步验证;未涵盖所有可能的肿瘤亚克隆。 阐明HER2异质性高级别子宫内膜癌的分子发病机制和进化轨迹,探索ERBB2扩增在肿瘤进展中的作用。 9例具有HER2异质性的高级别子宫内膜癌肿瘤组织(其中7例全外显子测序,2例靶向panel测序)。 癌症基因组学, 数字病理学, 空间转录组学 子宫内膜癌(高级别) 全外显子测序, 靶向测序, 空间转录组学 无特定模型,使用了无监督层次聚类分析 基因组数据(WES和靶向panel), 空间转录组数据 9例患者的肿瘤组织,每例包含多个空间区域(HER2-和HER2+) NA 空间转录组学(具体未提及平台技术), 全外显子测序, 靶向测序 NA NA
167 2026-08-25
Parvimonas micra exacerbates periodontitis by infiltrating host cells through TmpC and circumventing lysosomal elimination via AppA
2026-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 本研究通过16S rRNA测序、单细胞RNA测序及蛋白质互作分析,揭示了微小副球菌通过TmpC侵入宿主细胞并利用AppA逃避溶酶体清除,从而加剧牙周炎的机制 首次阐明微小副球菌通过表面蛋白TmpC结合牙周膜干细胞受体并激活NF-κB和ERK1/2信号通路,以及通过AppA逃避自噬清除的免疫逃逸新机制 摘要未提及研究局限性 探究微小副球菌在牙周炎发病中的具体作用及其分子机制,为牙周炎和相关系统性疾病提供潜在治疗靶点 人牙龈沟液样本、实验大鼠模型及牙周膜干细胞 微生物学、牙周病学 牙周炎 16S rRNA测序、微计算机断层扫描、单细胞RNA测序、His pull-down联合液相色谱-串联质谱 NA 测序数据、影像数据、蛋白质互作数据 人牙龈沟液样本及实验大鼠模型(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序、16S rRNA测序 NA NA
168 2026-08-23
DGM: deep graph clustering with mincut for analysis of single-cell transcriptomics
2026-Mar-09, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 提出了一种名为DGM的深度学习框架,用于单细胞转录组数据的聚类分析,通过联合优化最小割损失、簇间正交性和重构约束来提高细胞类型识别的准确性 核心创新在于联合优化三个目标:高阶最小割损失以捕捉复杂细胞群落、簇间正交性损失以确保细胞群之间的清晰分离、以及重构约束以保持全局图结构 未明确提及局限性 解决当前基于图的聚类方法忽略高阶拓扑结构的问题,提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和生物学可解释性 十个人类或小鼠的单细胞RNA测序公共数据集 机器学习 不适用 单细胞RNA测序 深度学习模型(结合自编码器和图聚类) 单细胞转录组数据 十个公共单细胞RNA测序数据集 不适用 单细胞RNA测序 不适用 不适用
169 2026-08-23
CD19+Ki67+B cells regulated by NAMPT as key modulators in triple-negative breast cancer with brain metastasis
2026-Mar-09, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 通过整合单细胞RNA测序和公共数据集,研究了CD19+Ki67+B细胞在三阴性乳腺癌脑转移中的作用,并验证了NAMPT/ITGA5/ITGB1信号通路作为关键机制 首次揭示了CD19+Ki67+循环B细胞通过NAMPT/ITGA5/ITGB1信号通路驱动三阴性乳腺癌脑转移的免疫调节机制 未提及具体局限性 探讨三阴性乳腺癌脑转移中B细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用机制 三阴性乳腺癌患者(15例,8例有转移,7例无转移)以及公共数据集中的转录组谱 数字病理学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RNA-seq,多重免疫荧光 NA 基因表达数据,图像 15例患者样本、两个独立RNA-seq队列(TCGA和GSE65194)、湘雅真实世界队列、74例患者样本 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
170 2026-08-23
Targeted Ferroptosis Improves RPE Phagocytosis via MERTK/NFE2L2/HMOX1 Axis to Alleviate Retinitis Pigmentosa
2026-03-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和铁死亡抑制剂Fer-1治疗,探讨了铁死亡通过MERTK/NFE2L2/HMOX1轴影响视网膜色素上皮细胞吞噬功能,从而在视网膜色素变性发病机制中的作用 首次揭示铁死亡通过MERTK/NFE2L2/HMOX1轴驱动MERTK缺陷型视网膜色素变性的病理过程,并证明靶向铁死亡可恢复RPE吞噬功能,为治疗提供了新策略 研究主要基于RCS大鼠模型和体外细胞实验,缺乏人体临床试验验证;且未完全阐明铁死亡与RPE功能障碍之间的详细分子机制 探究视网膜色素变性中RPE的病理改变,评估靶向铁死亡作为潜在治疗策略的可行性 RCS大鼠视网膜组织、RDY大鼠视网膜组织、人原代RPE细胞 数字病理学 视网膜色素变性 单细胞RNA测序、铁死亡抑制剂处理、蛋白质印迹、免疫荧光、RT-qPCR NA 图像、基因表达数据 RCS和RDY大鼠视网膜样本,以及人原代RPE细胞样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
171 2026-08-23
Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer
2026-03, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞和空间转录组分析揭示了炎性乳腺癌的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境。 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组分析全面剖析炎性乳腺癌的免疫微环境,发现CXCL13在T细胞中的显著下调,并识别出天然产物血根碱和α-倒捻子素作为潜在免疫调节剂。 未提及具体局限性。 在单细胞和空间水平剖析炎性乳腺癌的免疫细胞群体、信号通路,并寻找潜在治疗靶点。 炎性乳腺癌(IBC)和非IBC样本。 数字病理学 炎性乳腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组分析,qRT-PCR,荧光染色,肿瘤-免疫细胞共培养,体内实验,天然产物筛选 NA 基因表达数据,空间转录组数据,图像 未提供具体样本数量 NanoString 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler用于空间分析,具体配置未详述
172 2026-08-21
DisConST: Distribution-aware Contrastive Learning for Spatial Domain Identification
2026-03-27, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 提出一种名为DisConST的分布感知对比学习方法,用于提高空间转录组数据中空间域识别的准确性 引入零膨胀负二项分布和图对比学习策略,分布感知地整合空间位置、转录组谱和细胞类型比例,生成更具信息量的潜在表示 未明确提及局限性 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性,以促进组织组织、胚胎发育和疾病机制研究 多种组织、器官和胚胎的空间转录组数据集,涵盖不同测序平台和正常及疾病状态 机器学习 肿瘤(免疫微环境相关) 空间转录组测序 对比学习模型(DisConST) 空间转录组数据(基因表达和空间位置) 多种数据集,具体数量未说明 NA 空间转录组学 NA NA
173 2026-08-21
Spatial Transcriptomics of Human Decidua Identifies Molecular Signatures in Recurrent Pregnancy Loss
2026-03-27, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 对人类蜕膜进行空间转录组分析,识别复发性流产中的分子特征 首次对人类蜕膜进行空间转录组分析,揭示植入区和腺体分泌区两个空间结构域,并识别FOSL2作为调控dNK1细胞空间转化的关键因子 未明确提及局限性 阐明人类蜕膜在复发性流产中的免疫耐受空间和调控机制 健康供体和复发性流产患者的早期妊娠人类蜕膜 空间转录组学 复发性流产 空间转录组学、单细胞染色质可及性分析、转录因子占用分析 NA 空间转录组数据、单细胞染色质可及性数据、转录因子占用数据 健康供体和复发性流产患者的蜕膜样本(具体数量未说明) NA 空间转录组学、单细胞ATAC-seq NA NA
174 2026-08-21
The Evolution of Spatial Omics Technologies Introduces A Novel Avenue for Lung Cancer Research
2026-03-27, Genomics, proteomics & bioinformatics
综述 本文综述了空间组学技术的发展及其在肺癌研究中的应用,包括肿瘤异质性、疾病进展、耐药机制和生物标志物发现等方面 系统总结了空间组学技术及其数据分析算法的最新进展,并提出将空间组学整合到肺癌研究中的策略,为精准医学提供新视角 讨论了当前空间组学技术的局限性,如分辨率、通量和成本等问题 探讨空间组学技术在肺癌研究中的应用前景,以推动精准医学发展 肺癌肿瘤生态系统,包括肿瘤细胞及其微环境 空间组学 肺癌 空间组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
175 2026-08-19
Single-cell RNA sequencing reveals population-based shifts in gene expression heterogeneity in an unstable, clonally derived CHO cell line
2026 Mar-Apr, Biotechnology progress IF:2.5Q3
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序技术,分析了不稳定和稳定的克隆CHO细胞系在制造生命周期的早期和晚期时间点的基因表达异质性变化,揭示了不稳定细胞系中表达异质性增加和代谢通路重编程的现象。 首次在初级克隆衍生细胞培养中,通过单细胞RNA测序系统研究了不稳定细胞系内部基因表达异质性随传代时间的变化,并揭示了不同表达谱'集群'的重新分布及其与代谢通路改变的关联。 研究仅限于一个表达相同单克隆抗体的不稳定和稳定细胞系,可能无法通用化到所有CHO细胞系;且未涉及导致异质性变化的分子机制深入解析。 探究克隆衍生CHO细胞系中基因表达异质性随时间的变化及其与细胞系不稳定性之间的关系,为细胞系稳定性提供生物学背景。 稳定的和不稳定的CHO细胞系,它们表达相同的单克隆抗体。 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据(单细胞) 两种细胞系(稳定和不稳定),每种在早期和晚期时间点进行检测 NA 单细胞RNA-seq NA NA
176 2026-08-18
Mass cytometry uncovers distinct blood myeloid phenotypes linked to clinical responses during gastric cancer chemoimmunotherapy
2026-Mar-31, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序,揭示了胃癌化疗免疫治疗中与临床反应相关的血液髓系细胞表型变化 首次结合高维质谱流式细胞术与配对组织的单细胞RNA测序,纵向描绘了化疗免疫治疗期间外周血免疫细胞的动态变化,并识别出早期单核细胞升高与生存改善的相关性 样本量较小(24例患者),且为回顾性分析,研究结论需在更大队列中验证 探索转移性胃癌患者接受帕博利珠单抗联合XELOX化疗时的外周血免疫细胞变化,阐明治疗效果的免疫机制 转移性胃癌患者的外周血单核细胞和配对肿瘤组织 数字病理学 胃癌 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 NA 高维流式细胞术数据、单细胞RNA测序数据 24例胃癌患者,多个时间点采集外周血样本及配对组织样本 Fluidigm, 10x Genomics 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 CyTOF, 10x Chromium 质谱流式细胞术(CyTOF)用于高维免疫表型分析,10x Chromium用于单细胞RNA测序
177 2026-08-13
Dissociable perfusion chip (DPC): perfusable microfluidic chip for single-cell screening of anti-cancer drugs in live glioblastoma explants
2026-03-31, Lab on a chip IF:6.1Q2
研究论文 本研究介绍了一种可分离灌注芯片(DPC),用于在活体胶质母细胞瘤切片中进行单细胞抗癌药物筛选,并支持下游单细胞RNA测序 采用机械夹持而非化学附着,实现正压灌注和无损分离组织切片,便于下游scRNA-seq 仅为概念验证,未来需进行多药物筛选和更多新鲜人GBM切片的验证 开发一种能够针对肿瘤细胞亚群进行药物筛选的新方法,并实现高分辨率识别细胞类型特异性药物反应 人胶质母细胞瘤切除组织切片、小鼠胶质母细胞瘤样本 数字病理学 胶质母细胞瘤 微流控芯片、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像、基因表达数据 人类GBM切除组织切片(具体数量未提供),小鼠GBM样本 NA 单细胞RNA测序 NA 微流控芯片(DPC)用于组织培养和药物扰动
178 2026-08-13
CX3CL1/CX3CR1 axis dysregulation contributes to epileptogenic mechanisms in focal cortical dysplasia
2026-03-20, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1
研究论文 通过转录组筛选、机器学习及单细胞RNA测序等多方法,揭示CX3CL1/CX3CR1轴失调在局灶性皮质发育不良相关癫痫发生机制中的作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 首次将CX3CL1/CX3CR1轴与局灶性皮质发育不良的致痫机制联系起来,并确定分泌型CX3CL1为关键致痫因子,提出该轴作为治疗干预的潜在靶点 摘要未提及局限性信息 探究局灶性皮质发育不良相关癫痫发生中的神经免疫机制,并评估CX3CL1/CX3CR1轴作为诊断标志物和治疗靶点的可能性 局灶性皮质发育不良患者脑组织样本,包括Ia、IIa和IIb亚型,以及新生大鼠模型 机器学习 局灶性皮质发育不良相关癫痫 转录组测序,单细胞RNA测序,RT-qPCR,蛋白质印迹,免疫组织化学 机器学习模型(LASSO、SVM-RFE、RF),加权基因共表达网络分析,大鼠模型 转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据(免疫组织化学) 人类FCD亚型样本(Ia、IIa、IIb)和非癫痫对照样本,具体数量未提及;新生大鼠模型,具体数量未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
179 2026-08-13
Oligodendrocyte Precursor Cells Shape Retinogeniculate Refinement Via a CHD8-Dependent Phagocytic Pathway
2026-03-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究揭示了少突胶质前体细胞通过CHD8依赖的吞噬途径参与视神经丘脑突触修剪,对视觉发育至关重要 首次发现少突胶质前体细胞是视觉发育关键期突触吞噬的主要细胞,并揭示CHD8直接调控吞噬相关基因表达 未提供明确的局限性信息 确定负责突触修剪的主要胶质吞噬细胞及其分子调控机制 少突胶质前体细胞和CHD8基因 神经科学 自闭症 三维成像、单细胞测序、基因组占有分析、条件性基因敲除、电生理评估 NA 图像、转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
180 2026-08-13
Bowman's glands act as facultative stem cells following olfactory epithelial lesion
2026-Mar-02, Chemical senses IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过谱系追踪、培养模型和单细胞RNA测序,证明成年小鼠黏膜下鲍曼腺在严重嗅觉上皮损伤后能作为兼性干细胞产生支持细胞,参与上皮修复 首次直接证明鲍曼腺细胞在严重损伤后作为兼性干细胞分化成嗅觉上皮支持细胞,并鉴定BMP家族配体为调控信号,开发了体外培养模型 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中验证;具体信号通路机制仍需进一步阐明 探究成年哺乳动物嗅觉上皮修复中是否存在额外的干细胞群体,特别是鲍曼腺的潜在作用 成年小鼠的鲍曼腺细胞和嗅觉上皮支持细胞 细胞生物学 嗅觉功能障碍 谱系追踪、细胞培养、单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 小鼠模型(具体数量未在摘要中说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
回到顶部