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当前共找到 1052 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-06-29 |
Immune reconstruction after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation: rules, mechanisms, and applications
2026-Mar-05, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-026-06922-4
PMID:41784824
|
综述 | 综述了异基因造血干细胞移植后免疫重建的规律、机制及应用 | 结合单细胞测序等新技术揭示了不同条件下免疫重建的特异性模式和机制 | 未明确提及具体局限性，可能受限于当前研究的证据强度 | 探讨免疫重建的基本原理及影响因素，为促进免疫恢复策略提供依据 | 造血干细胞移植受者的免疫重建过程 | 机器学习 | 移植相关疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 142 | 2026-06-29 |
HDAC6 inhibition reprograms endothelial and macrophage responses to protect the lung in endotoxemia
2026-Mar-05, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03607-4
PMID:41787468
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示HDAC6抑制在败血症相关肺损伤中通过重编程内皮细胞和巨噬细胞反应发挥保护作用 | 首次在单细胞水平上解析了HDAC6抑制对不同细胞类型（内皮细胞和巨噬细胞）在肺损伤中的差异化调控作用，并发现其促进血管新生相关基因表达 | NA | 探究HDAC6抑制在败血症相关急性肺损伤中对内皮细胞和巨噬细胞的细胞类型特异性保护机制 | 小鼠败血症模型中的肺内皮细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 败血症相关肺损伤 | 单细胞RNA测序、RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2026-06-29 |
DNA methylation-regulated AKAP12 expression modulates ECM remodeling and ADP/FAD ratio to influence prognosis in ovarian cancer
2026-Mar-05, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-026-02043-8
PMID:41787475
|
research paper | 本研究整合多组学分析，探讨DNA甲基化调控的AKAP12表达如何通过ECM重塑和ADP/FAD比率影响卵巢癌预后 | 首次揭示AKAP12在卵巢癌中由DNA甲基化调控，并通过ADP/FAD比率和ECM重塑影响预后的新机制，结合单细胞测序和孟德尔随机化分析 | 基于公共数据库和计算机模拟敲除，缺乏体外和体内实验验证 | 探索AKAP12在卵巢癌中的表达、DNA甲基化调控及其下游代谢效应，揭示其对预后的影响 | 卵巢癌患者样本数据（TCGA和GEO数据集）中的AKAP12基因表达、DNA甲基化和代谢因子 | machine learning | ovarian cancer | 单细胞RNA测序、DNA甲基化测序、孟德尔随机化 | 多组学整合分析模型 | gene expression, DNA methylation, single-cell RNA-seq | TCGA和两个GEO数据集（GSE26712和GSE17260）的多队列样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2026-06-29 |
Single-cell transcriptomic landscape of the mid-secretory eutopic endometrium reveals receptivity defects in adenomyosis
2026-Mar-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07866-z
PMID:41787497
|
研究论文 | 通过单细胞转录组图谱揭示子宫腺肌症中分泌中期在位内膜的容受性缺陷 | 首次构建子宫腺肌症患者在着床窗口期的在位内膜单细胞图谱，识别出LGR5和SOX9阳性的异常增殖上皮亚群以及DIO2+衰老相关分泌表型蜕膜基质亚群的缺失，并揭示上皮-基质间PTN、ncWNT、DKK1和IGF2信号通路的重塑 | 样本量较小（3例原发不孕患者与3例对照），仅基于单细胞RNA测序结果需进一步功能验证 | 阐明子宫腺肌症中在位子宫内膜容受性缺陷的细胞和分子机制 | 子宫腺肌症患者和正常对照者的分泌中期在位子宫内膜组织 | 单细胞转录组学 | 子宫腺肌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6份子宫内膜样本（3例原发不孕子宫腺肌症患者，3例已生育对照） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics 单细胞RNA测序平台 |
| 145 | 2026-06-29 |
Network medicine modeling of the m⁶A regulatory landscape identifies a KLF6-WTAP axis as a therapeutic target in pulmonary fibrosis
2026-Mar-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07876-x
PMID:41787499
|
研究论文 | 通过网络医学建模整合单细胞RNA-seq和空间转录组学，系统描绘肺纤维化中m⁶A调控景观，识别KLF6-WTAP轴为潜在治疗靶点 | 首次构建肺纤维化中m⁶A调控的多组学网络医学图谱，并发现KLF6-WTAP轴作为协调病理性基质程序的核心可靶向枢纽 | 未提及 | 阐明m⁶A调控在肺纤维化多细胞网络中的嵌入方式，并优先确定可操作的网络级调控节点 | 特发性肺纤维化（IPF）患者样本及博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 人类原代肺成纤维细胞及博来霉素处理小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Genomics单细胞RNA测序及空间转录组学平台 |
| 146 | 2026-06-29 |
Spatial transcriptomics and artificial intelligence: a scoping review of emerging applications in head and neck pathology
2026-Mar-04, Head and neck pathology
DOI:10.1007/s12105-025-01876-x
PMID:41779110
|
综述 | 系统梳理了空间转录组学与人工智能在头颈部病理学中的应用现状及未来方向 | 首次针对空间转录组学联合人工智能在头颈病理学中的研究进行范围综述，强调多模态融合框架的潜在价值 | 仅纳入10项研究，样本量有限；缺乏前瞻性验证；检索时间截至2025年5月，可能遗漏最新进展 | 评估空间转录组学与人工智能在头颈病理诊断、风险分层和恶性转化预测中的应用潜力 | 头颈部病变组织及口腔潜在恶性疾病（OPMDs）样本 | 数字病理学 | 头颈部肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、组织学图像、临床元数据 | 10项研究（具体样本量未提及） | NA | 空间转录组学 | NA | 未明确具体平台配置信息 |
| 147 | 2026-06-29 |
Network-Based Prioritization of Network-Peripheral Gene Modules in Autism Spectrum Disorder Using Integrative Transcriptomic and Proteomic Data
2026-Mar-04, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-026-02502-3
PMID:41779288
|
研究论文 | 通过整合转录组和蛋白质组数据，优先识别自闭症谱系障碍中的网络外周基因模块 | 提出一种可复现的计算框架，优先关注分子相互作用网络拓扑外周中非中枢但功能相关的基因模块，而非传统的中枢基因 | 未提供明确限制信息 | 利用整合组学数据识别自闭症谱系障碍相关的外周基因模块及其生物学功能 | 人脑皮层样本中的转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习, 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 148 | 2026-06-29 |
SDF2L1 modulates oxLDL-induced endoplasmic reticulum stress, protein aggregation, and O-mannosylation in myocardial infarction and lung cancer
2026-Mar-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-026-06124-1
PMID:41781544
|
研究论文 | 研究SDF2L1蛋白在氧化低密度脂蛋白诱导的心肌梗死和肺癌中的调控作用，涉及内质网应激、蛋白聚集和O-甘露糖基化 | 首次揭示SDF2L1通过调节O-甘露糖基化参与oxLDL诱导的内质网应激和蛋白聚集，并阐明其在心肌梗死和肺癌中的双重调控作用 | 未探讨SDF2L1在临床样本中的表达与预后的直接关联，且体内实验仅使用全身性敲除小鼠模型，缺乏组织特异性分析 | 探讨SDF2L1在oxLDL相关心血管疾病和癌症中的功能及分子机制 | 人心肌梗死和肺癌组织空间转录组数据、EA.hy926内皮细胞和A549肺上皮细胞、Sdf2l1敲除小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病, 肺癌 | 空间转录组学, CRISPR-Cas9, Western blotting, qPCR, PROTEOSTAT, ELISA, LC-MS/MS糖蛋白组学 | NA | 空间转录组数据, 图像, 分子生物学数据 | 心肌梗死和肺癌组织空间转录组数据集（未明确样本数量）、体外细胞模型、体内小鼠模型（Sdf2l1-/-） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台用于人组织切片分析 |
| 149 | 2026-06-29 |
Senescent epithelial cells remodel the tumor microenvironment and drive early LUAD progression: a multiomics risk model and single-cell analysis
2026-Mar-03, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-026-06101-8
PMID:41776080
|
研究论文 | 基于多组学风险模型和单细胞分析，揭示衰老上皮细胞重塑肿瘤微环境并驱动早期肺腺癌进展 | 首次通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定出一个由衰老相关基因DKK1驱动的独特上皮亚群（E9），该亚群在肿瘤早期阶段表现出衰老特征、干细胞性和细胞间通讯能力，并证明了COL17A1和DKK1高表达与不良临床结局相关 | 研究主要基于公共数据库（TCGA）和计算分析，缺乏体外或体内功能验证实验来直接确认DKK1在衰老上皮亚群中的具体机制 | 探索衰老细胞在肺腺癌进展和免疫逃逸中的具体作用，并建立衰老相关风险模型以改善预后预测和治疗靶点 | 肺腺癌患者的肿瘤组织和相关细胞亚群 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自TCGA的批量RNA测序样本，以及单细胞RNA测序数据中的上皮细胞亚群 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2026-06-29 |
Transcriptomic profiles from normal and tumor tissue samples reveal distinct venule populations and novel tumor endothelial cell markers in breast cancer
2026-Mar-03, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-026-02249-0
PMID:41776551
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA-seq数据，揭示正常乳腺与乳腺肿瘤内皮细胞的转录组差异，发现新的肿瘤内皮细胞标志物ADM5 | 首次识别出ADM5作为乳腺及其他癌症的肿瘤内皮细胞新标志物，并发现肿瘤静脉内皮细胞亚型与正常的表型差异及内皮无反应性 | 基于公共数据集，未进行实验验证；样本量有限；可能遗漏其他肿瘤类型中的差异 | 表征正常乳腺与乳腺肿瘤内皮细胞差异，识别新的肿瘤特异性血管治疗靶点 | 正常乳腺和乳腺肿瘤组织中的内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公开可用的单细胞RNA-seq数据集，未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 151 | 2026-06-23 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq profiling identifies NTN5 +LSAMP + myoblasts as mediators of impaired embryonic myogenesis
2026-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析揭示了NTN5+LSAMP+成肌细胞作为胚胎肌生成受损的介质 | 首次在生长受限的胚胎中鉴定出共表达netrin-5和LSAMP的致病性成肌细胞亚群，并揭示了其分化阻滞的表观遗传和代谢机制 | 未提及具体局限性 | 研究生长受限胚胎中肌生成的调控机制，为发育性肌病和胎儿生长受限提供治疗靶点 | 生长受限和正常猪胚胎体节中的成肌细胞 | 机器学习和生物信息学 | 胎儿生长受限 | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | 来自生长受限和正常猪胚胎体节的多组学数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台用于单细胞RNA-seq和ATAC-seq |
| 152 | 2026-06-23 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag160
PMID:41996577
|
研究论文 | 提出scGPD框架，利用单细胞RNA-seq数据设计用于靶向空间转录组学的基因组合 | 采用基因-基因相关性感知的门控机制，可从数据中提取信息特征并消除基因冗余，优于现有方法 | 未提及具体限制 | 开发用于空间转录组学的紧凑且非冗余基因组合设计方法 | 多样单细胞数据集和空间转录组数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq，空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 153 | 2026-06-23 |
Spatial-ZEDNet : a unified spatial transcriptomics framework for detecting differential gene activation and expression
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag166
PMID:42001470
|
研究论文 | 提出Spatial-ZEDNet框架，统一检测空间转录组学中差异基因表达与激活 | 通过层级高斯随机场模型同时检测空间差异表达基因和差异激活基因，明确建模零膨胀问题，且无需空间坐标匹配即可对齐不同条件下的生物信号 | 模拟和实际应用中虽表现优异，但可能对复杂组织微环境的泛化性有限，且计算成本可能较高 | 开发一种统计严谨的方法，用于整合空间转录组学数据以检测暴露诱导的组织重塑中的差异基因调控 | 结肠炎和疟原虫感染数据集中的免疫基因表达与激活模式 | 数字病理学 | 结肠炎、疟疾 | 空间转录组学 | 高斯随机场 | 空间转录组数据 | 结肠炎和疟原虫感染数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 154 | 2026-06-23 |
AICellType: a large language model-based platform for accurate cell type annotation
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag151
PMID:42001469
|
研究论文 | 基于大语言模型的细胞类型注释平台AICellType，通过系统性基准测试和平台开发，实现单细胞与空间转录组数据的准确注释 | 首次系统评估79种大语言模型在1130个单细胞和空间转录组数据集上的性能，并开发整合了本体结构和语义推理评估框架的开源平台AICellType | 未提及具体限制，但需考虑模型对罕见细胞类型注释的潜在偏差及计算资源需求 | 开发准确、可扩展且高效的细胞类型注释方法，解决现有方法依赖静态基因标记的局限性 | 79种大语言模型、1130个单细胞和空间转录组数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 大语言模型（LLM） | 单细胞与空间转录组数据 | 1130个数据集 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 155 | 2026-06-23 |
Spatial multi-omics integration by cross-modal graph contrastive learning
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag192
PMID:42001472
|
研究论文 | 提出一个基于图的跨模态对比学习框架CoMo，用于整合空间转录组、蛋白质组和表观基因组等多组学数据，实现空间域识别和跨组学特征融合 | 通过交叉注意力机制实现多模态特征协同学习，并结合邻居感知对比损失和聚类感知对比损失进行双优化，有效克服了模态特异性技术偏差和生物复杂性 | 未提及具体局限性 | 开发一种稳健的计算工具，用于整合空间多组学数据并支持组织综合表征 | 空间多组学数据集 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间表观基因组学 | 图神经网络、交叉注意力机制、对比学习 | 空间转录组数据、空间蛋白质组数据、空间表观基因组数据 | 五个空间组学数据集 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间表观基因组学 | NA | NA |
| 156 | 2026-06-23 |
Causal modeling reveals cell-cell communication dynamics in the tumor microenvironment during anti-PD-1 therapy in breast cancer patients
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag139
PMID:42001468
|
研究论文 | 提出因果推断框架scIVCCC，利用单细胞数据分析抗PD-1治疗前后乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯的动态变化 | 首次将治疗作为工具变量进行因果推断，识别出真正的细胞间通讯网络，区分混杂关联，揭示T细胞与肿瘤相关巨噬细胞的双重角色 | 未提及具体局限性 | 揭示免疫检查点阻断治疗如何通过细胞间通讯重塑肿瘤微环境，并确定潜在联合治疗靶点 | 31名乳腺癌患者治疗前后的单细胞RNA测序数据 | 机器学习， 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 因果模型 | 基因表达数据 | 31名乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 157 | 2026-06-23 |
GALA: a unified landmark-free framework for coarse-to-fine spatial alignment across resolutions and modalities in spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag181
PMID:42007518
|
研究论文 | 提出GALA框架，一种无需标记点的统一方法，用于空间转录组学中不同分辨率和模态的粗到细空间对齐 | 引入遗传算法引导的大变形对齐框架，通过单一优化耦合全局仿射变换和局部微分同胚变形，实现无需标记点的多模态对齐 | 未提及具体局限性 | 解决空间转录组学对齐中因技术变异、几何畸变和平台差异导致的挑战，提供高效准确的对齐方法 | 空间转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 遗传算法、全局仿射变换、局部微分同胚变形 | 空间转录组学数据、组织学图像 | 多种人类和小鼠数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 158 | 2026-06-23 |
Evaluating reference-mixture matching in cell-type deconvolution with single-cell RNA-seq references
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag184
PMID:42007519
|
研究论文 | 系统评估基于单细胞RNA-seq参考的细胞类型反卷积方法在不同参考匹配条件下的性能 | 首次系统性评估不同临床匹配条件下scRNA-seq参考对反卷积方法性能的影响，并发现方法选择比参考匹配程度更重要 | 研究仅基于PBMC数据集和系统性红斑狼疮疾病，未涵盖其他组织类型或疾病状态 | 评估不同参考匹配条件对细胞类型反卷积方法准确性的影响 | 外周血单个核细胞（PBMCs）及来自系统性红斑狼疮患者和健康对照的scRNA-seq数据 | 机器学习 | 自身免疫性疾病 | scRNA-seq, 批量RNA-seq | CIBERSORTx, MuSiC2, InstaPrism, BLADE, DISSECT, Scaden | 基因表达数据 | 40例系统性红斑狼疮患者和40例健康对照的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2026-06-23 |
[Shared mechanisms of obesity and male infertility and prediction of natural therapeutics based on machine learning and single-cell sequencing]
2026-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
|
研究论文 | 利用生物信息学和机器学习方法，结合单细胞测序数据，揭示肥胖与男性不育的共病机制，并预测具有治疗潜力的天然化合物及中药 | 首次整合多组学数据、三种机器学习算法（随机森林、LASSO回归、支持向量机）及单细胞测序，系统揭示肥胖与男性不育在免疫炎症调控和细胞分化功能障碍方面的共病机制，并基于CMap数据库和TCMSP平台构建“靶点-天然化合物-草药”网络，为精准中医药干预提供新思路 | 研究基于公共数据库分析，缺乏独立外部验证和体内外实验验证；预测的天然化合物和中药需进一步临床验证 | 探索肥胖与男性不育的共病分子机制，并预测天然化合物和中药的潜在治疗价值 | 肥胖患者脂肪组织和男性不育患者睾丸组织的单细胞测序数据，以及GEO数据库中的相关批量转录组数据 | 机器学习 | 男性不育 | 单细胞测序 | 随机森林, LASSO回归, 支持向量机 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | GEO数据库的批量转录组数据集及单细胞测序数据集，具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2026-06-22 |
BEASTsim-a benchmarking and analysis platform for spatial transcriptomics simulations
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag144
PMID:41947420
|
研究论文 | 介绍了一个用于空间转录组模拟的综合基准平台BEASTsim，评估不同模拟方法在数据属性分布、生物信号保存和相似性度量方面的性能 | 提出了一个超越简单数据复制的基准框架，强制模拟生成具有生物学意义的变异，并构建了帮助用户选择最合适模拟模型的决策树 | 未明确讨论平台的计算效率或大规模数据集上的扩展性，也未涉及真实组织类型模拟中可能出现的生物学复杂性不足 | 开发一个统一的评估平台，标准化空间转录组模拟方法的比较，促进空间转录组与单细胞RNA测序数据的整合 | 空间转录组模拟方法及单细胞RNA测序与空间转录组数据的整合分析 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未知 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |