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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2026-03-18 |
Decoding clone evolution in HER2 amplified breast cancer through single-cell and spatial transcriptomics analysis of copy number variations
2026-Mar-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-44476-7
PMID:41840060
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2026-05-02 |
Telocyte Deletion Associated With Loss of Lymphatic Drainage and Exacerbation of Inflammatory-Erosive Arthritis in Mice
2026-Mar-16, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70131
PMID:41838025
|
研究论文 | 该研究通过转基因小鼠模型,发现滑膜淋巴系统(SLS)中端粒细胞(telocyte)的缺失与淋巴引流功能丧失及炎性糜烂性关节炎加重相关 | 首次发现关节周围淋巴管存在端粒细胞网络,并证明其缺失导致淋巴引流障碍和关节炎加剧,提出端粒细胞作为类风湿性关节炎新药物靶点 | 研究主要基于小鼠模型,可能限制向人类应用的直接转化;未深入探讨端粒细胞缺失的具体分子机制 | 阐明类风湿性关节炎中淋巴管收缩功能丧失的病因机制 | 转基因小鼠(Efhd1-CreERT2和Myoc-CreERT2小鼠)的关节引流淋巴系统 | 机器学习 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序、免疫荧光显微术、电子显微镜、共聚焦显微镜、近红外成像、超声、显微CT | NA | 图像数据、基因表达数据 | 涉及多种转基因小鼠品系,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 143 | 2026-05-02 |
Dynamic Reprogramming of PDGFRA-Expressing Stromal Cells Facilitates WNT-Driven Transformation by Promoting a Fetal-Like State in the Intestinal Epithelium
2026-Mar-05, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0101
PMID:41784677
|
研究论文 | 该研究揭示了PDGFRA阳性成纤维细胞在WNT驱动的肠道肿瘤发生过程中通过分泌配体促进肠上皮胎儿样状态,从而加速组织转化 | 首次发现PDGFRA+成纤维细胞在WNT介导的早期肿瘤发生中动态重编程,通过TGFβ信号促进肠上皮胎儿样状态并加速肿瘤形成,揭示了基质细胞在肿瘤启动中的关键作用 | NA(摘要未明确提及局限性) | 探究PDGFRA阳性成纤维细胞在WNT驱动的肠道肿瘤发生中的功能及其调控机制 | 小鼠WNT驱动肿瘤模型中的肠道间充质细胞和上皮细胞 | 机器学习和数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 144 | 2026-05-02 |
Tumor-infiltrating natural killer cell profiling for therapeutic stratification in patients with resectable non-small cell lung cancer
2026-Mar-04, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.jtcvs.2026.02.030
PMID:41791482
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肿瘤浸润自然杀伤细胞亚群,为可切除非小细胞肺癌患者提供治疗分层策略 | 首次识别出与吸烟和慢性阻塞性肺疾病严重程度相关的两种自然杀伤细胞亚群(应激响应型和适应性免疫调节型),并揭示其在不同治疗策略中的预后预测价值 | NA | 识别与吸烟相关的免疫细胞决定因素,以指导可切除非小细胞肺癌患者的治疗策略 | 非小细胞肺癌患者肿瘤组织及免疫微环境中的自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 61例肺组织用于单细胞测序,19例浸润性肺腺癌用于验证,102例和24例非小细胞肺癌患者用于批量RNA测序分析 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2026-05-02 |
Inhibition of 5αR2 promotes postoperative wound repair in BPH patients after TURP by alleviating fibrosis and inflammation
2026-03-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202561
PMID:41147439
|
研究论文 | 探究5αR2抑制剂促进良性前列腺增生患者经尿道前列腺切除术后伤口修复的机制,通过减轻纤维化和炎症 | 首次结合临床试验和动物模型,从单细胞层面揭示5αR2抑制通过减少炎症、抑制纤维化和促进尿路上皮再生来加速术后修复 | 临床试验样本量较小(87例),动物模型为12只比格犬,且分子标志物分析依赖特定技术(如单细胞RNA测序),结果可能缺乏普适性 | 评估5αR2抑制剂对良性前列腺增生患者TURP术后伤口愈合、炎症控制和纤维化减少的影响 | 良性前列腺增生患者及比格犬模型 | 机器学习 | 良性前列腺增生 | 单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定(ELISA)、组织学分析 | NA | 基因表达数据、组织学图像 | 87例患者(47例治疗组、42例安慰剂组)和12只比格犬 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2026-03-21 |
scZiva: imputation method for single-cell RNA-seq data with zero-inflated variational autoencoder
2026-Mar-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06422-2
PMID:41857511
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2026-03-20 |
Lactylation-related gene signature for prognosis prediction and immune infiltration assessment in lung adenocarcinoma via bulk and single-cell RNA sequencing
2026-Mar-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04845-0
PMID:41851557
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2026-05-01 |
Heterogeneity and Regulatory Mechanisms of ALK-Mutant and Wild-Type Epithelial Cells in Non-Small-Cell Lung Cancer: Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility
2026-Mar-12, Pharmacology
IF:2.9Q2
DOI:10.1159/000550967
PMID:41818350
|
研究论文 | 利用单细胞转录组和染色质可及性分析,揭示ALK突变型和野生型非小细胞肺癌上皮细胞的异质性与调控机制 | 首次整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,比较ALK突变与野生型肿瘤的分子差异,并鉴定CEACAM6-AKT-EGR1信号轴在耐药和恶性进展中的作用 | 样本量较小,仅5例野生型和4例ALK突变型样本;未在动物模型中验证CEACAM6靶向治疗的疗效 | 解析ALK突变型和野生型NSCLC肿瘤上皮细胞的异质性和表观遗传调控差异 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本(5例ALK野生型,4例ALK突变型) | 机器学习, 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 9例非小细胞肺癌肿瘤组织样本(5例ALK野生型,4例ALK突变型) | Illumina | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | Illumina NovaSeq | 从GEO数据库获取GSE274934数据集的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 |
| 149 | 2026-05-01 |
The landscape of B and plasma cells in breast cancer: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2026-Mar-12, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-026-00917-0
PMID:41820356
|
研究论文 | 通过整合公开单细胞RNA测序数据和新生成的79份样本单细胞测序数据,构建了乳腺癌中B细胞和浆细胞的高分辨率图谱,揭示了其异质性和功能多样性 | 首次在乳腺癌中识别出两种肿瘤富集的B细胞亚群——CD200初始B细胞和ISG15非典型记忆B细胞,并验证了CD200 B细胞在抗肿瘤免疫和免疫检查点阻断治疗中的关键作用 | 未提及 | 解析乳腺癌中B细胞和浆细胞的异质性及其功能角色,探索其作为免疫治疗生物标志物和靶点的潜力 | 35名乳腺癌患者的79份样本(B细胞和浆细胞) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞BCR测序、空间转录组学 | 不适用 | 基因表达数据、BCR序列数据、空间转录组学数据 | 35名患者共79份样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞BCR测序、空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 150 | 2026-05-01 |
Artificial intelligence assisted multi-model pathological diagnosis of breast cancer based on multispectral autofluorescence images
2026-Mar-12, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-026-00915-2
PMID:41820369
|
研究论文 | 提出一个结合多光谱自发荧光成像与优化深度学习架构的新框架,用于生成高质量、无标记、与苏木精-伊红染色等效的乳腺癌病理图像 | 通过引入显著性和全局特征一致性损失增强CycleGAN,实现无需像素级配准的非配对数据虚拟染色,且为非破坏性方法,同一组织切片可后续用于单细胞RNA测序或空间转录组学 | 未提及具体局限性 | 开发快速、非破坏性的诊断级乳腺癌病理图像生成方法,用于临床诊断和机制研究 | 临床样本、小鼠模型和类器官共培养样本 | 计算机视觉 | 乳腺癌 | 多光谱自发荧光成像 | CycleGAN | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 151 | 2026-05-01 |
STHELAR, a multi-tissue dataset linking spatial transcriptomics and histology for cell type annotation
2026-Mar-12, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-06937-6
PMID:41820393
|
研究论文 | 介绍了一个整合空间转录组学与H&E组织学图像的多组织数据集STHELAR,用于细胞类型注释 | 首次构建了包含16种组织类型、超过1100万个细胞的大规模多组织空间转录组数据集,并关联了H&E全切片图像,为直接从组织学图像预测细胞类型提供了参考资源 | 未提及具体限制,但可能存在数据来源于特定平台(Xenium FFPE)和细胞类别为十种泛癌类别的泛化局限性 | 通过整合空间转录组学与组织学图像,开发用于细胞类型注释的大规模数据集,以促进肿瘤微环境研究 | 来自22名癌症患者和9名非癌症患者的31个人类Xenium FFPE组织切片,涵盖16种组织类型 | 数字病理学, 空间转录组学 | 肿瘤(泛癌) | 空间转录组学, H&E染色 | 人工智能模型(用于从组织学图像预测细胞类型注释) | 图像, 基因表达数据 | 31个组织切片,来自31名患者(22例癌症,9例非癌症),包含超过1100万个细胞和50万个组织图像块 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium FFPE组织切片 |
| 152 | 2026-05-01 |
Low-dose chemotherapy remodels hepatic immune landscape and potentiates antitumor response to immune checkpoint blockade in cholangiocarcinoma
2026-Mar-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001735
PMID:41779955
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研究论文 | 该研究探索低剂量吉西他滨/顺铂联合抗PD-L1治疗肝内胆管癌的疗效和机制 | 首次揭示低剂量化疗通过重塑肝内免疫景观并解除SPP1-VLA-4信号轴对CD8+T细胞的抑制,增强抗PD-L1免疫治疗的抗肿瘤应答 | 尚未明确低剂量化疗在不同肝内胆管癌亚型中的效果差异及长期疗效数据 | 优化肝内胆管癌治疗策略,降低化疗毒性并提高免疫治疗疗效 | 多种肝内胆管癌小鼠模型及患者来源的肿瘤组织和临床样本 | 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 体内/体外功能实验 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 多种小鼠模型及部分肝内胆管癌患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 153 | 2026-04-30 |
Chemotherapy-induced reactive myelopoiesis promotes expansion of immunosuppressive neutrophil-like monocytes in mice and humans
2026-Mar-31, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198360
PMID:41945895
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC测序,揭示了化疗诱导的反应性髓细胞生成促进免疫抑制性中性粒细胞样单核细胞扩增的机制 | 首次在化疗后小鼠和人类中鉴定出CXCR4⁺CX3CR1⁻中性粒细胞样单核细胞亚群,并证明其具有强T细胞抑制活性,揭示了化疗后免疫抑制的新机制 | 对临床样本仅分析了淋巴瘤患者,机制研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证规模有限 | 探究化疗诱导的反应性髓细胞生成及其对免疫抑制性单核细胞扩增的分子机制和临床意义 | 化疗处理的小鼠骨髓单核细胞和接受含环磷酰胺化疗的淋巴瘤患者外周血单核细胞 | 数字病理 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、ATAC测序 | NA | 单细胞基因表达数据、染色质可及性数据 | 化疗处理的小鼠(样本量未明确)以及公共数据集中化疗治疗的癌症患者样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 154 | 2026-04-30 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration with IN-DEPTH Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2026-Mar-24, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-0775
PMID:41874448
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研究论文 | 介绍IN-DEPTH工作流程,实现同一玻片上的空间多组学整合,并揭示肿瘤病毒相关的肿瘤微环境空间重组 | 开发了IN-DEPTH工作流程,结合单细胞空间蛋白质组学成像引导转录组捕获,无需RNA信号损失;并开发了光谱图互相关(SGCC)框架,实现蛋白质-转录组模态的整合分析 | 尚未提及方法的局限性 | 实现同一玻片上的空间多组学整合,揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中EB病毒相关的肿瘤微环境空间重组 | 弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)肿瘤组织,包括EBV阳性和EBV阴性样本 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、IN-DEPTH、SGCC | NA | 空间转录组数据、空间蛋白质组成像数据 | 包含EBV阳性和EBV阴性的弥漫大B细胞淋巴瘤样本 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 155 | 2026-04-30 |
Mucosal Inflammation Shapes Human Neutrophil States in Tissue and Circulation
2026-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.21.713286
PMID:42051301
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、光谱流式细胞术和空间蛋白质组学,研究牙龈、血液和口腔中中性粒细胞在健康与牙周炎状态下的组织特异性状态及其系统性影响 | 首次在健康与疾病状态下系统性表征人类口腔粘膜中性粒细胞的组织特异性状态,揭示牙周炎通过血液样中性粒细胞亚群浸润和转录噪声增加破坏粘膜免疫调节程序,并发现局部炎症可系统性重塑循环中性粒细胞——共享一个Rho-GTPase调控程序,该程序在多种人类炎症性疾病中普遍存在 | 未提及具体限制 | 探究口腔粘膜组织中中性粒细胞在健康与炎症性疾病中的组织特异性状态及其对循环中性粒细胞的系统性影响 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈组织、血液和口腔腔隙中的中性粒细胞 | 自然语言处理 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、光谱流式细胞术、空间蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、空间蛋白质组数据 | 健康个体和牙周炎患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2026-04-30 |
Mathematical dissection of tumor phenotypic heterogeneity in a spatial data-informed nonlocal reaction-diffusion model
2026-Mar-22, Journal of mathematical biology
IF:2.2Q2
DOI:10.1007/s00285-026-02380-8
PMID:41866589
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研究论文 | 提出一种结合空间转录组数据的非局部反应-扩散数学模型,严格分析肿瘤内表型异质性的演化动态 | 首次将空间基因表达数据与非局部反应-扩散模型整合,开展严格的数学分析并揭示表观突变率决定肿瘤细胞表型集中分布的关键作用 | 模型假设依赖血管化肿瘤且参数空间维度较高,实际应用时计算复杂度较大 | 通过数学建模剖析肿瘤内表型异质性及其演化机制 | 血管化肿瘤及其内部异质性表型细胞群体 | 机器学习 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | 非局部反应-扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 157 | 2026-04-30 |
Human Single-cell Atlas Analysis Reveals Heterogeneous Endothelial Signaling
2026-Mar-20, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag025
PMID:41863304
|
研究论文 | 通过整合15个人体组织中的三百万个单细胞进行单细胞RNA-seq数据分析,揭示了内皮细胞的异质性及其在血管类型和组织微环境中的信号传导机制 | 首次大规模整合多个组织单细胞转录组数据,开发计算流程分析代谢物或蛋白质介导的细胞间通讯,利用主题建模识别内皮细胞与其他组织驻留细胞之间的通讯模式 | 研究主要依赖公开数据集,可能受限于原始数据质量及组织覆盖的全面性 | 系统研究内皮细胞在血管类型和组织微环境背景下的异质性及其调控机制 | 人体15个组织中的内皮细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主题建模 | 单细胞转录组数据 | 15个人体组织中三百万个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2026-04-30 |
Dynamic and cell-type specific transcriptional reprogramming underlies the floral transition in the maize shoot apical meristem
2026-Mar-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04033-x
PMID:41851888
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研究论文 | 通过整合时间序列批量RNA-seq、单细胞转录组学、染色质可及性和转录因子结合谱,构建玉米茎尖分生组织花转变的时空分子框架,揭示动态和细胞类型特异性转录重编程机制 | 首次构建了玉米花转变的完整时空调控框架,发现花转变并非由统一的转录开关驱动,而是源自空间上不同的茎尖分生组织区域的协同作用,并鉴定出ZmMADS69-ZmRap2.7-ZMM4调控模块以及UNBRANCHED2和UNBRANCHED3在促进花转变中的新角色 | 未明确提及局限性 | 研究玉米茎尖分生组织在花转变过程中的转录重编程和细胞身份变化的分子机制 | 玉米茎尖分生组织 | 机器学习 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞转录组学, 染色质可及性分析, 转录因子结合谱分析 | NA | 转录组数据, 染色质可及性数据 | 时间序列样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2026-03-20 |
Single-cell RNA sequencing uncovers neutrophil clusters associated with autoimmune neuroinflammation
2026-Mar-18, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03772-9
PMID:41851894
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2026-03-19 |
A differential single-cell transcriptome atlas of left-sided and right-sided colorectal cancer
2026-Mar-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04789-5
PMID:41844817
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |