单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1050 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-05-08 |
Celcomen: spatial causal disentanglement for single-cell and tissue perturbation modeling
2026-Mar-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69856-5
PMID:41851134
|
研究论文 | Celcomen通过生成图神经网络在空间转录组学数据中解构细胞内和细胞间基因调控程序 | 首次将数学因果关系框架应用于空间转录组学，实现虚拟组织的扰动模型生成后扰动反事实数据 | NA | 建模疾病和治疗引起的单细胞空间分辨组织反应 | 人类胶质母细胞瘤、人类胎儿脾脏和小鼠肺癌样本 | 机器学习 | 多发性疾病 | 空间转录组学 | 生成图神经网络 | 空间转录组数据 | 人类胶质母细胞瘤样本、人类胎儿脾脏样本和小鼠肺癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 102 | 2026-05-08 |
Dynamics of phage-host interactions in Bacteroides fragilis resolved by single-cell transcriptomics
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70381-8
PMID:41839859
|
研究论文 | 利用细菌单细胞RNA测序技术解析脆弱拟杆菌与裂解性噬菌体相互作用的动态过程，揭示了感染异质性和细菌防御机制 | 首次将细菌单细胞RNA测序应用于噬菌体-宿主相互作用研究，能够在单一时间点捕捉感染异步进程并重建时间线，同时发现未被感染的细菌亚群及其基因表达差异 | 实验仅在体外培养条件下进行，未涉及体内复杂环境；约50,000个细胞的样本量可能不足以捕捉所有低频变异 | 利用单细胞转录组学揭示裂解性噬菌体感染细菌过程中细胞水平的异质性及细菌防御机制 | 人类病原体脆弱拟杆菌（Bacteroides fragilis）及其裂解性噬菌体 | 单细胞转录组学 | NA | 细菌单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约50,000个来自感染培养物的细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-05-08 |
Illuminating cell states by a comprehensive and interpretable single cell foundation model
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70071-5
PMID:41839876
|
研究论文 | 引入CellVQ模型，通过大规模单细胞数据集和单细胞离散化模块，提升泛化能力和可解释性 | 提出单细胞离散化模块将高维稀疏数据转化为细胞编码，并开发CellVQ-Graph工具整合多模态数据构建知识图谱 | 实际应用中仍面临数据稀疏性和异质性的挑战 | 开发一个真正适用且可泛化的单细胞基础模型，提高数据表示、泛化能力和可解释性 | 单细胞测序数据及多模态数据（基因、细胞通讯、注释） | 机器学习 | 非特定疾病 | 单细胞测序 | CellVQ基础模型 | 单细胞数据、基因、细胞通讯、注释 | 6800万细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-05-08 |
scTWAS: a powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2026-Mar-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70374-7
PMID:41820391
|
research paper | 提出scTWAS统计框架，利用单细胞数据进行细胞类型特异性转录组全关联研究 | 首次开发针对单细胞数据的TWAS方法，通过潜变量模型和矩估计应对单细胞数据的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | 未明确提及局限性 | 开发一种使用单细胞数据进行细胞类型特异性TWAS的统计方法 | 血液和脑组织中的单细胞数据，29种血液学特征和三种免疫相关疾病，以及阿尔茨海默病 | machine learning | 阿尔茨海默病，免疫相关疾病 | scRNA-seq | 潜变量模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-05-08 |
CRISPR-based functional genomics for dissecting therapeutic dependency in primary acute myeloid leukemia samples
2026-Mar-05, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.02.003
PMID:41759529
|
研究论文 | 开发了一种优化的CRISPR平台，用于在原代急性髓系白血病样本中进行功能基因组学分析，以解析治疗依赖性 | 首次将CRISPR功能基因组学直接应用于原代急性髓系白血病患者样本，结合体外和体内CRISPR-Cas9敲除及CRISPRi筛选，并集成Perturb-seq技术解析调控网络和细胞异质性 | 主要依赖患者来源的异种移植模型和原代样本，可能无法完全模拟体内微环境；筛选结果需要进一步临床验证 | 建立一种通用且稳健的框架，利用CRISPR功能基因组学直接解析原代AML患者样本中的癌症依赖性和细胞异质性 | 原发性急性髓系白血病样本，包括患者来源的异种移植模型和原代样本 | 功能基因组学 | 急性髓系白血病 | CRISPR-Cas9, CRISPRi, Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-05-08 |
Robust and efficient annotation of cell states through gene signature scoring
2026-03-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280926.125
PMID:41708334
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研究论文 | 系统评估现有基因签名评分方法并开发调整邻居评分算法，显著提高单细胞RNA测序数据中细胞状态注释的准确性和稳定性 | 提出调整邻居评分算法，通过增强对照基因选择显著改善分数稳定性和跨签名可比性，实现与监督方法相当的无监督细胞状态注释 | 未明确说明，但可能依赖先验的基因签名定义，且在高度异质性数据中的泛化性能有待进一步验证 | 开发稳健高效的基因签名评分框架，改进单细胞RNA测序分析中的无监督细胞状态注释 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集中的细胞状态 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 调整邻居评分 | 单细胞转录组数据 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2026-05-08 |
GSTA1 Conferred Tolerance to Osimertinib and Provided Strategies to Overcome Drug-Tolerant Persister in EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma
2026-03, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.10.001
PMID:41076079
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析EGFR突变肺腺癌患者样本，揭示了GSTA1在奥希替尼耐药持久性细胞中的作用及克服策略 | 首次阐明RSPH1-CALML4-GSTA1调控轴及PROS1-AXL信号通路在药物耐受持久性细胞形成中的机制，并提出GSTA1抑制剂curzerene联合奥希替尼的可行治疗方案 | 药物耐受持久性细胞形成机制尚不完全清楚，限制TKI治疗后耐受状态或耐药出现时的治疗选择 | 解析EGFR-TKI诱导的药物耐受持久性细胞的细胞和转录组特征，探索克服药物耐受和耐药的新策略 | 接受一线奥希替尼治疗的肺腺癌患者样本（包括基线、药物耐受持久性状态和稳定耐药状态） | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2026-05-08 |
Evaluating the toxicological effects of PET-MPs exposure on atherosclerosis through integrated network toxicology analysis and experimental validation
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04963-6
PMID:41540215
|
研究论文 | 通过综合网络毒理学分析和实验验证，探究聚对苯二甲酸乙二醇酯微塑料（PET-MPs）暴露对动脉粥样硬化的毒理学效应 | 首次结合网络毒理学分析与实验验证，系统揭示PET-MPs诱导动脉粥样硬化的潜在毒理学机制，利用单细胞RNA测序数据和分子对接技术深入分析核心靶点 | 尚未明确说明研究的局限性 | 阐明PET-MPs暴露导致动脉粥样硬化的毒理学机制 | PET-MPs的潜在靶点及动脉粥样硬化相关靶点 | 生物信息学 | 动脉粥样硬化 | RNA-seq、单细胞RNA测序、分子对接、PCR | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据 | NA | NA | RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | GEO数据库中获取的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 |
| 109 | 2026-05-08 |
Multifunctional LepR⁺ skeletal stem/progenitor cells for bone and marrow homeostasis
2026-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-026-01698-z
PMID:41711875
|
综述 | 综述了LepR⁺骨骼干/祖细胞在骨与骨髓稳态中的多功能作用及研究进展 | 通过先进遗传标记和单细胞转录组学揭示了LepR⁺ SSPCs在发育、衰老和骨折愈合中的谱系可塑性和功能动态 | NA | 总结LepR⁺骨骼干/祖细胞的研究历史与最新进展，强调其在稳态和病理条件下的功能 | LepR⁺骨骼干/祖细胞 | 机器学习 | NA | Cre/loxP遗传小鼠模型、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序平台 |
| 110 | 2026-05-06 |
A Chromosome-level Assembly and Functional Genomic Resources for the Model Annelid Capitella teleta
2026-03-02, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evag041
PMID:41732109
|
研究论文 | 结合长和短读长测序及Hi-C染色质构象捕获技术，构建了环节动物Capitella teleta实验室品系的染色体级别核和线粒体基因组，并提供了功能性基因组资源 | 首次组装了环节动物C. teleta的染色体级别基因组，并揭示了核与线粒体基因组的重排现象，为进化发育生物学和比较基因组学提供了高质量参考资源 | 未具体说明局限性，但可能包括样品来源单一（实验室品系）或基因组注释的潜在不完整性 | 为模式环节动物Capitella teleta创建现代化基因组资源，提升其作为进化发育生物学和生态毒理学模型的实用性 | 环节动物Capitella teleta（多毛纲）的实验室品系 | 基因组学 | NA | 长读长测序、短读长测序、Hi-C染色质构象捕获、RNA-seq、ATAC-seq、EM-seq | NA | 基因组序列、RNA-seq数据、ATAC-seq数据、EM-seq数据 | C. teleta实验室品系的一个样本 | NA | 长读长测序、短读长测序、Hi-C、RNA-seq、ATAC-seq、EM-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-05-06 |
Neuro-epithelial circuits promote sensory convergence and intestinal immunity
2026-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09921-z
PMID:41501470
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研究论文 | 本文揭示了TRPV1伤害感受器与化学感受性上皮簇细胞协同作用，驱动2型免疫反应和组织适应的神经-上皮回路 | 首次证明TRPV1伤害感受器通过CGRP信号与上皮簇细胞耦合，形成感觉整合回路，为2型免疫启动提供上游调控机制 | 未明确TRPV1神经元感知的具体环境刺激因子类型 | 阐明感觉神经元、上皮细胞和免疫细胞如何协调整合多样感觉输入以驱动2型炎症 | 肠道TRPV1伤害感受器、上皮簇细胞、簇细胞前体细胞及2型免疫细胞 | 数字病理学 | 寄生虫感染相关疾病 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、化学遗传学沉默/激活技术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（具体数量未提供） | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组及10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 112 | 2026-05-05 |
Cross-Species Multi-Omics Profiling Identifies Conserved Activated Valvular Interstitial Cell Population Driving Myxomatous Mitral Valve Degeneration
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.23.713796
PMID:41929066
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研究论文 | 通过跨物种多组学分析，识别出在粘液性二尖瓣退变中保守活化的瓣膜间质细胞群体 | 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学，跨物种（小鼠和人）构建二尖瓣退变细胞图谱，发现保守的活化瓣膜间质细胞状态及其空间分布 | 未明确说明研究局限性 | 解析瓣膜间质细胞的分子异质性及其在粘液性二尖瓣退变中的致病机制 | 小鼠模型（原纤维蛋白-1缺陷）及人类组织标本（散发性二尖瓣脱垂和马凡综合征相关二尖瓣脱垂） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录数据 | 小鼠和人类组织标本，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 113 | 2026-05-04 |
Cell confinement initiates a delayed but heritable loss of chromosomes
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117053
PMID:41811846
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研究论文 | 本研究通过染色体报告系统量化活细胞中在物理压缩后发生的染色体丢失现象，发现细胞压缩会触发延迟但可遗传的染色体丢失 | 首次使用染色体报告系统（ChReporters）在活细胞中定量测量物理压缩导致的染色体丢失，并揭示压缩后延迟出现的染色体错误分离机制 | 研究主要基于体外细胞实验，体内肿瘤微环境中更复杂的力学因素和多细胞相互作用未被充分模拟 | 探究细胞物理压缩如何引发可遗传的染色体丢失及其分子机制 | 活体哺乳动物细胞 | 计算机视觉 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 未明确说明样本数量，涉及多种细胞系和药物处理条件 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 114 | 2026-05-04 |
scComm: a contrastive learning framework for deciphering cell-cell communications at single-cell resolution
2026-Mar-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04043-9
PMID:41877186
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研究论文 | 提出scComm框架，利用监督对比学习在单细胞分辨率下推断细胞间通讯，并在结直肠癌和肝癌研究中揭示新见解 | 首次将监督对比学习应用于单细胞分辨率的细胞间通讯推断，克服传统聚类方法忽视细胞内异质性的局限，并在多种癌症分析中展示优越性能 | 未提及计算资源需求或对大规模数据集的扩展性，也未讨论模型对噪声数据的鲁棒性 | 开发能高分辨率解析细胞间通讯的计算方法，以发现传统方法遗漏的生物学见解 | 单细胞RNA测序数据模拟样本，以及结直肠癌和肝癌患者的真实scRNA-seq数据 | 机器学习 | 结直肠癌, 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 对比学习网络 | 单细胞基因表达数据（模拟和真实数据） | 模拟数据集（具体数量未说明），以及结直肠癌和肝癌患者的scRNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2026-05-04 |
High-Fidelity Long-term Whole-embryo Lineage and Fate Reconstruction by Iterative Tracking with Error Correction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.12.711203
PMID:41889864
|
研究论文 | 提出一种名为ITEC的全自动方法，通过迭代追踪与纠错，高保真度重建胚胎中每个细胞的完整谱系和命运图谱 | 开发了首个全自动无监督的胚胎细胞谱系重建方法ITEC，结合误差校正实现超过99.7%的准确性，并揭示了体节边界形成等关键形态发生过程的时空动态和细胞运动与空间转录组学的关联 | 未明确说明局限性，但基于摘要可能涉及计算资源需求或对极大型数据集的拓展性挑战 | 重建活体胚胎的完整细胞谱系和命运图谱，探索发育生物学中细胞尺度动态过程 | 斑马鱼、小鼠等跨物种胚胎中的细胞谱系 | 计算机视觉 | NA | 迭代追踪与误差校正 | ITEC | 图像 | 四组跨物种数据集（斑马鱼、小鼠等），其中一个斑马鱼胚胎包含1850万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2026-05-04 |
UniST: A Unified Computational Framework for 3D Spatial Transcriptomics Reconstruction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.12.711362
PMID:41889901
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研究论文 | 提出UniST统一生成式人工智能框架，用于从稀疏序列切片中计算重建致密连续的3D空间转录组学景观 | 将核点卷积与交叉注意力层结合用于点云上采样、基于光流的连续切片插值以及利用隐式神经表示的图自编码器进行基因表达插补，三种互补模块集成实现3D重建 | 仅依赖2D切片数据进行计算重建，无法完全替代实验获取的3D数据；稀疏切片和组织损失仍可能影响重建精度 | 解决3D空间转录组学数据稀疏、异质及组织缺失导致的分析挑战，实现连贯的3D组织结构重建 | 小鼠胚胎和人类癌症组织（包括肿瘤-免疫边界和三级淋巴结构） | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学（ST） | 核点卷积神经网络、图自编码器、隐式神经表示 | 空间转录组学切片图像及基因表达数据 | 多个空间转录组平台和多种组织样本人（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 117 | 2026-05-04 |
Single-cell and spatial profiling reveal cDC2A-CXCL13+CD8+ T-epithelial cell crosstalk and cytotoxicity through TNFRSF9 in cutaneous and mucosal lichen planus
2026-Mar-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70506-z
PMID:41832141
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学分析揭示皮肤和黏膜扁平苔藓中cDC2A-CXCL13+CD8+ T细胞与上皮细胞通过TNFRSF9的相互作用和细胞毒性机制 | 首次整合单细胞转录组、空间转录组和蛋白质组学数据，系统揭示了cDC2A细胞在驱动CXCL13+CD8+ T细胞介导的上皮细胞毒性中的关键作用，并发现TNFRSF9通路是潜在治疗靶点 | 样本量有限（28例患者和18例对照），且仅分析了皮肤和黏膜两种亚型，未覆盖其他变体；功能性验证实验未在文中提及 | 解析皮肤和黏膜扁平苔藓的免疫微环境，阐明T细胞与上皮细胞相互作用的分子机制 | 皮肤和黏膜扁平苔藓患者的组织样本 | 数字病理学 | 扁平苔藓 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 28例患者和18例健康对照的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2026-05-04 |
Predicting targeted- and immunotherapeutic response outcomes in melanoma with single-cell Raman spectroscopy and AI
2026-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654612
PMID:41889902
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研究论文 | 结合单细胞拉曼光谱与机器学习预测黑色素瘤靶向治疗和免疫治疗反应结局 | 首次将单细胞拉曼光谱与机器学习结合，用于非破坏性预测黑色素瘤治疗抵抗性 | 未提及具体限制 | 开发一种非破坏性、单细胞水平的方法，用于快速细胞分型并预测治疗反应 | 小鼠和人类黑色素瘤细胞系及九例黑色素瘤患者衍生样本 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 拉曼光谱、单细胞拉曼光谱 | 随机森林 | 拉曼光谱数据 | 九例黑色素瘤患者样本及多种细胞系 | NA | 单细胞拉曼光谱 | NA | NA |
| 119 | 2026-05-04 |
IRF7 orchestrates maladaptive smooth muscle cell phenotype switching in atherosclerosis
2026-Mar, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbaf039
PMID:41625231
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研究论文 | 通过分析谱系追踪小鼠的单细胞RNA测序数据，发现IRF7是驱动动脉粥样硬化中平滑肌细胞向促炎性巨噬细胞样细胞转分化的关键转录因子，并验证了其在体内对斑块进展和稳定性的调控作用 | 首次揭示IRF7作为主转录调控因子，协调平滑肌细胞通过'干细胞-内皮-单核细胞'中间状态向促炎性巨噬细胞样亚群转化的恶性表型转换机制 | 未提及具体限制 | 阐明驱动动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞向致病状态（如巨噬细胞样细胞）转化的分子机制 | 平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的表型转换及IRF7的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 谱系追踪小鼠和人类动脉粥样硬化斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2026-05-04 |
stGrads: decoding spatial gene expression gradients through proximity-driven analysis in complex tissues
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag201
PMID:42061906
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研究论文 | 提出stGrads计算框架，通过邻近驱动分析解码复杂组织中的空间基因表达梯度 | 首次将空间邻近建模与基于衰减的信号传播相结合，在基因表达和细胞组成水平上表征特定细胞类型诱导的空间梯度 | 未明确说明局限性 | 开发一种通用且高效的计算工具，用于表征复杂组织环境中的空间相互作用和功能响应 | 多种空间转录组数据集中的组织样本 | 计算机视觉、机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多个空间转录组数据集（具体数量未说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |