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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-03-28 |
Deconvolving cell-type-specific gene expression profiles from bulk RNA-seq samples
2026-Mar-26, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014101
PMID:41886524
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研究论文 | 本文开发了一种基于U-Net的深度学习算法BLUE,用于从批量RNA-seq样本中解卷积细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 | 利用U-Net强大的特征提取和表示学习能力,首次实现了对细胞类型特异性基因表达谱的准确预测,性能显著优于现有解卷积算法 | 算法依赖于单细胞RNA-seq数据作为参考,可能受限于参考数据的质量和覆盖范围 | 整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq的优势,利用现有批量RNA-seq数据集进行细胞类型特异性分析 | 批量RNA-seq样本中的细胞类型组成和基因表达 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | U-Net | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-03-28 |
Spatial transcriptomics in the human adult ovary: insights into key signalling pathways during follicular atresia
2026-Mar-26, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deag051
PMID:41886635
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,探究了人类成年卵巢中卵泡闭锁过程中的关键信号通路(WNT、TGFβ/BMP、NOTCH、HH)的变化 | 首次在人类成年卵巢中应用空间转录组学技术,系统性地研究了卵泡闭锁过程中关键信号通路的时空表达变化 | 研究使用的卵巢组织来自跨性别男性捐赠者,无法排除睾酮治疗对卵泡动态的影响 | 探究人类成年卵巢卵泡闭锁过程中关键信号通路(WNT、TGFβ/BMP、NOTCH、HH)的参与情况 | 人类成年卵巢组织中的健康及处于不同闭锁阶段的小窦状卵泡(直径0.5-4 mm) | 空间转录组学 | 卵巢相关疾病/生殖衰老 | 空间转录组学,单分子荧光原位杂交,苏木精-伊红染色 | NA | 空间转录组数据,组织切片图像 | 6名捐赠者的卵巢组织,共16个区域,包含21个小窦状卵泡 | Resolve BioSciences | 空间转录组学 | Molecular Cartography平台 | Resolve BioSciences Molecular Cartography平台,基于冷冻切片的单分子荧光原位杂交多重检测 |
| 103 | 2026-03-28 |
Enhancing Proteasome Activity in T Cells Alleviates Exhaustion and Improves Antitumor Immunity
2026-Mar-26, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1246
PMID:41886620
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研究论文 | 本研究通过增强T细胞中的蛋白酶体活性,延缓了T细胞耗竭,改善了其功能,并转化为更强的抗肿瘤免疫和肿瘤控制 | 首次提出并验证了蛋白酶体活性是T细胞耗竭的关键调节因素,并证明通过药理学和遗传学方法增强蛋白酶体活性可以改善T细胞功能和抗肿瘤免疫 | 研究主要在体外模型和单细胞转录组学分析中进行,体内验证和临床转化效果需要进一步研究 | 探究T细胞耗竭的机制并寻找改善抗肿瘤免疫的新策略 | 耗竭T细胞 (TEX) 和非耗竭T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 涵盖16种肿瘤类型的单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-03-28 |
Defective HNF1A hinders GLI3 processing favoring duodenal versus pancreatic fate, thus leading to intestinal elongation in vivo
2026-Mar-26, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.353153.125
PMID:41887801
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研究论文 | 本文通过整合转录组学、显微镜技术、生理学和遗传细胞追踪方法,揭示了HNF1A与Hedgehog信号通路之间的自调控环路在调控后前肠细胞命运决定中的关键作用 | 发现HNF1A缺陷通过干扰GLI3加工,导致前肠细胞命运向十二指肠而非胰腺方向偏移,并鉴定出相关选择基因网络的失调 | 未明确提及研究的具体局限性,如样本量或模型系统的潜在偏差 | 探究后前肠中Hedgehog信号调控细胞谱系分离的分子机制 | 人诱导多能干细胞分化模型和小鼠转基因模型 | 发育生物学 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 显微镜技术, 生理学实验, 遗传细胞追踪 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-03-28 |
High-fidelity bidirectional translation between single-cell transcriptomes and DNA methylomes with scBOND
2026-Mar-26, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281350.125
PMID:41887797
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scBOND的双向跨模态翻译框架,用于在单细胞转录组和DNA甲基化组之间进行高保真转换 | scBOND通过混合专家模块捕获上下文依赖的调控模式,并利用自注意力机制和特征重校准模块增强生物信号保真度,解决了现有方法的单向性、上下文建模不足、评估忽视生物相关性及配对数据稀缺时性能差的问题 | NA | 开发一种计算框架,以克服单细胞多组学测序技术因技术挑战和高成本带来的应用限制,实现单细胞RNA测序与DNA甲基化数据之间的双向高精度转换 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞DNA甲基化(scDNAm)数据 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 混合专家模型、自注意力机制 | 单细胞转录组数据、DNA甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞DNA甲基化 | NA | NA |
| 106 | 2026-03-28 |
Integrated single-cell transcriptomic atlas of human gastric and colorectal tissues across diverse phenotypes
2026-Mar-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-07108-3
PMID:41888163
|
研究论文 | 本研究构建了一个全面的人类胃和结直肠组织单细胞转录组图谱,涵盖多种表型 | 提供了迄今为止最大规模的人类胃和结直肠组织单细胞转录组数据集,整合了超过100万个细胞和多种细胞类型,并进行了严格的数据验证和标准化注释 | 研究未提及具体的实验验证或功能机制探索,主要侧重于数据集的构建和描述 | 探索胃肠道癌症(特别是胃癌和结直肠癌)的肿瘤微环境复杂细胞景观,以促进单细胞分辨率下的元分析 | 人类胃组织和结直肠组织样本,涵盖多种表型 | 数字病理学 | 胃癌, 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 229个胃组织样本(574,532个细胞)和220个结直肠组织样本(479,629个细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2026-03-28 |
Microbiota-Driven microglia reprogramming reverses depressive-like behaviors through Peripheral-to-Central immune crosstalk
2026-Mar-26, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-026-03545-z
PMID:41888425
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研究论文 | 本研究通过肠道微生物干预逆转慢性不可预测轻度应激诱导的抑郁样行为,揭示了微生物群驱动的微胶质细胞重编程通过外周-中枢免疫轴调控抑郁表型 | 首次构建了中枢与外周免疫细胞单细胞图谱,发现稳态微胶质细胞2亚型通过激活轨迹调控微胶质状态,并鉴定Klf2作为单核细胞和HM2微胶质亚型的主调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化需进一步验证;微生物干预的具体机制尚未完全阐明 | 探究肠道微生物干预如何通过免疫轴调控改善抑郁样行为 | 小鼠脑组织、颅骨和外周血单核细胞中的微胶质细胞及非微胶质免疫细胞 | 神经免疫学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序、染色质开放性测序、CD45免疫细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据 | 未明确样本数量,使用慢性不可预测轻度应激小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2026-03-28 |
CEP170 as a novel molecular link between centrosomal function and cerebral cortical development
2026-Mar-26, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-026-01236-z
PMID:41888776
|
研究论文 | 本研究揭示了CEP170作为中心体功能与大脑皮层发育之间的关键分子连接,通过调控神经祖细胞增殖和神经元迁移影响皮层结构 | 首次将CEP170蛋白确定为连接中心体功能与大脑皮层发育的关键分子,并阐明其通过中心体-微管相互作用调控神经发育的机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类大脑发育中的CEP170功能验证仍需进一步研究 | 探究CEP170在皮层发育中的作用及其与中心体功能的分子联系 | 小鼠胚胎皮层、人类发育中皮层、CEP170敲除细胞 | 神经发育生物学 | 神经发育障碍 | Western blotting, qPCR, scRNA-seq, spatial transcriptomics, in utero electroporation, CRISPR/Cas9, flow cytometry, microtubule regrowth assays, immunofluorescence microscopy, co-immunoprecipitation | NA | 蛋白质表达数据、转录组数据、空间转录组数据、细胞成像数据 | 未明确样本数量,包括小鼠胚胎皮层组织和人类皮层scRNA-seq数据 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 109 | 2026-03-28 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveals senescence-associated changes in MIA-induced ASD male mouse brain
2026-Mar-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117191
PMID:41886454
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组和单核RNA测序分析,揭示了母体免疫激活诱导的自闭症谱系障碍小鼠大脑中衰老相关的变化机制 | 首次结合空间转录组和单核RNA测序技术,系统性地识别了MIA诱导的ASD大脑中衰老相关基因通路和细胞类型特异性调控机制 | 研究仅基于雄性小鼠模型,未涵盖雌性个体;机制验证主要在动物模型中进行,人类临床转化需进一步探索 | 探索母体免疫激活诱导的自闭症谱系障碍的神经生物学特征和调控机制 | MIA诱导的ASD雄性小鼠大脑组织 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 空间转录组测序, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2026-03-28 |
CAR-M2 immunotherapy resolves renal fibrosis via revascularization and apoptosis of profibrotic Cxcr2+ endothelial cells
2026-Mar-25, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102698
PMID:41887221
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研究论文 | 本文探讨了CAR-M2免疫疗法通过靶向FAP并分泌IL-4,在肾纤维化中促进血管再生并诱导Cxcr2+内皮细胞凋亡,从而缓解肾纤维化的机制 | 创新点包括开发了CAR-M2免疫疗法,首次揭示了Cxcr2+内皮细胞亚群在肾纤维化中的作用,并阐明了CAR-M2通过MMP2激活Rxra通路诱导线粒体自噬和凋亡的新机制 | NA | 研究目标是开发针对肾纤维化微环境的免疫治疗策略,以缓解慢性肾病导致的肾纤维化 | 研究对象包括肾纤维化微环境中的基质细胞、内皮细胞(特别是Cxcr2+亚群)以及CAR-M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-03-28 |
Balancing off-target and on-target considerations for optimized CRISPR-Cas9 knockout library design
2026-Mar-25, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101190
PMID:41887225
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研究论文 | 本文提出了一种优化CRISPR-Cas9敲除文库设计的策略,通过平衡脱靶和靶向考虑来创建紧凑且高效的文库 | 开发了一种同时权衡和平衡脱靶活性与靶向效能的框架,避免了不必要地排除活性向导RNA,从而最大化靶向活性 | NA | 优化CRISPR-Cas9敲除文库设计,以支持高维功能筛选 | 人类和小鼠基因组 | 基因编辑 | NA | CRISPR-Cas9敲除筛选 | NA | 基因组注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 高内涵成像 | NA | NA |
| 112 | 2026-03-28 |
p53: defender of lineage fidelity and foe of plasticity in cancer and regeneration
2026-Mar-25, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2026.02.004
PMID:41887985
|
综述 | 本文综述了p53在肿瘤抑制和组织修复中,通过调控细胞状态变化来维持谱系保真度和抑制可塑性的新功能 | 揭示了p53在可塑的过渡细胞状态中,通过驱动肺泡1型细胞分化来抑制肺癌和促进肺损伤修复,并扩展了其在其他组织损伤修复中的作用 | p53肿瘤抑制功能的分子程序仍未完全阐明,且研究主要基于基因工程小鼠模型和单细胞RNA测序 | 探讨p53在肿瘤抑制和组织修复中的分子机制与功能 | p53蛋白、肺腺癌、肺损伤修复、损伤诱导的肠道再生干细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-03-28 |
A single-cell transcriptional reference for the functional and developmental diversity of neonatal innate lymphoid cells
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117000
PMID:41706587
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合发育和功能分析,深入解析了脐带血中循环先天淋巴细胞的复杂性和多样性 | 首次在免疫学上未成熟的脐带血中,通过单细胞转录组学详细描绘了循环先天淋巴细胞的亚群多样性,并利用人工胸腺器官模型揭示了cILC1s的发育潜力仅限于NK细胞 | 研究主要基于脐带血样本,可能无法完全代表成人或其他组织中的先天淋巴细胞状态 | 旨在建立新生儿先天淋巴细胞的功能和发育多样性的单细胞转录参考图谱 | 脐带血中的循环先天淋巴细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但基于脐带血 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2026-03-28 |
Intracellular bacteria modulate the immune microenvironment of oral squamous cell carcinoma
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117019
PMID:41722049
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研究论文 | 本研究利用INVADEseq技术探究口腔鳞状细胞癌中细胞内细菌如何调控肿瘤免疫微环境及其对免疫检查点阻断治疗的影响 | 首次采用INVADEseq技术同时捕获宿主单细胞RNA测序数据和细菌特征,揭示了细胞内细菌通过抑制PDCD1表达、增强感染反应等方式调控免疫微环境的新机制 | 研究主要聚焦于口腔鳞状细胞癌,细胞内细菌与免疫细胞通讯减弱的机制仍需进一步验证 | 探究细胞内微生物如何影响口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的免疫功能及免疫治疗反应 | 口腔鳞状细胞癌患者样本 | 单细胞测序 | 口腔鳞状细胞癌 | 入侵-黏附定向表达测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、细菌特征数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-03-28 |
Cell confinement initiates a delayed but heritable loss of chromosomes
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117053
PMID:41811846
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研究论文 | 本文研究了细胞压缩如何通过延长有丝分裂期引发染色体丢失,并利用染色体报告基因和单细胞RNA测序技术量化了这一延迟但可遗传的染色体损失 | 首次发现适度压缩细胞可引发延迟的染色体丢失,并揭示了这一过程作为有丝分裂期延长的“记忆”机制,填补了机械生物学和癌症进化领域的知识空白 | 研究主要基于体外实验,未在体内肿瘤微环境中验证;染色体丢失的长期效应和具体分子机制仍需进一步探索 | 探究细胞压缩如何影响染色体稳定性及其在癌症进化中的作用 | 活细胞中的染色体动态变化 | 细胞生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-03-28 |
Single-cell transcriptional and epigenomic landscape of human blood immune cells across the lifespan
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117072
PMID:41818242
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,绘制了从胎儿中期到成年晚期人类外周血单个核细胞的转录组和表观基因组图谱,揭示了免疫细胞组成随年龄的动态变化 | 首次在单细胞水平上全面描绘了人类整个生命周期中外周血免疫细胞的转录和表观遗传景观,并识别了多个年龄相关的免疫细胞亚群和特征 | 研究仅基于健康供体的外周血单个核细胞,未涉及组织特异性免疫细胞或疾病状态,样本量可能有限 | 探究人类生命周期中免疫细胞组成的动态变化及其与年龄相关的特征 | 健康供体的外周血单个核细胞,涵盖从胎儿中期到成年晚期的不同年龄阶段 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 来自健康供体的外周血单个核细胞样本,覆盖多个年龄阶段 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 117 | 2026-03-28 |
Spatiotemporal molecular profiling of macrophage-fibroblast crosstalk defines checkpoints orchestrating onset and resolution of inflammation
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117091
PMID:41832953
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术解析了炎症性关节炎中巨噬细胞与成纤维细胞在炎症起始和消退阶段的时空分子互作网络 | 首次结合单细胞RNA测序与单细胞ATAC测序技术,系统描绘了滑膜巨噬细胞与成纤维细胞亚群在炎症不同阶段的异质性信号回路,揭示了巨噬细胞亚群在促炎与消退过程中的双重功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分;未深入探究其他免疫细胞类型在炎症回路中的作用 | 阐明炎症性疾病中巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的分子机制与时空动态 | 炎症性关节炎模型中的滑膜巨噬细胞与滑膜成纤维细胞亚群 | 单细胞组学 | 炎症性关节炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 生物信息学建模 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 未明确(基于炎症不同阶段的滑膜组织样本) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 118 | 2026-03-28 |
Heterogeneity and prognostic significance of mast cell subsets in the tumor microenvironment of prostate cancer
2026-Mar-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04363-6
PMID:41874654
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示了前列腺癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中鉴定出两个功能相反的肥大细胞亚群,并发现其特异性标记基因与患者生存预后显著相关 | 研究样本量相对有限(39个肿瘤样本),且主要依赖生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探究前列腺癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义 | 前列腺癌肿瘤微环境中的肥大细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,生物信息学分析 | 非负矩阵分解 | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据 | 39个前列腺癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2026-03-28 |
Correction: Single-cell RNA-seq integrated with multi-omics reveals SERPINE2 as a target for metastasis in advanced renal cell carcinoma
2026-Mar-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08472-z
PMID:41876448
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 120 | 2026-03-28 |
Vascular invasion-associated gene expression is detectable in pre-surgical biopsies of stage I lung adenocarcinoma
2026-Mar-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70600-2
PMID:41876493
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和空间转录组学分析,发现I期肺腺癌中的血管侵袭相关基因表达模式可在术前活检中检测到,为术前风险分层提供了潜在生物标志物 | 首次证明血管侵袭相关的基因表达变化可跨越肿瘤整体,并在有限的活检材料中检测到,克服了传统病理学在术前预测血管侵袭的局限性 | 研究样本量相对有限(162个切除肿瘤),且需要在更大规模的独立队列中进一步验证预测模型的临床适用性 | 开发能够术前预测I期肺腺癌血管侵袭的生物标志物,以改善手术决策和复发风险评估 | I期肺腺癌患者的手术切除肿瘤样本和术前活检样本 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序, 空间转录组学 | 基因特征预测模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 162个切除肿瘤样本,包含多区域采样数据和术前活检队列 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |