单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1052 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2026-03-28 |
Correction: Single-cell RNA-seq integrated with multi-omics reveals SERPINE2 as a target for metastasis in advanced renal cell carcinoma
2026-Mar-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08472-z
PMID:41876448
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 622 | 2026-04-07 |
SR2P: an efficient stacking method to predict protein abundance from gene expression in spatial transcriptomics data
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.04.709692
PMID:41846960
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SR2P的堆叠机器学习框架，用于从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度 | SR2P通过集成11种互补的预测模型，在多个空间多组学基准测试中持续优于现有方法，首次实现了从仅含RNA的空间数据中推断蛋白质丰度 | 技术仍受限于仅基于RNA表达进行预测，可能无法完全捕捉蛋白质-RNA丰度不一致性，且依赖于现有空间多组学数据进行训练 | 开发一种高效方法，从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度，以增强对肿瘤微环境中免疫细胞状态的分析能力 | 空间转录组学数据，特别是头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境 | 机器学习 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学，空间多组学分析 | 堆叠机器学习框架，集成11种预测模型 | 基因表达数据，蛋白质丰度数据 | NA | NA | 空间转录组学，空间多组学 | NA | NA |
| 623 | 2026-04-07 |
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Mar-02, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag023
PMID:41879291
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研究论文 | 本研究探讨卵巢激素缺乏如何通过转录组和代谢改变加剧木烟暴露引起的免疫功能障碍 | 首次在单细胞水平揭示卵巢激素缺乏与木烟暴露协同作用导致骨髓免疫细胞转录程序和代谢重编程的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；单细胞分析仅聚焦卵巢切除背景 | 识别木烟暴露免疫毒性的易感因素，特别是卵巢激素缺乏的作用 | 卵巢切除小鼠的骨髓免疫细胞和骨髓来源巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 卵巢切除和假手术小鼠的骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 624 | 2026-04-07 |
Unraveling the carcinogenic mechanisms of benzo[a]pyrene in prostate cancer: a multi-omics approach
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04842-0
PMID:41288678
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞转录组学、分子对接、孟德尔随机化等多种方法，揭示了苯并[a]芘在前列腺癌中的致癌机制 | 首次采用多组学方法系统研究苯并[a]芘在前列腺癌中的具体作用机制，并识别出TP53等关键基因的诊断和因果相关性 | 研究主要基于生物信息学分析和已有数据，缺乏实验验证，且样本来源和具体技术细节未明确说明 | 阐明苯并[a]芘在前列腺癌中的致病机制 | 苯并[a]芘靶点基因与前列腺癌相关基因 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 网络毒理学、单细胞转录组学、差异基因表达分析、分子对接、孟德尔随机化、文献计量学 | NA | 基因表达数据、文献数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 625 | 2026-04-07 |
Unraveling the ferroptosis landscape in intervertebral disc degeneration through integrated bioinformatics and single-cell sequencing
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04826-0
PMID:41288682
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和单细胞RNA测序分析，系统揭示了铁死亡在椎间盘退变中的关键基因网络和细胞分布，并探索了白藜芦醇作为潜在治疗药物的可能性 | 首次在椎间盘退变中整合转录组和单细胞RNA测序数据，系统识别了铁死亡相关的核心枢纽基因网络，并揭示了这些基因在12种主要细胞亚群中的异质性表达模式，同时通过药物预测和体外实验验证了白藜芦醇的治疗潜力 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证；单细胞测序样本量未明确说明；药物作用机制仍需进一步深入探究 | 阐明铁死亡在椎间盘退变发病机制中的作用，并探索潜在的治疗干预策略 | 椎间盘退变患者样本、髓核细胞 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析、分子对接、CCK-8检测、RT-qPCR | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 626 | 2026-04-05 |
MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative Low-Rank Representation With Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3432740
PMID:39046863
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研究论文 | 本文提出了一种名为MLRR-ATV的新型单细胞RNA测序数据聚类方法，通过自适应全变分正则化和流形学习来减少噪声影响并保留数据结构 | 将自适应全变分正则化引入低秩表示模型，通过梯度学习减少噪声，并同时学习线性和非线性流形结构 | 模型是非凸的，需要采用交替方向乘子法进行优化，可能影响计算效率 | 开发一种鲁棒的单细胞RNA测序数据聚类方法，以改善基因表达数据的分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩表示模型 | 基因表达数据 | 八个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 627 | 2026-04-05 |
Deep Imputation Bi-Stochastic Graph Regularized Matrix Factorization for Clustering Single-Cell RNA-Sequencing Data
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3387911
PMID:38607719
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研究论文 | 提出一种基于深度矩阵分解和双随机图正则化的单细胞RNA测序数据聚类新方法 | 结合特征选择、缺失值填补、降维处理和双随机图正则化的深度矩阵分解框架 | 未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率及对特定细胞类型的适用性 | 开发单细胞RNA测序数据的聚类算法以揭示细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度矩阵分解 | 基因表达矩阵 | 九个数据集（未指定具体样本量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 628 | 2026-04-04 |
Complement 5a receptor 2 attenuates diabetic kidney disease by promoting mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane formation mediated by PSS-MFN2 interaction
2026-Mar-31, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-026-00873-w
PMID:41916963
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研究论文 | 本研究揭示了补体5a受体2（C5aR2）通过促进PSS-MFN2相互作用介导的线粒体相关内质网膜形成，从而改善糖尿病肾病（DKD）的新机制 | 首次阐明了C5aR2在DKD中的非经典代谢调控作用，发现其通过c-FOS/PSS/MFN2信号轴促进MAM形成和磷脂酰丝氨酸生物合成，并证实C5aR2特异性激动剂P59的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和体外机制探索，在人体中的治疗效应和长期安全性仍需进一步临床验证 | 探究C5aR2在糖尿病肾病代谢调控中的非经典功能及其分子机制 | 糖尿病肾病患者组织样本、糖尿病模型小鼠（包括C5aR2缺陷型）、db/db小鼠、近端肾小管细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 糖尿病肾病患者组织样本及多种基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 629 | 2026-04-04 |
Biology and preclinical models of colorectal cancer metastasis
2026-Mar-26, Intestinal research
IF:3.4Q2
DOI:10.5217/ir.2025.00315
PMID:41882926
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综述 | 本文总结了结直肠癌转移的生物学机制及当前用于研究转移性结直肠癌的临床前模型，并讨论了新兴技术如何整合以改进模型系统 | 系统性地比较了现有实验模型在模拟转移级联关键步骤和器官特异性微环境方面的优缺点，并提出了整合单细胞、空间转录组学和纵向追踪技术的新框架 | 现有模型在模拟免疫和基质影响方面存在概念性差距，且纵向采样和转移负荷的定量读出存在实际障碍 | 理解转移性结直肠癌的生物学机制并改进其临床前研究模型 | 转移性结直肠癌的生物学过程及其实验模型系统 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 630 | 2026-04-04 |
Developmental determinants of male bias in medulloblastoma
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.25.714163
PMID:41929097
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研究论文 | 本研究探讨了髓母细胞瘤中男性发病率偏高的发育决定因素 | 通过整合多组学数据、构建性别匹配的小鼠小脑单细胞转录组图谱，并结合基因工程小鼠模型和人小脑类器官，揭示了男性偏倚的遗传和神经发育机制，特别是雄性激素睾酮的主导作用 | 研究主要基于小鼠模型和类器官，其结论在人体中的普适性仍需进一步验证；对性染色体失活丢失的具体机制及其功能影响探讨有限 | 探究髓母细胞瘤（一种儿童小脑肿瘤）中男性发病率显著高于女性的生物学原因 | 儿童髓母细胞瘤患者样本、发育中小鼠的小脑细胞、基因工程小鼠模型、人小脑类器官 | 癌症生物学/发育神经生物学 | 髓母细胞瘤（儿童脑肿瘤） | 多组学分析（基因组学、转录组学、表观基因组学）、单细胞转录组测序、染色质可及性分析、基因工程小鼠模型、类器官培养 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据、单细胞RNA-seq数据 | 大型多组学数据集（来自儿童髓母细胞瘤患者），具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 631 | 2026-04-04 |
Heterogeneity and prognostic significance of mast cell subsets in the tumor microenvironment of prostate cancer
2026-Mar-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04363-6
PMID:41874654
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了前列腺癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关联 | 首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序将肥大细胞分为两个功能相反的亚群，并鉴定出亚群特异性标记基因作为预后因子 | 研究样本量相对较小（39个肿瘤样本），且主要依赖生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探究前列腺癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其对预后的影响 | 前列腺癌肿瘤微环境中的肥大细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 生物信息学分析 | 非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 39个前列腺癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 632 | 2026-04-04 |
Combined single-cell transcriptome and immune repertoire analysis reveals hepatic and renal immune injury by heat stroke
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189825
PMID:41869724
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、T细胞受体测序和流式细胞术分析，揭示了热射病（特别是劳力性热射病）中肝脏和肾脏免疫损伤的机制 | 首次结合单细胞转录组和免疫受体分析，识别了热射病中富集的颗粒酶阳性T细胞、CD56dim NK细胞和IL-1B+NLRP3+单核细胞，并揭示了它们通过NLRP3炎症小体通路诱导肝、肾细胞焦亡的相互作用机制 | 样本量较小（仅27名参与者），且仅分析了外周血单个核细胞，未直接研究肝脏和肾脏组织 | 探索热射病（特别是劳力性热射病）的免疫病理学机制 | 热射病患者、热衰竭患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 热射病 | 单细胞转录组学、T细胞受体测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA-seq数据、免疫受体序列数据、流式细胞数据 | 27名参与者（9名健康对照、9名热衰竭患者、9名劳力性热射病患者） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 633 | 2026-04-04 |
Hypothyroidism impairs skeletal muscle regeneration after injury by altering myogenic and nonmyogenic pathways
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197761
PMID:41869726
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞周期报告小鼠模型，揭示了甲状腺功能减退通过改变肌源性及非肌源性通路损害骨骼肌损伤后再生过程 | 首次结合单细胞转录组测序与FUCCI细胞周期报告系统，系统阐明甲状腺功能减退对肌源性细胞多样性、细胞周期进程及非肌源性微环境（FAPs与巨噬细胞）的双重调控机制 | 研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；未探讨甲状腺激素替代治疗的干预效果 | 探究甲状腺激素信号在骨骼肌损伤修复过程中的具体调控通路 | 小鼠胫骨前肌的骨骼肌干细胞、纤维脂肪祖细胞及巨噬细胞等 | 单细胞组学 | 甲状腺功能减退相关肌病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞周期荧光报告系统（FUCCI）、转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、细胞周期成像数据 | 小鼠胫骨前肌损伤模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 634 | 2026-04-04 |
Macrophages expressing macrophage receptor with collagen structure attenuate liver fibrosis through a tissue restoration phenotype
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193172
PMID:41869728
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了MARCO+巨噬细胞在肝脏纤维化中通过促进组织修复表型来减轻纤维化的作用机制 | 首次在肝脏纤维化模型中识别出MARCOhi巨噬细胞亚群，并证明其通过增强吞噬作用和抗炎基因表达，直接与肝星状细胞相互作用减少胶原沉积，为肝脏纤维化治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证；MARCO+巨噬细胞的具体分子调控机制仍需进一步探索 | 探究巨噬细胞在肝脏纤维化中的作用，特别是MARCO+巨噬细胞对纤维化进程的影响 | 小鼠肝脏纤维化模型中的巨噬细胞和肝星状细胞 | 单细胞组学 | 肝脏纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肝脏纤维化模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 635 | 2026-04-04 |
Targeting the MICA-mediated oxidative stress-immune axis: a novel therapeutic strategy for ankylosing spondylitis
2026-Mar-18, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/ngvjin
PMID:41930655
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，揭示了MICA蛋白作为强直性脊柱炎风险的关键调节因子，其作用部分通过特定T细胞亚群介导 | 首次通过整合基因组学、蛋白质组学和单细胞转录组学，系统阐明了氧化应激相关基因（尤其是MICA）通过免疫失调途径驱动强直性脊柱炎的因果机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据集，实验验证部分相对有限；介导分析的结果需要更大样本的独立队列进一步验证 | 阐明氧化应激与免疫失调在强直性脊柱炎发病中的分子联系，并寻找新的治疗靶点 | 强直性脊柱炎患者相关的基因表达数据、蛋白质数据和免疫细胞表型 | 生物信息学与计算生物学 | 强直性脊柱炎 | mRNA微阵列、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、Western blotting | 逻辑回归模型、孟德尔随机化模型 | 基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞转录组数据 | 731个免疫表型的遗传信息，以及未明确数量的临床样本和单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, mRNA微阵列 | NA | NA |
| 636 | 2026-04-04 |
Confidence-Based Batch Ordering in Continual Learning: A Curriculum Learning Approach for Single-Cell RNA Sequencing Data
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3654772
PMID:41543966
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研究论文 | 本研究提出了一种基于置信度的批量排序策略，用于单细胞RNA测序数据的持续学习，通过按置信度升序排列训练批次来提升分类性能 | 引入置信度估计来优先处理训练样本，首次在持续学习中系统研究批量排序对学习效率和模型性能的影响 | 未探讨自适应置信度指标在动态数据集中的应用，且策略在其他领域的扩展性有待验证 | 优化持续学习算法在数据密集型任务中的工作流程，提高模型在单细胞RNA测序数据上的分类性能和泛化能力 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 持续学习算法 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 637 | 2026-04-04 |
scDGCL: A Dual-Level and Graph-Constrained Contrastive Learning Method for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3655670
PMID:41557577
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDGCL的双层图约束对比学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 该方法通过同时考虑细胞和簇级别的相似性与差异性，并利用图的关系先验对齐表示，从而优化细胞表示并提升聚类性能 | NA | 提升单细胞RNA测序数据的聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | 12个真实数据集和8个模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 638 | 2026-04-04 |
From noise to models to numbers: Evaluating negative binomial models and parameter estimations in single-cell RNA-seq
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014014
PMID:41838800
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研究论文 | 本文通过计算高效的模型选择技术，评估了负二项分布模型在单细胞RNA测序数据中的适用性及其参数估计的准确性 | 揭示了负二项分布近似模拟数据的条件范围，并指出其在多种参数机制下适用，无需仅指示转录爆发 | 在稳态条件下，基因特异性参数估计即使经过技术噪声校正，仍可能显示较大的相对误差 | 评估负二项模型在单细胞RNA测序数据中的拟合效果及参数估计的可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的转录计数分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项分布、Beta-Poisson（Telegraph）、Poisson模型 | 模拟数据和scRNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 639 | 2026-04-04 |
Bayesian Hyperspherical Graph Mixture-of-Experts Deciphers Cell-Cell Interaction in Spatial Transcriptomics
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3660060
PMID:41628049
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研究论文 | 本文提出了一种名为B-HGME的无监督贝叶斯框架，用于从空间转录组数据中联合推断空间域和细胞-细胞相互作用网络 | 提出了首个结合超球面嵌入和贝叶斯混合专家模型的框架，用于无监督地推断具有方向性和长程性的细胞-细胞相互作用，并提供了原则性的不确定性量化 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 开发一种计算框架，以无监督和可解释的方式从空间转录组数据中准确推断细胞-细胞相互作用和空间域 | 空间转录组数据中的细胞及其相互作用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯超球面图混合专家模型 | 空间转录组数据 | 来自六个主要空间转录组平台的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 640 | 2026-04-02 |
Sparser2Sparse: Single-shot Sparser-to-Sparse Learning for Spatial Transcriptomics Imputation with Natural Image Co-learning
2026-Mar-31, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2026.3679252
PMID:41915529
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研究论文 | 提出了一种名为S2S-ST的新型单次稀疏到稀疏学习框架，用于空间转录组学数据插补，并利用自然图像进行协同训练 | 1) 提出稀疏到稀疏的自监督学习策略，利用ST数据内在空间模式从更稀疏子集预测部分观测稀疏区域；2) 引入与自然图像的跨域协同学习以增强特征表示；3) 设计级联数据一致性插补网络(CDCIN)，在迭代优化预测的同时保持采样基因数据的保真度 | NA | 解决高分辨率空间转录组学数据成本高、稀缺性的挑战，实现从稀疏输入进行准确数据插补 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 级联数据一致性插补网络(CDCIN) | 空间转录组学数据，自然图像 | 多种组织类型（包括乳腺癌、肝脏和淋巴组织） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |