单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1050 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 541 | 2026-03-28 |
Protocol to evaluate mouse brain spatial cell type-resolved transcriptomic discoveries using 10× Visium spatial transcriptomics and FLEX scRNA-seq
2026-Mar-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104277
PMID:41456279
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研究论文 | 本文介绍了一种结合10× Genomics Visium空间转录组学和FLEX单细胞RNA测序技术，用于研究小鼠脑组织中空间区域基因表达和细胞间信号变化的实验方案 | 整合了空间转录组学和单细胞RNA测序技术，提供了一种系统性的实验方案来解析小鼠脑组织在疾病状态下的空间分子特征 | NA | 研究疾病组织中空间区域基因表达和细胞间信号的变化机制 | 小鼠脑组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium, 10x FLEX | 10× Genomics Visium空间转录组学和10× Genomics FLEX单细胞RNA测序 |
| 542 | 2026-03-28 |
Protocol for dual spatial transcriptomic profiling of infected tissues
2026-Mar-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104282
PMID:41538322
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研究论文 | 本文介绍了一种用于感染组织的双重空间转录组学分析协议，旨在分析宿主和病原体的转录模式 | 开发了一种双重空间转录组学分析协议，能够同时分析宿主和病原体的转录模式，并建立病理适应特征以预测感染结果 | 协议的具体应用效果和局限性未在摘要中详细说明，需参考原始文献 | 建立感染组织中宿主和病原体转录模式的分析方法 | 感染组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 543 | 2026-03-28 |
Protocol for the generation of a human-derived nasal epithelial model and induction of tissue-resident memory-like T cells in a co-culture system
2026-Mar-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104401
PMID:41758640
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研究论文 | 本文介绍了一种生成人源性鼻上皮模型并在共培养系统中诱导组织驻留记忆样T细胞的实验方案 | 开发了一种体外模型系统，用于研究人源性组织驻留记忆T细胞（TRMs），通过共培养诱导TRM样T细胞 | NA | 研究人源性组织驻留记忆T细胞（TRMs）的诱导和分析方法 | 人源性鼻上皮模型和自体免疫细胞 | NA | NA | 流式细胞术、单细胞RNA测序、细胞因子释放分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 544 | 2026-03-28 |
Transcriptional landscape of CD4+ T cells in Systemic Sclerosis
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.03.697349
PMID:41889800
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术深入表征了系统性硬化症患者中CD4+ T细胞的亚群，揭示了疾病相关的转录组特征和细胞状态变化 | 采用新颖的单细胞RNA测序方法，首次全面描绘了系统性硬化症中CD4+ T细胞的转录景观，并结合TCR库分析，提供了前所未有的疾病细胞和分子机制见解 | 样本量相对较小（8名患者和8名健康对照），可能限制结果的普适性；研究主要关注CD4+ T细胞，未涵盖其他免疫细胞类型 | 探究系统性硬化症中CD4+ T细胞的转录组特征和亚群变化，以揭示疾病的细胞和分子基础 | 系统性硬化症患者和健康对照者的CD4+ T细胞 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 超过80,000个CD4+ T细胞，来自8名系统性硬化症患者和8名健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 545 | 2026-03-28 |
Patches: A Representation Learning Framework for Decoding Shared and Condition-Specific Transcriptional Programs in Wound Healing
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.23.630186
PMID:41889850
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研究论文 | 本文提出了一个名为Patches的表示学习框架，用于解码伤口愈合过程中共享和条件特异性的转录程序 | 开发了条件子空间学习方法，能够同时解析共享和条件特异性转录模式，特别适用于具有缺失数据、不匹配细胞群或复杂属性组合的实验设计 | 未明确说明框架的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 解码伤口愈合过程中共享和条件特异性的转录程序 | 皮肤损伤模型中的单细胞转录组数据 | 计算生物学 | 伤口愈合 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 条件子空间学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 546 | 2026-03-28 |
Single-cell-based identification of drug synergy with immunotherapy via tumor microenvironment remodeling
2026-Mar-18, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014132
PMID:41850739
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和L1000平台筛选，建立了一个评估肿瘤微环境重塑的框架，并识别出增强免疫疗法疗效的药物组合 | 开发了一个基于单细胞RNA测序的免疫调节药物资源库和MP评分算法，首次系统性地量化肿瘤微环境对治疗干预的响应，并发现痛风药物别嘌醇能显著增强抗PD-1疗法的效果 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证；样本量相对有限，可能影响结果的普适性 | 识别在复杂肿瘤微环境中有效的治疗药物，特别是通过重塑肿瘤微环境来增强免疫疗法疗效的药物协同作用 | 肿瘤微环境中的细胞类型，包括髓源性抑制细胞等免疫细胞，以及739种免疫调节化合物 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，L1000平台筛选 | MP评分算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多种癌症的小鼠模型，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 547 | 2026-03-28 |
Cell-type-specific transposon demethylation and TAD remodeling in aging mouse brain
2026-Mar-11, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.02.015
PMID:41819104
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研究论文 | 本研究通过生成小鼠大脑衰老的单细胞表观基因组图谱，揭示了细胞类型特异的转座子去甲基化和染色质构象变化 | 整合了单细胞甲基组、染色质构象、转录组和染色质可及性数据，构建了跨模态细胞分类，并开发了基于深度学习模型预测衰老相关基因表达变化 | 使用2月龄小鼠作为基线，可能无法完全反映更早或更晚生命阶段的衰老过程 | 探究大脑衰老的表观遗传机制，特别是转座子甲基化和染色质构象变化 | 小鼠大脑多个区域的细胞 | 表观遗传学 | 神经退行性疾病 | 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 | 深度学习模型 | 甲基组数据、染色质构象数据、转录组数据、染色质可及性数据 | 132,551个单细胞甲基组和72,666个联合染色质构象-甲基组细胞核，以及895,296个细胞的空间转录组数据 | NA | 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 | NA | NA |
| 548 | 2026-03-28 |
Distinct spatial patterning and transcriptomic landscapes of human neural organoids by localized delivery of morphogens
2026-Mar-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.01.008
PMID:41734763
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研究论文 | 本研究开发了一种基于被动扩散的形态发生素梯度生成器（PdMG），用于在人类神经类器官中建立稳定的外源性空间形态发生素梯度，以模拟大脑发育中的位置模式 | 开发了无Matrigel的被动扩散形态发生素梯度生成器（PdMG），首次在人类神经类器官中可靠地建立了陡峭的外源性空间形态发生素梯度，并成功模拟了背腹侧前脑、头尾侧前中脑样和头尾侧前后脑样模式 | 未明确说明类器官的长期稳定性或梯度维持时间，可能受限于被动扩散机制的精确控制 | 研究人类大脑发育中局部形态发生素递送对神经类器官空间模式和转录组景观的影响 | 人类神经类器官 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 549 | 2026-03-28 |
Vascular STING activation facilitates NK cell anti-tumor immunity in small cell lung cancer
2026-Mar-05, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.02.008
PMID:41791380
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研究论文 | 本文研究了小细胞肺癌（SCLC）中血管STING激活如何促进NK细胞的抗肿瘤免疫，揭示了微血管作为限制NK细胞外渗/招募的主要检查点 | 开发了动态单细胞RNA测序技术（DynaMITE-seq）并结合空间转录组学，首次揭示了SCLC中微血管对NK细胞浸润的调控作用，并提出通过激活血管STING信号来克服免疫屏障的新策略 | 研究主要基于实验模型和患者样本分析，尚未进行大规模临床试验验证，且具体机制细节需进一步探索 | 探索小细胞肺癌中NK细胞抗肿瘤免疫的调控机制，并寻找克服免疫屏障的治疗策略 | 小细胞肺癌（SCLC）细胞、NK细胞、微血管系统及患者组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA-seq数据、空间转录组数据 | 患者组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 550 | 2026-03-28 |
Targeted Ferroptosis Improves RPE Phagocytosis via MERTK/NFE2L2/HMOX1 Axis to Alleviate Retinitis Pigmentosa
2026-Mar-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.3.42
PMID:41848364
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研究论文 | 本研究通过整合RCS大鼠体内模型和人类原代RPE细胞体外模型，利用单细胞RNA测序揭示了铁死亡在MERTK缺陷型视网膜色素变性中的关键致病作用，并验证了靶向铁死亡可改善RPE吞噬功能 | 首次在视网膜色素变性模型中系统揭示了铁死亡通过MERTK/NFE2L2/HMOX1轴驱动RPE功能障碍的分子机制，并证明铁死亡抑制剂Fer-1的治疗潜力 | 研究主要基于RCS大鼠模型和体外细胞模型，尚未在更广泛的RP亚型或临床患者中进行验证 | 探究视网膜色素变性中RPE细胞的致病性改变，并寻找潜在的治疗策略 | 皇家外科学院大鼠、人类原代视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | RCS大鼠与RDY大鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 551 | 2026-03-28 |
The RNA-binding protein SRSF3 controls epicardial formation by regulating splicing and proliferation
2026-Mar-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204918
PMID:41601313
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研究论文 | 本研究揭示了RNA结合蛋白SRSF3通过调控剪接和增殖在心脏外膜形成中的关键作用 | 首次发现SRSF3在胚胎前心外膜和心外膜层高表达，并证明其缺失会导致增殖停滞，影响心外膜形成；通过单细胞RNA测序揭示非重组细胞的代偿性增殖现象 | 未完全阐明SRSF3调控细胞周期调节因子的具体分子机制；研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证 | 探究RNA结合蛋白SRSF3在心脏外膜形成和功能调控中的分子机制 | 小鼠胚胎前心外膜和心外膜细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，内源性irCLIP | NA | RNA测序数据，蛋白质-RNA相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 552 | 2026-03-28 |
Identifying Clones in Myelodysplastic Syndromes by Using Single-Cell RNA Sequencing
2026-Mar, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70189
PMID:41886772
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 553 | 2026-03-25 |
Exosomal miR-26a-5p From Urine-Derived Stem Cells Mitigates Renal Fibrosis via Targeting NRAS
2026-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504385RR
PMID:41874363
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研究论文 | 本研究揭示了尿液来源干细胞外泌体中的miR-26a-5p通过靶向NRAS基因，抑制MAPK信号通路和机械微环境激活，从而缓解肾纤维化的分子机制 | 首次发现尿液来源干细胞外泌体中的miR-26a-5p通过靶向NRAS并抑制下游MAPK信号通路及机械信号分子（如PTK2、SRC等），从而减轻肾纤维化 | NA | 探究尿液来源干细胞外泌体中的miRNA是否能抑制肾纤维化及其分子机制 | 肾纤维化过程、尿液来源干细胞、外泌体、miR-26a-5p、NRAS基因 | 分子生物学 | 慢性肾病 | miRNA高通量测序、整合转录组分析、单细胞测序分析、双荧光素酶报告基因检测 | NA | 测序数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 554 | 2026-03-25 |
CCR8 Expression on Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation and Protects Against Myocardial Infarction-Induced Tissue Damage
2026-Mar-24, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究揭示了心肌梗死后心脏内调节性T细胞的组织适应轨迹，并发现CCL1-CCR8轴对于Treg的募集和功能至关重要，从而保护心肌免受损伤 | 首次描绘了Treg从纵隔淋巴结到心脏的分化轨迹，并确立了CCL1-CCR8轴作为Treg募集和发挥心脏保护功能的关键通路 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大样本量以确认临床普适性 | 探究心肌梗死后心脏特异性调节性T细胞的发育轨迹、募集机制及其在心脏修复中的作用 | 小鼠心肌梗死模型、调节性T细胞、CCR8和CCL1基因修饰小鼠、以及心肌梗死患者的血液和心脏组织 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及多种基因修饰小鼠模型及人类心肌梗死患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 555 | 2026-03-25 |
In Situ Needle-Free Injection of Multiretention Micelles for Melanoma Therapy with Multiomics Insights into Tumor Targeting and Immune Modulation
2026-Mar-24, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6c01481
PMID:41808385
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研究论文 | 本文报道了一种用于黑色素瘤治疗的无针原位注射多滞留纳米胶束平台，并通过多组学分析揭示了其靶向肿瘤和调节免疫的双重作用机制 | 开发了一种结合热触发局部沉积、pH响应释放和叶酸受体靶向的多滞留纳米胶束，并首次采用无针注射方式递送，同时利用单细胞测序、空间转录组学和蛋白质组学等多组学技术深入解析了其直接抑制肿瘤和重塑免疫微环境的双重作用机制 | NA | 开发一种新型的黑色素瘤治疗策略，旨在提高紫杉醇的局部暴露、减少全身毒性并增强抗肿瘤效果 | 黑色素瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 556 | 2026-03-25 |
Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis identifies epithelial cell-related biomarkers and immune subtypes in focal segmental glomerulosclerosis
2026-Mar-24, International urology and nephrology
IF:1.8Q3
DOI:10.1007/s11255-026-05101-8
PMID:41872652
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk转录组数据，鉴定了局灶节段性肾小球硬化症中上皮细胞相关的生物标志物和免疫亚型 | 首次整合单细胞和bulk转录组数据系统分析FSGS中上皮细胞相关的分子改变，并构建了具有高诊断准确性的三基因标志物 | 分析基于公共数据集，需要进一步的实验验证来确认其机制相关性 | 鉴定FSGS中上皮细胞相关的生物标志物和免疫亚型，以改善诊断和患者分层 | 局灶节段性肾小球硬化症患者 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | RNA-seq | 随机森林, 支持向量机 | 转录组数据 | 多个公共数据集（GSE200818, GSE200828, GSE176465, GSE133288, GSE108109） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 557 | 2026-03-25 |
Adipose tissue microvascular is linked to insulin resistance and lipidome alterations in treated HIV
2026-Mar-24, AIDS (London, England)
DOI:10.1097/QAD.0000000000004491
PMID:41873969
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研究论文 | 本研究探讨了接受当代抗逆转录病毒治疗的HIV感染者中，皮下脂肪组织微血管重塑与胰岛素抵抗及血浆脂质组改变之间的关联 | 首次在长期接受当代ART且病毒抑制的HIV感染者中，结合单细胞RNA测序分析脂肪组织细胞组成与无靶向血浆脂质组学，揭示了微血管重塑与胰岛素抵抗相关脂质特征的联系 | 研究为横断面观察性设计，无法确定因果关系；样本量相对有限（n=127），且女性比例较低（23%） | 探究HIV感染者脂肪组织细胞组成如何影响循环脂质，并阐明其与胰岛素抵抗的关联 | 接受长期当代抗逆转录病毒治疗且病毒抑制的HIV感染者 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序，无靶向脂质组学分析 | 逻辑回归和线性回归模型 | 单细胞RNA测序数据，血浆脂质组学数据 | 127名HIV感染者（含59名进行单细胞RNA测序的腹部皮下脂肪组织样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 558 | 2026-03-25 |
Novel protein biomarkers for risk stratification and personalized medicine
2026-Mar-24, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfag068
PMID:41874429
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研究论文 | 本研究探讨了尿液簇集蛋白和表皮生长因子作为反映肾小管损伤与修复的药效学生物标志物，在慢性肾脏病中分别对应内皮素受体拮抗剂和钠-葡萄糖协同转运蛋白2抑制剂的治疗反应 | 首次将尿液簇集蛋白和表皮生长因子作为机制导向的药效学生物标志物，分别用于评估内皮素受体拮抗剂和钠-葡萄糖协同转运蛋白2抑制剂在慢性肾脏病中的治疗反应，并揭示了其与不同病因、糖尿病状态及血糖控制的异质性关联 | 研究基于两个独立的临床试验人群，可能存在队列特异性偏差；生物标志物的长期预后价值及临床转化应用仍需进一步验证 | 评估尿液簇集蛋白和表皮生长因子作为慢性肾脏病治疗中机制特异性药效学生物标志物的可行性 | 慢性肾脏病患者 | 临床医学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 尿液生物标志物测量数据、血清生物标志物数据、单细胞RNA测序数据 | 来自SONAR和DAPA-CKD两个随机临床试验的人群 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 559 | 2026-03-25 |
DyGFormer:Transformer With Resistance-Distance Bias for Semi-Supervised Cell-Type Identification
2026-Mar-23, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3676606
PMID:41870934
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研究论文 | 本文提出了一种名为DyGFormer的半监督模型，用于单细胞空间转录组数据中的细胞类型识别，该模型通过结合几何空间先验、自注意力机制和基于电阻距离的位置偏置来提升分类性能 | 提出了DyGFormer模型，该模型引入了基于电阻距离的相对位置偏置、邻居交互历史编码器以及基于三元组的度量监督，能够自适应学习细胞间连接权重并稳定跨层邻居交互 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种半监督学习方法，以克服单细胞空间转录组数据中存在的测序噪声、平台异质性、标签覆盖不均和标注预算有限等障碍，实现准确的细胞类型识别 | 单细胞空间转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞空间转录组学 | Transformer | 空间转录组数据 | 多个单细胞分辨率空间数据集（如NanoString/CosMx和MERFISH） | NanoString, MERFISH | 空间转录组学 | CosMx, MERFISH | NA |
| 560 | 2026-03-25 |
Single-cell transcriptomics reveals a new marine parasite: Characterization and distribution of Rozellomyces from the Gulf of Alaska
2026-Mar-23, Mycologia
IF:2.6Q2
DOI:10.1080/00275514.2026.2631200
PMID:41871174
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学在阿拉斯加湾发现并描述了一种新的海洋寄生虫Rozellomyces，揭示了其在生态系统中的多样性和分布 | 首次利用单细胞转录组学技术从阿拉斯加湾分离并鉴定出一种新的Rozellomycota门寄生虫，建立了新属，并基于宏数据库分析其地理分布 | 研究仅基于单一分离株，可能未完全代表该寄生虫的多样性；地理分布分析依赖于数据库中的ASV数据，可能存在偏差 | 探索海洋生态系统中寄生虫的多样性、分布及其生态角色，特别是针对Rozellomycota门这一研究不足的谱系 | 从阿拉斯加湾分离的Rozellomycota门寄生虫（新属Rozellomyces）及其宿主硅藻 | 微生物学 | NA | 单细胞转录组学，系统基因组学分析（基于238个基因），扩增子序列变异（ASV）分析 | NA | 转录组数据，序列数据 | 单一分离株（来自阿拉斯加湾），结合metaPR数据库中的ASV数据 | NA | NA | NA | NA |