单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1052 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2026-04-27 |
Dissecting the differentiation origins of intestinal metaplasia and early intestinal-type gastric cancer in gastric antrum by single-cell RNA profiling
2026-Mar-10, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01355-8
PMID:41807518
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序剖析胃窦肠上皮化生和早期肠型胃癌的分化起源 | 首次通过单细胞测序详细描绘了胃疾病不同阶段（非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠上皮化生和早期肠型胃癌）中上皮细胞的分化轨迹，揭示了祖细胞、腺体粘液细胞和凹坑粘液细胞在不同阶段的分化潜能，并鉴定出KIAA0101PRAP1祖细胞可能是早期肠型胃癌的潜在起源 | 尚未明确阐述不同疾病阶段细胞分化的分子机制及其致癌潜力的具体调控通路 | 探讨胃疾病不同阶段的细胞分化起源及其致癌潜力，为肠型胃癌的分子机制研究提供新见解 | 胃窦活检组织中的上皮细胞，包括祖细胞、腺体粘液细胞、凹坑粘液细胞、肠样干细胞表型细胞、成熟肠细胞、分泌前细胞和杯状细胞等 | 单细胞转录组学 | 肠型胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自具有癌前病变和早期胃癌患者的胃窦活检样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 482 | 2026-04-27 |
The changing landscape of gene expression analysis
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag185
PMID:42028808
|
述评 | 综述了基因表达分析在过去25年中的技术演进，并展望了未来发展方向 | 通过分析707,831篇开放获取全文文章，将计算工具映射到统一时间线，并提出了三个未来方向：可搜索的转录组知识库、基因表达分析基础模型和可编程调控设计 | 未明确讨论现有技术在实际应用中的成本、可重复性和临床转化挑战 | 梳理基因表达分析的方法学里程碑和计算工具演进，并预测未来趋势 | 707,831篇开放获取全文文章中的生物信息学计算工具和文献计量学数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 表达序列标签, 微阵列, RNA测序, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | 统计学框架, 端到端分析生态系统 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 483 | 2026-04-25 |
Comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation reveal the role of circadian rhythm-related genes in the crosstalk between osteoporosis and atherosclerosis
2026-Mar-27, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-026-10216-5
PMID:41896290
|
研究论文 | 通过综合分析生物信息学和实验验证，揭示昼夜节律相关基因在骨质疏松与动脉粥样硬化共病中的关键作用 | 首次鉴定出AEBP1作为骨质疏松和动脉粥样硬化共病的关键共享标志基因，并揭示昼夜节律在骨髓基质细胞和血管平滑肌细胞中的调控机制 | 尚需进一步验证AEBP1作为治疗靶点的具体功能机制，且动物模型可能不完全模拟人类疾病复杂性 | 探索骨质疏松和动脉粥样硬化共存的共享标志基因及细胞机制 | 骨质疏松和动脉粥样硬化相关的单细胞RNA测序数据和mRNA表达谱，自然衰老小鼠和腺嘌呤诱导小鼠模型 | 生物信息学 | 骨质疏松, 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序, mRNA表达谱分析 | hdWGCNA, AUCell | 基因表达数据 | 人类骨髓样本（9种细胞系17个亚群）和颈动脉样本（6种细胞系18个亚群），小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 484 | 2026-04-25 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101329
PMID:41825449
|
研究论文 | 提出一种可扩展的非参数聚类方法NCLUSION，用于单细胞RNA-seq数据的统一标记基因选择与聚类分析 | 利用贝叶斯稀疏先验的非参数无限混合模型，同时实现标记基因识别和聚类，并采用变分推理算法支持百万级细胞规模 | 未明确说明局限性，但可能依赖公开数据集验证，需进一步评估在多样化样本中的泛化能力 | 开发一种无需用户预定义参数的聚类方法，以鲁棒统计方式同时识别标记基因并降低假发现率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 非参数无限混合模型 | 基因表达数据 | 模拟数据及公开scRNA-seq数据集（未提供具体数量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 485 | 2026-04-25 |
Interpretable learning of temporal cellular dynamics from single-cell data
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101342
PMID:41875867
|
研究论文 | 提出NeuroVelo方法，通过结合最优线性投影和非线性神经常微分方程，从静态单细胞转录组数据中重建时间细胞动态 | 将动力学系统理论应用于优化潜在空间，同时确定细胞转变和识别驱动基因表达时间动态的基因相互作用 | 未提及明确局限性 | 从静态单细胞数据中重建时间细胞动态并识别驱动细胞命运的基因调控网络 | 单细胞转录组数据中的细胞动态变化 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 神经常微分方程 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq） | NA | NA |
| 486 | 2026-04-25 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101337
PMID:41875869
|
研究论文 | 比较三种不同的细胞核分离方法在脑组织单细胞核RNA测序中的效果 | 首次系统评估不同细胞核分离策略对核完整性和snRNA-seq数据质量的影响，填补了该领域的方法学空白 | 仅针对脑组织进行测试，其他组织类型的适用性尚需验证 | 评估不同细胞核分离方法对snRNA-seq数据质量的影响 | 脑组织中的细胞核 | 数字病理学 | 未指定 | 单细胞核RNA测序 | 未指定 | RNA测序数据 | 未详细说明 | 未指定 | 单细胞核RNA测序 | 未指定 | 未指定 |
| 487 | 2026-04-25 |
From a Multi-Omics Signature to a Therapeutic Candidate: Computational Prediction and Experimental Validation in Liver Fibrosis
2026-Mar-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph19030495
PMID:41901341
|
研究论文 | 通过多组学特征开发肝纤维化进展标志物，并验证候选药物Withaferin A的抗纤维化活性 | 提出了一个跨病因稳健的六基因肝纤维化进展标志物，结合单细胞RNA测序和药物重定位方法发现并验证了Withaferin A的抗纤维化作用 | 研究仅基于公开数据集和动物模型验证，缺乏大样本临床队列的进一步评估 | 开发跨病因的肝纤维化进展预测标志物并发现潜在治疗药物 | 肝纤维化患者样本、小鼠模型及肝星状细胞系LX-2 | 计算机视觉 | 肝纤维化 | RNA-seq， 单细胞RNA测序（scRNA-seq）， 机器学习 | 随机森林， XGBoost， LASSO， Boruta | 基因表达数据， 单细胞转录组数据 | 训练队列368例，外部验证队列4个独立数据集，共涉及数百例样本；动物实验使用CCl4诱导小鼠模型 | Illumina | bulk RNA-seq， 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 488 | 2026-03-18 |
A cross-scale multimodal framework identifies clinically actionable immunotherapy biomarkers in melanoma through bulk to single-cell and spatial transcriptomics integration
2026-Mar-16, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-026-00919-w
PMID:41840725
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 489 | 2026-04-25 |
Identification of a putative progenitor-like chondrocyte subpopulation in osteoarthritic human cartilage
2026-Mar-14, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-04969-8
PMID:41827033
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨关节炎软骨中一种疑似祖细胞样软骨细胞亚群 | 首次在骨关节炎软骨中鉴定出一个表达祖细胞相关基因特征的软骨细胞亚群（PLC），并基于伪时间轨迹分析推测其处于分化层次的上游位置 | 功能性验证和空间定位验证仍需进一步开展，当前结论基于转录组推断 | 解析骨关节炎软骨的单细胞转录组图谱并鉴定具有再生潜能的祖细胞样软骨细胞亚群 | 6名终末期骨关节炎患者的膝关节软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6名终末期骨关节炎患者，约14,000个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序（10x Chromium平台） |
| 490 | 2026-04-25 |
Integrated transcriptomics and single-cell analysis identify ITGAX⁺ macrophages as key immunosuppressive factors in the prostate cancer tumor microenvironment
2026-Mar-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04737-3
PMID:41824168
|
研究论文 | 整合转录组学和单细胞分析揭示ITGAX+巨噬细胞是前列腺癌肿瘤微环境中的关键免疫抑制因子 | 首次通过整合TCGA转录组数据和单细胞RNA测序，鉴定出ITGAX+巨噬细胞在前列腺癌中作为关键免疫抑制因子，并揭示其与T细胞的抑制性相互作用 | 基于单一TCGA队列，缺乏独立的外部验证；还需要进一步的功能实验验证ITGAX+巨噬细胞的免疫抑制机制 | 识别前列腺癌肿瘤微环境中新的生物标志物，并阐明其免疫调控机制 | 前列腺癌患者肿瘤样本（499例肿瘤和52例正常前列腺样本） | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 499例肿瘤样本和52例正常前列腺样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 491 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomics reveals lipid metabolism reprogramming in macrophages in vitro during early stages of Leishmania donovani infection
2026-Mar-13, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07361-w
PMID:41827050
|
研究论文 | 利用单细胞转录组测序技术分析杜氏利什曼原虫感染早期巨噬细胞的脂质代谢重编程 | 首次在单细胞水平揭示杜氏利什曼原虫感染早期巨噬细胞中Fabp4/Cd36脂质代谢通路的激活以及衰老相关基因的诱导，并发现M2型巨噬细胞更有利于寄生虫生存 | 论文摘要未提及具体局限性 | 探索杜氏利什曼原虫感染巨噬细胞的发病机制 | 小鼠巨噬细胞 | NA | 内脏利什曼病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 492 | 2026-04-25 |
Subtype specific immune-metabolic reprogramming in preeclampsia revealed by multiomics and serum biomarkers
2026-03, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-025-02504-5
PMID:41419624
|
研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学分析早发型和晚发型子痫前期的胎盘免疫-代谢重编程，并鉴定出早期妊娠血清标志物 | 首次同时整合胎盘单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学揭示子痫前期两种亚型（早发与晚发）的特异性免疫-代谢重编程机制，并基于前瞻性队列发现三种早期妊娠血清代谢物可实现早发型子痫前期的有效预测 | 未明确说明研究局限性 | 解析早发型与晚发型子痫前期在细胞水平、转录组和代谢组的差异驱动因素，并探索早期妊娠血清标志物 | 人类胎盘组织及母体血清样本 | 机器 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间代谢组学, 血清代谢组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据, 代谢物丰度数据 | 199例妊娠前瞻性队列（包括子痫前期患者和匹配对照） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间代谢组学, 血清代谢组学 | NA | NA |
| 493 | 2026-04-24 |
TAZ alleviates ischemic stroke injury by activating Foxo1: Usp1-mediated deubiquitination is the pivotal mechanism
2026-Mar-30, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本文揭示了转录共激活因子TAZ通过Usp1介导的去泛素化稳定自身并激活Foxo1，从而减轻缺血性脑卒中氧化损伤和神经元凋亡的机制 | 首次发现Usp1-TAZ-Foxo1轴是缺血性脑卒中抗氧化防御和神经元存活的關鍵调控通路，并阐明了TAZ通过去泛素化稳定的分子机制 | 仅使用了小鼠模型和体外神经元损伤模型，研究结果尚需在临床样本中验证；机制细节如Usp1对TAZ的特异性调控仍需进一步探索 | 阐明转录共激活因子TAZ在缺血性脑卒中中调控氧化损伤的作用及其分子机制 | 缺血性脑卒中小鼠模型及氧糖剥夺/复氧神经元损伤模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脑组织样本，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 494 | 2026-04-24 |
Integrated single-cell and spatial mapping coupled with machine learning unveils core stemness landscapes and regulatory drivers in triple-negative breast cancer
2026-Mar-23, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04824-5
PMID:41870799
|
研究论文 | 整合单细胞和空间转录组数据，结合机器学习构建三阴性乳腺癌干细胞性景观及调控驱动因子模型 | 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习技术相结合，构建基于五个核心干性相关基因（CALD1, ANP32B, FIS1, CD82, APLP2）的预测模型，并揭示了高干性评分与不良预后及免疫逃逸的关联 | 研究主要基于公开数据集，缺乏独立的临床队列验证；虚拟敲除实验尚未在体内或体外模型中进行功能验证 | 解析三阴性乳腺癌中癌症干细胞相关干性特征的分子调控机制，并构建预测模型以指导个性化治疗 | 三阴性乳腺癌患者的单细胞、空间转录组和批量转录组数据 | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组学 | XGBoost, 机器学习 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 495 | 2026-03-18 |
Integrative bibliometrics and spatial transcriptomics identify CAF-associated genes and immune niches in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04694-x
PMID:41838222
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 496 | 2026-04-24 |
IDH2 Clonal Hematopoiesis and IKAROS Loss Cooperate in a B-ALL Subtype after Lenalidomide Therapy for Multiple Myeloma
2026-03-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025031047
PMID:41824395
|
研究论文 | 该研究对57例来那度胺相关B细胞急性淋巴细胞白血病（LenB-ALL）进行了全面的分子特征分析，揭示了三种突变亚群，并发现IDH2 R140Q突变在LenB-ALL中高度富集 | 首次将来那度胺相关B-ALL定义为IDH2突变克隆造血与IKAROS缺失协同作用的分子亚型，并阐明了来那度胺通过促进IDH2突变克隆扩增及IKAROS下调导致B前体细胞成熟阻滞的致癌机制 | 研究样本量有限且为回顾性分析，未探索IDH2突变在不同种族人群中的差异，未明确继发白血病中其他遗传或表观遗传改变的具体类型 | 阐明来那度胺相关B-ALL的分子特征及致病机制 | 57例来那度胺治疗多发性骨髓瘤后继发B-ALL的患者标本 | 数字病理学 | B细胞急性淋巴细胞白血病, 多发性骨髓瘤 | NGS, RNA-seq, 甲基化测序, 单细胞RNA测序 | NA | DNA序列, RNA序列, 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | 57例来那度胺相关B-ALL患者标本及对照样本 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 497 | 2026-04-24 |
Insights from pooled CRISPRi single-cell screens in K562 cells reveal gene functions, regulatory networks, and highlight opportunities and limitations
2026-Mar-13, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12667-1
PMID:41826830
|
研究论文 | 本研究利用改良的CRISPRi单细胞筛选技术在K562细胞中敲低六个转录因子，重建基因调控网络并评估技术潜力与局限性 | 优化CROP-seq方案实现sgRNA高效捕获，无需单独富集步骤，并揭示如LMO2-GATA2等新调控相互作用 | 仅约40-50%靶基因实现有效敲低，扰动效率存在实验间差异，需进一步优化标准化 | 评估联合CRISPRi和单细胞RNA测序的筛选技术在基因功能解析和调控网络重建中的潜力与局限性 | K562细胞系中的六个转录因子（LMO2、TCF3、LDB1、MYB、GATA2、RUNX1） | 功能性基因组学 | NA | CRISPRi、单细胞RNA测序、CROP-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | K562细胞系，具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | CROP-seq | 改良CRISPR droplet sequencing (CROP-seq) 方案，从cDNA文库直接捕获sgRNA |
| 498 | 2026-04-24 |
The MDM2-p53 Axis in Osteosarcoma: Current Understanding of Regulatory Mechanisms and Targeted Therapeutic Strategies
2026-Mar-13, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph19030476
PMID:41901322
|
综述 | 系统阐述骨肉瘤中MDM2-p53通路的分子机制及靶向治疗策略 | 综述了新兴MDM2抑制剂（如APG-115）进入II期临床试验的突破进展，并引入单细胞测序和AI辅助药物设计加速开发 | 多数药物尚未在骨肉瘤专用队列中验证，早期抑制剂存在疗效有限与剂量限制性毒性 | 阐明MDM2-p53通路调控机制并总结靶向治疗策略 | 骨肉瘤患者及MDM2-p53通路相关分子机制 | 机器学习 | 骨肉瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 499 | 2026-04-24 |
Transcriptome combined with single-cell data to construct a prognostic model for glycosylation-related genes in osteosarcoma
2026-Mar-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04761-3
PMID:41820703
|
研究论文 | 结合转录组和单细胞数据构建骨肉瘤糖基化相关基因的预后模型 | 首次系统性地将单细胞RNA测序数据与转录组数据结合，鉴定骨肉瘤中糖基化相关基因的预后价值，并构建了基于LASSO回归的预后模型 | 未明确指出具体局限，但可能包括数据集样本量有限和模型验证不足 | 鉴定骨肉瘤中糖基化相关预后基因并构建预后模型，探索其分子机制 | 骨肉瘤患者样本（来自GSE36001、TARGET-OS、GSE21257和GSE152048数据集） | 机器学习 | 骨肉瘤 | 转录组测序、单细胞RNA测序 | LASSO回归、Cox比例风险模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确说明样本量，但涉及多个公开数据集（GSE36001、TARGET-OS、GSE21257和GSE152048） | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 500 | 2026-04-24 |
Pericytes and mesenchymal stromal cells converge toward pro-tumor phenotypes in the tumor microenvironment
2026-Mar-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04790-y
PMID:41811593
|
综述 | 综述间充质基质细胞和周细胞在肿瘤微环境中向促肿瘤表型的趋同现象 | 提出了MSC-周细胞状态分类框架，强调了空间分辨多标志物分析的重要性 | 该领域仍需更多实验验证机制，且目前对表型趋同的理解还比较有限 | 探讨MSCs和周细胞在肿瘤微环境中功能趋同的角色及其对治疗的影响 | 肿瘤微环境中的间充质基质细胞和周细胞 | 分子生物学 | 结直肠癌, 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |