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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-05-23 |
Cellular landscape and diagnostic value of TROP2 in cerebrospinal fluid of lung adenocarcinoma leptomeningeal metastases
2026-Mar-24, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01379-0
PMID:41876785
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序描绘肺腺癌软脑膜转移患者脑脊液的细胞图谱并评估TROP2的诊断价值 | 首次系统描绘肺腺癌软脑膜转移脑脊液的单细胞转录组图谱,发现促肿瘤LGMN-SELENOP巨噬细胞和增殖性循环肿瘤细胞,并揭示NECTIN2_TIGIT和CD47_SIRPA免疫抑制轴,以及TROP2作为诊断生物标志物的潜力 | 样本量有限(仅6例患者),且结果需在更大队列中验证 | 研究肺腺癌软脑膜转移脑脊液的细胞特征并寻找诊断生物标志物 | 6例肺腺癌软脑膜转移患者脑脊液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6例肺腺癌软脑膜转移患者的脑脊液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 462 | 2026-05-23 |
RelA Signaling in Scgb1a1+ Progenitors Mediates Lower Airway Epithelial Atypia in RSV-Induced Post-Viral Lung Disease
2026-Mar-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27062864
PMID:41898720
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研究论文 | 本研究探讨RSV感染后慢性肺部疾病中Scgb1a1+祖细胞的RelA信号通路如何诱导下气道上皮异型 | 首次揭示RSV后病毒性肺病中Scgb1a1+祖细胞通过RelA信号调控上皮-间质微环境,驱动非典型肺泡2型细胞(aAT2)形成及ANGPTL4信号失调 | 主要基于小鼠模型,需进一步验证在人类RSV感染相关慢性肺病中的适用性 | 解析RSV感染后慢性气道疾病中先天免疫信号在呼吸道上皮祖细胞中的作用机制 | Scgb1a1+祖细胞、非典型肺泡2型细胞(aAT2)、PDGFRβ间质细胞 | 机器学习 | 呼吸道合胞病毒感染后肺病 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | RSV后病毒性肺病小鼠模型,含RelA条件敲除组和对照组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 463 | 2026-05-21 |
Spike-in probe-enhanced single-cell RNA-seq reveals post-infusion transcriptomic remodeling of "prime-and-kill" synNotch-CAR-T cells
2026-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.26.713760
PMID:41929125
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研究论文 | 开发了一种带有外源探针的增强型单细胞RNA测序工作流程,用于追踪和分析“prime-and-kill” synNotch-CAR-T细胞输注后的转录组重塑 | 首次采用定制外源探针增强单细胞RNA测序技术检测synNotch-CAR转录本,结合机器学习辅助分类器实现工程化细胞的高特异性和高灵敏度检测 | 外源探针检测敏感性在不同细胞类型间存在差异(E-SYNC细胞78.2% vs B-SYNC细胞60.0%),可能影响低丰度细胞的全面捕获 | 开发能够同时检测工程化细胞并进行转录组分析的单细胞RNA测序工作流程,以解析synNotch-CAR-T细胞输注后的动态行为 | 针对胶质母细胞瘤的synNotch-CAR-T细胞(E-SYNC和B-SYNC系统) | 机器学习、数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、外源探针设计、机器学习辅助分类器 | NA | 单细胞转录组数据 | 胶质母细胞瘤异种移植模型中的脾脏、肺和脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 464 | 2026-05-21 |
NetTracer3D Enables User-Friendly Analysis of Diverse Microscopic and Medical 3D Datasets
2026-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.25.714104
PMID:41929015
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研究论文 | NetTracer3D 是一个用于分析多样化显微与医学3D数据集的用户友好型工具 | NetTracer3D 提供了三种广泛适用的网络分析模式(连接网络、分支邻接与分支点网络、邻近网络),并支持标准化数据格式和交互式探索,简化了3D图像分析流程 | 文章未明确提及局限性 | 开发一个集成工具,简化三维图像分析,促进不同数据集之间的整合、共享和分析 | 人类和小鼠肾脏、小鼠支气管、人类脑血管造影、淋巴结以及3D光片癌症图像 | 计算机视觉 | 癌症 | CODEX, 无标记拉曼光谱, 光片显微镜 | 网络分析模型(连接网络、分支邻接与分支点网络、邻近网络) | 图像 | 多种样本,包括人类和小鼠肾脏、小鼠支气管、人类脑血管造影、淋巴结及3D光片癌症图像 | NA | 空间转录组学, CODEX | NA | NA |
| 465 | 2026-05-21 |
Cross-Species Multi-Omics Profiling Identifies Conserved Activated Valvular Interstitial Cell Population Driving Myxomatous Mitral Valve Degeneration
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.23.713796
PMID:41929066
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研究论文 | 跨物种多组学分析揭示了在粘液样二尖瓣退行性变中保守的活化瓣膜间质细胞群 | 首次通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学,跨物种(小鼠和人类)鉴定出一个保守的活化瓣膜间质细胞群,该细胞群富集促纤维化细胞外基质重塑程序,并优先定位于机械脆弱区域 | 研究生效细胞群的因果关系验证尚不充分,且人类样本数量有限 | 解析粘液样二尖瓣退行性变中瓣膜间质细胞的分子异质性及其在疾病发病机制中的状态特异性贡献 | 纤维蛋白-1缺陷小鼠模型和人类二尖瓣组织标本(包括正常、散发性二尖瓣脱垂和马凡综合征相关二尖瓣脱垂) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间表达数据 | 包含小鼠和人类样本,具体样本数未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 466 | 2026-05-21 |
Vascular invasion-associated gene expression is detectable in pre-surgical biopsies of stage I lung adenocarcinoma
2026-Mar-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70600-2
PMID:41876493
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研究论文 | 检测I期肺腺癌术前活检标本中与血管侵犯相关的基因表达,以预测复发和手术获益 | 发现血管侵犯相关的基因特征在肿瘤侵袭灶之外也可检测到,并在术前活检中具有区分VI的潜力,支持术前风险分层 | 文中未明确提及具体局限性 | 识别能预测I期肺腺癌血管侵犯的生物标志物,以改善术前风险分层 | I期肺腺癌肿瘤样本,包括切除肿瘤和术前活检标本 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 162个切除肿瘤样本,及其子集用于空间转录组学;独立验证队列和多区域采样数据;术前活检队列 | Illumina | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | Illumina NovaSeq, 空间转录组平台未详述 | bulk RNA测序使用Illumina平台,空间转录组学用于部分子集 |
| 467 | 2026-05-21 |
ZMAP: A single-cell meta-atlas of zebrafish embryonic development reveals a consensus hierarchy of cell identities
2026-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.23.713599
PMID:41928926
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研究论文 | 整合8个斑马鱼胚胎单细胞RNA测序数据集,构建统一参考图谱ZMAP,揭示细胞身份的分层共识 | 通过整合多个独立数据集,建立斑马鱼胚胎发育的共识层次注释本体和标记基因发现流水线,并提供交互式网络工具 | 未提及具体局限性,但跨研究整合可能受限于数据批次效应和原始注释差异 | 构建斑马鱼胚胎发育的单细胞整合参考图谱,实现跨研究一致性注释和细胞身份共识推断 | 斑马鱼胚胎发育中的单个细胞 | 计算生物学, 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 798,790个细胞,覆盖15个发育时间窗口 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 整合8个已发表的斑马鱼全胚胎scRNA-seq数据集 |
| 468 | 2026-05-21 |
Intranasal HSV-1 Infection Drives Region-Specific Interferon-Dominant Microglial Remodeling
2026-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.13.711627
PMID:41928984
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研究论文 | 利用多组学框架研究鼻内HSV-1感染如何驱动小胶质细胞区域特异性干扰素主导的重塑 | 首次整合单核RNA测序、染色质可及性分析和空间转录组学,在生理相关的鼻内HSV-1感染模型中解析小胶质细胞反应的转录和表观遗传机制 | 未提及明确限制 | 阐明急性HSV-1感染体内小胶质细胞反应的转录和表观遗传机制 | 鼻内HSV-1感染小鼠模型中的小胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单核RNA测序、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 469 | 2026-05-21 |
Spatial transcriptomics identifies dysregulated programs across neural and non-neural tissues in spinal muscular atrophy
2026-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.20.713154
PMID:41929160
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研究论文 | 利用空间转录组学技术识别脊髓性肌萎缩症中神经和非神经组织的失调程序 | 首次在症状前SMA小鼠模型中使用空间转录组学分析整个腰椎区域的多组织转录变化,揭示了SMN缺乏在运动神经元丢失前即引起广泛组织重编程 | NA | 阐明SMN缺乏在神经和周围组织中的早期转录后果 | 症状前SMA小鼠和对照小鼠的腰椎横截面 | 数字病理学 | 脊髓性肌萎缩症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | SMA小鼠和对照小鼠(数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 470 | 2026-05-21 |
Multiscale confidence quantification for virtual spatial transcriptomics with UTOPIA
2026-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.01.708850
PMID:41847009
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研究论文 | 提出了UTOPIA框架,用于虚拟空间转录组学的多尺度置信度量化,从组织学图像预测基因表达或细胞类型 | 提出了模型无关的UTOPIA框架,能对虚拟空间转录组预测进行统计校准的置信度评分,并控制基因和细胞类型检测的假发现率 | NA | 解决虚拟空间转录组学预测的统计可靠性问题,确保预测的可信度并防止虚假生物学结论 | 虚拟空间转录组学预测的空间分辨率和生物粒度 | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 471 | 2026-05-20 |
Single cell transcriptomic atlas reveals distinct immune signatures following transfusion of COVID-19 convalescent plasma in severe COVID-19
2026-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111191
PMID:41500480
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研究论文 | 通过单细胞转录组图谱揭示新冠肺炎康复者血浆输注对重症COVID-19患者的免疫特征影响 | 首次在单细胞水平上分析重症COVID-19患者接受CCP输注前后的免疫细胞变化,发现S100A8在CD4记忆T细胞和B细胞中上调,以及CCP输注选择性地破坏NK细胞与TCR阴性T细胞和BCR阳性B细胞的通讯 | 样本量较小且仅观测了输注后24小时的时间点,可能未能完全反映长期免疫反应变化 | 阐明重症COVID-19患者接受康复者血浆输注后的免疫应答和促炎因子特征 | 重症COVID-19患者的PBMC样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞表达数据 | 重症COVID-19患者在CCP输注前后的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 对PBMCs进行单细胞RNA测序 |
| 472 | 2026-05-20 |
Molecular profiling of sacral chordomas through methylation, spatial transcriptomics and multiplexed immunofluorescence
2026-Mar, ESMO rare cancers
DOI:10.1016/j.esmorc.2025.100115
PMID:41924303
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研究论文 | 通过甲基化、空间转录组学和多重免疫荧光分析骶骨脊索瘤的分子特征 | 首次结合DNA甲基化谱、空间转录组学和多重免疫荧光对骶骨脊索瘤进行综合分子分析,发现两个不同的表观遗传聚类,并揭示肿瘤与基质区域间的差异基因表达及免疫检查点标志物的表达 | 样本量较小(29例患者),需要功能验证进一步证实研究结果 | 揭示骶骨脊索瘤的分子异质性及免疫微环境特征 | 29例骶骨脊索瘤患者的存档组织样本 | 数字病理学, 计算机视觉 | 脊索瘤(骶骨) | DNA甲基化测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | 无监督聚类, 多元线性回归 | 图像, 文本 | 29例骶骨脊索瘤患者,120个感兴趣区域 | NA | 空间转录组学, 多重免疫荧光 | Digital Spatial Profiler (DSP) | Digital Spatial Profiler (DSP) 用于基因表达分析,多重免疫荧光用于细胞群检测 |
| 473 | 2026-05-19 |
Genetic Evidence Supports a Potential Role of WTAP-related m6A Regulation in Vascular Dementia: Insights from Mendelian Randomization and Multi-omics Analyses
2026-Mar-24, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-026-02510-3
PMID:41874860
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和多组学分析,探讨WTAP相关m6A调控与血管性痴呆的潜在因果关系 | 首次系统评估m6A调控基因WTAP在血管性痴呆中的因果作用,结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序、微生物组中介分析和全表型关联研究,提出m6A调控可能通过肠道微生物影响脑血管生物学 | 研究基于遗传预测和关联分析,仍需功能性实验验证WTAP在VAD中的具体机制 | 利用人类遗传学和多组学数据揭示WTAP相关m6A修饰在血管性痴呆发病中的潜在因果作用 | 血管性痴呆患者脑组织样本及遗传变异数据 | 机器学习 | 血管性痴呆 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 全表型关联研究, 加权基因共表达网络分析 | NA | 基因表达数据, 遗传变异数据, 单细胞转录组数据 | GSE122063包含血管性痴呆与对照脑组织样本(具体数量未提供);GSE282111为单细胞测序数据(具体细胞数量未提供);FinnGen GWAS数据(具体样本量未提供) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 474 | 2026-05-19 |
Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: Single-cell transcriptome profiling
2026-Mar-19, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.39.20250250
PMID:40685857
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析急性期发热伴血小板减少综合征患者外周血单个核细胞中淋巴细胞的异质性,并探究糖皮质激素治疗对淋巴细胞的影响 | 首次在单细胞水平揭示急性期SFTS患者淋巴细胞的异质性及糖皮质激素治疗的免疫调控作用,为优化临床用药提供新见解 | 样本量较小(3名健康志愿者和13名患者),且仅关注急性期,缺乏纵向动态监测 | 探究急性期SFTS中淋巴细胞功能异常的机制以及糖皮质激素治疗对淋巴细胞的影响 | 急性期SFTS患者和健康志愿者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 发热伴血小板减少综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3名健康志愿者和13名急性期SFTS患者,共120886个淋巴细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒进行单细胞捕获及mRNA 3'端转录本测序 |
| 475 | 2026-05-18 |
Dynamics of phage-host interactions in Bacteroides fragilis resolved by single-cell transcriptomics
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70381-8
PMID:41839859
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研究论文 | 利用细菌单细胞RNA测序技术解析了脆弱拟杆菌与烈性噬菌体相互作用的动态过程 | 首次将细菌单细胞转录组学应用于噬菌体-宿主互作研究,从单细胞分辨率揭示了感染的非同步性进程及未感染表型亚群的分子机制 | 未提供具体方法的可扩展性讨论及其他宿主-噬菌体系统的验证 | 探究噬菌体感染过程中细菌群体的异质性及防御机制 | 人源共生菌脆弱拟杆菌及其烈性噬菌体 | 微生物组学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 约50,000个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 476 | 2026-05-17 |
RNF128 aggravates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease progression via stabilization of SCD1
2026-Mar-30, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001757
PMID:41911552
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研究论文 | 本研究揭示了RNF128通过稳定SCD1加重代谢功能障碍相关脂肪性肝病进展的机制 | 首次发现E3泛素连接酶RNF128通过催化SCD1的K63连接泛素化并阻断其自噬溶酶体降解,促进脂质积累,并验证了靶向RNF128的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类MASLD的异质性和复杂性可能限制其直接临床转化 | 阐明RNF128在MASLD进展中的功能及其分子机制,并评估其治疗靶点潜力 | 人类MASLD肝脏组织、饮食诱导的MASLD小鼠模型、肝细胞特异性RNF128敲除和过表达模型 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 泛素组学分析 | NA | RNA序列数据, 蛋白质组学数据, 泛素组学数据 | 未明确说明具体样本量,涉及人类肝脏样本和小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 477 | 2026-05-17 |
KIF11 prevents retinal endothelial ferroptosis in familial exudative vitreoretinopathy by inhibiting phosphorylation-driven PRDX1 phase separation
2026-Mar-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71009-7
PMID:41872221
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研究论文 | 通过bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析,发现KIF11是家族性渗出性玻璃体视网膜病变中视网膜内皮细胞的关键下游效应因子,并通过抑制磷酸化驱动的PRDX1相分离来阻止铁死亡 | 首次揭示β-catenin/KIF11/PRDX1轴依赖的铁死亡机制在家族性渗出性玻璃体视网膜病变中的作用,并强调铁死亡靶向和抗氧化策略作为潜在疗法 | 未提及 | 探究家族性渗出性玻璃体视网膜病变的发病机制,特别是下游致病机制 | 视网膜内皮细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 家族性渗出性玻璃体视网膜病变 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠组织样本(具体数量未提及) | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 使用bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析视网膜内皮细胞 |
| 478 | 2026-05-17 |
Ganglioside-Mediated Neural-Acinar Crosstalk Facilitates Pancreatic Carcinogenesis via Metaplastic Niche Remodeling
2026-Mar-16, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2026.02.033
PMID:41850539
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研究论文 | 本研究揭示了神经-腺泡细胞间通过神经节苷脂介导的相互作用在胰腺癌发生中的作用机制 | 首次阐明神经节苷脂GM3在腺泡-导管化生与神经重塑双向串扰中的关键作用,发现β-1,4-半乳糖基转移酶5在胰腺癌早期病变中的过表达及其作为治疗靶点的潜力 | 未提供具体局限性信息 | 系统研究胰腺导管腺癌发生过程中腺泡-导管化生与神经重塑之间的相互作用机制 | 小鼠ADM模型、胰腺上皮内瘤变病变、PDAC病变、小鼠及人类细胞系和组织标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 质谱脂质组学分析、单细胞RNA测序、基因过表达/敲低、免疫组化、免疫印迹 | NA | 转录组数据、脂质组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 479 | 2026-05-17 |
Integrated multi-omics analysis reveals that MARCKS reprograms the immunosuppressive microenvironment to drive hepatocellular carcinoma progression
2026-Mar-11, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01372-7
PMID:41813922
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科研论文 | 通过多组学综合分析揭示MARCKS在肝细胞癌中重编程免疫抑制微环境以驱动肿瘤进展的机制 | 首次整合批量转录组学、单细胞RNA测序和空间转录组学,系统阐明MARCKS在肝细胞癌免疫微环境中的调控作用及其通过JAK/STAT3信号通路促进M2型巨噬细胞极化的新机制 | 主要依靠临床样本和细胞系实验,缺乏大规模前瞻性队列验证,MARCKS作为治疗靶点的体内药效学验证尚不充分 | 阐明MARCKS在肝细胞癌免疫抑制微环境中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌患者肿瘤组织样本和肝癌细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多免疫荧光 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 多组肝细胞癌临床样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 480 | 2026-04-02 |
Spatial transcriptomics of urothelial carcinoma with basal/squamous differentiation identifies Galectin-7 as a specific marker of squamous lineage commitment
2026-Mar-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04927-z
PMID:41917522
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