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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2026-05-03 |
Association between craniosynostosis and phospholipid metabolism: Insights from single-cell and transcriptomic analysis
2026-Mar-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048030
PMID:41894269
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研究论文 | 通过多组学方法研究颅缝早闭与磷脂代谢之间的关联,并探索他汀类药物的潜在治疗效果 | 首次从磷脂代谢角度探索颅缝早闭的发病机制,结合孟德尔随机化、转录组分析、单细胞RNA测序及药物靶点分析等多种方法 | 他汀类药物相关遗传证据为探索性发现,统计学显著性受限于样本量,需在更大队列和实验模型中进一步验证 | 揭示颅缝早闭与磷脂代谢的关联,并评估他汀类药物的潜在治疗作用 | 颅缝早闭患者和小鼠颅缝组织 | 数字病理学 | 小儿颅面畸形 | 孟德尔随机化、转录组测序、单细胞RNA测序、药物靶点分析、分子对接 | NA | 基因表达数据、脂质性状数据 | 临床样本(具体数量未提及)及小鼠颅缝组织 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 442 | 2026-05-03 |
Pharmacologic targeting of the dopamine D2 receptor impacts the efficacy of immune checkpoint blockade in melanoma
2026-Mar-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014080
PMID:41895714
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研究论文 | 通过调节多巴胺D2受体影响免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤的效果 | 首次发现通过FDA批准的药物靶向多巴胺D2受体可增强免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤的效果,并揭示了不依赖催乳素的直接免疫调节机制 | 研究仅在动物模型中进行,未在人类患者中验证效果 | 探讨调节多巴胺D2受体对免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤疗效的影响及其潜在机制 | 小鼠黑色素瘤模型(B16F0和MEL11443细胞系)及PRL-locus响应和未响应的小鼠 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 多种小鼠模型,包括C57BL/6小鼠、Collaborative Cross小鼠和F1杂交小鼠,具体数量未在摘要中说明 | Illumina | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序和批量RNA测序平台 |
| 443 | 2026-05-03 |
SPTEdU-seq enables parallel optics-free newborn cell tracking and spatial total transcriptional dynamics in intact microenvironments
2026-Mar-26, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.03.001
PMID:41895283
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研究论文 | 开发了SPTEdU-seq技术,整合空间全转录组与EdU标记,实现新生细胞追踪与空间总转录动态分析 | 首次实现无需光学成像的新生细胞追踪与空间全转录组联合分析,能同时检测编码和非编码RNA及剪接异构体 | NA | 建立同时捕获基因表达和增殖动态的空间转录组学方法 | 小鼠发育和成体大脑、小鼠缺血性中风模型、小鼠和人类肾肿瘤组织 | 数字病理学 | 缺血性中风、肾肿瘤 | 空间转录组学、EdU标记 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠和人类组织样本(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学 | SPTEdU-seq | 整合总转录本捕获与EdU标记的空间转录组学平台 |
| 444 | 2026-05-03 |
Targeting SPP1 +TAMs associated with liver metastasis reverses immunosuppression and synergizes with immunotherapy in colorectal cancer
2026-Mar-25, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014128
PMID:41881501
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示结直肠癌中SPP1+肿瘤相关巨噬细胞与肝转移相关的免疫抑制机制,并验证联合治疗策略 | 首次系统性描绘SPP1+ TAMs在结直肠癌原发灶与转移灶中的空间、发育及代谢异质性,发现其两种代谢亚型(糖酵解型ATP5F1E+和氧化磷酸化型MT-CO1+)及组织特异性分布 | 研究主要基于单细胞转录组数据,功能验证依赖小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞在原发灶与转移灶微环境中的空间和代谢异质性及其免疫抑制机制 | 结直肠癌患者原发肿瘤、癌旁正常组织、肝转移灶、淋巴结转移灶及外周血样本 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫组化 | UMAP聚类, 伪时间推断, RNA速率, CellChat | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 来自多中心队列共998204个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组分析 |
| 445 | 2026-05-03 |
Targeted inhibition of Nrf2 potentiates antitumor immunity and enhances the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010841
PMID:41876134
|
研究论文 | 通过靶向抑制Nrf2增强肝细胞癌抗肿瘤免疫并提高免疫治疗效果 | 首次揭示Nrf2抑制通过下调PD-L1表达和上调MHC-I表达双重机制增强抗肿瘤免疫,并证明其与PD-1抗体和CAR-T细胞联合治疗的协同效应 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类患者中验证;分子机制尚未完全阐明 | 探究抑制Nrf2对肝细胞癌免疫治疗耐药性的影响及其分子机制 | 肝细胞癌小鼠模型及肿瘤细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 转录组数据 | 同种异体移植肿瘤模型小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 446 | 2026-05-03 |
Multiomic characterisation of the clinical efficacy of guselkumab induction therapy in ulcerative colitis
2026-Mar-23, BMJ open gastroenterology
IF:3.3Q2
DOI:10.1136/bmjgast-2025-002153
PMID:41871904
|
研究论文 | 对guselkumab诱导治疗溃疡性结肠炎临床疗效的多组学特征分析 | 首次详细描述了IL-23p19亚基拮抗剂guselkumab治疗中度至重度活动性溃疡性结肠炎患者后与疗效相关的细胞和分子变化 | NA | 探究guselkumab治疗溃疡性结肠炎相关的细胞和分子变化机制 | 中度至重度活动性溃疡性结肠炎患者 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 血清蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 313名患者(结肠活检样本:257份bulk RNA-seq,52份单细胞RNA-seq,30份流式细胞术;血清蛋白质组学:302份) | NA | NA | NA | NA |
| 447 | 2026-05-03 |
Integrative machine learning analysis suggests novel molecular targets for liver cancer diagnosis and therapy
2026-Mar-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04889-2
PMID:41866435
|
研究论文 | 通过整合机器学习分析,确定用于肝癌诊断和治疗的新型分子靶点,并构建了一种包含8个基因的诊断模型 | 结合机器学习算法与单细胞测序数据,开发了一种诊断性能优越(AUC=1.000)的8基因诊断特征,并揭示了免疫浸润在肝细胞癌中的独特特征 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或外部验证数据集的代表性不足 | 通过识别关键分子靶点和通路,增强肝细胞癌的及时有效诊断和治疗 | 肝细胞癌患者与对照组的差异表达基因及相关免疫细胞浸润 | 机器学习 | 肝癌(肝细胞癌) | 微阵列基因表达谱、单细胞测序 | 机器学习算法(未具体说明,包括10折交叉验证) | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA(未在标题和摘要中明确说明) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 448 | 2026-05-03 |
Multicellular origins of murine ovarian inflammaging
2026-Mar-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09826-1
PMID:41826404
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学,揭示小鼠卵巢衰老中多细胞起源的炎症老化机制 | 首次结合单细胞和空间转录组学技术,鉴定了与年龄相关的巨噬细胞和T细胞亚群作为卵巢炎症老化的关键促炎信号来源,并预测了这些细胞与颗粒细胞之间的双向信号传导 | 未具体说明局限性 | 阐明卵巢炎症老化的多细胞机制,特别是免疫细胞在衰老过程中的功能及其对卵泡发育的影响 | 老年小鼠卵巢 | 自然语言处理 | 生殖衰老疾病 | 单细胞转录组测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 老年小鼠卵巢样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒、10x Visium空间转录组试剂盒 |
| 449 | 2026-05-03 |
Reconstructing 3D transcriptional organization from spatial transcriptomics reveals consistent oncogenic translocations and developmental dynamics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag177
PMID:42059481
|
研究论文 | 介绍Cytocraft,一个从二维空间转录组数据重建三维转录组织结构的计算框架,并验证其在肺癌和蝾螈脑发育中的生物学应用 | 首次实现从二维空间转录组数据推断共享的、细胞类型特异的三维转录中心构型,并揭示癌症中MALAT1的定向易位和发育中转录中心重组的保守动态 | 基于仿真验证,可能受限于空间转录组数据的分辨率和噪声,真实三维构型推断的准确性尚需更多实验验证 | 开发一种能从二维空间数据重建三维转录组织结构的计算方法,以探索转录在发育和疾病中的空间组织规律 | 人类非小细胞肺癌样本和发育中的蝾螈脑 | 计算机视觉 | 肺癌 | 空间转录组学 | 计算框架 | 亚细胞空间转录组图谱 | 8例肺癌患者样本和蝾螈脑发育阶段样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 450 | 2026-05-03 |
Integrating and mapping single-cell transcriptomics across the entire gene expression space
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag204
PMID:42059480
|
研究论文 | 提出scGES深度学习框架,通过利用所有基因信息在完整基因表达空间整合单细胞转录组数据,校正批次效应 | 首次利用高度和低度可变基因的全基因表达空间进行批次效应校正,超越仅依赖高度可变基因的现有方法 | 未明确提及局限性 | 开发有效校正批次效应并整合单细胞转录组数据集的方法 | 单细胞转录组数据集及查询数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 深度学习框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 451 | 2026-05-03 |
CaHoT-GRN: context-aware high-order topology learning for robust single-cell gene regulatory network inference
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag202
PMID:42059479
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研究论文 | 提出CaHoT-GRN框架,利用上下文感知的高阶拓扑学习实现稳健的单细胞基因调控网络推断 | 创新性地整合预训练生物大语言模型提取序列语义嵌入,并通过异质信息网络和相似性共注意力模块建模高阶基因相互作用与拓扑一致性 | 未在文中明确说明局限性,可能包括依赖预训练模型质量及计算复杂度较高 | 开发一种利用序列上下文信息和蛋白质相互作用知识的高阶拓扑学习框架,提升单细胞基因调控网络推断的准确性和鲁棒性 | 单细胞转录组数据集及相关的基因和蛋白质序列 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 预训练生物大语言模型、异质信息网络、相似性共注意力模块 | 序列数据、单细胞转录组数据 | 四种类型网络对应的单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 452 | 2026-05-02 |
Circulating exhausted CD8+ effector memory cells differentiate immune checkpoint inhibitor-induced liver injury from other acute immune-mediated liver injuries
2026-Mar-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014178
PMID:41895713
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研究论文 | 本研究识别出一种循环CD8+效应记忆T细胞亚群,可区分免疫检查点抑制剂诱导的肝损伤与其他急性免疫介导的肝损伤 | 首次发现循环CD8+效应记忆T细胞亚群(高表达CD38、HLA-DR和CXCR3)可作为区分ChILI与DILI和AIH的生物标志物 | 样本量有限,且未提供具体验证队列规模 | 探索区分免疫检查点抑制剂诱导肝损伤与其他急性免疫介导肝损伤的生物标志物 | 接受免疫治疗的癌症患者(发生与未发生ChILI者)、DILI患者、AIH患者和健康对照 | 机器学习 | 免疫相关肝损伤 | 质谱流式细胞技术、流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序、细胞因子分析 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 包括多个队列的ChILI、DILI、AIH患者及健康对照,具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 453 | 2026-05-02 |
CX3CL1-CX3CR1 signaling orchestrates malignant progression of prostate cancer through luminal progenitor-macrophage crosstalk
2026-Mar-23, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-026-01179-5
PMID:41870750
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和基因工程小鼠模型,揭示了CX3CL1-CX3CR1信号轴在管腔祖细胞与肿瘤相关巨噬细胞互作中驱动前列腺癌恶性进展的机制 | 首次鉴定出管腔-2祖细胞与CX3CR1+巨噬细胞通过CX3CL1-CX3CR1轴形成免疫抑制微环境,并证明该信号轴在去势抵抗性前列腺癌进展中的关键角色 | 主要基于小鼠模型,人类样本验证不足,且未深入探讨该信号轴在临床样本中的预后价值 | 阐明前列腺癌治疗抵抗和转移过程中,肿瘤微环境中特异性细胞互作机制 | 前列腺癌细胞、管腔祖细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习和数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学、基因编辑小鼠模型、原位同种异体移植模型 | NA | 单细胞转录组数据、动物模型实验数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3' 结合Illumina NovaSeq测序 |
| 454 | 2026-05-02 |
Deciphering lung adenocarcinoma heterogeneity: a multi-omics approach reveals nuclear division fibroblasts as prognosticators and therapeutic targets
2026-Mar-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08022-3
PMID:41862916
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研究论文 | 通过多组学方法解析肺腺癌异质性,发现核分裂成纤维细胞作为预后标志物和治疗靶点 | 首次系统鉴定肺腺癌中核分裂成纤维细胞亚群,并基于此构建五基因预后模型,该模型优于49个已发表模型 | 高nLRS评分患者对免疫治疗的抵抗性需在肺腺癌特异性队列中前瞻性验证 | 系统表征肺腺癌相关成纤维细胞亚群,构建基于成纤维细胞的预后标志物 | 肺腺癌患者中的成纤维细胞亚群及其预后价值 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习算法组合(100种) | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 2719例患者(19个队列)的bulk RNA数据,368,904个细胞(93个样本)的单细胞RNA数据,15,673个点(6个样本)的空间转录组数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 455 | 2026-05-02 |
Secondary analysis of influenza a virus-infected cells at single-cell resolution reveals host BANF1 response to individual and combinations of detected segments
2026-Mar-20, Virology journal
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s12985-026-03140-2
PMID:41862961
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研究论文 | 通过分析单细胞RNA测序数据集,研究甲型流感病毒感染对宿主细胞代谢通路及基因表达的影响 | 利用单细胞分辨率揭示甲型流感病毒不同基因片段及组合对宿主基因表达的差异化影响 | 未明确提及局限性 | 理解甲型流感病毒复制对宿主细胞的细胞内效应,尤其是不同病毒片段对宿主反应的分子机制 | 感染H9N2甲型流感病毒的哺乳动物MDCK细胞 | 自然语言处理 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2041个MDCK细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 公开可用的scRNAseq数据集 |
| 456 | 2026-05-02 |
Telocyte Deletion Associated With Loss of Lymphatic Drainage and Exacerbation of Inflammatory-Erosive Arthritis in Mice
2026-Mar-16, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70131
PMID:41838025
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研究论文 | 该研究通过转基因小鼠模型,发现滑膜淋巴系统(SLS)中端粒细胞(telocyte)的缺失与淋巴引流功能丧失及炎性糜烂性关节炎加重相关 | 首次发现关节周围淋巴管存在端粒细胞网络,并证明其缺失导致淋巴引流障碍和关节炎加剧,提出端粒细胞作为类风湿性关节炎新药物靶点 | 研究主要基于小鼠模型,可能限制向人类应用的直接转化;未深入探讨端粒细胞缺失的具体分子机制 | 阐明类风湿性关节炎中淋巴管收缩功能丧失的病因机制 | 转基因小鼠(Efhd1-CreERT2和Myoc-CreERT2小鼠)的关节引流淋巴系统 | 机器学习 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序、免疫荧光显微术、电子显微镜、共聚焦显微镜、近红外成像、超声、显微CT | NA | 图像数据、基因表达数据 | 涉及多种转基因小鼠品系,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 457 | 2026-03-21 |
scZiva: imputation method for single-cell RNA-seq data with zero-inflated variational autoencoder
2026-Mar-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06422-2
PMID:41857511
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 458 | 2026-03-20 |
Lactylation-related gene signature for prognosis prediction and immune infiltration assessment in lung adenocarcinoma via bulk and single-cell RNA sequencing
2026-Mar-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04845-0
PMID:41851557
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 459 | 2026-05-01 |
Heterogeneity and Regulatory Mechanisms of ALK-Mutant and Wild-Type Epithelial Cells in Non-Small-Cell Lung Cancer: Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility
2026-Mar-12, Pharmacology
IF:2.9Q2
DOI:10.1159/000550967
PMID:41818350
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研究论文 | 利用单细胞转录组和染色质可及性分析,揭示ALK突变型和野生型非小细胞肺癌上皮细胞的异质性与调控机制 | 首次整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,比较ALK突变与野生型肿瘤的分子差异,并鉴定CEACAM6-AKT-EGR1信号轴在耐药和恶性进展中的作用 | 样本量较小,仅5例野生型和4例ALK突变型样本;未在动物模型中验证CEACAM6靶向治疗的疗效 | 解析ALK突变型和野生型NSCLC肿瘤上皮细胞的异质性和表观遗传调控差异 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本(5例ALK野生型,4例ALK突变型) | 机器学习, 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 9例非小细胞肺癌肿瘤组织样本(5例ALK野生型,4例ALK突变型) | Illumina | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | Illumina NovaSeq | 从GEO数据库获取GSE274934数据集的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 |
| 460 | 2026-05-01 |
The landscape of B and plasma cells in breast cancer: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2026-Mar-12, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-026-00917-0
PMID:41820356
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研究论文 | 通过整合公开单细胞RNA测序数据和新生成的79份样本单细胞测序数据,构建了乳腺癌中B细胞和浆细胞的高分辨率图谱,揭示了其异质性和功能多样性 | 首次在乳腺癌中识别出两种肿瘤富集的B细胞亚群——CD200初始B细胞和ISG15非典型记忆B细胞,并验证了CD200 B细胞在抗肿瘤免疫和免疫检查点阻断治疗中的关键作用 | 未提及 | 解析乳腺癌中B细胞和浆细胞的异质性及其功能角色,探索其作为免疫治疗生物标志物和靶点的潜力 | 35名乳腺癌患者的79份样本(B细胞和浆细胞) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞BCR测序、空间转录组学 | 不适用 | 基因表达数据、BCR序列数据、空间转录组学数据 | 35名患者共79份样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞BCR测序、空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |