单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 1054 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2026-06-05 |
Cutting-Edge Technologies to Decode Tumor Microenvironment in Multiple Myeloma
2026-Mar, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70171
PMID:41655245
|
综述 | 综述了用于解码多发性骨髓瘤肿瘤微环境的前沿技术，包括单细胞组学、空间转录组学、质谱流式细胞术和先进成像技术 | 系统总结了多种新兴技术（单细胞组学、空间转录组学、质谱流式细胞术、人工智能）在解析多发性骨髓瘤肿瘤微环境中的整合应用，强调了从空间异质性到精准医学转化的创新路径 | 技术复杂性高、资源需求大、缺乏标准化流程，限制了直接临床应用 | 综述新兴技术如何整合应用以解码多发性骨髓瘤肿瘤微环境生物学，推动精准医学发展 | 多发性骨髓瘤肿瘤微环境中的肿瘤细胞和免疫细胞相互作用及其空间异质性 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞组学, 空间转录组学, 质谱流式细胞术, 先进成像 | NA | 图像, 文本, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 422 | 2026-06-05 |
Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages
2026-Mar, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2026.02.005
PMID:41655669
|
research paper | 本研究开发了一种三维异质性三组分肿瘤类器官模型，模拟高级别浆液性卵巢癌的肿瘤微环境，包括癌细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞，并验证了其在化疗耐药、癌症干细胞富集、迁移和侵袭等方面的临床相关表型 | 首次构建可调控的三组分肿瘤类器官模型，整合了间充质干细胞和巨噬细胞，能够更真实地重现肿瘤异质性细胞间的相互作用，并支持高通量药物筛选 | 未明确提及局限性，但模型可能无法完全再现体内复杂微环境的所有方面，且仅使用了有限数量的细胞系和原代细胞 | 探索卵巢癌肿瘤微环境中细胞间信号传导对临床表型的影响，并建立可用于靶向治疗前临床测试的体外模型 | 高级别浆液性卵巢癌的肿瘤微环境，包括癌细胞、癌相关成纤维细胞和巨噬细胞 | digital pathology | ovarian cancer | scRNA-seq | tumoroid | 基因表达数据 | 使用OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8细胞系，原代间充质干细胞和U937衍生的M2样巨噬细胞；具体样本量未明确说明 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 423 | 2026-06-05 |
The Poly(rC) binding protein 2 is required for spermatogenesis by regulating alternative splicing and mRNA stability
2026-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150796
PMID:41655928
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，发现PCBP2在非梗阻性无精子症患者睾丸组织中下调，并利用小鼠模型揭示PCBP2通过调控剪接和mRNA稳定性参与精子发生 | 首次鉴定并功能验证了PCBP2在精子发生中的不可或缺作用，揭示了其通过招募hnRNPU和DDX5调控减数分裂和精子形成相关基因的mRNA稳定性和选择性剪接的新机制 | 未详细说明PCBP2在其他类型男性不育中的潜在作用，以及从动物模型到人类治疗的直接转化挑战 | 探究多聚rC结合蛋白2在精子发生中的功能及其在非梗阻性无精子症中的作用机制 | 非梗阻性无精子症患者睾丸组织样本、PCBP2条件敲除小鼠模型 | 自然语言处理，机器学习 | 男性不育 | NGS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RIP-seq, 免疫沉淀-质谱联用 | NA | 图像，文本 | 患者睾丸组织样本（具体数量未提供）、小鼠模型（PCBP2条件敲除小鼠） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 424 | 2026-06-05 |
The proliferative Scissor+ gene signature model uncovers the ISG15-KPNA2 axis as a critical driver of malignancy in ccRCC
2026-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150812
PMID:41663022
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示增殖性Scissor+基因特征模型及ISG15-KPNA2轴在透明细胞肾细胞癌恶性进展中的关键作用 | 首次利用Scissor算法从单细胞RNA-seq数据中识别增殖性Scissor+细胞，构建11基因预后模型，并发现ISG15通过泛素-蛋白酶体途径调控KPNA2稳定性促进肿瘤恶性表型 | 未明确说明局限性 | 探究透明细胞肾细胞癌中增殖性细胞亚群的转录特征及其临床相关性，并揭示关键调控机制 | 透明细胞肾细胞癌患者样本（包括单细胞RNA-seq数据和批量转录组数据）及ccRCC细胞系 | 机器学习和数字病理学 | 透明细胞肾细胞癌 | 单细胞RNA测序、批量转录组测序、Scissor算法、机器学习、免疫共沉淀、免疫荧光、泛素化检测 | Lasso+plsRcox | 单细胞转录组数据和批量转录组数据（基因表达数据） | 多个队列数据（GSE156632、TCGA-KIRC、EMTAB1980、CPTAC） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 425 | 2026-06-05 |
Sarcoidosis: Disease mechanisms, diagnostic pathway and treatment
2026-Mar, Autoimmunity reviews
IF:9.2Q1
DOI:10.1016/j.autrev.2026.103993
PMID:41651390
|
综述 | 本文综述了结节病的发病机制、诊断途径和治疗方法 | 纳入了单细胞RNA测序和空间转录组学的最新研究成果，并提出了JAK抑制剂和mTOR抑制剂作为潜在治疗新方案 | 结节病罕见性、临床病程异质性及缺乏预后生物标志物，增加了临床试验设计与实施的难度 | 总结结节病的疾病机制、诊断挑战和现有及新兴治疗策略 | 结节病患者 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 426 | 2026-06-05 |
Osteoarthritis and chondrosarcoma: Bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing and molecular docking
2026-Mar, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/205134
PMID:41669898
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序和分子对接技术，分析骨关节炎与软骨肉瘤的细胞异质性和分子机制，并识别潜在治疗靶点 | 首次将单细胞RNA测序与分子对接技术联合应用于骨关节炎和软骨肉瘤的比较研究，揭示了两类关节致残疾病在细胞亚群分布和基因表达谱上的差异，并发现姜黄素和白藜芦醇与DAP3蛋白的结合潜力 | 研究基于公开数据集，可能受原始数据质量和样本数量的限制；分子对接结果需进一步实验验证 | 探究骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性和分子机制，识别潜在治疗靶点 | 骨关节炎和软骨肉瘤的公开单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 骨关节炎, 软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 蛋白质结构数据 | 公开数据集，具体数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 427 | 2026-06-05 |
A brain-gut excitatory peptide/CCHamide homolog regulates satiation and motivational state transitions in the Aplysia feeding circuit
2026-Mar, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.111257
PMID:41654135
|
研究论文 | 本研究在海洋软体动物海兔中鉴定了脑-肠兴奋性肽/CCHamide同源物（apEP/CCHa），并揭示了其作为饱腹信号通过调节进食中枢模式发生器神经元来调控饱腹感和动机状态转换的机制 | 首次在软体动物中系统阐明EP/CCHa信号通路对进食回路的调节机制，发现两个进化上独立的受体亚型，并通过单细胞RNA测序精确定位到特定中枢模式发生器神经元 | 未能在其他软体动物或节肢动物中进行交叉验证，且对两个受体功能差异的具体机制探索有限 | 探究脑-肠肽EP/CCHa如何调控进食回路中的饱腹感和动机状态转换 | 海洋软体动物海兔（Aplysia）的进食回路 | 神经科学 | NA | 质谱分析、原位杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、神经元活动数据 | 海兔标本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 428 | 2026-06-04 |
HFFST: A Hierarchical Feature Fusion Algorithm for Spatial Gene Expression Prediction Using Histopathology Images
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3658320
PMID:41591852
|
research paper | 提出HFFST算法，从H&E染色的病理图像中预测空间基因表达，利用层次化特征融合方法提高预测性能 | 提出层次化特征融合算法，采用粗到细的回归框架，充分利用全切片图像的多级特征来预测空间转录组谱 | 研究未提及具体局限性 | 从H&E染色病理图像预测空间基因表达，降低空间转录组学的高成本和技术复杂性 | H&E染色的病理图像及对应的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 层次化特征融合算法 | 图像 | 五个公开数据集和10X Genomics的高分辨率Visium数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高分辨率Visium数据 |
| 429 | 2026-06-04 |
Humoral IgG1 responses to tumor antigens underpin clinical outcomes in immune checkpoint blockade
2026-Mar, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-04177-6
PMID:41593194
|
研究论文 | 本研究探讨了抗PD-1治疗肝细胞癌患者中IgG1浆细胞的体液免疫应答及其对临床结局的影响 | 首次揭示抗PD-1治疗诱导肿瘤特异性IgG1浆细胞反应，并与T细胞活性协同促进临床获益，建立了体液-细胞免疫轴的新机制 | 样本量较小（38例肝细胞癌患者），且主要基于新辅助治疗队列，可能无法完全代表晚期或不同治疗背景的患者群体 | 阐明抗PD-1免疫检查点抑制治疗中体液免疫应答（特别是IgG1浆细胞）的作用及其与临床结局的关系 | 接受新辅助抗PD-1治疗的肝细胞癌患者的肿瘤组织、血清及外周血样本 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、批量RNA测序、空间转录组学、血清学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、蛋白质数据 | 38例肝细胞癌患者（主要队列），额外7个独立队列共500例单细胞/批量测序数据、7例空间转录组数据及1582例生存分析数据 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 430 | 2026-06-03 |
Hidden oral-joint-lung axis: Porphyromonas gingivalis Infection promotes the EMyT of RA-ILD by inhibiting the JUN-regulated palmitoylation balance
2026-Mar-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116210
PMID:41547254
|
研究论文 | 揭示了牙龈卟啉单胞菌感染通过抑制JUN调控的棕榈酰化平衡促进RA-ILD中上皮-肌成纤维细胞转化的机制 | 首次提出并验证'口腔-关节-肺轴'假说，揭示牙龈卟啉单胞菌通过JUN调控的棕榈酰化失衡驱动RA-ILD的分子机制 | 研究对象仅限于RA-ILD患者和小鼠模型，缺乏大规模临床队列验证，且未探讨其他口腔微生物的潜在协同作用 | 阐明牙龈卟啉单胞菌感染驱动RA-ILD的分子机制，为临床治疗提供新靶点 | RA-ILD患者肺泡灌洗液和粪便样本、胶原诱导关节炎小鼠模型、人肺上皮细胞系A549和BEAS-2B | 数字病理学 | 类风湿关节炎相关间质性肺病 | 宏基因组二代测序、16S rRNA测序、单细胞测序、分子对接 | NA | 测序数据、免疫病理学图像、qPCR和WB数据 | RA-ILD患者肺泡灌洗液和粪便样本（具体数量未明确说明）、CIA小鼠模型（具体数量未明确说明） | Illumina | 宏基因组二代测序, 16S rRNA测序, 单细胞测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 431 | 2026-06-02 |
Harnessing arginase 2-specific CD8+ T cells to target immunosuppressive cutaneous T-cell lymphoma
2026-03-19, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf450
PMID:41208405
|
研究论文 | 探讨精氨酸酶2特异性CD8+ T细胞靶向免疫抑制性皮肤T细胞淋巴瘤的潜力 | 首次证明恶性皮肤T细胞淋巴瘤细胞可被ARG2特异性CD8+ T细胞靶向识别，揭示ARG2作为CTCL免疫治疗新靶点的可能性 | 仅在体外细胞系和公共单细胞数据集中验证，缺乏体内动物模型和临床试验证据 | 评估恶性CTCL细胞是否高表达ARG2并可作为ARG2特异性CD8+ T细胞的免疫治疗靶点 | 八种CTCL细胞系及患者病变组织中的恶性T细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，CRISPR-Cas9基因编辑，酶联免疫斑点检测 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 8种CTCL细胞系，多名供体的CD8+ T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用公开的单细胞RNA测序数据集分析患者病变组织 |
| 432 | 2026-06-02 |
Single-cell RNA sequencing and proteomics uncover glycolytic dysregulation linking skin and systemic inflammation in dermatomyositis
2026-03-19, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf486
PMID:41329255
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示皮肌炎中糖酵解失调连接皮肤与系统性炎症 | 首次构建皮肌炎皮肤病变的高分辨率单细胞图谱，鉴定出炎症性成纤维细胞亚群，并揭示IFN-I信号通路和CXCL10-糖酵解轴作为核心炎症驱动机制 | 未明确说明 | 明确皮肌炎系统性及皮肤病变的炎症景观，并探究其潜在致病机制 | 成人经典皮肌炎患者的皮肤病变样本及实验性自身免疫性肌炎小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、转录组学 | NA | 图像 | 成人经典皮肌炎患者样本及实验性自身免疫性肌炎小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'端测序 |
| 433 | 2026-03-20 |
Single-cell RNA sequencing: a tool for precision dermatology
2026-Mar-19, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljag013
PMID:41518002
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 434 | 2026-05-30 |
Splicing variants in MYRF cause partial loss of function in the retinal pigment epithelium leading to nanophthalmos
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.194681
PMID:41746734
|
研究论文 | 研究揭示了MYRF基因的剪接变异体导致视网膜色素上皮细胞部分功能丧失，从而引发纳米眼 | 首次证明MYRF基因的C末端剪接变异体（如dG-MYRF）是功能减退等位基因，并解释了为何此类变异导致孤立性纳米眼而非综合征性疾病 | 未提及 | 探究MYRF基因C末端变异导致孤立性纳米眼与完全功能丧失变异导致综合征疾病的差异机制 | MYRF基因C末端剪接变异体（dG-MYRF, p.Gly1126fs30*, c.3376-1G>A）及两个产生非功能性亚型的MYRF剪接变异体 | 分子生物学 | 纳米眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人源化MYRF C末端小鼠模型（MyrfhumdG/humdG胚胎致死，MyrfhumWT/humWT存活）及KO RxCre;Myrffl/fl小鼠（E15.5和P0） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 435 | 2026-05-30 |
A single-nucleus and spatial transcriptomic atlas of poplar leaves reveals the regulation of leaf polarity and cuticle deposition
2026-Mar-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2026.03.015
PMID:41866110
|
研究论文 | 通过单核和空间转录组学构建杨树叶片的细胞图谱，揭示叶面极性及角质层沉积的调控机制 | 首次整合单核和空间转录组学解析杨树叶片近轴-远轴极性，发现MYC2作为角质层生物合成的关键调控因子，结合脂质合成和转运基因启动子并促进角质层增厚 | 研究主要基于杨树叶片，需验证MYC2在其他植物中的保守性及其在非生物胁迫中的具体功能 | 探究叶片近轴-远轴极性建立过程中转录组和代谢组的空间调控网络 | 杨树叶片细胞类群（叶肉细胞、表皮细胞、维管相关细胞）及其近轴-远轴亚型 | 数字病理学 | 不适用 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学 | 不适用 | 基因表达数据、空间位置数据 | 杨树叶片样本 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序平台, 10x Visium空间转录组平台 |
| 436 | 2026-05-29 |
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2026-03-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71027-5
PMID:41917025
|
研究论文 | 研究烟曲霉感染时肺成纤维细胞的激活及其通过免疫调节和组织重塑增强肺防御的机制 | 首次通过细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序揭示成纤维细胞在烟曲霉感染中的保护性免疫调节作用 | 未提及具体局限性 | 探究烟曲霉引起的肺损伤中成纤维细胞的功能反应及其在宿主防御中的作用 | 免疫正常和免疫抑制宿主中的肺成纤维细胞 | 机器学习 | 肺曲霉病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 免疫正常和免疫抑制小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 437 | 2026-05-29 |
Perspectives from machine learning and multi-omics to decoding the effects of VDAC2 malignant subsets on tumor evolution
2026-Mar-31, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01394-1
PMID:41917254
|
研究论文 | 利用机器学习和多组学分析解码VDAC2恶性亚型对肿瘤演化的影响 | 通过整合批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，首次系统揭示了VDAC2在泛癌中的恶性功能及其通过VDAC2-BAK1-IFNγ通路促进肿瘤进展和免疫逃逸的机制 | 基于公开数据库的分析，缺乏大规模独立临床样本验证，且实验主要在体外细胞模型中进行 | 系统挖掘VDAC2在泛癌中的作用及其作为预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力 | VDAC2基因在泛癌中的表达、功能及免疫调控机制 | 机器学习 | 泛癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、RT-PCR、细胞共培养、CCK-8实验、Transwell侵袭实验、ELISA | NA | RNA测序数据、空间转录组数据 | 泛癌数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 438 | 2026-05-29 |
A spatiotemporal transcriptomic atlas of porcine (Sus scrofa) female early gonadal development
2026-Mar-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09932-0
PMID:41906042
|
研究论文 | 利用高分辨率空间转录组技术解析猪雌性早期性腺发育过程中细胞类型及其空间动态 | 首次应用高分辨率空间转录组技术绘制猪早期性腺发育的时空图谱，阐明了支持细胞谱系中两波颗粒细胞的空间定位及其在生殖细胞发育中的调控作用，并发现BMP信号通路在原始生殖细胞向卵原细胞特化中的关键角色 | 空间转录组技术无法直接解析单细胞水平的基因表达，可能遗漏部分细胞类型的细微差异 | 揭示猪雌性早期性腺发育过程中原始生殖细胞向卵原细胞特化和进入减数分裂的时空动态机制 | 猪（Sus scrofa）雌性早期性腺组织中的原始生殖细胞、体细胞及各种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 猪早期性腺样本（具体数量未在标题和摘要中明确） | NA | 空间转录组学 | NA | 高分辨率空间转录组技术（具体平台未在摘要中说明） |
| 439 | 2026-05-29 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration with IN-DEPTH Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2026-Mar-24, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-0775
PMID:41874448
|
研究论文 | 提出IN-DEPTH工作流，实现同一玻片上的空间转录组和蛋白质组整合分析，结合SGCC框架揭示肿瘤微环境中的空间重排 | 开发了IN-DEPTH工作流，可在同一玻片上整合单细胞空间蛋白质组和转录组且无RNA信号丢失；提出SGCC框架用于跨模态整合，解析细胞间功能状态变化 | 新兴同玻片多组学方法在多重性、空间分辨率、信号保留和整合分析方面仍存在局限 | 实现空间多组学整合以揭示肿瘤微环境中的临床相关机制，并推动稳健的空间多模态AI模型发展 | 弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）组织样本 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、IN-DEPTH、SGCC | NA | 图像、空间转录组数据 | EBV阳性和EBV阴性肿瘤样本 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 440 | 2026-05-29 |
FineST: contrastive learning integrates histology and spatial transcriptomics for nuclei-resolved ligand-receptor analysis
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70528-7
PMID:41839892
|
研究论文 | FineST通过对比学习整合组织学和空间转录组学数据，实现核分辨率下的配体-受体分析 | 利用组织学基础模型的深度对比学习，实现核精度的RNA表达插补和细胞间通信分析，在VisiumHD和Xenium数据集上显著优于现有方法 | 主要聚焦于Visium平台，可能在其他平台上的泛化能力有限；数据稀疏性和分辨率限制在复杂组织中仍存在挑战 | 开发高分辨率空间转录组学分析方法以揭示细胞间通信模式 | 结直肠癌VisiumHD和乳腺癌Xenium数据集，以及多种癌症类型的肿瘤-免疫相互作用 | 计算机视觉, 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌, 乳腺癌, 鼻咽癌, 肝细胞癌 | 空间转录组学, 对比学习 | 对比学习模型 | 组织学图像, 空间转录组学数据 | 结直肠癌VisiumHD和乳腺癌Xenium数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x VisiumHD, 10x Xenium | 10x Visium平台用于空间基因表达分析，VisiumHD用于高分辨率数据，Xenium用于乳腺癌原位验证 |