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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-05-10 |
The tumor-associated fibroblasts regulate urothelial carcinoma progression
2026-Mar-19, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaf032
PMID:40973873
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序、空间增强分辨率组学测序和UTUC免疫荧光芯片队列构建了CAFs的综合微环境图谱,并研究了CAFs在UTUC进展中的作用 | 首次构建上尿路上皮癌中肿瘤相关成纤维细胞的全面微环境图谱,并通过多组学技术揭示其与肿瘤细胞亚群的相互作用信号及共同预后标志物 | 研究仅基于有限样本和特定平台,未涉及功能性验证或临床干预实验 | 阐明肿瘤相关成纤维细胞在上尿路上皮癌进展中的调控机制及与膀胱尿路上皮癌的共享预后标志物 | 上尿路上皮癌患者肿瘤组织中的肿瘤相关成纤维细胞亚群及肿瘤上皮细胞 | 数字病理学 | 上尿路上皮癌、膀胱尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序、空间增强分辨率组学测序、免疫荧光芯片 | NA | 基因表达数据、空间转录组学数据、免疫荧光图像 | 包含UTUC免疫荧光芯片队列的多组学样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序和单细胞核RNA测序使用10x Chromium平台,空间增强分辨率组学测序使用特定空间平台 |
| 402 | 2026-05-10 |
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09989-7
PMID:41639465
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研究论文 | 通过构建CD8 T细胞状态图谱,系统定义驱动T细胞程序分化的转录因子 | 首次整合转录组和表观遗传数据构建九种CD8 T细胞状态图谱,结合体内CRISPR筛选与单细胞测序发现新型TEX选择性转录因子ZSCAN20和JDP2 | 未明确说明局限性 | 系统定义驱动CD8 T细胞状态分化的转录因子,为精准工程化T细胞免疫治疗提供平台 | CD8 T细胞的多种分化状态(包括终末耗竭T细胞、组织驻留记忆T细胞等) | 自然语言处理 | 癌症 | CRISPR筛选、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 九种CD8 T细胞状态的数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 403 | 2026-05-09 |
IGSF9 drives malignant transformation and predicts early-stage lung adenocarcinoma in integrated transcriptomic analyses
2026-Mar-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04836-1
PMID:41904745
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研究论文 | 通过整合转录组分析,发现IGSF9驱动恶性转化并可预测早期肺腺癌 | 首次发现IGSF9作为早期肺腺癌的诊断生物标志物,并揭示其在恶性转化中的多重作用,包括免疫逃逸、肿瘤细胞迁移和侵袭以及干细胞样AT2亚群向恶性状态的转化 | 未明确阐述研究样本数量、平台具体配置等细节,可能需要在更大规模队列中验证 | 阐明早期肺腺癌的分子机制并识别有效的诊断生物标志物 | 早期肺腺癌患者样本及肿瘤微环境中的肺泡细胞 | 机器学习和单细胞转录组学 | 肺腺癌 | scRNA-seq,机器学习 | 随机森林和LASSO | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 404 | 2026-05-09 |
Analysis and validation of mast cells and enriched genes in colorectal cancer with liver metastasis by multi-omics data
2026-Mar-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04916-2
PMID:41894110
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研究论文 | 通过多组学数据分析和验证结直肠癌肝转移中的肥大细胞及其富集基因的作用 | 首次结合批量测序和单细胞RNA测序数据,系统分析肥大细胞在结直肠癌肝转移中的比例变化,并构建基于三个富集基因(APOC1、SPP1、CLU)的预测模型 | 未明确提及样本来源或外部验证的局限性,可能缺少对不同亚型肥大细胞的深入功能验证 | 确定肥大细胞及富集基因在结直肠癌肝转移中的作用 | 结直肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌、肝转移 | 批量测序、单细胞RNA测序、免疫组化 | 预测模型(基于基因表达) | 基因表达数据、组织样本图像 | 四个批量测序数据集共223个样本,一个单细胞RNA测序数据集,以及临床样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 405 | 2026-05-09 |
Spatial transcriptomics uncovers vasculature-centered cellular interactions driving Japanese encephalitis progression in a mouse model
2026-Mar-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70047-5
PMID:41844605
|
研究论文 | 利用空间转录组技术构建日本脑炎发病机制的综合时空图谱 | 首次同时原位捕获宿主和病毒转录组,构建日本脑炎发病的综合时空图谱,并揭示Ly6c2单核细胞和Ackr1内皮细胞在病毒传播和神经炎症中的关键作用 | 仅在小鼠模型中验证,需要进一步在人类样本中验证;未详细讨论其他细胞类型和信号的潜在贡献 | 研究日本脑炎病毒(JEV)感染引起的神经病理过程中的细胞互作机制 | 日本脑炎病毒感染的小鼠大脑 | 数字病理学 | 日本脑炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 雌性BALB/c小鼠,具体样本数量未提及 | 华大基因 | 空间转录组学 | Stereo-seq | Stereo-seq空间转录组技术 |
| 406 | 2026-05-09 |
A blueprint for local and distal invasion programs in glioblastoma
2026-Mar-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70470-8
PMID:41844611
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重复用成像技术,探讨胶质母细胞瘤的局部和远端侵袭程序 | 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学和多重复用成像结合,系统解析胶质母细胞瘤的远端和局部侵袭潜力及其转录程序 | 研究主要基于异种移植小鼠模型,可能无法完全模拟人类胶质母细胞瘤的微环境 | 阐明胶质母细胞瘤侵袭的分子机制,区分侵袭潜力与侵袭过程相关的转录特征 | 20种患者来源的胶质瘤球体模型及小鼠原位异种移植模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多重复用成像 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、成像数据 | 20种患者来源的胶质瘤球体模型 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 407 | 2026-05-09 |
Multimodal imaging reveals a lysosomal drug reservoir that drives heterogeneous distribution of PARP inhibitors
2026-Mar-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70558-1
PMID:41844641
|
研究论文 | 使用多模态成像揭示溶酶体药物储库导致PARP抑制剂在肿瘤内呈异质性分布 | 首次通过患者来源的外植体多模态成像管线,在单细胞水平上显示PARP抑制剂积累的高度异质性,并发现溶酶体作为弱碱性PARP抑制剂的药物储库影响核内药物浓度和疗效 | 未提及具体局限性 | 研究肿瘤异质性对药物分布和疗效的影响,特别是PARP抑制剂在高级别浆液性卵巢癌中的细胞内在积累差异 | 患者来源的外植体、高级别浆液性卵巢癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 多模态成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 多个患者来源的外植体样本(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 408 | 2026-05-09 |
Local antibody feedback enforces a checkpoint on affinity maturation in the germinal center and promotes epitope spreading
2026-Mar-10, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2026.01.011
PMID:41690309
|
研究论文 | 研究局部抗体反馈如何通过种系中心调节亲和力成熟并促进表位扩散 | 首次揭示局部表位特异性竞争通过抗体反馈回路直接影响种系中心反应,低亲和力B细胞在特定条件下比高亲和力B细胞更持久,并促进免疫反应向替代表位扩散 | 该研究基于小鼠模型,可能无法完全代表人类免疫系统的复杂性,且未深入探讨长期免疫记忆形成的影响 | 探究局部抗体反馈如何在种系中心中调控亲和力成熟的检查点并影响表位扩散 | 小鼠模型及携带特定亲和力B细胞受体的B细胞 | 机器学习 | 人类免疫缺陷病毒感染 | NA | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体数量未提供 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 409 | 2026-05-09 |
Deep Learning Enabled 3D Multi-Omic Analysis Reveals Molecular Signatures of Heterogeneous Response to Chemotherapy in Pancreatic Cancer
2026-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.03.709150
PMID:41867770
|
研究论文 | 通过深度学习三维多组学分析揭示胰腺癌化疗异质性反应的分子特征 | 首次开发结合深度学习的三维分析流程,利用形态学特征自动分类敏感和持续性肿瘤细胞群体,并进行后续分子表征 | NA | 识别胰腺癌对化疗耐药的新机制 | 人类胰腺癌临床样本 | 计算机视觉 | 胰腺癌 | 空间蛋白质组学,空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | 接受新辅助化疗的人类胰腺癌样本队列 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 410 | 2026-05-09 |
Acute Inflammation Drives Corneal Pathological Regeneration
2026-Mar-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.3.58
PMID:41910526
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序描绘急性炎症诱导的角膜病理再生过程中的转录组和表观遗传组图谱 | 首次提供炎症角膜的时间分辨单细胞转录组和表观遗传组综合图谱,揭示细胞类型特异性基因调控元件和顺式调控染色质相互作用 | 未明确说明局限性 | 表征急性炎症诱导的角膜转录组和表观遗传组重塑 | 脂多糖或PBS处理后第5天和第10天的角膜缘-角膜组织 | 数字病理学 | 角膜炎症性疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 未明确说明样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 |
| 411 | 2026-05-09 |
Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals upregulation of glycolysis pathway genes before overt tauopathy in the PS19 mouse model
2026-Mar, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01652-z
PMID:41688738
|
研究论文 | 利用空间转录组分析PS19小鼠模型在tau蛋白病变发生前的代谢变化,发现糖酵解通路基因在易感脑区早于可见病理变化出现上调 | 首次通过空间转录组学揭示CA3区域糖酵解通路基因Pgk1在可检测的tau蛋白缠结出现前即发生上调,且与缠结严重程度相关,区域特异性代谢失调为tau蛋白病变早期标志 | 研究基于小鼠模型,结果需在人类样本中验证;未深入探讨早期糖酵解上调的确切机制 | 研究tau蛋白病变与脑区特异性转录组变化的关系,特别是代谢功能障碍在疾病早期的作用 | PS19 tau P301S转基因小鼠模型的海马区和皮层区域 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | PS19小鼠模型在2、4、6个月等不同时间点的海马和皮层样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术用于PS19小鼠脑组织切片分析 |
| 412 | 2026-05-09 |
Deconvolving cell-type-specific gene expression profiles from bulk RNA-seq samples
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014101
PMID:41886524
|
研究论文 | 开发基于U-Net的深度学习算法BLUE,从bulk RNA-seq样本中解卷积出细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 | 提出U-Net架构的深度学习算法BLUE,能同时预测细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱,显著优于现有解卷积算法 | NA | 整合bulk RNA-seq和scRNA-seq的优势,从bulk RNA-seq数据中推断细胞类型特异性基因表达信息 | bulk RNA-seq样本和scRNA-seq数据集 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | U-Net | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 413 | 2026-05-08 |
Lineage-Specific Sex-Biased Transcriptional Programs in Healthy Human Truncal Skin Revealed by Single-Cell Transcriptomics
2026-Mar-31, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040415
PMID:42074533
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学构建健康人类躯干皮肤的性别解析图谱,揭示谱系特异性性别偏向转录程序 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘健康人类躯干皮肤的性别差异,发现性别偏向基因呈谱系特异性而非广泛表达变化 | 样本量有限(12名捐赠者),且仅聚焦躯干皮肤,未涵盖其他身体部位 | 明确健康成人躯干皮肤在细胞组成和基因表达上的性别关联差异 | 健康人类躯干皮肤的细胞组成和性别偏向转录程序 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名捐赠者(5男,7女),共107,967个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2026-05-08 |
Lactylation-Associated Immune Metabolic Reprogramming Identifies S100A2 and S100A14 as Candidate Diagnostic Biomarkers in Primary Open-Angle Glaucoma: An Integrated Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis
2026-Mar-31, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040403
PMID:42074521
|
研究论文 | 通过整合批量转录组和单细胞转录组分析,确定S100A2和S100A14作为原发性开角型青光眼的候选诊断生物标志物,并揭示其与免疫代谢重编程的相关性 | 首次将乳酰化相关免疫代谢重编程与原发性开角型青光眼联系起来,通过机器学习识别出S100A2和S100A14作为候选诊断标志物,并利用单细胞分析揭示其细胞类型特异性表达模式 | NA | 探索原发性开角型青光眼中乳酰化相关的免疫代谢重编程,并识别可靠的诊断生物标志物 | 原发性开角型青光眼患者的骨小梁组织样本 | 数字病理学 | 原发性开角型青光眼 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 415 | 2026-05-08 |
Single-Cell Multi-Omics Reveal Gene Regulatory Mechanisms Underlying Cardiac Embryonic Development
2026-Mar-31, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040414
PMID:42074532
|
综述 | 综述单细胞多组学技术在解析心脏胚胎发育基因调控机制中的应用 | 系统总结了单细胞多组学(如scRNA-seq、scATAC-seq、空间转录组学)在构建高分辨率心脏细胞图谱、揭示细胞异质性和谱系分化机制方面的最新进展 | 技术方法仍需进一步完善,整合分析策略有待优化以更全面揭示发育过程 | 阐明单细胞多组学技术如何揭示心脏胚胎发生中的基因调控机制及其对先天性心脏病的启示 | 心脏胚胎发育过程中的细胞类型、谱系轨迹和基因调控网络 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 416 | 2026-05-08 |
Astrocytes in neuroinflammation and brain cancer
2026-Mar-30, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-026-00439-y
PMID:41910655
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综述 | 合成单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学和多重成像证据,描绘星形胶质细胞在神经炎症和脑癌中的主要肿瘤相关程序,并提出4D时空映射框架和胶质液体活检概念 | 提出基于星形胶质细胞的4D时空映射框架和胶质液体活检概念,识别可干预的分子节点 | 尚缺乏临床纵向采样和空间图谱验证,星形胶质细胞靶向干预的体内验证和患者分层需要进一步研究 | 阐明星形胶质细胞在脑癌(尤其是胶质瘤)进展中的状态转变机制,并探索治疗转化策略 | 肿瘤相关星形胶质细胞 | 数字病理学 | 脑癌(胶质瘤) | 单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、多重成像 | NA | 图像、文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组学 |
| 417 | 2026-05-08 |
Integrated Multi-Omics and Machine Learning Framework Identifies Diagnostic Signatures and Druggable Targets in Breast Cancer
2026-Mar-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040396
PMID:42074514
|
研究论文 | 通过整合多组学与机器学习框架,鉴定乳腺癌诊断标志物及可药靶点 | 首次结合127种机器学习算法与SMR因果推断,筛选出关键诊断基因CHEK1,并利用AI辅助虚拟筛选与分子对接优先识别靶向化合物 | 研究结果为基于计算预测的假设生成,尚需实验验证才能得出治疗结论 | 鉴定乳腺癌高灵敏度、高特异性的诊断生物标志物及靶向治疗分子靶点 | 乳腺癌转录组数据,包括7个GEO数据集与TCGA-BRCA队列(共1231个样本) | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞转录组测序 | 集成机器学习(127种算法组合) | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 1231个乳腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq(推测) | NA |
| 418 | 2026-05-08 |
Single-Cell Sequencing Reveals γδT Cell Heterogeneity Under Distinct Microsatellite Statuses as a Potential Biomarker for Immunotherapy and Prognosis in Colorectal Cancer
2026-Mar-29, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040387
PMID:42074506
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示不同微卫星状态下γδT细胞的异质性,并探讨其作为结直肠癌免疫治疗和预后生物标志物的潜力 | 首次在单细胞分辨率下鉴定出微卫星不稳定结直肠癌中富集的C4_CXCL13 γδT细胞亚群,该亚群具有耗竭样T细胞表型但保留强大的细胞毒功能,并基于其17个标记基因构建了与生存、免疫浸润和治疗反应相关的特征评分 | 基于公共数据集的验证可能受限于样本异质性,且功能验证实验不够充分 | 阐明不同微卫星状态下γδT细胞的异质性特征及其在调控结直肠癌免疫治疗反应中的作用 | 结直肠癌患者中的γδT细胞亚群 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | NA(基于公共数据集,未明确样本数量) | NA(未在标题和摘要中提及具体平台公司) | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 419 | 2026-05-08 |
Th17-driven CD8+ T cells in hUC-MSC and CAR T-cell dual immunotherapy for superior anti-tumor efficacy
2026-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08656-7
PMID:41896206
|
研究论文 | 开发了一种新型双重细胞免疫疗法,将人脐带间充质干细胞与CD19 CAR T细胞联合使用,以增强抗肿瘤效果并减轻副作用 | 首次揭示hUC-MSC通过Th17分化诱导CD8 NK样细胞毒性T淋巴细胞,从而在肿瘤高负荷条件下增强CAR T细胞疗效 | 基于异种移植模型,可能无法完全模拟人体免疫环境 | 探索hUC-MSC与CAR T细胞联合疗法在肿瘤高负荷条件下的抗肿瘤效果和安全性 | 人脐带间充质干细胞和CD19 CAR T细胞 | 机器学习 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 高负荷B细胞淋巴瘤异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2026-05-08 |
HIF1 inhibition targets tumoral and myeloid cells, and is a promising therapy for metastatic castration-resistant prostate cancer
2026-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08590-8
PMID:41896221
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示HIF1抑制靶向肿瘤和髓系细胞,为转移性去势抵抗性前列腺癌提供有前景的治疗策略 | 首次结合单细胞和空间转录组学揭示HIF1信号在PTEN/TP53缺失的前列腺癌中调控髓系细胞浸润和转移微环境,并提出HIF1抑制优于直接髓系细胞阻断的治疗效果 | 仅在小鼠模型中进行验证,需在人类样本和临床试验中进一步确认 | 阐明HIF1信号在转移性去势抵抗性前列腺癌中的肿瘤和免疫微环境调控机制 | PTEN和TP53双敲除的前列腺癌小鼠模型及肿瘤相关髓系细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫组化 | NA | 转录组数据 | 小鼠前列腺肿瘤组织样本及肝转移灶 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |