单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 1050 篇文献,本页显示第 381 - 400 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
381 2026-04-07
STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为STiLE的工具,用于自动化组织微阵列(TMA)的去阵列化,仅基于细胞质心坐标操作,无需依赖组织学图像 STiLE是首个仅基于细胞质心坐标的自动化TMA去阵列化工具,消除了对图像数据的依赖,提高了对染色质量变化和光照不均等伪影的鲁棒性 未在真实世界大规模数据集上进行广泛验证,可能对某些极端伪影情况处理不足 开发一种自动化工具,用于空间转录组学中组织微阵列的去阵列化,以解决手动分配细胞到各自核心的瓶颈问题 组织微阵列(TMA)样本中的细胞质心坐标 空间转录组学 NA 空间转录组学 HDBSCAN(基于密度的聚类算法) 细胞质心坐标 11个公共TMA样本(50-150个核心)和396个合成数据集 Vizgen, 10x Genomics, NanoString 空间转录组学 Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, NanoString CosMx 支持多种空间转录组学平台,包括Vizgen MERSCOPE、10x Xenium和NanoString CosMx
382 2026-04-07
Subcellular transcriptome sequencing with single cell APEX-seq identifies regulators of cell-cell interactions
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为单细胞APEX-seq(scAPEX-seq)的新方法,用于在单细胞分辨率下绘制亚细胞转录组图谱,并应用于肿瘤-巨噬细胞和CAR T细胞共培养系统,以揭示细胞间相互作用的调控因子 开发了基于邻近标记的单细胞APEX-seq方法,首次实现了亚细胞转录组在单细胞水平的高通量映射,特别关注内质网相关转录本,克服了传统单细胞RNA测序在解析细胞表面和分泌转录本方面的不足 方法主要针对内质网相关转录本,可能未全面覆盖其他亚细胞区域的RNA定位;依赖于特定的探针设计和RNA回收优化,技术门槛较高 研究细胞间相互作用的调控机制,通过亚细胞转录组分析揭示细胞状态和转录特征 肿瘤细胞(包括HER2+肿瘤细胞)、巨噬细胞和人类嵌合抗原受体(CAR)T细胞 单细胞测序技术 癌症 单细胞RNA测序,邻近标记技术,APEX-seq NA RNA序列数据 数千个单个细胞 NA 单细胞RNA-seq,基于液滴的RNA-seq NA NA
383 2026-04-07
A Rare T-Cell Factor 4 Lineage-negative Epithelial Stem Cell Supports Wound Repair and APC-deletion-induced Colon Tumorigenesis
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过小鼠谱系追踪、免疫组化和单细胞测序技术,鉴定了一种罕见的非CBC、Tcf4谱系阴性干细胞群,该细胞群在伤口修复和APC缺失诱导的结肠肿瘤发生中发挥关键作用 首次发现并鉴定了一种新的Tcf4谱系阴性干细胞群,揭示了其在肠道屏障修复和特定基因背景下的结肠肿瘤起源中的独特功能 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证;单细胞测序样本量有限 探索结肠上皮干细胞异质性及其在组织稳态和肿瘤发生中的作用 小鼠结肠上皮细胞,特别是Tcf4谱系阴性和阳性干细胞群 单细胞生物学 结肠肿瘤 谱系追踪,免疫组织化学,单细胞测序 NA 单细胞测序数据,组织图像数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
384 2026-04-07
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为Binary-SPA的计算框架,用于高分辨率空间转录组学数据的细胞类型注释,无需依赖外部参考数据 开发了一种两阶段参考自由注释方法,结合二进制分类和内部参考锚点标记转移,克服了传统标记依赖和参考数据匹配的限制 未明确说明方法在极低表达或高度异质性组织中的性能限制 解决高分辨率空间转录组学中细胞类型注释的准确性和覆盖范围问题 高分辨率空间转录组学数据中的细胞 空间转录组学 NA 空间转录组学 二进制分类模型 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
385 2026-04-07
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为PalmaClust的图融合聚类框架,用于在单细胞RNA测序数据中稳健检测超罕见细胞类型 创新性地将社会学中的Palma比率(一种对尾部敏感的度量指标)重新用于识别由极端稀疏性驱动的标记基因,并通过融合多个K近邻图来提升罕见细胞检测性能 未在摘要中明确说明 开发一种可扩展、统计基础的方法,以灵敏检测罕见细胞群体,同时提供校准的置信度和可解释的分子特征 单细胞RNA测序数据中的罕见细胞类型,如瞬时祖细胞、耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 单细胞分析 NA 单细胞RNA测序 图融合聚类框架 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
386 2026-04-07
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了NUP98-KDM5A融合蛋白通过结合高密度H3K4me3区域形成凝胶样凝聚物,从而特异性驱动白血病基因表达的分子机制 首次阐明了NUP98-KDM5A融合蛋白通过局部H3K4me3密度依赖的定量靶向机制形成染色质相关凝聚物,解释了其在广泛H3K4me3背景下特异性靶向HOX基因簇的机制 研究主要基于NUP98-KDM5A模型,其他NUP98融合蛋白的机制可能有所不同;患者单细胞测序数据的相关性分析需要更大样本验证 探究NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚物形成机制 NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病发生中的作用 表观遗传学与分子生物学 白血病 细胞成像、重构实验、基因组学分析、单细胞测序 NA 成像数据、基因组数据、单细胞测序数据 患者单细胞测序数据(具体数量未明确说明) NA 单细胞测序 NA NA
387 2026-04-07
Melanocyte loss dominates the vitiligo transcriptome: a rank-based meta-analysis
2026-Mar-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 通过对六项独立的转录组学研究进行基于排序的荟萃分析,确定了白癜风皮损中稳健的黑色素细胞丢失特征 首次通过基于排序的荟萃分析方法整合多种转录组学平台数据,揭示了白癜风中一个跨研究一致的、稳健的黑色素细胞丢失特征,并识别出新的候选黑色素细胞标记物 研究中观察到的免疫反应激活具有异质性,可能受采样方法和疾病特征影响,需要进一步研究 识别白癜风皮损皮肤中的共识转录特征 白癜风患者的皮损皮肤样本 生物信息学 白癜风 微阵列,bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq 稳健排序聚合分析 转录组数据 115个样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 NA NA
388 2026-04-07
SR2P: an efficient stacking method to predict protein abundance from gene expression in spatial transcriptomics data
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为SR2P的堆叠机器学习框架,用于从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度 SR2P通过集成11种互补的预测模型,在多个空间多组学基准测试中持续优于现有方法,首次实现了从仅含RNA的空间数据中推断蛋白质丰度 技术仍受限于仅基于RNA表达进行预测,可能无法完全捕捉蛋白质-RNA丰度不一致性,且依赖于现有空间多组学数据进行训练 开发一种高效方法,从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度,以增强对肿瘤微环境中免疫细胞状态的分析能力 空间转录组学数据,特别是头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境 机器学习 头颈鳞状细胞癌 空间转录组学,空间多组学分析 堆叠机器学习框架,集成11种预测模型 基因表达数据,蛋白质丰度数据 NA NA 空间转录组学,空间多组学 NA NA
389 2026-04-07
Multi-omics analysis of NEDD1 in hepatocellular carcinoma: biological function, prognostic value, and clinical significance
2026-Mar-03, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过多组学分析探讨了NEDD1在肝细胞癌中的致癌作用、调控机制及与肿瘤微环境的相互作用 首次在肝细胞癌中系统整合多组学数据(包括表观遗传、翻译后修饰、单细胞和空间转录组学)揭示NEDD1的生物学功能,并提出了NEDD1-MZT2B模块在肿瘤细胞和免疫抑制性巨噬细胞中动态运作的新模型 研究主要基于公共数据集和内部临床样本,部分机制仍需进一步实验验证,且样本量可能有限 探索NEDD1在肝细胞癌中的致癌角色、调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用 肝细胞癌组织、公共数据集(TCGA、GEO)、内部临床样本、HCC细胞系及皮下异种移植模型 数字病理学 肝细胞癌 多组学分析、DNA甲基化分析、磷酸化分析、单细胞RNA-seq、空间转录组学 NA 基因表达数据、表观遗传数据、翻译后修饰数据、单细胞数据、空间转录组数据 公共数据集(TCGA、GEO)及内部临床样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
390 2026-04-07
Multiscale confidence quantification for virtual spatial transcriptomics with UTOPIA
2026-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为UTOPIA的模型无关框架,用于虚拟空间转录组学预测的多尺度置信度量化 开发了首个模型无关的多尺度置信度量化框架,能够为从单基因到元基因、从特定细胞类型到广泛细胞类别的预测提供统计校准的置信度评分,并控制错误发现率 未明确说明框架的计算复杂度或在实际大规模数据集上的运行效率 解决虚拟空间转录组学方法预测结果的统计可靠性问题 组织学图像与基因表达或细胞类型预测 数字病理学 NA 虚拟空间转录组学 模型无关框架 组织学图像、基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
391 2026-04-07
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Mar-02, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2
研究论文 本研究探讨卵巢激素缺乏如何通过转录组和代谢改变加剧木烟暴露引起的免疫功能障碍 首次在单细胞水平揭示卵巢激素缺乏与木烟暴露协同作用导致骨髓免疫细胞转录程序和代谢重编程的机制 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;单细胞分析仅聚焦卵巢切除背景 识别木烟暴露免疫毒性的易感因素,特别是卵巢激素缺乏的作用 卵巢切除小鼠的骨髓免疫细胞和骨髓来源巨噬细胞 单细胞组学 免疫功能障碍 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 卵巢切除和假手术小鼠的骨髓细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
392 2026-04-07
Unraveling the carcinogenic mechanisms of benzo[a]pyrene in prostate cancer: a multi-omics approach
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
研究论文 本研究通过整合网络毒理学、单细胞转录组学、分子对接、孟德尔随机化等多种方法,揭示了苯并[a]芘在前列腺癌中的致癌机制 首次采用多组学方法系统研究苯并[a]芘在前列腺癌中的具体作用机制,并识别出TP53等关键基因的诊断和因果相关性 研究主要基于生物信息学分析和已有数据,缺乏实验验证,且样本来源和具体技术细节未明确说明 阐明苯并[a]芘在前列腺癌中的致病机制 苯并[a]芘靶点基因与前列腺癌相关基因 生物信息学 前列腺癌 网络毒理学、单细胞转录组学、差异基因表达分析、分子对接、孟德尔随机化、文献计量学 NA 基因表达数据、文献数据 NA NA 单细胞转录组学 NA NA
393 2026-04-07
Unraveling the ferroptosis landscape in intervertebral disc degeneration through integrated bioinformatics and single-cell sequencing
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
研究论文 本研究通过整合生物信息学和单细胞RNA测序分析,系统揭示了铁死亡在椎间盘退变中的关键基因网络和细胞分布,并探索了白藜芦醇作为潜在治疗药物的可能性 首次在椎间盘退变中整合转录组和单细胞RNA测序数据,系统识别了铁死亡相关的核心枢纽基因网络,并揭示了这些基因在12种主要细胞亚群中的异质性表达模式,同时通过药物预测和体外实验验证了白藜芦醇的治疗潜力 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;单细胞测序样本量未明确说明;药物作用机制仍需进一步深入探究 阐明铁死亡在椎间盘退变发病机制中的作用,并探索潜在的治疗干预策略 椎间盘退变患者样本、髓核细胞 生物信息学 椎间盘退变 单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析、分子对接、CCK-8检测、RT-qPCR NA 基因表达数据、单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
394 2026-04-07
Microglial CR3-mediated synaptic pruning in the dmPFC promotes the generation and maintenance of chronic muscle pain via glutamatergic dysfunction
2026-Mar, Experimental & molecular medicine
研究论文 本研究揭示了背内侧前额叶皮层(dmPFC)中,小胶质细胞通过补体受体3(CR3)介导的突触修剪抑制谷氨酸能神经元兴奋性,从而促进慢性肌肉疼痛(CMP)发生和维持的机制 首次阐明了dmPFC中,小胶质细胞CR3依赖的突触修剪通过抑制谷氨酸能神经元兴奋性和突触可塑性,在慢性肌肉疼痛及其共病情感障碍中的关键作用,并揭示了新的小胶质细胞-神经元相互作用机制 研究主要基于大鼠模型,其在人类中的直接适用性尚需验证;机制探索集中于dmPFC的谷氨酸能系统,其他脑区或神经递质系统的作用可能未被充分评估 探究慢性肌肉疼痛(CMP)发生和维持的神经机制,并寻找潜在的治疗靶点 慢性肌肉疼痛大鼠模型,重点关注其背内侧前额叶皮层(dmPFC)的谷氨酸能神经元和小胶质细胞 神经科学 慢性肌肉疼痛 单细胞RNA测序,光纤光度法,膜片钳,在体场电位记录,流式细胞术,免疫荧光,光化学遗传学激活 NA 基因表达数据,电生理数据,行为学数据,细胞计数数据,荧光成像数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
395 2026-04-06
A spatiotemporal transcriptomic atlas of porcine (Sus scrofa) female early gonadal development
2026-Mar-30, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究利用高分辨率空间转录组技术解析了猪早期雌性性腺中原始生殖细胞向卵原细胞分化及进入减数分裂过程中的细胞类型空间动态 首次结合高分辨率空间转录组技术,在体内解析了猪早期性腺中生殖细胞与体细胞间的空间定位及通讯机制,特别是BMP信号通路在原始生殖细胞向卵原细胞分化及减数分裂启动中的关键作用 研究仅聚焦于猪模型,结果可能不完全适用于其他哺乳动物;空间转录组技术虽提供位置信息,但分辨率可能仍有限于某些精细细胞互作 探究猪早期雌性性腺发育过程中原始生殖细胞向卵原细胞分化及减数分裂的空间调控机制 猪早期雌性性腺中的原始生殖细胞、性腺体细胞(包括颗粒细胞、间质细胞和内皮细胞) 空间转录组学 NA 高分辨率空间转录组技术 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
396 2026-04-06
Single-cell RNA sequencing dissect the immunological network of immune checkpoint inhibitors-induced myocarditis
2026-Mar-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,探索了免疫检查点抑制剂(ICIs)诱导心肌炎的潜在机制 首次利用单细胞RNA测序技术,在心脏组织和外周血单核细胞中,系统解析了PD-1/PD-L1抑制剂诱导心肌炎的免疫网络,并识别出CCL5+CD8+ T细胞与CCR5+巨噬细胞相互作用的轴心机制 研究基于小鼠模型,样本量较小,且仅使用了一种PD-1/PD-L1抑制剂(BMS-1),未涉及人类样本或其他抑制剂 探索免疫检查点抑制剂(ICIs)诱导心肌炎的免疫机制 小鼠的心脏组织和外周血单核细胞(PBMC) 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫荧光染色 NA 单细胞RNA测序数据,图像数据 小鼠心脏组织和PBMC样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
397 2026-04-06
Ventricular assist device unloading reverses microvascular senescence in single ventricle disease
2026-Mar, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,探讨了左心发育不全综合征患者右心室微环境在出生、手术后心力衰竭及心室辅助装置卸载后的变化,揭示了心肌细胞内在衰老及微血管衰老生态位的特征 首次在单心室疾病中结合单核RNA测序和空间转录组学,系统描绘了从出生到心力衰竭及心室辅助装置卸载过程中的心脏微环境动态变化,并发现心肌细胞内在衰老特性及缺氧相关的微血管衰老生态位 研究样本可能有限,且主要聚焦于左心发育不全综合征,结果推广至其他单心室疾病需谨慎 探究左心发育不全综合征患者心脏微环境在疾病进程中的变化,以及心室辅助装置卸载对微血管衰老的影响 左心发育不全综合征患者的右心室组织及诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 数字病理学 心血管疾病 单核RNA测序, 空间转录组学 NA RNA测序数据, 空间转录组数据 NA NA 单核RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
398 2026-04-05
MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative Low-Rank Representation With Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 本文提出了一种名为MLRR-ATV的新型单细胞RNA测序数据聚类方法,通过自适应全变分正则化和流形学习来减少噪声影响并保留数据结构 将自适应全变分正则化引入低秩表示模型,通过梯度学习减少噪声,并同时学习线性和非线性流形结构 模型是非凸的,需要采用交替方向乘子法进行优化,可能影响计算效率 开发一种鲁棒的单细胞RNA测序数据聚类方法,以改善基因表达数据的分析 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 低秩表示模型 基因表达数据 八个真实scRNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
399 2026-04-05
Deep Imputation Bi-Stochastic Graph Regularized Matrix Factorization for Clustering Single-Cell RNA-Sequencing Data
2026 Mar-Apr, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出一种基于深度矩阵分解和双随机图正则化的单细胞RNA测序数据聚类新方法 结合特征选择、缺失值填补、降维处理和双随机图正则化的深度矩阵分解框架 未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率及对特定细胞类型的适用性 开发单细胞RNA测序数据的聚类算法以揭示细胞异质性 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度矩阵分解 基因表达矩阵 九个数据集(未指定具体样本量) NA 单细胞RNA-seq NA NA
400 2026-04-04
Complement 5a receptor 2 attenuates diabetic kidney disease by promoting mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane formation mediated by PSS-MFN2 interaction
2026-Mar-31, Cell discovery IF:13.0Q1
研究论文 本研究揭示了补体5a受体2(C5aR2)通过促进PSS-MFN2相互作用介导的线粒体相关内质网膜形成,从而改善糖尿病肾病(DKD)的新机制 首次阐明了C5aR2在DKD中的非经典代谢调控作用,发现其通过c-FOS/PSS/MFN2信号轴促进MAM形成和磷脂酰丝氨酸生物合成,并证实C5aR2特异性激动剂P59的治疗潜力 研究主要基于动物模型和体外机制探索,在人体中的治疗效应和长期安全性仍需进一步临床验证 探究C5aR2在糖尿病肾病代谢调控中的非经典功能及其分子机制 糖尿病肾病患者组织样本、糖尿病模型小鼠(包括C5aR2缺陷型)、db/db小鼠、近端肾小管细胞 单细胞组学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 糖尿病肾病患者组织样本及多种基因工程小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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