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当前共找到 1054 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2026-06-23 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag160
PMID:41996577
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研究论文 | 提出scGPD框架，利用单细胞RNA-seq数据设计用于靶向空间转录组学的基因组合 | 采用基因-基因相关性感知的门控机制，可从数据中提取信息特征并消除基因冗余，优于现有方法 | 未提及具体限制 | 开发用于空间转录组学的紧凑且非冗余基因组合设计方法 | 多样单细胞数据集和空间转录组数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq，空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 322 | 2026-06-23 |
Spatial-ZEDNet : a unified spatial transcriptomics framework for detecting differential gene activation and expression
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag166
PMID:42001470
|
研究论文 | 提出Spatial-ZEDNet框架，统一检测空间转录组学中差异基因表达与激活 | 通过层级高斯随机场模型同时检测空间差异表达基因和差异激活基因，明确建模零膨胀问题，且无需空间坐标匹配即可对齐不同条件下的生物信号 | 模拟和实际应用中虽表现优异，但可能对复杂组织微环境的泛化性有限，且计算成本可能较高 | 开发一种统计严谨的方法，用于整合空间转录组学数据以检测暴露诱导的组织重塑中的差异基因调控 | 结肠炎和疟原虫感染数据集中的免疫基因表达与激活模式 | 数字病理学 | 结肠炎、疟疾 | 空间转录组学 | 高斯随机场 | 空间转录组数据 | 结肠炎和疟原虫感染数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 323 | 2026-06-23 |
Causal modeling reveals cell-cell communication dynamics in the tumor microenvironment during anti-PD-1 therapy in breast cancer patients
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag139
PMID:42001468
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研究论文 | 提出因果推断框架scIVCCC，利用单细胞数据分析抗PD-1治疗前后乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯的动态变化 | 首次将治疗作为工具变量进行因果推断，识别出真正的细胞间通讯网络，区分混杂关联，揭示T细胞与肿瘤相关巨噬细胞的双重角色 | 未提及具体局限性 | 揭示免疫检查点阻断治疗如何通过细胞间通讯重塑肿瘤微环境，并确定潜在联合治疗靶点 | 31名乳腺癌患者治疗前后的单细胞RNA测序数据 | 机器学习， 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 因果模型 | 基因表达数据 | 31名乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 324 | 2026-06-23 |
GALA: a unified landmark-free framework for coarse-to-fine spatial alignment across resolutions and modalities in spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag181
PMID:42007518
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研究论文 | 提出GALA框架，一种无需标记点的统一方法，用于空间转录组学中不同分辨率和模态的粗到细空间对齐 | 引入遗传算法引导的大变形对齐框架，通过单一优化耦合全局仿射变换和局部微分同胚变形，实现无需标记点的多模态对齐 | 未提及具体局限性 | 解决空间转录组学对齐中因技术变异、几何畸变和平台差异导致的挑战，提供高效准确的对齐方法 | 空间转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 遗传算法、全局仿射变换、局部微分同胚变形 | 空间转录组学数据、组织学图像 | 多种人类和小鼠数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 325 | 2026-06-23 |
[Shared mechanisms of obesity and male infertility and prediction of natural therapeutics based on machine learning and single-cell sequencing]
2026-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 利用生物信息学和机器学习方法，结合单细胞测序数据，揭示肥胖与男性不育的共病机制，并预测具有治疗潜力的天然化合物及中药 | 首次整合多组学数据、三种机器学习算法（随机森林、LASSO回归、支持向量机）及单细胞测序，系统揭示肥胖与男性不育在免疫炎症调控和细胞分化功能障碍方面的共病机制，并基于CMap数据库和TCMSP平台构建“靶点-天然化合物-草药”网络，为精准中医药干预提供新思路 | 研究基于公共数据库分析，缺乏独立外部验证和体内外实验验证；预测的天然化合物和中药需进一步临床验证 | 探索肥胖与男性不育的共病分子机制，并预测天然化合物和中药的潜在治疗价值 | 肥胖患者脂肪组织和男性不育患者睾丸组织的单细胞测序数据，以及GEO数据库中的相关批量转录组数据 | 机器学习 | 男性不育 | 单细胞测序 | 随机森林, LASSO回归, 支持向量机 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | GEO数据库的批量转录组数据集及单细胞测序数据集，具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 326 | 2026-06-22 |
BEASTsim-a benchmarking and analysis platform for spatial transcriptomics simulations
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag144
PMID:41947420
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研究论文 | 介绍了一个用于空间转录组模拟的综合基准平台BEASTsim，评估不同模拟方法在数据属性分布、生物信号保存和相似性度量方面的性能 | 提出了一个超越简单数据复制的基准框架，强制模拟生成具有生物学意义的变异，并构建了帮助用户选择最合适模拟模型的决策树 | 未明确讨论平台的计算效率或大规模数据集上的扩展性，也未涉及真实组织类型模拟中可能出现的生物学复杂性不足 | 开发一个统一的评估平台，标准化空间转录组模拟方法的比较，促进空间转录组与单细胞RNA测序数据的整合 | 空间转录组模拟方法及单细胞RNA测序与空间转录组数据的整合分析 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未知 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 327 | 2026-06-20 |
Single cell and multi-omics analysis reveal senescence-related molecular subtypes and a prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma
2026-Mar-02, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04674-1
PMID:41770477
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研究论文 | 通过单细胞和多组学分析，揭示了透明细胞肾细胞癌中与衰老相关的分子亚型并构建了预后风险评分模型 | 首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据，系统表征ccRCC中细胞衰老的特征，并基于随机生存森林构建了具有强预后价值的风险评分模型，同时鉴定出ALDH18A1作为潜在生物标志物和治疗靶点 | 研究中使用的数据来自公共数据库，缺乏多中心前瞻性队列验证；另外，SASP特征的评估可能受限于现有数据的分辨率和选择偏差 | 阐明透明细胞肾细胞癌中细胞衰老的全面特征及其临床意义 | 透明细胞肾细胞癌患者样本和组织细胞系 | 计算机视觉 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | 随机生存森林 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | TCGA-KIRC队列537例，E-MTAB-1980队列101例，CPTAC-ccRCC队列105例，以及两个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 328 | 2026-06-18 |
ADAMTS7 promotes smooth muscle foam cell expansion in atherosclerosis
2026-03-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI187451
PMID:41609669
|
研究论文 | 研究ADAMTS7通过AP-1/PU.1/CD36调控轴促进平滑肌泡沫细胞形成，从而加剧动脉粥样硬化 | 首次揭示ADAMTS7在平滑肌细胞中的促动脉粥样硬化作用依赖于AP-1/PU.1/CD36调控轴，并利用单细胞RNA测序和条件性基因敲除/转基因小鼠模型阐明细胞特异性机制 | 未明确说明本研究的局限性 | 探究ADAMTS7在动脉粥样硬化中促进平滑肌泡沫细胞形成的细胞特异性机制 | 人类颈动脉粥样硬化组织及平滑肌细胞、内皮细胞特异性Adamts7条件性敲除和转基因小鼠 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，RNA测序，ATAC测序 | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 人类动脉粥样硬化样本（数量未明确）及小鼠模型 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序，ATAC测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞RNA测序，Illumina NovaSeq平台进行RNA测序和ATAC测序 |
| 329 | 2026-06-18 |
Comparison with Ezh2 reveals the PRC2-dependent functions of Jarid2 in hematopoietic stem Cell lineage commitment
2026-03-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2026.102793
PMID:41650958
|
研究论文 | 通过比较Jarid2和Ezh2的缺失，揭示Jarid2在造血干细胞谱系定植中依赖PRC2的功能 | 首次通过遗传学比较Jarid2和Ezh2缺失的造血干细胞和祖细胞，区分Jarid2依赖PRC2与非依赖PRC2的功能，并发现其在限制髓系分化潜能中的核心作用 | 仅研究了小鼠模型，可能不完全适用于人类造血系统；未完全阐明Jarid2的非经典PRC2独立功能 | 解析Jarid2在造血干细胞谱系定植中的PRC2依赖功能 | Jarid2或Ezh2基因缺陷的小鼠造血干细胞和祖细胞 | 机器学习和生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Jarid2和Ezh2缺陷小鼠的骨髓祖细胞群体 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 330 | 2026-06-18 |
In situ spatial transcriptomics reveals novel markers of the limbal stem cell niche and ocular surface epithelia
2026-03-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2026.102792
PMID:41650959
|
研究论文 | 利用原位空间转录组学揭示了角膜缘干细胞生态位和眼表上皮的新型标志物 | 首次通过原位空间转录组学技术识别出Krt16和Nkiras1作为角膜缘干细胞和中性粒细胞的新型标志物，避免了单细胞RNA测序中空间定位丢失的问题 | 未明确提及 | 探索角膜缘干细胞的空间定位及其新型标志物，以改善角膜缘干细胞缺乏症的治疗 | 哺乳动物角膜缘干细胞及眼表上皮细胞 | 数字病理学 | 角膜缘干细胞缺乏症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 331 | 2026-06-18 |
Dermal fibroblasts respond to IL-4 and IL-13 and promote T cell recruitment in atopic dermatitis
2026-03-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI196108
PMID:41569693
|
研究论文 | 探究真皮成纤维细胞在特应性皮炎中如何响应IL-4和IL-13并促进T细胞募集 | 首次揭示IL-4Rα依赖的免疫作用成纤维细胞（IAFs）在特应性皮炎中的主动免疫角色 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人体内直接证据尚需进一步验证 | 阐明真皮成纤维细胞在2型免疫反应中的功能及其在特应性皮炎中的作用机制 | 人类特应性皮炎皮肤样本及2型炎症小鼠模型 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类AD皮肤样本及小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 332 | 2026-06-18 |
Enrichment of Neural Crest Cells by Antibody Labeling and Flow Cytometry for Single-Cell Transcriptomics in a Lizard
2026-Mar, Evolution & development
IF:2.6Q2
DOI:10.1111/ede.70030
PMID:41709476
|
研究论文 | 提出一种通过抗体标记和流式细胞术富集蜥蜴神经嵴细胞的方法，用于单细胞转录组学研究 | 首次在缺乏转基因工具的非模式脊椎动物（普通壁蜥）中，利用抗体标记结合荧光激活细胞分选（FACS）富集神经嵴细胞，且效果与转基因方法相当 | 方法依赖于特异性抗体，可能对某些物种或组织适用性有限；未提及大规模应用或跨物种验证 | 开发一种无需转基因工具即可富集神经嵴细胞的方法，以拓展单细胞转录组学在发育和演化研究中的应用 | 普通壁蜥（Podarcis muralis）胚胎中的神经嵴细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 抗体标记、荧光激活细胞分选（FACS）、单细胞RNA测序、反转录定量聚合酶链反应 | NA | 单细胞转录组数据、显微图像、qPCR数据 | 壁蜥胚胎样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒（推测） |
| 333 | 2026-06-15 |
[Crosstalk of keratin 17-positive epithelial cells with CD8+ T cells in oral lichen planus and clinical relevance]
2026-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
研究论文 | 探究口腔扁平苔藓中角蛋白17阳性上皮细胞与CD8+ T细胞的相互作用及临床相关性 | 首次揭示KRT17阳性上皮细胞在口腔扁平苔藓中通过HLA-A/B/C-CD8和MIF-CD74/CXCR4通路与CD8+ T细胞交互，并发现KRT17表达与临床严重程度正相关 | 样本量较小，仅涉及有限例数的单细胞和批量测序样本，且未深入机制验证 | 理解KRT17阳性上皮细胞在口腔扁平苔藓发病机制中的作用及其与CD8+ T细胞互作的临床意义 | KRT17阳性上皮细胞和CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多重免疫荧光染色 | CellChat, CIBERSORT, Pearson相关性分析 | 基因表达数据, 免疫荧光图像 | 单细胞RNA测序：5例（2例NEOLP、2例EOLP、1例HC）；批量RNA测序：40例（27例NEOLP、13例EOLP）；免疫荧光：45例（20例NEOLP、20例EOLP、5例HC） | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq, Illumina unnamed | 单细胞RNA测序数据来自10x Genomics平台（隐含）；批量RNA测序数据来自GSE213346数据集（Illumina平台） |
| 334 | 2026-06-15 |
Epithelial plasticity shapes intratumoral heterogeneity and cell lineages in early-stage lung cancer
2026-Mar-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady8546
PMID:41790896
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析早期肺腺癌，系统定义肿瘤状态并揭示表型可塑性驱动的瘤内异质性和细胞谱系 | 首次在早期肺癌中通过单细胞和空间转录组学系统揭示表型可塑性（包括去分化和转分化）是瘤内异质性的关键维度，并识别出AT2向AT1转分化过程中的过渡态，发现KLF4和JDP2转录因子可重编程肿瘤进入过渡态并抑制进展 | 样本量较小（14例患者），需更多队列验证；未明确过渡态在肿瘤进展中的动态演变及治疗靶点转化潜力 | 阐明早期肺癌中瘤内异质性的起源和机制 | 早期肺腺癌患者（14例）的肿瘤细胞和组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、CUT&Tag、批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据和空间转录组图像数据 | 14例早期肺腺癌患者，共103,375个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 335 | 2026-06-15 |
Amino acid metabolism-related model for prognosis and immunity in gastric cancer
2026-Mar-05, Amino acids
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s00726-026-03507-3
PMID:41784817
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研究论文 | 构建基于氨基酸代谢相关基因的胃癌预后模型并分析其与免疫微环境的关联 | 首次系统整合TCGA和GEO数据构建氨基酸代谢相关基因（AAMRGs）预后模型，并结合单细胞RNA测序分析核心基因与免疫细胞的关系，通过PCR验证基因在胃癌细胞中的表达 | 未提及内部队列验证或外部多中心验证，以及模型在临床决策中的实际应用效果 | 系统研究胃癌中氨基酸代谢重编程并构建预后模型，验证基因标志物的预测价值和临床决策作用 | 胃癌患者样本数据及胃癌细胞系 | 机器学习 | 胃癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、PCR | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的胃癌样本，具体数量未提及 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | TCGA和GEO的bulk RNA-seq数据，以及scRNA-seq数据集分析 |
| 336 | 2026-06-15 |
IFN signaling is associated with radiotherapy response in malignant peripheral nerve sheath tumors
2026-Mar-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI195652
PMID:41766654
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研究论文 | 该研究结合多种转录组学和功能基因组学方法，揭示IFN信号通路在恶性外周神经鞘瘤放疗反应中的关键作用 | 首次通过整合单细胞转录组、CRISPR筛选和多平台分析，阐明I型IFN信号介导的放疗反应机制，并证明宿主T细胞和肿瘤IFN受体信号对放疗疗效的必要性 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化仍需进一步验证 | 探究恶性外周神经鞘瘤放疗反应异质性的生物学机制 | 恶性外周神经鞘瘤细胞、小鼠同种移植模型及患者样本 | 机器学习 | 恶性外周神经鞘瘤 | CRISPR干扰筛选、单细胞转录组测序、批量转录组测序 | NA | 转录组数据、CRISPR筛选数据 | 涉及MPNST细胞系、小鼠同种移植模型及人类切除标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 337 | 2026-06-15 |
Multifunctional LepR⁺ skeletal stem/progenitor cells for bone and marrow homeostasis
2026-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-026-01698-z
PMID:41711875
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综述 | 综述了瘦素受体阳性骨骼干/祖细胞在骨与骨髓稳态中的多功能作用 | 总结了LepR+ SSPCs在发育、成年、衰老和骨折愈合过程中的功能与谱系可塑性，并结合遗传标记和单细胞转录组学的最新进展 | 未明确讨论手段的局限性和未来研究方向 | 全面回顾骨骼干/祖细胞研究的历史背景和最新进展，特别聚焦LepR+ SSPCs | LepR+ 骨骼干/祖细胞（LepR+ SSPCs） | 机器学习 | 骨骼疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 338 | 2026-06-15 |
Phylogenomic Placement and Morphological Description of a Novel Phagotrophic Euglenid From Hawaii: Hokulea waialensis n. gen. et sp
2026 Mar-Apr, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.70069
PMID:41749340
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研究论文 | 描述了一种来自夏威夷的新型吞噬性眼虫藻Hokulea waialensis n. gen. et sp.，并通过系统基因组学分析确定了其系统发育位置 | 发现了眼虫藻新属新种Hokulea waialensis，利用单细胞测序和系统基因组学数据揭示了其与Lentomonas和Decastava等属的进化关系 | 未在摘要中明确说明 | 阐明吞噬性眼虫藻中深分支类群的系统发育关系，以理解眼虫藻的进化 | 一种来自夏威夷的新鲜水域吞噬性眼虫藻物种Hokulea waialensis | 机器学习 | NA | 单细胞测序、系统基因组学 | NA | 基因组序列、形态图像 | 一个单细胞培养的物种样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 339 | 2026-06-15 |
Early-activated extracellular matrix proteins shape the metabolic and spatial dynamics of the kidney fibrotic microenvironment
2026-Mar, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-026-01458-3
PMID:41776110
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研究论文 | 本文揭示了早期激活的细胞外基质蛋白ECM1通过调控机械-代谢通路影响肾脏纤维化微环境的空间和代谢动态 | 首次发现ECM1作为早期肾脏重塑调节因子，通过整合素α2β1-RhoC轴影响YAP活性，进而解除TEAD4对Pgc1a的抑制，增强线粒体氧化磷酸化，促进修复，揭示了纤维化中基质-线粒体选择性串扰的机械-代谢通路 | NA | 探索早期激活的细胞外基质蛋白在肾脏纤维化微环境中的调控机制 | 肾脏纤维化微环境、细胞外基质蛋白ECM1 | NA | 慢性肾病、肾脏纤维化 | 空间转录组学、蛋白质组学、基因敲除小鼠模型、AAV9介导的基因沉默 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据 | 全球Ecm1敲除小鼠、成纤维细胞特异性敲除小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 340 | 2026-06-15 |
scSCCNIA: similarity matrix based contrastive clustering with neighbor information aggregation for single-cell RNA sequencing data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag094
PMID:41785051
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研究论文 | 提出一种基于相似性矩阵的对比聚类框架scSCCNIA，用于从单细胞RNA测序数据中准确识别细胞簇 | 采用拉普拉斯滤波器进行邻域信息聚合，通过特殊非共享参数孪生编码器构建不同图视图进行数据增强，并基于相似性矩阵的对比学习学习低维嵌入表示 | 未明确指出局限性 | 开发一种有效的单细胞RNA测序数据细胞聚类算法，提高细胞类型识别准确率并促进下游分析 | 多个不同平台和细胞数量的单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比聚类神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 多个不同平台和细胞数量的数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |