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当前共找到 1050 篇文献,本页显示第 301 - 320 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
301 2026-04-17
Multimodal bioinformatic analyses of genome-scale expression beyond gene-centric differential expression
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文综述了基因组规模基因表达分析的概念和方法学进展,超越传统的病例对照比较和基因中心差异表达分析 强调使用转录组和多模态组学数据阐明基因表达多样机制,包括基因共表达和调控网络推断、上下文特异性网络模型及机器学习方法 作为综述文章,未进行原始研究,主要总结现有进展,未提出具体实验验证 提高对先进网络分析的认识并鼓励其应用,以探索基因表达调控的多因素性质 基因组规模基因表达数据,包括转录组和多模态组学数据 生物信息学 NA 转录组学、多模态组学、单细胞转录组学、空间转录组学 机器学习方法、网络模型 基因表达数据 NA NA 单细胞转录组学、空间转录组学 NA NA
302 2026-04-17
BCRInsight: an antibody language model to decode biological signals from BCR sequences
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文介绍了BCRInsight,一种基于Transformer架构和表型感知对比学习的抗体特异性预训练语言模型,用于从B细胞受体序列中解码生物信号 BCRInsight整合了Transformer架构与表型感知对比学习,通过自监督学习从8000万个人类BCR序列中学习生物上下文表示,实现了在多个下游任务中的最先进性能,并展示了基于注意力的结构可解释性 未明确提及具体限制,但暗示单细胞测序的可扩展性和成本仍是主要障碍,且传统生物信息学方法难以建模抗体序列中的高阶非线性语义依赖 解码B细胞受体序列中嵌入的复杂序列语义,以阐明免疫动态并加速抗体发现 人类B细胞受体序列,包括健康、肿瘤和病毒感染状态下的单细胞免疫队列 自然语言处理 NA 单细胞测序 Transformer 序列数据 8000万个人类BCR序列 NA NA NA NA
303 2026-04-17
Analysis of microsatellite instability intensity in single-cell resolution with scMnT reveals tumor heterogeneity in colorectal cancer
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本研究开发了一种名为scMnT的生物信息学方法,用于在单细胞分辨率下识别微卫星不稳定(MSI)细胞并量化MSI强度,揭示了结直肠癌中MSI强度的异质性及其与免疫治疗反应的相关性 首次在单细胞水平上量化MSI强度,突破了传统二元分类的局限,揭示了MSI在肿瘤内的异质性连续谱 方法依赖于scRNA-seq数据的可用性,尚未在更大规模或更多癌种中进行验证 开发单细胞水平的MSI强度量化方法,探究MSI异质性在结直肠癌中的临床意义 结直肠癌患者 生物信息学 结直肠癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 生物信息学分析方法(scMnT) 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
304 2026-04-17
GDSim: accurate simulation for single-cell transcriptomes based on the guided diffusion model
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文提出了一种基于引导扩散模型的新型深度生成网络GDSim,用于准确模拟单细胞转录组数据 首次利用标签引导的扩散模型来捕获scRNA-seq数据中复杂的基因表达依赖关系,生成的模拟数据能紧密反映原始数据的真实分布 未在摘要中明确说明 解决单细胞RNA测序数据不足的问题,为下游分析提供高质量的模拟数据 单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 深度生成网络,扩散模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
305 2026-04-15
Integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq identification of a novel "PET-SPI1-MYL9" transcriptional axis in lung adenocarcinoma driven by polyethylene terephthalate exposure
2026-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,结合机器学习算法,揭示了聚乙烯对苯二甲酸酯(PET)暴露通过调控SPI1-MYL9转录轴促进肺腺癌(LUAD)发展的潜在致癌机制 首次提出并验证了“PET-SPI1-MYL9”这一新型转录轴,揭示了PET作为一种非基因毒性致癌物的潜在分子通路,为理解空气微塑料在肺腺癌中的作用提供了新框架 研究主要基于计算生物学证据,缺乏湿实验验证PET与SPI1的结合及转录抑制机制,需要进一步的实验验证 探索PET暴露在肺腺癌中的潜在致癌分子机制 肺腺癌(LUAD)及相关基因(如MYL9、SPI1) 生物信息学 肺腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk RNA测序、分子对接、生存分析、多组学数据分析 机器学习算法(包括CART、Naïve Bayes、随机森林、支持向量机) 基因表达数据(RNA-seq)、蛋白质数据库信息、临床生存数据 涉及多个独立LUAD数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
306 2026-04-15
CEP170 as a novel molecular link between centrosomal function and cerebral cortical development
2026-Mar-26, Journal of biomedical science IF:9.0Q1
研究论文 本研究揭示了CEP170作为中心体功能与大脑皮层发育之间的关键分子连接,通过调控神经祖细胞增殖和神经元迁移影响皮层结构 首次将CEP170蛋白与大脑皮层发育直接关联,并阐明其通过中心体-微管相互作用调控神经发育的分子机制 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类大脑发育中的直接证据仍需进一步验证 探究CEP170在皮层发育中的功能及其分子机制 小鼠胚胎皮层、人类发育中皮层、CEP170基因敲除细胞 神经发育生物学 神经发育障碍 Western blotting, qPCR, scRNA-seq, 空间转录组学, 子宫内电穿孔, CRISPR/Cas9基因编辑, 流式细胞术, 微管再生实验, 免疫荧光显微镜, 共免疫沉淀 基因敲低/敲除模型 蛋白质表达数据, 转录组数据, 图像数据 未明确具体样本数量,涉及小鼠胚胎皮层组织、人类皮层样本及基因编辑细胞系 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
307 2026-04-15
MeNADP-ME3 Confers Salt and Drought Tolerance in Arabidopsis and Drives Functional Diversification of the NADP-ME Family in Cassava
2026-Mar-20, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3
研究论文 本研究通过鉴定木薯中的MeNADP-ME基因家族,揭示了其在C3-C4中间型植物中的进化轨迹和功能,特别是MeNADP-ME3在增强抗氧化酶活性和减少氧化损伤方面的作用,为开发抗逆木薯品种提供了遗传资源 首次在C3-C4中间型植物木薯中系统研究NADP-ME基因家族,结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析基因表达模式,并验证MeNADP-ME3在盐和干旱胁迫下的功能,揭示了其在光合碳代谢和光呼吸调控中的潜在作用 研究主要基于基因表达和功能验证,缺乏对MeNADP-ME3具体分子机制的深入探讨,且样本规模有限,未来需扩大实验验证范围 探究木薯中NADP-ME基因家族的进化、表达模式及其在环境适应和胁迫响应中的功能,以开发抗逆木薯品种 木薯(Manihot esculenta Crantz)中的MeNADP-ME基因家族,特别是MeNADP-ME3基因 植物分子生物学 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, 共聚焦成像, 蛋白质-蛋白质相互作用预测 NA 基因序列数据, 表达谱数据, 图像数据 未明确指定样本数量,但涉及木薯不同组织和细胞亚群的分析 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
308 2026-04-15
Establishing Area-Specific Brain Organoids Through Transcription Factor-Mediated Patterning
2026-Mar-19, Biology
研究论文 本研究通过转录因子介导的模式化方法,建立了一个具有特定区域特性的大脑类器官平台 通过重新分析体内人类皮层转录组数据集,识别出调控区域特异性的候选转录因子,并利用其可诱导过表达,在人类大脑类器官生成过程中实现了对前部和后部皮层特性的可控模拟 当前的人类大脑类器官模型仍不完全重现皮层区域多样性,且研究依赖于特定转录因子的过表达,可能无法完全模拟体内复杂的调控网络 研究人类大脑皮层区域特异性分化的机制,并建立一个可扩展、可重复的平台来研究人类皮层区域化及神经发育和神经系统疾病的区域特异性机制 人类大脑类器官 发育生物学与神经科学 神经发育障碍与神经系统疾病 单细胞RNA测序、钙成像 NA 转录组数据、成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
309 2026-04-15
The Structure, Classification, Functional Diversity and Regulatory Mechanism of Plant C2H2 Transcription Factors
2026-Mar-14, Biology
综述 本文全面综述了植物C2H2型锌指转录因子的结构、分类、功能多样性及其调控机制 整合了从低等植物到被子植物的进化动态分析,并详细阐述了C2H2转录因子在花器官形态发生、花粉育性维持、开花时间调控以及生物与非生物胁迫响应中的分子网络 当前研究存在功能冗余、假基因化现象以及细胞类型特异性调控等方面的知识空白 深入理解植物C2H2转录因子家族的调控网络及相关功能,为作物抗逆育种和品质改良提供参考 植物C2H2型锌指转录因子家族 生物信息学 NA 生物信息学分析 NA 文献数据 NA NA 单细胞测序,多组学整合 NA NA
310 2026-04-14
Molecular subtyping and prognostic modeling of non-small cell lung cancer based on disulfidptosis-related genes
2026-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究基于二硫化物死亡相关基因对非小细胞肺癌进行分子亚型分型和预后建模 首次在NSCLC中基于二硫化物死亡相关基因定义分子亚型,并构建了基于二硫化物死亡评分的预后基因特征模型 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证 定义NSCLC中二硫化物死亡相关分子亚型,构建预后基因特征,并探究其与肿瘤免疫微环境及免疫治疗反应的关系 非小细胞肺癌患者 生物信息学 肺癌 基因表达分析,加权基因共表达网络分析,LASSO-COX回归,逐步Cox回归,qRT-PCR,单细胞RNA测序 预后风险模型 基因表达数据,临床随访数据 来自GEO和TCGA数据库的NSCLC患者数据,以及本中心手术切除的NSCLC肿瘤标本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
311 2026-04-14
Identification of papillary thyroid carcinoma-associated epithelial cell subpopulations and diagnostic biomarkers: integrating machine learning with single-cell analysis
2026-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序与机器学习算法,识别了甲状腺乳头状癌相关的上皮细胞亚群及诊断生物标志物 首次结合单细胞RNA测序与高维加权基因共表达网络分析及多种机器学习算法,鉴定出XPR1、SH3RF1和TLE1作为PTC诊断的关键基因 研究主要基于计算分析和细胞系验证,缺乏大规模临床样本的体外或体内实验验证 揭示甲状腺乳头状癌的分子机制并识别早期诊断和个体化治疗的潜在生物标志物 甲状腺乳头状癌组织中的细胞组成变化,特别是肿瘤相关上皮细胞 机器学习 甲状腺癌 单细胞RNA测序,qRT-PCR Random Forest, XGBoost, SVM-RFE 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
312 2026-04-14
ZNF460 inhibits HMGCL and promotes PI3K pathway in colon cancer
2026-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究探讨了ZNF460在结肠癌中的表达模式、预后价值及生物学功能,揭示了其通过抑制HMGCL表达激活PI3K通路促进癌症进展的机制 首次阐明ZNF460在结肠癌中通过抑制HMGCL激活PI3K通路的具体分子机制,并利用单细胞测序技术揭示了ZNF460与多种细胞类型的相互作用 研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析,缺乏体内动物模型验证,且临床样本的验证可能有限 研究ZNF460在结肠癌中的表达、预后价值、生物学功能及其分子机制 结肠癌细胞、TCGA和GEO数据库中的转录组和临床数据 癌症生物学 结肠癌 单细胞测序、转录组分析、Western blot、CCK-8检测、EdU检测 NA 转录组数据、临床数据、细胞实验数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
313 2026-04-14
LDLR+ Monocytic Myeloid-derived Suppressor Cells Attenuate Allograft Rejection in Liver Transplantation
2026-Mar-28, Journal of clinical and translational hepatology IF:3.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序等技术,揭示了LDLR+单核髓源性抑制细胞在肝移植排斥反应中的关键免疫调节作用 首次系统表征了MDSC亚群的多样性及其在移植耐受中的背景依赖性功能,并鉴定出具有增强免疫抑制特性的LDLR+ M-MDSC亚群 研究主要基于小鼠模型和临床样本的关联分析,需要进一步的人体临床试验验证 探究髓源性抑制细胞在肝移植排斥反应中的免疫调节机制 人类和小鼠的肝移植样本 数字病理学 肝移植排斥反应 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术, 多重免疫组化, 共培养实验 NA 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 流式细胞数据, 组织图像数据 人类和小鼠肝移植样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
314 2026-04-14
Nascent Glial Precursors in Human Bone Marrow Allow Rapid Induction of Functional Oligodendrocyte Precursors for Therapy
2026-Mar-27, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究开发了一种从小分子诱导方案,从人骨髓基质细胞中快速生成功能性少突胶质前体细胞,用于治疗髓鞘缺陷疾病 首次通过单细胞RNA测序识别出人骨髓基质细胞中的CD90EGFRPDGFRA前少突胶质前体样亚群,并设计出无病毒、无支持细胞的两步诱导方案,在八天内高效生成功能性少突胶质前体细胞 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证其安全性和有效性 开发一种快速、安全、伦理可接受的方案,从人骨髓基质细胞中诱导功能性少突胶质前体细胞,用于细胞移植治疗髓鞘缺陷疾病 人骨髓基质细胞(hBMSCs)及其中的CD90EGFRPDGFRA前少突胶质前体样亚群 细胞生物学与再生医学 中枢神经系统髓鞘缺陷疾病 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
315 2026-04-14
Molecularly defined subpopulations of leptin receptor neurons dissociate the control of food intake from blood pressure
2026-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过分子定义瘦素受体神经元亚群,揭示了其如何分离控制食物摄入与血压的机制 首次识别出瘦素受体神经元在弓状核和背内侧下丘脑核中的两个独特亚群,分别独立调控食物摄入和血压,为靶向治疗提供了新方向 研究主要基于小鼠模型,人类中的相关性尚需进一步验证,且单细胞和空间转录组学数据的深度分析可能受技术限制 探究瘦素受体神经元在调控食物摄入和血压中的特异性作用 小鼠的瘦素受体神经元亚群,特别是弓状核和背内侧下丘脑核中的细胞 神经科学 NA 单细胞转录组学,空间转录组学 NA 基因表达数据,转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
316 2026-04-14
Transcriptional regulation of the main olfactory epithelium by environmental olfactory exposures
2026-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,探究了环境嗅觉暴露对小鼠主嗅上皮(MOE)中不同细胞类型特异性转录反应的影响 首次在稳态条件下揭示了环境嗅觉暴露对主嗅上皮细胞类型特异性转录的影响,并强调了多细胞相互作用在嗅觉上皮调控中的潜在重要性 研究仅在小鼠模型中进行,未涉及人类样本;环境暴露条件相对有限,可能无法涵盖所有真实环境中的复杂因素 探究环境嗅觉暴露如何影响主嗅上皮中不同细胞类型的转录调控 小鼠的主嗅上皮组织 单细胞转录组学 嗅觉功能障碍 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 未明确说明具体样本数量,但涉及小鼠MOE组织在环境暴露后的scRNA-seq分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
317 2026-04-14
Chronic Alcohol Consumption Reprograms Osteoclast Lineage Communications to Promote Osteoclastogenesis
2026-Mar-26, Biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了慢性酒精摄入如何通过重编程破骨细胞谱系的细胞间通讯来促进破骨细胞生成 首次在灵长类动物模型中,结合单细胞转录组学、轨迹推断和细胞通讯网络分析,系统阐明了酒精诱导的破骨细胞生成加速的细胞机制 研究基于体外分化的破骨细胞,可能无法完全反映体内复杂的微环境;样本量相对有限 探究慢性酒精摄入促进破骨细胞生成的细胞机制 从长期摄入乙醇或等热量对照溶液的猕猴骨髓单核细胞体外分化的破骨细胞 单细胞组学 骨质疏松症 单细胞RNA测序 广义加性模型(tradeSeq),CellChat 单细胞转录组数据 猕猴骨髓单核细胞(12个月乙醇或对照干预后) NA 单细胞RNA-seq NA NA
318 2026-04-14
The Elusive Origin of Glioblastoma: Where Do We Stand?
2026-Mar-26, Cells IF:5.1Q2
综述 本文全面综述了胶质母细胞瘤(GBM)的细胞起源,并评估了用于研究其起源和进化动态的先进技术方法 整合了当前关于GBM细胞起源(如神经干细胞和少突胶质前体细胞)的证据,并重点评估了单细胞测序、空间转录组学、多组学、人工智能等高分辨率技术在解析GBM起源问题上的应用潜力 作为一篇综述,它主要综合现有知识,本身不产生新的原始实验数据,且GBM的确切起源细胞仍未最终确定 旨在深化对胶质母细胞瘤(GBM)细胞起源的理解,并评估相关先进研究方法,以期为开发有效疗法提供基础 胶质母细胞瘤(GBM)及其潜在的细胞起源,如神经干细胞(NSCs)和少突胶质前体细胞(OPCs) 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学,多组学,下一代神经胶质瘤模型,生物信息学,人工智能 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,多组学 NA NA
319 2026-04-14
Spatial multi-omics of multiple myeloma uncovers niche-dependent pro-myeloma and immunosuppressive signaling in the bone marrow and extramedullary lesions
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合空间多组学技术,揭示了多发性骨髓瘤在骨髓和髓外病变中依赖微环境的促骨髓瘤和免疫抑制信号 开发了一个多模态框架,整合了10x Genomics Visium HD、Xenium和单细胞RNA测序数据,首次在空间上解析了多发性骨髓瘤微环境中细胞类型特异性信号通路 研究主要基于转录组数据,蛋白质水平和功能验证可能不足,且样本量相对有限 旨在空间解析多发性骨髓瘤微环境中细胞间相互作用及其对疾病进展的影响 多发性骨髓瘤患者骨髓和髓外病变组织 数字病理学 多发性骨髓瘤 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 NA 10x Genomics 空间转录组学,单细胞RNA测序 10x Visium HD, 10x Xenium 10x Visium HD提供16微米分辨率的全转录组空间发现,10x Xenium提供单细胞分辨率的正交验证
320 2026-04-14
Spatially-resolved single cell atlas of liposarcoma reveals lineage hierarchies, immune niches, and regulatory circuits
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞多组学测序、表观基因组分析和空间转录组学,揭示了脂肪肉瘤亚型间的细胞异质性、谱系层级、免疫微环境和调控网络 首次在单细胞和空间分辨率上系统比较了WDLPS和DDLPS的细胞与表观遗传异质性,识别了新的调控回路和中间亚型(硬化型WDLPS),并揭示了亚型特异的免疫微环境特征 未明确说明样本数量是否足够代表临床异质性,且功能验证实验可能有限 阐明脂肪肉瘤亚型的细胞异质性、谱系分化、免疫微环境及调控机制 高分化脂肪肉瘤(WDLPS)和去分化脂肪肉瘤(DDLPS)的肿瘤组织 数字病理学 脂肪肉瘤 单细胞多组学测序、表观基因组分析、空间转录组学 NA 单细胞多组学数据、表观基因组数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞多组学测序, 空间转录组学 NA NA
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