单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1050 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-04-24 |
Spatial-ZEDNet : a unified spatial transcriptomics framework for detecting differential gene activation and expression
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag166
PMID:42001470
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研究论文 | 提出Spatial-ZEDNet框架，用于在空间转录组学中检测差异表达基因和差异激活基因，并处理零膨胀问题 | 首次联合检测空间差异表达基因和差异激活基因，显式建模零膨胀，且无需空间坐标匹配即可对齐不同条件下的生物信号 | 文本未明确提及局限性，但可能受限于层次高斯随机场模型的计算复杂性及对大规模数据集的可扩展性 | 开发一种统计严谨的空间转录组学方法，以准确量化暴露引起的组织重塑中的基因调控变化 | 模拟数据及结肠炎和疟原虫感染数据集中的空间基因表达 | 机器学习 | 结肠炎 | 空间转录组学 | 层次高斯随机场 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 222 | 2026-04-24 |
AICellType: a large language model-based platform for accurate cell type annotation
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag151
PMID:42001469
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研究论文 | 提出AICellType平台，利用大语言模型实现单细胞和空间转录组数据的准确细胞类型注释 | 系统评估了79种大语言模型在1130个单细胞和空间转录组数据集上的性能，并结合本体结构和语义推理构建评估框架，开发了集成多种模型部署方式的免费开源平台 | 文本未明确说明具体局限性，但可能涉及对罕见细胞类型或低质量数据的处理能力有限 | 开发一种基于大语言模型的细胞类型注释工具，解决现有方法依赖静态基因标记导致适应性不足的问题 | 单细胞和空间转录组数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学，空间转录组学 | 大语言模型 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 1130个单细胞和空间转录组数据集 | NA | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | NA |
| 223 | 2026-04-24 |
Spatial multi-omics integration by cross-modal graph contrastive learning
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag192
PMID:42001472
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研究论文 | 提出了一种基于图的跨模态对比学习框架CoMo，用于整合分析空间多组学数据，包括空间转录组、蛋白质组和表观基因组 | 首次通过交叉注意力机制和双重对比损失（邻域感知对比损失和聚类感知对比损失）实现空间多组学特征融合与空间域识别 | 未提及潜在局限性 | 开发一种计算工具，用于空间多组学数据的集成分析和空间域识别 | 五种空间组学数据集 | 机器学习 | NA | 空间多组学 | 图神经网络, 交叉注意力机制 | 空间组学数据 | 五种数据集 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间表观基因组学 | NA | NA |
| 224 | 2026-04-24 |
Causal modeling reveals cell-cell communication dynamics in the tumor microenvironment during anti-PD-1 therapy in breast cancer patients
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag139
PMID:42001468
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研究论文 | 提出因果推断框架scIVCCC，利用单细胞数据分析抗PD-1治疗前后乳腺癌肿瘤微环境中的细胞间通讯动态 | 创新性地使用治疗作为工具变量，构建因果推断框架scIVCCC，避免传统相关性方法中的混杂关联，从单细胞数据中准确识别基因信号转导的因果网络 | 该框架可能受限于工具变量假设的满足程度（如治疗随机性），且仅基于单细胞RNA-seq数据，未整合其他组学或空间信息 | 阐明抗PD-1免疫检查点阻断治疗如何通过细胞间通讯重塑乳腺癌肿瘤微环境，并识别可靶向的联合治疗候选受体 | 31名乳腺癌患者在抗PD-1治疗前后的肿瘤组织单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 因果推断模型（工具变量方法） | 单细胞转录组数据 | 31名乳腺癌患者，治疗前后配对样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 225 | 2026-04-24 |
GALA: a unified landmark-free framework for coarse-to-fine spatial alignment across resolutions and modalities in spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag181
PMID:42007518
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研究论文 | 提出一个名为GALA的统一无地标框架，用于解决空间转录组学中跨分辨率和模态的粗细粒度空间对齐问题 | 创新地将全局仿射变换与局部微分同胚变形集成在单一优化中，实现无需地标的多模态对齐，并利用模态感知栅格化统一转录组和组织学数据 | 未明确提及局限性 | 开发一个高效、准确且生物学可解释的框架，以克服空间转录组学数据对齐中的技术变异和复杂场景 | 人类和小鼠的空间转录组学及组织学数据集 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 多样化的人类和小鼠数据集（未提供具体数量） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 226 | 2026-04-24 |
Evaluating reference-mixture matching in cell-type deconvolution with single-cell RNA-seq references
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag184
PMID:42007519
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研究论文 | 系统评估单细胞RNA-seq参考数据在细胞类型解卷积中的匹配效果对解卷积性能的影响 | 首次系统地比较不同单细胞RNA-seq参考匹配条件（匹配、不匹配和混合）对七种细胞类型解卷积算法性能的影响，并提出方法选择比参考匹配更为关键 | 仅使用了来自系统性红斑狼疮患者和健康对照的外周血单核细胞数据集，可能限制了向其他组织或疾病类型的推广 | 评估在各种参考匹配条件下，不同细胞类型解卷积方法的准确性 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照的外周血单核细胞样本 | 机器学习 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | CIBERSORTx, MuSiC2, InstaPrism, BLADE, DISSECT, Scaden | 基因表达数据 | 40名系统性红斑狼疮患者和40名健康对照的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | 使用scRNA-seq数据构建参考，并模拟批量RNA-seq混合物 |
| 227 | 2026-04-23 |
Pathogenic Ifit1 + neutrophils driven by IRF7 promote liver injury and represent a therapeutic target in acute liver failure
2026-Mar-30, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001738
PMID:41911548
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了急性肝衰竭中致病性Ifit1+中性粒细胞亚群，并揭示了IRF7调控该亚群分化的机制，提出靶向抑制作为治疗策略 | 首次在急性肝衰竭中鉴定出Ifit1+中性粒细胞亚群，并阐明其通过IRF7-FGL2轴驱动肝损伤的机制，开发了肝靶向纳米颗粒递送抑制剂的新疗法 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限；纳米颗粒疗法的长期安全性和疗效需进一步评估 | 识别急性肝衰竭中的致病性中性粒细胞亚群并探索治疗靶点 | 小鼠和人类急性肝衰竭患者的肝脏组织及中性粒细胞 | 数字病理学 | 急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠和人类肝脏组织样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 228 | 2026-04-23 |
Single-cell profiling of BAL in preschool cystic fibrosis reveals macrophage dysregulation and ivacaftor-modified inflammatory programs in the early life lung
2026-Mar-30, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2026.03.012
PMID:41921915
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和表面蛋白表达分析，构建了幼儿囊性纤维化患者支气管肺泡灌洗液的细胞图谱，揭示了巨噬细胞功能失调及ivacaftor对炎症程序的调节作用 | 首次在学龄前囊性纤维化患者中，通过整合单细胞转录组和表面蛋白数据，创建了大规模儿科下呼吸道细胞图谱，并发现巨噬细胞基因表达广泛失调及ivacaftor对特定炎症通路的恢复作用 | 研究未检测到lumacaftor/ivacaftor联合疗法在转录反应上的可观察变化，样本量相对有限，且结果可能受幼儿特定生理阶段影响 | 探究囊性纤维化早期肺部炎症机制及CFTR调节剂对免疫细胞功能的影响 | 学龄前囊性纤维化儿童的支气管肺泡灌洗液样本 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 高度多重表面蛋白表达分析 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白表达数据 | 45个支气管肺泡灌洗液样本，超过190,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 229 | 2026-04-23 |
Extracellular vesicle miR-93-5p cargo regulates glomerular endothelial cell damage in Alport syndrome
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197643
PMID:41869725
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研究论文 | 本研究探讨了miR-93-5p在Alport综合征中调节肾小球内皮细胞损伤的作用，以及人羊水干细胞来源的细胞外囊泡通过其miR-93-5p货物介导疾病修饰活性的机制 | 首次揭示miR-93-5p在Alport综合征肾小球内皮细胞中的特异性下调，并证明hAFSC-EVs通过传递miR-93-5p调节VEGFR1和VEGFR2信号通路，从而恢复肾小球内皮细胞功能 | 研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有限，且未详细探讨miR-93-5p在其他肾细胞类型中的作用 | 探究miR-93-5p在缓解Alport综合征肾小球损伤中的作用，以及hAFSC-EVs的疾病修饰活性是否由其miR-93-5p货物介导 | Alport综合征模型中的肾小球内皮细胞、人羊水干细胞来源的细胞外囊泡以及患者活检组织 | 数字病理学 | Alport综合征 | 空间转录组学分析、空间分子成像、转录组学和蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据、成像数据 | 未明确指定样本数量，但包括动物模型和患者活检组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 230 | 2026-04-23 |
Temporal Dynamics of Endothelium After Radiation Injury Reveal a Transient Pro-Angiogenic Capillary Subpopulation Associated with Skin Repair
2026-Mar-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27062879
PMID:41898737
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠皮肤辐射损伤后血管内皮细胞的动态功能状态，并发现了一个与皮肤修复相关的短暂促血管生成毛细血管亚群 | 首次在辐射损伤模型中系统描绘了血管内皮细胞的时间动态变化，并鉴定出一个具有促血管生成功能的短暂毛细血管亚群（capVEC2），揭示了其在血管-表皮通讯中的作用 | 研究基于小鼠模型，人体内的响应可能不同；单细胞测序数据主要反映转录组水平的变化，需要后续功能实验验证 | 阐明辐射损伤后血管内皮细胞的动态功能状态和调控机制 | 小鼠背部皮肤的血管内皮细胞 | 单细胞组学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断、通路富集、转录因子活性推断、细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 多个辐射后时间点收集的小鼠背部皮肤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 231 | 2026-04-23 |
In Vitro and In Vivo Validation of Endothelium-Derived Potential Therapeutics for Myocardial Ischemia/Reperfusion Injury Identified by an AI-Enhanced Single-Cell and Virtual-Cell Paradigm
2026-Mar-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27062743
PMID:41898604
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研究论文 | 本研究结合单细胞图谱分析、AI模拟和实验验证，识别出S100A8是心肌缺血/再灌注损伤中血管炎症的关键分子，并发现穿心莲内酯可通过靶向S100A8通路发挥保护作用 | 首次将单细胞分析、AI模拟（包括虚拟细胞范式、AlphaFold3结构预测和分子对接）与体内外实验相结合，系统性地识别并验证了S100A8作为MI/R损伤的治疗靶点及穿心莲内酯的潜在疗效 | 研究主要基于小鼠模型，其在人体中的有效性和安全性仍需进一步验证；AI模拟的预测准确性依赖于现有数据库和算法，可能存在偏差 | 识别心肌缺血/再灌注损伤中内皮细胞功能障碍的关键分子，并寻找潜在的治疗药物 | 小鼠心肌缺血/再灌注损伤模型中的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, AI模拟, 分子对接, 虚拟敲除模拟 | hdWGCNA, AlphaFold3, AutoDock | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质网络数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 232 | 2026-04-23 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq profiling identifies NTN5 +LSAMP + myoblasts as mediators of impaired embryonic myogenesis
2026-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析，识别出NTN5+LSAMP+肌母细胞作为胚胎肌生成受损的介导者 | 首次在生长受限胚胎中发现并表征了NTN5+LSAMP+肌母细胞这一致病性细胞群，揭示了其细胞自主性分化阻滞及表观遗传与代谢失调的协同机制 | 研究基于猪胚胎模型，结果在人类或其他物种中的普适性需进一步验证 | 阐明胚胎肌生成受损的机制，为生长受限的治疗和家畜肌肉发育优化提供靶点 | 生长受限与正常猪胚胎体节 | 数字病理学 | 发育性肌病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 233 | 2026-04-23 |
Single-Cell Multi-Tissue T Cell Clonal Dynamics Reveal Distinct Immune Coercion Landscapes in MSI and MSS Colorectal Cancer
2026-Mar-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27062689
PMID:41898550
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和T细胞受体测序数据，揭示了MSI和MSS结直肠癌中T细胞克隆动力学的不同模式及其与免疫治疗反应的关系 | 开发了TCR重建流程TORBiT，首次从T细胞克隆动力学角度揭示了MSI和MSS结直肠癌中两种不同的免疫胁迫模式 | 样本量相对较小（43个样本），且仅针对结直肠癌，结果可能无法推广到其他癌症类型 | 阐明结直肠癌中T细胞克隆动力学与免疫治疗反应的关系 | MSI和MSS结直肠癌患者的血液和组织样本 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 43个血液和组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 234 | 2026-04-23 |
Decoding Fibroblast Diversity Associated with the Postnatal Loss of Cardiac Regenerative Capacity
2026-Mar-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27062709
PMID:41898567
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，解码了与出生后心脏再生能力丧失相关的成纤维细胞多样性 | 首次在单细胞水平上系统比较了再生性新生儿与非再生性成年小鼠心脏成纤维细胞的异质性、细胞外基质程序和通讯网络差异 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证；样本量相对有限；未深入探究CF3亚群在成年损伤中弱诱导的具体机制 | 探究心脏成纤维细胞异质性如何影响出生后心脏再生能力的丧失 | 小鼠左心室中的代谢活性CD45/CD31非肌细胞（富集成纤维细胞群体） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，批量转录组数据 | 正常新生儿（P3）和成年（P84）小鼠左心室样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 235 | 2026-04-23 |
ESPeR-seq: Extremely Sensitive and Pure, End-to-end, RNA-seq library preparation
2026-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.12.711386
PMID:41959175
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研究论文 | 本文提出了一种名为ESPeR-seq的新型RNA-seq文库制备方法，旨在解决现有单细胞RNA测序技术中的非特异性PCR产物、转录终止位点捕获不准确以及虚假UMI生成等问题 | 开发了Omega-dT引物实现精确链特异性转录终止位点捕获，并采用含尿嘧啶的TSO和尿嘧啶不耐受DNA聚合酶的'多重锁定'生化机制消除PCR背景和虚假UMI | 未在摘要中明确说明方法的具体应用限制或技术瓶颈 | 开发高灵敏度、高纯度的端到端RNA-seq文库制备方法，提升单细胞RNA测序的定量准确性和全长异构体分辨率 | 单细胞RNA测序文库制备技术 | 单细胞测序技术 | NA | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2026-04-23 |
Spatial transcriptomics for gene discovery identifies Slc13a5 as a modulator of bone mechanoadaptation
2026-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.11.711126
PMID:41958988
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，在小鼠胫骨中识别了机械负荷诱导的基因表达变化，并发现Slc13a5作为骨机械适应性的调节因子 | 首次应用空间转录组学（GeoMx, NanoString）在骨组织中系统分析机械负荷下的基因表达空间变化，并验证了跨平台一致性基因 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；空间转录组学技术可能受限于分辨率和样本数量 | 识别骨机械适应性的关键分子调节因子，以开发针对骨脆性增加的治疗策略 | 小鼠胫骨的骨膜和骨组织区域，特别是在张力和压缩区域 | 空间转录组学 | 骨脆性疾病 | 空间转录组学，RNA-seq，激光捕获显微切割 | NA | 空间基因表达数据，RNA-seq数据 | 小鼠胫骨样本，具体数量未在摘要中明确说明 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学平台 |
| 237 | 2026-04-23 |
STEVE: Single-cell Transcriptomics Expression Visualization and Evaluation
2026-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.10.710898
PMID:41959208
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研究论文 | 本文介绍了一个名为STEVE的定量框架，用于评估单细胞RNA测序研究中细胞类型注释的准确性、稳健性和可重复性 | STEVE是首个系统性框架，以数据集特定方式或完整分析流程为背景，评估细胞类型注释的稳健性，并整合了三个互补的评估模块 | NA | 开发一个框架来评估和提升单细胞RNA测序中细胞类型注释的准确性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据及其细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四个独立的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 238 | 2026-04-23 |
Downregulated lysyl oxidase in plasma extracellular vesicles: a biomarker linked to brain metastasis risk in lung adenocarcinoma
2026-Mar-12, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-026-04785-0
PMID:41814259
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研究论文 | 本研究通过多组学框架，鉴定出血浆细胞外囊泡中下调的赖氨酰氧化酶（LOX）可作为肺腺癌脑转移风险的生物标志物 | 首次将血浆细胞外囊泡来源的LOX蛋白确立为肺腺癌脑转移的非侵入性生物标志物，并提出了PI3K/AKT-LOX-ECM调控轴在脑转移中的潜在作用模型 | 样本量相对有限（发现队列59例，验证队列158例），功能机制研究主要在体外进行，需要更大规模的前瞻性队列和体内实验进一步验证 | 鉴定与肺腺癌脑转移相关的血浆细胞外囊泡来源的蛋白质生物标志物 | 肺腺癌患者（IV期）的血浆细胞外囊泡及组织样本 | 生物信息学与机器学习 | 肺癌 | 数据非依赖性采集质谱蛋白质组学、单细胞转录组学、Western blot、ELISA | LASSO、随机森林（RF）、支持向量机（SVM） | 蛋白质组数据、转录组数据、临床数据 | 发现队列：59例IV期肺腺癌患者（30例脑转移 vs 29例非脑转移）；验证队列：158例独立血浆样本；组织蛋白质组学：13例 | NA | 单细胞转录组学、质谱蛋白质组学 | NA | NA |
| 239 | 2026-04-23 |
Exploring the human brain: spatial transcriptomics challenges and approaches in post-mortem analysis
2026-Mar-05, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf452
PMID:41349001
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综述 | 本文回顾了空间转录组学技术在人类大脑死后分析中的应用、挑战与机遇 | 系统比较了空间转录组学工具，并总结了其在人类大脑研究中的具体应用与挑战 | NA | 探讨空间转录组学在人类大脑研究中的挑战与机遇，为研究人员提供指导 | 人类大脑 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学 | NA | mRNA表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 240 | 2026-04-23 |
Roles of central nervous system resident and recruited macrophages in the brain barrier system
2026-Mar-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00986
PMID:39885670
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综述 | 本文综述了大脑屏障系统中巨噬细胞（包括小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和募集巨噬细胞）的起源、发育、重要分子和功能，并强调了单细胞测序等新技术带来的进展 | 聚焦于大脑屏障系统中的巨噬细胞亚群，系统梳理了其起源、分子特征和功能，并整合了单细胞测序等新技术的最新发现 | 是一篇综述性文章，未报告原始实验数据或提出新的理论模型 | 总结大脑屏障系统中巨噬细胞的生物学特性、功能及研究进展 | 大脑屏障系统中的巨噬细胞，主要包括小胶质细胞和边界相关巨噬细胞 | 神经免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |