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当前共找到 1054 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-08-13 |
The changing landscape of gene expression analysis
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag185
PMID:42028808
|
观点文章 | 本文综述了基因表达分析领域25年来的演变历程，从表达序列标签和微阵列到RNA测序，再到单细胞和空间转录组学，并展望了未来发展方向 | 通过分析70,78,831篇开放获取全文文章，将广泛使用的计算工具映射到统一时间线上，提出未来三大方向：联盟规模可搜索转录组知识库、基因表达分析基础模型、可编程调控设计 | 分析主要基于已发表文章，可能未完全涵盖所有未发表的方法或工具 | 总结基因表达分析方法学里程碑，描述其四大革命阶段，并展望未来趋势 | 基因表达分析领域的计算工具和方法，以及转录组学数据 | 生物信息学 | 不适用 | 转录组学 | 不适用 | 文本数据（文献元数据） | 70,78,831篇开放获取全文文章 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 |
| 182 | 2026-08-12 |
Genetic Regulation of Wnt/PCP Components Through Fgf10/Fgfr2/Sox9 Module in Tear Duct Development
2026-03-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.3.30
PMID:41823500
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研究论文 | 本研究探讨Fgf10/Fgfr2/Sox9模块对泪道发育中Wnt/PCP成分的遗传调控，揭示Fgf信号与Wnt/PCP通路之间的直接遗传联系，为先天性鼻泪管阻塞提供潜在风险因素。 | 首次揭示Fgf信号与Wnt/PCP通路在泪道形成中的直接遗传联系，并证实Sox9直接结合并激活Prickle1启动子。 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证，且未完全阐明Wnt/PCP成分在CNLDO中的具体作用机制。 | 阐明泪道发育中Fgf与Wnt/PCP信号通路之间的遗传相互作用，以更好地理解泪道系统的发育生物学和分子遗传学。 | 小鼠泪道组织及其发育过程中的细胞。 | 发育生物学 | 先天性鼻泪管阻塞 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag、免疫组化、原位杂交、荧光素酶报告基因检测、电泳迁移率变动分析 | NA | 基因表达数据、基因组数据、图像数据 | 小鼠模型，具体数量未提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 183 | 2026-08-09 |
Compact and informative representation learning for scRNA-seq data clustering with masked information bottleneck
2026-03-31, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02590-y
PMID:41917934
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研究论文 | 提出scMIB，一种基于掩码信息瓶颈的框架，用于scRNA-seq数据的鲁棒表示学习，以提高聚类准确性。 | 结合掩码扰动与信息瓶颈目标，并引入掩码一致性学习机制，有效抑制噪声和冗余，提升聚类性能。 | 未明确提及局限性。 | 开发一种有效的表示学习方法，从噪声和稀疏的scRNA-seq数据中提取信息性特征，提高细胞聚类准确性。 | 多个公开的scRNA-seq数据集。 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 信息瓶颈 | 基因表达数据 | 多个公开数据集，具体数量未提及。 | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2026-08-09 |
HFB301001, an OX40-based immunotherapy, drives Treg clearance and CTL activation through optimized OX40 receptor clustering
2026-Mar-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014185
PMID:41912269
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研究论文 | 该研究生成了一种低亲和力OX40激动剂抗体HFB301001，通过优化受体聚类增强T细胞激活和调节性T细胞清除，在多种小鼠肿瘤模型中展现出优于高亲和力突变体的抗肿瘤疗效，且在非人灵长类中安全性良好 | 首次系统揭示OX40抗体亲和力与激动活性之间的复杂关系，证明低亲和力策略可通过优化受体聚类实现更强的T细胞激活和Treg清除效果，为OX40靶向免疫治疗提供了新的设计思路 | 研究主要基于临床前模型，尚需进一步验证HFB301001在人类患者中的疗效，且低亲和力策略的普适性尚未确定 | 明确OX40抗体亲和力对其免疫治疗功效的影响及潜在机制，并评估低亲和力策略的临床开发潜力 | 不同亲和力的OX40激动剂抗体（包括HFB301001及高亲和力突变体），涉及小鼠肿瘤模型、食蟹猴及临床肿瘤样本 | 免疫治疗 | 实体瘤 | 噬菌体展示、人工智能预测、氢氘交换、单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISpot、免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、ELISpot数据、免疫荧光图像 | 多种小鼠肿瘤模型、食蟹猴、临床肿瘤样本（具体样本量未在标题和摘要中提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2026-08-09 |
Single-cell analysis of a salmonid immune system (river brown trout Salmo trutta fario) reveals evolutionary divergence and hatchery-induced transcriptional reprogramming
2026-03-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02554-2
PMID:41845393
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了河鳟（褐鳟）免疫细胞的异质性，揭示了进化分歧和孵化场引起的转录重编程 | 首次对具有全基因组复制事件的鲑科鱼类（河鳟）进行单细胞免疫细胞图谱分析，发现免疫基因调控中的亚功能化和新功能化现象，并揭示孵化场饲养历史对免疫细胞转录身份的影响 | 研究仅限于肾脏来源的免疫细胞，未涵盖其他免疫组织；样本量有限，可能无法完全代表野生和孵化场群体的差异 | 建立健康褐鳟细胞免疫系统的基线数据，探索脊椎动物免疫系统的进化，并理解孵化场养殖鱼免疫力降低的分子机制 | 河鳟（Salmo trutta fario）的肾脏免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞基因表达数据 | 83,000多个肾脏免疫细胞，来自野生和不同孵化场世代的鱼 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 186 | 2026-08-08 |
A Single-cell and Spatially Resolved Cell Atlas of Human Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2026-03-27, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf095
PMID:41191515
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学揭示人食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征及细胞间相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学系统解析食管鳞状细胞癌的抑制性免疫微环境，并鉴定出COL17A1+上皮细胞与POSTN+成纤维细胞组成的独特生态位及其低免疫浸润和脂质富集特征 | 未明确提及 | 阐明食管鳞状细胞癌中抑制性免疫微环境的分子特征和机制 | 人食管鳞状细胞癌及其匹配的非肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、代谢组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 187 | 2026-08-08 |
Integrated single-cell transcriptomic atlas of human gastric and colorectal tissues across diverse phenotypes
2026-Mar-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-07108-3
PMID:41888163
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研究论文 | 构建了包含574,532个细胞和479,629个细胞的人类胃和结直肠组织的综合单细胞转录组图谱，覆盖多种表型 | 提供了大规模、多表型的单细胞转录组图谱，包含超过一百万个细胞，并通过严格验证和标准化注释提高了数据可用性 | 未提及具体局限性 | 构建人类胃和结直肠组织的单细胞转录组图谱，以支持胃肠癌的元分析 | 人类胃和结直肠组织 | 单细胞转录组学 | 胃肠道癌症 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 229个人胃组织样本和220个人结直肠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2026-08-08 |
Multiomic characterisation of the clinical efficacy of guselkumab induction therapy in ulcerative colitis
2026-Mar-23, BMJ open gastroenterology
IF:3.3Q2
DOI:10.1136/bmjgast-2025-002153
PMID:41871904
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研究论文 | 该研究详细评估了古塞库单抗治疗中重度溃疡性结肠炎患者的细胞和分子变化，并关联临床疗效终点。 | 首次对IL-23p19抑制剂古塞库单抗在中重度溃疡性结肠炎中的疗效进行多组学特征分析，结合转录组、单细胞和蛋白质组学。 | 摘要未提及局限性。 | 评估古塞库单抗治疗溃疡性结肠炎时相关的细胞和分子变化及其与临床疗效的关系。 | 中重度活动性溃疡性结肠炎患者。 | 多组学 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 血清蛋白质组学 | NA | 转录组数据、单细胞数据、流式细胞数据、蛋白质组数据 | 313名患者入组，257例进行RNA-seq，52例进行单细胞测序，30例进行流式细胞术，302例进行血清蛋白质组学 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 189 | 2026-08-08 |
The PKA/MBD2 Axis Transcriptionally Represses INPP5A to Modulate PI3K/Akt Signaling and Accelerate Pituitary Tumorigenesis
2026-03, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70817
PMID:41857481
|
研究论文 | 本研究旨在探讨INPP5A在垂体神经内分泌肿瘤恶性进展中的调控作用及其与PI3K/Akt信号通路和表观遗传调控因子MBD2的相互作用机制 | 首次揭示PKA/MBD2轴通过转录抑制INPP5A调控PI3K/Akt信号通路，加速垂体肿瘤发生的分子机制 | 未提及 | 探究INPP5A在垂体神经内分泌肿瘤恶性进展中的调控作用及分子机制 | 垂体神经内分泌肿瘤患者样本及细胞系 | 分子生物学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞测序、免疫荧光染色 | NA | 单细胞测序数据、组织样本 | 62例垂体神经内分泌肿瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2026-08-03 |
Single-cell atlas of Exopalaemon carinicauda gills provides insights into pillar cell-mediated responses to low-salinity stress in crustaceans
2026-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和超微结构分析，构建脊尾白虾鳃的单细胞图谱，揭示柱细胞在低盐胁迫下介导的离子和酸碱平衡调节机制 | 首次整合超微结构表征与单细胞RNA测序，解析甲壳动物鳃组织对低盐胁迫的细胞异质性响应，并识别柱细胞作为关键调节细胞及其分化轨迹 | 摘要未提及研究的局限性信息 | 阐明甲壳动物鳃组织在低盐胁迫下的细胞适应机制，特别是柱细胞介导的渗透调节和酸碱平衡调控 | 脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）的鳃组织细胞 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 不适用（未提及具体模型） | 单细胞转录组数据，超微结构图像 | 未在标题和摘要中明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2026-08-03 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq profiling identifies NTN5 +LSAMP + myoblasts as mediators of impaired embryonic myogenesis
2026-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析，识别出NTN5+LSAMP+成肌细胞作为生长受限胚胎肌生成受损的介导者 | 首次整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示生长受限胚胎中一种独特的致病性成肌细胞群体，并阐明其分化阻滞的表观遗传和代谢机制 | 未提供明确的局限性信息 | 阐明生长受限胚胎肌生成受损的调控机制，并为治疗干预和畜牧生产优化提供候选靶点 | 生长受限和正常的猪胚胎体节中的成肌细胞 | 单细胞多组学 | 胎儿生长受限 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因表达和染色质可及性数据 | 生长受限和正常的猪胚胎体节样本（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 192 | 2026-08-02 |
Partially shared multi-modal embedding learns holistic representation of cell state
2026-03, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00948-w
PMID:41741805
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研究论文 | 提出一种名为APOLLO的计算框架，通过部分重叠潜在空间的自动编码器，实现多模态单细胞数据的整合与预测，提供细胞状态的全面可解释视图 | 首次提出部分共享的多模态嵌入方法，通过潜在优化学习部分重叠的潜在空间，能区分共享与模态特有信息，提高可解释性 | 摘要中未提及局限性 | 开发一种能整合多模态单细胞数据并区分各模态贡献的计算框架，以提高细胞状态表征的可解释性和完整性 | 配对单细胞数据，包括SHARE-seq（scRNA-seq和scATAC-seq）、CITE-seq（scRNA-seq和蛋白丰度）以及两个多重成像数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、蛋白质组学、多重成像 | 自编码器 | 单细胞多模态数据（基因表达、染色质可及性、蛋白质丰度、成像数据） | 四个应用数据集，包括模拟数据及SHARE-seq、CITE-seq和两个多重成像数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学（推测） | 10x Chromium, 10x Visium（推测） | NA |
| 193 | 2026-08-01 |
Targeting perilipin 5 ameliorates diabetic cardiomyopathy via regulating glycolysis and mitochondrial dynamics
2026-03-11, Clinical science (London, England : 1979)
DOI:10.1042/CS20256032
PMID:41666343
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研究论文 | 本研究探讨了脂滴相关蛋白perilipin 5在高糖条件下如何调节糖酵解、凋亡和线粒体功能，及其在糖尿病心肌病中的治疗潜力 | 首次揭示Plin5通过调节糖酵解和线粒体动力学在糖尿病心肌病中发挥保护作用，并利用单细胞RNA测序分析发现其在心肌细胞中特异性表达上调 | 未明确提及研究的局限性 | 阐明Plin5在高糖条件下对心肌细胞和心脏成纤维细胞糖酵解、凋亡及线粒体功能的影响，评估其作为糖尿病心肌病治疗靶点的潜力 | AC16人心肌细胞、人心脏成纤维细胞、野生型和Plin5敲除小鼠 | 分子生物学、病理学 | 糖尿病心肌病 | 慢病毒转染、单细胞RNA测序、分子生物学技术 | 过表达和敲除小鼠模型 | 基因表达数据、细胞功能数据、影像数据 | 小鼠模型以及体外培养的细胞系（AC16和HCFs） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2026-07-30 |
Construction of a SEMA3 family-based model to predict prognosis and molecular subtypes in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Mar-06, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04808-5
PMID:41792569
|
研究论文 | 基于SEMA3家族基因构建预测胰腺导管腺癌预后和分子亚型的模型 | 首次整合多组学数据系统分析SEMA3家族在胰腺导管腺癌中的表达异质性，结合单细胞和空间转录组学揭示SEMA3C在肿瘤微环境中调控免疫逃逸的细胞间通讯作用 | 主要基于公开数据集，缺乏独立外部验证队列；SEMA3C作为治疗靶点需进一步实验验证 | 探究SEMA3基因家族在胰腺导管腺癌中的预后和免疫学意义并开发风险模型 | 胰腺导管腺癌患者 | 机器学习 | 胰腺导管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | LASSO回归, Cox比例风险模型 | 基因表达数据, 突变数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多中心公共数据集（TCGA和GEO） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 195 | 2026-07-28 |
Ochratoxin A and Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Exploring Potential Molecular Links Through Network Toxicology and Machine Learning
2026-Mar-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27072971
PMID:41977161
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研究论文 | 利用网络毒理学与机器学习探索赭曲霉毒素A与透明细胞肾细胞癌之间的潜在分子关联 | 首次整合网络毒理学、机器学习与分子对接技术，系统揭示OTA与ccRCC的分子联系 | 研究基于公共数据集的生物信息学分析，缺乏体外或体内实验验证 | 探究赭曲霉毒素A暴露与透明细胞肾细胞癌之间的潜在分子机制 | OTA相关ccRCC的潜在分子靶点与核心驱动基因 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 网络毒理学、机器学习、分子对接 | glmBoost + RF（特征选择与分类器的组合模型） | 转录组数据 | 两个GEO数据集中的转录组样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 196 | 2026-07-28 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Salivary Epithelial Cells Reveals Large-Scale Dysregulation in Bitter Taste Dysfunction
2026-Mar-24, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27072953
PMID:41977143
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析唾液上皮细胞，揭示苦味功能障碍中大规模基因失调 | 首次通过单细胞转录组分析揭示COVID-19长期后遗症中苦味功能障碍的细胞和分子机制，发现细胞骨架动态、味觉细胞-神经突触组装以及苦味受体基因下调 | 研究样本量可能有限，且仅针对苦味功能障碍，未涵盖其他味觉异常 | 阐明COVID-19长期后遗症中苦味功能障碍的分子变化机制 | 唾液上皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具有苦味功能障碍的COVID-19长期后遗症患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 197 | 2026-07-28 |
Leveraging single cell multiomic analyses to identify gene regulatory networks that drive human articular cartilage cell fate
2026-03, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.12.025
PMID:41520766
|
研究论文 | 利用多组学数据识别驱动人关节软骨细胞命运的基因调控网络 | 首次联合单细胞多组学和空间转录组数据预测并验证了调控软骨细胞命运的关键转录因子CREB5和NFATC2，发现其重编程生长板软骨的潜力 | 研究主要基于胎儿样本和体外平台，未在体内或疾病模型中充分验证 | 识别驱动人关节软骨细胞命运的基因调控网络，为治疗退行性关节疾病奠定基础 | 人远端股骨软骨细胞、人多能干细胞分化的软骨细胞 | 机器学习和计算生物学 | 骨关节炎、退行性关节疾病 | 单细胞多组学、空间转录组测序、体外干细胞平台 | 基因调控网络预测模型 | 转录组和开放染色质数据、空间转录组数据 | 2个胎儿时间点的软骨样本及额外时间点的空间转录组样本 | 10x Genomics | 单细胞多组学、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 单细胞核转录组和开放染色质联合分析、高清晰度空间转录组 |
| 198 | 2026-07-28 |
BCRInsight: an antibody language model to decode biological signals from BCR sequences
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag154
PMID:41978383
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研究论文 | 提出一种基于Transformer架构和表型感知对比学习的抗体特异性预训练语言模型BCRInsight，从BCR序列中解码免疫信号 | 首次将表型感知对比学习与Transformer预训练结合用于BCR序列分析，并在80M人类BCR序列上预训练，实现无监督下的结构可解释性 | 单细胞测序的可扩展性和成本限制，群体层面组数据未充分利用，且现有方法难以建模高阶非线性依赖 | 解码BCR序列中嵌入的免疫动态信号，推动抗体发现和计算免疫学 | 人类B细胞受体(BCR)序列，涵盖健康、肿瘤、病毒感染等多种免疫队列 | 自然语言处理， 计算生物学 | 肿瘤， 病毒感染 | 预训练语言模型， 对比学习， 单细胞测序， BCR序列分析 | Transformer | 序列数据(BCR氨基酸序列) | 80M人类BCR序列用于预训练，多组单细胞免疫队列用于评估 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 199 | 2026-03-07 |
Identification and validation of prognostic genes associated with M2 macrophage and heme metabolism in lung adenocarcinoma through bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2026-Mar-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04742-6
PMID:41787185
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2026-06-11 |
A hormetic transcriptional program coregulates invasion, proliferation and dormancy to define metastatic potential
2026-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70242-4
PMID:41781391
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研究论文 | 本研究揭示了一个激素转录程序协同调控侵袭、增殖和休眠，从而决定转移潜能 | 首次发现转录因子Prrx1作为侵袭、增殖和休眠共调控的主调节因子，并通过中间表达水平优化三者间的平衡，产生非线性（激素性）关系 | 目前未提及具体限制 | 探究乳腺癌转移能力获得的决定因素及时间机制 | 人类乳腺癌队列及临床前模型中的细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学、单细胞基因表达分析、染色质谱分析 | NA | 图像、文本 | 人类乳腺癌队列数据及临床前模型样本 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium空间转录组学平台、单细胞RNA测序与染色质谱分析的平台配置 |