单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1052 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-07 |
Identification and validation of prognostic genes associated with M2 macrophage and heme metabolism in lung adenocarcinoma through bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2026-Mar-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04742-6
PMID:41787185
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-06-11 |
A hormetic transcriptional program coregulates invasion, proliferation and dormancy to define metastatic potential
2026-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70242-4
PMID:41781391
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研究论文 | 本研究揭示了一个激素转录程序协同调控侵袭、增殖和休眠，从而决定转移潜能 | 首次发现转录因子Prrx1作为侵袭、增殖和休眠共调控的主调节因子，并通过中间表达水平优化三者间的平衡，产生非线性（激素性）关系 | 目前未提及具体限制 | 探究乳腺癌转移能力获得的决定因素及时间机制 | 人类乳腺癌队列及临床前模型中的细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学、单细胞基因表达分析、染色质谱分析 | NA | 图像、文本 | 人类乳腺癌队列数据及临床前模型样本 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium空间转录组学平台、单细胞RNA测序与染色质谱分析的平台配置 |
| 3 | 2026-05-25 |
Spatial Transcriptomics of Early Tooth Morphogenesis in Formalin-fixed Paraffin-embedded Mouse Embryonic Tissue
2026-03-13, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/70340
PMID:41911219
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研究论文 | 描述了用于小鼠胚胎甲醛固定石蜡包埋组织的空间转录组学分析方案，以研究早期牙齿形态发生 | 优化了从收集、固定到石蜡包埋的完整工作流程，确保RNA完整性和组织形态，兼容多种空间转录组学平台 | NA | 建立可重复的空间转录组学分析方法，用于研究胚胎牙齿发育的分子机制 | 小鼠胚胎颅面组织 | 数字病理学 | 牙齿发育异常 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-03-31 |
CD70-Targeting CAR NK Cells Overcome BCMA Downregulation and Improve Survival in High-risk Multiple Myeloma Models
2026-03-04, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0130
PMID:41144785
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研究论文 | 本研究证实CD70是高危多发性骨髓瘤的潜在治疗靶点，并开发了一种靶向CD70的CAR NK细胞疗法，在临床前模型中显示出显著疗效 | 首次系统性地将CD70确立为高危多发性骨髓瘤的治疗靶点，并开发了结合CD27和IL-15的CAR NK细胞疗法，该疗法在BCMA下调或缺失的模型中仍保持有效 | 研究主要基于临床前模型，其临床疗效需通过正在进行的I/II期临床试验进一步验证 | 探索CD70作为高危多发性骨髓瘤治疗靶点的潜力，并开发相应的CAR NK细胞免疫疗法 | 多发性骨髓瘤患者样本、CD70+多发性骨髓瘤细胞系及动物模型 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学 | CAR NK细胞、CAR T细胞 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、图像数据 | 两个多发性骨髓瘤患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-31 |
Composition and Functional State of T and NK Cells in the Extramedullary Myeloma Tumor Microenvironment
2026-03-04, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0170
PMID:41236394
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和空间转录组学，揭示了髓外多发性骨髓瘤（EMM）肿瘤微环境（TME）中T细胞和NK细胞的组成和功能状态，并与骨髓多发性骨髓瘤（BM）进行了比较 | 首次系统性地描述了EMM TME中T和NK细胞的组成和功能状态，并发现了与BM相比的显著差异，如效应细胞与肿瘤细胞比例降低、CD4+ T细胞减少以及调节性CD16- NK细胞比例增加 | 研究样本量未明确说明，可能限制了结果的普遍性；且仅关注了T和NK细胞，未全面分析其他免疫细胞类型 | 探究EMM TME中免疫细胞的组成和功能状态，以理解其与治疗抵抗和生存期缩短的关联 | 髓外多发性骨髓瘤（EMM）肿瘤微环境中的T细胞和NK细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据, 空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-21 |
Longitudinal Profiling of Tumor and Immune Compartments Uncovers Patterns of Dysregulation and Associations with Response in Multiple Myeloma
2026-03-04, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0205
PMID:41364805
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研究论文 | 通过对多发性骨髓瘤患者的纵向多组学分析，揭示了肿瘤与免疫微环境的动态相互作用及其与治疗反应的相关性 | 首次在纵向队列中整合单细胞RNA测序和批量测序数据，系统描绘多发性骨髓瘤免疫微环境的动态变化，并识别幼稚B细胞重建作为持久治疗反应的生物标志物 | 未详细阐述样本异质性或验证队列的局限性，可能限制结论的普适性 | 探究多发性骨髓瘤中治疗反应与疾病进展的免疫相关因素 | 102例多发性骨髓瘤患者的243份骨髓样本，包含631,226个细胞 | 自然语言处理 | 多发性骨髓瘤 | RNA-seq、全基因组测序、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、基因组序列数据 | 102名患者的243份骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、全基因组测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-07-23 |
The Evolution of Spatial Omics Technologies Introduces A Novel Avenue for Lung Cancer Research
2026-Mar-27, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag010
PMID:41619173
|
综述 | 综述空间组学技术的发展及其在肺癌研究中的应用，包括肿瘤异质性、进展机制和生物标志物发现 | 系统总结了空间组学技术在肺癌研究中的最新应用，并提出了将空间组学整合到肺癌研究中的策略，为精准医学提供新视角 | 当前空间组学技术仍存在技术限制，如分辨率、通量和数据分析算法的挑战 | 探讨空间组学技术在肺癌研究中的应用，以理解肿瘤生态系统和异质性 | 肺癌肿瘤生态系统，包括肿瘤细胞和微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间组学技术 | NA | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-07-23 |
Metabolic RNA Labeling-Enabled Time-Resolved Single-Cell RNA Sequencing
2026-Mar-17, Accounts of chemical research
IF:16.4Q1
DOI:10.1021/acs.accounts.6c00010
PMID:41758996
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综述 | 本文综述了利用代谢RNA标记实现时间分辨单细胞RNA测序的最新进展，重点讨论了Well-TEMP-seq、scDUAL-seq和Dyna-vivo-seq等方法 | 提出基于大小排阻和局部准静态水动力学的Well-TEMP-seq方法提高了通量和效率；开发scDUAL-seq双核苷酸标记策略同步监测RNA合成与降解；开创体内代谢RNA标记的单细胞RNA测序（Dyna-vivo-seq）研究活体动物模型 | 化学工具在单细胞RNA动力学分析中仍存在局限性，需进一步改善 | 实现单细胞水平时间分辨的RNA动力学分析，揭示异质性和动态基因表达调控 | 单细胞转录组及RNA合成与降解动力学 | 数字病理学 | 不适用 | 代谢RNA标记、单细胞RNA测序 | 不适用 | RNA序列数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | Well-TEMP-seq, scDUAL-seq, Dyna-vivo-seq | 基于大小排阻和局部准静态水动力学的微孔板平台 |
| 9 | 2026-07-15 |
LAML-Pro: Joint Maximum Likelihood Inference of Cell Genotypes and Cell Lineage Trees
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.27.714879
PMID:41959070
|
研究论文 | 提出LAML-Pro算法，通过联合最大似然推断细胞基因型和细胞谱系树，以纠正基因型错误并提高谱系树重建的准确性 | 首次实现从原始测序或成像数据中联合推断细胞基因型和谱系树，而非分步进行，有效减少基因型错误对谱系树重建的影响 | 主要基于模拟数据和两类成像谱系追踪系统验证，真实应用场景的泛化性有待进一步测试 | 开发一种能同时纠正基因型错误并重建细胞谱系树的算法 | 通过基因编辑技术（如CRISPR）诱导的遗传疤痕数据进行谱系追踪的细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序、成像、基因编辑谱系追踪 | PMMO模型、最大似然估计 | 测序数据、荧光成像数据 | 数千个细胞（模拟数据和两类成像谱系追踪系统数据） | NA | 单细胞测序、成像谱系追踪 | NA | NA |
| 10 | 2026-07-15 |
Transcriptional mechanisms of sex-biased gene expression and their connections to disease-associated variation
2026-Mar-23, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddag019
PMID:41934611
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研究论文 | 利用单细胞RNA-seq分析480个淋巴母细胞系中性别偏倚基因表达的转录机制及其与疾病相关遗传变异的关联 | 首次大规模鉴定性别偏倚表达基因及其上游转录因子调控机制，并通过性别特异性eQTL分析揭示其与多种疾病（特别是自身免疫疾病）的遗传关联 | 独立数据集验证结果较为有限，需要进一步复制研究 | 探索性别偏倚基因表达的转录调控机制及其对疾病相关遗传变异的影响 | 480个淋巴母细胞系（LCLs）及其单细胞转录组数据 | 计算机视觉 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA-seq，eQTL分析 | 机器学习，线性模型 | 单细胞转录组数据 | 480个淋巴母细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-07-15 |
Single-cell RNA sequencing dissect the immunological network of immune checkpoint inhibitors-induced myocarditis
2026-Mar-23, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddag025
PMID:41934610
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析免疫检查点抑制剂诱导心肌炎的免疫网络 | 首次在相对低剂量PD-1/PD-L1抑制剂处理的小鼠模型中，通过单细胞RNA测序揭示CCL5+CD8+ T细胞与CCR5+巨噬细胞的相互作用及成纤维细胞激活在心肌炎发病中的作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚需在人类患者中验证；BMS-1剂量虽较低，但仍可能影响免疫系统的整体复杂度 | 探索免疫检查点抑制剂诱导心肌炎的潜在机制 | 小鼠心脏组织和外周血单核细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型，实验组和对照组各若干样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-07-15 |
[Mechanism of MDA5 in macrophages in SiO(2)-induced epithelial-mesenchymal transition]
2026-Mar-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases
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研究论文 | 探讨巨噬细胞中MDA5在SiO2诱导肺上皮细胞上皮-间充质转化中的调控作用及分子机制 | 首次揭示巨噬细胞来源的MDA5在矽肺纤维化中通过促炎级联反应诱导肺上皮EMT的机制 | 仅使用小鼠模型和体外细胞实验，缺乏临床样本验证；MDA5在矽肺患者中的具体作用尚需进一步研究 | 阐明巨噬细胞MDA5在SiO2诱导肺上皮细胞EMT中的调控机制 | C57BL/6小鼠、THP-1细胞、A549细胞 | 机器学习 | 矽肺 | 单细胞RNA测序、Western blot、qRT-PCR、siRNA敲低 | NA | 基因表达数据 | 16只小鼠（每组8只，每组2只用于测序，6只用于实验）；THP-1细胞设4组，每组3个重复 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 13 | 2026-07-13 |
Integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq identification of a novel "PET-SPI1-MYL9" transcriptional axis in lung adenocarcinoma driven by polyethylene terephthalate exposure
2026-Mar-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1-2630
PMID:41969450
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研究论文 | 整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别聚乙烯 terephthalate暴露驱动肺腺癌的新型PET-SPI1-MYL9转录轴 | 首次提出PET暴露通过结合SPI1转录因子的DNA结合域，抑制MYL9表达，形成非基因毒性致癌机制的新型转录轴 | 计算证据虽然稳健，但仍需进一步湿实验验证结合和转录抑制机制 | 探索空气传播微塑料PET在肺腺癌中的潜在致癌分子机制 | PET暴露相关的肺腺癌样本和分子靶标（MYL9、SPI1） | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习, 分子对接 | 分类回归树, 朴素贝叶斯, 随机森林, 支持向量机 | 基因表达数据 | 三个独立肺腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-07-13 |
Identification of papillary thyroid carcinoma-associated epithelial cell subpopulations and diagnostic biomarkers: integrating machine learning with single-cell analysis
2026-Mar-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-aw-2244
PMID:41969483
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研究论文 | 通过整合机器学习与单细胞分析，识别甲状腺乳头状癌相关上皮细胞亚群及诊断生物标志物 | 首次利用单细胞RNA测序结合多种机器学习算法（随机森林、XGBoost、Boruta和SVM-RFE）筛选出XPR1、SH3RF1和TLE1三个关键基因，构建高辨别力的诊断模型（AUC>0.90） | 未提及 | 揭示甲状腺乳头状癌的分子机制并识别用于早期诊断和个体化治疗的潜在生物标志物 | 甲状腺乳头状癌组织的上皮细胞亚群 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR | 随机森林、XGBoost、Boruta特征选择算法、支持向量机递归特征消除 | 单细胞基因表达数据 | 甲状腺乳头状癌细胞系（BCPAP）和正常甲状腺上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-07-13 |
ZNF460 inhibits HMGCL and promotes PI3K pathway in colon cancer
2026-Mar-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-aw-2410
PMID:41969486
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研究论文 | 本文研究ZNF460在结肠癌中的表达模式、预后价值及其通过抑制HMGCL激活PI3K通路促进癌症进展的分子机制 | 首次揭示ZNF460通过抑制HMGCL表达激活PI3K通路促进结肠癌进展，并结合单细胞测序分析细胞间通讯 | NA | 阐明ZNF460在结直肠癌中的表达、预后价值和生物学功能及其分子机制 | 结直肠癌组织和细胞 | 机器学习 | 结肠癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据、临床数据、单细胞数据 | TCGA和GEO数据库中的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-07-13 |
Tumor-intrinsic redox programming drives an SPP1-CD44 axis of immune suppression in uveal melanoma
2026-03, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2026.104011
PMID:41534302
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研究论文 | 通过对葡萄膜黑色素瘤原发标本进行单细胞RNA测序，揭示肿瘤内在氧化还原程序驱动SPP1-CD44免疫抑制轴 | 首次识别出氧化还原优化的黑色素瘤亚群，揭示ROS-SPP1-CD44代谢-免疫调节新轴，将肿瘤氧化还原稳态与免疫逃逸直接关联 | 未提及样本量及验证队列，可能受限于原发肿瘤标本的代表性 | 揭示葡萄膜黑色素瘤中肿瘤内在代谢程序驱动免疫逃逸的机制 | 葡萄膜黑色素瘤原发标本中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 葡萄膜黑色素瘤原发标本（具体数量未在摘要中给出） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-07-13 |
Macrophage AMPK activated by oxidative stress drives profibrotic crosstalk with tubular cells to accelerate renal fibrosis after ischemic and reperfusion injury
2026-03, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.104002
PMID:41621245
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研究论文 | 本研究揭示了氧化应激激活巨噬细胞AMPK，通过与肾小管细胞的促纤维化相互作用加速肾缺血再灌注损伤后纤维化的机制 | 首次发现巨噬细胞AMPK作为氧化还原传感器，在氧化应激下通过TWEAK-Fn14信号通路启动巨噬细胞与肾小管上皮细胞的促纤维化串扰，为AKI向CKD转变提供新机制 | 未提及具体局限性 | 探究氧化应激在缺血再灌注损伤诱导的急性肾损伤向慢性肾脏病转变过程中调控炎症和纤维化的具体机制 | 小鼠肾缺血再灌注损伤模型及巨噬细胞AMPKα1条件性敲除小鼠 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（Lyz2-Cre;Prkaa1-fl/fl小鼠及对照） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 18 | 2026-07-13 |
Unveiling a novel function of Aconitase-2: attenuating lung ischemia-reperfusion injury via inhibition of pulmonary endothelial apoptosis
2026-03, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2026.104016
PMID:41637882
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研究论文 | 揭示乌头酸酶2通过抑制肺内皮细胞凋亡减轻肺缺血再灌注损伤的新功能 | 首次发现乌头酸酶2在肺缺血再灌注损伤中的保护作用，并阐明其通过增强线粒体三羧酸循环和下游代谢产物4-辛基衣康酸抑制细胞凋亡的机制 | 研究仅限于小鼠模型和体外细胞实验，临床样本量较小，需要进一步验证在人体中的治疗潜力 | 探索乌头酸酶2在肺缺血再灌注损伤中的作用及其分子机制 | 肺血管内皮细胞中的乌头酸酶2功能 | 数字病理学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 65名健康捐赠者和48名肺缺血再灌注损伤患者 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-07-12 |
Quantifying the fidelity of in vitro human cell culture systems using a biomedical foundation model
2026-Mar-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2520482123
PMID:41860964
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研究论文 | 利用生物医学基础模型量化体外人肠上皮细胞培养系统的保真度 | 首次提出利用基于单细胞RNA测序数据训练的生物医学基础模型（BMFM-RNA）定量评估体外培养细胞与体内细胞的一致度，为体外细胞培养系统提供标准化基准方法 | 未提及 | 开发一种定量基准测试方法，用于评估体外人类细胞培养系统的保真度 | 人肠上皮细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生物医学基础模型（BMFM-RNA） | 单细胞RNA测序数据 | 来自患者活检样本及体外培养的人肠上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-07-12 |
Ultra-precision deconvolution of spatial transcriptomics decodes immune heterogeneity and fate-defining programs in tissues
2026-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70645-3
PMID:41862467
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研究论文 | 提出超精度空间转录组解卷积算法UCASpatial，揭示组织中的免疫异质性与命运决定程序 | 利用基于熵的权重实现超精度空间转录组解卷积，精准识别低丰度细胞亚群并区分转录异质性群体，发现20q染色体扩增、HERV-H沉默及IL11信号在免疫排斥和纤维化中的新机制 | 未在论文标题和摘要中明确提及局限性 | 开发高精度空间转录组解卷积算法以解析复杂组织中免疫细胞的空间组织和功能特化 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型（C57BL/6） | 空间转录组学、机器学习 | 结直肠癌、伤口愈合相关疾病 | 空间转录组学（空间转录组数据解卷积） | 基于熵加权的解卷积算法（UCASpatial） | 空间转录组数据 | 人类结直肠癌样本和C57BL/6小鼠伤口愈合模型样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |