单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1050 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-04-02 |
Spatial transcriptomics of urothelial carcinoma with basal/squamous differentiation identifies Galectin-7 as a specific marker of squamous lineage commitment
2026-Mar-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04927-z
PMID:41917522
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-05-16 |
Tumor-infiltrating immature innate lymphoid cells in colorectal cancer are biased toward ILC1/tissue-resident NK cell differentiation
2026-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71085-9
PMID:41896575
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序等技术分析结直肠癌及腹膜转移患者的肿瘤浸润未成熟先天淋巴细胞偏向ILC1/组织驻留NK细胞分化的特征 | 首次揭示结直肠癌及腹膜转移肿瘤中未成熟先天淋巴细胞（nILC）转录组偏向分化为ILC1/组织驻留NK细胞，并通过共培养实验验证其分化能力 | 未明确说明研究的局限性 | 探究结直肠癌及腹膜转移中先天淋巴细胞的功能及其分化偏向 | 结直肠癌及腹膜转移患者的肿瘤样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、分化实验 | NA | 基因表达数据 | 11名患者用于单细胞RNA测序，8名用于流式细胞术，24名用于分化实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-16 |
Splicing variants in MYRF cause partial loss of function in the retinal pigment epithelium leading to nanophthalmos
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.194681
PMID:41746734
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研究论文 | 研究MYRF基因剪接变异导致视网膜色素上皮部分功能丧失从而引发小眼球症的机制 | 首次揭示MYRF基因C端剪接变异作为低效等位基因引起孤立性小眼球症，支持组织特异性阈值效应，并阐明MYRF C末端在RPE中的独特作用 | 未在人类患者RPE细胞中直接验证变体的功能影响，且动物模型仅限于小鼠 | 探究MYRF基因变异导致孤立性小眼球症与综合征性疾病的分子机制差异 | MYRF基因C端变异（dG-MYRF）及剪接变异，人RPE细胞，小鼠模型 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类RPE细胞系，小鼠胚胎（E15.5、E17.5、P0） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-16 |
Ultra-precision deconvolution of spatial transcriptomics decodes immune heterogeneity and fate-defining programs in tissues
2026-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70645-3
PMID:41862467
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研究论文 | 提出UCASpatial，一种用于空间转录组数据的超精度反卷积算法，揭示组织中的免疫异质性和命运决定程序 | 首次利用基于熵的加权方法实现空间转录组的超精度反卷积，能够准确识别低丰度细胞亚群并区分转录异质性细胞亚群 | 未提及具体局限性，但可能涉及算法对复杂组织微环境的普适性验证 | 开发并验证一种高精度空间转录组反卷积算法，用于解码复杂组织中的免疫细胞空间组织与功能特化 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型（C57BL/6小鼠） | 计算机视觉 | 结直肠癌，伤口愈合相关疾病 | 空间转录组学反卷积算法 | 基于熵的加权模型 | 空间转录组数据 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型（C57BL/6小鼠） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-16 |
Fel d 1-Expressing Plant-Derived Bioparticle: A Novel Treatment for Cat Allergy
2026-Mar-19, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70280
PMID:41856757
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研究论文 | 本研究评估了一种由植物来源生物颗粒表达的Fel d 1过敏原（Fel d 1 eBP）对猫过敏的过敏原性和免疫原性 | 首次利用植物源生物颗粒表达猫主要过敏原Fel d 1，并证明其低过敏原性和诱导耐受的潜力，为猫过敏的过敏原免疫治疗提供了新候选方案 | 样本量较小（仅12名猫过敏者和12名非特应性对照），且为开放标签的0期研究，缺乏双盲对照和长期随访数据 | 探究Fel d 1 eBP的过敏原性和免疫调节特性，评估其作为猫过敏免疫治疗候选物的可行性 | 猫过敏受试者和非特应性对照者的T细胞、B细胞、嗜碱性粒细胞、单核细胞、幼稚B细胞和皮肤反应 | 数字病理学 | 猫过敏 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名猫过敏受试者和12名非特应性对照者的细胞样本，以及20名猫过敏个体的皮肤测试 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 6 | 2026-05-16 |
Müller glia-mediated regeneration restores neuronal diversity and retinal circuit organization in the adult zebrafish
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.15.711785
PMID:41889825
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研究论文 | 该研究通过诱导谱系追踪、单细胞RNA测序和形态学分析，发现成年斑马鱼中Müller胶质介导的再生能恢复神经元多样性和视网膜回路组织 | 首次在单细胞水平系统评估了成年斑马鱼Müller胶质介导的再生神经元与原生神经元的分子和结构相似性，揭示了损伤背景对再生神经元比例的影响 | 未详细说明再生神经元与原生神经元之间剩余差异的长期演变，且仅针对特定损伤模型（光照损伤和NMDA损伤） | 阐明Müller胶质来源的再生神经元能否恢复丢失神经元的身份、多样性和结构特征 | 成年斑马鱼视网膜中的Müller胶质及其再生神经元 | 再生神经科学 | 视网膜损伤 | 单细胞RNA测序、诱导谱系追踪、形态学分析 | NA | 单细胞转录组数据、形态学数据 | 成年斑马鱼视网膜样本，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-16 |
Single-cell multi-omic analysis of mitochondrial mutational mosaicism and dynamics
2026-03-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70399-y
PMID:41839886
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研究论文 | 通过单细胞ATAC-seq和POLG敲入HEK293细胞系，引入scmtMPM和scwMSS两个指标，研究线粒体DNA突变嵌合体和动态变化 | 首次提出scmtMPM和scwMSS两种指标，实现单细胞层面线粒体DNA突变负荷和体细胞嵌合体的量化分析 | 研究主要基于细胞系和有限的人类样本，突变景观的临床应用需进一步验证 | 揭示单细胞水平线粒体DNA突变景观的异质性和动态变化 | 人类健康供体和线粒体疾病患者样本中的单个细胞 | 机器学习 | 线粒体疾病 | 单细胞ATAC-seq | NA | 测序数据 | 人类健康供体和线粒体疾病患者样本，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-05-16 |
ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics
2026-Mar-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.26.708361
PMID:41890081
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研究论文 | ChatSpatial是一个基于大语言模型（LLM）的对话式分析平台，通过预验证工具模式（schema）整合60多种空间转录组分析方法，实现跨Python和R生态系统的可重复、跨平台分析 | 创新性地采用模式强制编排机制（Schema-Enforced Orchestration），由LLM从预验证的工具模式中选择而非生成自由代码，确保分析工作流的近确定性可重复性 | NA | 解决空间转录组数据分析中跨平台工具兼容性差、可重复性低的难题，构建统一的对话式分析工作流 | 空间转录组数据及其分析方法和工具 | 自然语言处理 | 卵巢癌，口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 大语言模型（LLM） | 文本（对话指令及分析结果） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-16 |
Spatially defined danger zone shapes gastric cancer progression through CCDC80+ fibroblast-induced CD8+ T cell dysfunction
2026-03-07, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02287-1
PMID:41793512
|
研究论文 | 通过空间转录组学鉴定胃癌进展中的“危险区域”，揭示CCDC80+成纤维细胞驱动的CD8+ T细胞功能障碍机制 | 首次定义并表征胃癌中的“危险区域”空间结构，结合非负矩阵分解和XGBoost模型进行亚型分类和预后预测，并利用LightGBM模型直接从H&E切片预测危险区域评分 | 未明确提及，但可能包括样本量有限、机制验证依赖体外共培养体系、模型泛化性需进一步验证 | 探究胃癌肿瘤微环境的空间异质性及其对免疫治疗反应和预后的影响机制 | 侵袭性小鼠肿瘤和人类胃癌样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学 | XGBoost, LightGBM, 非负矩阵分解 | 空间转录组数据、H&E染色图像 | 小鼠肿瘤样本和人类胃癌样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2026-05-16 |
Selective B-cell subset depletion underlies increased infection risk in patients with MM treated with anti-BCMA vs anti-GPRC5D bsAbs
2026-Mar-05, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029572
PMID:41405507
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研究论文 | 探究抗BCMA与抗GPRC5D双特异性抗体在多发性骨髓瘤治疗中导致不同感染风险的选择性B细胞亚群耗竭机制 | 首次揭示抗BCMA双特异性抗体不仅耗竭浆细胞，还会从早期前B细胞阶段开始耗竭B细胞，而抗GPRC5D仅靶向浆细胞，为感染风险差异提供机制见解 | 需进一步验证MIcγ1小鼠模型作为阴性对照的结论在人类中的普适性，且临床感染风险与B细胞耗竭的直接因果关系未完全确立 | 阐明抗BCMA与抗GPRC5D双特异性抗体在多发性骨髓瘤患者中引起不同感染风险的机制 | 多发性骨髓瘤患者和健康供体的骨髓样本 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序，新一代高通量流式细胞术 | NA | 基因表达数据，免疫表型数据 | 62例复发多发性骨髓瘤患者，31例用于流式细胞术，8例用于单细胞RNA测序，11例患者和8例健康供体用于初步单细胞RNA测序 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 11 | 2026-05-16 |
Optic Atrophy 1-Mediated Mitochondrial Hyperfusion Orchestrates Yes-Associated Protein 1 Nuclear Translocation to Sustain Ameloblastoma Stemness
2026-03, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.002
PMID:41478350
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研究论文 | 揭示了OPA1介导的线粒体过度融合通过YAP1核转位驱动成釉细胞瘤干性的机制 | 首次发现OPA1介导的线粒体过度融合通过抑制Hippo信号通路促进YAP1核转位，从而维持成釉细胞瘤干性，并提出OPA1作为潜在治疗靶点 | 未提及 | 阐明成釉细胞瘤干性维持的分子机制及潜在治疗靶点 | 成釉细胞瘤组织样本、hTERT-AM细胞系、患者来源的类器官 | 数字病理学 | 成釉细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 原发性成釉细胞瘤标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 12 | 2026-05-16 |
Targeting N-Cadherin and Tubulin α 1A in Neuroblastoma Bone Marrow Metastasis: Insights from Single-Cell Analysis and Drug Screening
2026-03, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.004
PMID:41485549
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析和药物筛选，揭示N-钙粘蛋白和微管蛋白α1A在神经母细胞瘤骨髓转移中的关键作用及潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，鉴定CDH2和TUBA1A为神经母细胞瘤骨髓转移的关键基因，并发现2,3-二甲氧基-1,4-萘醌通过下调其表达发挥抑制活性 | 研究中未提及样本规模及体内实验验证的局限性 | 探究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 有和无骨髓转移的神经母细胞瘤患者样本及细胞系 | 单细胞组学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-16 |
SAGE: Spatially Aware Gene Selection and Dual-View Embedding Fusion for Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520333
PMID:41486374
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研究论文 | 提出SAGE框架，结合主题驱动基因选择与双视图嵌入融合，用于空间转录组数据中空间域的准确识别 | 首次将非负矩阵分解主题建模与分类器重要性评分结合进行基因选择，并通过共识精炼和对比图表示学习融合局部表达图与非局部主题驱动图 | 未提及具体局限性（从摘要中无法提取） | 提高空间转录组数据中空间域分割的准确性，并增强基因级别的可解释性 | 空间转录组数据中的组织切片空间域 | 数字病理学 | 乳腺癌、黑色素瘤 | 空间转录组学 | 非负矩阵分解、对比图表示学习 | 空间转录组数据 | 34个真实世界数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-16 |
Spatially Resolved Multiomics Reveals Metabolic Remodeling and Autophagy Activation in Adamantinomatous Craniopharyngiomas
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516965
PMID:41489092
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研究论文 | 通过空间分辨多组学揭示颅咽管瘤中代谢重塑和自噬激活的机制 | 首次整合单细胞空间转录组学和空间分辨代谢组学，揭示肿瘤上皮细胞亚群的空间分离与分子异质性，并发现“囊液-肿瘤细胞”和“胆碱/乙醇胺-PC/PE”代谢轴如何耦合自噬激活 | 未明确提及，但可能受限于样本量、平台分辨率或功能验证的深度 | 探究颅咽管瘤进展和复发的驱动因素 | 成釉细胞型颅咽管瘤组织及囊液样本 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单细胞空间转录组学，空间分辨代谢组学，AFADESI-MSI，批量代谢组学，多免疫组化 | NA | 空间转录组数据，代谢组数据，组织图像 | 未明确说明具体数量，可能包括多例ACP组织样本 | NanoString, NA, NA | 单细胞空间转录组学, 空间分辨代谢组学 | CosMx SMI, AFADESI-MSI | CosMx SMI用于单细胞空间转录组分析，AFADESI-MSI用于空间分辨代谢组分析 |
| 15 | 2026-05-16 |
Spatial Transcriptomics of TMJ Reveals a Remodeling Fibroblast-Immune Microenvironment Driving Arthritis Pain
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519816
PMID:41498747
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研究论文 | 通过seqFISH空间转录组学技术揭示颞下颌关节中成纤维细胞-免疫微环境重塑驱动关节炎疼痛的机制 | 首次利用seqFISH空间转录组学技术全面绘制成年小鼠颞下颌关节的细胞类型图谱，发现关节炎诱导的细胞数量和状态变化，并揭示成纤维细胞-免疫细胞微环境通过Igf1-Il33轴驱动疼痛的新机制 | NA | 研究颞下颌关节关节炎中细胞类型空间组织及其在疼痛中的作用 | 成年小鼠颞下颌关节及患者滑膜组织 | 机器学习 | 关节炎 | seqFISH空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 成年小鼠颞下颌关节样本（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | seqFISH | seqFISH空间转录组学技术 |
| 16 | 2026-05-16 |
Early Radial Extracorporeal Shockwave Stimulation on Proximal Tibial Circular Osteotomy Site Enhanced Heterotopic Skin Wound Healing via Small Extracellular Vesicles
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202517257
PMID:41504389
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研究论文 | 本文探讨了在胫骨环截骨部位进行早期径向体外冲击波刺激，通过小细胞外囊泡增强异位皮肤伤口愈合的机制 | 首次发现胫骨环截骨部位的径向体外冲击波治疗通过ATP/P2X7R/p38MAPK通路触发间充质干细胞释放小细胞外囊泡，且Thbs1增强的囊泡通过促进IL4诱导的M2巨噬细胞极化加速伤口愈合 | 可能存在的局限包括仅在大鼠模型中验证，且未涉及糖尿病足溃疡的临床前治疗评估 | 探索径向体外冲击波疗法在胫骨环截骨部位对伤口愈合的增强作用及机制 | 大鼠足背伤口愈合模型及小细胞外囊泡 | 机器学习 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞测序、蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 大鼠模型（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-05-16 |
ROS Activated NETosis of Bone Marrow CD55+ Intermediate Mature Neutrophils Through HIF1α-PADI4 Pathway to Initiate Bone Aging
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500046
PMID:41504495
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研究论文 | 该研究发现骨髓CD55+中间成熟中性粒细胞通过HIF1α-PADI4通路被ROS激活并发生NETosis，从而引发骨老化 | 首次揭示CD55+中间成熟中性粒细胞亚群在骨老化中的关键作用，以及ROS-HIF1α-PADI4通路介导的NETosis机制 | 研究主要基于SAMP6小鼠模型，人类中的验证尚缺 | 探究骨髓中性粒细胞NETosis与骨老化的关系及潜在机制 | 3月龄雄性SAMP6小鼠及其中性粒细胞、骨髓间充质干细胞 | 机器学习 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | SAMP6小鼠与对照小鼠的骨髓样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 18 | 2026-05-16 |
Reconstructing Coherent Functional Landscape From Multi-Modal Multi-Slice Spatial Transcriptomics by a Variational Spatial Gaussian Process
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520423
PMID:41521465
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研究论文 | 介绍stVGP，一种变分空间高斯过程框架，用于从多模态多切片空间转录组数据中重建连贯的功能景观 | stVGP通过整合空间高斯过程与空间层次变换器，实现跨切片精准对齐、批次效应校正及生物意义空间域识别，并支持虚拟组织切片生成，实现未采样区域基因表达的连续三维重建 | 未明确提及局限性 | 开发统一、可扩展的框架，连接离散二维切片与连续三维生物学洞察，用于复杂组织与发育系统的三维空间建模 | 多模态多切片空间转录组数据集，包括人类乳腺癌样本 | 计算机视觉 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 变分空间高斯过程 | 基因表达数据、组织学图像 | 多种数据集，未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2026-05-16 |
HMGB2-RAD21 Axis Promotes Fibro/Adipogenic Progenitor Proliferation and Regulates Fat Infiltration
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514363
PMID:41524172
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析猪胚胎肌肉，构建了胚胎纤维/脂肪祖细胞的发育图谱，发现HMGB2-RAD21轴促进纤维/脂肪祖细胞增殖并调控脂肪浸润 | 首次构建猪胚胎纤维/脂肪祖细胞的发育图谱，识别出HMGB2亚群作为纤维/脂肪祖细胞池大小的关键决定因子，并揭示了HMGB2通过靶向RAD21调控细胞增殖的新机制 | 研究主要在猪和小鼠模型中进行，尚未在人体中验证；HMGB2敲除对脂肪组织分布的系统性影响未完全阐明 | 解析肌间脂肪浸润的分子和细胞机制，为改善猪肉品质和减轻病理性脂肪浸润提供潜在靶点 | 猪胚胎肌肉和小鼠肌肉再生过程中的纤维/脂肪祖细胞 | 单细胞转录组学 | 肌病、胰岛素抵抗 | 单细胞测序、基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | 猪胚胎肌肉样本和小鼠肌肉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-05-16 |
S3RL: Enhancing Spatial Single-Cell Transcriptomics With Separable Representation Learning
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516178
PMID:41556263
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研究论文 | 提出一种名为S3RL的可分离表示学习框架，用于增强空间单细胞转录组学数据保真度 | 通过有效去噪稀疏测量并放大生物学相关信号，恢复精细空间表达模式和调控关系，在空间域识别和多切片对齐中实现高达170%的ARI提升，并发现新的配体-受体信号和空间基因表达梯度 | NA | 提高空间转录组学数据的质量，以解码复杂组织微环境 | 人、小鼠和植物组织样本 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 可分离表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |