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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2026-02-13 |
Querying functional drivers in primary murine naïve and memory T cells using RNP-mediated CRISPR-Cas9 Gene Deletion
2026-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.05.704062
PMID:41676462
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研究论文 | 本文提出了一种基于RNP介导的CRISPR-Cas9基因删除技术,用于在原发性小鼠幼稚和记忆T细胞中快速评估候选基因的功能作用 | 开发了一种无需生殖系基因敲除小鼠的快速CRISPR-Cas9协议,可直接在激活效应、静止幼稚和记忆CD8 T细胞中进行基因删除,适用于急性和慢性感染模型 | 未明确提及样本量或技术验证的局限性,可能依赖于体外模型 | 研究CD8 T细胞在感染和癌症中的功能驱动基因,以加速免疫疗法和疫苗设计 | 原发性小鼠CD8 T细胞,包括幼稚、记忆和效应亚群 | 免疫学 | 癌症 | CRISPR-Cas9基因编辑,微阵列,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 702 | 2026-02-13 |
Exacerbated salmonellosis in poly(ADP-ribose) polymerase 14-deficient mice
2026-Feb-03, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02971-25
PMID:41468544
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研究论文 | 本研究探讨了PARP14蛋白在小鼠沙门氏菌感染模型中的作用,发现PARP14缺失会加剧肠道炎症和组织损伤 | 首次揭示了PARP14在沙门氏菌感染中作为多细胞类型多效性调节因子的作用,特别是在Th17反应和上皮细胞转录组特征中的关键功能 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;PARP14的具体作用机制仍需进一步探究 | 探究PARP14蛋白在沙门氏菌感染引起的黏膜炎症中的功能 | 小鼠模型中的沙门氏菌感染及PARP14缺失小鼠 | 分子生物学与免疫学 | 感染性疾病(沙门氏菌感染) | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, TaqMan qPCR, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 未明确指定样本数量,但涉及PARP14缺失小鼠和对照小鼠的组织分析 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 703 | 2026-02-13 |
RNA Quality Control Enables Antibiotic Tolerance
2026-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.02.703294
PMID:41676483
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研究论文 | 本研究通过实验进化方法探索了细菌在抗生素和免疫压力下的适应机制,揭示了RNA质量控制如何驱动抗生素耐受性 | 首次发现RNA降解酶RNase Y的突变通过bet-hedging策略调控RNA周转,作为可调的主调节器来应对抗生素和免疫的联合压力 | 研究主要基于实验进化模型,可能未完全反映真实宿主环境中的复杂相互作用 | 探究细菌在抗生素和免疫压力下的适应机制及RNA质量控制的作用 | 细菌种群 | 微生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 704 | 2026-02-13 |
Maternal Obesity Reprograms Differentiation Trajectories of Fetal Hematopoietic Stem and Progenitor Cells Through Altered Inflammatory Signaling
2026-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.29.702548
PMID:41676530
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研究论文 | 本研究通过非人灵长类模型,揭示了母体肥胖如何通过改变炎症信号重编程胎儿造血干细胞和祖细胞的分化轨迹 | 首次在非人灵长类模型中系统研究母体肥胖对胎儿骨髓造血的影响,结合光谱流式细胞术、单细胞RNA测序和功能分化实验,揭示了HSPC成熟改变、谱系轨迹重编程和炎症偏向的机制 | 研究基于非人灵长类模型,结果向人类直接外推需谨慎;未探讨母体肥胖的具体分子机制或长期后效 | 探究母体肥胖对胎儿免疫系统发育的影响,特别是对胎儿骨髓造血干细胞和祖细胞分化轨迹的调控 | 非人灵长类(猕猴)胎儿骨髓中的造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 单细胞组学 | 肥胖相关疾病 | 单细胞RNA测序,光谱流式细胞术,功能分化实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 非人灵长类胎儿骨髓样本(肥胖母体与瘦对照组后代) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 705 | 2026-02-13 |
Histotripsy-initiated immune response synergizes with chemotherapy in a neuroblastoma murine model
2026-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.30.702878
PMID:41676730
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研究论文 | 本研究探讨了组织超声消融术(Histotripsy)在神经母细胞瘤小鼠模型中引发的免疫反应,及其与化疗的协同抗肿瘤效应 | 首次证明组织超声消融术不仅能局部消融肿瘤,还能诱导全身性抗肿瘤免疫反应,从而增强化疗对远端转移灶的疗效 | 研究基于小鼠模型,结果需在人体临床试验中验证;未详细探讨组织超声消融术的最佳参数与长期免疫记忆效应 | 探究组织超声消融术对神经母细胞瘤肿瘤微环境的免疫调节作用,及其与化疗联用的协同治疗效果 | 神经母细胞瘤小鼠模型(Neuro-2a细胞系) | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫组织化学 | NA | 测序数据,图像数据,流式数据 | 雌性A/J小鼠,双侧接种1×10⁶ Neuro-2a细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 706 | 2026-02-13 |
hSNMF: Hybrid Spatially Regularized NMF for Image-Derived Spatial Transcriptomics
2026-Feb-02, ArXiv
PMID:41675352
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研究论文 | 本研究提出了一种用于高分辨率空间转录组学数据(如Xenium平台数据)的混合空间正则化非负矩阵分解方法,以改善表示学习和聚类效果 | 提出了两种空间正则化的NMF变体:轻量级的空间NMF(SNMF)和混合空间NMF(hSNMF),后者通过可调参数α整合空间邻近性和转录组相似性,并在Leiden聚类前进行空间正则化 | 方法仅在胆管癌数据集上进行了评估,其普适性有待在其他组织和疾病类型中进一步验证 | 解决高分辨率空间转录组学数据因维度极高而带来的表示学习和聚类挑战 | 来自Xenium平台的肿瘤微阵列组织高分辨率图像数据 | 空间转录组学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | 非负矩阵分解,Leiden聚类 | 图像,细胞-基因矩阵 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium平台,用于捕获肿瘤微阵列组织的高分辨率图像并生成细胞-基因矩阵 |
| 707 | 2026-02-13 |
Forward Programming Identifies Inducers of Blood-Brain Barrier Properties in Human Pluripotent Stem Cell-Derived Endothelial Cells
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.02.699492
PMID:41676611
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序挖掘转录因子,并利用正向编程技术诱导人多能干细胞来源的内皮细胞获得血脑屏障特性 | 首次结合单细胞RNA测序数据挖掘和正向编程方法,系统识别并验证了能诱导血脑屏障特性的转录因子组合 | 研究基于体外细胞模型,可能无法完全模拟体内血脑屏障的复杂微环境 | 探索血脑屏障特性在发育过程中的诱导机制,并开发用于建模和药物筛选的细胞工具 | 人多能干细胞来源的内皮细胞 | 单细胞组学 | 神经血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 正向编程 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 708 | 2026-02-13 |
Modeling cell-cell interactions to advance drug discovery in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.29.702646
PMID:41676623
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研究论文 | 本研究开发了一种基于支架的人源共培养肺泡类器官模型,用于模拟特发性肺纤维化(IPF)的起始和进展过程 | 开发了首个利用健康与IPF患者原代肺成纤维细胞及携带家族性IPF突变(SFTPC 173T)的iPSC来源肺泡II型细胞构建的三维共培养类器官模型,以模拟纤维化过程中的上皮-间质细胞通讯 | 模型虽能模拟疾病进展的关键特征,但仍为体外系统,可能无法完全复制体内复杂的微环境及全身性因素 | 开发一种能有效模拟特发性肺纤维化(IPF)起始与进展的体外模型,以研究其发病机制并评估抗纤维化药物的疗效 | 健康及IPF患者的人原代肺成纤维细胞、携带SFTPC 173T突变(家族性IPF)或同基因校正对照的诱导多能干细胞(iPSC)来源的肺泡II型(iAT2)细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 三维共培养类器官模型 | 基因表达数据(单细胞水平) | 未明确具体样本数量,但使用了来自健康个体和IPF患者的原代细胞以及基因工程改造的iPSC系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 709 | 2026-02-13 |
scPER: A Rigorous Computational Approach to Determine Cellular Subtypes in Tumors Aligned With Cancer Phenotypes From Total RNA Sequencing
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514502
PMID:41309494
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研究论文 | 提出了一种名为scPER的计算方法,用于从总RNA测序数据中估计肿瘤微环境细胞组成并识别与表型相关的细胞亚群 | 结合对抗自编码器和极端梯度提升技术,整合多个scRNA-seq数据集构建综合参考面板,有效分离混杂因素与真实信号 | NA | 开发一种计算方法来估计肿瘤微环境中的细胞比例并识别与癌症表型相关的细胞亚群 | 肿瘤微环境中的细胞亚型 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,总RNA测序 | 对抗自编码器,极端梯度提升 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,总RNA-seq | NA | NA |
| 710 | 2026-02-13 |
Mapping heterogeneity in the tumor microenvironment of renal cell carcinoma through single-cell omics
2026-Feb, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2025.11.001
PMID:41339185
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在揭示肾细胞癌肿瘤微环境异质性方面的应用与发现 | 整合多种单细胞技术(scRNA-seq、snRNA-seq、scATAC-seq、scTCR-seq和成像质谱流式)的系统性综述,首次全面定义RCC中CD8 T细胞亚群、耗竭轨迹及多种免疫细胞(如TAMs、DCs、NK细胞、CAFs)的起源、表型多样性和功能状态 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,结论依赖于已发表研究的整合分析 | 解析肾细胞癌肿瘤微环境的细胞与分子异质性,为精准免疫治疗提供依据 | 肾细胞癌的肿瘤微环境细胞(包括恶性细胞、CD8 T细胞、肿瘤相关巨噬细胞、树突状细胞、自然杀伤细胞、癌症相关成纤维细胞等) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、转座酶可及染色质测序、T细胞受体测序、成像质谱流式 | NA | 单细胞组学数据、空间多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 711 | 2026-02-13 |
ADME Profiling of Quantum Dots and Immune Responses: Impact of Dynamic Inflammatory Mediator Changes on the Nervous System
2026-Feb, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202510266
PMID:41457817
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研究论文 | 本文系统评估了CdTe量子点在体内的分布、神经行为效应及细胞响应,揭示了其诱导神经毒性的多细胞机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术,在单细胞分辨率下揭示了量子点暴露后海马组织中微胶质细胞、少突胶质前体细胞和内皮细胞在炎症、氧化和细胞应激通路中的协同作用 | 研究仅使用小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;且仅评估了短期暴露效应,长期神经毒性影响尚不明确 | 评估CdTe量子点的神经毒性及其潜在机制,为纳米材料的生物医学应用安全性提供依据 | 小鼠(经尾静脉注射巯基丙酸修饰的CdTe量子点) | 神经科学 | 神经毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量,但基于小鼠海马组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 712 | 2026-02-13 |
Tissue-Derived Extracellular Vesicles Define Diagnostic Biomarkers for Renal Cell Carcinoma
2026-Feb, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70221
PMID:41656939
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研究论文 | 本研究通过分析组织来源的细胞外囊泡,鉴定出肾细胞癌不同亚型的诊断生物标志物 | 首次利用组织来源的细胞外囊泡作为肾细胞癌亚型分化的诊断标志物,并通过单细胞测序数据揭示了这些标志物的细胞来源 | 研究样本量未在摘要中明确说明,且外部验证队列的详细信息未提供 | 探索组织来源的细胞外囊泡作为肾细胞癌亚型诊断生物标志物的价值 | 肾细胞癌患者的配对肿瘤和正常组织及其对应的组织来源细胞外囊泡 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 生物分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 713 | 2026-02-12 |
Consensus machine learning identifies cell death gene signature for carotid artery stenosis diagnosis
2026-Feb-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114397
PMID:41660258
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据与机器学习方法,开发了一个基于细胞死亡基因的共识诊断分类器,用于颈动脉狭窄的早期检测 | 首次整合了内部RNA-seq队列与八个公共数据集,结合十种机器学习算法构建了105个模型配置,并识别出IRF1、FYCO1和FDFT1组成的诊断签名,通过单细胞测序和功能实验验证了FYCO1的下调及其在自噬和炎症信号中的作用 | 研究依赖于多个公共数据集,可能存在批次效应或数据异质性,且样本量相对有限(共696个样本),需要进一步在独立队列中验证MLDS的临床适用性 | 开发一种分子工具以改善颈动脉狭窄的早期诊断 | 颈动脉狭窄患者样本及相关分子数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq, 蛋白质组学分析, RT-qPCR, 单细胞测序, 基因沉默实验 | 逻辑回归, 共识机器学习(结合十种算法) | RNA-seq数据, 蛋白质组数据, 单细胞测序数据, 实验验证数据 | 696个样本(整合一个内部队列和八个公共数据集) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学(未明确指定,但涉及单细胞分析) | NA | NA |
| 714 | 2026-02-12 |
Pre-operative risk assessment of HCC recurrence in liver transplant recipients by non-invasive detection of pre-existing genetic lesions
2026-Feb-11, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2025.1069
PMID:41668289
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研究论文 | 本研究通过液体活检开发了一种基于无细胞DNA(cfDNA)拷贝数变异(CNA)特征的术前风险分层模型,用于预测肝细胞癌(HCC)患者肝移植后的复发风险 | 整合了cfDNA CNA特征与单细胞转录组数据,揭示了复发相关的cfDNA来源于肿瘤内特定恶性细胞亚群,并开发了结合传统临床因素和cfDNA CNA特征的ZJU Criteria风险预测工具 | 研究样本量相对有限(260例),且依赖于多中心数据,可能存在异质性 | 开发一种基于液体活检的术前风险分层模型,以预测HCC患者肝移植后的复发风险 | 260例HCC患者,包括临床数据、血浆cfDNA、匹配的肿瘤和非肿瘤组织 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 低覆盖度全基因组测序、全外显子测序、单核RNA测序、空间转录组学 | 风险分层模型(ZJU Criteria) | 基因组数据、转录组数据、空间数据 | 260例HCC患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全基因组测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 715 | 2026-02-12 |
Osteoarthritis and chondrosarcoma: Bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing and molecular docking
2026-Feb-11, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/205134
PMID:41669898
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和分子对接技术,分析了骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性和分子机制,以识别潜在的治疗靶点 | 结合单细胞RNA测序和分子对接方法,首次在单细胞水平上比较骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群分布和基因表达差异,并探索天然化合物与DAP3蛋白的相互作用 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集,可能受数据质量和样本来源限制;分子对接结果为计算模拟,需实验验证 | 探究骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性和分子机制,识别潜在治疗靶点 | 骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群,包括神经元、软骨细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎,软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,分子对接 | t-SNE,UMAP | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 716 | 2026-02-12 |
Exploring adenoid basal carcinoma to squamous cell carcinoma of the uterine cervix transformation using spatial transcriptomics
2026-Feb-11, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70036
PMID:41670056
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学探索了子宫颈腺样基底癌向鳞状细胞癌转化的分子机制 | 首次使用数字空间谱分析技术,在混合肿瘤中识别出区分过渡巢与其他亚型的关键差异表达基因CK13和SCCA2,并揭示了BCL-2在基底样细胞中的表达模式 | 样本量有限,仅对4例病例进行了DSP分析,未来需要更大规模的研究来指导临床决策 | 阐明子宫颈腺样基底癌与鳞状细胞癌之间的转化关系,以指导有效的治疗策略 | 20例子宫颈腺样基底癌病例,其中多数伴有鳞状细胞癌、过渡巢和高级别鳞状上皮内病变 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 空间转录组学,免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据,组织学图像 | 20例ABC病例,其中4例进行了DSP分析 | NA | 空间转录组学 | NA | 数字空间谱分析 |
| 717 | 2026-02-12 |
Multi-omics characterization of benzo[a]pyrene toxicity networks identifies SERPINE1 and STK3 as prognostic biomarkers and therapeutic targets in head and neck squamous cell carcinoma
2026-Feb-11, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05065-7
PMID:41670688
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了苯并[a]芘在头颈鳞状细胞癌中的毒性网络,并鉴定出SERPINE1和STK3作为预后生物标志物和治疗靶点 | 首次系统整合了机器学习、空间转录组学、单细胞RNA测序和分子对接模拟,全面解析了BaP诱导的毒性分子网络,并识别出核心毒性靶点 | 研究主要基于公共数据库和计算分析,缺乏体内实验验证;样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 阐明苯并[a]芘在头颈鳞状细胞癌中的毒性机制,并寻找预后生物标志物和治疗靶点 | 头颈鳞状细胞癌患者样本及相关分子数据 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 分子对接, 分子动力学模拟 | 随机森林, 支持向量机 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | GSE30784数据集和TCGA-HNSC队列(具体样本数未明确说明) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 718 | 2026-02-12 |
Distinct mural cells and fibroblasts drive fibrochondrogenesis in retrodiscal tissue following temporomandibular joint disc displacement
2026-Feb-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.196343
PMID:41665948
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研究论文 | 本研究利用猪模型和单细胞RNA测序技术,揭示了颞下颌关节盘前移位后盘后组织适应性重塑的细胞和分子机制,并筛选出潜在治疗化合物 | 首次通过单细胞RNA测序识别了盘后组织重塑中的关键成纤维细胞亚群FB2和壁细胞亚群MC4,并揭示了它们通过FGF2/BMP5信号通路的互作机制 | 研究基于猪模型,结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 探究颞下颌关节盘前移位后盘后组织适应性重塑的细胞动力学和分子机制 | 猪颞下颌关节盘前移位模型中的盘后组织 | 单细胞组学 | 颞下颌关节疾病 | 单细胞RNA测序 | P-NET, Seurat | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 719 | 2026-02-12 |
The single-cell transcriptional landscape of the pediatric cystic fibrosis lung from minimally invasive respiratory specimens
2026-Feb-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-36125-w
PMID:41667527
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了儿童囊性纤维化肺部存在以中性粒细胞为主的失调性炎症和促炎性气道上皮细胞状态 | 首次在儿童囊性纤维化患者中,利用微创呼吸道标本进行单细胞转录组分析,揭示了疾病早期的共同病理程序 | 样本量较小(仅包含一名婴儿和一名青少年),且为观察性研究,难以确定因果关系 | 探究儿童囊性纤维化肺部的细胞组成、功能和细胞间通讯的异常变化 | 儿童囊性纤维化患者的呼吸道标本 | 单细胞转录组学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2名儿童囊性纤维化患者(一名婴儿和一名青少年) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 720 | 2026-02-12 |
Identifying 3D signal overlaps in spatial transcriptomics data with ovrlpy
2026-Feb-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-026-03004-8
PMID:41667711
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ovrlpy的计算工具,用于识别空间转录组学数据中的三维信号重叠,以解决细胞分割中的空间双重问题 | 开发了ovrlpy工具,首次通过分析三维转录本定位来识别重叠细胞、组织折叠和不准确的细胞分割 | NA | 解决成像空间转录组学中细胞分割在垂直维度上的空间双重问题,提高转录本分配的准确性 | 空间转录组学数据中的三维信号重叠 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |