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当前共找到 922 篇文献,本页显示第 521 - 540 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
521 2026-02-28
HistoSweep enables cellular-resolution tissue quality control for gigapixel images in digital pathology and spatial omics
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为HistoSweep的可扩展框架,用于在细胞分辨率下对数字病理学和空间组学中的千兆像素图像进行组织质量控制 提出首个在细胞分辨率下生成形态感知组织掩码的框架,通过整合密度过滤、纹理描述符和自适应阈值,系统性地去除非信息性组织区域,同时保留有生物学意义的微结构 未明确说明对特定染色类型或极端组织损伤情况的处理能力 开发一种可扩展的精细质量控制框架,以提高数字病理学和空间组学分析的可靠性和可重复性 数字病理学中的全玻片图像(WSIs) 数字病理学 NA 图像处理、密度过滤、纹理分析、自适应阈值 NA 图像 25张全玻片图像,涵盖不同组织、疾病状态和空间组学平台 NA 空间转录组学 NA NA
522 2026-02-28
A cell-specific computational framework reveals a pan-cancer hypoxia signature predicting overall survival and ICI response
2026-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究开发了一个细胞特异性计算框架,揭示了预测总体生存率和免疫检查点抑制剂(ICI)应答的泛癌缺氧特征 首次在单细胞水平探索泛癌缺氧特征,并评估其在ICI疗效和临床结局中的应用,开发了新的计算框架和预测模型 研究基于计算框架和回顾性数据,需要进一步实验验证 从缺氧角度为生存预后、ICI应答预测和临床治疗靶点开发提供新思路 19种癌症类型的362名患者和893,464个细胞,以及33种癌症类型和29种正常组织的18,901个样本 计算生物学 泛癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 六种机器学习算法 转录组数据 362名患者(893,464个细胞)的38个scRNA-seq数据集,以及18,901个样本的批量转录组数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
523 2026-02-28
Emerging technologies in poultry genomics: Unlocking innovation for the future of sustainable production
2026-Feb, Poultry science IF:3.8Q1
综述 本文综述了家禽基因组学中新兴的技术和工具,旨在推动可持续家禽生产的发展 整合了FAANG和ChickenGTEx项目的功能注释、CRISPR编辑、单细胞RNA测序以及多组学框架,以揭示复杂性状的调控网络并加速精准育种 统计功效不足、组织和发育特异性背景的挑战,以及从发现到基因组预测的转化困难 推动可持续家禽生产,通过基因组学工具提高生产效率、抗逆性和动物福利 家禽(鸡) 基因组学 NA CRISPR编辑、单细胞RNA测序、多组学整合(基因组学、转录组学、表观基因组学、3D染色质数据) NA 基因组、转录组、表观基因组、染色质数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
524 2026-02-28
Single-cell analysis identifies BASP1 as a driver of drug resistance and cell plasticity in oral squamous cell carcinoma
2026-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析口腔鳞状细胞癌顺铂耐药细胞系,鉴定出BASP1是驱动耐药和细胞可塑性的关键基因 首次在口腔鳞状细胞癌中通过单细胞RNA测序鉴定出BASP1作为耐药和上皮-间质转化的关键调控因子,并揭示了其通过RAC-alpha丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶磷酸化和抑制microRNA hsa-mir-501-3p来调控LIN7A表达的分子机制 研究主要基于细胞系模型,缺乏体内实验验证;样本数量有限,仅分析了三种耐药模式的细胞系 鉴定口腔鳞状细胞癌顺铂耐药中罕见细胞群体的作用机制 人类口腔鳞状细胞癌细胞系 单细胞组学 口腔鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 三种耐药模式(敏感型、早期耐药型、晚期耐药型)的口腔鳞状细胞癌细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
525 2026-02-28
Single-cell transcriptomics showed that maternal polychlorinated biphenyl exposure dysregulated cell type-specific metabolic responses in the livers of female mouse offsprings
2026-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
研究论文 本研究利用单细胞转录组学技术,探究了母体暴露于环境相关多氯联苯混合物对雌性小鼠后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 首次在单细胞分辨率下揭示了发育期多氯联苯暴露导致肝脏细胞类型特异性转录组重编程,并详细描述了肝细胞和非实质细胞中关键功能通路的失调 研究仅关注雌性小鼠后代,样本量相对有限,且未探讨长期暴露效应或跨代影响 探究母体多氯联苯暴露对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 妊娠期和哺乳期暴露于多氯联苯的雌性小鼠后代(出生后第28天)的肝脏组织 数字病理学 NA 单细胞RNA测序,逆转录定量聚合酶链反应 NA 单细胞转录组数据 雌性小鼠肝脏组织(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
526 2026-02-28
N-(1,3-dimethylbutyl)-N'-phenyl-p-phenylenediamine-quinone (6PPD-Q) induces osteoporosis by a mechanism involving CX43-mediated mitochondrial autophagy dysfunction in bone marrow mesenchymal stem cells
2026-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究揭示了环境污染物6PPD-Q通过靶向CX43并导致线粒体自噬功能障碍,从而诱导骨质疏松的机制 首次系统性地将6PPD-Q暴露与骨健康联系起来,并通过整合单细胞RNA测序、网络毒理学、分子对接与动力学等多种技术,阐明了其通过CX43介导的线粒体自噬功能障碍导致骨质疏松的新机制 研究中使用的6PPD-Q剂量(1或10 mg/kg)高于典型环境暴露水平,尽管与镉暴露研究及小鼠骨毒性研究中的剂量具有可比性,但仍可能限制其直接的环境暴露外推性 探究环境污染物6PPD-Q对骨代谢的毒性作用及其分子机制 骨髓间充质干细胞(BMSCs)、大鼠胫骨 毒理学与骨代谢研究 骨质疏松 转录组测序、网络毒理学、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、体内外实验 NA 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、分子模拟数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
527 2026-02-28
Adrenocortical cell and macrophage heterogeneity at single-cell spatial resolution in KCNJ5-mutant aldosterone-producing adenomas
2026-Feb-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,分析了KCNJ5突变醛固酮瘤的肾上腺细胞异质性和微环境特征 首次在单细胞空间分辨率下揭示了KCNJ5突变醛固酮瘤中肾上腺皮质细胞和巨噬细胞的异质性,并识别了新的TSPAN8阳性球状带细胞群以及APA相关巨噬细胞亚群 研究仅分析了三个配对样本,样本量较小,且未涵盖其他基因型APA 阐明KCNJ5突变醛固酮瘤的细胞异质性、微环境特征及其在疾病发生中的作用 KCNJ5突变的醛固酮瘤及其远端肾上腺组织 数字病理学 肾上腺疾病 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光 NA 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 3对KCNJ5突变醛固酮瘤和远端肾上腺组织 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
528 2026-02-28
A multi-omics approach reveals PFHxS as an environmental driver of gastric cancer via KEAP1 downregulation
2026-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究采用多组学方法揭示了环境污染物PFHxS通过下调KEAP1驱动胃癌进展的分子机制 首次提供了PFHxS作为胃癌环境驱动因子的分子证据,并开发了具有临床相关性的11基因预后特征 研究主要基于计算预测和实验验证,人群流行病学证据有待补充 探究PFHxS环境暴露与胃癌发生发展的关联及分子机制 胃癌细胞、动物模型、TCGA和GEO队列的转录组数据 多组学分析 胃癌 网络毒理学、转录组分析、单细胞RNA测序、分子模拟、体外和体内验证 梯度提升机 转录组数据、单细胞RNA测序数据 TCGA和GEO队列数据,具体样本数未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
529 2026-02-27
Unraveling the Phylogenetic Signal of Gene Expression from Single-cell RNA-seq Data
2026-Feb-26, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本研究评估了从单细胞RNA测序数据中调用单核苷酸变异的六种策略,并分析了推断基因型和细胞系统发育的质量 首次系统比较了多种从scRNA-seq数据推断单核苷酸变异和细胞系统发育的方法,揭示了scAllele、Monopogen和Monovar在提供系统发育信息方面的优势 研究仅基于5名癌症患者的381个单细胞转录组,样本量有限,且基因表达的系统发育信号仅在部分患者中显著 评估从单细胞RNA测序数据推断单核苷酸变异和细胞系统发育的方法性能 5名癌症患者的381个单细胞转录组 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 381个单细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
530 2026-02-27
Comparing the impact of sample multiplexing approaches for single-cell RNA-sequencing on downstream analysis using cerebellar organoids
2026-Feb-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究比较了Parse Biosciences组合条形码和10x Genomics CellPlex两种单细胞RNA测序多重化技术在分析小脑类器官时的表现 首次系统比较了两种商业单细胞RNA测序多重化技术在小脑类器官这一复杂组织模型中的应用效果 研究仅针对小脑类器官模型,未涵盖其他组织类型;样本规模可能有限 评估不同单细胞RNA测序多重化技术对下游分析的影响 小脑类器官 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 未明确指定,但涉及小脑类器官样本 Parse Biosciences, 10x Genomics 单细胞RNA-seq Parse Biosciences组合条形码, 10x Genomics CellPlex Parse Biosciences组合条形码技术,10x Genomics CellPlex微流控捕获技术
531 2026-02-27
Ion channel gene signature for diagnosis and antifibrotic therapy in liver fibrosis
2026-Feb-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合多组转录组数据集,识别了肝纤维化中差异表达的人类离子通道基因,并确定了AQP1、GJA1和KCNN2作为关键基因,具有诊断和治疗潜力 首次系统性地分析了人类离子通道基因在肝纤维化中的表达谱,结合单细胞RNA测序和分子对接模拟,识别了与纤维化进展和免疫重塑相关的关键基因及潜在治疗药物 研究主要基于转录组数据,缺乏直接的体内功能验证,且候选药物的疗效需进一步实验确认 旨在分析人类离子通道基因在肝纤维化中的表达特征,并识别具有诊断和治疗相关性的关键基因 肝纤维化患者样本、胆管结扎小鼠模型以及相关的转录组数据集 生物信息学 肝纤维化 转录组分析、单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、免疫组化、分子对接模拟 NA 转录组数据、单细胞RNA测序数据 多个转录组数据集、人类肝硬化组织样本、胆管结扎小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
532 2026-02-27
Time-Dependent Effects of Rapid-Acting Antidepressants in iPSC-Derived Neurons from Treatment-Resistant Depression and Healthy Volunteers
2026-Feb-12, Research square
研究论文 本研究利用iPSC来源的神经元模型,评估了多种快速起效抗抑郁药物在治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者中的时间依赖性分子效应 首次使用iPSC来源的神经元模型并行评估多种快速起效抗抑郁药物,揭示了药物间共享的下游效应和细胞类型特异性变化 模型可能无法完全模拟体内复杂环境,样本量未明确说明,且仅关注了短期药物效应 探究快速起效抗抑郁药物在治疗抵抗性抑郁症中的分子机制 iPSC来源的成熟皮质样神经元,来自治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者 神经科学 抑郁症 iPSC分化、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫细胞化学、CSF蛋白质组学 iPSC来源的神经元模型 转录组数据、蛋白质数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
533 2026-02-27
Single-cell disentangled representations for perturbation modeling and treatment effect estimation
2026-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了scDRP生成框架,利用解耦表示学习来分离扰动依赖和扰动独立的潜在变量,以估计单细胞扰动数据中的个体化治疗效果 提出scDRP框架,结合解耦表示学习和渐近正确性保证,通过稀疏正则化的β-VAE分离潜在变量,并基于分位数保持效应假设进行条件最优传输来推断反事实状态 未明确说明模型在特定扰动类型或细胞类型中的泛化能力限制,以及数据噪声对估计精度的影响 估计单细胞扰动数据中的个体化治疗效果,揭示细胞状态特异性基因调控变化 单细胞扰动数据,包括模拟和真实数据,涉及鼻病毒、香烟烟雾提取物暴露、干扰素刺激和CRISPR敲除等扰动 机器学习 慢性髓系白血病 单细胞测序 β-VAE, 条件最优传输 单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
534 2026-02-27
GM-CSF regulates ILC states and myeloid cell signaling during ulceration in Crohn's disease
2026-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过空间转录组学揭示了GM-CSF在克罗恩病溃疡区域调控髓系-淋巴系细胞互及肠道免疫稳态的关键作用 首次使用Xenium单细胞空间转录组技术解析克罗恩病中CSF因子的空间表达模式,并建立了csf2rb/斑马鱼肠道损伤模型验证GM-CSF的功能 研究主要聚焦于回肠组织,其他肠道部位的情况尚不明确;斑马鱼模型与人类疾病存在物种差异 阐明CSF因子在克罗恩病炎症过程中调控免疫细胞空间分布和功能的机制 克罗恩病患者回肠组织、csf2rb/基因缺陷斑马鱼 空间转录组学 克罗恩病 单细胞空间转录组测序、斑马鱼模型、重组蛋白治疗 csf2rb/斑马鱼肠道损伤模型 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 未明确说明患者样本数量,包含人类组织样本和斑马鱼模型 10x Genomics 单细胞空间转录组学 Xenium Xenium单细胞空间转录组平台
535 2026-02-27
Leveraging the genetics of human face shape boosts the discovery of orofacial cleft risk loci
2026-Feb-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究利用人类面部形状的遗传学数据,通过一种多效性信息化的GWAS方法(cFDR-GWAS),增强了非综合征性唇裂伴或不伴腭裂(nsCL/P)风险基因座的发现能力 应用cFDR-GWAS方法结合正常面部形状和非综合征性唇裂的GWAS汇总统计,首次系统性地利用共享遗传基础来提升风险基因座的发现效率,识别出多个新基因座 研究主要基于欧洲人群数据,可能限制了结果在其他种族中的普适性;部分新基因座在独立队列中的复制效果有限 通过整合正常面部形状和非综合征性唇裂的遗传数据,提升对唇裂风险基因座的发现和优先排序能力 欧洲人群的正常面部形状数据和非综合征性唇裂患者数据 遗传学 唇裂 GWAS, cFDR-GWAS, 空间转录组学 经验贝叶斯策略 遗传汇总统计数据 正常面部形状数据n=4,680和n=3,566,非综合征性唇裂数据n=3,969 NA 空间转录组学 NA NA
536 2026-02-27
Modifying Glucose Metabolism Reverses Memory Defects of Alzheimer's Disease Model at Late Stages
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究报道了一种新型化合物SL能够逆转晚期阿尔茨海默病模型小鼠的记忆缺陷并减少Aβ斑块 首次发现SL通过调节葡萄糖代谢和ATP生成,在AD晚期阶段逆转记忆缺陷,并识别出Aging-AD-Rescue基因表达模式 研究基于小鼠模型,尚未在人类中进行验证;机制细节需进一步探索 探索通过调节葡萄糖代谢逆转阿尔茨海默病晚期记忆缺陷的治疗策略 APP/PS1阿尔茨海默病模型小鼠 神经科学 阿尔茨海默病 空间转录组学、免疫印迹、免疫荧光 NA 基因表达数据、蛋白质数据、图像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
537 2026-02-27
Colorectal Cancer Cell's Weapon: RNF32 Engages SPP1+ Macrophages to Foster Liver Metastasis, Targeted by Indole-3-Acetic Acid
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过多组学分析发现RNF32是结直肠癌肝转移的关键驱动基因,其通过稳定β-catenin激活Wnt通路并上调CCL2,进而招募SPP1+巨噬细胞重塑转移前微环境,并筛选出抑制剂IAA可靶向RNF32抑制转移 首次揭示RNF32通过催化GSK3β的K48连接泛素化稳定β-catenin的双重功能机制,并发现其通过CCL2-CCR2/FABP1/PPARG轴招募SPP1+巨噬细胞形成促转移微环境,同时通过虚拟筛选鉴定出新型RNF32抑制剂IAA 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证相对有限;IAA的体内药效和毒性需进一步评估;SPP1+巨噬细胞与肿瘤细胞CD44互作的具体分子机制有待深入解析 阐明结直肠癌肝转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点 结直肠癌细胞、肝转移微环境中的巨噬细胞 癌症生物学 结直肠癌 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、虚拟筛选、Cox回归、WGCNA NA 基因表达数据、单细胞转录组数据、蛋白质互作数据 TCGA数据库样本及实验模型(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
538 2026-02-27
MR-DELTAnet: A Longitudinal MRI-Transformer Model Predicting Pathological Complete Response and Revealing Immune Microenvironment via scRNA-seq in Locally Advanced Rectal Cancer
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究开发了一种基于纵向MRI的Transformer模型MR-DELTAnet,用于预测局部晚期直肠癌患者对新辅助放化疗的病理完全缓解,并通过单细胞RNA测序揭示免疫微环境特征 首次结合纵向MRI数据和Transformer架构,集成Delta-Efficient Latent-Temporal Attention机制,预测病理完全缓解并关联单细胞RNA测序揭示免疫微环境差异 研究为回顾性多中心设计,可能存在选择偏倚;外部验证样本量相对较小(n=181),需前瞻性研究进一步验证 开发非侵入性工具,准确评估局部晚期直肠癌对新辅助放化疗的肿瘤反应,以指导个性化治疗策略 局部晚期直肠癌患者 计算机视觉 直肠癌 单细胞RNA测序 Transformer MRI图像 1026名局部晚期直肠癌患者(训练集633例,内部验证集212例,外部验证集181例),另加26例单细胞RNA测序样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
539 2026-02-27
METTL5 Enables Immune Evasion of Liver Cancer via Chemokine mRNA Translation Regulation
2026-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究揭示了METTL5通过调控趋化因子CXCL16的mRNA翻译,介导18S rRNA的mA修饰,从而促进肝内胆管癌的免疫逃逸 首次发现METTL5作为18S rRNA mA甲基转移酶,通过下调CXCL16的翻译来排斥CD8 T细胞,从而驱动肝内胆管癌的免疫逃逸,并证明靶向METTL5联合PD-1阻断可有效消除肿瘤 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序分析,在人类患者中的直接验证和临床转化仍需进一步探索 探究METTL5在调控肝脏免疫微环境以促进癌症进展中的作用,并评估其作为治疗靶点的潜力 肝内胆管癌(ICC)小鼠模型、人类ICC样本、免疫细胞(特别是CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞) 癌症免疫学 肝内胆管癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)、脂质纳米颗粒包裹的siRNA递送、免疫细胞过继转移 基因敲除小鼠模型(cKO) 单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据、体内成像数据 小鼠模型及人类ICC样本(具体数量未在摘要中明确说明) NA 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 NA NA
540 2026-02-27
Decoding cell state transitions driven by dynamic cell-cell communication in spatial transcriptomics
2026-Feb, Nature computational science IF:12.0Q1
研究论文 本文介绍了一种名为CCCvelo的方法,用于解码空间转录组学中由动态细胞间通讯驱动的细胞状态转换 提出了CCCvelo方法,通过联合优化动态细胞间通讯信号网络和潜在细胞状态转换时钟,首次在空间转录组学中重建细胞间通讯驱动的细胞状态转换动态 NA 研究多细胞系统中细胞命运决定的调控机制,特别是细胞间通讯如何驱动细胞状态转换 小鼠皮层、胚胎躯干发育和人类前列腺癌数据集 空间转录组学 前列腺癌 空间转录组学 物理信息神经网络 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
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