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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-03-01 |
EZH2 Inhibition Restores Tumor Suppressor SFRP1 Activity by Reprogramming Extrachromosomal Circular DNA Dynamics in Ovarian Cancer
2026-Feb-15, Biology
DOI:10.3390/biology15040340
PMID:41744650
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研究论文 | 本研究揭示了EZH2抑制剂Tazemetostat通过重编程卵巢癌中的染色体外环状DNA动态,从而恢复肿瘤抑制因子SFRP1活性的新机制 | 首次建立了EZH2抑制与eccDNA动态重编程之间的关联,并发现了SFRP1作为关键效应因子;通过整合多组学与空间单细胞转录组学,揭示了一个新的表观遗传-eccDNA轴 | 研究主要基于体外实验和组学数据分析,体内功能验证和临床相关性有待进一步探索;效应基因的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究EZH2抑制剂如何通过调控eccDNA动态影响卵巢癌的基因表达和肿瘤抑制功能 | 卵巢癌细胞 | 表观遗传学与癌症生物学 | 卵巢癌 | Circle-seq, RNA测序, 空间单细胞转录组学, 多组学整合分析 | NA | 基因组测序数据, 转录组数据, 空间表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 502 | 2026-03-01 |
Multi-Modal Metabolomics Deciphers Pan-Cancer Metabolic Landscapes and Spatial-Niche-Specific Alternations
2026-Feb-13, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo16020129
PMID:41745610
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研究论文 | 本研究通过整合批量代谢组学和空间代谢组学,解析了泛癌症代谢景观及空间生态位特异性变化 | 首次在泛癌症层面结合批量与空间代谢组学,揭示代谢重编程的跨癌种共性和空间异质性,并识别出在多个分析层面一致改变的代谢物 | NA | 系统理解癌症代谢重编程的跨癌种共性和肿瘤微环境内的空间异质性 | 多种癌症类型的肿瘤组织和正常组织 | 代谢组学 | 泛癌症 | 批量代谢组学, 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | 代谢组数据, 转录组数据 | NA | NA | 批量代谢组学, 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 503 | 2026-02-10 |
CiCLoDS: Joint cell clustering and gene selection for single-cell spatial transcriptomics
2026-Feb-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39168-1
PMID:41656346
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 504 | 2026-03-01 |
Advances in Spatial Transcriptomics for Infectious Disease Research: Insight for Vaccine Development
2026-Feb-07, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines14020158
PMID:41746079
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在传染病研究中的进展及其对疫苗开发的启示 | 系统总结了空间转录组学如何通过保留组织架构来揭示宿主-病原体相互作用,并比较了测序与成像两类平台的优势,强调了其在识别组织特异性免疫程序和疫苗设计中的应用潜力 | 面临RNA质量限制、分辨率与转录本广度之间的权衡、高成本以及分析复杂性等约束 | 探讨空间转录组学在传染病研究中的应用,以促进疫苗开发 | 传染病(包括病毒、细菌和寄生虫感染)中的宿主组织与病原体相互作用 | 空间转录组学 | 传染病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据与组织图像 | NA | 10x Genomics, NanoString, BGI, Vizgen, NanoString, Vizgen | 空间转录组学 | Visium, GeoMx, Stereo-seq, Xenium, CosMx, MERFISH | 测序方法(如Visium、GeoMx、Stereo-seq)提供全转录组覆盖但分辨率适中,成像平台(如Xenium、CosMx、MERFISH)提供单细胞或亚细胞细节但基因面板靶向 |
| 505 | 2026-03-01 |
Advances in Single-Cell Transcriptomics for Livestock Health
2026-Feb-06, Veterinary sciences
IF:2.0Q2
DOI:10.3390/vetsci13020161
PMID:41745955
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在解析家畜物种细胞异质性、免疫系统复杂性及宿主-病原体相互作用方面的最新进展与应用 | 系统总结了单细胞转录组学在家畜健康研究中的关键应用,包括构建大规模多组织细胞图谱(如牛细胞图谱)、揭示物种特异性免疫特征(如反刍动物中γδ T细胞的重要作用),并探讨了整合空间转录组学与多组学方法的未来方向 | 面临基因组注释不完整、组织处理限制、跨平台数据整合等技术与分析挑战 | 提升家畜疾病抵抗力、疫苗效力及转化研究,为家畜健康提供新的研究框架 | 牛、猪、家禽及小型反刍动物 | 单细胞组学 | 家畜疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞免疫受体测序、空间转录组学、多组学方法 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 506 | 2026-03-01 |
A multi-omics study unravels the mechanism of water pollutants in gastric cancer: integrating network toxicology, machine learning, and tumor microenvironment remodeling
2026-Feb, Toxicology research
IF:2.2Q3
DOI:10.1093/toxres/tfag015
PMID:41756097
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、机器学习和肿瘤微环境重塑,探讨了水污染物在胃癌中的多靶点作用机制 | 首次将网络毒理学、机器学习与单细胞测序相结合,系统解析水污染物通过关键靶点(如预测的基因)影响胃癌发生及肿瘤微环境重塑的机制 | 研究主要基于计算和生物信息学方法,缺乏实验验证;污染物与靶点的相互作用仅通过分子对接模拟,需进一步体内外实验确认 | 探究水污染物促进胃癌发生的多靶点分子机制,为环境风险评估提供假设框架 | 美国环保署列出的69种水污染物及其在胃癌中的潜在作用靶点 | 机器学习 | 胃癌 | 网络毒理学、机器学习算法、分子对接、单细胞测序 | 三种机器学习算法(未具体说明类型) | 基因表达数据(GSE54129数据集)、污染物靶点预测数据 | 基于公共数据集GSE54129,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 507 | 2026-02-28 |
Carotid plaque macrophage burden and inflammatory lipid-associated macrophage markers predict secondary major adverse cardiovascular events after endarterectomy
2026-Feb-27, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehag117
PMID:41758068
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析颈动脉斑块中的巨噬细胞亚群,并识别出与二次主要不良心血管事件风险相关的标志物 | 首次在人类动脉粥样硬化中详细表征巨噬细胞亚群的功能差异和起源,并直接关联斑块细胞组成与临床预后 | 样本量相对有限,且主要基于西方人群,可能限制结果的普适性 | 表征动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞亚群,并识别预测二次主要不良心血管事件风险的细胞类型和标志基因 | 颈动脉内膜切除术患者的血液和斑块样本 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq,去卷积分析 | NA | RNA测序数据 | 单细胞RNA测序:46名患者;bulk RNA-seq队列:656名患者;验证队列:82名患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 508 | 2026-02-28 |
Single-cell RNA-sequencing of myasthenia gravis reveals transcriptional heterogeneity and dysfunction of immune cell populations
2026-Feb-27, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxag010
PMID:41758503
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索重症肌无力患者胸腺和外周血中免疫细胞亚群的组成和功能 | 首次在单细胞水平上揭示重症肌无力患者免疫细胞的转录异质性和功能障碍,并识别了15个细胞亚群 | 样本量较小(仅2名患者和2名对照),且未考虑疾病亚型或治疗状态的影响 | 探索重症肌无力患者免疫细胞亚群的组成、功能和发育轨迹 | 重症肌无力患者的胸腺和外周血样本,以及健康对照的外周血样本 | 单细胞组学 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序 | UMAP, Monocle3, Velcyto | 单细胞转录组数据 | 来自2名MG患者胸腺的23846个细胞、外周血的9701个细胞,以及2名健康对照外周血的6930个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 509 | 2026-02-28 |
Beyond the Wiring: White Matter as a Dynamic Regulator of Brain Function and Disease
2026-Feb-26, Neuroscience bulletin
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12264-026-01605-6
PMID:41748962
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综述 | 本文综述了白质作为大脑功能动态调节器的最新理解,强调其在神经可塑性、疾病中的作用及再生治疗策略 | 将白质重新定义为大脑功能的动态调节器,而非被动信号传导通道,并整合多学科证据提出其作为脑功能障碍主要驱动因素的新观点 | NA | 综合当前对白质组织和髓鞘功能的理解,探讨其在神经通信、代谢和认知中的作用,以及作为治疗靶点的潜力 | 白质、髓鞘、少突胶质细胞及其在神经可塑性、发育、免疫介导、神经退行性和精神疾病中的作用 | 神经科学 | 神经退行性疾病、精神疾病 | 神经影像学、分子生物学、单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 510 | 2026-02-28 |
DNER as a novel protein contributes to HSCR pathogenesis: multi-omics combined Mendelian randomization analysis
2026-Feb-25, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-026-04789-9
PMID:41741780
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研究论文 | 本研究通过整合蛋白质组范围的孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、生物信息学及实验验证,首次发现DNER作为新型蛋白在先天性巨结肠症(HSCR)发病机制中的关键作用,并揭示了其通过Notch信号通路调控肠道神经嵴细胞发育的分子机制 | 首次通过多组学结合孟德尔随机化分析鉴定出DNER作为HSCR的新型致病蛋白,并建立了DNER-Notch信号轴在肠道神经发育中的作用 | 未详细阐明DNER/Notch信号通路在HSCR中的具体分子机制,未来研究需聚焦于此 | 探索HSCR的潜在新靶点和分子机制 | 先天性巨结肠症(HSCR)及其相关蛋白(如RET、AGRN、DNER)和肠道神经嵴细胞 | 生物信息学与多组学分析 | 先天性巨结肠症 | 蛋白质组范围的孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、生物信息学分析、Western blotting、细胞和组织实验 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、实验数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 511 | 2026-02-28 |
Ultrasound-Responsive Serotonylation and Hallmark Pathway Gene Signatures Reveal Tumor Microenvironment Vulnerabilities and Prognostic Subtypes in Colorectal Cancer
2026-Feb-25, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1177/10849785261422976
PMID:41742646
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研究论文 | 本研究通过多组学整合揭示了与超声治疗反应相关的血清素化及标志通路基因特征,用于预测结直肠癌的预后亚型及肿瘤微环境脆弱性 | 首次结合血清素化相关基因与标志通路基因,通过多组学数据(bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组)和机器学习模型,识别出与超声治疗反应相关的预后基因特征,并构建了高精度的预后分类器 | 研究主要基于公共数据集(如TCGA-COAD、GSE132465、GSE280313),缺乏独立的前瞻性临床队列验证,且超声治疗的具体机制仍需进一步实验验证 | 探索影响超声治疗反应性的分子因素,并开发生物标志物指导的结直肠癌超声治疗方案 | 结直肠癌(CRC)患者及肿瘤微环境(TME) | 数字病理学 | 结直肠癌 | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | 非负矩阵分解聚类、随机生存森林(RSF)、SuperPC等101种机器学习模型 | RNA-seq数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 基于TCGA-COAD等公共数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 512 | 2026-02-28 |
A p63-dependent molecular switch directs epithelial fate to form a specialized seal at the tooth-gingiva interface
2026-Feb-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.116981
PMID:41686636
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研究论文 | 本研究揭示了p63依赖的分子开关如何调控上皮细胞命运,以在牙齿-牙龈界面形成特化的密封结构,并阐明了其与病理性修复的区别 | 首次定义了p63-RUNX1-ODAM轴在交界上皮(JE)特化中的关键作用,并发现其与驱动角化的p63-KLF4-loricrin通路截然不同,为理解炎症易发界面的组织密封机制提供了新见解 | 研究主要基于小鼠模型和临床数据,在人类组织中的直接验证尚需进一步开展 | 探究牙齿-牙龈界面交界上皮(JE)再生与维持的分子机制,以理解牙周炎的发病基础并寻找治疗靶点 | 小鼠牙龈组织、临床手术样本、交界上皮细胞及其祖细胞 | 分子生物学与发育生物学 | 牙周炎 | 单细胞转录组测序、谱系追踪、基因敲除、临床数据分析 | NA | 转录组数据、谱系追踪数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 513 | 2026-02-28 |
Oncogenic function and transcriptional dynamics of MYCN in liver tumorigenesis
2026-Feb-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2521923123
PMID:41706888
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研究论文 | 本研究阐明了MYCN在肝肿瘤发生中的致癌作用及其动态转录调控机制 | 揭示了MYCN作为肿瘤促进微环境的功能驱动因子和空间标记物,并开发了一种基于机器学习的MYCN生态位评分用于临床风险预测 | 研究主要基于小鼠模型和转录组数据,需要进一步在人类样本中进行功能验证 | 探究MYCN在肝细胞癌发生发展中的分子机制和临床意义 | 肝细胞癌(HCC) | 机器学习 | 肝癌 | 空间转录组学,转录组分析 | 机器学习模型 | 转录组数据,空间转录组数据 | 多个人类HCC队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 514 | 2026-02-28 |
Human Lung Allografts Experience Persistent Fibrogenic Shift Following Acute Cellular Rejection
2026-Feb-23, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2026.02.1666
PMID:41740941
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研究论文 | 本研究利用单细胞基因组学技术,揭示了肺移植后急性细胞排斥反应(ACR)中持续的TGF-β和mTOR通路激活,为ACR与慢性肺移植物功能障碍(CLAD)的关联提供了分子机制见解 | 首次在单细胞水平上系统表征了ACR后肺移植物中持续的纤维化转变,并识别了潜在的mTOR抑制和TGF-β阻断作为治疗靶点 | 样本量较小(8例患者),且研究主要基于观察性数据,需要进一步功能验证和更大规模队列研究 | 探究肺移植中急性细胞排斥反应的细胞与分子机制,并寻找预防慢性肺移植物功能障碍的潜在治疗靶点 | 肺移植患者的肺组织样本,包括ACR、已缓解ACR及无ACR的监测活检样本 | 数字病理学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA测序,基因芯片分析,免疫荧光,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据,表观遗传数据,图像数据 | 8例儿科和成人患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 515 | 2026-02-28 |
Normal abundance of immune cells in left ventricular myocardium from patients with heart failure and preserved ejection fraction
2026-Feb-10, European journal of heart failure
IF:16.9Q1
DOI:10.1093/ejhf/xuag041
PMID:41758504
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研究论文 | 本研究通过高分辨率空间转录组学和定量免疫荧光技术,分析了心力衰竭伴射血分数保留(HFpEF)患者左心室心肌中的免疫细胞丰度,发现其与对照组无显著差异 | 首次在人类HFpEF心肌中应用空间转录组学技术,直接评估免疫细胞浸润情况,挑战了心肌免疫细胞浸润是HFpEF主要驱动因素的传统观点 | 样本量较小(仅28例),且患者群体为接受冠状动脉旁路移植术的特定人群,可能限制结果的普遍适用性 | 探究HFpEF患者心肌中免疫细胞是否富集,以验证心肌炎症在HFpEF发病机制中的作用 | 28名接受择期冠状动脉旁路移植术且左心室射血分数保留(≥50%)的成年患者,分为对照组、临床前HFpEF(B期)和明显HFpEF(C期) | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 高分辨率空间转录组学,定量免疫荧光 | NA | 空间转录组数据,免疫荧光图像 | 28例左心室心外膜活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 516 | 2026-02-28 |
Single-cell transcriptomics reveal intrinsic and systemic T cell aging in COVID-19 and HIV
2026-Feb-08, Aging
DOI:10.18632/aging.206353
PMID:41747291
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,开发了T细胞转录组时钟(TICTOC),用于在单细胞水平分析T细胞衰老,并应用于COVID-19和HIV感染的研究 | 开发了首个能够在六种人类T细胞亚群中预测年龄和细胞类型的单细胞转录组时钟(TICTOC),从而区分细胞类型组成变化(系统效应)与单个细胞内的内在变化 | 研究主要关注T细胞,未涵盖其他免疫细胞类型;样本量和人群多样性可能有限 | 探究COVID-19和HIV感染如何影响T细胞的系统性和内在性衰老过程 | 人类T细胞,包括六种T细胞亚群(如CD8+细胞毒性T细胞、初始CD8+ T细胞等) | 单细胞组学 | COVID-19, HIV感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 转录组时钟模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及COVID-19患者和接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 517 | 2026-02-28 |
Th17 effector cytokines induce shared and distinct microglial and endothelial cell responses in post-streptococcal encephalitis
2026-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.04.703836
PMID:41676536
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研究论文 | 本研究探讨了A组链球菌感染后,Th17效应细胞因子如何诱导小胶质细胞和内皮细胞的共享及独特反应,揭示了IL-17A-IL-17RA信号通路在血脑屏障功能障碍中的关键作用 | 通过结合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和空间转录组学,首次系统解析了GAS感染后小胶质细胞和脑内皮细胞的转录程序变化,并明确了IL-17A-IL-17RA信号在小胶质细胞中驱动血脑屏障破坏的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅涉及血清分析,且IL-17A中和仅部分恢复血脑屏障功能,存在补偿性外周免疫反应可能加剧感染持续性的问题 | 阐明A组链球菌感染后神经精神后遗症的病理机制,特别是Th17细胞因子对小胶质细胞和内皮细胞的影响 | 小鼠模型中的小胶质细胞、脑内皮细胞、Th17淋巴细胞,以及受影响患者的血清样本 | 数字病理学 | 脑炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 血清数据 | 小鼠模型及患者血清样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 518 | 2026-02-28 |
Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveal cell-specific mechanisms in systemic lupus erythematosus
2026-Feb-04, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf606
PMID:41233983
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞表达数量性状位点数据与孟德尔随机化和贝叶斯共定位分析,识别了系统性红斑狼疮中免疫细胞特异性的因果eGenes | 首次结合单细胞eQTL数据、孟德尔随机化和贝叶斯共定位分析,系统性揭示SLE中免疫细胞特异性的因果基因机制 | 研究主要基于遗传数据,未进行实验验证;样本来源和细胞类型覆盖可能有限 | 识别系统性红斑狼疮中免疫细胞特异性的因果eGenes,以揭示疾病机制和发现治疗靶点 | 14种人类免疫细胞类型的单细胞表达数据及SLE遗传关联数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA-seq, GWAS, 孟德尔随机化, 贝叶斯共定位分析 | 统计模型(孟德尔随机化、贝叶斯共定位) | 单细胞转录组数据、遗传关联数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 519 | 2026-02-28 |
Hydroxypinacolone 9-cis retinoate mitigates UV-induced photoaging by modulating extracellular matrix, fibroblasts, inflammation, and melanogenesis
2026-Feb-03, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.01.020
PMID:41644086
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研究论文 | 本研究探讨了Hydroxypinacolone 9-cis retinoate (9-cis HPR)在缓解紫外线诱导的光老化中的作用机制和临床效果 | 首次使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,结合临床试验,全面解析9-cis HPR通过调节细胞外基质、成纤维细胞、炎症和黑色素生成来缓解光老化的多靶点作用机制 | 临床样本量较小(31名中国女性),且为单盲、分脸设计,可能影响结果的普适性 | 评估9-cis HPR作为新型维甲酸衍生物在缓解皮肤光老化中的安全性和有效性 | SKH-1小鼠光老化模型和31名中国女性志愿者 | 数字病理学 | 皮肤光老化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 临床评估数据 | SKH-1小鼠模型和31名中国女性志愿者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 520 | 2026-02-28 |
Cellular diversity of the developing chick trigeminal ganglion at single-cell resolution
2026-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.01.702869
PMID:41676591
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,构建了发育早期鸡三叉神经节的单细胞图谱,揭示了其细胞多样性 | 首次在单细胞分辨率下描述了发育中鸡三叉神经节的转录组状态,并识别了包括长链非编码RNA在内的新转录本 | 研究仅针对HH17发育阶段的鸡胚胎,未涵盖三叉神经节发育的全过程 | 探究发育中三叉神经节的细胞多样性和分子特征 | 鸡胚胎的三叉神经节细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约87,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |