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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-02-13 |
Spatial transcriptomics and single-cell analyses reveal the role of the cisplatin-resistant gene panel in NSCLC progression and the tumor microenvironment, identifying LOXL2 as a potential therapeutic target
2026-Feb-11, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04170-0
PMID:41673658
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 462 | 2026-03-21 |
Hepatic stellate cell derived lipid droplets drive protumoral M2 macrophage polarization in hepatocellular carcinoma
2026-Feb-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04626-9
PMID:41663693
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研究论文 | 本研究揭示了在慢性肝损伤中,活化的肝星状细胞通过释放脂滴被肝巨噬细胞内吞,诱导其M2极化,从而促进肝细胞癌发展的新机制 | 首次发现活化的肝星状细胞释放的脂滴可作为直接代谢信号诱导肝巨噬细胞M2极化,并促进肝细胞癌生长,提出了一种新的HSC-巨噬细胞串扰机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床相关性仅通过TCGA数据库分析验证,缺乏直接的患者样本功能验证 | 探究肝星状细胞脂滴在慢性肝损伤中的命运及其对肝巨噬细胞表型和肝细胞癌发展的影响 | 肝星状细胞、肝巨噬细胞、肝细胞癌 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、透射电子显微镜、流式细胞术、梯度离心、TCGA数据分析 | NA | 基因表达数据、图像数据、临床数据 | C57BL/6小鼠(慢性肝损伤模型)、TCGA-LIHC队列患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 463 | 2026-03-21 |
scLong: a billion-parameter foundation model for capturing long-range gene context in single-cell transcriptomics
2026-02-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69102-y
PMID:41639087
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研究论文 | 本文介绍了scLong,一个基于48百万细胞预训练的十亿参数基础模型,旨在通过自注意力机制捕获单细胞转录组学中所有基因(包括低表达基因)的长程依赖关系,并整合基因本体知识以提升基因功能理解 | scLong是首个在单细胞转录组学中应用自注意力于全部28,000个人类基因的基础模型,能够处理包括低表达和未表达基因在内的长程基因依赖,并整合了基因本体知识以增强上下文理解 | 未明确提及模型的计算资源需求、泛化能力到其他物种或数据类型的限制,以及在实际临床应用中可能面临的挑战 | 开发一个能够捕获单细胞转录组数据中长程基因依赖关系并整合外部知识的基础模型,以提升对细胞异质性、基因调控和疾病响应的分析能力 | 单细胞RNA测序数据,涵盖48百万个细胞和28,000个人类基因 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 基础模型(基于自注意力和图卷积网络) | 基因表达数据 | 48百万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 464 | 2026-03-21 |
FLASH-MM: fast and scalable single-cell differential expression analysis using linear mixed-effects models
2026-02-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69063-2
PMID:41644528
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研究论文 | 本文介绍了一种快速且可扩展的线性混合效应模型估计算法FLASH-MM,用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析 | 通过重新设计线性混合模型估计过程,降低了计算复杂度和内存使用,实现了快速且可扩展的差异表达分析 | NA | 解决单细胞差异表达分析中面临的样本相关性、个体变异和可扩展性等挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性混合效应模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 465 | 2026-03-21 |
Indolent primary cutaneous B-cell lymphomas resemble persistent antigen reactions without signs of dedifferentiation
2026-02-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69210-9
PMID:41639106
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析惰性原发性皮肤B细胞淋巴瘤(pcMZL和pcFCL)与侵袭性pcDLBCL-LT的差异,揭示其病理生理基础 | 首次在单细胞水平上比较惰性与侵袭性皮肤B细胞淋巴瘤,并发现惰性淋巴瘤中持续存在的生发中心反应 | 研究中未知抗原的具体身份尚未确定,样本来源可能有限 | 阐明原发性皮肤B细胞淋巴瘤的病理生理机制和分类依据 | 原发性皮肤滤泡中心淋巴瘤(pcFCL)、原发性皮肤边缘区淋巴瘤(pcMZL)、原发性皮肤弥漫大B细胞淋巴瘤腿型(pcDLBCL-LT)、反应性B细胞丰富淋巴增殖(rB-LP)和胃MALT淋巴瘤 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多种淋巴瘤类型样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 466 | 2026-03-21 |
HCMV infection disrupts barrier functions and promotes epithelial-mesenchymal transition in a cholangiocyte organoid model
2026-02-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68962-8
PMID:41634045
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研究论文 | 本研究建立了一个人iPSC来源的胆管样细胞类器官模型,用于探究人巨细胞病毒感染如何破坏胆管上皮屏障功能并促进上皮-间质转化 | 首次利用人iPSC来源的胆管样细胞类器官模型证明HCMV可直接感染胆管上皮,并通过TGF-β信号通路诱导上皮-间质转化 | 研究主要基于体外类器官模型,体内验证仅通过患者组织样本的有限分析,需要进一步在动物模型中验证 | 探究人巨细胞病毒感染对胆管上皮细胞的直接致病机制 | 人iPSC来源的胆管样细胞类器官 | 细胞生物学 | 胆管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 类器官模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量,包括类器官模型和胆道闭锁患者肝组织 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 467 | 2026-03-19 |
A novel integrative machine learning-based prognostic model reveals lactylation regulation in hepatocellular carcinoma progression
2026-Feb-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04203-8
PMID:41668073
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研究论文 | 本研究构建了一个基于乳酸化相关代谢基因的预后模型,用于预测肝细胞癌的进展和治疗效果 | 首次开发了一个整合机器学习框架的代谢相关乳酸化指数(MRLI),并验证其在多个独立队列中的预后准确性,揭示了乳酸化在肿瘤微环境重塑中的作用 | 研究主要基于公共数据集和体外实验,需要进一步在更大规模的临床队列中进行验证 | 构建肝细胞癌的预后预测模型,并探索乳酸化在肿瘤进展中的调控机制 | 肝细胞癌(HCC)患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞分析, 空间转录组学 | 整合机器学习框架 | RNA-seq数据, 蛋白质组学数据, 单细胞数据, 空间转录组学数据 | 四个独立HCC队列,包括40个HCC样本的验证队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 468 | 2026-03-18 |
TLR5 versus TLR7/8 agonist-dependent modulation of the early gene expression response to inactivated influenza virus vaccine in newborn nonhuman primates
2026-Feb-27, Vaccine
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.vaccine.2025.128163
PMID:41529533
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了新生非人灵长类动物接种灭活流感病毒疫苗后24小时引流淋巴结的早期免疫反应,比较了TLR5激动剂鞭毛蛋白和TLR7/8激动剂R848的佐剂效应差异 | 首次在新生非人灵长类动物模型中,利用单细胞RNA测序技术系统比较了TLR5与TLR7/8激动剂作为疫苗佐剂时对早期基因表达谱的不同调控模式 | 研究仅观察了疫苗接种后24小时的早期反应,未评估长期免疫保护效果;样本来源于非人灵长类动物,结果向人类转化的有效性需进一步验证 | 探究TLR激动剂(鞭毛蛋白和R848)作为佐剂如何调控新生非人灵长类动物对灭活流感病毒疫苗的早期免疫应答 | 新生非人灵长类动物的引流淋巴结免疫细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及新生非人灵长类动物的引流淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 469 | 2026-03-18 |
Excess FGFR3 signaling in achondroplasia disrupts turnover of resting zone chondrocytes via CREB signaling
2026-02-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69507-9
PMID:41748604
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研究论文 | 本研究通过生成携带软骨发育不全突变的小鼠模型,揭示了FGFR3信号过度激活通过CREB信号通路破坏静息区软骨细胞更新,导致骨骼生长障碍的分子机制 | 首次发现FGFR3信号过度激活通过CREB信号通路破坏静息区软骨细胞的干细胞样行为和更新,并证明CREB抑制剂可恢复生长板病理和骨长度 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化需进一步验证;CREB抑制剂的长期安全性和疗效尚未评估 | 阐明软骨发育不全中FGFR3突变导致生长板功能障碍的精确分子和细胞机制 | 携带p.Gly380Arg突变的Fgfr3基因敲入小鼠模型中的生长板软骨细胞 | 数字病理学 | 软骨发育不全 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学分析, EdU标记, 谱系追踪 | 基因敲入小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 未明确指定样本数量,但涉及突变小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 470 | 2026-03-18 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Dysregulated Pro-Inflammatory Signaling in the Aged Lung
2026-Feb-19, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2025.1317
PMID:41747170
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了老年恒河猴肺组织中促炎信号失调的机制 | 首次利用Visium空间转录组学技术比较年轻与老年恒河猴肺组织的转录景观,揭示老年肺中促炎偏倚和细胞信号通路减少 | 研究样本可能有限,且恒河猴模型虽优于啮齿动物,但仍存在与人类疾病的差异 | 探究老年个体对呼吸道感染易感性增加的分子机制 | 年轻与老年恒河猴的肺组织 | 空间转录组学 | 老年疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 年轻与老年恒河猴肺组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 471 | 2026-03-17 |
Single-Cell Multi-Omics Identifies Measurable Residual Disease Targets Among Myelodysplasia- and Clonal Hematopoiesis-Related Genes in Acute Myeloid Leukemia
2026-Feb-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18050787
PMID:41827722
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析,在缺乏常规可测量残留病标志物的急性髓系白血病患者中,识别出可用于个性化疾病监测的可靠MRD靶点 | 结合单细胞测序和免疫表型分析,首次在骨髓增生异常相关基因和克隆性造血相关基因中识别出适用于MRD监测的特定标志物,并开发了患者特异性ddPCR或EC-NGS检测方法 | 研究样本量较小(仅6名患者),且仅针对缺乏AML定义变异的特定患者群体,可能限制了结果的普遍适用性 | 开发适用于缺乏常规MRD标志物的急性髓系白血病患者的个性化可测量残留病监测方法 | 急性髓系白血病患者的诊断期和首次缓解期样本 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞多组学分析、ddPCR、EC-NGS、免疫表型分析 | NA | 单细胞多组学数据、免疫表型数据 | 6名AML患者的诊断期和首次缓解期样本 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 472 | 2026-03-17 |
The Role of Senescence in the Step-by-Step Development of Endometrial Cancer
2026-Feb-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27052309
PMID:41828534
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析,探讨了衰老在子宫内膜癌发展中的作用,发现衰老是癌前和恶性阶段的普遍应激反应,而非大规模逃逸机制 | 首次在单细胞水平上验证了子宫内膜癌发展中的“逃逸衰老”概念,揭示了衰老细胞在癌前和恶性阶段的相似性及免疫调节差异 | 研究基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探究衰老在子宫内膜癌从非典型增生到恶性进展中的作用机制 | 正常子宫内膜、非典型子宫内膜增生(AEH)和子宫内膜样子宫内膜癌(EEC)组织中的未纤毛上皮细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 473 | 2026-03-17 |
Angiogenesis-Informed Preoperative CT Radiogenomics Predicts Overall Survival in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Development and External Validation
2026-Feb-27, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18050768
PMID:41827703
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研究论文 | 本研究开发并验证了一种基于血管生成信息的术前CT影像组学模型,用于预测肾透明细胞癌患者的总生存期 | 整合多组学数据(包括bulk转录组、微阵列和单细胞RNA测序)来识别血管生成相关的预后基因,并首次构建了连接影像组学特征与转录组风险模式的影像组学模型 | 研究为回顾性设计,需要在更大规模的前瞻性队列中进行进一步验证 | 识别肾透明细胞癌的血管生成相关预后生物标志物,并开发预测总生存期的影像组学模型,以支持风险分层和潜在治疗靶点发现 | 肾透明细胞癌患者 | 数字病理 | 肾癌 | bulk转录组测序, 微阵列, 单细胞RNA测序, 影像组学特征提取, 蛋白质水平验证, Matrigel管形成实验 | XGBoost, 机器学习模型 | 图像, 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自TCGA-KIRC队列、7个GEO微阵列数据集、一个scRNA-seq数据集以及TCIA-KIRC影像档案的患者数据,并包含一个独立的外部回顾性队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 474 | 2026-03-17 |
Transcriptional Remodeling of Microglia After Experimental Myocardial Infarction
2026-Feb-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27052257
PMID:41828478
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索心肌梗死后小胶质细胞的转录组重塑及其代谢调控变化 | 首次在心肌梗死模型中系统分析小胶质细胞的区域特异性转录组变化,并关联代谢功能改变 | 样本量较小,部分功能指标未达统计学显著性,需更大规模研究验证 | 探究心肌梗死后中枢神经系统中小胶质细胞的转录组和代谢适应机制 | 雄性C57BL/6J小鼠的皮质和皮质下区域小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞分选,代谢功能检测 | NA | 单细胞转录组数据,代谢功能数据 | 雄性C57BL/6J小鼠(实验组和假手术组),具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 475 | 2026-03-17 |
Advantages of Allogeneic Mesenchymal Stem Cells as an Innovative Therapy in Patients with Endometrium Dysfunction
2026-Feb-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15050400
PMID:41827834
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综述 | 本文综述了异体间充质干细胞在治疗子宫内膜功能障碍(如薄型子宫内膜和反复种植失败)中的创新应用潜力 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜功能障碍的细胞功能损伤机制,并提出了异体间充质干细胞作为治疗候选的创新性 | 现有临床数据有限且异质性高,主要基于非随机化研究,需要进一步的机制研究和临床验证 | 探讨异体间充质干细胞作为子宫内膜功能障碍创新疗法的合理性和潜力 | 薄型子宫内膜和反复种植失败患者的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 476 | 2026-03-17 |
Endogenous Multilayer Control of Cambial Stem Cells and Its Consequences for Wood Formation
2026-Feb-26, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15050710
PMID:41829741
|
综述 | 本文综述了维管形成层作为木材形成基本分生组织的调控机制,包括多肽、转录因子和植物激素等复杂网络,以及染色质状态、蛋白质稳定性和非编码RNA等附加调控层 | 整合了单细胞和空间转录组学与定量建模,以解析形成层异质性并预测木材形成的动态特征 | NA | 综述维管形成层的调控网络,以理解其如何协调干细胞活性、细胞分裂和分化,从而改善木材形成潜力 | 维管形成层及其干细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 定量建模 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 477 | 2026-03-17 |
Accelerating Resistance Breeding: Emerging Methods to Identify and Validate Plant Immunity Genes
2026-Feb-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15050685
PMID:41829717
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综述 | 本文综述了加速植物抗病育种的新兴方法,重点介绍了识别和验证植物免疫基因的技术 | 讨论了超越传统遗传关联的新策略,如MutRenSeq和单细胞RNA测序,这些方法能加速实验时间线、减少实验规模并提供抗病机制见解 | NA | 加速植物抗病育种,通过新兴技术更有效地识别和验证植物免疫基因 | 植物免疫基因,如NLR、PRR和易感基因 | 自然语言处理 | NA | MutRenSeq, 单细胞RNA测序, 空间组学, 邻近标记, 计算预测, CRISPR筛选, 细胞死亡检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2026-02-10 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics with pan-cancer bulk sequencing identifies OSR2 as a multifaceted biomarker for prognosis and tumor immunity
2026-Feb-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04595-z
PMID:41661456
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 479 | 2026-03-17 |
JAG1 expression in papillary thyroid cancer stem-like cells predicts poor prognosis and implicates angiogenesis
2026-Feb-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04601-4
PMID:41663780
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,探讨了甲状腺癌干细胞样细胞的特性及其与肿瘤组织中其他细胞的相互作用,特别是JAG1基因在预测预后中的作用 | 利用单细胞RNA测序数据识别甲状腺癌干细胞样细胞,并揭示JAG1与NOTCH1/4在血管生成中的关键相互作用及其对预后的影响 | 研究基于两个独立的数据集,样本量可能有限,且未进行实验验证 | 探索甲状腺癌干细胞样细胞的基因表达谱、细胞间相互作用及其与预后的关联 | 甲状腺癌干细胞样细胞、内皮细胞及临床患者数据 | 单细胞测序分析 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat R包、CytoTRACE、STRING、cytoHubba、clusterProfiler、CellChat | 单细胞RNA测序数据、临床数据 | 两个独立数据集(GSE191288和GSE250521),具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 480 | 2026-03-16 |
Non-Coding Regulatory Variants in Autoimmune Disease: Biological Mechanisms, Immune Context, and Integrative Multi-Omics Interpretation
2026-Feb-28, Biology
DOI:10.3390/biology15050407
PMID:41823835
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综述 | 本文综述了如何通过整合功能基因组学、单细胞分析、空间转录组学和多组学数据,解释自身免疫病中非编码调控变异的生物学机制和免疫背景 | 提出了从静态变异注释转向动态、情境感知的分析框架,强调在特定免疫细胞状态、激活轨迹或组织微环境中解读风险变异的上下文依赖性效应 | NA | 解释自身免疫病中非编码调控变异的生物学机制,并整合多组学数据进行功能解读 | 自身免疫病(如系统性红斑狼疮和类风湿关节炎)中的非编码调控变异 | 自然语言处理 | 自身免疫病 | 功能基因组学、单细胞分析、空间转录组学、多组学整合 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |