本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2026-03-17 |
Single-Cell Multi-Omics Identifies Measurable Residual Disease Targets Among Myelodysplasia- and Clonal Hematopoiesis-Related Genes in Acute Myeloid Leukemia
2026-Feb-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18050787
PMID:41827722
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析,在缺乏常规可测量残留病标志物的急性髓系白血病患者中,识别出可用于个性化疾病监测的可靠MRD靶点 | 结合单细胞测序和免疫表型分析,首次在骨髓增生异常相关基因和克隆性造血相关基因中识别出适用于MRD监测的特定标志物,并开发了患者特异性ddPCR或EC-NGS检测方法 | 研究样本量较小(仅6名患者),且仅针对缺乏AML定义变异的特定患者群体,可能限制了结果的普遍适用性 | 开发适用于缺乏常规MRD标志物的急性髓系白血病患者的个性化可测量残留病监测方法 | 急性髓系白血病患者的诊断期和首次缓解期样本 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞多组学分析、ddPCR、EC-NGS、免疫表型分析 | NA | 单细胞多组学数据、免疫表型数据 | 6名AML患者的诊断期和首次缓解期样本 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 382 | 2026-03-17 |
The Role of Senescence in the Step-by-Step Development of Endometrial Cancer
2026-Feb-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27052309
PMID:41828534
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析,探讨了衰老在子宫内膜癌发展中的作用,发现衰老是癌前和恶性阶段的普遍应激反应,而非大规模逃逸机制 | 首次在单细胞水平上验证了子宫内膜癌发展中的“逃逸衰老”概念,揭示了衰老细胞在癌前和恶性阶段的相似性及免疫调节差异 | 研究基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探究衰老在子宫内膜癌从非典型增生到恶性进展中的作用机制 | 正常子宫内膜、非典型子宫内膜增生(AEH)和子宫内膜样子宫内膜癌(EEC)组织中的未纤毛上皮细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2026-03-17 |
Angiogenesis-Informed Preoperative CT Radiogenomics Predicts Overall Survival in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Development and External Validation
2026-Feb-27, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18050768
PMID:41827703
|
研究论文 | 本研究开发并验证了一种基于血管生成信息的术前CT影像组学模型,用于预测肾透明细胞癌患者的总生存期 | 整合多组学数据(包括bulk转录组、微阵列和单细胞RNA测序)来识别血管生成相关的预后基因,并首次构建了连接影像组学特征与转录组风险模式的影像组学模型 | 研究为回顾性设计,需要在更大规模的前瞻性队列中进行进一步验证 | 识别肾透明细胞癌的血管生成相关预后生物标志物,并开发预测总生存期的影像组学模型,以支持风险分层和潜在治疗靶点发现 | 肾透明细胞癌患者 | 数字病理 | 肾癌 | bulk转录组测序, 微阵列, 单细胞RNA测序, 影像组学特征提取, 蛋白质水平验证, Matrigel管形成实验 | XGBoost, 机器学习模型 | 图像, 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自TCGA-KIRC队列、7个GEO微阵列数据集、一个scRNA-seq数据集以及TCIA-KIRC影像档案的患者数据,并包含一个独立的外部回顾性队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 384 | 2026-03-17 |
Transcriptional Remodeling of Microglia After Experimental Myocardial Infarction
2026-Feb-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27052257
PMID:41828478
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索心肌梗死后小胶质细胞的转录组重塑及其代谢调控变化 | 首次在心肌梗死模型中系统分析小胶质细胞的区域特异性转录组变化,并关联代谢功能改变 | 样本量较小,部分功能指标未达统计学显著性,需更大规模研究验证 | 探究心肌梗死后中枢神经系统中小胶质细胞的转录组和代谢适应机制 | 雄性C57BL/6J小鼠的皮质和皮质下区域小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞分选,代谢功能检测 | NA | 单细胞转录组数据,代谢功能数据 | 雄性C57BL/6J小鼠(实验组和假手术组),具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 385 | 2026-03-17 |
Advantages of Allogeneic Mesenchymal Stem Cells as an Innovative Therapy in Patients with Endometrium Dysfunction
2026-Feb-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15050400
PMID:41827834
|
综述 | 本文综述了异体间充质干细胞在治疗子宫内膜功能障碍(如薄型子宫内膜和反复种植失败)中的创新应用潜力 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜功能障碍的细胞功能损伤机制,并提出了异体间充质干细胞作为治疗候选的创新性 | 现有临床数据有限且异质性高,主要基于非随机化研究,需要进一步的机制研究和临床验证 | 探讨异体间充质干细胞作为子宫内膜功能障碍创新疗法的合理性和潜力 | 薄型子宫内膜和反复种植失败患者的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2026-03-17 |
Endogenous Multilayer Control of Cambial Stem Cells and Its Consequences for Wood Formation
2026-Feb-26, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15050710
PMID:41829741
|
综述 | 本文综述了维管形成层作为木材形成基本分生组织的调控机制,包括多肽、转录因子和植物激素等复杂网络,以及染色质状态、蛋白质稳定性和非编码RNA等附加调控层 | 整合了单细胞和空间转录组学与定量建模,以解析形成层异质性并预测木材形成的动态特征 | NA | 综述维管形成层的调控网络,以理解其如何协调干细胞活性、细胞分裂和分化,从而改善木材形成潜力 | 维管形成层及其干细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 定量建模 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 387 | 2026-03-17 |
Accelerating Resistance Breeding: Emerging Methods to Identify and Validate Plant Immunity Genes
2026-Feb-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15050685
PMID:41829717
|
综述 | 本文综述了加速植物抗病育种的新兴方法,重点介绍了识别和验证植物免疫基因的技术 | 讨论了超越传统遗传关联的新策略,如MutRenSeq和单细胞RNA测序,这些方法能加速实验时间线、减少实验规模并提供抗病机制见解 | NA | 加速植物抗病育种,通过新兴技术更有效地识别和验证植物免疫基因 | 植物免疫基因,如NLR、PRR和易感基因 | 自然语言处理 | NA | MutRenSeq, 单细胞RNA测序, 空间组学, 邻近标记, 计算预测, CRISPR筛选, 细胞死亡检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 388 | 2026-03-17 |
TAZ (Wwtr1) deficiency leads to ER stress and mitochondrial dysfunction in a mouse model of Fuchs' endothelial corneal dystrophy
2026-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.17.706456
PMID:41756894
|
研究论文 | 本研究通过TAZ基因敲除小鼠模型,揭示了Fuchs角膜内皮营养不良的发病机制,涉及内质网应激和线粒体功能障碍 | 首次结合单细胞转录组学、透射电镜和免疫荧光染色,系统阐明了TAZ缺失导致角膜内皮细胞退行性变的机制,并明确了年轻与老年小鼠在细胞反应上的年龄相关差异 | 研究基于小鼠模型,其病理机制向人类疾病的直接转化仍需进一步验证 | 探究Fuchs角膜内皮营养不良的发病机制,并评估TAZ敲除小鼠作为非手术治疗策略测试平台的潜力 | TAZ敲除小鼠的角膜内皮细胞 | 数字病理学 | Fuchs角膜内皮营养不良 | 单细胞RNA-seq, 透射电子显微镜, 免疫荧光染色 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 年轻(2月龄)和老年(11月龄)TAZ敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 389 | 2026-03-17 |
Antibiotic Persistence Emerges from Cell-State-Driven Transcriptional Reprogramming
2026-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.16.705191
PMID:41756826
|
研究论文 | 本研究利用细菌单细胞RNA测序技术,揭示了抗生素持久性形成的转录异质性机制,表明细胞预处理转录状态通过塑造应激反应的冗余性共同决定生存结果 | 首次在细菌系统中应用单细胞RNA测序解析持久性形成的动态过程,建立了生长阶段作为转录变异轴的系统框架,证明预处理细胞状态对持久性频率的决定性作用 | 研究主要关注特定生长阶段和抗生素类型,尚未全面涵盖所有环境压力条件,单细胞测序技术可能遗漏低表达基因 | 阐明抗生素持久性现象的分子机制,探索通过调控细胞状态增强抗生素疗效的策略 | 细菌细胞(具体菌株未明确说明) | 单细胞组学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 390 | 2026-02-10 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics with pan-cancer bulk sequencing identifies OSR2 as a multifaceted biomarker for prognosis and tumor immunity
2026-Feb-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04595-z
PMID:41661456
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 391 | 2026-03-17 |
JAG1 expression in papillary thyroid cancer stem-like cells predicts poor prognosis and implicates angiogenesis
2026-Feb-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04601-4
PMID:41663780
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,探讨了甲状腺癌干细胞样细胞的特性及其与肿瘤组织中其他细胞的相互作用,特别是JAG1基因在预测预后中的作用 | 利用单细胞RNA测序数据识别甲状腺癌干细胞样细胞,并揭示JAG1与NOTCH1/4在血管生成中的关键相互作用及其对预后的影响 | 研究基于两个独立的数据集,样本量可能有限,且未进行实验验证 | 探索甲状腺癌干细胞样细胞的基因表达谱、细胞间相互作用及其与预后的关联 | 甲状腺癌干细胞样细胞、内皮细胞及临床患者数据 | 单细胞测序分析 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat R包、CytoTRACE、STRING、cytoHubba、clusterProfiler、CellChat | 单细胞RNA测序数据、临床数据 | 两个独立数据集(GSE191288和GSE250521),具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 392 | 2026-03-17 |
Senescence-Linked Fibrosis in the Aging Human Ovary Revealed by p16-Based Histological Profiling and Spatial Transcriptomics
2026-Feb-06, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8290960/v1
PMID:41674822
|
研究论文 | 本研究通过p16INK4a蛋白表达的空间解析,结合空间转录组学和AI引导的数字病理学,揭示了人类绝经后卵巢中衰老细胞的空间分布及其与纤维化的关联 | 首次在人类绝经后卵巢中利用p16INK4a作为衰老标志物进行空间定位,并整合多组学技术识别衰老微环境,开发了BuckSenOvary基因签名 | 研究主要聚焦于绝经后卵巢,样本可能有限,且衰老细胞的动态变化和功能验证需进一步探索 | 探究衰老细胞在人类卵巢衰老中的作用及其微环境特征 | 人类绝经后卵巢组织 | 数字病理学 | 老年疾病 | 空间转录组学, 免疫组织化学, 多重免疫荧光, AI引导的数字病理学 | AI | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 393 | 2026-03-17 |
Molecular architecture of human dermal sleeping nociceptors
2026-Feb-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.12.048
PMID:41643676
|
研究论文 | 本研究通过Patch-seq方法结合单细胞转录组学、电生理学表征以及跨物种数据整合,鉴定了人类皮肤中机械不敏感的C纤维(CMis)的分子标记物OSMR和SST,并验证了其配体oncostatin M对CMis的调节作用 | 首次在人类皮肤中识别出CMis的分子标记物OSMR和SST,并通过跨物种整合和功能验证,为神经病理性疼痛的靶向治疗提供了新框架 | 研究主要基于猪模型和人类志愿者注射实验,样本规模有限,且人类皮肤组织的直接分子验证仍需进一步扩展 | 揭示人类皮肤中休眠伤害感受器(CMis)的分子结构,以促进对神经病理性疼痛机制的理解和靶向治疗策略的开发 | 人类皮肤中的机械不敏感C纤维(CMis)、猪感觉神经元以及健康人类志愿者 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | Patch-seq、单细胞转录组学、单核转录组学、空间转录组学、电生理学(膜片钳)、跨物种数据整合 | NA | 转录组数据、电生理数据、空间数据 | 涉及猪感觉神经元和健康人类志愿者,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq、单核RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 394 | 2026-03-16 |
Non-Coding Regulatory Variants in Autoimmune Disease: Biological Mechanisms, Immune Context, and Integrative Multi-Omics Interpretation
2026-Feb-28, Biology
DOI:10.3390/biology15050407
PMID:41823835
|
综述 | 本文综述了如何通过整合功能基因组学、单细胞分析、空间转录组学和多组学数据,解释自身免疫病中非编码调控变异的生物学机制和免疫背景 | 提出了从静态变异注释转向动态、情境感知的分析框架,强调在特定免疫细胞状态、激活轨迹或组织微环境中解读风险变异的上下文依赖性效应 | NA | 解释自身免疫病中非编码调控变异的生物学机制,并整合多组学数据进行功能解读 | 自身免疫病(如系统性红斑狼疮和类风湿关节炎)中的非编码调控变异 | 自然语言处理 | 自身免疫病 | 功能基因组学、单细胞分析、空间转录组学、多组学整合 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 395 | 2026-03-16 |
Integrative transcriptomic and machine learning framework reveals candidate genes and potential mechanisms of aflatoxin B1 exposure in breast cancer
2026-Feb-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39844-2
PMID:41688730
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学和机器学习框架,揭示了黄曲霉毒素B1暴露在乳腺癌中的候选基因和潜在机制 | 采用多组学评估(包括转录组分析、共表达网络建模、免疫景观分析、转录因子调控映射、空间和单细胞转录组学)结合机器学习管道,识别了AFB1暴露与乳腺癌相关的关键基因和生物标志物 | 未明确提及样本大小或实验验证细节,可能依赖于计算分析,需要进一步实验验证机制 | 研究黄曲霉毒素B1如何影响乳腺癌肿瘤生物学,揭示其致癌潜力的分子途径 | 乳腺癌相关基因和生物标志物,特别是AFB1暴露下的转录组变化 | 机器学习 | 乳腺癌 | 转录组分析、共表达网络建模(WGCNA)、免疫景观分析、转录因子调控映射、空间转录组学、单细胞转录组学 | glmBoost, StepGLM, SHAP | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 396 | 2026-03-16 |
ShinySC: An R/Shiny-based desktop application for seamless analysis of scRNA-Seq data
2026-Feb, Biomedical journal
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.bj.2025.100885
PMID:40609640
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为ShinySC的基于R/Shiny的桌面应用程序,旨在通过直观的图形界面简化单细胞RNA测序数据的全面分析 | 开发了一个统一的、用户友好的、可扩展的平台,支持多种数据格式,集成了多种自动细胞类型注释方法(包括基于参考、基于标记和基于GPT的方法),并允许并排比较和手动标签细化 | 分析性能受标准桌面系统硬件限制(例如,在64GB RAM的系统中,对包含多达200,000个细胞的数据集表现稳健),分析时长取决于具体任务和注释方法 | 为没有编程专业知识的临床医生和研究人员提供一个易于访问的单细胞RNA测序数据分析平台 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 演示分析使用了PBMC和干扰素刺激数据集,基准测试表明可处理多达200,000个细胞的数据集 | 10x Genomics, BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, BD Rhapsody | 支持10x Genomics、BD Rhapsody等多种单细胞测序平台的数据格式 |
| 397 | 2026-03-03 |
Identification of immune reconstitution and hematopoiesis restoration by scRNA-seq in bone marrow of multiple myeloma patients treated with high-dose melphalan following auto-HSCT
2026-Feb-27, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 398 | 2026-03-14 |
Dermatofibrosarcoma protuberans: A clinical review of diagnosis and management
2026-Feb-23, Journal of the American Academy of Dermatology
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.jaad.2026.02.072
PMID:41740895
|
综述 | 本文综述了隆突性皮肤纤维肉瘤(DFSP)的诊断与临床管理策略 | 强调了Mohs显微外科手术作为首选治疗、分子靶点(如EGFR、PD-L1、PRAME)的识别,以及单细胞RNA测序和类器官模型在理解肿瘤微环境中的进展 | 未提及具体研究样本量或数据限制,且基于现有文献综述,可能缺乏原创性实验数据 | 回顾DFSP的诊断方法和治疗策略,以改善临床管理 | 隆突性皮肤纤维肉瘤(DFSP)患者及其肿瘤生物学 | 数字病理学 | 皮肤软组织肉瘤 | 组织病理学评估、CD34染色、磁共振成像、计算机断层扫描、分子分析、单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、影像数据、分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 399 | 2026-03-14 |
Distinct and cooperative roles of host and tumor Osteopontin in colorectal cancer liver metastasis
2026-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.19.706899
PMID:41756888
|
研究论文 | 本研究通过遗传敲除小鼠模型和空间转录组学技术,揭示了宿主和肿瘤来源的骨桥蛋白在结直肠癌肝转移中的不同作用机制 | 首次使用宿主和肿瘤双区室特异性OPN敲除模型,结合空间转录组学,明确了OPN在肿瘤微环境中对免疫细胞的区室化调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证仍需进一步开展 | 阐明宿主和肿瘤来源的骨桥蛋白在结直肠癌肝转移中的具体作用机制 | 结直肠癌肝转移小鼠模型及患者来源异种移植模型 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学,遗传敲除模型 | 2x2遗传敲除小鼠模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 400 | 2026-03-14 |
Distinct cochlear cell types associated with genetic susceptibility to sensory and metabolic hearing loss in older adults from the CLSA
2026-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.17.706270
PMID:41757007
|
研究论文 | 本研究整合人类全基因组关联研究数据与小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据,揭示了老年性听力损失不同亚型(感觉性和代谢性)与特定耳蜗细胞类型(毛细胞和螺旋神经节神经元)的遗传关联 | 首次使用单细胞疾病相关性评分工具整合跨物种数据,揭示了老年性听力损失不同亚型在特定耳蜗细胞类型中的遗传表达异质性,并发现年龄分层下的表达模式差异 | 研究基于小鼠模型数据推断人类疾病机制,可能存在物种差异;单细胞RNA测序数据仅反映转录组水平,未验证蛋白功能 | 探究老年性听力损失不同亚型(感觉性和代谢性)的遗传基础与特定耳蜗细胞类型的关联 | 人类全基因组关联研究数据与小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据 | 单细胞组学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组关联数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |