单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 929 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-05-08 |
Integrating scRNA-seq and snRNA-seq with spatial transcriptomics to unlock the xylem puzzle
2026-Feb-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04007-z
PMID:41724975
|
研究论文 | 整合单细胞RNA测序和单核RNA测序与空间转录组学，揭示木质部发育的完整连续过程 | 首次整合scRNA-seq和snRNA-seq数据，结合空间转录组学，重建了从形成层祖细胞到次生细胞壁形成及程序性细胞死亡的完整木质部发育轨迹，克服了单一技术在捕获晚期细胞方面的局限性 | 主要依赖公共数据库整合，未提供新的实验验证数据；snRNA-seq对早期细胞的捕获效率可能有限 | 通过整合单细胞和单核转录组数据，全面解析杨树茎发育木质部的分化过程 | 杨树茎发育中的木质部细胞 | 自然语言处理 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, 激光捕获显微切割 | 支持向量机 | 转录组数据 | 杨树茎发育木质部样本（具体数量未说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单核RNA测序平台 |
| 22 | 2026-05-08 |
Multi-species integration, alignment and annotation of single-cell RNA-seq data with CAMEX
2026-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69696-3
PMID:41723123
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研究论文 | 提出CAMEX工具，利用异构图神经网络实现多物种单细胞RNA-seq数据的整合、对齐和注释 | 首次利用多对多同源关系进行跨物种单细胞数据整合，性能优于现有方法，可检测物种特异性细胞类型和标记基因 | 未明确提及局限性，但可能存在对同源关系数据库的依赖及跨物种比对的计算复杂性 | 开发一种能够整合、对齐和注释跨物种单细胞RNA-seq数据的工具，以探索细胞起源和进化 | 来自多个物种的单细胞RNA-seq数据（涉及1到11个物种的基准数据集） | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 异构图神经网络 | 基因表达数据 | 涵盖1至11个物种的跨物种基准数据集 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 23 | 2026-05-08 |
Calibrating tissue level PDE models of ligand dynamics using single cell and spatial transcriptomics data
2026-Feb-19, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00657-8
PMID:41714655
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研究论文 | 提出一个计算流程，利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据校准组织水平配体动力学的反应扩散模型参数 | 首次将单细胞和空间转录组学数据系统性整合到组织尺度机械模型的参数校准中，结合有限体积求解器、近似贝叶斯计算和基于梯度的优化方法 | 依赖公开皮肤数据集进行验证，未在更大规模或不同类型组织数据上测试；合成数据基准测试可能无法完全反映真实生物复杂性的挑战 | 建立统一框架，利用现代转录组学数据校准组织水平信号传导模型的参数 | 人类皮肤组织中转化生长因子β的两种异构体信号传导过程 | 计算生物学 | 纤维化相关疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，反应扩散模型 | 反应扩散模型，近似贝叶斯计算，梯度优化 | 基因表达数据，空间位置数据 | 两个公开人类皮肤数据集 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-05-08 |
Transcription and potential functions of a novel XIST isoform in male peripheral glia
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280832.125
PMID:41386982
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研究论文 | 通过整合分析多个人体组织器官的单细胞RNA-seq数据，发现雄性外周神经胶质细胞中表达一种新型XIST异构体，该异构体由第一个外显子末端的替代启动子驱动，在施万细胞中活跃，尤其在非髓鞘化施万细胞中表达水平更高，并可能通过竞争性miRNA结合调控神经胶质-神经元相互作用 | 首次发现XIST在雄性外周施万细胞中表达，揭示其非X染色体失活的新功能，并鉴定出一种由替代启动子驱动的新型较短转录本 | 未明确说明，但推断可能缺乏直接的功能验证实验，且样本仅限于人类组织数据，缺少动物模型验证 | 研究XIST在雄性外周神经胶质细胞中的表达及潜在功能 | 多个人体组织器官的单细胞RNA-seq数据及外周神经组织的批量转录组和表观基因组数据 | 自然语言处理 | 心肌病、多发性神经病 | 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组测序、批量转录组测序、批量表观基因组测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、单细胞表观基因组数据、批量转录组数据、批量表观基因组数据 | 多个人体组织器官样本及外周神经组织样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组测序、批量RNA测序、批量表观基因组测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-05-08 |
Landscape of microRNA and target expression variation and covariation in single mouse embryonic stem cells
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279914.124
PMID:41526192
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研究论文 | 通过遗传扰动和多组学方法，系统研究小鼠胚胎干细胞中microRNA及其靶标表达变异和共变的全景图谱 | 首次在单细胞水平上全面描述microRNA动态变化，发现microRNA形成四个不同的共表达组，并揭示miR-291a等可变表达的microRNA更易诱导靶标共变 | 基于小鼠胚胎干细胞，结果可能不适用于其他细胞类型；遗传缺失Dicer可能导致脱靶效应 | 探究microRNA在单细胞水平上调控靶标表达变异和共变的替代功能 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、转录抑制 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-05-08 |
scSHEFT enables multiomics label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq through dual alignment
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280410.125
PMID:41558828
|
研究论文 | 提出一种名为scSHEFT的工具，通过双重对齐策略实现从scRNA-seq到scATAC-seq的多组学标签转移 | 通过引入基因活性分数桥接异质特征，并结合原始ATAC-seq嵌入保留信息，采用锚点对齐与对比学习策略实现组间对齐与组内异质性的平衡 | 未明确提及 | 解决scRNA-seq与scATAC-seq之间特征异质性导致的细胞类型标注困难，实现跨组学标签转移并发现新细胞类型 | 多种规模的单细胞多组学数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序， 单细胞ATAC测序 | 锚点对齐， 对比学习 | 基因表达计数数据， 峰值计数数据， 基因活性分数 | 七个数据集 | NA | 单细胞RNA测序， 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-05-08 |
Airway epithelial heterogeneity and mucus plugging in asthmatic bronchioles
2026-Feb-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC
PMID:40986379
|
研究论文 | 探讨哮喘细支气管中气道上皮异质性与粘液栓形成的关系 | 首次通过空间转录组学和多重免疫表型分析，揭示哮喘细支气管上皮中MUC5AC高表达细胞生态位的异质性分布及其与粘液栓形成的关联 | 研究样本量有限，且主要基于严重和致命性哮喘患者的离体组织，可能无法完全代表轻度哮喘的病理过程 | 测试假设：哮喘细支气管表现出上皮生物学紊乱，导致MUC5AC为主的粘液栓形成 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织 | 数字病理学 | 哮喘 | RNA原位杂交、免疫组化、空间转录组学、多重免疫表型分析 | NA | 组织切片图像 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2026-02-26 |
Sarcoidosis in focus: spatial transcriptomics offers a new perspective
2026-Feb-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1093/ajrccm/aamaf103
PMID:41738154
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2026-05-06 |
NETosis-Dependent Generation of Immunodeficient Low-Density Neutrophils Exacerbates Sepsis-Induced Acute Lung Injury
2026-Feb-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27042042
PMID:41752177
|
研究论文 | 使用脂多糖模拟脓毒症微环境，结合单细胞RNA测序等技术，发现脓毒症通过NETosis依赖性途径产生具有免疫缺陷特征的低密度中性粒细胞，从而加剧急性肺损伤 | 首次揭示低密度中性粒细胞（LDN）通过NETosis依赖途径产生的机制，并阐明其免疫缺陷表型（延迟凋亡、迁移和吞噬功能受损、抑制T细胞增殖）在脓毒症急性肺损伤中的作用 | 未提供明确的局限性信息 | 探究脓毒症中低密度中性粒细胞的产生机制、表型特征及其在器官损伤（特别是急性肺损伤）中的作用 | 脓毒症相关低密度中性粒细胞（LDN）及其在急性肺损伤中的角色 | 数字病理学 | 脓毒症， 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序， 密度梯度离心， 流式细胞术， 免疫组化， 盲肠结扎穿刺脓毒症小鼠模型 | NA | 基因表达数据， 图像 | 未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-05-05 |
CD68 identified as a regulator of human melanocyte development and function
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.02.003
PMID:41722766
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研究论文 | 本研究鉴定CD68为黑色素细胞发育和功能的调节因子，通过构建人类胚胎干细胞分化模型并结合单细胞RNA测序揭示其在黑色素生成中的新作用 | 首次发现传统上被认为是巨噬细胞标志物的CD68在黑色素细胞生物学中发挥调节作用，突破了其仅与免疫细胞相关的传统认知 | NA | 探究CD68在黑色素细胞发育和功能中的新角色 | 人类胚胎干细胞分化的黑色素细胞发育模型 | 机器学习 | 色素性疾病 | 单细胞RNA测序 | 单细胞取向追踪算法 | 单细胞基因表达数据 | 5个关键发育时间点（第0、6、9、11和25天）的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-05-03 |
A systems immunology approach reveals divergent immune profiles of RSV and SARS-CoV-2 infections in infants
2026-Feb-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aea7097
PMID:41739901
|
研究论文 | 通过系统免疫学方法揭示婴儿RSV和SARS-CoV-2感染的不同免疫特征 | 首次在婴儿中系统比较RSV和SARS-CoV-2感染的免疫反应差异，结合单细胞转录组学和表观基因组学分析 | 样本量较小（RSV 19例，SARS-CoV-2 30例，对照17例），年龄中位数2.3个月，结果可能不适用于更大范围或不同年龄段的婴儿 | 揭示RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中导致不同临床表现的免疫机制 | 婴儿（中位年龄2.3个月），包括RSV感染者、SARS-CoV-2感染者和健康对照 | 机器学学习 | 呼吸道感染 | 单细胞转录组学,表观基因组学,细胞因子分析 | NA | 血液样本 | RSV感染19例，SARS-CoV-2感染30例，健康对照17例（共66例婴儿） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于单细胞转录组学分析 |
| 32 | 2026-05-03 |
DeCAF defines clinical fibroblast subtypes and multidimensional tumor-stroma crosstalk shaping prognosis and immunotherapy response
2026-Feb-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102611
PMID:41707654
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序定义具有临床意义的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并揭示其与肿瘤亚型的相互作用及对免疫治疗反应的影响 | 首次定义具有临床预后和治疗反应预测价值的CAF亚型（抑制型和促进型），开发出单样本分类器DeCAF，可直接应用于临床决策 | 未提及具体研究限制 | 通过单细胞RNA测序定义具有临床意义的CAF亚型，并揭示其与肿瘤微环境的相互作用及对免疫治疗反应的影响 | 患者肿瘤样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型 | 机器学习 | 多种肿瘤类型 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | DeCAF分类器 | 单细胞转录组数据 | 多个肿瘤类型患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-05-03 |
Single-cell atlas of hepatic cellular plasticity and immune niche reprogramming in liver cirrhosis
2026-Feb-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07858-z
PMID:41709311
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研究论文 | 利用单细胞测序数据绘制肝硬化的肝细胞可塑性和免疫微环境重编程图谱 | 整合多种生物信息学工具（Seurat、Monocle、CellChat等）进行综合分析，揭示了肝硬化中免疫细胞亚型变化、转录因子活性以及细胞间通讯网络的重编程，特别是发现了TNF-α/ETS2、IL-1α/β/THRA和MIF三条关键调控轴 | 仅基于公开的单细胞测序数据集，缺乏实验验证和临床样本验证 | 解析肝硬化中免疫细胞亚型的动态变化及其在疾病发生发展中的作用机制 | 肝硬化患者的肝脏免疫细胞（巨噬细胞、CD4+ T细胞、NK细胞等） | 机器学习和生物信息学 | 肝硬化（肝脏疾病） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 35017个细胞，来自多个肝硬化患者样本 | 多个公开数据集来源 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-05-02 |
Loss of miR-29a/b1 cluster reprograms the tumor microenvironment and contributes to immunosuppression in lung cancer
2026-Feb-25, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-1060
PMID:41739590
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研究论文 | 发现miR-29a/b1簇缺失会重塑肺癌肿瘤微环境并导致免疫抑制 | 首次揭示miR-29家族通过调控ATX及其他靶基因影响抗PD-1治疗耐药性，并证明恢复miR-29表达可重编程肿瘤免疫微环境 | 基于小鼠模型和公共数据分析，缺乏大规模临床验证 | 探究肺癌抗PD-1治疗耐药的分子机制 | Kras/p53驱动的肺癌小鼠模型及肺癌患者肿瘤样本 | 癌症免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Kras/p53驱动的肺癌小鼠模型及肺癌患者肿瘤公共数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-05-01 |
A tumor-promoting inflammatory SPP1+ macrophage-IL-6-CRP axis drives immune dysfunction in bladder cancer
2026-Feb-27, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1774
PMID:41747249
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研究论文 | 本研究揭示了膀胱癌中SPP1+巨噬细胞通过IL-6-CRP轴驱动免疫功能障碍的促炎机制 | 首次将全身性炎症标志物（IL-6/CRP）与肿瘤微环境中的SPP1+巨噬细胞免疫抑制功能直接关联，并定义了驱动免疫检查点阻断治疗耐药的巨噬细胞轴 | 未明确说明样本量大小及队列种族多样性，且因果验证主要依赖相关性分析和功能实验，缺乏更直接的体内干预证据 | 探究膀胱癌中全身性炎症与肿瘤微环境免疫功能障碍的关联机制 | 接受免疫检查点阻断治疗的膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序平台，Illumina NovaSeq批量RNA测序 |
| 36 | 2026-05-01 |
[Spatial omics in pulmonary fibrosis: advancing mechanistic insights and therapeutic strategies]
2026-02-25, Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences
DOI:10.3724/zdxbyxb-2025-0785
PMID:41631436
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综述 | 综述空间组学技术在肺纤维化研究中的应用进展，揭示其在理解疾病机制和开发治疗策略中的潜力 | 系统整合空间代谢组学、转录组学和蛋白质组学在肺纤维化研究中的最新成果，强调其保留组织空间上下文的高通量分析能力 | 未提及具体样本量和跨平台验证等方面的局限性 | 探讨空间组学技术如何推动肺纤维化精准诊断、治疗靶点发现和药物开发 | 肺纤维化疾病，特别是特发性肺纤维化的组织微环境 | 数字病理学 | 肺纤维化、特发性肺纤维化 | 空间代谢组学、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 图像、分子数据 | NA | NA | 空间代谢组学、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-05-01 |
Interferon stimulation and NKG2D expression drive enhanced natural killer cell antibody-dependent cellular cytotoxicity against viral infections
2026-Feb-09, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiag019
PMID:41634919
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研究论文 | 结合功能性ADCC检测和单细胞转录组学，分析COVID-19患者外周NK细胞中干扰素刺激和NKG2D表达对抗体依赖性细胞毒作用的增强机制 | 首次通过单细胞转录组学揭示高ADCC反应与低ADCC反应NK细胞的不同转录程序，发现干扰素刺激基因和NKG2D的高表达与ADCC增强相关，同时发现干扰素介导的NK细胞激活与抗体ADCC能力降低之间存在矛盾调节机制 | 未提供具体的限制信息 | 探究NK细胞内在因素和抗体在介导抗病毒ADCC反应中的相对贡献，揭示其分子决定因素 | COVID-19患者的外周NK细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | COVID-19参与者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-05-01 |
Hspa8 modulation of immune responses mitigates ischemic brain injury
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00359-x
PMID:41176589
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研究论文 | 本研究探讨热休克蛋白A8在缺血性脑损伤后调节免疫细胞动态变化中的作用 | 首次揭示Hspa8通过调节中性粒细胞浸润和活性氧产生来缓解缺血性脑损伤的免疫机制 | 未提及具体局限性 | 阐明Hspa8在缺血性脑损伤后免疫炎症反应中的调节作用 | 缺血性脑损伤模型中的T细胞、中性粒细胞和单核细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2026-05-01 |
Effects of nucleic acid metabolism on prognosis and immune invasion of triple-negative breast cancer
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00366-y
PMID:41198929
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研究论文 | 研究核酸代谢相关基因在三阴性乳腺癌中的表达模式及其对预后和免疫浸润的影响 | 首次发现PDE8B作为癌基因通过促进上皮-间充质转化诱导三阴性乳腺癌转移，并通过单细胞RNA测序揭示核酸代谢和同源重组修复缺陷对耗竭CD8 T细胞的独特作用 | 未提及 | 探讨核酸代谢在三阴性乳腺癌发展中的作用及其对预后和免疫微环境的影响 | 三阴性乳腺癌肿瘤样本 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 转录组数据 | 297个三阴性乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-05-01 |
Macrophage retrotransposon expression is associated with lupus
2026-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00369-9
PMID:41233567
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研究论文 | 该研究探讨了巨噬细胞中逆转录转座子表达与狼疮之间的关系，发现MTD逆转录转座子在ROS缺陷的狼疮易感小鼠中表达增加，并可通过调节T细胞活化和减轻巨噬细胞浸润来影响疾病进程 | 首次揭示MTD逆转录转座子在ROS缺陷条件下促进巨噬细胞扩增和激活，进而驱动狼疮早期发病的机制，并发现霉酚酸酯治疗可降低其表达 | 研究仅限于小鼠模型，未在人体样本中进行验证 | 阐明NCF1基因变异导致ROS缺陷与狼疮免疫失调之间的潜在机制 | ROS缺陷的狼疮易感lpr小鼠模型中的组织驻留巨噬细胞 | 机器学习 | 狼疮 | 批量RNA测序、流式细胞术、空间分辨单细胞转录组成像 | NA | RNA测序数据、图像数据 | ROS缺陷的lpr小鼠（具体数量未提及） | NA | 批量RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |