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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-06-05 |
Single-cell pseudotime and cell communication analysis of pancreatic cancer
2026-Feb, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/203156
PMID:41662508
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研究论文 | 通过单细胞伪时间轨迹和细胞通讯分析,揭示胰腺癌进展中的细胞和分子机制 | 首次整合单细胞伪时间轨迹和细胞间通讯分析,深入剖析胰腺癌肿瘤微环境中的细胞多样性及相互作用 | 未提及具体限制 | 阐明胰腺癌进展的细胞和分子调控机制 | 胰腺癌组织中的癌细胞、基质成纤维细胞及多种免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 222 | 2026-06-05 |
SpaLSTF: Diffusion-based generative model with BiLSTM and XCA-Transformer for spatial transcriptomics imputation
2026-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013954
PMID:41666195
|
研究论文 | 提出SpaLSTF方法,利用条件扩散模型结合BiLSTM和XCA-Transformer来增强空间转录组数据中的基因表达 | 首次将双马尔可夫过程与BiLSTM和交叉协方差注意力Transformer结合,用于空间转录组数据的基因表达推断,并通过变分下界和KL散度正则化提升噪声生成的准确性 | 未涉及在实际生物样本中的验证;仅基于现有数据集进行性能比较,缺乏对模型泛化性的深入探讨 | 开发一种新方法以解决空间转录组数据稀疏性和表达覆盖不完整的问题 | 空间转录组数据中的细胞和基因表达模式 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 条件扩散模型、双向长短期记忆网络(BiLSTM)、交叉协方差注意力Transformer(XCA-Transformer) | 基因表达数据(空间转录组和scRNA-seq) | 12个跨平台数据集,涵盖多种组织和器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 223 | 2026-06-05 |
Environmental bisphenols hijack the Hmox1 and Cdh1 to trigger premature ovarian insufficiency: A multi-omics investigation
2026-Feb, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.119789
PMID:41666766
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示环境双酚类化合物通过劫持Hmox1和Cdh1基因引发早发性卵巢功能不全的分子机制 | 首次整合机器学习与单细胞RNA测序解析双酚类化合物致POI关键靶点Hmox1和Cdh1 | 未提供具体样本量及临床验证数据 | 鉴定双酚类化合物诱发早发性卵巢功能不全的关键分子靶点与信号通路 | 双酚A、双酚F、双酚S暴露与早发性卵巢功能不全的分子关联 | 机器学习 | 早发性卵巢功能不全 | 多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接 | 三重算法机器学习模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | ['10x Genomics'] | ['单细胞RNA测序'] | ['10x Chromium'] | 基于GSE200612数据集的10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 224 | 2026-06-04 |
A temporal and spatial atlas of adaptive immune responses in the lymph node following viral infection
2026-Feb-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504742123
PMID:41587309
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研究论文 | 提出AIR-SPACE方法,结合高分辨率空间转录组学与配对长读长测序,构建病毒感染后淋巴结适应性免疫应答的时空图谱 | 同时分析细胞转录组和适应性免疫受体库在其天然空间背景下的状态,揭示感染早期干扰素-γ产生的异质性激活生态位,以及抗体产生浆细胞通过生发中心暗区分化和迁出的新证据 | 该研究仅在鼠后膝窝淋巴结中对牛痘病毒感染进行分析,可能需在其他模型或人类样本中验证普遍性 | 理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织和动态过程 | 小鼠后膝窝淋巴结(在牛痘病毒足垫感染后的五个时间点) | 数字病理学 | 病毒感染 | 空间转录组学, 长读长测序 | NA | 空间转录组数据, 免疫受体库测序数据 | 多个小鼠后膝窝淋巴结,在感染后五个时间点采集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 225 | 2026-06-03 |
Multi-scale transcriptomics analysis reveals MHC suppression in MEF2D fusion positive B-cell acute lymphoblastic leukemia
2026-Feb-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153274
PMID:41547299
|
研究论文 | 通过多尺度转录组学分析揭示MEF2D融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病中MHC表达受抑制 | 首次使用单细胞RNA测序对MEF2D融合病例进行分析,并结合公共数据集的大样本转录组数据,揭示了MEF2D亚型特有的前B细胞发育阻滞及其通过MHC下调的免疫逃逸机制 | 样本量较小,仅包括3例MEF2D融合病例进行单细胞测序,且缺乏对MEF2D-CIITA-MHC通路的体内功能验证 | 探究MEF2D基因融合在B细胞急性淋巴细胞白血病中的分子机制和免疫特征 | MEF2D融合阳性的B细胞急性淋巴细胞白血病患者样本及Kasumi-7细胞系 | 转录组学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、染色质免疫沉淀测序 | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、ChIP-seq数据 | 3例MEF2D融合病例进行单细胞测序,81例来自公共数据集的MEF2D融合BCP-ALL病例 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、ChIP-seq | NA | NA |
| 226 | 2026-06-03 |
Single-cell RNA Sequencing-Based analysis of diverse ion-channel transcripts across human CD4+ T-cell subsets
2026-Feb-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153265
PMID:41547301
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人CD4+ T细胞亚群中离子通道转录本的表达特征 | 首次在单细胞分辨率下描绘了人CD4+ T细胞亚群(包括Th1、Th2、Th17和Treg)的离子通道/转运体转录组图谱,发现了亚群特异性的离子通道表达模式 | 仅基于体外极化的细胞模型,可能无法完全反映体内微环境中的真实表达状态 | 阐明人CD4+ T细胞亚群中离子通道和转运体的表达模式,为自身免疫和过敏性疾病提供候选离子调节因子 | 人外周血单核细胞来源的初始CD4+ T细胞及其体外极化的Th1、Th2、Th17和Treg亚群 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人外周血样本来源的CD4+ T细胞(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2026-06-03 |
Akebia saponin D attenuates ulcerative colitis via targeting EGFR and remodeling gut microbiota homeostasis
2026-Feb, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.157829
PMID:41547071
|
研究论文 | 系统评估木通皂苷D在溃疡性结肠炎治疗中的潜力,并阐明其通过调节肠道菌群稳态和靶向EGFR的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序和网络药理学,揭示木通皂苷D通过靶向EGFR及重塑肠道菌群(特别是增加Akkermansia muciniphila丰度和吲哚-3-甲醇水平)治疗溃疡性结肠炎的新机制 | 未在临床样本中验证木通皂苷D的疗效,且长期安全性及对其它炎症通路的影响尚未充分探讨 | 评估木通皂苷D治疗溃疡性结肠炎的治疗潜力并阐明其分子机制 | DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型和LPS刺激的NCM460、HT29细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 16S rRNA测序, 非靶向代谢组学, 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 序列数据, 代谢组数据 | DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型,具体样本量未在摘要中明确 | 华大智造(MGI) | 单细胞RNA测序 | MGISEQ-2000 | MGISEQ-2000单细胞RNA测序平台 |
| 228 | 2026-06-03 |
Tumour-brain crosstalk restrains cancer immunity via a sensory-sympathetic axis
2026-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-10028-8
PMID:41639447
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤通过感觉-交感神经轴与大脑进行双向通信,从而抑制抗肿瘤免疫的机制 | 首次发现肺腺癌细胞通过迷走感觉神经元向脑干传递信号,并驱动交感神经活动抑制免疫,提出了肿瘤-大脑双向通信的新型免疫抑制机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床验证尚需进一步探索 | 探究肿瘤与大脑之间的感应和响应机制及其对癌症免疫的影响 | 小鼠肺腺癌模型及迷走感觉神经元、交感神经、肺泡巨噬细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞转录组学、神经示踪、组织成像 | NA | 单细胞转录组数据、神经示踪数据、组织图像 | 小鼠模型,具体样本数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 229 | 2026-06-02 |
Imbalance of Ciliary Programs Drives Fibroblast Differentiation and Fibrotic Signaling in Systemic Sclerosis
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.25.707978
PMID:42124727
|
研究论文 | 本研究利用正交多模态策略,包括人类队列、单细胞轨迹和靶向扰动模型,揭示了纤毛程序失衡是系统性硬化症中成纤维细胞分化与纤维化信号的关键驱动因素 | 首次证明纤毛组装与去组装失衡作为系统性硬化症中纤维化成纤维细胞命运的中心决定因素,并指出纤毛破坏是成纤维细胞编程的起始事件而非次级事件 | 未提及具体局限性 | 阐明纤毛程序动态失衡如何驱动系统性硬化症中成纤维细胞至肌成纤维细胞的病理转化及纤维化信号传导 | 系统性硬化症患者皮肤活检组织、培养的成纤维细胞以及相关基因扰动模型 | 机器学习 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序、微阵列分析、靶向遗传扰动 | 轨迹映射模型 | 基因表达数据(包括微阵列和单细胞RNA-seq数据) | 整合了8个微阵列数据集和2个独立单细胞RNA-seq队列中的皮肤活检样本 | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 用于单细胞RNA测序,但具体平台配置未详细说明 |
| 230 | 2026-05-31 |
Single-cell analysis reveals that MXRA8 affected the progression of breast cancer via regulating ferroptosis
2026-Feb-02, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04175-9
PMID:41629963
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示MXRA8通过调节铁死亡影响乳腺癌进展的机制 | 首次在单细胞水平上揭示MXRA8通过调控铁死亡影响乳腺癌进展的机制,并识别出对铁死亡最敏感的肿瘤亚群 | 尚未进行体内实验验证,且基于已有单细胞数据的再分析可能存在数据偏倚 | 探索乳腺癌细胞在铁死亡中的异质性及其调控机制,寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 26名乳腺癌患者的单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF)算法 | 基因表达数据 | 26名乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2026-05-30 |
Optimal transport fate mapping resolves T cell differentiation dynamics across tissues
2026-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.24.707057
PMID:42124734
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研究论文 | 利用最优输运命运映射方法重建跨组织CD8 T细胞分化动态 | 首次将最优输运框架应用于时间序列单细胞RNA-seq数据,重建连续细胞轨迹并解析效应与记忆T细胞分化路径,实验验证了小肠中时间上不同的迁移波导致不同的组织驻留记忆T细胞命运 | 未明确说明研究局限性 | 重建免疫细胞在不同命运间转化的连续轨迹,特别是在抗病毒CD8 T细胞分化过程中的动态变化 | 急性病毒感染小鼠的CD8 T细胞 | 机器学习 | 病毒感染(急性) | 单细胞RNA-seq | 最优输运 | 基因表达数据 | 小鼠样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 纵向单细胞RNA-seq数据 |
| 232 | 2026-05-30 |
Modeling cell-cell interactions to advance drug discovery in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.29.702646
PMID:41676623
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研究论文 | 利用支架共培养类器官模型研究特发性肺纤维化中细胞间相互作用,并评估抗纤维化药物疗效 | 开发了一种基于支架的人源共培养肺泡类器官模型,结合IPF患者原代成纤维细胞和携带SFTPC 173T突变的多能干细胞衍生肺泡2型细胞,模拟疾病进展中的上皮-间质细胞通讯 | 模型可能无法完全复制体内复杂微环境,体外结果向临床转化存在局限 | 建立更贴近患者病情的模型以研究IPF发病机制和抗纤维化药物 | 人类原代肺成纤维细胞(健康与IPF)、多能干细胞来源的肺泡2型细胞(iAT2);包含SFTPC 173T突变及其同基因校正对照 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型、共培养系统 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本量,涉及多能干细胞系和原代成纤维细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 233 | 2026-05-30 |
Müller cell glutamine metabolism links photoreceptor and endothelial injury in diabetic retinopathy
2026-02, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202503434
PMID:41266111
|
研究论文 | 本研究通过分析糖尿病小鼠视网膜在6个月内的分子变化,发现穆勒细胞谷氨酰胺代谢异常连接了光感受器和内皮细胞损伤,是糖尿病视网膜病变早期发病的关键 | 首次揭示穆勒细胞谷氨酰胺驱动的厌氧代谢功能障碍在糖尿病视网膜病变早期阶段连接光感受器和内皮细胞损伤的机制 | 未提及明显的局限性 | 阐明糖尿病视网膜病变和糖尿病视网膜疾病中分子功能障碍的时间线 | 链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠视网膜、小鼠和人类视网膜组织 | 机器学习 | 糖尿病视网膜病变 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠视网膜样本,分别在糖尿病诱导后1、3、6个月采集,及3个月时进行单细胞RNA测序 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2026-05-30 |
The unfolded protein response in progeria arteries originates from non-endothelial cell types
2026-02, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202503485
PMID:41326174
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研究论文 | 在早衰症动脉中,未折叠蛋白反应起源于非内皮细胞类型 | 首次通过内皮特异性HGPS小鼠模型,证明早衰症动脉中未折叠蛋白反应主要源于非内皮细胞,挑战了之前关于内皮细胞功能障碍的观点 | 未提及具体局限性 | 研究Hutchinson-Gilford早衰综合征中蛋白质稳态失衡对内皮细胞功能障碍的影响 | Hutchinson-Gilford早衰综合征小鼠模型的内皮细胞和主动脉组织 | 生物医学研究 | 早衰症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 早衰症小鼠主动脉组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序分析主动脉组织 |
| 235 | 2026-05-30 |
Characterising the Periodontal Granulation Tissue Using scRNAseq
2026-02, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.70048
PMID:41055332
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序表征牙周肉芽组织的细胞组成和分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序发现牙周肉芽组织中特有的NOTCH3阳性内皮细胞亚群,并揭示了其与骨化通路的关系;肉芽组织成纤维细胞呈现类似肿瘤相关成纤维细胞的前体状态 | 样本量较小(n=3),缺乏功能验证实验 | 揭示牙周肉芽组织形成的细胞组成和分子机制,寻找再生治疗的潜在靶点 | 牙周手术患者的肉芽组织样本 | 单细胞组学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例患者的牙周肉芽组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 236 | 2026-05-30 |
Periodontitis Induces Arterial Microbiota Shifts and Immune Dysregulation Contributing to Peripheral Vascular Inflammation
2026-02, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.70055
PMID:41117288
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研究论文 | 探究牙周炎诱导的股动脉微生物群变化及其对免疫系统的影响,阐明牙周炎与外周动脉疾病之间关联的机制 | 首次揭示牙周炎通过改变动脉微生物群和免疫失调,特别是FABP4+内皮细胞在牙周炎与外周动脉疾病联系中的关键介导作用 | 仅使用小鼠模型,未在人体中验证结果;未详细探讨微生物群变化与免疫失调之间的直接因果关系 | 阐明牙周炎诱导外周血管炎症的机制,特别是动脉微生物群和免疫系统的变化 | 牙周炎模型小鼠的股动脉组织 | 机器学习 | 牙周炎,外周动脉疾病 | 2bRAD-M测序, 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 未明确提及样本数量 | Illumina | 2bRAD-M微生物组测序, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 2bRAD-M用于微生物组分析,单细胞RNA-seq用于免疫微环境表征 |
| 237 | 2026-05-29 |
BARTsc identifies key transcriptional regulators from single-cell omics data
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.24.707729
PMID:42124611
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 238 | 2026-05-29 |
A Pan-Cancer Single-Cell Atlas to Evaluate Tumor Identity, Cell Line Concordance, and Dependency Mapping
2026-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.14.705396
PMID:42124572
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建泛癌图谱,评估肿瘤身份、细胞系一致性和依赖性图谱 | 开发了一种基于马氏距离的严格整合框架,优先考虑代表性恶性转录状态,构建高质量泛癌单细胞图谱,并利用该图谱推断肿瘤-细胞系一致性和癌症特异性基因依赖性 | 未在摘要中提及具体限制,如可变数据质量、注释不一致等问题仍可能存在 | 建立可扩展的泛癌单细胞图谱,用于肿瘤身份推断、癌症细胞系基准测试和系统识别遗传脆弱性 | 来自499个样本的135,424个高质量恶性细胞,涵盖36种成人和儿童癌症 | 数字病理学 | 泛癌(包括成人和儿童癌症) | 单细胞RNA测序 | ElasticNet | 单细胞转录组数据 | 499个样本,135,424个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于马氏距离的批次校正潜在空间选择 |
| 239 | 2026-05-29 |
Pixel2Gene enables histology-guided reconstruction and prediction of spatial gene expression
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.21.707168
PMID:42124685
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研究论文 | Pixel2Gene是一个深度学习框架,通过整合组织学图像和空间转录组数据,实现基于组织学引导的空间基因表达重建和预测 | 首次利用共配准的组织学图像与空间转录组数据,通过深度学习实现高分辨率空间基因表达的重建和预测,无需直接转录组分析即可扩展至新样本 | 当前高分辨率空间转录组平台仍存在高成本、有限组织覆盖和技术伪影,导致数据噪声高、稀疏且不完整,可能影响分析准确性和生物学解释 | 开发一种成本效益高、可扩展的空间基因表达分析方法,通过常规组织学图像实现全组织尺度转录组分析 | 多种组织类型和疾病背景下的临床样本 | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 深度学习框架 | 图像, 基因表达数据 | 多个高分辨率空间转录组平台(Visium HD、Xenium、CosMx)上的临床样本 | NA | 空间转录组学 | Visium HD, Xenium, CosMx | NA |
| 240 | 2026-05-29 |
Cardiac Macrophages Across Space and Time: Roles in Homeostasis, Disease, and Remodeling
2026-Feb-19, The Canadian journal of cardiology
DOI:10.1016/j.cjca.2026.02.025
PMID:41722856
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综述 | 综述心脏巨噬细胞在不同空间和时间生态位中的稳态维持、疾病响应及损伤后重塑功能,重点强调其异质性和空间互作机制 | 首次系统整合单细胞与空间转录组学数据,提出区域特异性和环境依赖性巨噬细胞靶向治疗策略,并揭示衰老对巨噬细胞空间组织的重塑作用 | 未纳入巨噬细胞与其他免疫细胞类型(如中性粒细胞、T细胞)的空间互作分析,且缺乏直接验证区域特异性靶向效果的动物模型或临床数据 | 阐明心脏巨噬细胞在稳态、疾病和修复中的时空动态调控机制,为精准免疫治疗提供理论框架 | 心脏驻留巨噬细胞(胚胎来源)与骨髓招募CCR2+巨噬细胞,以及心肌细胞、成纤维细胞、内皮细胞和周细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学分析 |