单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-16 |
Spatial transcriptomics expression prediction from histopathology based on cross-modal mask reconstruction and contrastive learning
2026-Feb, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2025.103889
PMID:41330094
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研究论文 | 本研究开发了一种基于对比学习的深度学习方法，用于从全切片图像预测空间转录组基因表达 | 提出了一种结合跨模态掩码重建与对比学习的框架，无需大规模预训练数据集或抽象语义表示，即可在特征空间建立组织病理学形态与空间基因表达的对应关系 | 未明确提及方法在更广泛疾病类型或更大规模数据集上的泛化能力 | 从组织病理学图像预测空间转录组基因表达，以克服空间转录组数据获取成本高、规模有限的挑战 | 肿瘤微环境分析及组织病理学的分子图谱 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 基于对比学习的深度学习模型 | 图像（全切片图像）、空间转录组数据 | 六个不同疾病数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-15 |
EnsembleRegNet: Interpretable deep learning for transcriptional network inference from single-cell RNA-seq
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了EnsembleRegNet，一种用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的深度学习框架 | 通过集成编码器-解码器和多层感知机架构，结合Hodges-Lehmann估计器二值化、案例删除分析、RcisTarget基序富集和AUCell调控子活性评分，增强了模型的鲁棒性和生物学可解释性 | 未明确提及具体限制 | 从高维单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络结构 | 转录因子与靶基因关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成编码器-解码器, 多层感知机 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-12-15 |
Single-cell sequencing analysis reveals CHURC1 as a non-canonical oncoprotein governing goblet cell-driven colorectal tumorigenesis
2026-Feb, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112197
PMID:41177418
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌样本，发现杯状细胞是结直肠癌的潜在细胞起源，并鉴定出CHURC1作为一种新型致癌基因，促进结直肠癌增殖和转移 | 首次将杯状细胞确定为结直肠癌的潜在细胞起源，并发现CHURC1作为一种非经典致癌蛋白，影响肿瘤免疫微环境中的免疫细胞因子释放 | 样本量较小（仅4名患者的14个样本），且研究未涉及更广泛的验证队列或功能机制深度探索 | 探究结直肠癌的细胞起源和致癌机制，以寻找新的治疗靶点 | 结直肠癌肿瘤、肠道息肉及癌旁正常组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4名患者的14个样本（包括肿瘤、息肉和正常组织） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-12-15 |
Transcriptional and post-transcriptional convergence of HES1 and IGF2BP2 sustains CSF2-dependent metabolic adaptability in gastric Cancer
2026-Feb, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112234
PMID:41213416
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组学和功能分析，揭示了一个驱动胃癌进展的层级信号轴，即HES1-IGF2BP2-CSF2轴，该轴通过转录和转录后调控汇聚，维持CSF2依赖的代谢适应性 | 首次阐明HES1通过转录激活IGF2BP2，后者再通过m6A修饰稳定CSF2 mRNA，从而将转录因子调控与m6A表观转录组学及糖酵解重编程整合成一个新的信号级联，驱动胃癌进展 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型，缺乏在更复杂的人体肿瘤微环境或临床队列中的直接验证，且对轴上游的调控机制和下游更广泛的代谢网络探索有限 | 探究驱动胃癌进展的关键分子机制，特别是转录与转录后调控如何协同影响肿瘤代谢和恶性表型 | 胃癌细胞、胃癌异种移植模型 | 癌症生物学、分子生物学 | 胃癌 | 单细胞测序、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因检测、RNA免疫沉淀、mRNA衰变动力学分析、免疫组织化学 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据、TCGA公共数据库数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-12-15 |
Caveolin-1 drives vasculogenic mimicry in lung adenocarcinoma through autophagy-mediated glycolytic reprogramming
2026-Feb, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112198
PMID:41224162
|
研究论文 | 本研究揭示了Caveolin-1通过自噬介导的糖酵解重编程驱动肺腺癌血管生成拟态形成的机制 | 首次阐明Cav-1通过激活自噬促进糖酵解重编程，进而驱动肺腺癌血管生成拟态形成的分子轴，并提出联合靶向自噬和糖酵解的治疗策略 | 研究主要基于细胞和动物模型，临床转化效果需进一步验证；联合治疗策略的具体剂量和毒性需深入评估 | 探究Caveolin-1在肺腺癌血管生成拟态形成中的作用及分子机制 | 肺腺癌细胞、肿瘤微环境 | 肿瘤生物学 | 肺腺癌 | 单细胞测序、空间转录组学分析 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2025-12-15 |
Renal tubular-derived retinoic acid drives renal fibrosis via a RAI14-TRIOBP-YAP mechanotransduction axis
2026-Feb, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112246
PMID:41242366
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研究论文 | 本文揭示了肾小管来源的视黄酸通过RAI14-TRIOBP-YAP机械转导轴驱动肾纤维化的机制 | 首次发现视黄酸作为旁分泌信号连接肾小管损伤与成纤维细胞激活，并阐明RAI14-TRIOBP-YAP轴在纤维化中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床相关性需进一步验证 | 探究视黄酸在肾纤维化中的功能转换机制及治疗靶点 | 肾小管上皮细胞和间质成纤维细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间代谢组学、单细胞转录组学 | NA | 代谢组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-12-15 |
Integrative genomic and transcriptomic profiling identifies HSPA5 as a central player in hepatocellular carcinoma pathogenesis
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过整合基因组学和转录组学分析，识别出HSPA5作为肝细胞癌发病机制中的关键因子 | 采用多组学方法（包括外显子测序、单细胞RNA-seq和空间转录组学）系统性地筛选并验证了HSPA5在肝细胞癌中的核心作用 | 未明确提及研究的样本量限制或验证队列的规模，可能影响结果的普适性 | 探索肝细胞癌的新生物标志物和治疗靶点 | 肝细胞癌（HCC）患者样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 外显子测序、GO分析、PPI网络分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、Venn分析、生存分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-12-15 |
scREPA: Predicting single-cell perturbation responses with cycle-consistent representation alignment
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scREPA的新框架，用于预测单细胞扰动响应，通过将基于变分自编码器的内部表征与预训练的单细胞基础模型的高质量外部表征进行对齐来实现 | 提出了scREPA框架，首次将生成扩散模型中的表征对齐思想应用于单细胞扰动预测，并引入了循环一致表征对齐机制，通过双重一致性约束提升表征质量 | 未明确说明模型在跨物种或跨组织类型泛化能力的具体评估，也未讨论计算复杂度或运行时间 | 开发一种能够从稀疏、嘈杂、高维且数据量有限的单细胞RNA测序数据中准确预测细胞扰动响应的计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, 生成扩散模型 | 基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-12-15 |
DiffuScope: A diffusion-regularized autoencoder for spatial transcriptomic clustering
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为DiffuScope的基于图卷积变分自编码器的空间转录组学聚类框架，旨在解决数据异质性带来的挑战并提升聚类准确性和跨数据集泛化能力 | 提出了结合自监督学习、重构损失和扩散一致性损失的双重损失函数设计，以增强特征学习并改善聚类性能 | NA | 开发一种能够适应空间转录组学数据生物和技术异质性的通用聚类算法 | 空间转录组学数据 | 数字病理学 | 乳腺癌, 胃癌 | 空间转录组学 | 图卷积变分自编码器 (GC-VAE) | 空间表达数据 | 12个公开数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-12-14 |
Microglia and Myeloid Cell Populations of the Developing Mouse Retina
2026-Feb, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70115
PMID:41388751
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和单核RNA测序技术，识别了小鼠视网膜发育过程中独特的髓系细胞群体，并验证了它们在神经纤维层和血管生成前沿的解剖位置 | 首次在视网膜中识别并验证了发育特异性髓系细胞群体，包括Spp1和Hmox1标记的两种小胶质细胞亚群，揭示了NRF2转录因子在调控这些状态转换中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类或其他物种中的普适性尚需验证，且功能机制探究有限 | 探究小胶质细胞在视网膜发育过程中的具体作用和分子特征 | 发育中的小鼠视网膜髓系细胞群体，特别是小胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个发育时间点的小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-12-13 |
Multi-Omics discovery and clinical validation of IGFBP2, B2M, and CST3 as a serum biomarker panel for diabetic kidney disease progression
2026-Feb-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149858
PMID:41167578
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序与血清蛋白质组学数据，发现并验证了IGFBP2、B2M和CST3作为糖尿病肾病进展的血清生物标志物组合 | 首次通过整合单细胞转录组与血清蛋白质组学数据，系统性地识别并验证了一个用于糖尿病肾病进展诊断的非侵入性三标志物组合，并探索了其作为治疗靶点的潜力 | 临床样本量相对有限（n=139），且主要基于观察性数据，需要更大规模的前瞻性队列研究进一步验证其临床效用 | 开发一种用于糖尿病肾病进展诊断和监测的新型非侵入性生物标志物组合 | 糖尿病肾病患者、健康对照者、小鼠模型以及相关的肾脏组织和血清样本 | 生物信息学与多组学整合分析 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、血清蛋白质组学、bulk RNA-seq、分子对接 | LASSO回归模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、bulk RNA-seq数据、临床血清样本数据 | 30人（肾脏组织scRNA-seq：18名健康，12名DKD）；139人（临床血清验证）；16只小鼠（STZ诱导模型）；外加独立bulk RNA-seq队列（Nephrectomy和Nephroseq） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 12 | 2025-12-13 |
Recent insights in the development and functions of insect hemocytes
2026-Feb, Current opinion in insect science
IF:5.8Q1
DOI:10.1016/j.cois.2025.101434
PMID:40962030
|
综述 | 本文综述了昆虫血细胞发育和功能的最新研究进展，重点探讨了血细胞分化、增殖及免疫响应中的转录因子和信号通路 | 整合了单细胞RNA测序技术揭示血细胞群体过渡状态基因表达变化，并扩展了对固着血细胞功能的理解 | NA | 总结昆虫血细胞在细胞免疫中的发育机制和功能调控 | 果蝇、蚊子和鳞翅目昆虫的血细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-12-13 |
Recent advances and applications of single-cell sequencing in insects
2026-Feb, Current opinion in insect science
IF:5.8Q1
DOI:10.1016/j.cois.2025.101455
PMID:41173389
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在昆虫科学中的最新进展与应用，强调了该技术如何推动昆虫生物学从描述性研究转向功能性和机制性研究 | 整合了单细胞多组学技术和空间转录组学的最新进展，结合深度学习方法，为昆虫生物学提供了前所未有的分子动态和细胞多样性视角 | NA | 回顾单细胞基因组学在昆虫科学中的进展，探讨其在昆虫生理、发育、免疫和进化研究中的应用前景 | 昆虫 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序，单细胞多组学，空间转录组学 | 深度学习算法 | 转录组、表观基因组、蛋白质组、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学，空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-12-12 |
scRNA-sequencing Reveals Bu-Shen-Yi-Qi formula (BSYQF) ameliorates airway remodeling via regulating imbalanced M1/M2 macrophage subtypes in chronic asthmatic mice
2026-Feb-28, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.120883
PMID:41237867
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了补肾益气方通过调节慢性哮喘小鼠体内失衡的M1/M2巨噬细胞亚型来改善气道重塑的机制 | 首次在单细胞分辨率上揭示了补肾益气方通过靶向调节M1和M2巨噬细胞亚型来恢复其失衡比例，从而改善慢性哮喘气道重塑的具体分子机制 | 研究基于小鼠模型，其结论在人体中的适用性有待进一步验证；样本量相对有限（8个样本） | 探究补肾益气方治疗慢性哮喘的潜在分子机制 | 慢性哮喘小鼠模型 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光分析, qRT-PCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 图像数据 | 8个样本，超过60,000个小鼠肺组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-12-12 |
Multi-omics analysis of ketogenic diet-mediated neural repair in spinal cord injury: Targeting of lysosomal autophagy through CTSB/LAMP2 regulation
2026-Feb, The Journal of nutritional biochemistry
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jnutbio.2025.110152
PMID:41115614
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研究论文 | 本研究采用多组学方法探究生酮饮食通过调控CTSB/LAMP2轴促进脊髓损伤后神经修复的机制 | 首次整合4D蛋白质组学、转录组学和单细胞RNA测序，揭示生酮饮食通过靶向溶酶体自噬通路CTSB/LAMP2实现神经保护的双重机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证 | 探究生酮饮食在脊髓损伤后神经修复中的作用机制 | C5半挫伤小鼠模型和β-羟基丁酸处理的BV2小胶质细胞 | 多组学分析 | 脊髓损伤 | 4D蛋白质组学, 转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和BV2细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-12-12 |
Leveraging mutual information in Variational Autoencoders for improved dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data: The scInfoMaxVAE approach
2026-Feb, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种名为scInfoMaxVAE的变分自编码器方法，通过最大化互信息和采用零膨胀计数似然，旨在改进单细胞RNA测序数据的降维和细胞类型分类 | 提出了一种结合互信息最大化与零膨胀计数似然的变分自编码器，专门针对scRNA-seq数据的稀疏性和技术噪声进行优化 | 模型对超参数敏感，且存在一定的运行间方差，建议未来进行自动调优和更大规模的验证 | 改进单细胞RNA测序数据的降维表示和细胞类型分类的鲁棒性与准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 12个公共scRNA-seq数据集，涵盖多种组织和平台 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-12-07 |
XPR1 regulates fetal liver macrophage development, identity, and pyrenocyte clearance
2026-Feb-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20241587
PMID:41335223
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研究论文 | 本文揭示了磷酸盐转运蛋白XPR1对胎儿肝脏巨噬细胞发育、身份识别及红细胞核清除功能的关键作用 | 首次发现XPR1作为唯一已知的磷酸盐输出蛋白，对胎儿巨噬细胞发育具有特异性调控作用，并阐明了其在红细胞生成相关巨噬细胞功能中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚未验证；巨噬细胞功能变化的分子通路细节有待进一步解析 | 探究磷酸盐转运蛋白XPR1在胎儿巨噬细胞发育和功能中的作用机制 | 小鼠胎儿肝脏巨噬细胞、脾脏红髓巨噬细胞、骨髓巨噬细胞 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、条件性基因敲除 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 条件性Xpr1敲除小鼠胚胎及成年个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-12-05 |
The unfolded protein response in progeria arteries originates from non-endothelial cell types
2026-Feb, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202503485
PMID:41326174
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研究论文 | 本研究探讨了早衰症动脉中未折叠蛋白反应的起源，发现其主要源于非内皮细胞类型 | 揭示了在表达早老素的动脉中，UPR激活具有细胞类型特异性，挑战了先前关于血管平滑肌细胞和成纤维细胞中UPR普遍激活的观点 | 研究基于小鼠模型，可能不完全反映人类HGPS的病理生理学，且未详细探讨非内皮细胞中UPR的具体机制 | 研究早衰症中未折叠蛋白反应是否导致内皮细胞功能障碍 | Hutchinson-Gilford早衰综合征小鼠模型，特别是内皮细胞特异性表达早老素的动脉组织 | 数字病理学 | 早衰症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-01 |
A synthetic circular RNA targeting miR-340-5p promotes optic nerve regeneration and retinal ganglion cell survival following axotomy
2026-Feb, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115527
PMID:41138896
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向miR-340-5p的合成环状RNA，能够促进视神经切断后的轴突再生和视网膜神经节细胞存活 | 首次通过计算模型筛选出调控多个再生相关基因的miR-340-5p，并设计环状RNA海绵实现多基因转录重编程 | Circ-340-5p对神经元存活的促进作用在六周后未能持续维持 | 探索通过miRNA调控促进中枢神经系统轴突再生的新策略 | 小鼠视网膜神经节细胞和背根神经节神经元 | 神经再生 | 神经损伤 | 单细胞RNA测序，计算建模，环状RNA设计 | 计算模型 | 单细胞RNA测序数据 | 雄性和雌性C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-12-01 |
Low-density lipoprotein receptor interacts with clusterin to regulate A1/A2 astrocyte polarization and ameliorate hemorrhagic brain injury
2026-Feb, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115539
PMID:41175961
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研究论文 | 本研究探讨低密度脂蛋白受体与clusterin相互作用调控星形胶质细胞A1/A2极化并改善出血性脑损伤的机制 | 首次揭示LDLR通过相互作用蛋白CLU调控星形胶质细胞极化状态，为出血性脑损伤提供新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探索LDLR对星形胶质细胞极化的影响及其分子机制 | C57BL/6J小鼠脑出血模型中的星形胶质细胞 | 神经科学 | 脑出血 | 单细胞测序, 质谱分析, 免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 小鼠脑出血模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |