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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-24
RORγt+ dendritic cells are a distinct lymphoid-derived lineage
2026-Feb-20, Science immunology IF:17.6Q1
研究论文 该研究通过谱系示踪和单细胞转录组学揭示了小鼠RORγt+树突状细胞是一种独特的淋巴来源谱系,其发育受+7kb增强子及转录因子PRDM16和PU.1调控,对维持肠道免疫耐受至关重要 首次鉴定RORγt+树突状细胞为淋巴来源的独特谱系,发现了同时产生ILC3和RORγt+DC的RORγt先天淋巴祖细胞(RILP)以及专一性前RORγt+DC前体细胞,并阐明了+7kb增强子及其调控因子REV-ERBα/β和转录因子PRDM16、PU.1在该谱系发育中的关键作用 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证RORγt+DC的对应谱系及其发育调控机制 探究耐受性树突状细胞谱系如何建立以预防对共生菌和食物抗原的不当免疫反应 小鼠肠道RORγt+树突状细胞及其骨髓前体细胞 免疫学 NA 谱系示踪,单细胞转录组学 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-09-24
Immune regulation and cellular crosstalk drive non-fibrotic lung remodeling in pre-metamorphic frogs exposed to paraquat
2026-02-18, BMC biology IF:4.4Q1
研究论文 本研究通过组织学分析、行为学实验和单细胞RNA测序,揭示了亚变态前蛙蝌蚪在百草枯暴露下发生非纤维化肺重塑的免疫调控与细胞串扰机制 首次在亚变态前两栖动物蝌蚪中揭示百草枯暴露诱导的非纤维化肺重塑程序,发现免疫介导的适应性反应涉及肺泡上皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞的氧化还原敏感转录状态,并发现Wnt/β-catenin等发育信号通路被重新激活 结论仅适用于蝌蚪阶段和短期暴露,需要进一步研究评估长期或变态后的结果 探究环境相关浓度百草枯暴露对亚变态前两栖动物蝌蚪肺部的急性响应及重塑机制 饰纹姬蛙蝌蚪 单细胞组学 肺损伤 单细胞RNA测序 NA 图像、文本、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
3 2026-09-24
Upregulation of TNFR2 Precedes TOX Expression by Exhausted T cells and Restricts Antitumor and Antiviral Immunity
2026-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 该研究揭示TNFR2上调先于耗竭T细胞中TOX的表达,并限制抗肿瘤和抗病毒免疫 发现TNFR2信号是TOX表达的上游调控因子,并提出TNFR2拮抗作为新型免疫治疗策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究调控TOX表达及T细胞从祖细胞向终末耗竭转变的因素 人类和小鼠肿瘤浸润性CD8+ T细胞、TNFR2敲除小鼠、慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎感染模型 免疫学 癌症 单细胞RNA测序、流式细胞术、批量RNA测序 NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq NA NA
4 2026-09-23
Hypoxia-activated scleraxis a mediates epicardial progenitor differentiation into a unique cardiac perivascular cell type
2026-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过单细胞转录组学、遗传谱系追踪和心脏损伤模型,揭示了转录因子Scleraxis a(Scxa)在缺氧和Hif1a信号调控下,驱动心外膜祖细胞分化为一种独特的支持血管的心脏血管周围细胞类型(Epi-PMCs) 首次鉴定出Scxa是心外膜祖细胞分化的关键调控因子;发现了一类此前未被表征的心脏血管周围细胞群体Epi-PMCs,其分子特征与经典周细胞和血管平滑肌细胞不同;揭示了缺氧-Hif1a-Scxa-Col18a1a轴驱动心外膜细胞向血管支持性命运分化的机制 研究主要基于斑马鱼模型,其在心脏结构和再生能力上与哺乳动物存在差异,Epi-PMCs在哺乳动物心脏中的存在和功能尚需进一步验证;Epi-PMCs的具体功能贡献及分子机制仍需更深入研究 探究心外膜祖细胞命运决定的分子机制,特别是鉴定调控心外膜祖细胞分化的关键转录因子及其上游信号通路 斑马鱼心外膜祖细胞、活化心外膜祖细胞(aEPCs)、心外膜来源血管周围间充质细胞(Epi-PMCs)、冠状动脉血管 单细胞转录组学、发育生物学、心血管生物学 心血管疾病、冠心病 单细胞转录组测序、遗传谱系追踪、心脏损伤模型 斑马鱼动物模型 单细胞转录组数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-09-23
Optimal transport fate mapping resolves T cell differentiation dynamics across tissues
2026-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种基于最优传输的命运映射框架,用于重建CD8 T细胞在时间和组织间的连续分化轨迹 首次将最优传输理论应用于免疫细胞命运映射,能够从静态单细胞快照中重建连续的细胞分化轨迹,并整合时间分辨标记技术识别组织新进入细胞 该研究主要基于小鼠急性病毒感染模型,尚未在人类或其他疾病模型中验证;依赖于纵向单细胞RNA-seq数据,时间分辨率受采样时间点限制 重建CD8 T细胞在急性病毒感染过程中跨组织和时间的连续分化轨迹,揭示组织驻留记忆T细胞的分化起源和调控机制 小鼠急性病毒感染模型中的CD8 T细胞 机器学习 病毒感染 单细胞RNA-seq 最优传输 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
6 2026-09-23
BARTsc identifies key transcriptional regulators from single-cell omics data
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出BARTsc计算方法,利用公共ChIP-seq数据从单细胞组学数据中推断转录调控因子 利用大规模公共ChIP-seq图谱,从单模态或双模态单细胞数据推断顺式调控图谱,识别功能性转录调控因子,不依赖共表达或基序富集 摘要中未明确提及 从单细胞组学数据中准确预测功能性转录调控因子 单细胞组学数据,包括scRNA-seq、scATAC-seq和scMultiome;小鼠皮层、人外周血单核细胞、人胰腺导管腺癌 机器学习 胰腺癌 scRNA-seq, scATAC-seq, scMultiome, ChIP-seq NA 文本、图像 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 NA NA
7 2026-09-23
Imbalance of Ciliary Programs Drives Fibroblast Differentiation and Fibrotic Signaling in Systemic Sclerosis
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章通过整合人类队列、单细胞轨迹和靶向扰动模型,揭示了系统性硬化症中纤毛程序失衡驱动成纤维细胞分化和纤维化信号传导的机制 首次发现纤毛程序动态失衡是系统性硬化症纤维化成纤维细胞活化的统一驱动因素,并证明纤毛破坏是成纤维细胞重编程的起始事件而非继发事件,提出纤毛稳定化治疗(ciliotherapy)作为抗纤维化新策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究系统性硬化症中致病性成纤维细胞向肌成纤维细胞重编程的触发机制以及维持活化肌成纤维细胞状态的机制 系统性硬化症患者的皮肤活检样本及培养的成纤维细胞 单细胞组学、转录组学 系统性硬化症 微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞轨迹分析、遗传和药理学扰动实验 单细胞轨迹映射模型 基因表达数据、图像 8个微阵列数据集和2个独立的scRNA-seq队列的皮肤活检样本 NA bulk microarray, single-cell RNA-seq NA NA
8 2026-09-23
Predictable clonal hierarchies from restricted progenitors provide a framework for cell type-specific therapies in glioblastoma
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过整合高复杂度组合DNA条形码与单细胞转录组学,在患者来源的IDH1野生型胶质母细胞瘤中实现谱系解析的祖细胞组织映射,揭示了肿瘤生长的克隆层级逻辑并指导细胞类型特异性联合治疗 首次在患者直接来源的胶质母细胞瘤中整合高复杂度组合DNA条形码与单细胞转录组学,实现谱系解析的祖细胞组织映射;发现肿瘤生长由多个非冗余祖细胞而非单一优势群体驱动;基于谱系层级框架识别不同祖细胞区室的互补药物靶点,并证明层级信息指导的联合治疗可破坏祖细胞间相互作用并重塑谱系输出 未明确说明肿瘤样本数量有限(仅9个肿瘤)是否足以代表胶质母细胞瘤的全面异质性;未提及DNA条形码技术在高复杂度克隆追踪中的潜在技术偏差;缺乏体内功能验证实验的详细描述;未讨论该框架在临床转化中的可行性和时间窗口 揭示胶质母细胞瘤中细胞谱系如何随时间组织以驱动肿瘤传播和治疗反应,建立基于克隆层级的细胞类型特异性治疗框架 患者直接来源的IDH1野生型胶质母细胞瘤样本 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞转录组学,组合DNA条形码谱系追踪 NA 单细胞转录组数据,DNA条形码谱系数据 来自9个肿瘤的235,155个恶性细胞 NA 单细胞RNA-seq,组合DNA条形码 NA NA
9 2026-09-23
Local Tumor Microenvironment Niches Correlate With Survival And Immunotherapy Response In Human Glioblastoma
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究整合空间转录组学、单细胞RNA测序和组织学数据,揭示了胶质母细胞瘤肿瘤微环境的空间异质性,并发现不同的微环境生态位与患者生存和免疫治疗反应相关 首次在人类胶质母细胞瘤中系统性地整合空间转录组学、单细胞RNA测序和组织学数据来全面刻画肿瘤微环境的空间和细胞异质性,发现六种独特的肿瘤微环境生态位类别,并揭示了生态位组成与患者生存及免疫治疗反应之间的显著关联 样本量相对有限(25个肿瘤),需要更大规模的队列研究验证;空间转录组学的分辨率限制了对单细胞水平相互作用的精确解析;免疫治疗反应分析的数据来源可能需要进一步前瞻性验证 利用空间转录组学、单细胞RNA测序和组织学方法表征胶质母细胞瘤肿瘤微环境的空间和细胞异质性,并探究肿瘤微环境组成和组织方式如何影响患者临床结局 25个胶质母细胞瘤肿瘤样本中的超过46,000个55微米宽的空间spots,以及大规模bulk RNA-seq数据集 数字病理学 脑癌 空间转录组学,单细胞RNA测序,组织学 NA 图像,文本 25个肿瘤样本,超过46,000个55微米宽的空间spots NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
10 2026-09-23
Pixel2Gene enables histology-guided reconstruction and prediction of spatial gene expression
2026-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了Pixel2Gene深度学习框架,整合组织学图像与空间转录组数据,实现组织学引导的空间基因表达重建与预测 利用常规组织学图像的可扩展性和普遍性,通过深度学习实现全组织尺度、经济高效的空间转录组分析,同时支持未测量区域和新样本的基因表达预测 摘要中未明确说明研究的具体局限性 解决当前高分辨率空间转录组平台成本高、组织覆盖有限、技术伪影导致数据噪声大、稀疏和不完整的问题,提升分析准确性、生物学解释和临床实用性 多种高分辨率空间转录组平台数据及多种组织类型和疾病背景下的临床样本 数字病理学 NA 空间转录组学,组织学成像 深度学习 图像,文本(基因表达数据) NA 10x Genomics, NanoString 空间转录组学 10x Visium HD, 10x Xenium, NanoString CosMx 10x Visium HD, 10x Xenium, NanoString CosMx 空间转录组平台
11 2026-09-21
Mapping kinase-dependent tumor immune adaptation with multiplexed single-cell CRISPR screens
2026-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过结合多重单细胞CRISPR筛选与胶质母细胞瘤(GBM)-T细胞共培养体系,系统解析了激酶依赖的肿瘤免疫适应机制,并利用深度生成模型分析扰动效应,揭示了免疫逃逸的关键模块及潜在激酶靶点 开发了整合CRISPRi/a、抗原特异性T细胞共培养与多重单细胞转录组学的高通量筛选框架,并利用深度生成模型解析CRISPR筛选数据,实现了对肿瘤免疫适应连续转录轨迹的精细剖析 摘要中未明确提及样本量及技术平台细节,且研究局限于GBM的体外模型,体内验证及临床转化潜力尚待进一步评估 绘制肿瘤内在激酶调控T细胞免疫压力的图谱,系统解析免疫逃逸与生存机制 胶质母细胞瘤(GBM)细胞与NY-ESO-1抗原特异性同种异体T细胞的共培养体系 单细胞组学 胶质母细胞瘤 CRISPR干扰/激活(CRISPRi/a)筛选、单细胞转录组测序、化学筛选 深度生成模型 单细胞转录组数据、CRISPR筛选数据 NA NA 单细胞RNA测序、CRISPR筛选 NA NA
12 2026-09-21
Souporcell3: robust demultiplexing for high-donor single-cell RNA-seq datasets
2026-02-28, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出Souporcell3,一种用于高供体单细胞RNA-seq数据解复用(demultiplexing)的增强方法,可处理多达64个供体 使用10× merge进行初始化,K-Harmonic Means进行稳健聚类,并通过迭代优化重新初始化低质量簇并锁定高质量簇,完全消除了错误合并的簇,在不同双细胞率下保持高调整兰德指数(ARI) 摘要中未明确提及限制 解决高供体数量下单细胞RNA-seq数据解复用的准确性和可扩展性问题 混合的单细胞RNA-seq数据,来自多个供体(最多64个) 机器学习 NA 单细胞RNA-seq K-Harmonic Means聚类 文本(基因表达数据) NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium NA
13 2026-09-21
A Multi-Omics and machine learning platelet-related prognostic signature in multiple myeloma
2026-Feb-28, Annals of hematology IF:3.0Q2
研究论文 该研究结合血小板活化的临床评估与多发性骨髓瘤细胞系共培养实验,并通过批量及单细胞转录组数据的多组学分析,构建了一个13基因的血小板相关预后模型,用于多发性骨髓瘤的风险分层。 首次系统性地将血小板功能与多发性骨髓瘤进展相关联,利用单细胞RNA测序发现异常的红系-巨核细胞成分及功能失调的血小板活性,并通过116种算法的综合生物信息学筛选,确定了前向逐步Cox回归与Ridge回归联合模型作为最优模型,建立了13基因血小板相关预后标志。 摘要中未明确提及研究的局限性。 评估血小板在多发性骨髓瘤中的功能,验证血小板相关基因(PRGs)在多发性骨髓瘤患者中的预后价值,为多发性骨髓瘤的诊疗开发提供新思路。 多发性骨髓瘤患者及多发性骨髓瘤细胞系(RPMI8226、MM.1S)。 机器学习 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序,批量RNA测序 前向逐步Cox回归,Ridge回归 基因表达数据,临床数据 多个公共数据集(GSE124310、GSE6477、TCGA-MM数据、GSE4581、GSE24080、GSE136337)中的多发性骨髓瘤样本,具体样本量未在摘要中明确说明。 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
14 2026-09-21
Atherosclerotic Fibrous Plaques in Women Present ECM Remodeling Linked to TGF-β
2026-Feb-27, Circulation research IF:16.5Q1
研究论文 该研究通过对颈动脉内膜剥脱术患者的纤维性动脉粥样硬化斑块进行组织学、蛋白质组、转录组、单细胞转录组和DNA甲基化分析,揭示了女性和男性纤维斑块在分子和细胞机制上的差异 首次系统性地揭示了女性和男性终末期纤维性动脉粥样硬化斑块在临床和分子特征上的差异,发现女性纤维斑块以平滑肌细胞驱动的ECM重塑、TGF-β反应和内皮-间质转化为特征,而男性斑块则与巨噬细胞介导的炎症相关,并通过实验验证了TGF-β诱导的内皮-间质转化和ECM重塑可被SMAD3抑制部分逆转 摘要中未明确提及研究的局限性 探究组织学确定的纤维性斑块在男性和女性之间的分子驱动机制是否存在差异,并从分子角度理解斑块侵蚀的机制,为动脉粥样硬化治疗提供靶点 来自Athero-Express生物库的颈动脉内膜剥脱术患者的终末期动脉粥样硬化斑块,包括1889个斑块(1309个男性和580个女性) 数字病理学 心血管疾病 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, DNA methylation sequencing, spatial transcriptomics NA image, text 1889个动脉粥样硬化斑块(1309个男性和580个女性),其中纤维性斑块患者对比动脉粥样斑块患者(n=494) NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, DNA methylation sequencing, spatial transcriptomics NA NA
15 2026-09-21
Circulating tumor cells in myeloma are a compound biomarker for bone marrow high-risk genomic alterations and tumor load
2026-Feb-26, Blood IF:21.0Q1
研究论文 该研究通过单细胞转录组学和全基因组测序分析新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本,揭示循环肿瘤细胞是骨髓高危基因组改变和肿瘤负荷的复合生物标志物 首次在单克隆水平上证明CTC与配对骨髓细胞转录组相似,无独特循环群体;发现高CTC水平患者骨髓瘤细胞增殖增加且原发性遗传事件不平衡;建立了预测遗传改变和肿瘤负荷对CTC水平影响的模型 摘要中未明确提及研究局限性 探究CTC相关病理生物学是否由特定CTC亚群驱动,以及异质性基因组事件对CTC水平的影响 新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本,以及Multiple Myeloma Research Foundation CoMMpass数据集 digital pathology 多发性骨髓瘤 single-cell transcriptomics, whole-genome sequencing, whole-exome sequencing, bulk RNA sequencing NA 图像, 文本 NA NA single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
16 2026-09-21
A non-canonical role of Myc in programming basal cells as sentinels of upper airway immunity during influenza infection
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用小鼠模型、成像和单细胞转录组学,揭示了甲型流感病毒感染上呼吸道后,基底细胞通过MYC依赖的CXCL10-CXCR3轴协调黏膜修复并招募CD8 NKT样效应细胞的机制 首次发现Myc在KRT5基底祖细胞中发挥非经典作用,即程序化基底细胞作为上气道免疫哨兵,通过MYC依赖的CXCL10-CXCR3轴协调急性修复并招募细胞毒性效应细胞;同时发现了一种此前未被识别的上皮内CD8 NKT样效应细胞群体 研究基于小鼠模型,其结论在人类上呼吸道感染中的适用性仍需进一步验证;对上气道区域特异性损伤与修复机制的下游信号通路解析可能尚不全面 解析甲型流感病毒感染引起上呼吸道(喉气管区域)损伤与修复的区域特异性机制,特别是基底细胞在黏膜恢复和免疫招募中的作用 甲型流感病毒感染的小鼠上呼吸道(声门下和气管假复层上皮) 单细胞转录组学 流感病毒感染 单细胞转录组测序、成像、小鼠模型 NA 图像、文本(转录组数据) NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
17 2026-09-21
MANTIS: Analytics toolkit for spatial metabolomics with matching spatial transcriptomics data
2026-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出MANTIS,一个用于联合分析空间代谢组学和空间转录组学数据的统计框架,能够发现代谢物空间模式和基因-代谢物关系 首次将空间代谢组学、空间转录组学、细胞类型信息和空间域统一在单一框架中,强调空间统计、假设检验和混杂因素校正;采用保留自相关的置换策略评估统计显著性;引入空间互相关和空间偏相关统计量量化基因-代谢物关联 未明确说明 开发计算工具以分析配准的空间代谢组学和空间转录组学数据,揭示代谢物空间模式和基因-代谢物关系 空间代谢组学和空间转录组学数据 空间组学分析 NA 空间代谢组学, 空间转录组学 NA 空间代谢组学数据, 空间转录组学数据 NA NA NA NA NA
18 2026-09-21
Specific depletion of TIGIThigh CD226- clonally expanded intratumoral Tregs defines safe and effective TIGIT targeting
2026-Feb-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 该研究通过多组学分析揭示了TIGIThigh CD226-克隆扩增的瘤内调节性T细胞是限制TIGIT阻断疗效的主要障碍,并证明具有增强ADCC活性的抗TIGIT抗体可特异性清除该Treg亚群,从而显著提升抗肿瘤疗效 首次鉴定出TIGIThigh CD226-克隆扩增的瘤内Tregs是限制TIGIT阻断疗效的关键障碍,并提出通过αTIGIT-IgG1-ADCC特异性清除该Treg亚群来解除对干性CD4+ T细胞的抑制,进而促进Th1分化并增强CD8+ T细胞功能 摘要中未明确提及研究局限性 探索提高抗TIGIT免疫治疗抗肿瘤活性的新策略,克服当前TIGIT阻断临床疗效不足的问题 人源化TIGIT敲入小鼠(Tigith/h、Tigith/m)MC38肿瘤模型、非小细胞肺癌患者肿瘤浸润淋巴细胞及临床样本 肿瘤免疫学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序、bulk RNA-seq、流式细胞术、生物膜干涉技术 NA 基因表达数据、TCR序列数据、流式细胞数据 NA NA single-cell RNA-seq, single-cell TCR-seq, bulk RNA-seq NA NA
19 2026-09-21
Singe cell RNA sequencing data processing using cloud-based serverless computing
2026-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种利用无服务器云计算加速单细胞RNA测序数据处理的通用方法 使用可快速部署的云无服务器函数构建按需“超级计算机”作为自动配置的计算单元,以优化scRNA-seq工作流 未明确说明 利用无服务器云计算加速计算密集型的单细胞RNA测序工作流 外周血单核细胞(PBMC)数据集以及NIH MorPhiC项目生成的人类scRNA-seq数据集 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 文本 两个公开PBMC数据集,以及一个450 GB的人类scRNA-seq数据集(涵盖86个细胞系) NA 单细胞RNA测序 NA NA
20 2026-09-21
Reconstructing multi-scale tissue spatial architecture from single-cell RNA-seq with REMAP
2026-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了REMAP,一个深度学习框架,整合基因表达与邻域级基因-基因协方差,利用一个或多个空间转录组参考数据重建单细胞RNA-seq数据的多尺度空间组织结构 利用邻域级基因-基因协方差整合基因表达信息,实现从scRNA-seq数据重建多尺度空间组织结构,可同时利用一个或多个ST参考数据,在2D和3D多种组织及七种人类癌症类型中均优于现有方法 依赖空间转录组参考数据,ST数据的成本和基因覆盖度限制可能影响重建效果 从单细胞RNA-seq数据重建多尺度组织空间结构,将经济高效的单细胞数据集转化为空间可解释的组织图谱 2D和3D小鼠大脑、人类胎儿皮层、七种人类癌症类型、人类多发性硬化症图谱 机器学习 多发性硬化症, 癌症 scRNA-seq, 空间转录组学 深度学习 基因表达数据, 图像 NA NA single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics NA NA
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