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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1961 | 2026-08-31 |
Histopathology and spatial transcriptomics jointly map myofiber-specific pathological programs in mTORC1-driven myopathy
2026-Aug-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.203167
PMID:42623145
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研究论文 | 本研究结合组织病理学和高分辨率空间转录组学技术,绘制了mTORC1驱动肌病中肌纤维特异性病理程序图谱 | 首次将高分辨率Seq-Scope空间转录组学与组织病理学相结合,在单纤维分辨率下关联组织病理特征与分子状态 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全代表人类肌病;仅分析了EDL和SOL两种肌肉,覆盖范围有限 | 阐明mTORC1过度活化诱导的肌病中,不同肌纤维类型特异性病理程序的分子机制 | 小鼠伸趾长肌(EDL)和比目鱼肌(SOL)的肌纤维及非肌细胞群 | 空间转录组学, 组织病理学 | 肌病 | 空间转录组学(Seq-Scope) | NA | 空间转录组数据, 组织病理图像 | 未明确样本数量,使用小鼠模型,包含EDL和SOL肌肉组织切片 | NA | 空间转录组学 | Seq-Scope | 高分辨率Seq-Scope技术 |
| 1962 | 2026-08-31 |
Evolution of SPP1+ cavity macrophage-mediated immunotherapy resistance in peritoneal metastasis of colorectal cancer
2026-Aug-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102930
PMID:42462726
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析,揭示了SPP1+腹腔巨噬细胞在结直肠癌腹膜转移中对免疫治疗耐药性的驱动作用及其机制。 | 首次识别SPP1+腹腔巨噬细胞作为CD8 T细胞功能障碍的驱动因素,阐明SPP1通过PPARγ激活和脂质摄取维持M2样表型的免疫代谢机制,并提出SPP1抑制作为克服免疫治疗耐药的新策略。 | 样本量有限(20例患者进行单细胞测序,36例进行蛋白质组学),且研究主要基于体外和小鼠模型,临床验证尚需进一步开展。 | 探索结直肠癌腹膜转移伴恶性腹水中免疫治疗耐药性的免疫代谢基础。 | 结直肠癌腹膜转移患者的腹水免疫细胞。 | 单细胞转录组学、免疫代谢 | 结直肠癌腹膜转移 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 20例患者(单细胞测序)和36例患者(蛋白质组学) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1963 | 2026-08-31 |
EGFR inhibition promotes functional engraftment and graft survival via donor-derived CHI3L1 in fetal RPE suspension transplantation
2026-Aug-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102963
PMID:42546699
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和空间转录组分析,发现EGFR抑制可促进胎儿RPE悬浮移植物的功能整合和存活,并通过CHI3L1信号通路恢复血视网膜屏障功能 | 首次发现EGFR表达是胎儿RPE细胞功能整合的障碍,并证明EGFR抑制剂通过激活CHI3L1-IL13RA2信号通路促进移植物再上皮化及免疫抑制,从而延长移植物存活,为临床转化提供了新策略 | 研究主要基于临床前视网膜变性模型,未涉及人类临床试验验证,且对EGFRi长期安全性和免疫调节机制仍需深入探索 | 探索提高胎儿RPE悬浮移植效率的策略,促进其临床转化 | 胎儿RPE细胞及其移植后的整合和存活机制 | 数字病理学 | 视网膜变性 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、多模态影像数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 和 10x Visium 空间转录组平台 |
| 1964 | 2026-08-31 |
Astrocytic HSP90AA1 Upregulation and Altered Synaptic Signaling in Parkinson's Disease: Transcriptomic Screening and In Vivo Validation
2026-Aug-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27167140
PMID:42653145
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研究论文 | 本研究通过转录组筛选和体内验证,发现星形胶质细胞中HSP90AA1上调与帕金森病中突触信号改变相关。 | 首次将帕金森病与炎症性肠病的共享基因特征结合,识别出HSP90AA1作为应激反应中枢基因,并通过单细胞测序和细胞通讯分析揭示其在星形胶质细胞中的潜在调控机制。 | 研究主要基于转录组数据和MPTP小鼠模型,未进行更深入的实验验证或临床样本验证。 | 探讨帕金森病与肠道炎症之间的分子联系,识别保守的应激反应分子并评估其在脑病理中的相关性。 | 帕金森病患者外周血转录组、脑组织转录组数据、黑质单细胞数据、以及MPTP诱导的PD小鼠模型。 | 神经科学 | 帕金森病 | RNA-seq 和单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、CellChat、免疫荧光 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像(免疫荧光) | 未明确提供样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1965 | 2026-08-31 |
MASLD: Spatial Mechanisms and New Therapeutics
2026-Aug-03, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16081129
PMID:42650797
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综述 | 本文综述了代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)的空间机制,探讨了肝小叶带状结构在疾病进展中的作用,并讨论了新疗法。 | 强调MASLD/MASH作为空间组织性疾病的概念,整合空间转录组学等多组学技术揭示肝小叶内区域特异性机制,并比较成人与儿童疾病的差异。 | 缺乏对儿科MASLD的机制研究,且空间技术应用仍有限,需要更多整合研究。 | 探讨肝带状结构与MASLD/MASH进展的关系,并评估新治疗策略。 | MASLD和MASH患者,包括成人和儿童。 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 空间转录组学、脂质组学、蛋白质组学、多重成像 | 不适用 | 空间转录组数据、脂质组学数据、蛋白质组学数据、多重成像数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 1966 | 2026-08-31 |
ARCADIA reveals spatially dependent transcriptional programs through integration of scRNA-seq and spatial proteomics
2026-Aug-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag454
PMID:42635210
|
研究论文 | 介绍ARCADIA,一种整合scRNA-seq与空间蛋白质组学的生成框架,无需细胞条形码配对或特征对应,通过原型比对和双变分自编码器揭示空间依赖的转录程序 | 提出无需条形码配对或特征对应关系的跨模态整合方法,利用模态特异性原型比对和交叉模态几何正则化训练双VAE,实现双向翻译并保留空间邻域信息 | 未提及具体局限,但可能依赖原型假设和模态间细胞类型组成的相似性,且在复杂组织或大规模数据上计算效率待验证 | 整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组数据,揭示空间微环境对细胞转录程序的影响 | 人类扁桃体组织中的B细胞和T细胞,以及半合成CITE-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学(CODEX) | 变分自编码器(VAE) | 基因表达数据、蛋白质表达数据(空间) | 半合成CITE-seq数据和人类扁桃体样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq、空间蛋白质组学(CODEX) | NA | NA |
| 1967 | 2026-08-31 |
Curcumin in ischemia-reperfusion injury across multiple organs: A review
2026-Aug, The Journal of international medical research
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/03000605261480957
PMID:42657791
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综述 | 系统总结姜黄素在多个器官缺血再灌注损伤中的保护作用及分子机制,并讨论其临床转化障碍与未来研究方向 | 整合姜黄素在心脏、肝脏、肾脏、肺、脑、脊髓和肠道等多器官缺血再灌注损伤中的保护机制,提出结合纳米载体递送系统和空间转录组学的新策略 | 缺乏定量荟萃分析,未涵盖临床试验数据,且未深入探讨不同器官损伤的异质性 | 综述姜黄素对多器官缺血再灌注损伤的保护效果及其分子机制,并探讨临床转化前景 | 姜黄素及其在心脏、肝脏、肾脏、肺、脑、脊髓和肠道等器官缺血再灌注损伤中的应用 | 临床医学 | 缺血再灌注损伤 | NA | NA | 文献综述 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1968 | 2026-08-31 |
A systematic evaluation of the sources of non-uniform coverage in RNA-Seq and limitations of current practices
2026-Jul-29, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.080852.125
PMID:42527318
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research paper | 系统评估RNA-Seq中非均匀覆盖的来源,并指出现有实践的局限性 | 通过系统性评估多种潜在因素,证明没有任何单一因素能解释RNA-Seq覆盖非均匀性,并揭示覆盖与PCR的关联更依赖于分子丰度而非PCR循环数 | 未能找到显著改善覆盖均匀性的方法,且研究仅限于特定数据集和实验条件 | 阐明RNA-Seq中非均匀覆盖的成因,并评估常见实验方法对均匀性的影响 | RNA-Seq数据中的转录本覆盖非均匀性现象 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据集,包括已有数据集和新型生成的数据集,但具体样本数未在摘要中说明 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1969 | 2026-08-31 |
Graph-Based Multi-Omics Integration Reveals Prognostic Histone Modification Reader Genes and Candidate Drug Targets in Colorectal Cancer
2026-07-23, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17080848
PMID:42650041
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研究论文 | 本文整合多组学数据与图注意力网络,筛选结直肠癌中与预后相关的组蛋白修饰阅读器基因,并构建了包含四个核心基因的预后特征及表观遗传免疫调控网络 | 首次将图注意力网络应用于多组学整合分析,系统筛选结直肠癌中预后相关的组蛋白修饰阅读器基因,并揭示其协同免疫网络及亚型异质性 | 研究基于回顾性公共数据集,缺乏前瞻性验证;分子对接等分析仅为计算预测,需实验验证 | 识别结直肠癌中具有预后价值的组蛋白修饰阅读器基因,并探索其作为免疫治疗靶点的潜力 | 结直肠癌肿瘤样本中的组蛋白修饰阅读器基因表达及免疫相关数据 | 机器学习、数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学整合、单细胞RNA测序、分子对接、图注意力网络 | 图注意力网络 | 基因组、转录组、表观遗传、单细胞表达、蛋白质结构数据 | 多个公共数据集,包括结直肠癌患者样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1970 | 2026-08-31 |
Beyond the ischemic brain: Expanding single-cell transcriptomics in stroke research to extracentral nervous system systems, biological contexts, and poststroke complications
2026 Jul-Sep, Brain circulation
IF:2.3Q3
DOI:10.4103/bc.bc_130_26
PMID:42667045
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1971 | 2026-08-31 |
MAPK-driven glioma progression and reprogramming of the tumor-associated immune response
2026-Jun-30, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag147
PMID:42377256
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研究论文 | 本研究利用多组学方法,包括单核RNA测序、空间转录组学和空间蛋白质组学,分析MAPK驱动的胶质瘤(多形性黄色星形细胞瘤)进展过程中肿瘤免疫微环境的动态变化。 | 首次利用疾病轨迹(从低级别免疫丰富肿瘤进展为侵袭性胶质瘤)结合多组学方法,揭示缺氧和趋化因子信号在胶质瘤免疫景观重编程中的关键作用。 | 未明确提及,但可能受限于样本量较小(38个肿瘤)及纵向配对样本数量有限(10对)。 | 识别调节胶质瘤免疫景观的因素,并探讨肿瘤进展过程中免疫微环境的变化及潜在治疗机会。 | 多形性黄色星形细胞瘤(PXA)肿瘤样本,包括10对纵向配对样本。 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单核RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、蛋白质组数据 | 38个肿瘤样本(包括10对纵向配对样本) | NA | 单核RNA测序、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1972 | 2026-08-31 |
ClusterGVis: An Advanced Visualization and Clustering Tool for Gene Expression Analysis
2026-Jun-26, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag005
PMID:41569346
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研究论文 | 介绍ClusterGVis,一个用于基因表达数据分析和可视化的生物信息学软件,支持模糊c均值和k均值聚类及热图可视化。 | 提供用户友好的界面,整合模糊c均值和k均值聚类算法,并集成热图可视化功能,以简化基因表达数据分析和可视化流程。 | 摘要中未提及具体局限性。 | 开发一个高级生物信息学工具,以简化和增强基因表达数据的聚类与可视化分析。 | 转录组数据,包括单细胞RNA测序和批量RNA测序数据。 | 生物信息学 | 不适用 | RNA测序(单细胞和批量) | 模糊c均值、k均值聚类 | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 |
| 1973 | 2026-08-31 |
Spatial transcriptome mapping identifies Ppara-Anxa2 cross-talk in microplastic-induced hepatotoxicity
2026-Jun-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec8681
PMID:42308314
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研究论文 | 结合整体和空间转录组分析,研究微塑料(聚乙烯)对肝脏毒性中Ppara-Anxa2相互作用的分子机制 | 首次通过空间转录组学揭示微塑料暴露下肝脏细胞类型异质性和空间表达模式,并确定核受体Ppara通过增强子和启动子结合调控Anxa2的相互作用轴 | 未提供明确的局限性信息 | 阐明聚乙烯微塑料暴露对肝脏稳态破坏的分子机制,并评估空间转录组学在环境健康影响研究中的价值 | 小鼠肝脏组织(标准饮食或MASH诱导饮食) | 空间转录组学 | 肝脏毒性 | 空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | 转录组数据(空间和整体) | 小鼠肝脏样本(具体数量未提供) | NA | 空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1974 | 2026-08-31 |
Unveiling a unique microglial phenotype promoting oxidation in the iBRB: insights from single-cell transcriptomics in the NPDR rat model
2026-Jun-19, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01613-z
PMID:42321944
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示非增殖性糖尿病视网膜病变大鼠模型中内血视网膜屏障内一种促进氧化损伤的独特小胶质细胞表型 | 首次在NPDR大鼠模型的内血视网膜屏障微环境中鉴定出一种高表达Spp1的新型小胶质细胞亚型,该亚型具有高分化潜力并在病变后显著上调,为靶向治疗提供新见解 | 未明确提及局限性 | 探究NPDR中iBRB微环境的细胞异质性和早期损伤机制 | Zucker糖尿病肥胖大鼠的视网膜组织及iBRB微环境中的小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像(电镜、免疫荧光、组织学) | 36821个细胞,来自NPDR大鼠和正常大鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1975 | 2026-08-31 |
Evolution of artificial intelligence in breast cancer pathology: a bibliometric analysis
2026-Jun-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05388-0
PMID:42313316
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研究论文 | 对乳腺癌病理学中人工智能应用的文献进行文献计量学分析,以描绘研究格局、识别关键趋势并突出新兴方向 | 结合文献计量学工具(VOSviewer、CiteSpace)与BERTopic主题建模,识别出14个研究主题,并揭示从单一模态图像分析向多模态“病理组学”和跨学科领域的转变 | 仅依赖Web of Science数据库,可能遗漏其他来源的文献;文献计量分析本身受限于已发表文献的质量和覆盖范围 | 对乳腺癌病理学中人工智能的文献进行计量学分析,以绘制研究格局、识别趋势并指出未来方向 | 2011年至2025年间Web of Science数据库中关于乳腺癌病理学人工智能的1089篇相关出版物 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 文献计量分析、主题建模 | BERTopic | 文本(文献摘要和元数据) | 1089篇出版物 | NA | NA | NA | NA |
| 1976 | 2026-08-31 |
A causal reinforcement learning framework for reliable gene regulatory network inference
2026-Jun-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06511-2
PMID:42316003
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研究论文 | 提出了一种基于因果强化学习的基因调控网络推断方法,以提高推断准确性、结构稀疏性和生物学合理性 | 将因果推断与强化学习相结合,实现大规模基因调控网络的全局优化,增强结构可解释性和因果合理性 | 未明确提及局限性,可能涉及对超参数敏感或计算资源需求较高 | 开发一种能准确识别基因间因果关系且结构可解释的基因调控网络推断方法,适用于大规模基因表达数据 | 基因调控网络,基于DREAM5数据集和BEELINE的六种细胞类型的单细胞RNA测序数据 | 机器学习和系统生物学 | NA | 因果强化学习 | 强化学习模型(未指定具体如DQN、PPO等,故为通用强化学习) | 基因表达数据(单细胞RNA测序数据和微阵列数据) | DREAM5数据集和六种细胞类型的scRNA-seq数据集(具体样本数未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1977 | 2026-08-31 |
Pan-cancer and single-cell analysis identifies MAGI2-AS3 as an immune regulator and prognostic biomarker with a focus on colorectal cancer
2026-Jun-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05447-6
PMID:42310233
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研究论文 | 通过泛癌和单细胞分析,识别MAGI2-AS3作为免疫调节因子和预后生物标志物,重点关注其在结直肠癌中的作用 | 首次在泛癌水平结合单细胞RNA-seq数据,揭示MAGI2-AS3在结直肠癌中的基质和髓系细胞富集模式,并发现其高表达与免疫抑制微环境和免疫检查点阻断疗效降低相关,具有诊断和预后双重价值 | MAGI2-AS3的机制研究仍需进一步实验验证,且泛癌分析中样本异质性可能影响结论的普适性 | 评估MAGI2-AS3在多种癌症中的表达模式和临床意义,并深入探讨其在结直肠癌中的免疫调节和预后作用 | 多种癌症组织样本及结直肠癌配对组织,包括10对CRC组织用于RT-qPCR验证 | 生物信息学、癌症基因组学 | 结直肠癌及其他多种癌症 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、RT-qPCR | Cox回归模型、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据、临床数据、单细胞转录组数据 | TCGA和GTEx中的多种癌症样本,以及10对结直肠癌组织 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1978 | 2026-08-31 |
SP-printer: reconstruction of tumor stage-specific microenvironments via phenotype-integrated spatial transcriptomics
2026-06-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08425-2
PMID:42310765
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研究论文 | 提出SP-printer方法,整合表型与空间数据,重建肿瘤阶段特异性微环境 | 首次将表型指数(如恶性状态)整合到空间转录组分析中,通过S-score策略和增强映射,实现像素级阶段特异性恶性水平量化 | 未明确提及局限性 | 开发统一框架,提高肿瘤微环境分析的精度,支持临床决策 | 肿瘤组织样本,包括原发性肝癌和肝转移 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组测序、批量RNA测序 | S-score策略、信息增强映射 | 空间转录组数据、批量RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 空间转录组学、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1979 | 2026-08-31 |
Construction of a diagnostic model for nasopharyngeal carcinoma using a consensus machine learning approach and study of immune infiltration characteristics
2026-Jun-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05443-w
PMID:42303913
|
研究论文 | 本研究利用共识机器学习方法构建了鼻咽癌的诊断模型,并探讨了免疫浸润特征。 | 结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和WGCNA分析,采用四种机器学习算法筛选核心基因,开发了高精度的四基因诊断模型,并构建了交互式网页应用。 | 未提及。 | 构建可靠的鼻咽癌诊断生物标志物模型,并研究其免疫浸润特征。 | 鼻咽癌组织和对照组织的单细胞及批量转录组数据。 | 机器学习 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 机器学习算法(LASSO, SVM-RFE, Boruta, XGBoost) | 基因表达数据 | 67,535个细胞(来自鼻咽癌和对照组织) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1980 | 2026-08-31 |
CXCL9/SPP1-polarized tumor-associated macrophages exert dual roles in regulating anti-tumor immunity in lung adenocarcinoma
2026-Jun-16, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04456-2
PMID:42301510
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了CXCL9/SPP1极性在肺腺癌肿瘤相关巨噬细胞中的双重作用及其调控机制,为免疫治疗提供新靶点 | 首次阐明CS极性(CXCL9/SPP1互斥表达)通过p38/MAPK-MEF2C-HPGDS轴调控TAM极化及其抗肿瘤功能,并直接验证了MEF2C对HPGDS启动子的转录调控 | 研究主要基于体外细胞模型和裸鼠皮下移植瘤模型,可能无法完全模拟人类肺腺癌微环境的复杂性;临床样本验证有限 | 定义CXCL9/SPP1极性的分子基础及其在肺腺癌进展中的作用,为基于巨噬细胞重编程的免疫治疗提供理论依据 | 肺腺癌细胞系(THP-1细胞和LUAD细胞)和肺腺癌组织样本,以及裸鼠皮下移植瘤模型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 无特定模型 | 基因表达数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |