单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 5229 篇文献，本页显示第 1961 - 1980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1961 | 2026-04-13 |
Spatial and cellular composition of lung fibrosis induced by multi-walled carbon nanotubes
2026-Mar-04, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04135-5
PMID:41782027
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探究了多壁碳纳米管暴露如何通过Slamf7介导的巨噬细胞超活化诱导肺纤维化，并揭示了其对肠道稳态的影响 | 首次整合空间转录组学、代谢组学和微生物组学，系统揭示了吸入多壁碳纳米管通过Slamf7-Slamf7相互作用驱动巨噬细胞超活化的分子机制，为中医肺-肠相关理论提供了现代生物学证据 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证；机制研究主要集中于巨噬细胞，其他免疫细胞的作用可能未完全阐明 | 探究多壁碳纳米管暴露对肺免疫反应和肠道稳态的影响机制 | 小鼠肺组织和肠道组织 | 空间转录组学 | 肺纤维化 | 空间转录组学, mRNA-seq, 代谢组学, 16S rRNA微生物组分析, 体外验证 | NA | 空间转录组数据, RNA-seq数据, 代谢组数据, 微生物组数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序, 代谢组学, 微生物组分析 | NA | NA |
| 1962 | 2026-04-13 |
iAODE for benchmarking and continuum modeling of single-cell chromatin accessibility
2026-Mar-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09768-8
PMID:41775921
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研究论文 | 本文介绍了一种名为iAODE的变分自编码器，用于单细胞染色质可及性数据的基准测试和连续建模，以学习生成性、时间连续的潜在空间 | iAODE结合了零膨胀负二项似然、潜在神经ODE、低权重KL正则化和可解释重构瓶颈，首次在模型中编码时间连续性并提供针对性度量标准 | NA | 开发一种用于单细胞染色质可及性数据维度降维和轨迹分析的方法，以优化连续发育轨迹的建模 | 单细胞染色质可及性数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | 变分自编码器, 神经ODE | 单细胞测序数据 | 248个scATAC-seq数据集和123个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1963 | 2026-04-13 |
Pharmacological stabilization of hypoxia-inducible factor 1-α dampens the interferon response and promotes glycolysis in Aicardi-Goutières syndrome
2026-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69979-9
PMID:41776196
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和靶向代谢组学分析Aicardi-Goutières综合征患者外周血样本，揭示HIF-1α表达缺失导致代谢转换，并通过药物稳定HIF-1α逆转代谢异常并减轻炎症反应 | 首次在Aicardi-Goutières综合征中结合单细胞转录组学与代谢组学，识别HIF-1α介导的代谢转换机制，并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于体外细胞模型，缺乏体内实验验证；样本量可能有限，且未涵盖所有AGS突变类型 | 探究Aicardi-Goutières综合征中代谢异常与慢性炎症的关联，并评估靶向HIF-1α的治疗策略 | 携带ADAR1、RNASEH2B或SAMHD1突变的Aicardi-Goutières综合征患者外周血样本及体外细胞模型 | 单细胞组学 | 遗传性自身免疫性疾病 | 单细胞转录组学，靶向代谢组学，机器学习，差异基因表达分析 | 机器学习方法 | 单细胞RNA-seq数据，代谢物数据 | AGS患者外周血样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1964 | 2026-04-13 |
Epitope-spanning antigenic variation reprograms immunodominance and broadens immunity in sequential influenza vaccination
2026-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70202-y
PMID:41771913
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研究论文 | 本研究探讨了通过靶向改变流感疫苗中的多个血凝素头部位点来重塑表位层级，从而增强免疫应答的广度和保护效果 | 提出“表位层级重塑”概念，通过靶向抗原变异重编程免疫优势，引导回忆应答转向保守表位，并首次在雪貂模型中验证其对中和抗体诱导、交叉保护及病毒脱落的改善作用 | 研究基于雪貂模型，其在人类中的直接适用性需进一步验证；且主要针对A(H3N2)流感病毒，对其他快速进化病毒的普适性有待探索 | 研究如何通过靶向抗原变异克服免疫印记限制，以增强流感疫苗的广谱性和持久性保护 | A(H3N2)流感病毒的血凝素（HA）蛋白及其在雪貂模型中的免疫应答 | 免疫学 | 流感 | 表位作图、结构分析、单细胞转录组学、ELISpot检测 | NA | 生物分子数据、转录组数据、免疫学数据 | 雪貂模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | NA | NA | NA |
| 1965 | 2026-04-13 |
M[Formula: see text]DGAT: Multi-view multi-scale dynamic graph attention network(GAT) based prediction of Parkinson's disease(PD) progression using whole-blood RNA sequencing data
2026-Mar-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40636-x
PMID:41771960
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研究论文 | 本文提出了一种基于全血RNA测序数据的多视图多尺度动态图注意力网络（M[Formula: see text]DGAT），用于预测帕金森病的疾病进展轨迹 | 该方法整合了时空视图，通过计数草图双线性融合策略构建联合视图表示，并利用动态图注意力网络（DGAT）作为主干，相比静态图能更好地编码疾病进展的动态信息 | 仅基于全血RNA测序数据，可能未充分利用其他生物标志物或临床信息；方法在复杂人脑疾病分析中的通用性有待进一步验证 | 预测帕金森病（PD）等神经退行性疾病的疾病进展轨迹 | 人类全血样本的RNA测序数据 | 机器学习 | 帕金森病 | RNA测序 | 动态图注意力网络（DGAT） | RNA测序数据 | PPMI和PDBP队列的样本（具体数量未在摘要中提供） | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 1966 | 2026-04-13 |
A benchmark of semi-supervised scRNA-seq integration methods in real-world scenarios
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014008
PMID:41838767
|
研究论文 | 本文系统性地比较了半监督与无监督单细胞RNA-seq整合方法在真实世界场景下的性能 | 首次在真实条件下系统性地基准测试半监督单细胞RNA-seq整合方法，并考虑了多种不完美标签场景 | 研究仅基于六个数据集，且半监督方法在标签质量不确定时优势有限 | 评估半监督单细胞RNA-seq整合方法在真实世界场景中的性能和鲁棒性 | 单细胞RNA-seq数据整合方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | scANVI, ssSTACAS | 单细胞RNA-seq数据 | 六个多样化数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1967 | 2026-04-13 |
Role of CTGF-LRP1 in impaired healing of cesarean section incisions
2026-Feb-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69747-9
PMID:41764198
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了剖宫产切口愈合不良（niche）的细胞微环境，揭示了LRP1缺陷在成纤维细胞中的作用及其与细胞外基质合成减少的关联 | 首次在单细胞水平上剖析了剖宫产切口愈合不良的微环境，并确定了LRP1缺陷在成纤维细胞中的关键作用，以及CTGF-LRP1轴通过ERK和WNT信号通路影响愈合的机制 | 研究样本量相对有限，且主要基于观察性数据和动物模型，需要进一步临床验证 | 探究剖宫产切口愈合不良（niche）的发病机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 剖宫产切口愈合不良（niche）组织、邻近子宫肌层组织以及愈合良好的剖宫产瘢痕组织 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 135,793个单细胞（来自48,587个邻近组织细胞、47,653个对照组细胞和39,553个niche组织细胞），以及60个组织样本（30个非愈合组和30个愈合组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1968 | 2026-04-13 |
BrainConnect: processing brain connectivity and spatial transcriptomics data for integrative analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag120
PMID:41808453
|
研究论文 | 开发了一个名为BrainConnect的软件，用于处理小鼠大脑连接数据和空间转录组学数据，以进行整合分析并预测连接强度 | 首次提出一个方法，将不同类型的大脑连接数据与空间转录组学数据在一致的大脑区域格式下处理，利用LSTM网络从空间转录组学预测连接强度，并识别潜在的重要基因 | 方法目前仅应用于小鼠大脑数据，未在其他物种或更广泛的数据集上验证 | 整合大脑连接数据和空间转录组学数据，以预测和理解大脑连接性及其分子基础 | 小鼠大脑连接数据和空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | LSTM | 空间转录组学数据和大脑连接数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1969 | 2026-04-13 |
Reconstructing single-cell resolution from spatial transcriptomics with CellRefiner
2026-Feb-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70090-2
PMID:41760664
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CellRefiner的物理模型方法，通过整合单细胞数据集与配对的空间数据集，在空间数据中重建单细胞分辨率 | CellRefiner创新性地将细胞建模为通过力连接的粒子，并利用空间邻近约束、基因表达相似性和细胞间配体-受体相互作用来优化细胞位置，从而从非单细胞分辨率空间数据中恢复单细胞分辨率 | NA | 开发一种方法以从空间转录组数据中重建单细胞分辨率，以支持需要个体细胞分辨率和空间信息的下游分析 | 空间转录组数据，包括Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seqV2和STARmap数据集，以及小鼠皮层和淋巴结组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 物理模型 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 多种模拟和真实数据集，包括Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seqV2和STARmap数据集，以及小鼠皮层和淋巴结组织 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium空间转录组平台，用于生成空间数据集 |
| 1970 | 2026-04-13 |
HDAC1 modulates sepsis-induced immunosuppression by driving the exhaustion of CD8+ T cells
2026-Feb-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197224
PMID:41729078
|
研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1）在脓毒症诱导的CD8+ T细胞耗竭中的作用，揭示了其作为免疫抑制关键驱动因子的分子机制 | 首次阐明HDAC1通过调控AP-1与NFAT的平衡，直接促进NFAT1核转位，从而驱动CD8+ T细胞耗竭的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限，且HDAC1抑制剂的长期安全性未充分评估 | 探究脓毒症诱导免疫抑制的分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 脓毒症患者外周血淋巴细胞、小鼠脓毒症模型中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞过继转移、体外抑制实验 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 脓毒症患者临床样本、小鼠脓毒症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1971 | 2026-04-13 |
Thymic myeloid cells are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2026-Jan-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250733
PMID:41123595
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和谱系定义小鼠模型，揭示了胸腺髓系细胞的异质性，并鉴定了一个新的过渡性树突状细胞群体 | 识别了胸腺髓系细胞的九个主要群体，澄清了传统DC2实际上由四个不同谱系组成，并发现了一种新的CX3CR1+过渡性树突状细胞 | NA | 解析胸腺髓系细胞的精确起源、发育和稳态，特别是DC2亚群 | 小鼠胸腺髓系细胞，包括树突状细胞和巨噬细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学 | 谱系定义小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1972 | 2026-04-13 |
Utilising Machine Learning and Single-Cell Analysis to Uncover SKCM Metastasis-Related Genes
2026 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70061
PMID:41961982
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和机器学习，揭示了皮肤黑色素瘤转移相关的核心基因及其调控机制 | 创新性地构建了结合粒子群优化算法和支持向量机的二元分类模型（PSO-SVM），用于准确预测肿瘤转移，并整合单细胞与转录组数据进行多维度分析 | 未明确说明样本的具体数量及来源，模型在其他癌症中的泛化能力有待进一步验证 | 阐明皮肤黑色素瘤（SKCM）转移的核心分子机制，寻找早期诊断和靶向治疗的潜在生物标志物 | 转移性皮肤黑色素瘤与原发性肿瘤细胞 | 机器学习 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | PSO-SVM（粒子群优化-支持向量机） | 单细胞RNA测序数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1973 | 2026-04-12 |
Oxidative stress in neurodegeneration: from a simple insult to a dynamic regulator
2026-Dec-31, Redox report : communications in free radical research
IF:5.2Q1
DOI:10.1080/13510002.2026.2654906
PMID:41964111
|
综述 | 本文综述了氧化应激在神经退行性疾病中的核心作用，将其重新定义为一种复杂的动态调控系统，并探讨了其分子机制及先进的抗氧化干预技术策略 | 将氧化应激重新定义为神经退行性疾病中一个复杂的动态调控系统，而非单一事件，并整合了亚细胞器靶向、纳米载体递送以及单细胞/空间组学等先进技术策略，为开发靶向和个性化治疗提供了新视角 | 本文是一篇综述，主要基于现有文献进行分析和整合，未报告新的原始实验数据或临床研究结果 | 评估氧化应激在神经退行性疾病中的核心作用，探索其动态调控特征、信号通路、分子机制以及先进的抗氧化干预技术策略 | 神经退行性疾病中的氧化应激过程及其调控 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞氧化还原组学，空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞组学，空间转录组学 | NA | NA |
| 1974 | 2026-04-12 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal TNF-α promotes glioblastoma proliferation and migration via CP-mediated KLF10 upregulation
2026-Apr-11, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-01859-3
PMID:41963569
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1975 | 2026-04-12 |
Tumor-infiltrating platelets recruit neutrophils to promote tumor growth through the 5-HIAA-GPR35-ERK1/2 axis in Hepatocellular Carcinoma
2026-Apr-10, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0498
PMID:41962042
|
研究论文 | 本文揭示了肝细胞癌中肿瘤浸润血小板通过5-HIAA-GPR35-ERK1/2轴招募中性粒细胞促进肿瘤生长的机制 | 首次发现血小板来源的5-HIAA通过GPR35受体激活ERK1/2通路，从而招募中性粒细胞促进肝癌生长 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限 | 探究肝细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞与血小板相互作用的分子机制 | 肝细胞癌患者样本、Hepa1-6小鼠模型、血小板、中性粒细胞、肝癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 多重免疫组化、Transwell迁移实验、代谢组学分析、单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | 图像数据、测序数据、实验数据 | 患者来源的HCC样本、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1976 | 2026-04-12 |
Expanding plant single-cell transcriptomics toward the analysis of cell-type-specific isoforms
2026-Apr-10, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2026.03.008
PMID:41963136
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1977 | 2026-04-12 |
Comprehensive guide for optimizing octopus immune cell preparation to enhance single cell RNA sequencing success
2026-Apr-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-47700-6
PMID:41963494
|
研究论文 | 本研究为普通章鱼免疫细胞（血细胞）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）提供了一套优化的细胞制备方案 | 首次为章鱼免疫细胞建立了scRNA-seq的方法学框架，开发了海洋抗凝集溶液（MAS）以维持细胞活性和结构完整性，并验证了其与10x Genomics平台的兼容性 | 研究聚焦于方法学优化，初步测序深度较浅，对免疫细胞多样性和功能的详细分析有待后续研究 | 优化章鱼免疫细胞的制备流程，以实现高质量的单细胞RNA测序，从而深入理解章鱼免疫系统 | 普通章鱼（Octopus vulgaris）的循环血细胞和白体驻留血细胞（WBH） | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及章鱼血细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics化学（用于GEM生成、逆转录和cDNA文库构建） |
| 1978 | 2026-04-12 |
Cellular heterogeneity in hypertrophic burn scars in response to carbon dioxide laser therapy
2026-Apr-10, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01521-w
PMID:41963536
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析烧伤后增生性疤痕在二氧化碳激光治疗前后的细胞异质性，揭示了治疗反应差异的分子机制 | 首次应用单细胞RNA测序技术探究二氧化碳激光治疗增生性疤痕的细胞机制，并识别出与良好治疗反应相关的再生性成纤维细胞亚群 | 样本量较小，且疤痕年龄分组基于6年阈值可能不够精确 | 探究二氧化碳激光治疗减轻增生性疤痕的细胞机制 | 烧伤幸存者的增生性疤痕组织 | 数字病理学 | 烧伤疤痕 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 烧伤幸存者的皮肤活检样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1979 | 2026-04-12 |
Hexokinase 3 promoted cytokine production of monocytes by targeting metabolic reprogramming and histone lactylation in sepsis
2026-Apr-10, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-026-02129-6
PMID:41964014
|
研究论文 | 本研究揭示了己糖激酶3（HK3）通过促进单核细胞糖酵解和乳酸积累，进而通过组蛋白H3K18乳酸化依赖的方式激活IL-6和TNF-α基因，驱动脓毒症中单核细胞过度炎症反应的作用机制 | 首次将HK3确立为脓毒症的关键代谢检查点和诊断生物标志物，并阐明了其通过代谢重编程和组蛋白乳酸化驱动单核细胞炎症因子分泌的分子机制 | 研究主要基于LPS诱导的单核细胞脓毒症模型和公共数据库分析，缺乏在体动物模型或更大规模临床队列的验证 | 阐明脓毒症发病过程中免疫细胞糖酵解的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 脓毒症患者外周血样本、LPS诱导的单核细胞脓毒症模型 | 生物信息学与分子生物学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、GEO数据库分析、ROC曲线分析、免疫细胞浸润分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 基于公共GEO数据库的脓毒症患者外周血样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1980 | 2026-04-12 |
Super-enhancer-driven recruitment of C/EBPβ by SULT1B1 is implicated in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease progression
2026-Apr-10, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-026-02121-0
PMID:41964026
|
研究论文 | 本研究揭示了超级增强子驱动的H3K27ac/C/EBPβ/SULT1B1调控轴在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）进展中的关键作用 | 首次在MASLD中鉴定出SULT1B1作为核心超级增强子相关基因，并阐明C/EBPβ通过H3K27ac修饰促进其转录的分子机制，同时通过单细胞分析将该调控轴定位于肝细胞 | 研究主要基于动物模型和细胞系，人类样本验证相对有限，且JQ1介导的超级增强子抑制在体内的长期疗效和安全性尚未评估 | 阐明超级增强子在MASLD发病机制中的调控作用 | 高脂饮食诱导的大鼠模型、MASLD患者样本、人及大鼠肝细胞系 | 表观遗传学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | ChIP-Seq, RNA-Seq, 单细胞RNA测序, siRNA敲低, 组蛋白修饰分析 | NA | 基因组学数据, 转录组学数据, 表观基因组学数据 | 高脂饮食诱导的大鼠模型、MASLD患者样本、人及大鼠肝细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |