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当前共找到 7593 篇文献，本页显示第 1621 - 1640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1621 | 2026-06-25 |
Transient cell states encode positional information to direct asymmetric growth
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.21.726925
PMID:42239415
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研究论文 | 利用空间单细胞转录组学和多组学揭示顶部钩中瞬时细胞状态编码位置信息并指导不对称生长 | 发现了顶部钩中先前未被识别的瞬时细胞状态群体，并确定GATA2作为通过赤霉素信号促进细胞伸长的中心调节因子 | NA | 研究组织如何从时空限制信号中生成不对称生长的机制 | 植物顶部钩及其中细胞状态 | 机器学习 | NA | 空间单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1622 | 2026-06-25 |
scMVAF: a multi-view adaptive fusion clustering approach for single-cell RNA-sequencing data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf169
PMID:42218719
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研究论文 | 提出了一种针对单细胞RNA测序数据的多视图自适应融合聚类方法scMVAF，通过整合多个细胞视图的特征信息以学习更具判别性的嵌入表示，从而提升聚类性能 | 首次在多视图框架中结合基于去噪零膨胀负二项模型的自编码器与多视图融合模块，自动从不同细胞视图中学习统一特征空间，并通过伪标签迭代优化嵌入表示 | 未明确说明数据集规模限制或对高噪声数据的鲁棒性边界，且方法依赖于下采样特征生成视图，可能丢失部分全局信息 | 解决单细胞RNA-seq数据高维稀疏、含零计数误差导致的聚类难题，通过多视图信息融合提升细胞亚群识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器（基于去噪零膨胀负二项模型） | 基因表达数据 | 16个真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1623 | 2026-06-25 |
USADAE: a deep learning approach to disentangle hidden covariates in RNA-seq data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag261
PMID:42218722
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研究论文 | 提出一种名为USADAE的深度学习框架，用于在RNA-seq数据中分离隐藏协变量与生物信号 | 利用对抗学习与自编码器结合，实现无监督的隐藏协变量解耦，突破传统线性方法的局限 | 未详细说明计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 解决RNA-seq数据整合分析中隐含技术变异和非线性混杂因素的分离问题 | RNA-seq数据中的生物信号与隐藏协变量 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | 自编码器、对抗学习 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1624 | 2026-06-25 |
MMP3C v2: a network-based framework decoding metabolic plasticity in rheumatoid arthritis, enabling accurate diagnosis and uncovering cell-type-specific metabolic rewiring
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag307
PMID:42289053
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研究论文 | 提出MMP3C v2网络框架，通过代谢可塑性分析实现类风湿关节炎精准诊断并揭示细胞类型特异性代谢重编程 | 首次引入网络框架量化代谢通路间的定向可塑性，结合大规模组学数据和机器学习构建跨平台稳健诊断模型，并解析单细胞水平代谢重塑特征 | 未提及 | 开发可扩展方法量化类风湿关节炎中的代谢通路交叉对话，实现精准诊断和细胞类型特异性代谢重编程解析 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者、系统性红斑狼疮患者及健康对照组的血液和滑膜组织 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞转录组学 | 集成分类器（逐步前向选择+岭回归） | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 约3400例批量转录组样本和约228000个单细胞转录组样本 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1625 | 2026-06-25 |
Reflections on the use of LLMs for cell annotation
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag312
PMID:42289049
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评论 | 对基于大型语言模型进行细胞注释的AICellType平台的评论，重点关注其依赖专有商业模型的问题 | 提出开源生物医学大语言模型、多模态视觉语言模型、本地部署、可重复性、隐私保护和监管合规的重要性 | 未提供具体实验或数据支持，仅为观点性评论 | 探讨基于LLM的细胞注释方法的透明性、可靠性和可持续性改进方向 | AICellType平台及基于LLM的细胞注释技术 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、大语言模型 | LLM (Claude 3.5 Sonnet、开源生物医学LLM) | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1626 | 2026-06-25 |
Comprehensive analysis of fatty acid desaturase 3 in clear cell renal cell carcinoma: insights into tumor progression, immune microenvironment, and clinical outcomes
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817492
PMID:42220493
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研究论文 | 综合分析脂肪酸去饱和酶3在透明细胞肾细胞癌中的作用，揭示其在肿瘤进展、免疫微环境和临床预后的关联 | 首次系统揭示FADS3在透明细胞肾细胞癌中通过激活PI3K/Akt等致瘤信号通路促进肿瘤进展，并重塑肿瘤免疫微环境 | 研究主要依赖公共数据库和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证及大规模临床队列的进一步确认 | 探究脂肪代谢相关基因FADS3在透明细胞肾细胞癌进展、预后及肿瘤免疫微环境调控中的作用 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤组织、肿瘤微环境细胞（如肿瘤相关巨噬细胞）及ccRCC细胞系 | 机器学习 | 肾癌 | RNA-seq, qRT-PCR, western blotting, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自TCGA、GEO和GTEx数据库的多个ccRCC转录组数据集，未具体说明样本数量 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1627 | 2026-06-25 |
Immunometabolic reprogramming and glycolysis-associated signatures in sepsis: insights from single-cell RNA sequencing and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817391
PMID:42220506
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习整合分析，揭示脓毒症中免疫代谢重编程与糖酵解相关特征及潜在生物标志物 | 首次整合单细胞RNA测序和机器学习的多种算法（LASSO、随机森林、Boruta）筛选糖酵解相关枢纽基因，并揭示TGFBI在单核细胞为中心的细胞通讯网络中的核心作用 | 主要基于公开数据集和动物模型验证，缺乏大规模临床队列的外部验证 | 探索脓毒症中免疫代谢重编程的糖酵解相关生物标志物及其细胞类型背景 | 脓毒症患者外周血样本和盲肠结扎穿孔小鼠模型 | 自然语言处理 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、微阵列芯片、定量逆转录聚合酶链反应 | LASSO回归、随机森林、Boruta、配体-受体分析 | 单细胞基因表达数据、全血微阵列基因表达数据、定量PCR数据 | 单细胞RNA测序数据集GSE175453（人数未明确）和微阵列队列GSE100159（人数未明确），以及小鼠模型（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1628 | 2026-06-25 |
Diagnostic value and immune microenvironment regulatory network of metabolic reprogramming in chronic rhinosinusitis with nasal polyps identified by multidimensional transcriptome integration and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1808799
PMID:42266688
|
研究论文 | 通过多维转录组整合和机器学习，鉴定慢性鼻窦炎伴鼻息肉中代谢重编程的诊断价值及其免疫微环境调控网络 | 首次结合多维转录组数据、机器学习算法、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，系统识别与代谢重编程相关的关键基因，并构建高诊断性能的预测模型（AUC=0.979） | 未提及具体局限性 | 探索代谢重编程在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的分子机制、诊断价值和免疫微环境相互作用 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者和健康对照的组织样本及公共数据库数据 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR | 机器学习算法 | 转录组数据 | 多个GEO数据库数据集及独立样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1629 | 2026-06-25 |
Holistic Invariant Retracing for Distortion-Resilient Multi-Modal Learning in Spatial Transcriptomics
2026, IEEE transactions on image processing : a publication of the IEEE Signal Processing Society
IF:10.8Q1
DOI:10.1109/TIP.2026.3700912
PMID:42275334
|
研究论文 | 提出了一种名为HiraST的框架，通过全息不变回溯和整体原型学习，解决空间转录组学中多模态数据由于技术获取和处理限制导致的表示扭曲问题 | 提出跨视图不变回溯和整体原型学习两种互补机制，显式纠正扭曲的多视图表征，提升对分布偏移和语义冲突的鲁棒性 | 未提及 | 解决空间转录组学中多模态学习时由扭曲视图引起的语义冲突和表征扭曲问题 | 空间转录组数据集和不完整多视图聚类基准测试中的细胞或组织区域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达谱、空间坐标、组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1630 | 2026-06-25 |
Single-cell transcriptomics identifies ergothioneine as a mitochondrial protector to prevent AKI-to-CKD progression
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0351630
PMID:42335181
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学探究麦角硫因（EGT）在减轻急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）进展中的保护作用及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示EGT通过改善线粒体稳态（如氧化磷酸化和电子传递链通路）来阻止AKI向CKD转化 | 主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类，且体外实验中EGT的保护作用尚需更多临床验证 | 研究EGT在阻止AKI向CKD进展中的作用和分子机制 | 顺铂诱导的AKI-CKD转化小鼠模型及受损的肾小管上皮细胞 | 机器学习 | 肾病 | scRNA-seq | NA | 图像、文本 | 小鼠模型（具体样本数未提及）及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1631 | 2026-06-24 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2026-Jun, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101542
PMID:42090754
|
研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病中的驱动作用，并验证抗IL1B中和抗体的治疗效果 | 首次在人类ACM样本中结合单核RNA测序与空间转录组学，鉴定出由纤维化、炎症和心肌细胞缺失共同构成的疾病相关空间生态位，并验证靶向IL1B的治疗潜力 | 尚未在人类临床试验中验证抗IL1B治疗的效果，且小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 阐明IL-1β在ACM疾病进展中的作用机制并评估靶向治疗潜力 | ACM患者心肌样本和Dsg2突变小鼠 | 数字病理学 | 致心律失常性心肌病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | ACM患者与对照供体的心肌样本 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单核RNA测序，10x Visium用于空间转录组分析 |
| 1632 | 2026-06-24 |
Developmental landmarks and cellular transitions during extravillous trophoblast cell differentiation
2026-May-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2529836123
PMID:42090250
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研究论文 | 本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序，描绘了人类滋养层干细胞向绒毛外滋养层细胞分化过程中的发育标志和细胞转变 | 首次在分化第3天识别出关键转变点，发现了多种独特细胞群体和状态特异性调控子，并阐明了cyclin B1、CEBPB和ADAMTS20在分化中的功能作用 | 研究主要基于体外培养系统，可能无法完全复现体内分化环境的复杂性 | 阐明人类滋养层干细胞向绒毛外滋养层细胞分化的调控机制 | 人类滋养层干细胞及其向绒毛外滋养层细胞分化的不同阶段（分化第0、3、6、8天） | 单细胞转录组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 人类滋养层干细胞在干细胞状态和分化第3、6、8天的样本 | Illumina | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 1633 | 2026-06-24 |
HSPCs and Treg cells cooperate to preserve extramedullary hematopoiesis under chronic inflammation
2026-May-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9351
PMID:42090507
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研究论文 | 本研究揭示了慢性炎症条件下造血干细胞和祖细胞与调节性T细胞在髓外造血中的协同保护作用 | 首次发现髓外HSPCs可作为抗原呈递细胞促进Treg细胞发育，并与Treg细胞形成相互支持关系，共同维持慢性炎症下的髓外造血 | 仅使用小鼠慢性自身炎症疾病模型，缺乏人类临床样本验证 | 探究慢性炎症对骨髓外造血干细胞和祖细胞的影响及其调控机制 | 慢性自身炎症疾病小鼠模型的血液、脾脏及发炎组织中的髓外HSPCs和Treg细胞 | 数字病理学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠慢性自身炎症疾病模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1634 | 2026-06-24 |
From early-onset asthma to chronic obstructive pulmonary disease: potential mediating proteins and therapeutic targets
2026-May-03, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag209
PMID:42089751
|
研究论文 | 利用多组学整合和孟德尔随机化方法，研究从早发性哮喘进展为慢性阻塞性肺疾病的因果机制、潜在中介蛋白及治疗靶点 | 首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化结合单细胞转录组学，系统鉴定从早发性哮喘到慢性阻塞性肺疾病进展中的中介蛋白（如KREMEN1、BLMH、CNTN5、IL1RN、MIA和PILRA），并利用药物可及性评估和多组织eQTL优先筛选COPD治疗候选靶点 | 研究依赖于公开遗传和蛋白质组数据，可能受人群异质性和样本量限制；中介分析基于统计推断，需进一步功能验证 | 阐明早发性哮喘增加慢性阻塞性肺疾病风险的因果机制，并识别潜在中介蛋白及疾病特异性治疗靶点 | 早发性哮喘和慢性阻塞性肺疾病患者及健康对照的遗传和蛋白质组数据 | 自然语言处理 | 呼吸系统疾病 | 孟德尔随机化、蛋白质组范围分析、单细胞转录组学、共定位分析、多组织eQTL分析、药物可及性评估 | NA | 遗传数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据、eQTL数据 | 大规模遗传和蛋白质组数据集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1635 | 2026-06-24 |
Partial domain adaptation enables cross domain cell type annotation between scRNA-seq and snRNA-seq
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014223
PMID:42090457
|
研究论文 | 提出ScNucAdapt方法，实现scRNA-seq与snRNA-seq数据集之间的跨域细胞类型注释 | 首次利用部分域自适应（partial domain adaptation）解决scRNA-seq与snRNA-seq数据集间的分布差异和细胞组成差异，实现跨数据集准确注释 | 未提及具体的计算效率或泛化性限制 | 开发一种能够跨越scRNA-seq和snRNA-seq数据集进行细胞类型注释的方法，填补跨数据注释空白 | scRNA-seq和snRNA-seq数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞核RNA测序（snRNA-seq） | 部分域自适应网络 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞核RNA-seq | NA | NA |
| 1636 | 2026-06-24 |
[Comprehensive characterization of primary ciliated cells in inflammatory skin diseases]
2026, Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica
DOI:10.1254/fpj.25073
PMID:42091477
|
研究论文 | 该研究综合表征了炎症性皮肤病中原代纤毛细胞的特征 | 首次揭示特应性皮炎和银屑病患者皮肤中纤毛细胞显著增加，并结合免疫荧光染色和空间转录组学（Visium HD）进行单细胞级空间分析，发现光疗后纤毛细胞仍高于健康皮肤，提示其可能促进疾病复发 | 纤毛细胞的功能角色尚未完全阐明，样本量和治疗类型可能有限 | 阐明原代纤毛细胞在炎症性皮肤病中的作用及其对发病机制和复发的影响 | 人类健康皮肤、特应性皮炎病变皮肤和银屑病病变皮肤（含光疗前后） | 数字病理学 | 特应性皮炎，银屑病 | 免疫荧光染色，空间转录组学 | NA | 图像，转录组数据 | 健康皮肤样本、特应性皮炎和银屑病病变皮肤样本（具体数量未说明） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | Visium HD 提供组织切片内单细胞级空间分辨率 |
| 1637 | 2026-06-23 |
Spatial transcriptomics unveils immune cellular ecosystems associated with patient survival in diffuse large B-cell lymphoma
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2660418
PMID:42010788
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中与患者生存相关的免疫细胞生态系统 | 首次在DLBCL中识别出六种基于空间组织的细胞生态系统（Cell-Eco），揭示了免疫细胞丰度相似但功能状态和临床关联相反的生态系统，强调空间背景和局部相互作用对免疫功能的影响，而非仅细胞类型频率 | 初步研究规模较小，需更大样本验证；蛋白水平验证仅针对关键细胞特征 | 阐明DLBCL肿瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞的空间组织及其对免疫功能和临床结局的影响 | 弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）原发组织切片 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 超过1000例DLBCL病例（来自大型独立队列） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1638 | 2026-06-23 |
Corrigendum to "A palmitoylation-related prognostic risk scoring model and tumor microenvironment characterization in lung adenocarcinoma, using single-cell RNA sequencing data" [Comput. Biol. Chem. 123 (2026) 109054]
2026-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1639 | 2026-06-23 |
8-Chloroadenosine suppresses hepatocellular carcinoma progression via ADAR1/PPARγ axis-mediated lipid metabolism
2026-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101874
PMID:42327978
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研究论文 | 8-氯腺苷通过ADAR1/PPARγ轴调节脂质代谢抑制肝细胞癌进展 | 首次揭示ADAR1通过直接结合mRNA调控脂质代谢促进肝癌进展，并发现8-氯腺苷通过抑制ADAR1及后续PPARγ介导的脂质代谢过程抑制肝癌发生发展 | 现有关于肝癌脂质代谢分子调控网络的知识仍不完整 | 揭示ADAR1在肝癌进展中的作用及其通过脂质代谢调控的机制，并探索8-氯腺苷的治疗潜力 | 肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 多组学方法，包括单细胞测序数据库、临床样本分析和细胞模型 | NA | 转录组数据 | 使用公开单细胞测序数据库中的样本，具体数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 基于公开单细胞测序数据库的数据分析 |
| 1640 | 2026-06-23 |
Experimental upregulation of Lancl1 promotes axon regeneration after optic nerve injury in vivo
2026-Aug, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2026.115789
PMID:42002019
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研究论文 | 通过实验上调Lancl1表达促进视神经损伤后轴突再生 | 首次发现Lancl1作为新的轴突再生促进因子，在体内通过上调表达直接修复受损中枢神经系统轴突，且不依赖mTOR通路 | 未阐明Lancl1促进轴突再生的下游分子机制，且需进一步验证其在不同中枢神经系统损伤模型中的治疗潜力 | 探究Lancl1是否能在体内直接促进中枢神经系统损伤后轴突再生 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）及其轴突 | 计算机视觉 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、功能增益实验、AAV2介导的基因递送 | NA | 单细胞转录组数据 | 具体样本量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |