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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1621 | 2026-04-20 |
Advances in single-cell and spatial omics for studying symbiotic nitrogen fixation: comparative cellular and evolutionary perspectives
2026-Mar-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04024-y
PMID:41814406
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综述 | 本文综述了单细胞和空间组学技术在研究共生固氮中的应用进展,从细胞和进化角度进行比较分析 | 整合单细胞转录组、表观基因组及空间转录组数据,揭示共生固氮的保守与物种特异性调控网络,为工程化非豆科作物提供新视角 | NA | 探讨单细胞和空间组学技术如何推动共生固氮机制的研究,并比较不同物种间的细胞异质性和调控动态 | 豆科植物和非豆科植物的根瘤组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 表观基因组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1622 | 2026-04-20 |
Vps35 p. D620N causes Lrrk2 kinase hyperactivity, chronic microglial activation and inflammation
2026-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.09.710482
PMID:41846978
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研究论文 | 本文研究了Vps35 p.D620N突变如何导致LRRK2激酶活性增强,引发慢性小胶质细胞激活和炎症,从而影响帕金森病的发病机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Vps35 p.D620N突变在小胶质细胞中引起的转录组变化,并阐明了其如何通过增强LRRK2激酶活性促进慢性炎症和突触重塑 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类帕金森病的复杂病理过程,且样本量有限 | 探究Vps35 p.D620N突变如何通过影响LRRK2激酶活性和小胶质细胞功能,促进帕金森病的神经退行性变 | 携带Vps35 p.D620N突变的敲入小鼠(VKI)的小胶质细胞 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,定量PCR | NA | RNA测序数据,图像数据,基因表达数据 | 6个月大的VKI小鼠脑部小胶质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1623 | 2026-04-20 |
AKAP7 is a prognostic biomarker involved in immune infiltration of bladder urothelial carcinoma and correlated with ferroptosis
2026-Mar-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04786-8
PMID:41806078
|
研究论文 | 本研究探讨了AKAP7在膀胱尿路上皮癌中的表达水平、预后意义及其与免疫浸润和铁死亡的相关性 | 首次系统性地将AKAP7与膀胱尿路上皮癌的预后、免疫微环境特征及铁死亡过程联系起来,并验证了其作为生物标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库和回顾性分析,需要进一步的前瞻性临床研究和实验验证来确认其机制 | 探索AKAP7在膀胱尿路上皮癌中的表达模式、预后价值、免疫特征及其与铁死亡的关系 | 膀胱尿路上皮癌组织、细胞系及相关的公共数据库数据 | 生物信息学与计算生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、基因表达分析、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | 基于TCGA、GEO等多个公共数据库的样本,并包含临床样本和细胞系验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1624 | 2026-04-18 |
Integrated multi-target pharmacology of ginseng in acute myeloid leukemia through single-cell sequencing, molecular docking, network pharmacology, and in vitro experiments
2026-Mar-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04747-1
PMID:41806205
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1625 | 2026-04-20 |
Integrated multi-omics analysis identifies and validates endoplasmic reticulum stress and mitophagy-related biomarkers in MASLD
2026-Mar-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-43311-3
PMID:41796234
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,识别并验证了内质网应激和线粒体自噬相关生物标志物在MASLD中的作用 | 首次整合GEO数据挖掘、机器学习、scRNA-seq分析和虚拟筛选,系统性地揭示了NR4A1作为内质网应激和线粒体自噬介导MASLD进展的关键靶点 | 研究主要基于生物信息学分析和初步实验验证,缺乏深入的体内功能机制研究和临床样本验证 | 阐明内质网应激和线粒体自噬在MASLD进展中的潜在机制,并识别针对这些通路的候选治疗药物 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | GEO数据挖掘、scRNA-seq、分子对接、虚拟筛选 | 机器学习模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 涉及FFA处理的肝细胞、MASLD小鼠模型和人类肝组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1626 | 2026-03-09 |
ACSL4 mediates ferroptosis to promote immunoglobulin A nephropathy progression: scRNA-seq analysis
2026-Mar-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-43023-8
PMID:41794881
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1627 | 2026-04-20 |
ENS lineage potential is not intrinsically regionalized but is modulated by PTPRZ1 signaling
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.05.709942
PMID:41846962
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能扰动,揭示了肠道神经系统(ENS)在发育过程中缺乏内在的区域化,而是通过微环境信号如PTPRZ1信号进行精细调控 | 发现ENS发育不依赖内在的前后轴区域化,而是由局部微环境信号(如PTN/MDK-PTPRZ1信号)调控,挑战了传统区域化模型 | 研究主要聚焦于小鼠胚胎发育阶段(E13.5至E18.5),人类ENS发育的验证仅基于干细胞培养模型,可能未完全反映体内复杂性 | 探究肠道神经系统(ENS)在发育过程中是否经历区域化转录多样化,以及微环境信号如何调控其成熟 | 小鼠胚胎肠道组织(包括ENS、上皮和间充质)以及人多能干细胞衍生的ENS培养物 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1628 | 2026-04-20 |
scGPD: single-cell informed gene panel design for targeted spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag160
PMID:41996577
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scGPD的深度学习框架,用于利用单细胞RNA-seq数据为靶向空间转录组学设计紧凑、非冗余的基因组合 | 引入了基于深度学习的框架scGPD,通过基因-基因相关性感知的门控机制从数据中提取信息特征,鼓励所选基因的多样性并消除冗余,克服了现有方法忽视基因间相关性的局限 | 未在摘要中明确提及 | 为靶向空间转录组学技术设计信息丰富的基因组合,以捕获组织内细胞和空间异质性的复杂性 | 基因组合设计 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1629 | 2026-04-20 |
Airway injury induces alveolar epithelial responses mediated by macrophages
2026-Feb-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116881
PMID:41579370
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型探讨了气道损伤如何通过巨噬细胞介导远端肺泡上皮细胞的响应 | 揭示了气道特异性损伤可诱导远端肺泡II型细胞的短暂增殖,并明确了肺泡巨噬细胞在这一过程中的关键作用 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证,且未详细探讨长期影响 | 探究气道损伤对远端肺泡和免疫反应的调控机制 | 小鼠模型中的气道特异性上皮损伤 | 单细胞转录组学 | 肺损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1630 | 2026-04-20 |
Single-cell atlas of the transcriptome and chromatin accessibility in the human retina
2026-Feb, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02454-1
PMID:41578023
|
研究论文 | 本研究构建了一个整合了转录组和染色质可及性数据的人类视网膜单细胞参考图谱 | 首次创建了整合多模态(转录组和染色质可及性)、多供体(125名不同祖先背景的供体)和多实验室数据的人类视网膜细胞综合图谱,识别了超过130种细胞类型,并分析了年龄、祖先和区域差异 | 未明确提及具体技术限制,但依赖于现有已发表和未发表数据的整合,可能存在批次效应或技术偏差 | 构建全面的人类视网膜细胞参考图谱,以促进对视网膜功能和病理的理解 | 人类视网膜组织 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 约390万个细胞,来自125名不同祖先背景的供体 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1631 | 2026-04-20 |
upsML: A high-accuracy machine learning classifier for predicting Plasmodium falciparum var gene upstream groups
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0344557
PMID:41990100
|
研究论文 | 本文开发了一个名为upsML的高精度机器学习分类器,用于预测恶性疟原虫var基因的上游分组 | upsML基于2,530个经过筛选的var基因训练,能基于不同部分基因区域的序列特征准确分配上游分组,在DBLα标签序列上达到83%的准确率,在全长PfEMP1序列上达到92%的准确率,显著优于现有工具 | NA | 开发一个高精度的机器学习分类器,以改进恶性疟原虫var基因上游分组的预测,从而更好地理解寄生虫生物学和临床结果 | 恶性疟原虫的var基因家族,特别是其上游分组(upsA、upsB、upsC、upsE) | 机器学习 | 疟疾 | RNA-seq | 支持向量机、随机森林、XGBoost、HMMER | 序列数据 | 2,530个经过筛选的var基因 | NA | NA | NA | NA |
| 1632 | 2026-04-19 |
Revealing the Heterogeneity of Renal Tubular Epithelial Cell Senescence and Its Impact on Renal Fibrosis via Single-Cell Sequencing and Spatial Omics Technologies
2026-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504960R
PMID:41996177
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综述 | 本文系统综述了单细胞测序和空间组学技术在揭示肾小管上皮细胞衰老异质性及其对肾纤维化影响中的应用 | 利用单细胞测序和空间组学技术,首次系统分析了肾小管上皮细胞衰老的异质性特征、空间分布模式及其与纤维化的因果关系,突破了传统研究将其视为同质实体的局限 | NA | 揭示肾小管上皮细胞衰老的异质性及其对肾纤维化的影响机制 | 肾小管上皮细胞 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞测序, 空间组学 | NA | 单细胞测序数据, 空间组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1633 | 2026-04-19 |
Deciphering MFAP5+ Fibroblasts in Pancreatic Cancer Progression via Multi-Regional Single-Cell RNA Sequencing With Experimental Validation
2026-Apr-17, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.70114
PMID:41995689
|
研究论文 | 本研究通过多区域单细胞RNA测序结合实验验证,揭示了胰腺导管腺癌中MFAP5+成纤维细胞通过促进血管生成驱动肿瘤进展的机制 | 首次系统阐明了MFAP5+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的空间分布、功能特性及其与内皮细胞的互作网络,发现了MFAP5+成纤维细胞-内皮细胞轴这一潜在治疗靶点 | 研究主要基于单细胞转录组数据,功能机制验证仍需更深入的体内外实验;样本量相对有限,需更大队列验证结论的普适性 | 探究胰腺导管腺癌中MFAP5+成纤维细胞的功能、空间分布及其与肿瘤微环境的互作机制 | 胰腺导管腺癌肿瘤组织中的MFAP5+成纤维细胞及相关内皮细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光,拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 59,829个细胞(整合多区域采样数据与公共数据集) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1634 | 2026-04-19 |
Spatial Mapping of the Precancer-to-Cancer Transition in Breast and Prostate
2026-Apr-17, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-26-0012
PMID:41997105
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研究论文 | 本研究通过空间映射技术揭示了乳腺癌和前列腺癌从癌前病变向侵袭性癌症过渡的基因表达特征和结构变化 | 开发了一种整合体积重建与空间转录组学的多模态连续切片工作流程,首次在完整肿瘤中识别出癌前与侵袭区域之间的过渡连接 | 研究样本量相对有限(51个病例),且主要关注特定癌症类型,可能无法完全代表所有癌症亚型 | 探索乳腺癌和前列腺癌从癌前状态向侵袭性癌症转变的分子和空间特征 | 乳腺癌和前列腺癌组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌,前列腺癌 | 光片显微镜,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | 51个病例的319个空间分析 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1635 | 2026-04-19 |
Spatial transcriptomic atlas of murine neurotoxocariasis reveals region-specific host responses and dysfunction in the brain
2026-Apr-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72114-3
PMID:41997914
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学、单核RNA测序、脂质组学和行为学分析,在小鼠模型中揭示了犬弓蛔虫幼虫在大脑中引起的区域特异性神经损伤、血管重塑和免疫反应,并探讨了其与运动学习和记忆障碍的关联 | 首次综合运用空间转录组学、单核RNA测序、脂质组学和行为学方法,系统描绘了神经弓蛔虫病的宿主-寄生虫界面,揭示了寄生虫的免疫调节和发育调控转录程序 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;未详细探讨寄生虫长期感染的影响 | 阐明神经弓蛔虫病的病理机制,并验证小鼠模型作为研究蠕虫诱导神经系统疾病的平台 | 感染犬弓蛔虫的小鼠大脑组织 | 数字病理学 | 神经感染性疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 脂质组学, 行为学分析 | NA | 转录组数据, 脂质组数据, 行为数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 1636 | 2026-04-19 |
Antiviral CD4+ T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2026-Apr-17, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01586-7
PMID:41998201
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研究论文 | 本研究探讨了老年人对流感疫苗的CD4+ T细胞和髓系细胞反应减弱的现象 | 结合体外和离体免疫测定与单细胞转录组学,揭示了老年人T辅助细胞和髓系细胞亚群中干扰素转录特征的减弱 | 研究主要关注细胞免疫反应,未全面评估疫苗对临床结局的实际影响 | 研究老年人对流感疫苗的细胞免疫反应特征 | 老年人和年轻成年人的免疫细胞 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1637 | 2026-04-19 |
Integrative single-cell analysis reveals endothelial diversity in the vasa vasorum of human atherosclerosis
2026-Apr-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10095-1
PMID:41998210
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组数据,揭示了人类动脉粥样硬化斑块内血管内皮细胞的异质性,并识别出与疾病进展相关的关键内皮亚群 | 首次整合多个单细胞RNA测序研究,构建了人类动脉粥样硬化的内皮细胞转录组图谱,系统揭示了内皮细胞亚群的异质性及其在疾病中的功能分化 | 研究基于已发表的五个单细胞测序数据集进行整合分析,可能存在批次效应;样本来源和数量可能限制某些罕见亚群的发现 | 解析动脉粥样硬化斑块内血管内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的功能角色 | 人类动脉粥样硬化斑块中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析模型 | 单细胞转录组数据 | 17,367个血管内皮细胞,来自五个单细胞RNA测序研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1638 | 2026-04-19 |
Roles of mitophagy and immune infiltration in Parkinson's disease: new perspectives from bioinformatics analysis and A53T transgenic mice
2026-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-026-02243-4
PMID:41998308
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和A53T转基因小鼠模型,探讨了线粒体自噬和免疫浸润在帕金森病中的作用 | 结合生物信息学分析和单细胞RNA测序数据,识别并验证了五个关键线粒体自噬相关基因在帕金森病中枢神经系统和外周免疫细胞中的差异表达 | 研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型,人类样本验证有限,机制细节仍需进一步实验探索 | 阐明线粒体自噬在帕金森病发病机制和进展中的精确作用 | 帕金森病患者样本、α-突触核蛋白A53T转基因小鼠模型、中枢神经系统细胞(如星形胶质细胞、多巴胺神经元)和外周免疫细胞(如CD4+ T细胞、CD8+ T细胞) | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、转基因小鼠模型 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 两个单细胞RNA测序数据集(GSE178265和PRJNA1145007)及A53T转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1639 | 2026-04-19 |
Feature-preserving manifold approximation and projection to analyze single-cell data
2026-Apr-17, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-026-00970-6
PMID:41998372
|
研究论文 | 本文介绍了FeatureMAP框架,一种通过成对切空间嵌入增强流形学习的方法,用于可视化单细胞数据并保留基因级信息 | 提出FeatureMAP框架,整合UMAP与主成分分析,保留聚类结构和特征变异,引入基因贡献、基因变异轨迹及核心与过渡状态等新分析概念 | NA | 改进单细胞数据的可视化分析,以更好地理解细胞异质性和动态变化 | 单细胞RNA测序数据,包括胰腺发育和T细胞耗竭的合成与真实数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | UMAP, PCA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1640 | 2026-04-19 |
A Method for Imputing scRNA-seq Data Based on Mobile Graph Convolutional Generative Adversarial Networks
2026-Apr-17, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-026-11380-8
PMID:41998476
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |