单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 9342 篇文献,本页显示第 141 - 160 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
141 2026-09-23
ENPP3 CAR T cells combined with CD206 modulation suppress adrenocortical carcinoma
2026-Jul-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 该研究利用肾上腺皮质癌(ACC)患者来源异种移植(PDX)模型识别免疫治疗靶点,发现ENPP3可作为CAR T细胞治疗靶点,并证明联合CD206+肿瘤相关巨噬细胞调节可克服肿瘤微环境免疫抑制,增强抗肿瘤效果。 首次将ENPP3鉴定为ACC的共享免疫治疗靶点,并开发ENPP3靶向CAR T细胞;提出联合CD206+ TAM调节以克服TME免疫抑制的新型组合策略。 ENPP3 CAR T细胞在PDX小鼠模型中单独疗效减弱;研究样本量有限(4/7 PDX表达ENPP3);尚未开展临床试验验证。 利用ACC PDX模型识别免疫治疗靶点并开发新型CAR T细胞策略。 肾上腺皮质癌(ACC)患者来源异种移植(PDX)模型及ACC患者的bulk和单细胞RNA测序数据。 digital pathology 肾上腺皮质癌 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 流式细胞术, 表面蛋白质组学分析, CAR T细胞工程 CAR T细胞, PDX小鼠模型 文本, 图像 7例ACC PDX模型(其中4例表达ENPP3)及公开的ACC患者bulk和单细胞RNA测序数据 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
142 2026-09-23
Riemannian metric learning for alignment of spatial multiomics
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为Manifold Gromov-Wasserstein(MGW)的度量学习框架,用于对齐空间多组学数据,通过黎曼回拉度量和Gromov-Wasserstein最优传输实现跨模态空间对齐。 提出了MGW框架,利用空间多组学的乘积结构,通过神经场推断模态特定的黎曼回拉度量,并基于Gromov-Wasserstein最优传输对齐黎曼距离,实现了无需超参数的跨任意模态对齐,并具有正交变换和全局特征缩放的理论不变性。 摘要中未明确提及 limitations 解决空间多组学数据中不同模态(如转录组、表观组、蛋白质组、代谢组等)之间的空间对齐问题,特别是针对特征空间异质性的挑战。 小鼠胚胎的Stereo-Seq时空转录组、结直肠癌的Xenium和Visium空间转录组、人类纹状体和肾癌的空间代谢组-转录组数据。 空间多组学 结直肠癌, 肾癌 Stereo-Seq, Xenium, Visium, 空间代谢组学, 空间转录组学 神经场, Gromov-Wasserstein最优传输 空间多组学数据(图像和特征) NA NA 空间转录组学, 空间代谢组学 Stereo-Seq, Xenium, Visium NA
143 2026-09-23
Amaranth: enhanced single-cell transcript assembly via discriminative modelling of UMI reads and internal reads
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该论文开发了Amaranth,一种通过区分建模UMI reads和内部reads来增强单细胞转录本组装的新方法,并开发了Amaranth-meta整合跨细胞信息 首次区分建模UMI链接reads和内部reads,利用它们不同的生物学和统计特性(如链方向性、5'/3'覆盖偏差和基因组局部性)来实现更准确的组装,并开发了整合跨细胞信息的元组装方法 仅在Smart-seq3数据集上进行了基准测试,未在其他单细胞测序平台或协议上验证 解决单细胞RNA测序中从单个细胞准确重建全长转录本的核心挑战,实现单细胞转录组学的异构体水平分析 人类HEK293T细胞和小鼠成纤维细胞的Smart-seq3单细胞RNA测序数据 基因组学 NA 单细胞RNA测序 NA 测序reads 人类HEK293T细胞和小鼠成纤维细胞的Smart-seq3数据集,具体样本数量未明确提及 Illumina 单细胞RNA测序 Smart-seq3 Smart-seq3协议,结合UMI链接reads和内部reads
144 2026-09-23
LAML-Pro: joint maximum likelihood inference of cell genotypes and cell lineage trees
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该论文提出了一种名为LAML-Pro的算法,能够联合推断细胞基因型和细胞谱系树,以克服基因型错误对谱系树推断的影响 首次提出联合推断细胞基因型和细胞谱系树的算法,基于概率混合型缺失观测(PMMO)模型,同时建模基因组编辑和基因型观测过程,并利用PMMO模型下状态转移的稀疏性实现高效计算 未明确说明算法的具体局限性,但可能受限于所依赖的PMMO模型假设以及动态谱系追踪技术的特定数据特征 从单细胞测序或成像数据中准确推断细胞谱系树,通过联合推断细胞基因型和谱系树来纠正基因型错误,提高谱系树推断的准确性 动态谱系追踪技术产生的单细胞测序或成像数据,包括模拟数据和来自两个近期基于成像的谱系追踪系统的数据 机器学习 NA 单细胞测序, 成像 概率混合型缺失观测(PMMO)模型, 最大似然估计 图像, 文本 数千个细胞 NA NA NA NA
145 2026-09-23
Diffusion-based representation integration for foundation models improves spatial transcriptomics analysis
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出DRIFT框架,通过图扩散将空间上下文整合到基础模型的输入表示中,提升空间转录组数据分析性能 利用热核扩散在空间邻域上传播嵌入,将单细胞基础模型的转录组表征与空间转录组的局部邻域上下文结合,无需训练新的基础模型即可实现通用空间转录组分析 摘要中未明确提及局限性,但可能受限于所依赖的基础模型质量及空间图构建的准确性 弥补单细胞基础模型在空间转录组数据中缺乏空间信息利用的空白,实现跨任务通用的空间转录组分析 空间转录组数据及其衍生的空间图 空间转录组学,机器学习 NA 热核扩散,空间转录组学,单细胞RNA测序 基础模型 基因表达数据,空间图数据 NA NA single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics NA NA
146 2026-09-23
The autonomic nervous system-lung interface in experimental BPD: NPY modulates immune response, alveolar growth and vascular muscularizationin neonatal mice exposed to oxidative stress
2026-Jul-01, Respiratory research IF:4.7Q1
研究论文 本研究探讨了交感神经递质NPY在新生小鼠高氧性支气管肺发育不良模型中对免疫反应、肺泡生长和血管肌化的调控作用 首次揭示NPY在新生小鼠高氧性BPD模型中发挥双重作用:保护肺泡化同时促进免疫细胞招募和血管肌化,强调了自主神经系统-肺接口在肺成熟和损伤中的重要性 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类BPD中验证;未深入探讨NPY下游信号通路的具体分子机制 研究交感神经系统信号传导及NPY在高氧诱导的BPD模型中的作用 新生野生型小鼠和NPY基因敲除小鼠 NA 支气管肺发育不良 单细胞RNA测序,定量组织形态学分析 NA 基因表达数据,图像 新生野生型和NPY敲除小鼠在85%氧气或21%氧气中暴露至出生后14天(具体数量未提及) NA single-cell RNA-seq NA NA
147 2026-09-23
DiSPA: differential substructure-pathway attention for drug response prediction
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出DiSPA框架,通过差分子结构-通路注意力建模化学子结构与通路级基因表达之间的双向交互,用于药物反应预测 引入差分交叉注意力机制抑制虚假关联并增强上下文相关交互,实现化学子结构与通路级基因表达之间的双向建模,而非独立处理或仅在后期融合两种模态 差分注意力对预定义靶点相关通路的优先排序不构成机制验证,在外部数据集和跨数据集设置上的泛化仍需进一步验证,空间转录组学上的零样本应用缺乏真实标签验证 在精准医疗中实现准确的药物反应预测,捕捉特定化学子结构与细胞通路状态之间的交互关系 药物化学子结构与通路级基因表达数据 机器学习 癌症 NA 差分交叉注意力 化学结构、基因表达 NA NA NA NA NA
148 2026-09-23
Striping artifact removal in VisiumHD data through nuclear counts modeling
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文提出一种基于细胞核分割的统计去条纹方法,利用负二项广义线性模型校正VisiumHD空间转录组数据中的条纹伪影 利用共配准H&E图像的细胞核分割信息,假设细胞核内转录本丰度恒定,以负二项分布建模bin计数,将均值分解为核特异性浓度与行列条纹因子的乘积,并在广义线性模型框架下联合拟合所有参数 方法依赖H&E图像的细胞核分割质量,且假设转录本丰度在细胞核内恒定,可能不适用于所有组织类型;仅在合成数据和四个公开VisiumHD切片上验证,缺乏更广泛的实验验证 去除VisiumHD空间转录组数据中的条纹伪影,同时更好地保留大规模全局计数结构中的生物学信号 VisiumHD空间转录组数据及其共配准的H&E图像 空间转录组学 NA 空间转录组学 广义线性模型、负二项分布模型 图像、计数矩阵 四张公开VisiumHD切片及合成数据 10x Genomics 空间转录组学 10x VisiumHD 2 µm × 2 µm分辨率空间转录组
149 2026-09-23
R4ST: a reference-guided graph-generative model for robust reconstruction of spatial transcriptomic profiles
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出R4ST,一个参考引导的图生成模型,利用scRNA-seq数据作为参考,通过图归纳和直推双学习通道来补全空间转录组数据中缺失的基因表达 首次采用参考引导的图生成模型,结合图归纳和直推双学习通道,充分利用空间局部和全局拓扑信息,实现从少量测量基因准确重建大规模基因表达谱 未明确说明 解决空间转录组技术中空间分辨率与转录组覆盖度之间的权衡问题,补全稀疏且不完整的基因表达谱 空间转录组数据和scRNA-seq参考数据 空间转录组学 不明确 空间转录组学 图生成模型 基因表达谱 多个不同平台的数据集 未明确说明 空间转录组学 未明确说明 未明确说明
150 2026-09-23
A dependency-aware deep generative model for inferring RNA velocity from spatial transcriptomics
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 该文章提出了一种名为spaVelo的依赖感知深度生成模型,用于从空间转录组数据中推断RNA速率,以研究空间组织化的细胞状态转变 首次将空间依赖性显式地整合到RNA速率推断中,通过空间感知变分自编码器和空间调制转录缩放因子实现位点特异性和异质性动态建模 未明确提及 从空间转录组数据中推断RNA速率,以研究空间组织化的细胞状态转变和发育轨迹 空间转录组数据中的细胞或位点 机器学习,计算生物学,空间转录组学 NA 空间转录组学 变分自编码器(VAE),深度生成模型 空间转录组数据 多个模拟和真实数据集 NA 空间转录组学 NA NA
151 2026-09-23
A disentangled transformer-based transfer learning framework to predict patient drug response from tumor single-cell transcriptomics
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了一种解耦的基于Transformer的迁移学习框架scTAPE,利用肿瘤单细胞转录组数据预测患者药物反应 首次在单细胞水平进行药物反应预测,采用解耦学习策略从匹配的bulk和单细胞表达谱中提取被混杂因素掩盖的内在药理信号,并通过预训练和微调范式实现跨域泛化 未明确提及 利用肿瘤单细胞转录组学预测患者药物反应,解决肿瘤内细胞异质性对治疗效果的制约 肿瘤单细胞转录组数据、细胞系数据、临床队列数据 机器学习 癌症 单细胞转录组学 Transformer 文本(表达谱数据) 细胞系数据集和两个独立临床队列 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
152 2026-09-23
Hematopoietic mosaic chromosomal alterations are pleiotropic drivers of inflammaging, multimorbidity, and mortality
2026-Jul-01, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 该研究在452,594名UK Biobank参与者中探讨了嵌合染色体改变(mCAs)作为克隆性造血的一种形式,对炎症衰老、多病共存和死亡率的驱动作用,并通过单细胞转录组学和小鼠模型验证了关键驱动基因 首次证明mCAs独立于CHIP驱动多病共存和死亡率;发现mCA-CHIP共现定义了一种协同升高死亡率的极高风险克隆状态;开发了细胞遗传带水平映射框架将大型mCAs解析为特定基因组位点和候选效应基因;通过功能验证优先确定了MYC(chr8增益)和S100A9(chr1增益)作为系统性炎症和多器官病理的关键驱动因子 摘要中未明确说明研究局限性 探究mCAs是否独立于CHIP促进疾病,以及其大规模基因组效应能否解析为可操作的靶点 452,594名UK Biobank参与者 机器学习, 数字病理学 多病共存, 衰老相关疾病, 心血管疾病 单细胞转录组学, 小鼠模型, 细胞遗传带水平映射 NA 基因组数据, 转录组数据, 图像 452,594名UK Biobank参与者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
153 2026-09-23
Aging increases ovarian cancer growth, metastasis, and immunosuppression that can be alleviated by inhibiting hedgehog signaling
2026-Jul-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用年轻与年老小鼠的原位同基因卵巢癌模型,结合空间转录组学,揭示衰老通过Hedgehog信号通路促进肿瘤生长、转移和免疫抑制,并证明抑制Hedgehog信号可缓解这些效应 首次在两种不同细胞来源(卵巢表面上皮和输卵管来源)的原位同基因模型中系统比较年轻与年老宿主的肿瘤进展差异;发现卵泡耗竭不能重现衰老效应,说明其机制超越激素下降;通过空间转录组学揭示衰老依赖的瘤内异质性及Hedgehog信号在CD45细胞中的富集;提出Hedgehog抑制作为绝经后或Hedgehog激活型卵巢癌的免疫调节策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究衰老如何影响卵巢癌进展及免疫微环境,并评估抑制Hedgehog信号作为治疗策略的可行性 年轻与年老小鼠的原位同基因卵巢癌模型(卵巢表面上皮来源和输卵管来源),以及人类卵巢癌数据 数字病理学, 机器学习 卵巢癌 空间转录组学 NA 图像, 文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
154 2026-09-23
Lactate-Driven Restriction of Mitochondrial Permeability Transition Promotes Resistance to Chemo-Immunotherapy by Suppressing Tumor PANoptosis
2026-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 该研究揭示乳酸驱动的线粒体通透性转换限制通过抑制肿瘤PANoptosis促进三阴性乳腺癌对化疗免疫治疗的耐药性 首次发现KAT8介导的ANT2 K92乳酸化修饰通过招募PGAM5去磷酸化CypD,限制mPTP开放,抑制PANoptosis,从而驱动化疗免疫治疗耐药;并开发了靶向KAT8-ANT2界面的竞争性肽,可恢复治疗效果 未明确提及 探究三阴性乳腺癌中代谢重编程导致化疗免疫治疗耐药的精确机制,并寻找可靶向的弱点 三阴性乳腺癌肿瘤 机器学习 三阴性乳腺癌 单细胞转录组学,乳酸化修饰组学 NA 转录组数据,蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,乳酸化修饰组学 NA NA
155 2026-09-23
CTSS regulates macrophage lipid metabolic reprogramming and white matter repair after intracerebral hemorrhage
2026-06-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过胶原酶诱导的小鼠脑出血模型,结合CTSS抑制剂LY3000328干预和单细胞RNA测序,揭示CTSS通过维持巨噬细胞溶酶体胆固醇转运和脂质外排促进脑出血后白质修复的机制 首次阐明CTSS在脑出血后白质修复中的关键作用,揭示CTSS通过调控巨噬细胞脂质代谢重编程(特别是溶酶体胆固醇转运和LXR相关脂质外排程序)影响少突胶质前体细胞分化和髓鞘再生的新机制 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类脑出血患者中验证;CTSS抑制剂的长期安全性和副作用未评估;单细胞测序仅分析了围血肿区组织,未全面覆盖其他脑区 探究CTSS在脑出血后巨噬细胞脂质代谢重编程及白质修复中的作用及分子机制 胶原酶诱导的脑出血小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞、少突胶质前体细胞 机器学习, 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, 透射电子显微镜 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
156 2026-09-23
Cell-type-specific architecture of the hypothalamus in a socially plastic vertebrate
2026-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 结合单细胞和空间转录组学,构建了社会等级可塑的慈鲷鱼下丘脑细胞类型图谱,并揭示社会地位、性别和生殖状态通过细胞类型特异性转录程序协调下丘脑可塑性。 首次在社会性可塑的脊椎动物中整合单细胞与空间转录组学解析下丘脑细胞架构,发现社会地位和性别调控的细胞类型特异性转录模块,并通过CRISPR-Cas9验证了下丘脑中特定基因在能量分配和体大小调控中的功能。 研究局限于单一鱼类物种,未直接验证社会行为变化与转录组动态的因果关系,且下丘脑细胞亚群的功能需进一步在行为范式中验证。 解析下丘脑细胞类型组成和空间组织如何介导社会行为可塑性,并探究社会地位、性别和生殖状态对下丘脑转录程序的影响。 慈鲷鱼的下丘脑组织 单细胞转录组学、空间转录组学 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、CRISPR-Cas9基因编辑 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
157 2026-09-23
Longitudinal single-cell and TCR repertoire profiling characterizes clonal entrapment in patients with pMMR/MSS locally advanced rectal cancer
2026-Jun-30, Cell discovery IF:13.0Q1
研究论文 通过对20例pMMR/MSS局部晚期直肠癌患者的纵向配对scRNA-seq和scTCR-seq分析,提出了克隆陷闭的概念,揭示了序贯放疗和免疫检查点抑制剂治疗耐药的机制 提出克隆陷闭这一新概念来解释pMMR/MSS局部晚期直肠癌中基线免疫炎症升高却预后更差的悖论,发现HLA-DQA2在树突状细胞中的表达升高和GDF15在耐药肿瘤细胞中的上调与新型肿瘤反应性TCR克隆型的扩增受限相关 样本量较小(仅20例患者),且为单中心研究,需要更大规模的多中心队列验证克隆陷闭现象的普遍性 探究pMMR/MSS局部晚期直肠癌患者中基线免疫炎症升高与序贯放疗联合免疫检查点抑制剂治疗预后不良之间的悖论机制 20例接受序贯放疗和免疫检查点抑制剂治疗的pMMR/MSS局部晚期直肠癌患者 数字病理学 直肠癌 scRNA-seq, scTCR-seq NA 单细胞转录组数据, TCR序列数据 20例患者,包括肿瘤活检样本(治疗前、放疗后、免疫治疗后)和外周血单个核细胞(治疗前、免疫治疗后) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞5'转录组和TCR测序
158 2026-09-23
Integrating morphology and gene expression of neural cells in unpaired single-cell data using GeoAdvAE
2026-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文提出了一种几何感知的对抗自编码器GeoAdvAE,用于在非配对单细胞数据中整合细胞形态与基因表达,并在patch-seq神经元和阿尔茨海默病模型小胶质细胞上验证了其性能。 首次将Gromov-Wasserstein正则化与对抗判别器结合到模态特异性变分自编码器中,实现单细胞形态与转录组的对角线(非配对)整合,并在共享潜在空间中同时保持重建保真度和跨模态几何结构。 方法依赖于非配对的单细胞形态和转录组数据,整合结果可能受模态间真实对应关系缺失的影响;在阿尔茨海默病模型中揭示的疾病相关小胶质细胞特征与形态解耦,但其生物学机制仍需进一步验证。 解决单细胞形态与转录组因无特征对应且通常在不同细胞中测量而难以关联的问题,实现非配对单细胞形态与基因表达的可扩展、可解释整合。 patch-seq神经元(具有联合形态-RNA测量)以及来自5xFAD阿尔茨海默病模型的98个CAJAL量化小胶质细胞形态和31,948个单细胞转录组。 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、patch-seq、CAJAL形态量化 对抗自编码器(Adversarial Autoencoder)、变分自编码器(VAE)、Gromov-Wasserstein正则化、对抗判别器 图像(细胞形态)、文本(基因表达矩阵) patch-seq神经元(数量未明确);98个CAJAL量化小胶质细胞形态;31,948个单细胞转录组 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA NA
159 2026-09-23
Lupus myositis, a type I interferon driven necrotizing myopathy with regional heterogeneity
2026-Jun-29, Research square
研究论文 该研究通过对32例无肌炎特异性抗体的狼疮性肌炎患者肌肉活检进行组织学、免疫组化、超微结构和空间转录组蛋白分析,揭示了狼疮性肌炎的病理特征,即I型干扰素驱动的坏死性肌病伴血管周围混合T/B细胞炎症 首次系统性地描述了狼疮性肌炎的病理特征,提出了'全束状坏死性肌病'这一高度可识别的模式,并发现MxA+/MHC I+/MHC II+免疫组化组合可可靠区分狼疮性肌炎与其他特发性炎症性肌病 样本量较小(32例肌肉活检),为单中心回顾性研究,需要更大规模的多中心验证队列来确认诊断标准的普适性 明确狼疮性肌炎的病理学特征,建立标准化的组织病理学标准和免疫组化标记物以区分狼疮性肌炎与其他特发性炎症性肌病 2010年至2023年间诊断为系统性红斑狼疮的1736例患者中,筛选出32例无肌炎特异性抗体的肌炎患者的肌肉活检标本,并与皮肌炎、免疫介导坏死性肌病、抗合成酶综合征及非疾病对照肌肉标本进行比较 数字病理学 狼疮性肌炎、系统性红斑狼疮 空间转录组学、免疫组化、电子显微镜 NA 图像、文本 32例狼疮性肌炎患者肌肉活检标本,并与其他炎症性肌病及非疾病对照肌肉标本进行比较(总筛查队列1736例系统性红斑狼疮患者) NA 空间转录组学 NA NA
160 2026-09-23
Circulating T-follicular helper and type I regulatory T cells have overlapping phenotypes in P. falciparum malaria and are maintained by parasite exposure
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序和多参数流式细胞术,在高度暴露于疟疾的纵向队列中表征了疟疾特异性Tfh和Tr1细胞,并评估了传播中断后这些细胞的持续性 首次在疟疾中研究Tr1样Tfh细胞(Tfh10),发现疟疾特异性Tfh和Tr1细胞具有重叠的表型和转录特征,Tfh10细胞是疟疾特异性Tfh细胞的主要表型 研究仅基于高度暴露的纵向队列,样本量可能有限,且未深入探讨Tfh10细胞的功能机制 表征疟疾特异性Tfh和Tr1细胞,并评估传播中断后这些细胞的持续性 高度暴露于疟疾的个体 免疫学 疟疾 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术 NA 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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