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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2026-04-24 |
Integrated RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological mechanisms of mitophagy-related genes in ulcerative colitis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346974
PMID:42008502
|
研究论文 | 通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据,探索线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的生物学机制并构建诊断模型 | 首次结合转录组数据集和单细胞RNA测序,系统分析线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的作用,并构建高精度诊断模型 | 研究基于公共数据集,可能需要更多外部验证来确认诊断模型的临床适用性 | 探讨线粒体自噬在溃疡性结肠炎中的影响并创建诊断模型 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照者的转录组数据及小鼠结肠炎模型 | 自然语言处理 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 逻辑回归 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 未明确说明样本数量,使用公共数据集和动物模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1402 | 2026-04-24 |
Single-cell RNA sequencing identifies microglial state changes associated with iTBS after ischemia-reperfusion injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346888
PMID:42008609
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析间歇性Theta爆发刺激(iTBS)对缺血再灌注损伤后小胶质细胞状态变化的影响 | 首次在单细胞转录组水平揭示iTBS治疗缺血性中风的细胞机制,发现小胶质细胞状态转变及其与Vav3和Cblb等基因表达变化的关联 | 研究仅基于大鼠模型,未涉及人体样本验证;未明确iTBS调控小胶质细胞状态的具体分子机制路径 | 阐明间歇性Theta爆发刺激(iTBS)在脑缺血再灌注损伤后发挥神经保护作用的细胞机制 | 大脑中动脉闭塞(MCAO)模型大鼠的神经元和小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性中风/脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 接受iTBS治疗的MCAO大鼠模型(具体样本数未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 1403 | 2026-04-24 |
Optimized Retinal Cell Dissociation for Downstream Analysis of Cone Photoreceptors
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5198-8_3
PMID:42020900
|
研究论文 | 开发了一种优化的视网膜细胞解离方案,用于下游锥体感光细胞的分子分析 | 提出了一种改进的视网膜细胞解离方法,使用木瓜蛋白酶消化、机械解离和过滤,提高了锥体感光细胞的活性和质量 | 未提及具体限制,但可能包括解离效率对不同视网膜细胞类型的差异及对脆弱细胞的潜在影响 | 开发一种可靠高效的视网膜细胞解离方法,以改善锥体感光细胞的下游分子分析 | 视网膜细胞,特别是锥体感光细胞 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞测序、转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1404 | 2026-04-24 |
FUNCellA: A Tool for Single-Sample Enrichment Analysis and Relative Pathway Activity Estimation in Single-Cell RNA Sequencing Data
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0053
PMID:42021835
|
研究论文 | 提出FUNCellA工具,用于单细胞RNA测序数据的单样本富集分析和相对通路活性评估 | 整合7种单样本富集算法与新颖的相对激活阈值方法,利用无监督工具(k-means和高斯混合模型)进行单通路活性向量聚类,实现细胞亚群功能分类 | 未提及具体局限性 | 开发一种针对单细胞RNA测序数据的相对通路活性评分框架,解决数据稀疏性和噪声问题,并支持单通路活性向量聚类以发现亚群 | 单细胞RNA测序数据(包括真实和模拟数据)以及批量RNA测序和微阵列转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、批量RNA测序(bulk RNA-Seq)、微阵列 | k-means、高斯混合模型 | 基因表达数据 | 单细胞RNA测序数据集(真实和模拟)、批量RNA测序和微阵列转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1405 | 2026-04-24 |
Mapping the function of EF-hand domain-containing protein 2 and determining its clinical relevance in non-small-cell lung cancer through single-cell transcriptomics
2026, CytoJournal
IF:2.5Q2
DOI:10.25259/Cytojournal_29_2025
PMID:42022043
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学绘制非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞图谱,并评估EFHD2在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中EFHD2的表达异质性及其与免疫细胞浸润的关联 | 未说明具体局限性 | 探讨非小细胞肺癌中EFHD2在肿瘤进展和免疫调节中的作用及JAK-STAT信号通路机制 | 非小细胞肺癌肿瘤组织及癌旁组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化,蛋白质印迹,实时定量PCR | NA | 单细胞转录组数据,组织切片图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1406 | 2026-04-24 |
Osteopontin-expressing valvular interstitial cell subpopulation as a driver of extracellular matrix remodeling in aortic valve disease
2026, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2026.1755830
PMID:42022532
|
研究论文 | 通过生物信息学再分析公开的单细胞RNA测序数据,鉴定出骨桥蛋白表达阳性的瓣膜间质细胞亚群,该亚群通过细胞外基质重塑驱动主动脉瓣疾病进展 | 首次在主动脉瓣疾病中鉴定出Spp1+瓣膜间质细胞亚群,并揭示其通过细胞外基质重构参与早期瓣膜硬化的分子机制 | 研究基于公开数据集的小鼠模型再分析,缺乏人类样本验证和功能实验 | 探究主动脉瓣疾病中致病性瓣膜间质细胞亚群及其细胞间通讯网络 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠主动脉瓣组织的单细胞转录组数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1407 | 2026-04-24 |
From genes to clinical application: a circulating four-gene signature for early diagnosis model of refractory Mycoplasma pneumoniae pneumonia
2026, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2026.1741058
PMID:42022810
|
研究论文 | 基于外周血单个核细胞中四个基因标志物建立难治性肺炎支原体肺炎早期诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序与RT-qPCR筛选出四个特异性上调基因(IGHM, NEAT1, IL32, ACTG1)并构建三分类逻辑回归模型,实现难治性肺炎支原体肺炎的早期鉴别诊断 | 研究样本量相对有限,外部验证队列仅54例,且模型基于单一中心数据,可能影响泛化性 | 识别难治性肺炎支原体肺炎的早期诊断生物标志物并构建诊断模型 | 儿童外周血单个核细胞 | 机器学习 | 肺炎支原体肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR | 多项逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 349名儿童(117名健康对照,123名普通MPP,109名RMPP),其中8名用于scRNA-seq发现队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1408 | 2026-04-24 |
Integrated profiling of RUNX3 in intratumoral NK cells activity through bulk and single-cell transcriptomic analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1787302
PMID:42023209
|
研究论文 | 通过整体和单细胞转录组分析,探究RUNX3在肿瘤内NK细胞活性中的综合作用 | 首次揭示RUNX3在肿瘤微环境中对NK细胞功能的调控作用,并利用单细胞RNA测序分析其表达与分化的关系 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内模型验证,且样本量有限 | 阐明RUNX3在NK细胞介导的抗肿瘤免疫中的生物学作用 | RUNX3基因、NK细胞、肿瘤微环境 | 机器学习 | 肺癌, 肝癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用TCGA数据库的泛癌样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序, 整体RNA测序 | NA | NA |
| 1409 | 2026-04-24 |
Single cell transcriptomics reveals dendritic cell subsets in bovine afferent lymph and immune cell-resolved responses to BCG vaccination
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1764014
PMID:42023217
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示牛传入淋巴树突状细胞亚群及其对BCG疫苗接种的免疫细胞响应 | 首次在牛模型中通过单细胞转录组学系统解析传入淋巴树突状细胞(ALDC)的亚群(cDC1和cDC2)及其对BCG疫苗接种的差异化响应,揭示了亚群特异性基因功能 | 样本量较小(3头牛),且仅关注皮肤引流淋巴结的ALDCs,未涉及其他组织或长期免疫应答 | 探究BCG疫苗接种后牛树突状细胞亚群的转录组变化及其在抗结核免疫中的作用 | 牛传入淋巴树突状细胞(ALDCs)及其他免疫细胞(单核细胞、T细胞、B细胞、NK细胞) | 单细胞转录组学 | 肺结核 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3头牛,共20,761个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1410 | 2026-04-24 |
Integrating bulk, single-cell, and spatial transcriptomics to identify a novel pyroptosis-related gene signature for predicting prognosis and tumor immune landscape in triple-negative breast cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1743222
PMID:42023218
|
研究论文 | 通过整合批量、单细胞和空间转录组学数据,构建一种新的焦亡相关基因特征,用于预测三阴性乳腺癌的预后和肿瘤免疫景观 | 首次结合多组学数据(批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学)全面识别三阴性乳腺癌中的焦亡相关基因,并构建预后特征,揭示了这些基因在肿瘤免疫微环境中的细胞和空间异质性 | 未提及 | 开发一种可靠的焦亡相关基因预后特征,用于预测三阴性乳腺癌的预后和免疫景观 | 三阴性乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化 | LASSO算法 | 转录组数据, 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 48个临床三阴性乳腺癌样本 | Illumina | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Illumina NovaSeq | TCGA和GEO数据库中的转录组数据,单细胞RNA测序和空间转录组学平台未明确指定 |
| 1411 | 2026-04-24 |
Acylation modification mediated post-translational modifications learning signature reveals ZDHHC18 promotes progression of lung adenocarcinoma by attenuating immunocyte activation
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1802631
PMID:42023227
|
研究论文 | 该研究构建了酰化修饰(AM)学习签名AM.score,并发现ZDHHC18通过减弱免疫细胞激活促进肺腺癌进展 | 首次整合12种酰化修饰类型,利用多组学共识聚类和机器学习建立跨癌种免疫治疗预测评分系统,并验证ZDHHC18作为关键分子靶点的作用 | 具体机制尚未完全阐明,且需更多独立队列验证AM.score的临床适用性 | 探索酰化修饰相关的新型治疗途径,为肺腺癌精准治疗提供预测生物标志物 | 肺腺癌患者及免疫治疗队列,包括1720名患者和8个验证队列 | 机器学习 | 肺腺癌 | 多组学共识聚类、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学 | AM.score学习签名(基于机器学习算法) | 转录组数据、多组学数据、免疫治疗响应数据 | 1720名肺腺癌患者(主队列)及8个独立队列 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1412 | 2026-04-24 |
Interferon regulatory factors: the next prospective targets for tissue ischemia-reperfusion injury?
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1782849
PMID:42023232
|
综述 | 系统阐述干扰素调节因子(IRFs)在多系统和器官组织缺血再灌注损伤中的调控机制与研究进展,并提出了“动态调控网络”和“器官-IRF轴”两个创新理论框架 | 首次提出“动态调控网络”和“器官-IRF轴”两个理论框架,揭示了IRFs功能异质性的分子基础,并前瞻性地提出整合单细胞测序、类器官模型和人工智能预测的未来研究方向 | IRFs的潜在调控机制仍需进一步研究和阐明,且存在转化瓶颈的挑战 | 系统阐述IRFs及其相关通路在组织缺血再灌注损伤中的调控机制和研究进展,从病理生理学和分子生物学角度提供理论基础 | 干扰素调节因子(IRFs)家族及其在心血管系统、中枢神经系统、肾脏、肝脏和肠道等器官中的生物学功能 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1413 | 2026-04-24 |
Integrative analysis of transcriptomics, single-cell RNA sequencing, and GraphBAN identifies de novo lipogenesis-associated genes and their potential roles in diabetic retinopathy
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1803639
PMID:42023244
|
研究论文 | 整合转录组学、单细胞RNA测序和GraphBAN模型,识别了与新生脂肪生成相关的基因及其在糖尿病视网膜病变中的潜在作用 | 首次结合GraphBAN模型预测基因与化合物相互作用,并在单细胞水平上解析了DC2和经典单核细胞在DR相关通路中的转录活性 | 该研究为探索性研究,初步发现需进一步验证,且样本量可能有限 | 识别与新生脂肪生成和糖尿病视网膜病变相关的特征基因,并探索其在疾病发病机制中的作用 | 糖尿病视网膜病变患者和对照组的血液样本及公开数据库中的转录组和单细胞数据 | 计算机视觉 | 糖尿病视网膜病变 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 分子对接 | GraphBAN | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 糖尿病视网膜病变患者与对照组血液样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 1414 | 2026-04-23 |
Spatiotemporally programming the immune-osteogenic cascade with a dual-immunomodulatory scaffold for functional bone regeneration
2026-Sep, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2026.04.002
PMID:42016199
|
研究论文 | 本文提出了一种双免疫调节骨支架(DIBS),通过顺序调节巨噬细胞和间充质干细胞的免疫功能,以修复临界尺寸骨缺损 | 创新点在于开发了一种双免疫调节支架,不仅调控巨噬细胞表型转换,还激活归巢间充质干细胞的免疫调节功能,通过CCL2/CCR2信号轴促进血管生成和成骨分化 | NA | 研究目的是通过免疫-成骨级联调控,实现功能性骨再生 | 研究对象为临界尺寸骨缺损的修复过程,涉及巨噬细胞和间充质干细胞 | 数字病理学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1415 | 2026-04-23 |
Ion channel/Stat6-driven nano-immune programming of tissue-resident macrophages by amide-functionalized nanocellulose
2026-Aug, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2026.03.038
PMID:42004621
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析,探讨了酰胺功能化纳米纤维素对组织驻留巨噬细胞的免疫重编程机制 | 揭示了酰胺功能化纳米纤维素通过激活电压门控离子通道和Stat6信号通路,促进M2巨噬细胞极化,而不引发适应性免疫反应 | 研究仅基于14天亚急性窗口和28天脾细胞分析,长期效应和具体分子机制需进一步验证 | 阐明纳米纤维素表面化学介导的免疫重编程机制 | 原始纤维素纳米晶体和酰胺功能化纤维素纳米晶体 | 纳米生物材料 | NA | scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, 药理学抑制, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据, 组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1416 | 2026-04-23 |
Construction of ammonia death-related lncRNA prognostic signature model and immunomodulatory effect in glioblastoma multiforme
2026-Jul-01, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2026.150266
PMID:41861940
|
研究论文 | 本研究构建了一个与氨死亡相关的lncRNA预后特征模型,并探讨了其在多形性胶质母细胞瘤中的免疫调节作用 | 首次将氨诱导的细胞死亡(一种不同于凋亡和铁死亡的新机制)相关的lncRNA与GBM预后及免疫微环境联系起来,构建了新型预后特征模型 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞验证,缺乏体内实验和临床样本的直接功能验证 | 探索氨死亡相关lncRNA在GBM中的预后价值,并阐明其代谢-免疫调控机制 | 多形性胶质母细胞瘤(GBM)患者数据及GBM细胞系 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR、LASSO-Cox回归分析 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | TCGA-GBM数据集和独立CGGA队列,以及U-251、U-87 MG人GBM细胞系和正常人星形胶质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1417 | 2026-04-23 |
Integrating single-cell atlases and machine learning to construct 'in silico patients' for predicting individualized drug responses
2026-Jun, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2026.117873
PMID:41796725
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综述 | 本文综述了整合单细胞图谱和机器学习构建'硅基患者'框架以预测个体化药物反应的新兴概念 | 提出'硅基患者'预测框架,整合大规模单细胞图谱、药物基因组数据库和患者特异性scRNA-seq数据,利用AI(特别是深度学习和迁移学习)实现个体化药物反应预测,并形成'预测-验证-优化'闭环 | 当前挑战包括多组学和空间信息整合的复杂性,以及临床转化中的验证需求 | 开发下一代个体化药物反应预测工具,以应对肿瘤内细胞异质性驱动的耐药性挑战 | 肿瘤生态系统,包括肿瘤微环境(TME)和临床相关患者单细胞数据 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多组学整合 | 深度学习,迁移学习 | 单细胞RNA-seq数据,药物基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1418 | 2026-04-23 |
ELK1/NOL3/GRP78 axis regulates proliferation and stemness in TP53-mutant colon cancer by enhancing adaptive endoplasmic reticulum stress
2026-Jun, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2026.168227
PMID:41864308
|
研究论文 | 本文研究了ELK1/NOL3/GRP78轴在TP53突变结肠癌中通过增强适应性内质网应激来调控增殖和干细胞特性的机制 | 揭示了TP53突变肿瘤干细胞中内质网应激与线粒体代谢途径的同步激活,并首次将ELK1/NOL3/GRP78轴鉴定为驱动适应性内质网应激和干细胞特性的上游调控因子 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限,且未探讨该轴在其他癌症类型中的普适性 | 探究TP53突变结肠癌中适应性内质网应激的上游调控机制及其对肿瘤进展的影响 | TP53突变与野生型结肠癌细胞系(SW480、HT-29、HCT116)及TCGA-COAD和GEO队列的临床数据 | 癌症生物学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、DESeq2、LASSO回归、CCK-8、集落形成、微球形成、异种移植、双荧光素酶报告基因、免疫共沉淀、Western blot | NA | 单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据、临床数据 | TCGA-COAD和GEO队列的结肠癌样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1419 | 2026-04-23 |
Single-cell RNA sequencing reveals the characteristics of porcine viral diseases, development, and immune repertoires: Current status and challenges
2026-Jun, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2026.105929
PMID:41865947
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综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序技术在猪研究中的应用进展,涵盖疾病机制、发育生物学和免疫学特征三个方面 | 首次系统性地将scRNA-seq技术在猪研究中的三大应用方向(疾病解码、发育探索、免疫分析)进行整合综述,并分析了该技术在当前猪研究中的独特挑战与未来前景 | 猪参考基因组注释不完整、样本获取与处理困难、数据分析复杂度高 | 为scRNA-seq在猪传染病防控、遗传育种和生物医学模型开发中发挥更大作用提供研究思路 | 猪(作为农业经济动物和人类疾病模型) | 数字病理学 | 病毒性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1420 | 2026-04-23 |
A comprehensive multi-omics and functional study of evolutionary adaptive responses to smoke
2026-May-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115547
PMID:42016314
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研究论文 | 本研究通过多组学和功能分析,全面探讨了吸烟引起的进化适应性反应,识别了吸烟特征及其在气道中的空间分布,并揭示了关键调控基因 | 结合单细胞和空间转录组学数据映射吸烟特征,识别人类特异性烟雾反应基因,表明进化适应,并通过甲基化和ChIP-seq分析确定主调控因子 | 研究可能受限于样本队列的多样性和规模,且进化适应性的机制需要进一步验证 | 研究吸烟引起的进化适应性反应及其在慢性肺病发展中的作用 | 当前吸烟者和非吸烟者的肺组织,包括人类和非人类灵长类动物 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组学、单细胞RNA-seq、空间转录组学、甲基化分析、ChIP-seq | NA | 转录组数据、单细胞数据、空间数据、甲基化数据、ChIP-seq数据 | 多个队列的当前吸烟者和非吸烟者样本,包括人类和非人类灵长类动物 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |