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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-04-30 |
Integration of Spatiotemporal Multi-Omics in Peach Fruit Unravels a Metabolic Niche and the Genetic Basis of Trichome-Mediated Stress Adaptation
2026-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520438
PMID:42037236
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研究论文 | 整合空间转录组学与质谱成像技术构建桃果实早期发育的多维图谱,揭示代谢区室化与毛状体介导的抗逆遗传基础 | 首次构建蔷薇科水果的空间分辨多组学资源,并鉴定出Prupe.7G196500为整合茉莉酸信号促进毛状体发育与抗旱性的新型候选调控因子 | 对早期器官发生的系统层面理解仍有限,且研究仅针对单一物种及其变种 | 研究桃果实早期发育过程中基因表达与代谢的时空协调机制及其遗传基础 | 桃果实及其光滑变种油桃 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | NA | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | NA |
| 122 | 2026-04-30 |
Network medicine and single-cell mapping identify a collagen-rich, fibrosis-associated hub module in Duchenne muscular dystrophy
2026-Jul, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05376-9
PMID:42053795
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研究论文 | 通过网络医学和单细胞映射识别杜氏肌营养不良症中胶原丰富、与纤维化相关的枢纽模块 | 首次通过加权基因共表达网络分析和单细胞RNA测序,将杜氏肌营养不良症的纤维化信号特异性地映射到肌腱成纤维细胞,并鉴定了六个关键枢纽基因,同时筛选出候选药物卤夫酮 | 尚不清楚,摘要中未明确提及局限性 | 识别与杜氏肌营养不良症细胞外基质重塑相关的关键转录程序、枢纽基因网络、免疫微环境特征,并预测潜在治疗药物 | 杜氏肌营养不良症患者的转录组数据和单细胞RNA测序数据,以及体外炎症诱导的成纤维细胞模型 | 生物信息学 | 杜氏肌营养不良症 | 加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、体外验证 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2026-05-12 |
Molecular mechanisms linking cadmium chloride exposure to ankylosing spondylitis: an integrative network-based study
2026-Jul, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05394-7
PMID:42113191
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研究论文 | 采用网络毒理学框架,整合多机器学习和单细胞转录组分析,揭示氯化镉暴露与强直性脊柱炎之间的分子机制 | 首次通过网络毒理学结合多种机器学习算法(LASSO、SVM、随机森林和XGBoost)鉴定氯化镉暴露与强直性脊柱炎的核心共靶基因,并利用孟德尔随机化和单细胞RNA-seq虚拟敲除验证ETFA的因果作用 | 研究基于公开数据库和计算分析,缺乏大规模的队列验证和深入的体内实验验证 | 阐明氯化镉慢性暴露通过免疫调控异常参与强直性脊柱炎发病的分子机制 | 氯化镉暴露相关的毒理学靶点与强直性脊柱炎患者差异表达基因的交集基因 | 机器学习 | 强直性脊柱炎 | NGS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, SVM, 随机森林, XGBoost | 基因表达数据 | GSE73754数据集(AS相关DEGs)、GSE194315数据集(单细胞RNA-seq) | NA | NA | NA | NA |
| 124 | 2026-07-25 |
Exploring peripheral immune mechanisms and potential therapeutic drugs for Alzheimer's disease
2026-Jul, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05397-4
PMID:42089894
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| 125 | 2026-07-25 |
Integrative single-cell transcriptomics and co-expression network analysis identify SIMALR as a prognostic immune-related lncRNA in breast cancer: in silico analysis and validation
2026-Jul, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05156-5
PMID:42103982
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| 126 | 2026-07-25 |
tBid-Mediated Genetic Ablation of Connective Tissue Cells Reveals Their Key Regulatory Function During Limb Regeneration in Axolotls
2026-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524339
PMID:42201602
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| 127 | 2026-07-25 |
Ankyrin-B and ankyrin-G are required for synaptic integrity in the mouse outer retina
2026-Jul, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgag239
PMID:42491609
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| 128 | 2026-07-25 |
Beyond the Brain: Circulating Tumor Cells as a Tool for Diagnosis and Monitoring
2026-Jul, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-25-01199
PMID:42492027
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 129 | 2026-07-25 |
An interpretable multi-task whole-slide histopathology AI model for non-small cell lung cancer: Cross-cohort generalisation, spatial attention-transcriptomic integration, and molecular-immune profiling
2026-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70744
PMID:42494157
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2026-07-25 |
Cell-type-specific architecture of the hypothalamus in a socially plastic vertebrate
2026-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.25.734636
PMID:42427733
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2026-07-25 |
Circulating T-follicular helper and type I regulatory T cells have overlapping phenotypes in P. falciparum malaria and are maintained by parasite exposure
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.24.734380
PMID:42427645
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2026-07-25 |
Anti-amyloid immunotherapy drives APOE4 specific increases in glial reactivity, perivascular immune activation, and ARIA-like events
2026-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.26.734793
PMID:42427668
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2026-07-02 |
IntegrateRigor: annotation-free integration optimization for cell identity recovery reveals cancer-immune interface niches
2026-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725078
PMID:42182279
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研究论文 | 提出IntegrateRigor框架,无需注释即可优化单细胞与空间转录组数据整合,恢复细胞身份并揭示癌症-免疫界面微环境 | 首次提出数据驱动、无注释、方法无关的积分优化框架,通过基因稳定性评分与整合平衡指标自动选择基因与超参数,无需先验细胞身份注释 | 该方法依赖于批次间稳定性基因的选择,可能忽略某些批次特异性但有生物学意义的基因;对高度复杂或小样本数据集的表现需进一步验证 | 解决单细胞和空间转录组数据整合中过度整合与欠整合问题,实现可靠的细胞身份恢复 | 结直肠癌的单细胞与空间转录组数据集,以及涵盖多种批次间变异来源的多个公开数据集 | 机器学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录数据 | 结直肠癌数据集及多个公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 134 | 2026-07-25 |
An Integrated muti-omics cell atlas of the human trabecular meshwork and ciliary body
2026-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.17.732980
PMID:42395492
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2026-06-18 |
CXCL8 producing macrophages shape gastric cancer outcomes
2026-Jun-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05452-9
PMID:42307886
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研究论文 | 基于趋化因子构建预后模型并揭示CXCL8阳性巨噬细胞在胃癌肿瘤微环境中的作用 | 首次构建基于六种差异表达趋化因子的预后模型,并结合单细胞RNA测序鉴定CXCL8主要来源于巨噬细胞,揭示其通过SPP1信号通路促进肿瘤的机制 | 未明确说明数据来源的潜在偏倚及模型的临床验证范围 | 开发基于趋化因子的胃癌预后签名并阐明其细胞基础 | 胃癌患者转录组数据及单细胞RNA测序样本 | 机器学习 | 胃癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归 | 转录组数据,单细胞基因表达数据 | TCGA和GEO队列整合数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2026-07-25 |
Identification of Estrogen-Related Biomarkers in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease Through Machine Learning and Single-Cell Analysis
2026-Jun-10, Clinical and translational gastroenterology
IF:3.0Q2
DOI:10.14309/ctg.0000000000001059
PMID:42269031
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2026-06-10 |
Development and validation of a cuproptosis-immune prognostic signature for risk stratification and personalized therapy in cutaneous melanoma
2026-Jun-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05396-0
PMID:42262432
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研究论文 | 基于铜死亡与免疫相关基因构建皮肤黑色素瘤预后风险特征,用于风险分层和个性化治疗决策 | 首次将铜死亡与免疫相关基因联合分析,构建12基因预后模型,并通过单细胞RNA测序和功能实验验证XCL2基因抑制黑色素瘤细胞增殖、迁移和侵袭的作用 | 研究基于TCGA和GTEx数据库,缺乏独立外部验证队列;功能实验仅针对XCL2基因,其他模型基因的机制有待探索 | 开发并验证一种结合铜死亡与免疫相关基因的预后特征,用于皮肤黑色素瘤的风险分层和个性化治疗 | 皮肤黑色素瘤患者 | 机器学习 | 皮肤黑色素瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 铜死亡相关分析, 免疫相关分析 | Cox回归, LASSO回归, 列线图 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的皮肤黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 138 | 2026-06-10 |
ArchVelo: archetypal velocity modeling for single-cell multi-omic trajectories
2026-Jun-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74000-4
PMID:42248920
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研究论文 | ArchVelo是一个从配对单细胞染色质可及性和转录组数据推断细胞轨迹的计算框架 | 将染色质可及性表示为共享调控程序的“原型”(archetypes),模型调控对转录的动态影响 | 未提及 | 从静态单细胞数据推断细胞动态和基因调控轨迹 | 小鼠脑、人类造血、病毒感染的CD8 T细胞 | 机器学习 | 病毒感染 | 单细胞多组学 | 原型速度模型 | 单细胞染色质可及性(scATAC-seq)和转录组(scRNA-seq)数据 | 小鼠脑、人类造血数据集及病毒感染的CD8 T细胞样本 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 139 | 2026-06-06 |
Integrative genomic analysis of 21 orofacial diseases identifies shared genetic architecture with systemic diseases
2026-Jun-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73925-0
PMID:42243103
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研究论文 | 通过对英国生物银行中21种口面部疾病的整合基因组分析,发现48个新基因座并优先筛选出160个推定致病基因,揭示了口面部疾病与全身疾病之间的遗传结构和因果关系 | 首次系统性地对21种口面部疾病进行全基因组、全转录组、罕见变异关联研究和孟德尔随机化的整合分析,发现了ALDH1A2基因同义变异通过影响翻译效率与牙周炎相关,并利用单细胞RNA测序揭示了牙周炎组织中视黄酸信号受损及Th17偏斜的免疫表型 | 未明确提及局限性,但可能包括因果关系验证的样本选择偏差或UK Biobank人群代表性不足等问题 | 探究口面部疾病与全身疾病的遗传结构和因果关系 | 21种口面部疾病(如牙周炎、龋齿、舍格伦综合征等)及全身疾病(如肺癌、脑卒中) | 机器学习 | 老年性疾病 | 全基因组关联分析、全转录组关联分析、罕见变异关联研究、孟德尔随机化、CRISPR-Cas9编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、遗传变异数据、单细胞表达数据 | 英国生物银行(UK Biobank)中21种口面部疾病患者及对照组数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 140 | 2026-06-06 |
Inference of spatial chromatin accessibility via integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics data
2026-Jun-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73948-7
PMID:42243114
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研究论文 | 提出了一个统一的计算方法ISON,通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据,推断空间染色质可及性 | ISON能够准确预测空间位点的染色质可及性图谱,并重建空间分辨的基因调控网络,且在时间和内存上具有可扩展性;其预测的染色质可及性可捕捉顺式和反式调控信息,并能估计位点水平的转录因子活性,区分同一家族内的转录因子,这是仅依靠染色质可及性数据的方法所不具备的特点 | 当前尚无商用试剂盒可同时进行空间多组学分析,阻碍了广泛数据生成 | 开发一种统一的计算方法,通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据,实现空间多组学分析 | 空间转录组数据和单细胞多组学数据(基因表达和染色质可及性) | 计算生物学、机器学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算建模 | 深度学习模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 阿尔茨海默病数据(样本数量未在摘要中明确) | 不适用 | 空间转录组学、单细胞多组学(单细胞RNA-seq与单细胞ATAC-seq联合分析) | 不适用 | 不适用 |