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当前共找到 9342 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-09-23 |
A multiperspective evaluation framework of spatial transcriptomics clustering methods
2026-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqag075
PMID:42421749
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研究论文 | 该文章提出了一个名为MultimetricST的Python框架，用于多角度评估空间转录组学聚类方法，并在合成数据集和多种空间转录组技术数据集上对十一种深度学习方法进行了系统评估 | 提出了MultimetricST框架，整合了基于标签和无标签的评估指标，克服了传统评估方法在注释不完整或缺失时的局限性，能够联合评估转录组信息和空间信息的整合效果 | 未明确提及该框架的具体局限性 | 为空间转录组学聚类方法提供一个统一、灵活的多角度评估策略，支持方法的比较、稳健评估和方法选择 | 空间转录组学聚类方法及其识别的空间域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 2个合成数据集和13个来自7种空间转录组技术的数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2026-09-23 |
A multi-omics atlas reveals spatially resolved sphingolipid metabolic reprogramming after spinal cord injury
2026-Sep, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2026.115840
PMID:42167519
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研究论文 | 该研究整合脂质组学、空间转录组学和单细胞RNA测序，构建了脊髓损伤后鞘脂代谢的多维时空图谱，揭示了小胶质细胞鞘脂代谢重编程在继发性损伤中的作用。 | 首次整合高通量脂质组学、空间转录组学和单细胞RNA测序，系统构建脊髓损伤后鞘脂代谢的多维时空图谱；发现以Hsd17b4和Spp1高表达为特征的新型小胶质细胞亚群（高鞘脂代谢亚型）；揭示鞘脂代谢活性持续升高阻碍小胶质细胞回归稳态并驱动其向慢性病理表型极化。 | 摘要中未明确提及研究局限性。 | 系统解析脊髓损伤后以鞘脂代谢为中心的损伤微环境时空改变模式及其与神经免疫炎症相关的调控机制。 | 多种脊髓损伤模型（具体模型类型和数量未在摘要中说明） | 多组学、空间转录组学、单细胞组学 | 脊髓损伤 | 高通量脂质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光染色、拟时序轨迹分析 | NA | 脂质组数据、空间转录组数据、单细胞转录组数据、图像数据 | NA | NA | 脂质组学、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2026-09-23 |
Integrative transcriptomic and bioinformatic analyses predict candidate EMT-related genes in sepsis-associated acute lung injury
2026-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05522-3
PMID:42283835
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研究论文 | 通过整合转录组和生物信息学分析，预测脓毒症相关急性肺损伤中与EMT相关的候选基因并描述其免疫特征 | 结合人类转录组数据集与单细胞RNA测序数据库，应用ComBat算法去除批次效应，并采用多种机器学习算法（SVM、LASSO、随机森林）进行层次基因筛选，首次预测了脓毒症相关急性肺损伤中五个EMT相关候选基因（AURKA、MYB、CCNA2、CD24、TYMS）及MIF-(CD74+CXCR4)轴的作用 | 所有结果均基于生物信息学分析，仅为假设生成，未经实验验证 | 探索脓毒症相关急性肺损伤的潜在候选分子标志物，推断调控信号通路并描述其免疫特征 | 人类转录组数据集和单细胞RNA测序数据库中的脓毒症相关急性肺损伤样本 | 机器学习 | 脓毒症相关急性肺损伤 | 转录组测序、单细胞RNA测序 | 支持向量机、LASSO、随机森林 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2026-09-23 |
Molecular mechanism by which perfluorooctane sulfonate regulates the initiation and progression of prostate cancer via the ENTPD5-adenine axis
2026-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05583-4
PMID:42319417
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研究论文 | 该研究通过整合网络毒理学、转录组差异分析、加权基因共表达网络分析、多算法机器学习、单细胞与空间转录组学、代谢组学及结构建模，揭示了PFOS通过ENTPD5-腺嘌呤轴调控前列腺癌发生发展的分子机制。 | 首次系统性地构建了PFOS-ENTPD5-腺嘌呤的机制轴，将环境污染物暴露与前列腺癌的嘌呤代谢重编程联系起来，并整合了网络毒理学、多算法机器学习、单细胞与空间转录组学、代谢组学及分子动力学模拟等多层次方法。 | 摘要未明确说明研究的局限性，缺乏体内功能验证实验及临床队列验证数据。 | 系统阐明PFOS相关前列腺癌发生的机制，重点识别可干预的分子靶点及代谢相关通路。 | PFOS暴露相关的前列腺癌发生发展过程及其分子靶点 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 转录组学，单细胞转录组学，空间转录组学，代谢组学，网络毒理学，分子对接，分子动力学模拟 | 多算法机器学习 | 图像，文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 125 | 2026-09-23 |
Bisphenol A promotes esophageal carcinogenesis by activating the MMP1-PCOLCE regulatory axis and remodeling the tumor immune microenvironment
2026-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05625-x
PMID:42373973
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研究论文 | 该研究整合转录组差异表达分析、WGCNA、127种机器学习模型、单细胞RNA测序、分子对接与分子动力学模拟以及scTenifoldKnk虚拟基因敲除，系统揭示双酚A通过激活MMP1-PCOLCE调控轴并重塑肿瘤免疫微环境促进食管癌发生 | 首次提出BPA通过激活MMP1-PCOLCE调控轴并重塑肿瘤免疫微环境促进食管癌发生的新机制，并整合127种机器学习预测模型、SHAP可解释性分析与scTenifoldKnk虚拟基因敲除系统识别核心靶点 | 摘要中未明确说明研究局限性，缺乏体内实验验证与临床样本验证 | 系统识别BPA驱动食管癌发生的关键分子靶点并阐明其分子机制 | BPA驱动的食管癌发生过程及相关分子靶点、肿瘤微环境细胞亚群 | 机器学习 | 食管癌 | 转录组差异表达分析、WGCNA、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、SHAP分析、scTenifoldKnk虚拟基因敲除 | 127种机器学习预测模型、SHAP、scTenifoldKnk | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | NA |
| 126 | 2026-09-23 |
Astatine 211-based conditioning with a humanized CD45 antibody for autologous hematopoietic stem cell gene therapy
2026-08-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2026033789
PMID:42224345
|
研究论文 | 该研究使用人源化CD45抗体BC8标记α发射体砹-211（211At），在非人灵长类动物中评估CD45靶向放射免疫治疗（RIT）作为自体造血干细胞基因治疗前的清髓性预处理方案，并利用单细胞测序评估基因编辑效率 | 首次将α发射体211At标记的人源化CD45抗体用于非人灵长类动物自体造血干细胞基因治疗的预处理，替代传统全身照射清髓方案；开发了新的单细胞测序检测方法，能够精确评估多重基因编辑效率，发现传统批量分析低估了基因编辑细胞的频率 | 研究仅在非人灵长类动物中进行，尚未在人体临床试验中验证；样本量较小（共4只动物）；随访时间虽超过18个月，但长期安全性和有效性仍需进一步评估 | 评估基于211At的CD45靶向放射免疫治疗作为自体造血干细胞基因治疗前清髓性预处理方案的可行性和有效性，替代传统全身照射预处理 | 非人灵长类动物（猕猴） mobilized CD34+ 造血干细胞和祖细胞（HSPCs），经腺嘌呤碱基编辑器多重基因编辑（修饰HBG启动子重新激活胎儿血红蛋白并删除CD33） | 基因治疗 | 血液疾病 | 放射免疫治疗（RIT）、碱基编辑、单细胞测序 | NA | 序列数据 | 4只非人灵长类动物（2只接受300 μCi/kg，2只接受400 μCi/kg 211At） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 127 | 2026-09-23 |
ETS1 Orchestrates a Hybrid EMT Program Driving Metastasis and Immune Evasion
2026-08-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3134
PMID:42153907
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析上呼吸消化道鳞状细胞癌细胞及患者肿瘤，揭示ETS1作为主调控因子驱动混合上皮-间质转化程序，同时促进肿瘤转移和免疫逃逸。 | 首次发现ETS1作为混合上皮-间质转化程序的主调控因子，同时直接激活促转移基因和通过转录激活STAT1及CD274（PD-L1）塑造免疫冷肿瘤微环境，揭示了ETS1双重驱动肿瘤远端转移和免疫逃逸的新机制，并提名HSP90抑制剂（如alvespimycin）作为ETS1驱动肿瘤的靶向治疗策略。 | 摘要中未明确提及研究局限性。 | 探究驱动肿瘤转移和免疫逃逸的转录瘤内异质性程序，以识别潜在的治疗和预防方法。 | 上呼吸消化道鳞状细胞癌细胞及患者肿瘤。 | 数字病理学 | 上呼吸消化道鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2026-09-23 |
Prenatal exposure to polystyrene nanoplastics impairs offspring fertility in mice by disrupting meiotic recombination and chromatin accessibility in oocytes
2026-08, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-026-04371-6
PMID:42047698
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和多组学方法揭示了产前聚苯乙烯纳米塑料暴露通过破坏卵母细胞减数分裂重组和染色质可及性而损害后代生育能力的机制 | 首次发现产前纳米塑料暴露通过干扰组蛋白修饰（乙酰化降低、泛素化/SUMO化增加）和染色质可及性，破坏减数分裂轴组装和重组相关位点，并鉴定出停滞在偶线期的卵母细胞亚群发生凋亡和自噬，揭示了染色质重塑是纳米毒性的脆弱靶点 | 研究仅基于小鼠模型，未验证人类相关性；仅测试单一剂量（10 mg/kg/day）和单一粒径的PS-NPs；未评估多代效应；分子机制细节有待进一步验证 | 阐明产前PS-NPs暴露对雌性后代生育能力的跨代影响，并解析卵母细胞减数分裂缺陷背后的分子机制 | 产前暴露于聚苯乙烯纳米塑料的小鼠及其雌性后代卵母细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 生殖障碍 | 单细胞转录组测序, 单细胞ATAC测序, 功能细胞实验 | NA | 图像, 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | NA |
| 129 | 2026-09-23 |
Cardiovascular toxicity of ethyl maltol exposure: a comprehensive investigation from virtual screening to experimental validation
2026-08, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-026-04394-z
PMID:42047701
|
研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、机器学习、分子对接与动力学模拟，以及体内外实验（含转录组和单细胞RNA测序），系统评估了乙基麦芽酚的心血管毒性，并确定HMOX1为核心靶点 | 首次揭示了乙基麦芽酚这一广泛使用的合成增味剂通过HMOX1驱动的炎症失调导致心血管毒性的风险，并建立了一个从虚拟筛选到实验验证的可转化范式用于食品添加剂和环境污染物安全性评估 | 未在摘要中明确说明 | 评估乙基麦芽酚的长期心血管安全性，并阐明其毒性作用的分子机制 | 乙基麦芽酚（一种广泛使用的合成增味剂）及其对心血管系统的影响 | 机器学习 | 心血管疾病 | 网络毒理学, 机器学习, 分子对接, 分子动力学模拟, 转录组测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型, 分子对接模型, 分子动力学模拟 | 文本, 图像, 基因表达数据 | 小鼠（5、10、20 mg/kg乙基麦芽酚暴露）及人内皮细胞（10、20、40 μM乙基麦芽酚处理） | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 130 | 2026-09-23 |
Endothelial Continuum and Capillary Specialization in Pulmonary Vascular Development
2026-Aug, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.126.322483
PMID:42389786
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综述 | 本文综述了肺血管发育中内皮细胞的连续性及毛细血管特化，重点讨论了单细胞和空间转录组学揭示的内皮细胞动静脉转录谱及区域特异性身份 | 整合了单细胞和空间转录组学的最新进展，揭示了肺泡毛细血管内皮细胞类型1和2等新发现的异质性，并强调位置背景、血管口径和血流相关转录程序对内皮特化的影响 | 作为综述，缺乏原始实验数据，且新兴成像平台在连接分子身份与空间组织及动态细胞行为方面的应用仍处于探索阶段 | 总结肺血管形态发生、内皮命运特化及毛细血管多样化的当前理解，并探讨新兴成像平台如何帮助连接分子身份与空间组织及动态细胞行为 | 肺血管发育过程中的内皮细胞，特别是毛细血管床中的内皮细胞群体 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 131 | 2026-09-23 |
Lineage-aware stochastic modeling reveals gene-expression dynamics in development and disease
2026-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.25.734628
PMID:42395557
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研究论文 | 本文提出了LaVOUS，一个基于谱系感知的概率框架，用于在重建的谱系树上建模稀疏的单细胞基因表达计数，并在模拟和真实数据中验证其性能 | 将布朗运动与Ornstein-Uhlenbeck模型、负二项观测模型和可扩展变分推断相结合，实现了基于似然的基因表达遗传力检验、分支特异性表达变化检测和祖先表达重建，克服了传统方法将细胞视为独立快照的局限 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一个谱系感知的概率框架来研究单细胞基因表达动态，以更准确地检测与谱系相关的表达变化 | 转移性肺癌、类别转换B细胞和发育中大脑的单细胞谱系数据 | 机器学习, 计算生物学 | 肺癌 | single-cell RNA-seq | 布朗运动模型, Ornstein-Uhlenbeck模型, 负二项模型, 变分推断 | 基因表达计数数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2026-09-23 |
VCAM-1-targeting peptide assemblies protect vascular endothelium and prolong cardiac xenograft survival
2026-Jul-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec5707
PMID:42418593
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序鉴定出VCAM-1内皮细胞亚群是猪到灵长类异种心脏移植急性排斥反应中易受损的主要内皮亚型，并开发了靶向VCAM-1的纳米颗粒（VTN）来保护该细胞群，从而延长异种移植心脏的存活时间 | 首次鉴定出VCAM-1内皮细胞亚群是异种心脏移植急性排斥反应中易受损的主要内皮亚型，并开发了整合VCAM-1结合肽、自组装肽纳米纤维涂层和局部免疫调节药物递送三种功能模块的靶向纳米颗粒（VTN），将异种移植心脏存活时间从6.7天延长至27.0天，延长近四倍 | 摘要中未提及该研究的局限性 | 解决异种心脏移植中长期移植物存活受内皮细胞功能障碍限制的问题，通过保护易受损的VCAM-1内皮细胞亚群来改善异种移植 outcomes | 猪到灵长类的异种心脏移植模型中的内皮细胞 | 单细胞组学、纳米医学 | 心血管疾病、器官移植排斥反应 | 单细胞RNA测序、一珠一化合物筛选、纳米颗粒递送 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2026-09-23 |
PanKbase Integrated Single-Cell Map: A Comprehensive Atlas of Human Pancreatic Islets
2026-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.02.729719
PMID:42327171
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研究论文 | 该研究通过整合公开的人类胰岛单细胞RNA测序数据，构建了一个全面的人类胰岛单细胞图谱，涵盖多种糖尿病表型 | 整合了来自多个来源和实验室的公开数据，系统性地考虑了年龄、性别、BMI、研究来源、治疗、胰岛分布资源和测序化学等变量，构建了大规模、高质量的胰岛单细胞图谱 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 构建全面整合的人类胰岛单细胞RNA测序图谱，以克服单个数据集规模有限和碎片化的问题，为研究1型糖尿病等糖尿病的病理生理学提供平台 | 人类胰岛组织，来自140名供体，包括无糖尿病对照组、自身抗体阳性无糖尿病、前驱糖尿病、1型糖尿病和2型糖尿病患者 | 单细胞转录组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 191个高质量样本，来自140名供体，共448,935个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 134 | 2026-09-23 |
Extreme conservation of cnidarian stinging cell identity despite 600 million years of evolution
2026-Jul-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.16.732747
PMID:42367904
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序和转录谱系重建，在珊瑚和海葵中揭示FoxL2基因控制刺细胞多样性演化的关键开关，决定穿刺细胞（nematocyte）或缠绕细胞（spirocyte）的分化。 | 首次发现单一基因FoxL2控制刺细胞多样性演化的关键开关，并发现缠绕细胞（spirocyte）是高度保守的'活化石'细胞，其保守性远超穿刺细胞。 | 仅研究了珊瑚和海葵两种刺胞动物，样本范围有限，且未进行功能实验验证FoxL2的具体调控机制。 | 理解细胞特化机制，重建刺胞动物刺细胞的演化历史。 | 珊瑚和海葵的刺细胞（cnidocytes）。 | 单细胞转录组学、演化生物学 | NA | 单细胞RNA测序、转录谱系重建 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 135 | 2026-09-23 |
Multi-omics characterization of astrocyte subtypes reveals spatially coordinated astrocyte downregulation in depression
2026-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.07.02.735636
PMID:42427711
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研究论文 | 该研究结合空间转录组学与匹配的snRNA-seq和snATAC-seq数据集，对星形胶质细胞亚型进行空间定位，揭示其在重度抑郁症深皮层中的空间协调下调 | 首次在空间背景下解析星形胶质细胞亚型的分子异质性，整合空间转录组学、snRNA-seq和snATAC-seq多组学数据，发现MDD dlPFC深皮层中空间定位的星形胶质细胞功能障碍，并聚焦于PSAP-GPR37L1信号轴 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 在空间背景下解析星形胶质细胞亚型的分子特征及其对重度抑郁症病理的区域性贡献 | 重度抑郁症患者背外侧前额叶皮层（dlPFC）中的星形胶质细胞亚型及其与邻近细胞的相互作用 | 空间转录组学, 单细胞多组学 | 重度抑郁症 | 空间转录组学, snRNA-seq, snATAC-seq | NA | 空间转录组数据, 单细胞核RNA测序数据, 单细胞核ATAC测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞核RNA-seq, 单细胞核ATAC-seq | NA | NA |
| 136 | 2026-09-23 |
Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis
2026-Jul-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2026.05.005
PMID:42242209
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研究论文 | 该文章提出了STACCato，一种基于监督张量分析的工具，用于利用张量回归模型识别与生物条件相关的细胞间通讯事件 | 提出了基于张量的回归模型，能够对生物条件（如疾病状态或组织类型）与个体细胞间通讯事件之间的关系进行统计推断，同时校正混杂因素和细胞间通讯事件之间的固有依赖性 | 未明确提及 | 识别与生物条件相关的细胞间通讯事件，并解决现有方法在可解释性、混杂因素校正和依赖性建模方面的局限 | 狼疮单细胞RNA测序数据集和自闭症单核RNA测序数据集中的细胞间通讯事件 | 机器学习 | 狼疮，自闭症 | scRNA-seq，snRNA-seq | 张量回归模型 | 文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq，single-nucleus RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2026-09-23 |
conMItion: an R package adjusting confounding factors for associations in multi-omics
2026-07-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag472
PMID:42378451
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研究论文 | 该文章介绍了 conMItion R 包，用于在多组学数据中估计条件互信息并调整混杂因素，以识别癌症相关基因和调控网络 | 提出了 conMItion R 包，可灵活调整一个或两个混杂因素，并估计条件互信息及其统计显著性 | 未明确提及研究局限性 | 开发一个 R 包，用于在多组学关联分析中调整混杂因素，并估计条件互信息及其统计显著性 | 癌症多组学数据，包括膀胱癌和肺癌单细胞 RNA 测序数据 | 机器学习 | 膀胱癌, 肺癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2026-09-23 |
Multi-modality Graph Representation Learning for Malignant Cell Identification from scRNA-seq using DeepMalignant
2026-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.29.734828
PMID:42427738
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研究论文 | 该论文开发了DeepMalignant，一种无监督多模态图注意力自编码器，联合整合基因表达和拷贝数变异信息，用于从单细胞RNA测序数据中识别恶性肿瘤细胞 | 首次提出无监督多模态图注意力自编码器，联合整合基因表达和CNA信息进行恶性肿瘤细胞识别，并在多个平台和癌症类型上展现出优于现有方法的性能 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一种精确、可泛化且稳健的方法，从单细胞RNA测序数据中区分恶性肿瘤细胞与正常细胞 | 五种数据集共26个样本，涵盖四种癌症类型（乳腺癌、结直肠癌、胰腺癌和卵巢癌），以及两个导管原位癌样本（DCIS2和DCIS1） | 机器学习 | 乳腺癌、结直肠癌、胰腺癌、卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 图注意力自编码器 | 图像、文本 | 26个样本（涵盖四种癌症类型的五种数据集），以及2个导管原位癌样本（DCIS2和DCIS1） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 139 | 2026-09-23 |
Scalable multi-group nonnegative spatial factorization for spatial genomics data with cell-type heterogeneity
2026-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.29.735224
PMID:42433294
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研究论文 | 该论文提出了一种可扩展的多组非负空间因子分解方法（smNSF），通过整合空间坐标和细胞类型标签的统一矩阵分解模型，实现细胞类型感知的空间基因表达模式分解 | 将空间坐标与细胞类型标签整合到统一的矩阵分解框架中，使用多组高斯过程（MGGP）作为先验以细胞类型特异性的方式捕捉复杂空间变异，同时通过非负约束增强可解释性，并开发了支持可扩展优化的变分推断框架 | 方法依赖于空间转录组数据中已知的细胞类型标签，在缺乏细胞类型注释的情况下可能受限 | 解决现有降维方法忽视空间信息或难以区分空间基因模式与细胞类型差异驱动的模式的问题，提高空间转录组数据的生物学可解释性 | 七个空间转录组数据集，涵盖多种技术和组织类型 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 概率矩阵分解、多组高斯过程（MGGP）、变分推断 | 空间基因表达数据、图像 | 七个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 140 | 2026-09-23 |
PERK Is Dispensable for Smooth Muscle Cell Phenotype Switching in Atherosclerosis
2026-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323869
PMID:42131916
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研究论文 | 该研究通过在成年高胆固醇血症小鼠中特异性敲除平滑肌细胞的Perk基因，并结合单细胞和空间转录组等技术，探究了PERK介导的未折叠蛋白反应在动脉粥样硬化平滑肌细胞表型转换和斑块稳定性中的作用 | 首次在成年动脉粥样硬化小鼠模型中特异性敲除平滑肌细胞Perk，并结合单细胞RNA测序、bulk RNA测序和Xenium空间转录组技术系统评估了UPR标志物在平滑肌细胞和人类颈动脉斑块中的表达，发现Perk UPR对平滑肌细胞表型转换和斑块稳定性并非必需 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本分析为观察性关联研究，未进行因果验证；平滑肌细胞Perk敲除可能被其他UPR通路代偿；未评估其他UPR分支（如IRE1α、ATF6）的潜在作用 | 探究平滑肌细胞中PERK介导的未折叠蛋白反应在动脉粥样硬化斑块稳定性、平滑肌细胞表型转换和疾病进展中的作用 | 成年Ldlr-/-高胆固醇血症小鼠的平滑肌细胞谱系追踪细胞、原代小鼠平滑肌细胞以及人类颈动脉斑块样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学、基因敲除 | NA | 图像、文本 | 成年Ldlr-/-高胆固醇血症小鼠动脉粥样硬化斑块样本及人类颈动脉斑块样本，具体数量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Xenium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Xenium用于空间转录组分析 |