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当前共找到 9342 篇文献，本页显示第 1321 - 1340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1321 | 2026-09-09 |
Spider: a flexible and unified framework for simulating spatial transcriptomics data
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf562
PMID:41237053
|
研究论文 | 提出Spider，一个灵活且统一的模拟空间转录组学数据的框架，不需要真实ST数据作为参考。 | 通过细胞类型比例和相邻细胞间转移矩阵表征空间模式，生成更真实多样的模拟数据，并提供交互式定制空间域功能。 | 未在摘要中明确说明，可能依赖参数选择和计算资源。 | 改进空间转录组学数据模拟方法，为下游工具测评提供更准确和多样化的基准数据。 | 空间转录组学模拟数据，涉及细胞类型比例和空间图案。 | 生物信息学 | 不适用 | 空间转录组学 | 概率模型（基于转移矩阵和比例） | 模拟基因表达数据和空间位置数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 1322 | 2026-09-09 |
SpatialRNA: a Python package for easy application of Graph Neural Network models on single-molecule spatial transcriptomics dataset
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf659
PMID:41390915
|
研究论文 | 介绍一个名为SpatialRNA的Python包，用于在单分子空间转录组数据上轻松应用图神经网络模型 | 提供了一种高度可扩展的工具，能够从组织样本中轻松生成子图，并支持PyG框架下的GNN高效应用，从而将组织分割为空间域 | 未明确说明局限性 | 简化基于图像的空间转录组数据中图神经网络模型的应用，以检测空间域或生态位 | 单分子空间转录组数据集中的RNA转录本 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络（GNN） | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单分子成像 | NA | NA |
| 1323 | 2026-09-09 |
Analyzing cell-type-specific isoform expression using IsoDiffR and long-read single-cell RNA sequencing
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf664
PMID:41400872
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research paper | 介绍了IsoDiffR这一识别与基因或主要异构体表达模式不同的RNA异构体的工具，并在模拟和真实长读长单细胞RNA测序数据上进行了验证 | 开发了IsoDiffR，能够识别在细胞类型间与相应基因或主要异构体表达模式不同的RNA异构体，支持成对和多细胞类型比较，并揭示了传统方法无法检测到的细胞类型特异异构体 | 摘要未明确说明局限性 | 开发一种工具，利用长读长单细胞RNA测序数据识别细胞类型特异性的异构体表达，以提供单细胞水平上基因表达调控的新视角 | 长读长单细胞RNA测序数据，包括模拟数据、食蟹猴角膜缘和人额叶皮层样本 | 基因组学 | 不适用 | 长读长单细胞RNA测序 | 不适用 | 序列数据 | 不明确，但包括模拟数据、食蟹猴角膜缘和人额叶皮层样本 | 不明确 | 单细胞RNA测序 | 不明确 | 不适用 |
| 1324 | 2026-09-09 |
scSurv: a deep generative model for single-cell survival analysis
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf671
PMID:41429574
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研究论文 | 介绍了一种名为scSurv的深度生成模型，结合Cox比例风险模型分析单细胞转录组，以估计单个细胞对临床结果的贡献 | 首次在单细胞分辨率上揭示肿瘤内细胞异质性如何影响癌症患者生存，通过深度生成模型结合Cox模型识别预后相关细胞和基因 | 文中未明确提及局限性，但可能受限于数据集的规模和适用性，以及模型对复杂微环境的解释能力 | 开发一种量化单个细胞对临床结果影响的框架，以应用于癌症和传染病研究 | 单细胞转录组数据，包括模拟和真实数据集，涉及黑色素瘤、肾细胞癌及多种癌症和传染病 | 机器学习 | 癌症（黑色素瘤、肾细胞癌等）及传染病 | 单细胞转录组测序和空间转录组学 | 深度生成模型结合Cox比例风险模型 | 基因表达数据 | 文中未提供具体样本数量，但使用了模拟和真实数据集，包括黑色素瘤和肾细胞癌等 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1325 | 2026-09-09 |
CellCraft: an extensible visual programming application for gene regulatory network inference
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf684
PMID:41452748
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研究论文 | 介绍CellCraft，一个用于基因调控网络推断的可扩展可视化编程应用程序 | 提供可视化编程接口，简化多步骤分析设计，模块化插件架构增强可扩展性 | 摘要中未提及具体限制 | 简化从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的工作流程 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1326 | 2026-09-09 |
KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis
2026, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨KLHL17在宫颈癌中的表达、预后价值及作为治疗靶点的潜力 | 首次综合运用TCGA数据库、单细胞测序数据和qRT-PCR实验，系统分析KLHL17在宫颈癌中的表达及其与免疫浸润、免疫检查点基因、微卫星不稳定性和药物敏感性的关联 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验，缺乏独立数据集验证和深入的分子机制研究 | 阐明KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 宫颈癌患者样本数据及宫颈癌细胞系 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 生物信息分析、单细胞测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、临床数据 | TCGA宫颈癌数据集及GSE145372数据集（具体样本数未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1327 | 2026-09-09 |
Identification of Drug-resistant Cell Subpopulations in Colorectal Cancer Through Single-cell Analysis and Exploration of Potential Therapeutic Strategies
2026, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中耐奥沙利铂的上皮细胞亚群，并探索潜在的治疗策略。 | 首次通过单细胞分析识别出结直肠癌中特定的耐奥沙利铂上皮细胞亚群EpC2，并结合多组学和cMAP数据库预测潜在干预药物达沙替尼。 | 未提及明显的局限性。 | 揭示结直肠癌耐奥沙利铂的细胞异质性机制并寻找潜在治疗药物。 | 结直肠癌上皮细胞亚群 | 机器学习和数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自GEO数据库的结直肠癌单细胞RNA-seq数据，外部验证使用GSE76092和GSE179784数据集及TCGA队列。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1328 | 2026-09-09 |
Integrated RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological mechanisms of mitophagy-related genes in ulcerative colitis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346974
PMID:42008502
|
研究论文 | 本研究整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的生物学机制，并构建诊断模型 | 首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，系统分析线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的作用，并建立高精度的诊断模型 | 研究主要基于公开数据集和动物模型，缺乏大规模临床样本验证，诊断模型的临床应用仍需进一步研究 | 探索线粒体自噬在溃疡性结肠炎中的作用机制，并建立诊断模型 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照的转录组数据、小鼠结肠炎模型 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot | 逻辑回归 | 基因表达数据、单细胞表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1329 | 2026-09-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies microglial state changes associated with iTBS after ischemia-reperfusion injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346888
PMID:42008609
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术识别缺血再灌注损伤后iTBS相关的小胶质细胞状态变化 | 首次在单细胞水平上揭示iTBS对卒中大鼠模型中小胶质细胞状态和转录程序的影响 | 未明确iTBS作用的具体分子机制，且研究仅在动物模型中进行 | 阐明iTBS在细胞水平上如何缓解卒中后神经功能缺损 | 大鼠中脑动脉闭塞模型中的小胶质细胞及其他神经细胞亚型 | 单细胞转录组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提供具体样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 未提供具体配置细节 |
| 1330 | 2026-09-09 |
Long-Read Sequencing Reveals RNA Splicing Complexity in Human Diseases
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0052
PMID:42017050
|
综述 | 本文综述了长读长RNA测序技术在疾病研究中的应用，重点介绍了其在揭示RNA剪接复杂性方面的优势。 | 系统阐述了lrRNA-seq的技术原理和创新，并强调了其在疾病相关剪接失调和新型致病异构体发现中的独特作用。 | 未明确提及，但可能指出lrRNA-seq的高成本和低通量限制（基于综述内容推断） | 评估lrRNA-seq在转录组研究中的优势，并讨论其在疾病诊断和精准医学中的应用前景。 | 长读长RNA测序（lrRNA-seq）技术及其在疾病中的应用。 | 基因表达分析，长读长测序 | 多种疾病，包括与剪接失调相关的疾病 | 长读长RNA测序（lrRNA-seq） | 不适用 | RNA-seq数据 | 不适用（综述文章） | 不明确 | 长读长RNA测序 | 不明确 | 不明确 |
| 1331 | 2026-09-09 |
A Ubiquitination-Related Gene Prognostic Signature and the Oncogenic Role of RNF149 in Nasopharyngeal Carcinoma: scRNAseq- Based Bioinformatics and Experimental Validation
2026, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据的泛素化相关基因预后模型构建及RNF149在鼻咽癌中的致癌作用验证 | 首次利用单细胞RNA测序数据筛选泛素化相关基因并构建鼻咽癌预后风险模型，结合体外和体内实验验证RNF149的致癌功能 | 未提及具体局限性，可能缺乏临床样本的独立验证 | 探索泛素化相关基因在鼻咽癌免疫治疗中的预后价值及RNF149的致癌作用 | 鼻咽癌细胞、类器官和荷瘤小鼠模型 | 生物信息学、癌症基因组学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序、LASSO算法、定量实时PCR、基因敲低实验 | LASSO回归模型 | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 使用TCGA-HNSC样本和鼻咽癌细胞系（如HK-1、NP69） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1332 | 2026-09-07 |
Identification of CD55 as a downstream factor of EP4 receptor signaling in colorectal cancer cells
2026-Nov-20, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150339
PMID:42551717
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析和功能实验，识别CD55为结直肠癌细胞中EP4受体信号的下游因子，并阐明其调控机制。 | 首次整合转录组谱、癌症基因组数据库和毒物基因组学分析，发现CD55作为EP4受体新靶点，并揭示PGE/EP4受体/Gi蛋白/p38 MAPK信号轴调控CD55表达。 | 研究主要基于细胞系和数据库分析，临床样本验证有限，功能影响需进一步探索。 | 阐明EP4受体信号在结直肠癌中调节CD55表达的分子机制。 | 人结肠癌细胞系HCA-7，人结直肠癌组织的单细胞RNA-seq数据。 | 癌症生物学，基因组学 | 结直肠癌 | RNA-seq，单细胞RNA-seq，癌症基因组数据库分析 | NA（基于细胞系和数据分析，未使用AI模型） | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | HCA-7细胞系和来自公共数据库的结直肠癌组织样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1333 | 2026-09-07 |
Integrative single‑cell and bulk transcriptomic profiling reveals MMP1 as a core effector and CTSB as a putative collaborator in ATBC‑aggravated pulmonary fibrosis
2026-Nov-20, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150347
PMID:42556761
|
研究论文 | 通过整合单细胞与批量转录组分析，揭示MMP1与CTSB在ATBC加重肺纤维化中的核心作用 | 首次整合化合物靶点预测、转录组筛选、Bootstrap LASSO稳定性选择和蛋白质互作网络分析，结合单细胞转录组学，揭示MMP1在气道club细胞中的'关闭-开启'调控模式及CTSB在巨噬细胞中的促纤维化通信作用 | 研究主要基于动物模型和转录组分析，需进一步验证在人类中的机制，且ATBC暴露的长期效应未充分探讨 | 阐明乙酰柠檬酸三丁酯（ATBC）经呼吸道暴露对肺部的毒性及分子机制，评估其对肺纤维化的影响 | ATBC暴露对肺纤维化的影响及相关分子机制 | 转录组学 | 肺纤维化 | 单细胞转录组学, 批量转录组, Bootstrap LASSO, 蛋白质互作网络分析, 动物模型 | 无特定模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 动物实验数据 | 动物模型（小鼠） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1334 | 2026-09-07 |
Ultraviolet B-induced oxidative stress drives stromal remodeling and malignant transformation of actinic keratosis via a podoplanin-C-type lectin-like receptor 2 signaling axis
2026-Nov, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本文通过整合多组学分析揭示了紫外线B诱导的氧化应激通过PDPN-CLEC-2信号轴驱动光化性角化病的基质重塑和恶性转化 | 首次阐明PDPN-CLEC-2信号轴在紫外线B诱导的氧化应激与光化性角化病恶性转化中的关键作用，并鉴定出具有诊断和预后价值的12基因特征 | 未提及明显的限制，可能包括样本来源的局限性或功能实验的适用范围 | 探究紫外线B诱导的氧化应激如何通过分子机制促进光化性角化病的恶性转化 | 角质形成细胞、成纤维细胞、光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌组织样本 | 数字病理学 | 皮肤癌（光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌） | 批量RNA测序, 单细胞转录组学, 功能实验 | NA | 转录组数据, 图像 | 六个独立队列 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1335 | 2026-09-07 |
Endocrine-disrupting chemical-induced gene networks confer coronary heart disease risk revealed by causal inference and single-cell analyses
2026-Nov, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2026.116325
PMID:42556777
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研究论文 | 通过因果推断和单细胞分析揭示内分泌干扰化学物质诱导的基因网络增加冠心病风险 | 结合孟德尔随机化、贝叶斯共定位和单细胞RNA测序，首次系统性评估内分泌干扰化学物质相关基因对冠心病的因果作用 | 未提及具体局限性 | 识别与内分泌干扰化学物质相关的基因，并评估其在冠心病中的因果作用 | 人类冠状动脉组织及基因表达数据 | 基因组学 | 冠心病 | 全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、孟德尔随机化、贝叶斯共定位、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1336 | 2026-09-07 |
CoQ10 ameliorates intermittent hypoxia-induced ferroptosis by suppressing HMGB1 acetylation and release
2026-Nov, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究揭示辅酶Q10通过抑制HMGB1乙酰化及释放，减轻间歇性缺氧诱导的心肌细胞铁死亡，为阻塞性睡眠呼吸暂停相关心血管并发症提供潜在治疗策略 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定FAP阳性心脏成纤维细胞为间歇性缺氧诱导HMGB1的主要细胞来源，并验证成纤维细胞-心肌细胞旁分泌通讯在心肌氧化损伤中的关键放大作用 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 系统阐明间歇性缺氧诱导心肌损伤的氧化还原依赖性信号级联，并探索辅酶Q10的保护机制 | AC16人心肌细胞、小鼠间歇性缺氧模型及心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、Co-IP、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因实验 | NA | 单细胞转录组数据、细胞实验数据、动物模型数据 | 小鼠模型及细胞系样本，具体数量未提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 1337 | 2026-09-07 |
Nicotine drives lung cancer progression by suppressing cuproptosis through the LIAS-DLAT axis and promoting M2 macrophage polarization
2026-Nov, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 该研究揭示尼古丁通过LIAS-DLAT轴抑制铜死亡并促进M2巨噬细胞极化，从而驱动肺癌进展的机制 | 首次阐明了尼古丁通过上调LIAS而不改变DLAT脂酰化水平，使肺癌细胞处于预先存在的铜死亡抵抗状态，并通过代谢重编程塑造免疫抑制微环境的新机制 | 摘要未提及局限性信息 | 探究肺癌细胞在尼古丁环境胁迫下逃避铜死亡的机制及其对肿瘤微环境的影响 | 肺腺癌（LUAD）细胞、正常肺上皮细胞、肺腺癌组织样本 | 转录组分析、单细胞RNA测序、组织微阵列 | 肺腺癌 | 转录组分析、组织微阵列、功能实验、代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、组织微阵列图像、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1338 | 2026-09-07 |
Lactate reprogramming hijacks BDNF neuroprotection to drive hippocampal injury after CO poisoning
2026-Nov, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 该研究通过临床前实验和单细胞RNA测序，揭示了CO中毒后海马损伤中乳酸重编程劫持BDNF神经保护的新机制 | 首次整合糖酵解代谢组学与单细胞RNA测序，识别出CO中毒后兴奋性神经元中LDHA-乳酸-溶酶体轴通过降解Sortilin干扰BDNF成熟的新机制，并提出了靶向该轴的治疗策略 | 研究主要基于大鼠模型和体外实验，临床样本仅限于血清乳酸水平，未对患者脑组织进行直接验证，且机制研究可能未涵盖所有细胞类型 | 阐明CO中毒后海马损伤的代谢-神经营养机制，并探索潜在治疗靶点 | CO中毒大鼠的海马组织及神经元和微胶质细胞，以及急性CO中毒患者的血清 | 神经科学 | 一氧化碳中毒 | 糖酵解代谢组学、单细胞RNA测序、体外实验 | NA | 基因表达数据、代谢组学数据、实验图像 | CO中毒大鼠模型（具体数量未提供）及急性CO中毒患者（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1339 | 2026-09-07 |
GPX3 downregulation in alveolar macrophages amplifies IL-17-dependent redox-inflammation crosstalk in ARDS
2026-Nov, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示ARDS中肺泡巨噬细胞GPX3下调增强IL-17依赖性氧化还原-炎症串扰，并筛选候选治疗药物 | 首次通过单细胞测序鉴定肺泡巨噬细胞作为连接氧化应激和炎症的关键枢纽，并揭示GPX3与IL-17通路之间的功能关联及双向调控机制，同时运用网络药理学筛选潜在治疗化合物 | 未在临床试验中验证候选药物的疗效，且样本量可能有限，具体限制未在摘要中提及 | 阐明ARDS中氧化应激与炎症之间的关键细胞和分子机制，并优先筛选靶向该连接的候选小分子疗法 | ARDS患者和对照的肺组织、LPS处理的RAW 264.7细胞、LPS诱导的小鼠ARDS模型 | 单细胞转录组学、网络药理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序、基因集富集分析、网络药理学、炎症模型验证 | 不适用 | 单细胞转录组数据、基因表达数据、细胞和动物模型数据 | ARDS患者和对照肺组织样本（数量未提及）、RAW 264.7细胞和小鼠模型 | 不适用（未提及具体公司） | 单细胞RNA-seq | 不适用（未提及具体产品） | 不适用（未提及具体平台配置） |
| 1340 | 2026-09-07 |
Edaravone attenuates carbonyl-stress-driven ApoA-I carboxymethylation and macrophage cholesterol-handling dysfunction in diabetic atherosclerosis
2026-Nov, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究探讨了糖尿病动脉粥样硬化中羰基应激驱动的ApoA-I羧甲基化及其对巨噬细胞胆固醇处理功能的影响，并评估了依达拉奉的调节作用。 | 首次在临床队列和单细胞水平提供位点解析的多尺度证据，证明乙二醛相关的ApoA-I CML修饰导致巨噬细胞胆固醇处理障碍和炎症激活，并展示依达拉奉通过拦截羰基发挥保护作用。 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，依达拉奉的临床疗效需进一步验证，且其机制涉及多种效应，需更深入探究。 | 阐明羰基应激在糖尿病动脉粥样硬化中损害HDL功能的机制，并评估依达拉奉作为羰基应激调节剂的潜力。 | 临床血浆样本、巨噬细胞、小鼠动脉粥样硬化模型和单细胞转录组数据。 | 分子生物学 | 糖尿病动脉粥样硬化 | 液相色谱-串联质谱、单细胞转录组学、Western blot、组织病理学 | NA | 质谱数据、单细胞基因表达数据、图像和临床数据 | 临床队列含对照组、无冠心病糖尿病组和伴冠心病糖尿病组；小鼠模型：雄性链脲佐菌素诱导的Ldlr小鼠（数量未明确）。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |