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当前共找到 9342 篇文献，本页显示第 1281 - 1300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1281 | 2026-09-09 |
Structural-information guided fusion for spatial domain identification from spatial transcriptomics
2026-07-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag508
PMID:42423290
|
研究论文 | 提出了一种名为SGFST的新框架，用于空间转录组学中的空间区域识别，通过整合空间图和信号图并采用双分支图卷积网络及注意力融合机制，同时优化多个损失函数以保留局部邻域连续性和全局拓扑结构 | 首次在空间区域识别中联合利用空间图和信号图，通过双分支图卷积网络与注意力融合捕捉互补信息，并结合贝叶斯个性化排序损失、零膨胀负二项损失和距离结构信息约束来同时保持局部邻域连续性和全局拓扑一致性 | 文中未提及局限性 | 提高空间转录组学中空间区域识别的准确性，通过考虑细胞间相互作用和保留多尺度结构信息来突破现有方法的局限 | 空间转录组数据中的组织区域和细胞群体 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络（GCN） | 空间转录组数据（基因表达与空间坐标） | 多个数据集（具体数量未给出） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1282 | 2026-09-09 |
SpaBiT: enhancing spatial transcriptomics resolution via bidirectional attention transformers
2026-07-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag443
PMID:42391614
|
研究论文 | 提出了一种名为SpaBiT的多模态框架，通过双向注意力机制提高空间转录组学的分辨率。 | 采用双向交叉注意力模块，结合图像特征和基于图注意力网络的邻域感知表示，显式建模了局部形态与空间拓扑结构之间的协同约束关系。 | 原文未明确讨论局限性，因此不提供详细信息。 | 提高空间转录组学的空间分辨率和数据密度，生成高保真的基因表达图谱。 | 空间转录组学数据及其对应的组织学图像。 | 深度学习 | 不适用 | 空间转录组学 | 图注意力网络、双向跨注意力、变换器 | 图像、基因表达数据 | 未在标题和摘要中提供样本数量或类型信息。 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 1283 | 2026-09-09 |
MCFST: spatial domain identification method based on multi-view graph convolutional network and graph fusion network
2026-07-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag469
PMID:42397221
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研究论文 | 提出MCFST方法，一种基于多视图图卷积网络和图融合网络的空间域识别方法，用于整合空间转录组数据中的多种信息 | 通过最大化互信息引导的融合模块，对齐多视图表示并整合异构信息，提升空间域识别精度和鲁棒性 | 在标题和摘要中未明确说明局限性 | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和鲁棒性 | 空间转录组数据集，包括两个模拟数据集和三个真实空间转录组数据集 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络（多视图图卷积网络和图融合网络） | 空间转录组数据（含基因表达和空间坐标） | 两个模拟数据集和三个真实空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1284 | 2026-09-09 |
Odon: an ultra-fast viewer for spatial proteomics
2026-07-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag514
PMID:42435412
|
研究论文 | 介绍Odon，一个超快空间蛋白质组学查看器。 | 首次采用Rust和GPU优化实现大规模空间可视化。 | 文中未指明局限性。 | 开发高性能空间蛋白质组学可视化平台。 | 空间蛋白质组学数据集及分割细胞。 | 计算生物学，空间蛋白质组学 | 不适用 | 空间蛋白质组学成像（多重成像） | 不适用 | 图像（空间蛋白质组学成像数据） | 合成数据集及超过100万分割细胞的测试 | 不适用 | 空间蛋白质组学，空间转录组学（数据兼容性） | OME-Zarr，Xenium容器（支持格式） | 支持GeoJSON、GeoParquet、SpatialData、Xenium容器和TIFF格式，数据可本地或通过HTTP/S3流式传输 |
| 1285 | 2026-09-09 |
FIERCE: reconstructing dynamic trajectories from the differentiation potency of single cells
2026-07-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag516
PMID:42440340
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研究论文 | 介绍FIERCE，一种基于单细胞分化潜能推断动态轨迹的计算流程，通过无监督方式重建细胞谱系 | 提出无监督且不依赖先验知识的细胞轨迹重建方法，利用熵速度预测分化潜能变化 | 依赖模拟数据和已知小鼠系统的验证，可能对复杂或未知发育路径的系统适用性有限 | 开发计算工具FIERCE，以无监督方式从单细胞转录组推断动态细胞过程 | 小鼠分化系统和模拟单细胞数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算流程 | 基因表达数据 | 模拟数据和三个小鼠分化系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1286 | 2026-09-09 |
PertAdapt: unlocking single-cell foundation models for genetic perturbation prediction via condition-sensitive adaptation
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag307
PMID:42412811
|
研究论文 | 提出PertAdapt框架，通过结合插件式扰动适配器和自适应损失，解锁单细胞基础模型以准确预测遗传扰动效应。 | 引入基因相似性掩码注意力机制的扰动适配器，以及动态重新加权扰动敏感基因的自适应损失，有效转移预训练知识并处理基因不平衡问题。 | 摘要中未明确提及局限性，可能包括对大规模数据或特定扰动类型的依赖。 | 提升单细胞基础模型在遗传扰动预测任务中的性能，特别是在敲除、变异等未见扰动场景下的转录响应预测。 | 遗传扰动（如单基因敲除、双基因敲除、变异）下的单细胞转录组数据。 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞基础模型（如Transformer等预训练模型） | 单细胞RNA测序数据 | 七个扰动数据集，涵盖单基因和双基因敲除设置。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1287 | 2026-09-09 |
CPS: mapping physical coordinates to high-fidelity spatial transcriptomics via privileged multi-scale context distillation
2026-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag218
PMID:42412832
|
研究论文 | 提出了一种名为CPS的框架，通过特权多尺度上下文蒸馏将物理坐标映射到高保真空间转录组，用于空间和基因表达插补及去噪。 | 引入基于特权的多尺度上下文蒸馏策略，并带有教师网络与多尺度生态位注意力机制，以克服现有方法在图像配准依赖和隐式神经表征上下文盲区上的局限。 | 未提供明确的局限性分析，可能对图像配准或其他特定平台有依赖。 | 开发CPS框架以高保真方式恢复空间转录组数据，提高插补、去噪和超分辨率性能，并支持可扩展性。 | DLPFC数据集、小鼠大脑组织、人乳腺癌组织。 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组 | 隐式神经表示、教师-学生网络 | 空间转录组数据、图像 | 涉及DLPFC数据集、小鼠脑样本和人类乳腺癌样本，具体数量未说明。 | NA | 空间转录组 | NA | NA |
| 1288 | 2026-09-09 |
Endothelial KLF4 depletion drives age-related neurovascular dysfunction and neuropsychiatric impairment
2026-Jun-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426990123
PMID:42313933
|
研究论文 | 本研究通过内皮细胞特异性KLF4敲除小鼠模型，发现内皮KLF4的缺失加速与年龄相关的神经血管功能障碍和神经精神损伤 | 首次证明内皮细胞中KLF4的年龄相关下降是推动神经血管老化和认知功能障碍的关键因素，并通过单细胞RNA测序揭示其在染色质水平抑制炎症和衰老程序的作用 | 尚未明确KLF4调控的具体下游靶基因及人工干预恢复KLF4水平是否可逆转年龄相关的神经血管病变 | 探究内皮细胞KLF4缺失是否及如何驱动年龄相关的血脑屏障退化和神经血管功能障碍 | 内皮细胞特异性KLF4敲除小鼠（EC-K4KO）及正常衰老小鼠 | 基因组学 | 年龄相关神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用EC-K4KO和对照小鼠，具体样本数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 1289 | 2026-09-09 |
C1qa muscularis macrophages maintain enteric synaptic homeostasis to regulate gastrointestinal motility
2026-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.06.03.729640
PMID:42327058
|
研究论文 | 本研究揭示了C1qa肌肉巨噬细胞通过补体依赖性突触重塑维持肠道神经突触稳态并调节胃肠运动的新机制 | 首次发现C1qa肌肉巨噬细胞在肠道神经突触稳态和胃肠运动中的先前未知作用，并证明其通过补体依赖机制持续调节成年肠道神经系统突触组织 | 摘要中未提及明确的局限性 | 探究肌肉巨噬细胞是否通过补体依赖性机制调节肠道神经突触组织和胃肠运动 | 肠道神经系统、肌肉巨噬细胞、肠神经突触 | 神经免疫学 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、生理学检测、先进成像 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、生理数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1290 | 2026-09-09 |
Mitochondrial potential reflects T cell fitness and function during cancer immunotherapy
2026-Jun-07, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkag120
PMID:42310166
|
研究论文 | 本研究评估了肿瘤相关T细胞的线粒体膜电位作为免疫治疗反应指标的潜力，发现高MMP的CD8 T细胞与耗竭样转录状态及不良免疫治疗反应相关 | 首次将线粒体膜电位作为T细胞适应性和功能的指标，结合TCRβ和单细胞RNA测序，揭示高MMP的CD8 T细胞与耗竭状态及免疫治疗不良预后相关 | 研究样本量可能有限，且主要基于外周血和原发肿瘤的分析，未涵盖更广泛的免疫细胞类型或治疗后的动态变化 | 探究肿瘤相关T细胞的线粒体膜电位是否可作为预测癌症免疫治疗反应的生物标志物 | 非小细胞肺癌和透明细胞肾细胞癌患者的外周血单核细胞及原发肿瘤中的T细胞 | 数字病理学 | 肺癌、肾细胞癌 | TCRβ测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据和TCR序列数据 | 非小细胞肺癌和透明细胞肾细胞癌患者的外周血单核细胞和原发肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1291 | 2026-09-09 |
SECTOR: structural entropy-based learning of spatiotemporal organisation in spatial transcriptomics
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag367
PMID:42296338
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研究论文 | 介绍了SECTOR，一个基于结构熵的深度图学习框架，统一了空间转录组学中的空间域检测和伪时间推断 | 创新性地将可微结构熵目标应用于融合空间-表达图，并加入空间全变差正则化，以同时识别离散空间域和连续伪时间趋势，避免了传统方法模糊域边界的问题 | 未在文中明确提及局限性 | 开发一种联合恢复空间域和连续伪时间趋势的集成框架，以提高空间转录组学中空间域检测和伪时间推断的准确性 | 空间转录组数据，包括七个基准数据集及人类乳腺癌和小鼠嗅球案例研究 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 深度图学习 | 基因表达数据 | 七个基准数据集，外加人乳腺癌和小鼠嗅球样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1292 | 2026-09-09 |
CycleVI: isolating cell cycle variation with an interpretable deep generative model
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag372
PMID:42334940
|
研究论文 | 提出CycleVI，一种可解释的深度生成模型，用于将单细胞RNA测序数据中细胞周期驱动的变异与其他信号分离 | 采用分区潜在表示和专用循环子空间，准确推断连续细胞周期阶段，并生成无细胞周期伪影的残差潜在空间 | 未在摘要中明确说明局限性 | 开发一种方法以隔离而非移除细胞周期相关变异，从而更好地分析增殖系统中的细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞周期进程与其他转录信号 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1293 | 2026-09-09 |
A phenotype-to-mechanism framework links phenome-wide comorbidity architecture to molecular mechanisms and therapeutic discovery in complex diseases
2026-May-17, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.05.13.26353128
PMID:42180332
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研究论文 | 提出了PiMInfer框架，利用真实世界临床数据与知识图谱，将复杂疾病临床异质性解析为表型相关分子模块，加速治疗靶点发现。 | 创新性地将大规模临床表型数据与知识图谱结合，建立“表型到机制”的桥梁，不依赖丰富组学数据即可识别疾病分子模块。 | 未明确提及具体局限性，但可能受限于样本数量、模型验证范围及临床数据的完整性。 | 解决复杂疾病临床异质性及分子机制未知、缺乏分子数据的问题，开发可扩展的框架来加速治疗靶点发现。 | 以化脓性汗腺炎（HS）为研究对象，一种自身免疫性皮肤病。 | 生物信息学 | 化脓性汗腺炎 | 知识图谱分析、单细胞RNA测序 | 网络预测模型 | 临床表型数据、基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本量，涉及人类患者病变皮肤外植体用于测试。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 用于患者病变皮肤的单细胞RNA测序分析 |
| 1294 | 2026-09-09 |
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199694
PMID:41785046
|
研究论文 | 使用人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型研究免疫检查点抑制剂相关肾炎的机制，并评估TNF-α阻断的预防效果 | 首次使用人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型复制免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎的关键特征，并验证选择性TNF-α阻断的保护作用 | 摘要未提及限制，因此标记为NA | 评估免疫检查点抑制剂单独或联合促炎细胞因子对肾脏的影响，并测试选择性TNF-α阻断是否能预防免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎 | 人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型中的肾脏组织及免疫细胞 | 数字病理学 | 免疫检查点抑制剂相关肾炎 | 单细胞RNA测序 | 人源化小鼠模型 | 单细胞转录组数据及组织学图像 | 4组小鼠（对照组、ICI组、ICI-细胞因子组、ICI-TNF-α阻断组），每组具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1295 | 2026-09-09 |
Single-cell profiling reveals epithelial and immune responses in BK polyomavirus-infected human kidney biopsies
2026-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198227
PMID:41818285
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析肾移植活检组织，揭示BK多瘤病毒感染期间上皮细胞和免疫反应的变化 | 首次在单细胞分辨率下描述体内肾小管细胞对BK病毒感染的反应，并发现与体外培养模型的差异，包括代谢适应和促炎反应 | 未提及具体局限性 | 阐明BK多瘤病毒感染导致肾损伤及移植失败的分子机制 | 肾移植活检组织中的上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | BK多瘤病毒肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1296 | 2026-09-09 |
Spatial proteomic mapping of the human and mouse retina using IBEX
2026-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.204535
PMID:42018650
|
研究论文 | 利用IBEX技术构建了人类和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱，并揭示了外限制膜的结构组成 | 将抗体解离选项与化学漂白相结合，实现同源物种抗体在迭代循环中的灵活使用，并耦合超分辨成像阐明了CD44与F-actin带在外限制膜中的共定位 | 未明确说明 | 生成人类和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱，并比较跨物种蛋白质表达以揭示视网膜细胞群和外限制膜结构 | 健康人类和野生型小鼠的视网膜组织，以及Crb1rd8小鼠模型 | 空间蛋白质组学 | 视网膜疾病（未具体提及） | IBEX免疫组化、超分辨成像、scRNA-seq | NA | 图像数据、转录组数据 | 未明确说明样本数量；包括人类和小鼠视网膜组织切片以及Crb1rd8小鼠模型 | NA | 空间蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | IBEX工作流程，集成抗体解离与化学漂白；超分辨成像通过去卷积实现 |
| 1297 | 2026-09-09 |
Targeting TPO/MPL Signaling to Mitigate JAK2V617F-driven Cardiac Microvascular Disease
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715884
PMID:41959476
|
研究论文 | 本研究探讨JAK2V617F突变造血对心脏微血管疾病的影响，并验证靶向TPO/MPL信号通路的治疗效果 | 首次揭示MPL在JAK2V617F相关心血管并发症中的作用，并证明抗MPL中和抗体可改善心脏病理 | 未提及 | 阐明JAK2V617F突变血细胞驱动血管和心脏功能障碍的机制，并评估靶向TPO/MPL信号的治疗潜力 | 携带JAK2V617F突变血细胞和野生型内皮的嵌合小鼠 | 病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1298 | 2026-09-09 |
Integrating histology and spatial transcriptomics via multimodal transformers and contrastive representation learning for accurate gene expression prediction
2026-04, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2026.105003
PMID:41763376
|
研究论文 | 提出了一种多模态学习框架，整合组织学图像和空间转录组数据，通过对比学习对齐图像和基因表达特征，实现从组织学图像预测空间基因表达。 | 创新性地结合ResNet50卷积干和MobileViT Transformer骨干提取图像特征，并利用对比学习在共享潜在空间中实现跨模态对齐 | 论文中未明确提及局限性 | 开发一种准确且可解释的计算方法，用于从组织学图像预测空间基因表达，以增强对组织结构和分子表型的理解 | 人类肝脏组织的空间转录组和H&E染色组织学图像 | 计算机视觉，多模态学习 | NA | 空间转录组测序 | ResNet50、MobileViT Transformer、对比学习 | 图像（H&E染色组织学图像）和基因表达数据（空间转录组） | 人类肝脏组织样本（样本数量未具体说明） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium用于空间转录组数据获取 |
| 1299 | 2026-09-09 |
AICellType: a large language model-based platform for accurate cell type annotation
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag151
PMID:42001469
|
研究论文 | 开发了基于大型语言模型的平台AICellType，用于单细胞和空间转录组数据中的准确细胞类型注释 | 系统评估了79个大型语言模型，并利用综合框架结合本体结构和语义推理，开发了AICellType平台，其性能优越且成本高效 | 未明确提及局限性 | 提高细胞类型注释的准确性和适应性，应对现有方法依赖静态基因标记的局限性 | 单细胞和空间转录组数据集 | 自然语言处理,数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序和空间转录组测序 | 大型语言模型 | 基因表达数据 | 1130个单细胞和空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1300 | 2026-09-09 |
Spatial multi-omics integration by cross-modal graph contrastive learning
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag192
PMID:42001472
|
研究论文 | 提出CoMo，一种基于图的框架，通过跨模态图对比学习整合空间多组学数据，以改进空间域识别 | 利用交叉注意力机制和双重对比学习损失（邻居感知和聚类感知）实现空间多组学特征融合与空间一致域识别 | 未提及具体局限性，但可能受限于技术偏差和生物复杂性 | 开发一种计算工具，用于空间多组学数据的综合分析，以全面表征组织 | 空间多组学数据集（包括空间转录组、蛋白质组和表观基因组） | 机器学习 | NA | 空间多组学技术（如空间转录组、空间蛋白质组、空间表观基因组） | 图对比学习模型（CoMo） | 空间组学数据 | 五个空间组学数据集 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间表观基因组学 | NA | NA |