单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202601-202612] [清除筛选条件]
当前共找到 9342 篇文献,本页显示第 1181 - 1200 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1181 2026-09-10
Non-syndromic premature ovarian insufficiency associated with monoallelic LIG4 mutation via haploinsufficiency
2026-Jun-24, Journal of ovarian research IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过全外显子测序发现LIG4基因杂合移码突变与非综合征性卵巢早衰相关,并探讨其通过单倍剂量不足影响DNA修复和卵母细胞成熟的机制 首次报道LIG4基因单等位突变与非综合征性卵巢早衰的关联,并揭示其通过单倍剂量不足导致DNA双链断裂修复受损和细胞衰老的机制 需要在更生理相关的模型中进一步验证 探究LIG4基因变异在非综合征性卵巢早衰中的潜在作用 一个三代汉族家庭中的非综合征性卵巢早衰患者 基因组学 卵巢早衰 全外显子测序 NA 基因组数据 一个三代家庭(具体人数未说明) NA NA NA NA
1182 2026-09-10
Genetic and epigenetic underpinnings of biological aging: a multi-omics study integrating Mendelian randomization, spatial transcriptomics, and drug target discovery
2026-Jun-24, Clinical epigenetics IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过多组学整合分析,结合孟德尔随机化、空间转录组学和药物靶点发现,揭示了炎症驱动表观遗传衰老的因果机制及关键效应基因 开发了四层分析框架,整合因果筛选、多组学效应基因定位、空间转录组和药物靶点评估,并发现NHLRC1-TPMT位点作为表观遗传衰老的主要遗传节点 未提及明确的局限性 识别驱动多维度表观遗传衰老的因果炎症介质及其效应基因,并为精准抗衰老干预提供遗传锚定靶点 91种循环炎症蛋白、六种衰老表型、四种表观遗传年龄加速测量、小鼠E16.5胚胎图谱 多组学整合分析 衰老相关疾病 孟德尔随机化、多组学SMR分析、空间转录组学、药物靶点挖掘 NA 基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组数据 eQTL (n=31,684), sQTL (n=755), pQTL (n=34,232), mQTL (n=1,980), 空间转录组 (121,767个细胞) NA NA NA NA
1183 2026-09-10
The role of ESRRA and JUNB in oxyphil cells: insights from spatial transcriptomics and single-cell transcriptomics in uremic secondary hyperparathyroidism
2026-Jun-24, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 本研究整合空间转录组学和单细胞转录组学,探究尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中嗜酸细胞的特征及其与骨化三醇抵抗的关联 首次通过整合空间转录组学和单细胞转录组学,高置信度地鉴定出甲状旁腺中的嗜酸细胞亚群,并揭示转录因子ESRRA参与线粒体生物合成,JUNB通过结合VDR基因启动子促进其转录,从而减轻SHPT中嗜酸细胞的骨化三醇抵抗 空间转录组学仅使用一个SHPT样本,嗜酸细胞与主细胞的分离技术限制仍存在,样本量较小 阐明尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中嗜酸细胞的特征及其与骨化三醇抵抗的关联 尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症患者和正常人的甲状旁腺组织,涉及嗜酸细胞和主细胞 数字病理学 继发性甲状旁腺功能亢进症 空间转录组学,单细胞转录组学 NA 基因表达数据 6例尿毒症SHPT样本和3例正常甲状旁腺样本用于单细胞转录组学,其中1个最合适的SHPT样本用于空间转录组学,共获得93073个细胞,鉴定出7653个嗜酸细胞 NA 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA NA
1184 2026-09-10
Tenascin C promotes the formation of abdominal aortic aneurysm by regulating the homeostasis of vascular smooth muscle cells
2026-Jun-24, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了Tenascin C通过调节血管平滑肌细胞稳态促进腹主动脉瘤形成的机制 首次通过单细胞RNA测序结合条件性基因敲除小鼠模型,阐明TNC信号轴在腹主动脉瘤中对血管平滑肌细胞稳态的调控机制,并发现TNC作为潜在生物标志物 未提及具体局限性 探究Tenascin C在腹主动脉瘤形成中对血管平滑肌细胞稳态的调控作用及其分子机制 腹主动脉瘤患者主动脉组织、血浆样本、血管平滑肌细胞特异性TNC敲除小鼠 分子生物学、基因组学 腹主动脉瘤 单细胞RNA测序、免疫共沉淀、蛋白质印迹、定量PCR、荧光素酶报告基因实验 小鼠基因敲除模型 单细胞转录组数据、临床数据、蛋白质和基因表达数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1185 2026-09-10
Prdm15 Deficiency Results in Impaired Hippocampal Neurogenesis and Autism-Like Behaviors
2026-Jun-23, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2
研究论文 本研究通过小鼠模型发现Prdm15缺失导致海马神经发生受损及自闭症样行为 首次将PRDM15确认为海马神经发生的关键调控因子,并揭示其功能失调导致小鼠自闭症样行为的机制 未明确Prdm15影响神经发生的具体分子通路及与人类ASD的直接关联 探究Prdm15在脑发育中的作用及其对自闭症样行为的影响 Prdm15缺陷小鼠及神经干细胞/祖细胞条件性敲除小鼠 神经科学 自闭症谱系障碍 单细胞RNA测序, 结构MRI, 组织学分析 N/A 单细胞转录组数据, 影像数据, 组织学图像 N/A NA 单细胞RNA-seq NA NA
1186 2026-09-10
Benchmarking DNA barcode decoding strategies under high error rates
2026-Jun-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 比较三种DNA条形码解码策略在高错误率下的性能,重点评估QUIK、RandomBarcodes和Columba在模拟及真实数据集上的速度、准确性和可扩展性 首次系统评估了FM-index、k-mer过滤和trimers分诊三种解码策略在光刻合成条形码高错误率(10-20%)下的表现,并指出经典纠错码的局限性,推荐使用特定长度条形码以达到高精确度和召回率 未明确提及限制,但模拟环境可能与实际生产环境存在差异,且真实数据仅来自特定合成阵列 为高密度空间转录组学中的DNA条形码解码选择最优策略,提供关于条形码长度的指导 三种计算解码方法(Columba、QUIK和RandomBarcodes)以及光刻合成的高密度条形码阵列 计算生物学,空间转录组学 NA DNA条形码合成,下一代测序(推断),FM-index比对,k-mer过滤,GPU加速 FM-index算法,k-mer过滤,trimers分诊 模拟序列数据和真实测序数据 模拟数据包括21,000至85,000个条形码,长度28-36 nt,错误率9-32%;真实数据来自42,000点的子数组,含36-nt条形码,三种印刷密度 NA 空间转录组学,DNA条形码测序 NA 光刻合成的高密度条形码阵列
1187 2026-09-10
Gnao1 acts as a gatekeeper to alleviate neuropathic pain by silencing pro-nociceptive signaling cascades
2026-Jun-23, The journal of headache and pain IF:7.3Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学和RNA测序等方法,揭示了Gnao1基因在神经病理性疼痛中的负性调控作用及其作为非阿片类镇痛靶点的潜力 首次结合空间转录组学揭示Gnao1在脊髓背角的富集及损伤后下调,并证明其过表达可通过抑制促炎和促伤害性信号通路缓解疼痛 研究主要基于小鼠模型,临床验证缺失;具体分子机制尚未完全阐明 探究Gnao1在神经病理性疼痛中的作用机制,评估其作为非阿片类镇痛靶点的可行性 小鼠脊髓和背根神经节中的神经元、胶质细胞(如BV2小胶质细胞和原代DRG神经元) 神经科学、转录组学 神经病理性疼痛 空间转录组学、批量RNA测序、免疫组化、Western blot、钙成像 NA 基因表达数据、图像、行为学数据 小鼠模型,具体样本量未在摘要中说明 NA 空间转录组学、批量RNA测序 NA NA
1188 2026-09-10
Self-supervised graph contrastive learning for scRNA-seq clustering
2026-06-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 提出一种自监督图对比学习框架SSGL,用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 通过双随机基因掩码生成增强视图,结合动量编码器架构与伪标签引导的图细化,利用图感知对比目标改进聚类 未提及 开发一种自监督图对比学习框架,以提高scRNA-seq数据聚类的准确性和稳定性 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 机器学习 NA 单细胞RNA测序 动量编码器,图对比学习 基因表达数据 8个公共基准数据集,覆盖不同组织和测序平台 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1189 2026-09-10
Spatial architecture of the melanoma immune niche reveals CORO1A as a functional hub for T cell cytotoxicity and immunotherapy synergy
2026-06-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 通过整合单细胞和空间转录组学分析,绘制黑色素瘤免疫微环境的空间结构,并识别CORO1A作为T细胞细胞毒性和免疫治疗协同的关键调控因子 首次提供了黑色素瘤肿瘤微环境的空间分辨蓝图,并识别出CORO1A作为免疫生态位中的功能调控因子,其调节可增强T细胞活性并与免疫检查点阻断协同 摘要中未提及具体局限性 定义黑色素瘤肿瘤微环境的空间结构,并识别决定抗肿瘤免疫和免疫检查点阻断反应的关键分子调控因子 皮肤黑色素瘤肿瘤微环境,包括空间域、细胞组成、细胞间通讯及候选基因(如CORO1A) 数字病理学 黑色素瘤 单细胞转录组学,空间转录组学 NA 基因表达数据(单细胞和空间) NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
1190 2026-09-10
Laser-induced skin microenvironment remodeling via exosomal CEBPA-mediated crosstalk between keratinocyte and fibroblast
2026-Jun-23, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序分析激光处理与未处理皮肤,揭示激光诱导皮肤重塑早期角质形成细胞与成纤维细胞间通过含CEBPA的外泌体进行动态串扰的机制 首次通过单细胞RNA测序结合功能验证揭示激光治疗后早期角质形成细胞亚群通过富含CEBPA的外泌体与成纤维细胞进行串扰,且该外泌体通过YAP/TAZ通路促进角质形成细胞增殖,通过上调IGFBP3抑制成纤维细胞活性 摘要未提及研究的具体局限性 阐明激光治疗后早期皮肤微环境重塑中细胞特化及细胞间通讯机制,探索外泌体在皮肤再生与年轻化中的治疗潜力 激光处理与未处理的人类皮肤组织及分离的角质形成细胞和成纤维细胞 数字病理学 皮肤老化或皮肤修复相关疾病(非特定疾病类别) 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 激光治疗与未治疗的皮肤样本,具体数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1191 2026-09-10
Tumor-derived progranulin promotes macrophage cholesterol efflux and associated immunosuppressive features in oral squamous cell carcinoma
2026-06-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序及功能实验揭示肿瘤源性前颗粒蛋白通过SORT1相关的胆固醇外流程序促进口腔鳞状细胞癌中巨噬细胞的免疫抑制特征 首次在口腔鳞状细胞癌中鉴定出高表达PGRN的恶性上皮亚群,并揭示其通过SORT1-PPARγ-LXRα-ABCA1/ABCG1轴调控巨噬细胞胆固醇外流和免疫抑制表型,为肿瘤免疫代谢互作提供新机制 样本量较小(原发肿瘤n=3),且研究主要基于相关性和体外/体内模型验证,缺乏直接的临床患者预后关联分析 探究口腔鳞状细胞癌中肿瘤源性信号如何调控巨噬细胞胆固醇外流及相关免疫抑制特征 口腔鳞状细胞癌原发肿瘤样本及头颈鳞状细胞癌相关公共数据集中的巨噬细胞和恶性上皮细胞 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 原发肿瘤3例,公共数据集77例头颈鳞状细胞癌样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1192 2026-09-10
Single-cell transcriptomics unveils pyroptosis-related immune microenvironment dynamics and prognostic modeling in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Jun-23, Journal of cardiothoracic surgery IF:1.5Q3
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示食管鳞状细胞癌中焦亡相关的免疫微环境动态,并构建基于焦亡基因的预后预测模型 首次结合单细胞和 bulk 转录组测序数据探究食管鳞状细胞癌中焦亡相关免疫微环境的动态变化,并构建基于 GSDMB 和 CYCS 的双基因焦亡相关预后模型及整合病理分期的列线图 外部验证队列(GSE53625)中预后模型的性能有限,模型应视为探索性预后特征而非临床确立的预测工具 表征食管鳞状细胞癌中焦亡相关免疫机制并开发临床预测模型,以改善预后评估 食管鳞状细胞癌组织及正常对照组织中的免疫细胞亚群 单细胞转录组学 食管鳞状细胞癌 单细胞RNA测序和 bulk RNA测序 预后模型(基于GSDMB和CYCS的双基因模型)及列线图 单细胞转录组数据和 bulk 转录组数据 7个食管癌组织和1个正常对照样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1193 2026-09-10
Stem cell-based tactics in the remodeling and treatment of intestinal diseases
2026-Jun-22, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
综述 本文综述了基于干细胞的策略在肠道疾病重塑和治疗中的应用进展。 系统总结了干细胞(特别是hPSCs和MSCs)在肠道疾病建模和细胞治疗中的双重应用,并探讨了整合新兴生物技术的未来方向。 未提及具体实验数据或详细挑战的解决方案。 总结干细胞在肠道疾病建模和细胞治疗中的进展,并指出前景与挑战。 人类多能干细胞(hPSCs)及其衍生物(类器官)、间充质干细胞(MSCs)及其微囊泡。 再生医学 炎症性肠病、感染性肠病、结直肠癌 单细胞RNA测序、基因编辑、三维生物打印 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1194 2026-09-10
Human adipose-derived mesenchymal stem cells ameliorate Diabetic Kidney Disease by restoring macrophage efferocytosis
2026-Jun-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序、体内实验和体外共培养模型,揭示人间充质干细胞通过恢复巨噬细胞胞葬作用改善糖尿病肾病的机制 首次系统阐述hASCs通过多阶段恢复巨噬细胞胞葬程序(包括趋化、识别/吞噬、溶酶体消化及极化)发挥治疗作用,而非简单的炎症极性转换 摘要未提及明确局限性 阐明人脂肪来源间充质干细胞调节巨噬细胞介导的炎症消退并改善糖尿病肾病的具体机制 人糖尿病肾病肾脏组织、db/db小鼠、人脂肪来源间充质干细胞和巨噬细胞 数字病理学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 摘要未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1195 2026-09-10
STC2-mediated calcium homeostasis dysregulation in the osteosarcoma microenvironment: Insights from single-cell sequencing and machine learning
2026-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 通过单细胞测序和机器学习方法,研究骨肉瘤微环境中STC2介导的钙稳态失调及其在预后和免疫治疗中的潜在作用。 首次结合多种机器学习算法和单细胞表达谱分析,鉴定STC2为骨肉瘤预后关键基因,并揭示其在肿瘤微环境中的细胞类型特异性表达。 研究基于计算预测和体外实验,需进一步体内验证及临床样本确认。 探究骨肉瘤中钙稳态失调的作用机制,并评估STC2作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力。 骨肉瘤细胞系(U2OS和143B)及单细胞表达数据。 机器学习和数字病理学 骨肉瘤 单细胞RNA测序、机器学习、慢病毒介导的shRNA敲低、qPCR、增殖及迁移/侵袭实验。 机器学习模型(具体未指明) 单细胞基因表达数据、基因表达谱及实验数据。 两个骨肉瘤细胞系及单细胞表达谱数据。 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1196 2026-09-10
anndataR improves interoperability between R and Python in single-cell transcriptomics
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 anndataR工具包改善了R和Python在单细胞转录组学中的互操作性,允许用户在R中原生读写H5AD文件并进行格式转换 anndataR提供了在R中原生读写H5AD文件的便捷功能,支持与SingleCellExperiment和Seurat对象的相互转换,并通过严格测试确保与Python写入的H5AD文件长期兼容 该摘要未提及具体局限性,可能包括需要依赖R环境、处理大型数据集时的性能问题,或仅支持特定的数据格式 改善R和Python在单细胞转录组学中的互操作性,使R用户能够轻松访问和操作AnnData格式的数据 H5AD文件格式的单细胞转录组数据集,以及R和Python中相应的数据对象 生物信息学 NA 单细胞转录组学 NA 基因表达数据 未明确指定 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1197 2026-09-10
scTACL: a multitask topology-aware contrastive learning approach for single-cell transcriptomics analysis
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文提出了一种名为scTACL的多任务拓扑感知对比学习方法,用于单细胞转录组学数据分析 通过细胞相似性图与细胞嵌入相似性图之间的对比学习,结合零膨胀负二项分布建模,提高数据对真实生物信号的反映能力 未提及 开发一种新方法以解决单细胞RNA测序数据中的噪声和缺失事件问题,提升下游分析精度 单细胞转录组数据,包括肺腺癌组织和肝癌空间转录组数据 机器学习 肺腺癌, 肝癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 对比学习模型 基因表达数据, 空间转录组数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
1198 2026-09-10
Praxis-BGM: clustering of omics data using semi-supervised transfer learning for Gaussian mixture models via natural-gradient variational inference
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 开发了Praxis-BGM,一种基于自然梯度变分推断的GMM半监督迁移学习框架,用于高维小样本组学数据的聚类分析。 将自然梯度变分推断与半监督迁移学习相结合,利用大规模参考数据构建先验GMM,实现了对小样本组学数据的稳定聚类。 摘要未提及明显局限性,但可能包括先验错误匹配或计算资源需求。 克服高维组学数据小样本下GMM聚类不稳定和泛化差的问题。 乳腺癌批量转录组数据与单细胞转录组数据。 机器学习 乳腺癌 转录组测序(bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq) 高斯混合模型(GMM)与自然梯度变分推断 基因表达数据 摘要未明确样本数量,但提及模拟和两个真实应用。 NA 批量RNA测序和单细胞RNA测序 NA NA
1199 2026-09-10
spAttClu: a spatial domain clustering model leveraging spatially weighted graph attention and contrastive learning
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了一种名为spAttClu的空间域聚类模型,结合空间加权图注意力与对比学习,以提升空间转录组学数据的空间域识别精度 通过距离加权图注意力机制动态适应邻居权重,并采用多级对比学习增强嵌入区分度,弥补了现有模型静态权重定义的不足 信息不足,无法确定具体局限性 提高空间转录组学中空间域识别的准确性和鲁棒性,并支持多组织切片的整合分析 空间转录组数据集(如DLPFC)以及跨平台和多组织切片数据 机器学习 NA 空间转录组学 图注意力网络(GAT)与对比学习模型 空间转录组学数据 信息不足(涉及DLPFC数据集,但未提供具体样本量) NA 空间转录组学 NA NA
1200 2026-09-10
Chemotherapy-induced reactive myelopoiesis promotes expansion of immunosuppressive neutrophil-like monocytes in mice and humans
2026-05-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本研究揭示了化疗诱导的反应性骨髓生成促进免疫抑制性中性粒细胞样单核细胞在小鼠和人类中的扩增 首次发现化疗药物环磷酰胺诱导的骨髓生成偏向产生具有T细胞抑制活性的中性粒细胞样单核细胞,并通过单细胞测序和ATAC-seq揭示其分子特征,且在人化疗患者中验证了该细胞亚群的存在 未明确说明,需原文补充 探究化疗诱导的骨髓生成促进免疫抑制性单核细胞扩增的机制及其临床相关性 接受含环磷酰胺化疗的淋巴瘤患者以及经环磷酰胺处理的小鼠 机器学习, 数字病理学 淋巴瘤 单细胞RNA测序, ATAC测序 NA 单细胞转录组数据, 染色质开放性数据 小鼠和人类患者(具体数量未提供) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 和 ATAC-seq 平台
回到顶部