单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202601-202612] [清除筛选条件]
当前共找到 5215 篇文献,本页显示第 101 - 120 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
101 2026-05-16
Single-cell RNA sequencing identifies M2-like macrophage polarization associated with mesenchymal stem cell treatment in a murine sepsis model
2026-Feb-20, Biomolecules & biomedicine
研究论文 通过单细胞RNA测序分析间充质干细胞治疗对脓毒症小鼠模型免疫细胞的影响 首次利用单细胞RNA测序技术揭示间充质干细胞治疗通过促进M2样巨噬细胞极化改善脓毒症存活的机制 小鼠模型与临床转化的差距以及仅分析了术后6小时的单时间点数据 阐明间充质干细胞在脓毒症病理中与免疫细胞互作的具体机制 脓毒症小鼠模型中的CD45阳性免疫细胞 机器学习 脓毒症 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 脓毒症小鼠模型中分离的CD45阳性免疫细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'试剂盒用于CD45阳性免疫细胞测序
102 2026-05-16
Microglia and Myeloid Cell Populations of the Developing Mouse Retina
2026-02, Glia IF:5.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞和单核RNA测序揭示了发育中小鼠视网膜中独特的髓系细胞群及其解剖位置和功能 首次在视网膜发育过程中识别出由Spp1和Hmox1基因标记的两种密切相关的小胶质细胞亚群,并发现Hmox1小胶质细胞在视网膜血管生成过程中特异性定位于发育中血管的前缘,提示血管生成相关事件调节NRF2活性驱动小胶质细胞状态转换 研究仅限于小鼠模型,未在人体中进行验证;部分发育特异性髓系细胞群在脑scRNA-seq数据集中已有描述但未在体内验证 阐明小胶质细胞和髓系细胞群在视网膜发育过程中的作用机制和分子特征 发育中的小鼠视网膜髓系细胞和小胶质细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 组织学染色 NA 基因表达数据 多个时间点的发育中小鼠视网膜样本 NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA NA
103 2026-05-16
Charting immune variation through genetics and single-cell genomics
2026-01-21, GigaScience IF:11.8Q1
研究论文 通过多组学单细胞方法分析428名健康中国成人的免疫细胞,构建免疫多组学图谱 整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序,识别73个免疫细胞亚群并构建细胞类型特异性基因调控网络,扩展了祖先多样性和数据模态 NA 研究人类免疫变异,通过遗传学和单细胞基因组学绘制免疫细胞图谱 428名健康中国成人的免疫细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序,单细胞染色质可及性测序 NA 单细胞转录组和表观基因组数据 428名健康中国成人,超过1000万免疫细胞 NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
104 2026-05-16
SpaceBF: spatial coexpression analysis using Bayesian fused approaches in spatial omics datasets
2026-01-21, GigaScience IF:11.8Q1
研究论文 提出SpaceBF,一种用于空间组学数据中空间共表达分析的贝叶斯融合模型 通过融合马靴先验在预定义空间邻接图边上实现空间平滑,允许大边缘差异逃脱收缩而保留整体结构 未提供具体限制信息 开发稳健方法识别空间组学数据中分子对间的空间变异共表达 空间组学数据集(空间转录组学、质谱成像蛋白质组学) 机器学习 NA 空间转录组学, 质谱成像, 贝叶斯建模 贝叶斯融合模型 空间表达数据(基因、肽、脂质、N-聚糖) NA NA 空间转录组学, 质谱成像 NA NA
105 2026-05-16
Efficient stem cell-derived mouse embryo models for environmental studies
2026-Jan-14, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 通过模块化聚集三种小鼠干细胞类型,高效生成囊胚样结构(iG4-囊胚),用于环境因素影响胚胎发育的研究 开发了一种模块化方法,通过聚集三种小鼠干细胞(ESC、iG4-ESC和TSC)高效生成具有约80%效率的囊胚样结构,并首次用于研究环境因素(如咖啡因、酒精、尼古丁)对胚胎发生的影响 未提及具体局限性,但可能包括模型与天然胚胎的差异和体外培养条件的限制 开发高效的干细胞衍生小鼠胚胎模型,用于研究环境因素对胚胎发育的影响 三种小鼠干细胞类型:胚胎干细胞(ESC)、可诱导GATA4表达的ESC(iG4-ESC)和滋养层干细胞(TSC) 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 约80%效率的iG4-囊胚结构,其中约12%经历体外植入后形态发生 NA 单细胞RNA测序 NA NA
106 2026-05-16
Integrative Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Uncover Distinct Fibroblast-Macrophage Crosstalk in Human Hip Synovium Between Patients With Femoroacetabular Impingement and Osteoarthritis
2026-Jan-12, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 整合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示股骨髋臼撞击症与骨关节炎患者髋关节滑膜中成纤维细胞-巨噬细胞的不同相互作用 首次通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学,比较股骨髋臼撞击症与髋关节骨关节炎患者的滑膜细胞组成、转录组特征及细胞间相互作用,发现EREG+成纤维细胞样滑膜细胞在骨关节炎中显著增加,并鉴定出FGF2-SDC4信号通路介导的成纤维细胞-巨噬细胞相互作用 样本量较小,每组仅6例患者;仅分析了髋关节滑膜组织,未涉及其他关节部位;细胞间相互作用的验证可能需要进一步的功能实验 研究股骨髋臼撞击症和髋关节骨关节炎患者的滑膜细胞组成、转录组谱及细胞-细胞相互作用的差异 股骨髋臼撞击症和髋关节骨关节炎患者的髋关节滑膜组织 单细胞基因组学 骨关节炎, 股骨髋臼撞击症 单细胞RNA测序, 空间转录组学 伪时间分析 基因表达数据 12例患者(每组6例) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学
107 2026-05-16
Altered Inflammatory Signature in a C9ORF72 -ALS iPSC-Derived Motor Neuron and Microglia Coculture Model
2026-01, Glia IF:5.4Q1
研究论文 利用C9ORF72相关ALS患者iPSC来源的运动神经元与小胶质细胞共培养模型,揭示了小胶质细胞介导的神经炎症特征改变 首次在iPSC来源的运动神经元与小胶质细胞共培养体系中,通过单细胞RNA测序发现C9ORF72突变导致LPS响应性小胶质细胞亚群缺失并削弱炎症反应 未明确共培养模型中细胞间相互作用的完整分子机制,且仅使用了C9ORF72一种基因变异模型 阐明C9ORF72突变对ALS中小胶质细胞介导的神经炎症的影响机制 人iPSC来源的运动神经元和小胶质细胞 数字病理学 肌萎缩侧索硬化症 iPSC分化、单细胞RNA测序 共培养模型 单细胞基因表达数据 多个iPSC系,包括C9ORF72 HRE患者系和C9ORF72敲除系 未提及 单细胞RNA测序 未提及 未提及
108 2026-05-16
S100A4-lineage cells contribute modestly to angiotensin II-mediated thoracic aortic aneurysms through angiotensin II type 1a receptor in mice
2026, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 研究S100A4谱系细胞通过血管紧张素II 1a型受体参与小鼠胸主动脉瘤形成的作用 首次揭示S100A4谱系细胞通过AT1aR受体部分介导AngII诱导的胸主动脉瘤形成 S100A4谱系细胞贡献程度中等,可能存在其他细胞类型协同作用 探究S100A4谱系细胞是否通过AT1aR参与AngII介导的胸主动脉瘤形成 小鼠主动脉壁中的S100A4谱系细胞 机器学习 心血管疾病 蛋白质组学、批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、蛋白丰度数据 小鼠模型,具体数量未提及 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
109 2026-05-15
Integrative multi-omics analysis identifies coronin 1C as a potential mediator linking circadian rhythm disruption to neuroimmune dysregulation in ischemic stroke
2026-Jul-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 该研究通过整合多组学分析,发现冠状蛋白1C(CORO1C)是连接昼夜节律紊乱与缺血性卒中后神经免疫失调的潜在中介因子 首次利用机器学习构建昼夜节律紊乱评分模型,并结合单细胞转录组学和虚拟基因敲除分析,揭示CORO1C在昼夜节律紊乱驱动的神经免疫失调中的核心调控作用 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白水平和表观遗传学层面的验证;且动物模型及体外实验的临床转化意义需进一步评估 探讨昼夜节律紊乱是否通过免疫失衡促进缺血性卒中进展,并阐明其潜在的分子机制 人类缺血性卒中脑组织转录组数据、外周血单核细胞单细胞RNA测序数据、以及小鼠昼夜节律依赖的卒中模型 机器学习 缺血性卒中 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 基因敲除, AAV介导的基因干预 机器学习模型(如CRD评分模型), 虚拟基因敲除框架(scTenifoldKnk) 转录组数据, 单细胞转录组数据 人类缺血性卒中脑组织样本(具体数量未提供)及小鼠卒中模型样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
110 2026-05-15
Ebselen's role in overcoming cisplatin resistance in colorectal Cancer via SQSTM1 ubiquitination modulation
2026-Jul-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过体内外实验、单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示Ebselen通过调节SQSTM1泛素化逆转结直肠癌顺铂耐药的机制 首次阐明Ebselen通过抑制SQSTM1介导的RAD51蛋白酶体降解来逆转顺铂耐药,并结合单细胞和空间转录组学全面解析肿瘤微环境重塑 未提及 探究Ebselen逆转结直肠癌顺铂耐药的分子机制 HCT116/DDP顺铂耐药结直肠癌细胞、人源化PBMC皮下CDX小鼠模型 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫共沉淀,泛素化分析 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学
111 2026-05-15
Transcriptome and single-cell RNA sequencing data identify and validate candidate biomarkers associated with lysosomal and ferroptosis in osteoarthritis
2026-Jun-15, Experimental gerontology IF:3.3Q2
研究论文 本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据,鉴定并验证了与骨关节炎中溶酶体功能和铁死亡相关的候选生物标志物SLC7A5和SLC3A2 首次整合溶酶体相关基因与铁死亡相关基因筛选骨关节炎候选生物标志物,并通过单细胞测序确定成纤维细胞为关键细胞群 需要进一步的实验和临床验证来确认生物标志物的可靠性 鉴定骨关节炎中与溶酶体功能和铁死亡相关的候选生物标志物,为后续实验研究提供理论基础 骨关节炎患者样本数据及正常对照样本 机器学习 骨关节炎 RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR NA 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 来自公共数据库的骨关节炎数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
112 2026-05-15
Bisphenol A potentiates ischemia-reperfusion-induced endothelial and blood-brain barrier dysfunction associated with CX3CL1-CX3CR1 signaling
2026-Jun-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究综合运用网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接和单细胞转录组学等方法,发现双酚A通过CX3CL1-CX3CR1信号通路加剧缺血再灌注引起的内皮和血脑屏障功能障碍 首次整合网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接和单细胞转录组学多种方法,系统揭示双酚A加剧缺血性中风损伤的分子机制,并锁定CX3CL1-CX3CR1信号通路作为关键靶点 仅使用体外细胞模型,缺乏体内动物实验验证;双酚A浓度较高(50和100 μM)可能不完全反映环境暴露水平 探究双酚A是否以及如何调节缺血性神经血管损伤 bEnd.3脑内皮细胞和内皮-星形胶质细胞Transwell血脑屏障共培养模型 NA 缺血性中风 单细胞转录组学 NA NA NA NA 单细胞转录组学 NA NA
113 2026-05-15
Curcumin Targets Crispld2 to Suppress Hepatic Stellate Cell Activation via PI3K/AKT Pathway Inhibition in Hepatic Fibrosis
2026-Jun, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了姜黄素通过靶向Crispld2并抑制PI3K/AKT通路来抑制肝星状细胞活化,从而缓解肝纤维化的分子机制 首次通过单细胞RNA测序结合扰动模型预测和伪时间分析,鉴定出Crispld2是姜黄素抗肝纤维化的关键靶基因,并阐明其通过PI3K/AKT通路调控肝星状细胞活化的新机制 未提及具体局限性,但可能包括动物模型与人类疾病的差异、Crispld2在其他细胞类型中的作用未充分探索等 探究姜黄素在肝纤维化中的具体分子机制,特别是对肝星状细胞活化的影响 肝纤维化小鼠模型及TGF-β诱导的LX-2肝星状细胞活化模型 机器学习和数字病理学 肝纤维化 单细胞RNA测序 扰动模型预测与伪时间分析 单细胞转录组数据 CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型(具体样本量未明确)及LX-2细胞系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
114 2026-05-15
scRAPID-web: a web server for predicting protein-RNA interactions from single-cell transcriptomics
2026-May-14, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 介绍scRAPID-web网络服务器,用于从单细胞转录组数据预测蛋白质-RNA相互作用 通过整合单细胞基因调控网络推断与catRAPID结合倾向预测,开发了用户友好的网络服务器,支持八个模式生物的分析 NA 提供一个用户友好的网络工具,用于从单细胞RNA测序数据预测RNA结合蛋白与RNA的相互作用 单细胞RNA测序数据中的RNA结合蛋白和RNA 机器学习 NA RNA测序 NA 基因表达矩阵 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
115 2026-05-15
RNA-based CLEM (RCLEM) bridging RNA localisation and ultrastructural mapping in 3D
2026-May-14, Journal of microscopy IF:1.5Q3
研究论文 开发了一种基于RNA的三维相关光镜与电镜(RCLEM)工作流程,用于在超微结构环境中高分辨率可视化RNA分子 首次将RNA标记与连续块面扫描电子显微镜(SBF-SEM)整合,实现厚组织中mRNA三维超微结构定位,无需抗体优化,通过优化去污剂条件保持超微结构与探针可及性 NA 克服当前空间转录组学分辨率限制,建立连接基因表达与细胞超微结构的高分辨率三维空间转录组分析平台 脉络丛和肝脏组织中的mRNA分子 数字病理学 NA RNA-seq, 空间转录组学, 原位杂交, 连续块面扫描电子显微镜 NA 图像, 三维数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
116 2026-05-15
Integrated Single-Cell Atlas Reveals Cross-Subtype Heterogeneity in Human Pulmonary Hypertension
2026-May-14, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
research paper 通过整合单细胞RNA测序数据构建人类肺动脉高压核心单细胞图谱,揭示跨亚型异质性,并开发了多任务学习工具PH-Map用于快速分层细胞注释 首次构建涵盖多个临床亚型的人类肺动脉高压核心单细胞图谱,并开发基于该图谱的预训练多任务学习工具PH-Map,实现快速分层细胞注释 未提及具体局限性 整合单细胞RNA测序数据,构建人类肺动脉高压核心单细胞图谱,揭示跨亚型细胞异质性,并为下游研究提供可重复的分层注释工具 64个人类样本(包括特发性肺动脉高压、系统性硬化症相关肺动脉高压、慢性血栓栓塞性肺动脉高压和健康对照)的235621个高质量细胞 machine learning pulmonary hypertension single-cell RNA-seq multitask learning single-cell RNA sequencing data 64个人类样本,包含235621个细胞 NA single-cell RNA-seq NA NA
117 2026-05-15
Perk Is Dispensable for Smooth Muscle Cell Phenotype Switching in Atherosclerosis
2026-May-14, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 本研究探讨Perk蛋白在平滑肌细胞表型转换及动脉粥样硬化病变中的作用,发现其并非必需 首次通过体内基因敲除和单细胞分析明确Perk在动脉粥样硬化平滑肌细胞调节中不发挥关键作用 主要基于小鼠模型,且未在更多人类样本中验证Perk通路与病变稳定性的直接因果关系 阐明未折叠蛋白反应蛋白Perk在动脉粥样硬化平滑肌细胞调控和病变稳定性中的作用 成年Ldlr基因敲除高胆固醇血症小鼠的平滑肌细胞及人颈动脉病变组织 心血管疾病 动脉粥样硬化 单细胞RNA测序、批量RNA测序、Xenium空间转录组、基因敲除 NA 基因表达数据、空间转录组数据 小鼠模型(样本量未明确说明)、人类颈动脉病变样本(具体数量未提供) 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞RNA测序,Xenium空间转录组学平台
118 2026-05-15
Balancing off-target and on-target considerations for optimized CRISPR-Cas9 knockout library design
2026-May-13, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 提出一种平衡脱靶与靶向活性的CRISPR-Cas9敲除文库设计策略,并创建了人类(Jacquere)和小鼠(Julianna)基因组规模文库 首次建立同时权衡脱靶和靶向活性的选择框架,避免因过度排除脱靶活性而丢失高效靶向的向导RNA 未详细说明脱靶活性阈值设定的具体标准及文库在长期应用中的稳定性验证 优化CRISPR-Cas9敲除文库设计,以支持高维筛选(如单细胞RNA测序、高内涵成像)中的紧凑文库需求 人类和小鼠基因组中的CRISPR-Cas9向导RNA文库 机器学习和基因组编辑 遗传病 CRISPR-Cas9敲除筛选 NA 基因组序列数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
119 2026-05-15
A skeletal muscle atlas shows neuromuscular junction adaptations to growth and atrophy
2026-May-13, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 该研究构建了小鼠后肢骨骼肌的单细胞和单核转录组图谱,结合空间转录组分析,揭示了神经肌肉接头在肌肉萎缩和肥大过程中的适应性变化 首次通过多组学联合分析(单细胞转录组、单核转录组和空间转录组)系统描绘了小鼠骨骼肌在休息、萎缩和肥大状态下的细胞图谱,并发现神经肌肉接头处的突触肌核和终末施万细胞在不同状态下发生显著重塑 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅用于验证部分结果,且实验诱导的萎缩和肥大条件可能无法完全模拟自然衰老或疾病状态下的肌肉变化 阐明骨骼肌在萎缩和肥大过程中的分子机制,特别是神经肌肉接头的重塑机制 小鼠后肢骨骼肌(静止状态和实验诱导的萎缩或肥大状态)及人类骨骼肌样本(去神经支配和运动后) 转录组学, 空间组学 肌肉萎缩相关疾病 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 高分辨率3D成像 NA 转录组数据, 空间基因表达数据, 成像数据 小鼠后肢骨骼肌样本(具体数量未提及),人类去神经支配和运动后肌肉样本(具体数量未提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'基因表达测序,10x Visium空间转录组学
120 2026-05-15
Guidelines for single-cell RNA sequencing analysis of eosinophils
2026-May-13, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2
研究论文 为嗜酸性粒细胞单细胞RNA测序分析提供指导方针 整合多个公共嗜酸性粒细胞scRNA-seq数据集,开展跨平台、跨组织、跨物种比较分析,揭示了嗜酸性粒细胞转录组覆盖率最低的特点,并开发了专用的标记基因面板和内含子包含比对策略 未明确说明局限性 建立嗜酸性粒细胞特异的scRNA-seq分析框架,改进其回收、注释和生物学解释 嗜酸性粒细胞 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多个公共数据集整合 NA 单细胞RNA测序 NA NA
回到顶部