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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1141 | 2026-04-29 |
Serial Spatial Transcriptomes Reveal Regulatory Transitions in Maize Leaf Development
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70515
PMID:41493197
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研究论文 | 优化了使用10× Genomics Visium系统的空间转录组学协议,并开发计算流程重建玉米幼苗中SAM和连续发育叶片的三维基因表达谱,揭示从SAM中未分化干细胞到功能分化叶片结构的动态转变 | 首次优化了基于10× Genomics Visium系统的空间转录组学实验流程与计算分析管线,实现了玉米叶片发育过程中基因表达的三维空间定位与动态追踪,优于缺乏时空背景的单细胞转录组分析 | 目前该方法的应用仍需要进一步的样品制备和数据处理优化,可能对某些植物组织或特定发育阶段存在适用性挑战 | 揭示玉米叶片从茎尖分生组织起源到功能分化过程中的基因表达调控网络与发育转变机制 | 玉米幼苗中的茎尖分生组织(SAM)和连续发育的叶片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个连续发育阶段的玉米幼苗茎尖分生组织和叶片样品 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10× Genomics Visium系统用于空间转录组学实验优化 |
| 1142 | 2026-04-29 |
Mass Spectrometry Imaging Combined With Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals the Multidimensional Spatial Distributions and Biosynthetic Pathways of Medicinal Components in Andrographis paniculata
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70534
PMID:41504619
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研究论文 | 通过质谱成像与单细胞转录组分析,揭示了穿心莲中药物成分的多维空间分布和生物合成途径 | 首次在药用植物穿心莲中建立质谱成像与单细胞RNA测序联合系统,实现活性成分的精细空间定位和细胞类型特异性表达分析 | 未提及明显局限性 | 探索药用植物中活性成分的精细分布和生物合成途径 | 穿心莲(Andrographis paniculata) | 数字病理学 | NA | 质谱成像(MSI)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LC-QQQ-MS/MS | NA | 图像、基因表达数据 | 穿心莲叶片和茎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、质谱成像(MSI) | NA | NA |
| 1143 | 2026-04-29 |
Dissecting the Cell-Type-Specific Response to an Emerging Tobamovirus in Tomato Reveals Cultivar-Dependent Involvement of Brassinosteroid Signalling
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70559
PMID:41562490
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析番茄中两种不同遗传背景的品种对新兴烟草花叶病毒的细胞类型特异性反应,揭示了油菜素内酯信号通路的差异参与 | 首次在单细胞水平上揭示不同遗传背景的番茄品种对ToBRFV感染的细胞类型特异性反应,并发现油菜素内酯信号通路在抗性中起品种依赖性作用 | 未提供具体局限性信息 | 探究植物病毒在不同细胞类型中的宿主反应以及遗传背景(包括抗性基因)对感染动态的影响 | 番茄品种'金鹏1号'(JP)和'Rutgers'(RG)以及番茄褐色皱纹果病毒(ToBRFV) | 机器学习 | 植物病毒病 | 单细胞RNA测序 | 拟时间分析 | 基因表达数据 | 两种番茄品种(JP和RG)的叶片样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1144 | 2026-04-29 |
Multi-scale spatial testing recovers gene programs missed by existing detection methods
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.12.711372
PMID:41890107
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研究论文 | 提出FlashS方法,在频域中重新定义基于核的空间检验,以检测任意多尺度表达模式,并扩展到数百万细胞 | 通过频域变换将空间检验从固定尺度模型解放出来,实现多尺度空间可变基因检测,同时保持可扩展性 | 未明确说明局限性,但可能依赖于基因表达数据的空间分辨率 | 开发一种能够检测现有方法遗漏的多尺度空间模式的空间可变基因检测方法 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 机器学习和数字病理学 | 心血管疾病(与心脏组织相关) | 空间转录组学 | 核方法(频域变换) | 基因表达数据 | 50个基准数据集覆盖9个平台,包括艾伦脑MERFISH图谱(394万个细胞) | NA | 空间转录组学,MERFISH | MERFISH | 艾伦脑MERFISH图谱 |
| 1145 | 2026-04-29 |
Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium
2026-Apr, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013
PMID:40889615
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研究论文 | 通过跨平台转录组数据整合,识别出人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫信号特征 | 首次通过跨平台统计整合多个公开数据集,系统性地表征骨关节炎滑膜的转录表型,并聚焦于与疼痛相关的信号通路 | 研究基于公共数据集,样本量有限(153例受试者),且仅关注终末期骨关节炎,未纳入早期或中度病变 | 表征骨关节炎滑膜的转录表型,重点关注与疼痛相关的神经免疫信号 | 人类非骨关节炎和骨关节炎滑膜组织样本 | 机器学习 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 153例受试者(质量控后139例) | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina NovaSeq | 来自GEO数据库的多个微阵列和RNA测序数据集 |
| 1146 | 2026-04-29 |
Spatial Transcriptomics Reveals Injured Cells, Signature Genes, and Communication Patterns in the Cyst Microenvironment of Polycystic Kidney Disease
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000894
PMID:41071604
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示多囊肾病囊肿微环境中的损伤细胞、标志基因和通讯模式 | 首次通过空间转录组学方法在组织原位解析多囊肾病囊肿微环境中的细胞组成、基因表达和细胞通讯模式,填补了传统单细胞测序缺乏空间信息的空白 | 文章未明确提及局限性 | 研究多囊肾病囊肿微环境的变化如何驱动囊肿形成 | Pkd1缺陷小鼠和野生型小鼠的肾脏组织 | 空间转录组学 | 多囊肾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 野生型和Pkd1缺陷小鼠肾脏样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间基因表达平台 |
| 1147 | 2026-04-29 |
Hmx2 and Dmrt2 Coordinate the Differentiation of Intercalated Cell Subtypes in Kidney
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000885
PMID:41051882
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研究论文 | 本研究揭示了Hmx2和Dmrt2在肾脏集合管闰细胞亚型分化中的协调作用 | 首次阐明Hmx2和Dmrt2作为互斥转录因子分别调控B型和A型闰细胞分化,并发现Hmx3在两者缺失时补偿性表达 | Dmrt2敲入未能修复Foxp1缺陷小鼠的闰细胞分化异常,提示可能存在尚未阐明的调控机制 | 探究Dmrt2和Hmx2在肾脏闰细胞亚型分化中的功能 | 小鼠肾脏远端肾单位特异条件性敲除和敲入模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除/敲入小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠及人类肾脏数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序分析小鼠和人类肾脏数据集 |
| 1148 | 2026-04-12 |
Spatial Transcriptomics of the Cyst Microenvironment in an Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Model
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001050
PMID:41920711
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1149 | 2026-04-29 |
A single-cell atlas of the human airways from patients with allergic rhinitis comorbid with asthma
2026-Mar-24, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2026.03.013
PMID:41887463
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research paper | 本文通过单细胞RNA测序技术,绘制了过敏性鼻炎合并哮喘患者气道的单细胞图谱,揭示了上下气道细胞组成和转录变化的相似性及炎症反应机制 | 首次对过敏性鼻炎合并哮喘患者多个不同微解剖区域的气道刷取样本进行单细胞RNA分析,发现了病变气道纤毛细胞结构损伤和上皮屏障破坏,并鉴定出GZMA-PARD3通路在体外破坏气道上皮屏障 | 仅纳入有限样本量,且为横断面研究、缺乏纵向随访数据 | 研究过敏性鼻炎合并哮喘患者上下气道细胞种群分布和转录变化,探索慢性炎症条件下细胞图谱的异同 | 过敏性鼻炎合并哮喘患者及健康志愿者的鼻腔和支气管刷取细胞 | machine learning | asthma | single-cell RNA-seq | NA | single-cell transcriptomic data | 若干名过敏性鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻腔及支气管刷取样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 1150 | 2026-04-29 |
Regulation of spikelet number during wheat spike development
2026-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.07.698073
PMID:41835394
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综述 | 本文综述了小麦穗发育过程中调控小穗数目的基因网络与分子机制,重点探讨了顶端分生组织向花序分生组织转变、小穗分生组织形成速率及终端小穗转化时间等关键过程 | 整合了近年空间转录组学、单细胞分析及多组学技术在小麦穗发育研究中的最新应用,系统梳理了促进小穗数增加的突变体(如超数小穗和分枝结构)及其育种应用进展 | 目前将超数小穗突变导入商业品种时面临育性和籽粒重量的权衡问题,且对多基因组合效应的田间验证研究仍有限 | 阐明小麦穗部小穗数目(SNS)的遗传调控网络及其对产量的影响机制 | 小麦穗部发育过程中的花序分生组织(IM)、小穗分生组织(SM)及终端小穗(TS) | 植物遗传学与作物育种 | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 多组学分析 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多组学 | NA | NA |
| 1151 | 2026-04-29 |
Endothelial prolyl hydroxylase 3 mitigates maladaptive inflammation to promote post-ischemic kidney repair
2026-Feb-13, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2026.01.017
PMID:41692346
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研究论文 | 探究内皮细胞脯氨酰羟化酶3(PHD3)在肾脏缺血再灌注损伤后如何减轻炎症反应并促进修复 | 首次发现内皮细胞PHD3作为关键氧传感器,通过调控干扰素-γ信号抑制过度炎症,防止肾脏从急性损伤向慢性肾病转化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类数据为关联分析,因果关系需进一步验证 | 揭示内皮细胞氧感知失调对急性肾损伤后免疫调节及肾脏修复的影响 | 小鼠肾脏内皮细胞及人急性肾损伤样品 | 计算机视觉 | 急性肾损伤、慢性肾病 | 条件性基因敲除小鼠、单细胞RNA测序、体外功能实验 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 两个独立人类数据集,小鼠缺血再灌注模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 1152 | 2026-04-29 |
Germ line LCP1 mutations cause immunodeficiency with neutropenia, monocytopenia, lymphopenia, and defective cytokinesis
2026-Feb-10, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025016507
PMID:41056520
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研究论文 | 报告LCP1基因种系突变导致免疫缺陷,伴有中性粒细胞减少、单核细胞减少、淋巴细胞减少和细胞分裂缺陷 | 首次发现LCP1激活突变引起一种新的常染色体显性遗传造血疾病,并阐明其致病机制 | 研究样本量较小,仅涉及4个家系,且未对其他种族人群进行验证 | 探究LCP1突变在严重先天性中性粒细胞减少症(SCN)中的致病作用及临床特征 | 4个独立家系的中性粒细胞减少症患者及其骨髓来源造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 自然语言处理 | 免疫缺陷病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4个家系,多名患者,包括骨髓样本和患者诱导多能干细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析骨髓来源造血干细胞和祖细胞 |
| 1153 | 2026-04-29 |
Opioid-induced transcriptional reprogramming of cerebrospinal fluid immune cells drives neuroinflammation in SIV-infected rhesus macaques
2026-Feb-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8632387/v1
PMID:41674808
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研究论文 | 利用单细胞转录组测序技术研究阿片类药物诱导的脑脊液免疫细胞转录重编程在SIV感染猕猴中驱动神经炎症的机制 | 首次在SIV/猕猴模型中整合纵向单细胞转录组分析,揭示慢性吗啡暴露如何将脑脊液单核细胞重编程为疾病相关小胶质细胞样状态,并影响免疫-胶质细胞对话和神经认知功能障碍 | 研究基于非人类灵长类动物模型,需进一步在人类样本中验证;未深入探讨具体分子机制和信号通路因果性 | 探索阿片类药物对HIV感染者神经认知障碍的加剧机制,特别是通过脑脊液免疫细胞的转录特征 | 吗啡和盐水处理的SIV感染、ART治疗恒河猴的脑脊液免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 神经炎症与神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组表达数据 | 多只恒河猴,在基线、吗啡递增期、急性感染期和病毒血症抑制期纵向采样 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1154 | 2026-04-29 |
Evaluating the Diagnostic Value and Molecular Mechanism of Energy Metabolism-Related Gene PEA15 in Sepsis
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S556793
PMID:41907205
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研究论文 | 通过机器学习与单细胞RNA测序评估能量代谢相关基因PEA15在脓毒症中的诊断价值及分子机制 | 首次结合机器学习和单细胞RNA测序技术,鉴定能量代谢相关基因PEA15在脓毒症中的诊断潜力,并揭示其与免疫细胞浸润及核心基因网络的关系 | 未明确说明潜在局限性(如样本数量、验证队列不足等) | 探索脓毒症中能量代谢相关基因的诊断价值及分子机制,为早期诊断和治疗提供新靶点 | 脓毒症患者基因表达数据及单细胞RNA测序样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | GSE65682和GSE95233数据集(具体样本数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1155 | 2026-04-29 |
Neutrophil-Specific Biomarker S100A2 Mediates Diabetic Foot Ulcer Through IL-17 Signaling Pathway and Potential Therapeutics
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S577432
PMID:41907219
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析糖尿病足溃疡的免疫微环境,发现中性粒细胞特异性生物标志物S100A2及其通过IL-17信号通路的作用机制和潜在治疗药物 | 首次鉴定出S100A2作为与IL-17信号通路关联的中性粒细胞特异性生物标志物,填补了糖尿病足溃疡发病机制中特定基因-免疫细胞相互作用的空白 | 主要基于公开数据库的生物信息学分析,缺乏大规模临床样本验证,药物预测需要进一步的实验验证 | 探索糖尿病足溃疡的免疫微环境特征及其中性粒细胞特异性生物标志物的作用机制,寻找潜在治疗策略 | 糖尿病足溃疡患者与糖尿病足部皮肤样本的免疫细胞和基因表达数据 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 定量实时聚合酶链反应 | 加权基因共表达网络分析, CIBERSORT, Seurat | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的批量RNA测序和单细胞RNA测序数据集 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1156 | 2026-04-29 |
Exploring Centrosome Amplification-Associated Biomarkers in Osteoarthritis Through Bioinformatics and Experimental Approaches
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S576712
PMID:41907222
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研究论文 | 通过生物信息学和实验方法探索骨关节炎中与中心体扩增相关的生物标志物 | 首次将中心体扩增相关基因与骨关节炎联系起来,通过整合差异表达分析、WGCNA、孟德尔随机化、ROC曲线及单细胞RNA测序等多种方法,鉴定出PLK2和SUN2两个潜在生物标志物,并构建了高预测准确度的列线图模型 | 未明确说明 | 识别骨关节炎中中心体扩增相关基因作为潜在生物标志物 | 骨关节炎患者的转录组数据和临床标本 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1157 | 2026-04-29 |
CPEB1 drives ferroptosis-neuroinflammation crosstalk in temporal lobe epilepsy via the SIRT1-NRF2 acetylation axis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1727784
PMID:41909681
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研究论文 | CPEB1通过SIRT1-NRF2乙酰化轴驱动颞叶癫痫中铁死亡与神经炎症的交互作用 | 首次揭示CPEB1通过调节SIRT1-NRF2乙酰化轴促进铁死亡-神经炎症交互作用在颞叶癫痫中的机制 | 未明确说明,但研究主要基于模型验证,可能需更多临床验证 | 探究CPEB1在颞叶癫痫中铁死亡与神经炎症交互作用中的分子机制 | 人类颞叶癫痫患者和海马组织、小鼠模型(KA/PTZ诱导)及体外谷氨酸诱导的神经元损伤模型 | 神经科学 | 颞叶癫痫 | 单细胞转录组学、批量RNA测序、生物信息学分析、腺相关病毒(AAV)介导的过表达与敲低、药物调控 | NA | 转录组数据 | 人类颞叶癫痫患者组织样本及小鼠模型(数量未具体说明) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1158 | 2026-04-29 |
Machine learning meets psoriasis: identifying key lactylation biomarkers as potential targets for diagnosis and therapies
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1791693
PMID:41909697
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研究论文 | 该研究通过机器学习识别银屑病中与乳酰化相关的关键生物标志物,为诊断和治疗提供潜在靶点 | 首次将机器学习算法(随机森林和LASSO回归)与乳酰化基因结合,鉴定出MPHOSPH6、ENO1、MKI67和FABP5作为银屑病诊断和治疗的新型生物标志物,并通过孟德尔随机化分析揭示了其因果关联 | 研究主要基于公开数据库分析和动物模型验证,缺乏大规模临床样本的验证 | 识别银屑病中与乳酰化相关的生物标志物,探索其在诊断和治疗中的潜在价值 | 银屑病患者和健康对照的基因表达数据、小鼠银屑病模型 | 机器学习 | 银屑病 | NA | 随机森林、LASSO回归 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1159 | 2026-04-28 |
Spatial Robustness of Prostate Cancer Biomarkers Evaluated by Spatial Transcriptomics
2026-Jun, The Prostate
DOI:10.1002/pros.70164
PMID:41911496
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研究论文 | 利用空间转录组学评估两种患者前列腺癌组织切片中四种预后生物标志物基因的空间稳健性 | 首次通过空间转录组学评估多个预后生物标志物面板(Oncotype DX、Prolaris、Decipher和ProClass)在高度异质的前列腺癌组织中的空间表达模式,并提出“空间稳健”面板概念 | 仅分析两名患者共37个组织切片,样本量小;低丰度基因可能受当前技术限制影响,难以进行稳健空间分析 | 探究空间转录组学在验证和优化前列腺癌预后生物标志物面板中的潜在用途,评估生物标志物基因的空间变异性 | 两名患有局部高等级前列腺癌患者的37个组织切片 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | 加权基因共表达网络分析 | 空间基因表达数据 | 37个组织切片(来自2名患者) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium Spatial Platform | Visium空间平台 |
| 1160 | 2026-04-28 |
Single-Cell Sequencing Reveals That CCL2+ Adipose-Derived Stem Cells Promote Diabetic Wound Healing Through the CCL2-ACKR1 Signaling Axis
2026-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202601311R
PMID:42033160
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research paper | 利用单细胞RNA测序揭示CCL2阳性脂肪干细胞及其外泌体通过CCL2-ACKR1信号轴促进糖尿病伤口愈合的机制 | 首次在单细胞水平鉴定出CCL2阳性脂肪干细胞亚群,并揭示其外泌体通过CCL2-ACKR1轴激活PI3K/AKT/mTOR/HIF-1α通路促进血管生成、M2巨噬细胞极化和细胞外基质重塑的多细胞多靶点治疗作用 | 未明确说明研究中涉及的潜在局限性 | 探究CCL2阳性脂肪干细胞亚群及其外泌体在糖尿病伤口愈合中的作用机制 | 人类脂肪组织、糖尿病伤口组织、糖尿病小鼠伤口模型、内皮细胞 | digital pathology | diabetic wound | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类脂肪和糖尿病伤口组织样本,具体数量未提及;糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |