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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2026-01-19 |
Whole Genome and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Clonal Evolution and Heterogeneity of Secondary Plasma Cell Leukemia: A Case Report
2026-Feb, EJHaem
DOI:10.1002/jha2.70215
PMID:41542018
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病例报告 | 本文通过全基因组测序和单细胞RNA测序,报告了一例继发性浆细胞白血病患者的克隆演化与肿瘤异质性 | 结合全基因组测序与单细胞RNA测序技术,揭示了继发性浆细胞白血病发展过程中的克隆演化和基因组不稳定性 | 仅基于单个病例报告,样本量有限,结果可能不具有普遍代表性 | 探究继发性浆细胞白血病的克隆演化和肿瘤异质性 | 一名75岁日本男性患者,患有IgG-λ型多发性骨髓瘤并迅速进展为继发性浆细胞白血病 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 1例患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1122 | 2026-01-19 |
Host-derived interleukin-1α drives tumor immunosuppression by reprogramming tumor-associated myeloid cells
2026-Jan-17, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-026-00890-8
PMID:41547846
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研究论文 | 本研究揭示了宿主来源的白细胞介素-1α(IL-1α)通过重塑肿瘤相关髓系细胞驱动肿瘤免疫抑制的机制 | 首次在乳腺癌模型中证明宿主IL-1α通过调控CX3CR1⁺巨噬细胞分化和PGE2信号通路塑造免疫抑制性肿瘤微环境 | 研究主要基于小鼠模型,人体内验证尚不充分;机制研究集中在PGE2通路,可能存在其他未探索的调控途径 | 阐明IL-1α调控肿瘤微环境中髓系细胞分化和免疫抑制功能的分子机制 | 小鼠乳腺癌模型中的肿瘤相关髓系细胞(特别是巨噬细胞)和CD8⁺ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1123 | 2026-01-19 |
Unraveling the Effects and Characteristics of Proliferating Tumor and Cytotoxic T Cells in Colorectal Cancer
2026-Jan-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2026
PMID:41201451
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研究论文 | 本研究通过多色免疫组化和单细胞RNA测序,探讨了结直肠癌中增殖性肿瘤细胞和细胞毒性T细胞的特征及其预后意义 | 首次系统性地结合空间定位分析和单细胞转录组数据,揭示了肿瘤细胞增殖与良好预后的关联,并比较了增殖与非增殖细胞毒性T细胞的预后价值差异 | 研究基于回顾性队列,可能存在选择偏倚;空间分析仅考虑了肿瘤细胞与T细胞的共定位,未涉及其他免疫细胞类型 | 探究结直肠癌中增殖性肿瘤细胞和细胞毒性T细胞的特性及其对患者预后的影响 | 结直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 多色免疫组化,单细胞RNA测序,数字图像分析 | NA | 图像,单细胞转录组数据 | 两个独立队列共1839名患者,以及62例结肠癌的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1124 | 2026-01-19 |
Glial betaPix is essential for blood vessel development in the zebrafish brain
2026-Jan-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.106665
PMID:41543887
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研究论文 | 本研究通过建立高效的条件性敲除方法,揭示了胶质细胞中的betaPix在斑马鱼大脑血管发育和血脑屏障形成中的关键作用 | 开发了一种基于同源定向修复的高效条件性敲除方法,并首次明确了betaPix在胶质细胞中的特异性功能,而非神经元、内皮细胞或周细胞 | 研究主要基于斑马鱼胚胎模型,对人类细胞的适用性仅作推测,需进一步验证 | 探究betaPix在斑马鱼大脑血管发育和血脑屏障形成中的细胞特异性功能及分子机制 | 斑马鱼胚胎中的胶质细胞、神经元、内皮细胞和周细胞 | 发育生物学 | 脑血管疾病 | 同源定向修复介导的敲入和敲除技术、单细胞转录组分析 | 条件性敲除模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1125 | 2026-01-19 |
Hidden oral-joint-lung axis: Porphyromonas gingivalis Infection promotes the EMyT of RA-ILD by inhibiting the JUN-regulated palmitoylation balance
2026-Jan-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116210
PMID:41547254
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研究论文 | 本研究揭示了牙龈卟啉单胞菌感染通过破坏JUN调控的棕榈酰化平衡,促进类风湿关节炎相关间质性肺病中的上皮-肌成纤维细胞转化和纤维化,从而发现了一个新的口腔-关节-肺轴 | 首次提出并验证了口腔-关节-肺轴的存在,揭示了牙龈卟啉单胞菌通过调控JUN介导的棕榈酰化失衡来驱动RA-ILD的病理机制 | 研究主要基于动物模型和细胞系,临床样本验证有限,且棕榈酰化调控网络可能涉及更多未探索的因子 | 探究牙龈卟啉单胞菌感染如何通过棕榈酰化介导的上皮-肌成纤维细胞转化驱动RA-ILD,阐明口腔-关节-肺连接的机制基础 | RA-ILD患者的支气管肺泡灌洗液和粪便样本、胶原诱导关节炎小鼠模型、人肺上皮细胞系(A549和BEAS-2B) | 病理机制研究 | 类风湿关节炎相关间质性肺病 | 宏基因组下一代测序、16S rRNA测序、免疫病理学、qPCR、Western blotting、单细胞测序、分子对接 | NA | 测序数据、分子表达数据、病理图像 | RA-ILD患者的临床样本(具体数量未明确)、胶原诱导关节炎小鼠模型、人肺上皮细胞系 | NA | 宏基因组下一代测序、16S rRNA测序、单细胞测序 | NA | NA |
| 1126 | 2026-01-19 |
Advances in Spatial Transcriptomics in Bone
2026-Jan-15, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-025-00949-8
PMID:41535622
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综述 | 本文综述了空间转录组学在骨骼研究中的应用进展,包括其在骨骼发育、维持、相关疾病和骨折愈合中的潜力 | 强调了空间转录组学作为揭示骨骼空间和分子复杂性的关键技术,并探讨了其与多组学和多模态成像方法整合的潜力 | 缺乏标准化的数据分析流程,且当前数据集样本量较小,影响了数据的可解释性 | 推动骨骼基础研究和转化研究,特别是在骨科和肌肉骨骼研究领域 | 骨骼组织,包括骨骼发育、维持、相关疾病和骨折愈合过程 | 数字病理学 | 骨科疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 样本量较小 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1127 | 2026-01-19 |
Lineage tracing reveals the origins and dynamics of macrophages in lung injury and repair
2026-Jan-14, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-025-00859-0
PMID:41535251
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研究论文 | 本研究利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了组织驻留和浸润性巨噬细胞在肺损伤和修复过程中的动态贡献和功能 | 通过遗传谱系追踪结合scRNA-seq,首次系统阐明了不同来源巨噬细胞在肺纤维化中的细胞命运、动态响应和功能,并发现Notch信号与Wnt/β-catenin信号在单核细胞招募和肺纤维化调控中的负相关关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类肺损伤和修复中的巨噬细胞动态可能有所不同;未详细探讨其他免疫细胞类型的相互作用 | 探究肺损伤和修复过程中不同来源巨噬细胞的细胞命运、动态响应和功能 | 组织驻留巨噬细胞和浸润性巨噬细胞(包括单核细胞来源的巨噬细胞) | 数字病理学 | 肺纤维化 | 遗传谱系追踪,scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1128 | 2026-01-19 |
PSMD1 inhibition suppresses tumor progression and enhances antitumor immunity by modulating the RTKN/β-catenin/PD-L1 axis in hepatocellular carcinoma
2026-Jan-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08241-4
PMID:41535254
|
研究论文 | 本研究探讨了PSMD1通过调控RTKN/β-catenin/PD-L1轴在肝细胞癌中的作用,揭示了其抑制肿瘤进展和增强抗肿瘤免疫的机制 | 首次揭示了PSMD1通过RTKN/β-catenin轴调控PD-L1表达,并证明靶向该轴可增强抗PD-1疗法的疗效 | 研究主要基于体外和体内模型,临床转化潜力需进一步验证 | 探究PSMD1在肝细胞癌免疫治疗反应中的调控作用及分子机制 | 肝细胞癌细胞系、动物模型及公共单细胞RNA测序数据集 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、质谱分析、组织微阵列 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1129 | 2026-01-19 |
Longitudinal analysis of retinal cell state transitions in RB1-deficient retinal organoids reveals the nascent cone precursors are the earliest cell-origin of human retinoblastoma
2026-Jan-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08191-x
PMID:41535675
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研究论文 | 本研究通过构建RB1缺陷的人视网膜类器官模型,结合单细胞RNA测序分析,揭示了RB1缺失如何诱导ATOH7神经源性视网膜祖细胞过度增殖,并最终导致ATOH7/RXRγ新生锥体前体细胞驱动视网膜母细胞瘤发生 | 首次证明nRPCs是RB1缺失最敏感的细胞,能诱导新生视网膜细胞异常增殖,而ATOH7新生锥体前体细胞是人类视网膜母细胞瘤最早的细胞起源 | 研究基于类器官模型和异种移植,可能无法完全模拟人体内肿瘤微环境 | 探究RB1失活对不同视网膜细胞类型的影响,并确定视网膜母细胞瘤的细胞起源 | RB1缺陷的人视网膜类器官、人诱导多能干细胞、肿瘤细胞 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、多组学分析、基因敲低实验、小分子抑制剂验证 | 类器官模型、异种移植模型 | 单细胞RNA测序数据、多组学数据 | 未明确具体样本数量,但涉及RB1或RB1人诱导多能干细胞生成的类器官和肿瘤细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1130 | 2026-01-19 |
Leveraging single cell multiomic analyses to identify gene regulatory networks that drive human articular cartilage cell fate
2026-Jan-09, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.12.025
PMID:41520766
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研究论文 | 本研究利用单细胞多组学和空间转录组学数据,识别驱动人类关节软骨细胞命运的基因调控网络,并建立人类多能干细胞平台以验证预测的转录因子功能 | 结合单细胞多组学和空间转录组学分析,预测并功能验证了调控软骨细胞亚群的基因网络,特别是发现CREB5和NFATC2具有重编程生长板软骨为关节软骨样细胞的潜力 | 研究主要基于发育时间点的样本,可能未完全覆盖成年或疾病状态下的调控机制;体外平台可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 识别驱动人类关节软骨细胞命运的基因调控网络,为开发治疗退行性关节疾病的新疗法奠定基础 | 人类远端股骨关节软骨细胞,包括胎儿发育时间点的样本以及人类多能干细胞分化的软骨细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞多组学分析,空间转录组学,人类多能干细胞分化平台 | 基因调控网络预测模型 | 单细胞转录组和开放染色质数据,空间转录组数据 | 胎儿远端股骨样本(2个发育时间点),额外时间点的空间转录组样本 | NA | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 1131 | 2026-01-19 |
scCT-DB, an omnibus for cancer patient-derived paired pre- and post-treatment single-cell transcriptomes to reveal drug perturbation and drug resistance mechanisms
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1065
PMID:41160885
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scCT-DB的综合性数据库,该数据库专门收集癌症患者治疗前后配对的单细胞转录组数据,旨在揭示药物扰动和耐药机制 | 开发了首个全面整合癌症患者治疗前后配对单细胞转录组数据的数据库,并提供了统一的数据处理流程、结构化元数据以及多种在线分析工具 | NA | 为癌症药物耐药性研究提供一个易于访问、整合和重用的高质量单细胞转录组数据资源与分析平台 | 癌症患者的配对治疗前后单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 619万个细胞,来自1142个原始患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1132 | 2026-01-19 |
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1117
PMID:41160880
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研究论文 | 本文介绍了DeepSpaceDB,一个用于交互式深入分析组织和组织微环境的下一代空间转录组学数据库 | DeepSpaceDB专注于10X Genomics Visium样本,提供高质量分析和增强工具,强调交互性和高级分析功能,支持跨样本比较和用户上传数据 | 当前版本主要聚焦于10X Genomics Visium样本,可能限制了其他平台数据的覆盖范围 | 开发一个交互式空间转录组学数据库,以促进对组织和疾病生物学的深入分析 | 空间转录组学数据,特别是来自10X Genomics Visium的组织切片样本 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium样本 |
| 1133 | 2026-01-19 |
CellSNVReg: a multidimensional resource for SNV-mediated regulatory perturbations in single-cell and spatial omics
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1076
PMID:41171131
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研究论文 | 介绍CellSNVReg,一个多维资源,用于系统表征单细胞和空间组学中SNV介导的调控扰动 | 整合了460万个细胞剖面,在细胞类型和空间分辨率上系统表征SNV引起的调控扰动,涵盖六个维度,并提供定性注释和定量评分 | 未在摘要中明确提及具体限制,可能包括数据整合的复杂性或平台适用性范围 | 研究SNV如何通过多个分子层扰动基因调控,并探索其在正常和疾病背景下的功能影响 | 人类正常、肿瘤和其他疾病组织中的单细胞和空间组学数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | scRNA-seq, spatial transcriptomics, scATAC-seq | NA | 单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据、单细胞ATAC-seq数据 | 460万个细胞剖面 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 1134 | 2026-01-19 |
SEA version 4.0: a major expansion and update of the Super-Enhancer Archive
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1114
PMID:41171129
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研究论文 | 本文介绍了超级增强子数据库SEA版本4.0的重大扩展与更新,这是一个用于阐明超级增强子作用的系统性平台 | 新增了H3K4me1作为关键组蛋白标记,扩展至14个物种,引入了基于香农熵的算法识别特异性超级增强子,并提供了整合超级增强子、增强子、转录因子和邻近基因的交互式调控网络 | 未明确说明数据库覆盖的样本类型或疾病状态的全面性,以及算法在复杂疾病中的验证程度 | 构建一个系统性的超级增强子数据库平台,以解码超级增强子在发育和疾病中的调控机制 | 超级增强子、增强子及其相关的基因组调控元件 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、组蛋白修饰分析 | 基于香农熵的算法 | 基因组学数据、表观遗传学数据 | 12个癌症和正常样本的单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1135 | 2026-01-19 |
connectomeDB2025: a rigorously curated, multi-species resource of experimentally supported ligand-receptor interactions
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1108
PMID:41171146
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研究论文 | 本文介绍了经过严格更新的connectomeDB2025数据库,这是一个包含多物种、经实验验证的配体-受体相互作用的开放获取资源 | 通过AI辅助文献挖掘和人工筛选,移除了超过2900个错误分类或缺乏证据的相互作用,并新增了827对(其中264对为2020年后首次描述)其他数据库未收录的配体-受体对,拥有2359个独有的证据链接,成为目前基于原始实验证据最可靠的配体-受体数据库 | NA | 为单细胞RNA测序和空间转录组数据分析中的细胞间通讯网络推断提供高质量的参考目录 | 脊椎动物的配体-受体相互作用对 | 生物信息学 | NA | AI辅助文献挖掘、人工筛选 | NA | 文献数据、实验证据 | 3579对脊椎动物相互作用,源自2803篇研究文章,共包含5429个证据链接 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1136 | 2026-01-19 |
Spatial GWAS Atlas: a knowledgebase for decoding the genetic architecture of complex traits in spatial resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1103
PMID:41243976
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研究论文 | 本文介绍了Spatial GWAS Atlas,这是一个通过整合GWAS汇总统计数据和空间转录组数据,在单细胞分辨率下解析复杂性状遗传结构的首个综合性知识库 | 首次系统性地将GWAS汇总统计数据与空间转录组数据整合,构建了首个能够定位组织空间架构中遗传效应的综合性资源 | NA | 解码复杂性状在空间分辨率下的遗传结构 | 3854个经过整理的GWAS数据集(涵盖多种性状)和635个空间转录组数据集(涵盖多个物种、组织和平台) | 生物信息学 | 复杂性状与疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间坐标数据、GWAS汇总统计数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1137 | 2026-01-19 |
scGeneBank: cross-species screening of functional gene sets at single-cell resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1137
PMID:41251182
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研究论文 | 介绍了一个名为scGeneBank的数据库和分析门户,用于在单细胞分辨率下进行基因集驱动的探索和跨物种比较 | 整合了来自136个物种、104.9百万个细胞的1134个单细胞转录组数据集,并提供了八个交互式分析模块,支持跨物种、器官和细胞类型的基因集活性比较 | NA | 为单细胞转录组数据的基因集分析和跨物种比较提供一个统一的框架 | 单细胞转录组数据、基因集、细胞类型、器官和物种 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 1134个数据集,总计104.9百万个细胞,来自136个物种,覆盖430个器官和1070个解剖区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1138 | 2026-01-19 |
NONCODE v7.0: updated lncRNA resource integrating scRNA-seq data encompassing immune baseline, development, and disease
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1132
PMID:41261731
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研究论文 | 本文介绍了NONCODE v7.0数据库的更新,通过整合scRNA-seq数据,系统分析了lncRNA的表达,涵盖免疫基线、发育和疾病等多个方面 | 首次将大规模scRNA-seq数据整合到lncRNA数据库中,提供单细胞定制的功能模块,包括数据查询、交互可视化和比较分析,以识别细胞类型特异性差异表达的lncRNA | 数据库主要基于现有scRNA-seq数据集,可能未覆盖所有组织或疾病类型,且功能模块的深度分析可能受数据质量和注释限制 | 构建一个整合scRNA-seq数据的lncRNA资源数据库,以促进lncRNA在免疫、发育和疾病中的功能研究 | 人类长非编码RNA(lncRNA)及其在单细胞水平上的表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 2061个人类scRNA-seq样本,来自229个数据集,涵盖1400万高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1139 | 2026-01-19 |
PBMCpedia: a harmonized PBMC scRNA-seq database with unified mapping and enhanced celltype annotation
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1245
PMID:41277528
|
研究论文 | PBMCpedia是一个统一的PBMC单细胞RNA测序数据库,通过标准化流程处理了来自24项研究的519个样本,提供增强的细胞类型注释和跨疾病比较功能 | 首次创建了一个透明、统一且疾病多样化的PBMC单细胞RNA测序资源库,整合了跨研究的转录组和蛋白质组数据,支持元数据感知的跨疾病、细胞类型、性别和年龄组比较 | 数据库主要基于公开可用数据,可能受原始研究的设计和质量限制,且样本覆盖的疾病类型和人口统计学特征可能不完全均衡 | 解决PBMC单细胞转录组研究中跨数据集整合的困难,为免疫状态分析提供一个标准化的资源平台 | 外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病、感染性疾病、神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、T细胞受体/B细胞受体库数据、表面蛋白测量数据 | 519个样本(超过430万个细胞),来自24项公开研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1140 | 2026-01-19 |
The 2026 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1427
PMID:41431842
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综述 | 本文介绍了2026年《核酸研究》数据库特刊的内容,包括新数据库发布、现有数据库更新以及在线分子生物学数据库集合的维护情况 | 特刊首次收录了突破性论文,如JoGo(人类单倍型分层命名和情境化数据库)和So3D(真正的3D空间转录组学数据库),并引入了社区导向的新数据库如Open Enzyme Database和QSproteome | NA | 汇总和展示分子生物学及相关领域的最新数据库资源,促进数据共享和科学发现 | 分子生物学数据库,包括核酸、蛋白质结构、酶、空间转录组学等类型 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 数据库 | NA | NA | NA | NA | NA |