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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1121 2026-09-13
Epigallocatechin gallate is associated with PDGFRB downregulation and altered PI3K-AKT signaling in gastric cancer
2026-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过生物信息学分析与体外实验,鉴定表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)在胃癌中的候选靶基因,发现EGCG与PDGFRB下调及PI3K-AKT信号通路改变相关 将公共数据库筛选的EGCG相关差异基因与LASSO-Cox预后模型结合,首次提出PDGFRB作为EGCG在胃癌中的候选关联基因,并结合单细胞测序揭示其细胞定位 研究仅提供相关性证据与假设,缺乏深入的机制验证,未明确EGCG与PDGFRB之间的直接调控关系 识别胃癌中EGCG相关候选基因,并为进一步机制研究提供假设 胃癌差异表达基因、EGCG相关靶点、胃癌细胞系 机器学习 胃癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, Western blotting, MTT, Transwell迁移实验 LASSO回归, Cox比例风险模型, ROC曲线 文本, 图像 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
1122 2026-09-13
Uncovering sodium overload-associated gene signatures in chronic obstructive pulmonary disease through integrated bioinformatics and machine learning
2026-Aug-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3
研究论文 该研究整合了两个肺转录组队列,利用生物信息学和机器学习方法识别慢性阻塞性肺疾病(COPD)中钠超载相关的基因特征,并验证了一个三基因面板 首次系统性地将钠超载相关基因集与COPD的转录组架构相结合,并通过十二种机器学习算法基准测试筛选出紧凑的三基因面板(ALDH3A1、MUC5AC、PHEX) 三基因面板的区分能力中等(AUC 0.686),PHEX在不同平台间存在方向异质性,样本量有限,需要在更大规模的前瞻性匹配队列中验证 识别COPD中钠超载相关的基因,并评估一个紧凑的上皮基因面板在多个验证平台中的表现 COPD患者和对照组的肺组织转录组数据、单细胞RNA测序数据以及qPCR样本 机器学习 慢性阻塞性肺疾病 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR 十二种机器学习算法 转录组数据、图像(单细胞测序数据)、文本(基因表达数据) 两个bulk肺转录组队列、一个独立外部队列、13例COPD和12例非COPD对照的qPCR样本 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR NA NA
1123 2026-09-13
STC1 is associated with tumor progression and suppressive niches in laryngeal squamous cell carcinoma
2026-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 该研究通过公共数据库的单细胞RNA测序和临床数据分析,揭示了STC1在喉鳞状细胞癌中与肿瘤进展及免疫抑制微环境的相关性 首次将STC1定位到喉鳞状细胞癌的上皮细胞,并揭示STC1+上皮细胞通过TGF-β和BTLA通路与T细胞亚群进行配体-受体互作,阐明了STC1在免疫抑制微环境中的新机制 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏实验验证和前瞻性临床队列的证实 探究STC1在喉鳞状细胞癌发病机制中的未知作用及其与肿瘤进展和免疫微环境的关系 喉鳞状细胞癌患者 数字病理学 喉鳞状细胞癌 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
1124 2026-09-13
Single-cell and machine learning identify a trihydroxybutyrylation-related prognostic signature in esophageal cancer
2026-Aug-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和机器学习识别食管鳞状细胞癌中的恶性上皮亚型,并构建了与三羟基丁酰化相关的七基因预后模型 首次将单细胞RNA测序与Kbhb相关基因结合,识别出具有干性特征的Malignant2亚型,并构建了基于Kbhb相关基因的七基因预后模型 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证;qPCR验证的样本量有限 识别食管鳞状细胞癌中的恶性上皮亚型,并建立基于Kbhb相关基因的预后生物标志物 食管鳞状细胞癌(ESCC)患者样本 数字病理学 食管癌 单细胞RNA测序,qPCR Cox,LASSO,XGBoost,随机生存森林(RSF) 单细胞转录组数据,基因表达数据 GSE188900单细胞RNA测序数据,GSE53625、TCGA-ESCC、GSE53624队列用于验证,qPCR验证样本量未明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1125 2026-09-13
Integrative analysis of single-cell sequencing identifies CD8+ TIM3+ CD101+ T cell-associated genes as prognostic biomarkers in breast cancer
2026-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,表征乳腺癌中CD8+ TIM3+ CD101+ T细胞的免疫特征,并构建了预后风险模型 首次识别并表征了CD8+ CD101+ TIM3+ T细胞亚群,揭示了其与CD8+ CD101- TIM3+ T细胞状态之间的潜在转变关系,并基于该细胞相关基因构建了11基因预后模型 摘要中未明确提及研究局限性 表征乳腺癌中CD8+ TIM3+ CD101+ T细胞相关的免疫特征,并开发乳腺癌预后风险模型 乳腺癌患者样本中的CD8+ TIM3+ CD101+ T细胞及相关基因 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序 LASSO Cox回归 图像,文本 NA NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
1126 2026-09-13
Pan-cancer characterization of HMGA1 reveals its oncogenic role in tumor microenvironment and stemness: functional validation in pancreatic cancer migration and invasion
2026-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本文系统分析了HMGA1在泛癌中的表达、预后、表观遗传激活及其与肿瘤微环境和干性的关系,并在胰腺癌中进行了功能验证 首次对HMGA1进行泛癌系统表征,结合单细胞RNA测序揭示其在胰腺癌恶性上皮细胞干性/可塑性及肿瘤微环境重塑中的作用,并通过功能实验验证其促进胰腺癌迁移和侵袭 研究基于关联性模型,缺乏深入的机制验证和临床验证,HMGA1尚不能用于治疗分层或免疫治疗反应预测 系统表征HMGA1在泛癌中的表达和预后模式、表观遗传激活及其与胰腺癌恶性细胞干性和肿瘤微环境重塑的关系 泛癌转录组数据及胰腺导管腺癌(PAAD)细胞 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序, 转录组分析, 甲基化分析, 免疫组化, qRT-PCR, Western blotting, 伤口愈合实验, Transwell迁移和侵袭实验 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
1127 2026-09-13
Microplastics and nanoplastics-related genes signature predicts prognosis in pancreatic ductal adenocarcinoma and functional validation of interleukin 1 alpha
2026-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 基于微塑料和纳米塑料相关基因构建胰腺导管腺癌预后模型,并验证IL1A的生物学功能 首次基于微塑料和纳米塑料相关基因构建胰腺导管腺癌预后模型,结合单细胞RNA测序和空间转录组学分析,并实验验证IL1A功能 需要进一步的前瞻性研究验证模型的临床适用性,体外实验需要体内实验证实 构建基于微塑料和纳米塑料相关基因的胰腺导管腺癌预后预测标志物,评估肿瘤免疫微环境 胰腺导管腺癌患者 机器学习 胰腺癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 NA 基因表达数据, 图像 TCGA、GEO和ICGC多队列数据,具体样本量未明确提及 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
1128 2026-09-13
Combined multi-omics profiling and machine learning analysis reveals that Bregs and RPS2 promote bone metastasis in nasopharyngeal carcinoma
2026-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 结合单细胞测序、批量RNA测序和三种机器学习方法,揭示调节性B细胞(Bregs)及RPS2通过IL-10/PI3K/AKT/CXCR6轴促进鼻咽癌骨转移的机制 首次系统阐明Bregs在鼻咽癌骨转移微环境中的高浸润特征及其分子机制,发现RPS2通过上调Bregs分泌IL-10激活PI3K/AKT通路进而上调肿瘤细胞CXCR6表达,在骨内巨噬细胞分泌的CXCL16趋化下促进骨转移,并构建了基于Bregs和RPS2的预后模型 研究主要基于公共数据库的测序数据和体外及动物实验,临床队列验证规模有限,Bregs靶向治疗的临床转化可行性仍需进一步验证 探究Bregs在鼻咽癌骨转移中的浸润动态、功能影响及分子机制,识别可用于骨转移预后评估和治疗靶点的关键分子 鼻咽癌患者原发灶组织、骨转移灶、Bregs细胞、RPS2基因及鼻咽癌细胞系 机器学习 鼻咽癌 单细胞测序, RNA-seq, LASSO回归分析, 随机森林算法, Boruta算法, 流式细胞术, CCK-8实验, 迁移实验, Transwell实验, 共培养体系, 生物发光成像, 数字X射线摄影, 微型计算机断层扫描 LASSO回归, 随机森林, Boruta算法 单细胞测序数据, RNA测序数据, 图像 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1129 2026-09-13
Selenium serves as an immunomodulator adjunct to enhance the efficacy of anti-PD-1 therapy in non-small cell lung cancer
2026-Aug-29, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本研究探讨了硒作为免疫调节佐剂增强非小细胞肺癌抗PD-1治疗疗效的作用及机制 揭示了硒通过上调CD8+ T细胞PD-1和肿瘤细胞PD-L1表达,与抗PD-1治疗产生协同抗肿瘤效应,并发现CD8-Prf1亚群在联合治疗中扩增且与患者生存期延长相关 研究主要基于小鼠肿瘤模型和单细胞RNA测序分析,临床验证仍需进一步开展前瞻性临床试验 探究硒在肿瘤免疫治疗中的作用机制,评估硒联合抗PD-1治疗的协同抗肿瘤效果 Lewis肺癌细胞、荷瘤小鼠模型及接受抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者 肿瘤免疫学 非小细胞肺癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、临床数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1130 2026-09-13
Loss of ABCA4 from photoreceptor discs is associated with glial transcriptomic changes in retinal organoids
2026-Aug-22, Stem cells (Dayton, Ohio)
研究论文 该研究通过构建携带ABCA4基因无义突变的视网膜类器官模型,揭示了ABCA4蛋白缺失导致视网膜胶质细胞转录组变化,可能在光感受器退化前触发早期应激反应 首次利用携带ABCA4外显子24无义突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官,发现突变光感受器外段视盘缺乏ABCA4蛋白,但视杆和视锥细胞无明显转录改变,而Müller胶质细胞和星形胶质细胞出现显著转录组变化 研究未涉及ABCA4突变如何具体引发胶质细胞转录组改变的分子机制,且类器官模型可能无法完全模拟体内视网膜微环境 评估ABCA4基因无义突变对人视网膜类器官中mRNA和蛋白水平的影响,探究该突变在Stargardt病发病机制中的作用 携带ABCA4外显子24无义突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 数字病理学 Stargardt病 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1131 2026-09-13
Collapsed fibroblasts in aged human skin in vivo: A critical driver of dermal aging
2026-Aug-12, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 该研究利用三维多光子荧光显微镜结合二次谐波成像、单细胞RNA测序和多重空间原位转录组学,揭示衰老人类皮肤中成纤维细胞因细胞外基质退化而呈现塌陷形态,并伴有TGF-β/Smad和YAP/TAZ信号通路及ECM稳态基因表达受损,而恢复成纤维细胞铺展可完全逆转胶原稳态紊乱 首次在体内三维水平定量揭示衰老皮肤中成纤维细胞呈现塌陷形态,并证明该形态改变与TGF-β/Smad和YAP/TAZ信号通路受损及ECM稳态紊乱相关,且恢复细胞铺展可完全逆转胶原稳态异常,强调细胞外微环境在细胞衰老中的关键作用 摘要中未明确提及研究局限性 探究衰老过程中细胞外基质改变对真皮成纤维细胞形态和功能的影响,以及细胞外微环境在细胞衰老中的作用 年轻和衰老的人类皮肤组织及原代人成纤维细胞培养模型 数字病理学 皮肤衰老 三维多光子荧光显微镜、二次谐波生成成像、单细胞RNA测序、多重空间原位转录组学 NA 图像、文本 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
1132 2026-09-13
Integrative evidence-knowledge marker selection enhances LLM-based cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2026-Aug-11, BioData mining IF:4.0Q1
研究论文 该文提出了CELLIA,一种基于大语言模型(LLM)的自动化细胞类型注释工作流,通过整合证据-知识标记选择策略提升单细胞RNA测序分析中的注释准确性 采用整合证据-知识的标记选择策略,将统计差异表达标准与经过整理的、组织特异性的标记资源相结合,以识别信息量大的标记基因,从而克服仅依赖基因表达或人工整理导致的标记选择偏差 摘要中未明确说明该研究的局限性 实现自动化且稳健的细胞类型注释,提高基于大语言模型的细胞类型注释可靠性 单细胞RNA测序数据中的细胞类型,涵盖102种细胞类型,并进一步在紧密相关的免疫细胞亚群和非免疫基质亚群(共25种细胞类型)中评估 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 大语言模型 文本、基因表达数据 102种细胞类型,并在免疫亚群和非免疫基质亚群中共25种细胞类型中进一步评估 NA NA NA NA
1133 2026-09-13
Macrophage-fibroblast signaling networks identified by single-cell RNA sequencing in juvenile systemic sclerosis
2026-08-10, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析青少年系统性硬化症皮肤,揭示成纤维细胞与巨噬细胞之间的信号网络改变 首次在青少年系统性硬化症中利用单细胞RNA测序识别成纤维细胞-巨噬细胞信号网络,揭示可能驱动纤维化的相互作用 样本量可能有限,需要进一步验证 探究青少年系统性硬化症中成纤维细胞与巨噬细胞的相互作用及其在纤维化中的作用 青少年系统性硬化症患者的皮肤组织 数字病理学 系统性硬化症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1134 2026-09-13
Impaired adipogenesis and lipid storage capacity in subcutaneous adipose tissue of patients with PMOS
2026-08-10, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 通过对PMOS患者和健康对照者的皮下脂肪组织进行单核和单细胞RNA测序,发现PMOS患者脂肪生成受损和脂质储存能力下降。 首次在PMOS患者的皮下脂肪组织中鉴定出纤维化与胰岛素敏感脂肪细胞比例升高、间充质干细胞与前脂肪细胞比例升高,并发现SLIT2/ROBO信号通路可能通过抑制前脂肪细胞分化导致异位脂肪积累。 样本量较小,且需要进一步实验验证SLIT2/ROBO信号通路在PMOS代谢综合征发展中的具体机制。 探究PMOS患者皮下脂肪组织中与代谢综合征和中心性肥胖相关的改变。 15名有胰岛素抵抗迹象的绝经前PMOS女性患者和17名BMI匹配的健康对照女性的皮下脂肪组织活检样本。 单细胞组学 多囊卵巢综合征 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 32例皮下脂肪组织活检样本(15例PMOS患者,17例健康对照) NA single-nuclei RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
1135 2026-09-13
Inflammation-linked aging signals in frozen single-cell foundation models: donor-aware detection and robustness testing
2026-Jul-28, Biogerontology IF:4.4Q1
研究论文 该论文提出了一个九步评估框架,用于判断单细胞基础模型中的衰老信号是真实生物学信号还是采样结构造成的假象,并将其应用于两个冻结的基础模型和五个PBMC数据集 提出了一个九步评估框架来裁决单细胞基础模型中的衰老信号是否为真实生物学;引入了稀疏特征分解和激活水平干预来解释模型表征;提出了“严格门控”三方方向性检验;报告了无限制对比和成分匹配对比作为并排特异性检验;发现了两个模型对衰老信号的编码具有不对称性;发现共享的炎症信号可解析为TNF/NF-κB经典通路、II型IFN和补体等特定子模块 基础模型在预测年龄方面并不优于50成分的PCA基线;在严格重采样控制下,方向性效应缩小约3倍;八分之一的重采样完全消除了效应;衰老信号是基因表达水平上已知的生物学,并非新发现 评估单细胞基础模型(scGPT和Geneformer)的内部表征是否编码了衰老生物学信息,并建立评估框架来判断明显的衰老信号是真实生物学还是采样结构造成的假象 两个单细胞基础模型(scGPT和Geneformer)和五个PBMC数据集,包含来自约2000名供体的400-500万个细胞,以及Yazar OneK1K队列(981名供体) 机器学习 NA 单细胞RNA-seq scGPT, Geneformer, 稀疏自编码器, PCA 文本(基因表达数据) 五个PBMC数据集共400-500万个细胞,来自约2000名供体;外部验证队列Yazar OneK1K含981名供体 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1136 2026-09-13
Neural crest cell signatures drive tumorigenesis in tuberous sclerosis complex and lymphangioleiomyomatosis
2026-07-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序发现TSC和LAM肿瘤中具有神经嵴特征的细胞亚群,并验证其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 首次发现TSC和LAM肿瘤中具有神经嵴特征的细胞亚群,并揭示Spp1和Tcf7等关键分子在肿瘤发生中的作用 样本量有限,主要基于小鼠模型和部分患者样本,需要更大规模的临床验证 探究TSC和LAM的细胞起源,寻找新的生物标志物和治疗靶点 Tsc2+/-小鼠肾囊腺瘤和LAM患者病变组织及血清 单细胞转录组学 结节性硬化症和淋巴管肌瘤病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 小鼠肿瘤样本和LAM患者样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1137 2026-09-13
Not all reference samples are equal in single-cell transcriptomics of human kidney tissue
2026-07-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 该研究系统评估了三种参考肾组织类型(肿瘤肾切除术、活体供者移植前活检和健康志愿者经皮活检)在糖尿病肾病单细胞转录组差异表达分析中的影响 首次系统比较了三种不同来源的参考肾组织(肿瘤肾切除术、活体供者活检、健康志愿者活检)对糖尿病肾病单细胞转录组差异基因表达分析的影响,揭示了组织获取方式、性别和供者年龄等混杂因素对通路分析结果的显著影响 研究仅涉及三种参考组织类型和三种糖尿病肾病状态,样本来源和数量有限,未涵盖其他肾脏疾病类型,且混杂因素的调整方法可能无法完全消除所有偏差 评估不同参考组织类型及供者特征(获取方式、性别、年龄)对肾脏疾病单细胞转录组差异表达分析可靠性的影响 人肾组织样本,包括肿瘤肾切除术组织、活体供者移植前活检组织和健康志愿者经皮活检组织 数字病理学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3种参考组织类型(肿瘤肾切除术、活体供者活检、健康志愿者活检)和3种糖尿病肾病状态 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1138 2026-09-13
p21-senescent cells drive pancreatic islet dysfunction through targetable paracrine signaling in type 2 diabetes
2026-07-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 该研究鉴定出在2型糖尿病早期出现的p21阳性衰老β细胞亚群,并揭示其通过SASP旁分泌信号诱导邻近细胞继发性衰老、导致胰岛功能障碍的机制 首次鉴定出p21阳性衰老β细胞亚群在2型糖尿病早期即出现,并通过空间转录组学和蛋白质组学证实其衰老及细胞身份丢失,揭示SASP因子诱导继发性衰老的旁分泌机制,并证明JAK抑制剂可逆转该过程、恢复β细胞功能 未明确说明样本量及具体人群特征,缺乏长期临床干预验证,JAK抑制剂的治疗窗口和潜在副作用尚未评估 探究β细胞衰老与胰岛功能障碍之间的机制联系,并评估靶向衰老细胞治疗2型糖尿病的潜力 人类2型糖尿病患者及小鼠模型中的胰腺β细胞和胰岛 空间转录组学, 蛋白质组学 2型糖尿病 空间转录组学, 蛋白质组学, 功能分析 NA 转录组数据, 蛋白质组数据, 功能数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1139 2026-09-13
Dendritic cells control tertiary lymphoid structure development and maintenance in cancer
2026-Jul-16, Science (New York, N.Y.)
研究论文 该研究通过空间转录组学和多路成像技术,揭示了成熟树突状细胞在肿瘤三级淋巴结构(TLS)形成和维持中的关键调控机制 首次发现CCR7+成熟树突状细胞在TLS中积累,并证明cDC1通过IFN-γ驱动的成熟、迁移至肿瘤引流淋巴结以及局部抗原呈递和CD40信号维持TLS、Tfh细胞池、生发中心和肿瘤特异性IgG 摘要中未明确提及研究局限性 探究控制肿瘤三级淋巴结构(TLS)形成和维持的细胞与分子机制 人类肿瘤样本和小鼠非小细胞肺癌模型 空间转录组学,肿瘤免疫学 肺癌 空间转录组学,多路成像,流式细胞术 NA 图像,文本 NA NA 空间转录组学 NA NA
1140 2026-09-13
Exploring the mechanism by which triphenyl phosphate promotes malignant phenotypes in bladder and kidney cancer through MMP9 based on bioinformatics analysis and experimental validation
2026-Jul-08, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过生物信息学分析与实验验证,揭示磷酸三苯酯(TPP)通过MMP9促进膀胱癌和肾癌恶性表型的分子机制 首次整合全球流行病学分析、单细胞转录组学、细胞间通讯分析、上皮亚聚类、拟时序推断、毒理学靶点预测、生存建模、跨队列验证、单细胞虚拟敲除、空间转录组解卷积、分子对接/动力学、CETSA及体外实验等多种方法,系统性地定义了TPP与膀胱癌和肾癌之间的共享分子界面,并鉴定MMP9为关键介导因子 研究主要基于生物信息学预测和体外细胞实验验证,缺乏体内动物模型和临床样本的直接验证;TPP与MMP9相互作用的分子机制仍需进一步结构生物学研究证实 探索磷酸三苯酯(TPP)通过MMP9促进膀胱癌和肾癌恶性表型的分子机制 膀胱癌和肾癌及其相关上皮细胞亚群、肿瘤微环境中的细胞生态系统 数字病理学 膀胱癌, 肾癌 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 分子对接, 分子动力学模拟, CETSA, 体外细胞实验 NA 图像, 文本 T24和786-O细胞系(体外实验),多个全球队列的单细胞转录组和空间转录组数据 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
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