单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
981 2026-03-14
The roles of NF-κB-Activated Theca Cell Subtypes in Subclinical Premature Ovarian Insufficiency
2026-Mar-12, Reproduction (Cambridge, England)
研究论文 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析,探讨了早发性卵巢功能不全患者卵泡微环境中NF-κB信号通路的激活及其对颗粒细胞分化的影响 首次在早发性卵巢功能不全患者中鉴定出三种NF-κB激活的炎症细胞亚群,并发现NF-κB激活的卵泡膜/基质细胞可能通过特定分子相互作用影响颗粒细胞分化 样本量有限(单细胞测序每组仅1例),初步发现需在大样本研究中进一步验证 探究早发性卵巢功能不全的早期发病机制,重点关注卵泡微环境中的炎症通路变化 早发性卵巢功能不全患者的卵泡微环境细胞(特别是颗粒细胞和卵泡膜/基质细胞) 单细胞组学 卵巢功能不全 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 计算反卷积分析, 轨迹分析 RNA测序数据 单细胞测序:每组1例(共2例);批量RNA测序:每组4例(共8例) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
982 2026-03-14
The landscape of B and plasma cells in breast cancer: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2026-Mar-12, NPJ breast cancer IF:6.5Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,构建了乳腺癌中B细胞和浆细胞的全面图谱,揭示了肿瘤相关B细胞的异质性及其在免疫治疗中的作用 整合了公开的单细胞RNA测序数据集与新生成的单细胞RNA测序及单细胞BCR测序数据,首次系统性地鉴定了乳腺癌中21个不同的肿瘤相关B细胞亚群,并特别强调了CD200 naïve B细胞和ISG15非典型记忆B细胞在肿瘤免疫中的关键作用 研究主要基于已有数据集和新生成数据,样本量相对有限(79个样本来自35名患者),且功能验证主要在鼠类肿瘤模型中进行,人类临床应用的直接转化仍需进一步研究 探究乳腺癌肿瘤微环境中B细胞和浆细胞的异质性、功能角色及其对免疫治疗的影响 乳腺癌患者的肿瘤相关B细胞和浆细胞 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞BCR测序、空间转录组学 NA 单细胞RNA测序数据、单细胞BCR测序数据、空间转录组学数据 79个样本来自35名患者 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞BCR测序, 空间转录组学 NA NA
983 2026-03-14
Artificial intelligence assisted multi-model pathological diagnosis of breast cancer based on multispectral autofluorescence images
2026-Mar-12, NPJ breast cancer IF:6.5Q1
研究论文 本研究提出了一种基于多光谱自发荧光成像与优化深度学习架构的新型框架,用于生成高质量、免标记的H&E等效虚拟染色图像,以辅助乳腺癌病理诊断 通过结合多光谱自发荧光成像与增强的CycleGAN(引入显著性和全局特征一致性损失),实现了无需像素级配对的非配对数据集学习,显著提升了虚拟染色性能 未明确说明样本量的具体规模及模型在不同亚型乳腺癌中的泛化能力评估 开发一种快速、非破坏性的乳腺癌病理诊断虚拟染色技术,以克服传统染色方法的耗时与样本消耗问题 乳腺癌临床标本、小鼠模型及类器官共培养样本 数字病理学 乳腺癌 多光谱自发荧光成像、虚拟染色技术 增强型CycleGAN(生成对抗网络) 多光谱自发荧光图像、H&E染色图像 包含临床标本、小鼠模型和类器官共培养的多模态数据库(具体数量未明确) NA NA NA NA
984 2026-03-14
STHELAR, a multi-tissue dataset linking spatial transcriptomics and histology for cell type annotation
2026-Mar-12, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本文介绍了一个名为STHELAR的大规模数据集,该数据集整合了空间转录组学和H&E全玻片图像,用于细胞类型注释 通过整合空间转录组学和H&E图像,创建了一个包含多组织类型、超过1100万个细胞的参考数据集,并采用基于Tangram的对齐方法进行细胞类型注释 数据集成本和技术复杂性可能限制其广泛应用,且注释依赖于单细胞参考图谱的准确性 为癌症研究提供肿瘤微环境组成的理解,并开发从组织学图像预测细胞类型注释的模型 31个人类Xenium FFPE切片,涵盖16种组织类型,来自22名癌症患者和9名非癌症患者 数字病理学 癌症 空间转录组学,单细胞RNA-seq,H&E染色 Tangram,聚类分析 图像,空间转录组数据 31个FFPE切片,超过1100万个独特生物细胞 10x Genomics 空间转录组学,单细胞RNA-seq Xenium Xenium FFPE切片
985 2026-03-14
Transcriptome combined with single-cell data to construct a prognostic model for glycosylation-related genes in osteosarcoma
2026-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合转录组和单细胞数据,构建了骨肉瘤中糖基化相关基因的预后模型 首次结合单细胞RNA测序数据,系统分析骨肉瘤中糖基化相关基因的预后价值,并识别关键细胞类型 研究基于公共数据集,样本量有限,且未进行实验验证 构建骨肉瘤的糖基化相关基因预后模型并探索其分子机制 骨肉瘤患者样本 生物信息学 骨肉瘤 单细胞RNA测序, 转录组分析 LASSO回归, Cox回归 基因表达数据 来自GSE36001、TARGET-OS和GSE21257数据集的骨肉瘤样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
986 2026-03-14
Single-cell activation screen identifies hepatic maturation regulators with zonal resolution
2026-Mar-11, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞激活筛选,识别了具有区域分辨率的肝脏成熟调控因子 利用dCas9激活筛选结合单细胞转录组学,在原发性小鼠胚胎肝细胞中系统评估了晚期转录调控因子的效应,并发现Nr1i3和Nfix在肝脏区域化代谢基因表达中的关键作用 研究基于小鼠胚胎肝细胞,结果在人类或其他物种中的普适性需进一步验证,且体外培养系统可能无法完全模拟体内微环境 旨在识别调控胚胎肝细胞成熟的关键转录因子,以改善体外衍生肝细胞的功能性 原发性小鼠胚胎肝细胞 单细胞组学 NA 单细胞转录组学,dCas9激活筛选 NA 单细胞RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
987 2026-03-14
Single-cell profiling of the subgingival bacteria reveals transcriptional heterogeneity and niche-specific programs
2026-Mar-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序框架分析了牙周炎患者与健康个体龈下细菌的转录异质性,揭示了功能集群和病原体特异性代谢特征 首次在单细胞水平上对低生物量、高宿主污染的龈下细菌群落进行高分辨率转录组分析,构建了包含285个物种的单细胞图谱 样本量有限(16个样本),且单细胞RNA测序技术对低生物量微生物存在技术挑战 探究牙周炎发病机制中龈下细菌群落的单细胞水平功能异质性 龈下细菌群落(包括核心活跃物种和关键病原体如T. denticola、P. gingivalis、P. intermedia) 微生物组学 牙周炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 16个龈下样本,133,458个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
988 2026-03-14
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2026-Mar-11, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究利用多样性远交小鼠的单细胞转录组数据,构建细胞类型特异性网络,以解析人类骨密度全基因组关联研究中的基因功能 首次结合单细胞转录组数据和细胞状态轨迹分析,识别出21个网络驱动基因,这些基因可能通过间充质细胞分化调控骨密度,为骨质疏松症提供新的遗传靶点 研究基于小鼠模型数据,其结论在人类中的直接适用性需进一步验证,且样本来源和数量可能限制网络分析的普适性 解析骨密度全基因组关联研究中的因果基因及其在细胞类型特异性网络中的功能,以优先筛选骨质疏松症的潜在遗传靶点 多样性远交小鼠的骨髓来源基质细胞在成骨条件下培养的样本 单细胞转录组学 骨质疏松症 单细胞RNA测序 网络分析 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
989 2026-03-14
Toward a multiomics framework for understanding symbiotic nitrogen fixation
2026-Mar-11, Trends in plant science IF:17.3Q1
综述 本文综述了利用多组学框架理解共生固氮的进展,并提出人工智能指导的路线图以促进非豆科作物中的应用 整合了端粒到端粒基因组、单细胞转录组、空间转录组、表观基因组和3D基因组数据,提出人工智能指导的路线图,从描述性目录转向可测试模型和迭代验证 NA 理解共生固氮机制,并开发在非豆科作物中部署固氮能力的策略 豆科植物和放线菌根共生系统 自然语言处理 NA 端粒到端粒基因组测序、单细胞转录组学、空间转录组学、表观基因组学、3D基因组映射 人工智能模型 基因组序列、染色质可及性数据、表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
990 2026-03-14
Integrative spatial profiling pipeline for determining TME architectures in archival clinical specimens using CmTSA superplex technology
2026-Mar-10, Cell discovery IF:13.0Q1
研究论文 本文开发了一种结合HOC-FD技术和CmTSA超多重技术的空间分析平台,用于在FFPE组织样本中同时标记30-60个生物标志物,并利用计算机视觉流程和RNN分析定义肿瘤微环境中的功能性生态位 开发了混合光化学荧光淬灭技术,整合了自发荧光淬灭和循环多重酪胺信号放大,实现了在FFPE组织中高信噪比的多重标记;结合深度学习细胞分割和RNN分析,系统性地定义和验证了功能性生态位的空间特征 未明确提及样本量限制或技术适用范围的具体局限性 克服空间转录组学和空间蛋白质组学在临床样本中的限制,开发一个集成平台以可视化和量化肿瘤微环境中的多细胞功能性状态 人类结肠癌和宫颈癌的FFPE组织样本 数字病理学 结肠癌, 宫颈癌 循环多重酪胺信号放大, 混合光化学荧光淬灭, 深度学习, 半径约束邻域网络分析 深度学习 图像 NA NA 空间蛋白质组学 CmTSA平台 整合HOC-FD技术和CmTSA超多重技术,用于FFPE组织的高通量处理
991 2026-03-14
Phenotypically similar but functionally distinct NK cell populations within the human maternal-fetal interface
2026-Mar-10, ImmunoHorizons
研究论文 本研究探讨了人类足月妊娠中母胎界面NK细胞的功能差异,揭示了在解剖学相邻组织中存在功能不同的组织驻留NK细胞群体 首次在健康足月妊娠中,通过高参数流式细胞术和单细胞测序,发现母胎界面中表型相似但功能不同的NK细胞群体,特别是在细胞因子激活响应方面存在显著差异 研究主要关注足月妊娠,未涵盖妊娠早期或病理状态下的NK细胞功能变化,且样本量有限 探究人类足月妊娠中母胎界面NK细胞是否维持效应功能及其功能特性 从人类足月妊娠的蜕膜-胎盘界面和蜕膜组织中分离的NK细胞 免疫学 NA 高参数流式细胞术,单细胞测序 NA 流式细胞数据,单细胞转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及足月妊娠组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
992 2026-03-14
A proliferative subpopulation of coelomocytes in sea cucumber is identified and characterized by single-cell RNA-seq after evisceration
2026-Mar-06, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,在海参(Apostichopus japonicus)中鉴定并表征了体腔和水管系统中一个与细胞增殖相关的亚群,特别是在去内脏后,揭示了其在细胞恢复机制中的动态变化 首次利用单细胞RNA测序技术对海参体腔和水管系统中的体腔细胞进行分子分类,并识别出一个在去内脏后比例显著增加的增殖性亚群(cluster 10),阐明了其在细胞分化和恢复过程中的作用 研究主要基于单细胞RNA测序数据,可能未涵盖所有细胞类型或功能状态,且依赖于同源物种的细胞标记物进行亚群分配,可能存在物种特异性差异 探究海参去内脏后体腔细胞在体腔和水管系统中的恢复机制,包括细胞亚群的鉴定、增殖和分化动态 海参(Apostichopus japonicus)的体腔细胞,包括体腔和水管系统中的细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫细胞化学染色 NA 单细胞RNA测序数据,图像数据 未明确指定样本数量,但涉及海参体腔和水管系统中的细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
993 2026-03-14
Prospective study of patients with immune checkpoint inhibitor-induced hepatitis; characterization of liver injury, outcome of therapy, and management of steroid-unresponsive and steroid-dependent hepatitis
2026-Mar-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 一项前瞻性研究,旨在描述免疫检查点抑制剂诱导的肝炎(ir-hepatitis)的肝脏损伤特征、治疗结果以及对类固醇无反应和类固醇依赖性肝炎的管理 首次前瞻性地结合肝脏活检的多重免疫组化(mIHC)和外周血样本的单细胞RNA测序(scRNA-seq),系统地表征了ir-hepatitis的免疫表型、治疗反应及预后,并确定了类固醇反应不足的危险因素(如饮酒)和不同药物性肝损伤(DILI)表型(混合型、肝细胞型、胆汁淤积型)的预后差异 样本量较小(n=34),单细胞RNA测序仅在少数患者中进行,结果需要更大规模的研究验证 研究免疫检查点抑制剂(ICIs)引起的严重(3-4级)免疫相关性肝炎(ir-hepatitis)的临床特征、对类固醇治疗的反应、管理策略及潜在的免疫机制 接受ICIs治疗并出现3-4级ir-hepatitis的患者 数字病理学 肝损伤(药物性肝损伤) 多重免疫组化(mIHC),单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 组织图像(肝脏活检),基因表达数据(外周血单细胞RNA测序) 34名ir-hepatitis患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
994 2026-03-14
Nuclear condensates of BZU2/ZmMUTE modulate transcription to realize structural heterogeneity of the maize stomatal complex
2026-Mar-03, The Plant cell
研究论文 本文探讨了BZU2/ZmMUTE通过液-液相分离调控玉米气孔复合体结构异质性的机制 揭示了ZmMUTE通过其液-液相分离特性调控细胞类型特异性转录程序,从而影响气孔发育的多样性 NA 研究转录因子ZmMUTE在玉米气孔发育中的作用机制 玉米(Zea mays)气孔复合体 植物生物学 NA 单细胞RNA-seq分析 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
995 2026-03-14
Genetic Regulation of Wnt/PCP Components Through Fgf10/Fgfr2/Sox9 Module in Tear Duct Development
2026-Mar-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过小鼠模型和分子生物学技术,揭示了Fgf10/Fgfr2/Sox9模块在泪管发育中通过调控Wnt/PCP通路成分的遗传机制 首次发现了Fgf信号通路与Wnt/PCP通路在泪管形成中的直接遗传联系,并确定Sox9作为Prickle1基因的转录激活因子 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;未全面评估所有Wnt/PCP成分在泪管发育中的作用 阐明泪管发育的发育生物学和分子遗传学机制,特别是Fgf与Wnt/PCP通路的遗传互作 小鼠泪管发育过程及相关基因突变模型(Fgf10、Fgfr2、Sox9、Prickle1突变鼠) 发育生物学 先天性鼻泪管阻塞 单细胞RNA测序,CUT&Tag分析,免疫组化,原位杂交,荧光素酶报告基因检测,电泳迁移率变动分析 基因敲除小鼠模型 基因表达数据,蛋白质-DNA互作数据,组织切片图像 未明确说明具体样本数量,涉及多种基因型小鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
996 2026-03-14
Busulfan plus cyclophosphamide induced spermatogenic dysfunction and recovery: A dynamic change perspective
2026-Mar, Toxicology letters IF:2.9Q2
研究论文 本研究通过小鼠模型,系统性地描述了白消安联合环磷酰胺(BuCy)诱导的睾丸损伤与恢复的长期动态变化,并利用单细胞转录组测序在细胞水平提供了补充观察 首次在小鼠中应用BuCy联合治疗方案,并进行了睾丸损伤与恢复的纵向多时间点动态表征,相比单独使用白消安的模型更贴近临床实际 研究基于小鼠模型,可能无法完全反映人类患者的复杂情况 探究BuCy预处理方案对雄性生殖系统的毒性作用及恢复过程 小鼠睾丸组织及生殖细胞 单细胞组学 生殖系统疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
997 2026-03-14
stVCR: spatiotemporal dynamics of single cells
2026-Mar, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 提出了一种名为stVCR的生成式深度学习框架,用于从单细胞分辨率的时间序列空间转录组学快照中重建连续的细胞分化、增殖、迁移和空间对齐 首次开发了能够端到端重建单细胞时空动态的生成式深度学习框架,整合了非平衡设置下的动态最优传输、对刚性变换不变的密度匹配以及保留空间结构的生物学先验 未明确说明模型对数据规模或噪声水平的敏感性,也未讨论计算资源需求 研究单细胞在物理空间随时间变化的动态过程,包括分化、增殖和迁移 单细胞 空间转录组学 NA 空间转录组学 生成式深度学习框架 时间序列空间转录组学数据 模拟和真实数据集(包括蝾螈大脑再生和果蝇胚胎发育数据) NA 空间转录组学 NA NA
998 2026-03-14
Dermatofibrosarcoma protuberans: A clinical review of diagnosis and management
2026-Feb-23, Journal of the American Academy of Dermatology IF:12.8Q1
综述 本文综述了隆突性皮肤纤维肉瘤(DFSP)的诊断与临床管理策略 强调了Mohs显微外科手术作为首选治疗、分子靶点(如EGFR、PD-L1、PRAME)的识别,以及单细胞RNA测序和类器官模型在理解肿瘤微环境中的进展 未提及具体研究样本量或数据限制,且基于现有文献综述,可能缺乏原创性实验数据 回顾DFSP的诊断方法和治疗策略,以改善临床管理 隆突性皮肤纤维肉瘤(DFSP)患者及其肿瘤生物学 数字病理学 皮肤软组织肉瘤 组织病理学评估、CD34染色、磁共振成像、计算机断层扫描、分子分析、单细胞RNA测序 NA 临床数据、影像数据、分子数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
999 2026-03-14
Distinct and cooperative roles of host and tumor Osteopontin in colorectal cancer liver metastasis
2026-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过遗传敲除小鼠模型和空间转录组学技术,揭示了宿主和肿瘤来源的骨桥蛋白在结直肠癌肝转移中的不同作用机制 首次使用宿主和肿瘤双区室特异性OPN敲除模型,结合空间转录组学,明确了OPN在肿瘤微环境中对免疫细胞的区室化调控作用 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证仍需进一步开展 阐明宿主和肿瘤来源的骨桥蛋白在结直肠癌肝转移中的具体作用机制 结直肠癌肝转移小鼠模型及患者来源异种移植模型 空间转录组学 结直肠癌 空间转录组学,遗传敲除模型 2x2遗传敲除小鼠模型 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1000 2026-03-14
Distinct cochlear cell types associated with genetic susceptibility to sensory and metabolic hearing loss in older adults from the CLSA
2026-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究整合人类全基因组关联研究数据与小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据,揭示了老年性听力损失不同亚型(感觉性和代谢性)与特定耳蜗细胞类型(毛细胞和螺旋神经节神经元)的遗传关联 首次使用单细胞疾病相关性评分工具整合跨物种数据,揭示了老年性听力损失不同亚型在特定耳蜗细胞类型中的遗传表达异质性,并发现年龄分层下的表达模式差异 研究基于小鼠模型数据推断人类疾病机制,可能存在物种差异;单细胞RNA测序数据仅反映转录组水平,未验证蛋白功能 探究老年性听力损失不同亚型(感觉性和代谢性)的遗传基础与特定耳蜗细胞类型的关联 人类全基因组关联研究数据与小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据 单细胞组学 老年性疾病 单细胞RNA测序 NA 基因组关联数据、单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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