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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8961 | 2026-01-19 |
RNAPaceDB: a dedicated database to dissect RNA velocity across diverse cell types
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1045
PMID:41118514
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研究论文 | 本文介绍了RNAPaceDB,一个专门用于解析不同细胞类型中RNA速度的数据库 | 整合了来自144个数据集的单细胞RNA测序数据,涵盖超过210万个细胞,并提供了基于六种计算模型生成的4380个速度流图,首次构建了一个专门用于探索跨细胞类型RNA速度模式的综合数据库 | 数据库依赖于现有公开数据集的质量和注释,且RNA速度计算模型的准确性可能影响结果的解读 | 构建一个综合数据库以解析RNA速度模式,促进对基因表达动态时间逻辑的理解 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | 多种疾病(涵盖41种疾病) | 单细胞RNA测序 | 六种计算模型(未指定具体名称) | 单细胞RNA测序数据 | 超过210万个细胞,来自144个数据集,涵盖81种细胞类型和41种疾病 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8962 | 2026-01-19 |
ViMIC 2.0: an updated database of human disease-related viral mutations, integration sites, and multi-omics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1106
PMID:41166154
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研究论文 | 本文介绍了ViMIC 2.0数据库的更新内容,该数据库整合了与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点和多组学数据 | 相较于前一版本,ViMIC 2.0显著扩展了数据规模(病毒类型从8种增至28种,病毒突变条目从31,712增至64,168,相关疾病从77种增至177种,文献从2,539篇增至6,433篇),并新增了单细胞转录组测序(scRNA-seq)和基因组结合/占据谱等数据类型,同时增强了可视化分析功能 | NA | 为病毒学研究社区提供一个用户友好、更新及时且维护良好的资源数据库 | 与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点及多组学数据 | 生物信息学 | 病毒相关疾病 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq)、基因组结合/占据谱分析、ChIP-seq、ChIP-on-chip、ATAC-seq、甲基化分析 | NA | 多组学数据、序列数据、表达谱数据、甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 甲基化分析, ChIP-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 8963 | 2026-01-19 |
CGRP/TSP1 Signaling Dampens Corneal Inflammation and Fibrosis by Targeting A2M During Corneal Stromal Wound Healing
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.1.10
PMID:41533912
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研究论文 | 本研究探讨了血小板反应蛋白-1(TSP1)在角膜基质伤口愈合中的具体作用及其机制,揭示了CGRP/TSP1/A2M信号轴在调节炎症和纤维化中的关键角色 | 首次通过单细胞测序和转录组分析,确定了TSP1通过调控A2M表达来抑制角膜炎症和纤维化,并发现CGRP信号可诱导TSP1和A2M,为角膜修复提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类患者数据仅作为验证,样本量有限,且未深入探讨CGRP/TSP1/A2M轴在其他类型角膜损伤中的普适性 | 研究TSP1在角膜基质伤口愈合中的作用及其分子机制 | 小鼠角膜基质损伤模型、人类端粒酶永生化角膜细胞、以及碱烧伤或真菌感染导致角膜瘢痕的患者样本 | 数字病理 | 角膜疾病 | 单细胞测序、bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 野生型和Thbs1缺陷型小鼠模型、人类细胞系及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8964 | 2026-01-05 |
Single-cell RNA sequencing unveils enhanced antitumor immunity in colorectal cancer with PD-1 blockade and LINC00673 deletion
2026-Jan-03, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00888-7
PMID:41484808
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8965 | 2026-01-19 |
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2026-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02614-y
PMID:40263451
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研究论文 | 本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白,在批量及单细胞转录组学数据中准确快速检测病毒序列的方法,能够检测超过10万种RNA病毒物种 | 该方法不依赖参考基因组,通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率,首次实现单细胞水平上病毒存在与宿主基因表达的并行分析 | 方法主要针对RNA病毒检测,可能不适用于DNA病毒;在单细胞水平预测病毒存在仍需进一步验证 | 开发一种新型病毒检测方法,用于病毒多样性监测和病毒-疾病相关性研究 | 恒河猴外周血单个核细胞中的病毒序列 | 生物信息学 | 埃博拉病毒病 | 高通量测序,单细胞转录组学 | NA | 转录组测序数据 | 来自患有埃博拉病毒病的恒河猴的外周血单个核细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8966 | 2026-01-19 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
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研究论文 | 本研究利用小鼠精密肝切片(PCLS)这一三维组织培养系统,探究了白细胞介素-4(IL-4)在肝脏细胞重编程中的作用,并通过纵向单细胞转录组学和蛋白质水平验证,揭示了IL-4的促再生潜力 | 首次在保持肝脏复杂细胞相互作用的三维培养模型中,系统研究IL-4对肝脏细胞重编程的影响,并验证其在损伤肝脏组织中的促再生效果 | 研究基于小鼠模型,结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证;三维培养系统虽能模拟体内环境,但仍与完整器官存在差异 | 探究IL-4在肝脏再生中的具体作用机制及其治疗潜力 | 小鼠精密肝切片(PCLS),包括正常和硫代乙酰胺诱导的肝坏死/纤维化模型 | 单细胞转录组学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序,免疫组织化学染色,细胞内ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 8至10周龄C57BL/6小鼠的肝切片,培养5天,包括IL-4处理组和对照组 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 8967 | 2026-01-19 |
Activation and Spatial Redistribution of RNA Splicing Factors Trigger Hepatic Regeneration
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654
PMID:41033443
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研究论文 | 本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布变化 | 首次结合时空测序和单细胞RNA测序技术,系统阐明了剪接因子在肝脏再生启动中的空间重塑和分子机制,并识别出HNRNPU作为关键因子 | 研究主要基于小鼠模型和类器官,人类样本验证相对有限,且具体信号通路细节有待进一步探索 | 探究肝脏再生启动的精确空间和分子变化,以开发肝病潜在治疗靶点 | 再生肝脏、肝细胞类器官(Hep-Orgs)、基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序 | 肝病 | 时空测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定具体样本数量,涉及再生肝脏、类器官和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8968 | 2026-01-19 |
Integrated Single Cell Spatial Analysis Reveals Dysregulated Basal Progenitor Cells in Ulcerative Colitis Pathogenesis: A Multi Omics Study
2026-Jan, Health science reports
IF:2.1Q3
DOI:10.1002/hsr2.71659
PMID:41542331
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间分析,揭示了溃疡性结肠炎发病机制中基底祖细胞的空间失调及其在疾病进展中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习,系统解析了UC中基底祖细胞的空间动态和功能基因矩阵,特别是FABP1主导的调控网络 | 研究样本量有限,且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证和更深入的机制研究 | 探究溃疡性结肠炎中基底祖细胞的空间动态、功能角色及其在疾病进展中的作用 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照的肠道组织样本 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 空间表达数据 | UC和健康样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8969 | 2026-01-18 |
CD44-mediated copper accumulation drives Ly6Chi macrophages activation in ulcerative colitis
2026-Mar, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112315
PMID:41389969
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研究论文 | 本研究揭示了在溃疡性结肠炎中,CD44介导的铜积累驱动Ly6Chi巨噬细胞活化的关键机制 | 首次阐明了CD44通过调控铜稳态(抑制铜输出蛋白ATP7A)导致铜积累,进而驱动Ly6Chi巨噬细胞活化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类患者组织中进行充分验证;具体的CD44-ATP7A调控分子通路细节有待进一步阐明 | 阐明溃疡性结肠炎炎症进展中Ly6Chi巨噬细胞活化的驱动机制 | Ly6Chi巨噬细胞、溃疡性结肠炎小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据 | 使用了公共单细胞RNA-seq数据集GSE264408,并涉及溃疡性结肠炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8970 | 2026-01-18 |
Aspartame promotes ovarian cancer progression: A multi-omics study integrating mendelian randomization, network toxicology, and in vitro validation
2026-Mar, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2025.115901
PMID:41391619
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研究论文 | 本研究采用多组学方法探究了人工甜味剂阿斯巴甜与卵巢癌之间的因果关系及其潜在机制 | 首次整合孟德尔随机化、网络毒理学、机器学习算法(LASSO、SVM、随机森林)以及体外实验验证,系统揭示了阿斯巴甜通过上调AURKA、CCND1和RAD51等关键基因表达促进卵巢癌进展的潜在机制 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏体内动物模型或大规模人群队列的直接验证,因果关系的确立仍需进一步研究 | 探究人工甜味剂阿斯巴甜与卵巢癌发生发展的因果关系及分子机制 | 卵巢癌(OC)、阿斯巴甜、核心靶基因(AURKA、CCND1、RAD51) | 生物信息学与计算生物学 | 卵巢癌 | 孟德尔随机化分析、网络毒理学、机器学习算法(LASSO、SVM、随机森林)、分子对接模拟、体外细胞实验 | LASSO、SVM、随机森林 | 基因组数据、转录组数据(bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq) | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8971 | 2026-01-18 |
JOSD2 alleviates hypertensive renal disease through deubiquitinating AKT in renal tubular epithelial cells
2026-Mar, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112330
PMID:41412561
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研究论文 | 本研究揭示了去泛素化酶JOSD2通过去泛素化AKT并促进其自噬降解,从而减轻高血压肾病中的肾小管上皮细胞损伤和纤维化 | 首次发现JOSD2是AKT的去泛素化酶,并阐明了JOSD2-AKT轴在高血压肾病中的保护作用机制 | 研究主要在动物模型中进行,尚未在人体样本或临床试验中验证 | 探索高血压肾病的新型治疗靶点 | 小鼠模型、肾小管上皮细胞 | NA | 高血压肾病 | 单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 野生型和Josd2敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8972 | 2026-01-18 |
Plasticizer mixture exposure-induced preeclampsia pathogenesis: Integrated single-cell and bulk transcriptomics, network toxicology, and molecular docking insights
2026-Mar, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2025.115912
PMID:41443393
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞与批量转录组学、网络毒理学和分子对接技术,揭示了增塑剂混合物暴露诱导子痫前期发病的机制 | 首次系统研究了ATBC、DEP、DMP和DOP四种增塑剂混合暴露对子痫前期的影响,并综合运用多种组学与计算生物学方法识别关键生物标志物和细胞亚群 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证,缺乏大规模人群流行病学证据和体内实验验证 | 阐明增塑剂混合物暴露导致子痫前期的生物学靶点和致病机制 | 子痫前期患者胎盘组织、绒毛细胞滋养层细胞 | 数字病理学 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, 免疫组化, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及PE患者和对照组胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 8973 | 2026-01-18 |
Transcriptome Analysis Identifies Functional and Prognostic Hypoxia-Associated Genes in Multiple Myeloma
2026-Feb, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.70009
PMID:41013981
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研究论文 | 本研究通过转录组分析识别了多发性骨髓瘤中与缺氧相关的功能性和预后基因 | 首次在多发性骨髓瘤中系统识别并验证了缺氧相关基因,并揭示了其在骨髓微环境中的表达模式及与患者生存的关联 | 研究主要基于细胞系和公共数据集,需要进一步实验验证这些基因在临床样本中的具体功能机制 | 探究缺氧在多发性骨髓瘤进展中的作用机制,并识别相关的预后生物标志物 | 多发性骨髓瘤细胞系、MMRF CoMMpass项目中的患者数据、以及CD138+骨髓细胞样本 | 转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 转录组分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 3个多发性骨髓瘤细胞系、MMRF项目中的新诊断患者数据、以及自有样本的CD138+骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8974 | 2026-01-18 |
IL-6-Mediated Neurogenic Inflammation Regulated by the Dorsal Root Ganglion Macrophages Exacerbates Imiquimod-Induced Psoriasis-Like Skin Lesions in Mice
2026-Feb, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.07.018
PMID:40784595
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研究论文 | 本研究揭示了外周神经系统通过分泌IL-6调节银屑病发展的神经免疫机制 | 首次通过小鼠背根神经节单细胞测序,鉴定出分泌IL-6的特定神经元群,并阐明其受M1极化巨噬细胞通过IL-1β/MAPK信号通路调控,从而加剧银屑病皮肤炎症 | 研究基于小鼠模型,人类银屑病的神经免疫机制可能有所不同;机制细节如IL-6从神经元到皮肤的具体转运途径尚未完全阐明 | 探究神经免疫相互作用在银屑病发病机制中的作用 | 咪喹莫特诱导的银屑病样皮肤病变小鼠模型 | 神经免疫学 | 银屑病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠背根神经节组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8975 | 2026-01-18 |
Cathepsin B overexpression and lysosomal leakage in inflammatory microglia promote neuroinflammation in olfactory dysfunction by triggering mitochondrial dysfunction and pyroptosis
2026-Feb, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.106188
PMID:41271184
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了嗅觉功能障碍中炎症小胶质细胞的新亚群,并发现组织蛋白酶B通过触发线粒体功能障碍和细胞焦亡加剧神经炎症 | 首次在嗅觉功能障碍模型中通过单细胞测序鉴定出三种不同的小胶质细胞状态,并明确了组织蛋白酶B在介导炎症小胶质细胞活性和神经炎症信号中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,其在人类嗅觉功能障碍中的直接适用性有待验证;体外实验使用了BV2细胞系和原代小胶质细胞,可能与体内复杂环境存在差异 | 探究嗅觉功能障碍的发病机制,特别是小胶质细胞介导的神经炎症作用 | 小鼠嗅觉球组织、BV2小胶质细胞系、原代小胶质细胞 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅觉球在损伤后0、7和30天的时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8976 | 2026-01-18 |
Fibroblast-derived neuropilin 1 alleviates renal fibrosis progression
2026-Feb, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70009
PMID:41432227
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研究论文 | 本研究揭示了膜结合共受体神经纤毛蛋白1(NRP1)在维持肾脏成纤维细胞功能、防止其向肌成纤维细胞转分化中的关键作用,并发现NRP1是成纤维细胞支持功能的新型调节因子 | 首次发现NRP1在肾脏成纤维细胞中具有细胞自主性保护作用,能限制纤维化进展,并将此发现扩展到心脏纤维化模型,揭示了控制急性向慢性肾脏病转变的新信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中得到充分验证;NRP1的具体下游信号机制有待进一步阐明 | 探究NRP1在肾脏纤维化进程中的作用机制,并寻找慢性肾脏病进展的潜在治疗靶点 | 肾脏成纤维细胞、肌成纤维细胞、NRP1受体 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、离体外植体培养 | NA | 基因表达数据、组织学图像 | 使用肾脏间质纤维化模型小鼠和心力衰竭模型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8977 | 2026-01-18 |
Integrative spatial multi-omics reveal niche-specific inflammatory signaling and differentiation hierarchies in AML
2026-Jan-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114289
PMID:41536977
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研究论文 | 本研究通过整合空间多组学技术,揭示了急性髓系白血病(AML)在骨髓和髓外组织中的微环境特异性炎症信号和分化层次 | 开发了基于Visium的空间转录组学工作流程,结合GeoMX数字空间分析和Opal多重荧光免疫组化,首次系统性地描绘了AML在骨髓和髓外组织中的空间生物学特征 | 研究样本可能有限,未明确提及样本数量,且技术方法可能受限于空间分辨率或组织复杂性 | 探索AML在骨髓和髓外微环境中的空间组织、细胞间通讯和分化层次 | 急性髓系白血病(AML)患者的骨髓和髓外组织样本 | 数字病理学 | 白血病 | 空间转录组学、数字空间分析、多重荧光免疫组化 | NA | 空间转录组数据、免疫组化图像 | NA | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 数字空间分析 | 10x Visium, GeoMX | Visium-based spatial transcriptomics, GeoMX digital spatial profiling |
| 8978 | 2026-01-18 |
SLC39A10 drives M2 macrophage polarization and gastric cancer progression through the MAPK14(p38α) pathway
2026-Jan-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114400
PMID:41536985
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研究论文 | 本研究揭示了锌转运蛋白SLC39A10通过激活MAPK14(p38α)通路驱动M2型巨噬细胞极化,从而促进胃癌进展的机制 | 首次在单细胞水平阐明SLC39A10通过MAPK14通路调控肿瘤细胞与巨噬细胞亚群间通讯,并鉴定出SLC39A10-MAPK14-M2巨噬细胞调控轴 | 未明确SLC39A10在其它免疫细胞亚群中的作用,且体内验证实验有待进一步完善 | 探究SLC39A10在胃癌微环境中对细胞亚群特异性调控机制及其对肿瘤进展的影响 | 胃癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)及其构成的肿瘤微环境 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8979 | 2026-01-18 |
Discovery of disease-associated cellular states using ResidPCA in single-cell RNA and ATAC sequencing data
2026-Jan-15, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100538
PMID:41157948
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ResidPCA的稳健方法,用于从单细胞RNA和ATAC测序数据中发现与疾病相关的细胞状态 | ResidPCA通过显式建模细胞类型异质性,在检测跨多种细胞类型表达的状态方面,比传统PCA和非负矩阵分解方法具有更高的准确性 | NA | 推进对单细胞测序数据中疾病相关细胞异质性的理解 | 小鼠视觉皮层细胞和阿尔茨海默病队列的单核数据集 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序 | ResidPCA | 单细胞RNA测序数据, 单核ATAC测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 8980 | 2026-01-17 |
Correction to 'inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples'
2026-Jan-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag009
PMID:41533593
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |