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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 821 | 2026-05-04 |
Single-cell and spatial profiling reveal cDC2A-CXCL13+CD8+ T-epithelial cell crosstalk and cytotoxicity through TNFRSF9 in cutaneous and mucosal lichen planus
2026-Mar-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70506-z
PMID:41832141
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学分析揭示皮肤和黏膜扁平苔藓中cDC2A-CXCL13+CD8+ T细胞与上皮细胞通过TNFRSF9的相互作用和细胞毒性机制 | 首次整合单细胞转录组、空间转录组和蛋白质组学数据,系统揭示了cDC2A细胞在驱动CXCL13+CD8+ T细胞介导的上皮细胞毒性中的关键作用,并发现TNFRSF9通路是潜在治疗靶点 | 样本量有限(28例患者和18例对照),且仅分析了皮肤和黏膜两种亚型,未覆盖其他变体;功能性验证实验未在文中提及 | 解析皮肤和黏膜扁平苔藓的免疫微环境,阐明T细胞与上皮细胞相互作用的分子机制 | 皮肤和黏膜扁平苔藓患者的组织样本 | 数字病理学 | 扁平苔藓 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 28例患者和18例健康对照的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 822 | 2026-05-04 |
Predicting targeted- and immunotherapeutic response outcomes in melanoma with single-cell Raman spectroscopy and AI
2026-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654612
PMID:41889902
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研究论文 | 结合单细胞拉曼光谱与机器学习预测黑色素瘤靶向治疗和免疫治疗反应结局 | 首次将单细胞拉曼光谱与机器学习结合,用于非破坏性预测黑色素瘤治疗抵抗性 | 未提及具体限制 | 开发一种非破坏性、单细胞水平的方法,用于快速细胞分型并预测治疗反应 | 小鼠和人类黑色素瘤细胞系及九例黑色素瘤患者衍生样本 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 拉曼光谱、单细胞拉曼光谱 | 随机森林 | 拉曼光谱数据 | 九例黑色素瘤患者样本及多种细胞系 | NA | 单细胞拉曼光谱 | NA | NA |
| 823 | 2026-05-04 |
IRF7 orchestrates maladaptive smooth muscle cell phenotype switching in atherosclerosis
2026-Mar, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbaf039
PMID:41625231
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研究论文 | 通过分析谱系追踪小鼠的单细胞RNA测序数据,发现IRF7是驱动动脉粥样硬化中平滑肌细胞向促炎性巨噬细胞样细胞转分化的关键转录因子,并验证了其在体内对斑块进展和稳定性的调控作用 | 首次揭示IRF7作为主转录调控因子,协调平滑肌细胞通过'干细胞-内皮-单核细胞'中间状态向促炎性巨噬细胞样亚群转化的恶性表型转换机制 | 未提及具体限制 | 阐明驱动动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞向致病状态(如巨噬细胞样细胞)转化的分子机制 | 平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的表型转换及IRF7的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 谱系追踪小鼠和人类动脉粥样硬化斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 824 | 2026-05-04 |
stGrads: decoding spatial gene expression gradients through proximity-driven analysis in complex tissues
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag201
PMID:42061906
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研究论文 | 提出stGrads计算框架,通过邻近驱动分析解码复杂组织中的空间基因表达梯度 | 首次将空间邻近建模与基于衰减的信号传播相结合,在基因表达和细胞组成水平上表征特定细胞类型诱导的空间梯度 | 未明确说明局限性 | 开发一种通用且高效的计算工具,用于表征复杂组织环境中的空间相互作用和功能响应 | 多种空间转录组数据集中的组织样本 | 计算机视觉、机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多个空间转录组数据集(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 825 | 2026-05-04 |
Nanoparticle-Mediated PPAR Modulation of Macrophage Polarization in Radiation Enteritis: A Narrative Review
2026, Drug design, development and therapy
DOI:10.2147/DDDT.S595650
PMID:41913737
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综述 | 本文探讨了巨噬细胞极化与PPAR信号在放射性肠炎中的分子机制,综述了PPAR靶向治疗及纳米递送策略 | 系统整合了放射性肠炎中PPAR调节巨噬细胞极化的分子机制、纳米递送技术和多组学方法,提出了精准纳米药物的开发方向 | 作为叙述性综述,缺乏原始实验数据验证,未对纳入文献进行系统性偏倚评估 | 阐明放射性肠炎中PPAR信号调控巨噬细胞极化的机制,并综述靶向治疗与纳米递送策略 | 放射性肠炎中的巨噬细胞和PPAR信号通路 | 机器学习 | 放射性肠炎 | 单细胞转录组学、空间组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 826 | 2026-05-04 |
Gut-Brain Axis Dysregulation in Inflammatory Bowel Disease: Implications for Coagulation Abnormalities and Extraintestinal Manifestations
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S590621
PMID:41913906
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综述 | 探讨炎症性肠病中肠-脑轴失调对凝血异常及肠外表现的影响 | 提出通过整合多组学分析和人工智能辅助系统来管理IBD相关凝血功能障碍的新范式 | 缺乏严格随机对照试验的验证,肠-脑-肝轴对凝血的调控机制尚未阐明 | 阐明肠-脑轴在IBD相关凝血异常和肠外表现中的作用机制并探索新的管理策略 | 炎症性肠病(IBD)患者 | 机器学习 | 炎症性肠病 | 多组学分析,宏基因组学,代谢组学,单细胞转录组学 | NA | 宏基因组数据,代谢组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 827 | 2026-05-04 |
Advancing lupus nephritis research through multi-omics and predictive modeling
2026 Jan-Dec, Innate immunity
IF:2.8Q3
DOI:10.1177/17534259261426818
PMID:42041246
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研究论文 | 通过多组学整合策略,结合单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据,开发机器学习预测模型,揭示狼疮性肾炎的关键细胞驱动因子和潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA-seq与大规模批量RNA-seq数据,利用非负矩阵分解定义免疫元程序,并通过CellChat解码细胞间通讯网络,开发基于先天免疫、昼夜节律等通路的399种机器学习预测模型 | 分子对接模拟仅提供结构基础,需进一步实验验证CYBB与地塞米松的相互作用 | 利用多组学方法阐明狼疮性肾炎的细胞和分子机制,并开发精准诊断模型 | 狼疮性肾炎患者的肾脏活检组织及批量RNA-seq队列数据 | 机器学习 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序、批量RNA-seq、非负矩阵分解、CellChat、分子对接 | 机器学习(399种模型) | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 单细胞RNA-seq样本及多个独立批量RNA-seq队列(具体样本量未说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 828 | 2026-05-03 |
Plasma Proteomics Identifies Thousand-and-One-Amino Acid Kinase 3 as a Potential Biomarker of Rheumatoid Arthritis Activity and a Novel Therapeutic Target
2026-May, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70020
PMID:41429590
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research paper | 通过血浆蛋白质组学鉴定TAOK3作为类风湿关节炎活动性的潜在生物标志物和新治疗靶点 | 首次发现TAOK3与活动性类风湿关节炎的骨破坏相关,并验证其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 | 研究样本量有限,功能研究主要在体外和动物模型中进行,需进一步临床验证 | 识别与活动性类风湿关节炎骨破坏相关的新型生物标志物和治疗靶点 | 类风湿关节炎患者血浆样本、成纤维样滑膜细胞、胶原诱导关节炎小鼠模型 | machine learning | 类风湿关节炎 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、多重免疫组化 | NA | 蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据 | 160例RA患者和40例健康对照,两个独立验证队列(N1=50, N2=10) | NA | NA | NA | NA |
| 829 | 2026-05-03 |
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2026-May-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002665
PMID:41457044
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研究论文 | 本研究揭示脑脊液接触核在脓毒症中通过调节全身炎症反应发挥保护作用 | 首次发现脑脊液接触核在脓毒症免疫调节中的关键作用,并通过单细胞RNA测序鉴定其调控系统性炎症的关键组分 | 未明确脑脊液接触核调控免疫下游的具体分子通路,且动物模型可能不完全反映人类脓毒症复杂性 | 探究脑脊液接触核在脓毒症中调控全身炎症的机制 | 脓毒症小鼠模型的脑脊液接触核 | 神经免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 化学遗传学 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫荧光图像, 细胞因子水平 | 脓毒症小鼠模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 830 | 2026-05-03 |
A CD57+CD8+ T cell subset links T cell cytotoxicity to fibrotic lung disease in systemic sclerosis
2026-May-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI194288
PMID:41701649
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研究论文 | 鉴定出一种CD57+CD8+ T细胞亚群,该亚群通过细胞毒性作用与系统性硬化症相关纤维化肺病相关联 | 首次发现并表征了CD57+效应记忆T细胞在系统性硬化症相关间质性肺病中显著扩增,并明确其与CD155/CD226共刺激通路介导的细胞毒性功能之间的关联 | 未提及 | 探究系统性硬化症相关间质性肺病的免疫病理机制,特别是T细胞在肺损伤中的作用 | 系统性硬化症伴或不伴间质性肺病患者外周血T细胞,以及独立患者肺组织样本 | 数字病理学 | 间质性肺病,系统性硬化症 | 单细胞RNA测序,免疫染色 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 包括系统性硬化症伴间质性肺病患者、系统性硬化症不伴间质性肺病患者及对照个体的血液样本,以及独立患者的肺活检或外植体样本;同时分析多个间质性肺病队列的公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 831 | 2026-05-03 |
Intra- and inter-organ communications in aging and cancer: Local and global spatial perspectives
2026-May, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2026.103672
PMID:41794017
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综述 | 探讨衰老和癌症中细胞间通信的局部和全局空间视角,重点分析配体-受体相互作用和器官内及器官间通信推断工具 | 首次系统整合衰老和癌症转移过程中配体-受体相互作用,并综述器官内和器官间通信推断工具,揭示局部和全局通信机制对疾病进程的协同影响 | 未提供具体实验验证或定量分析,仅基于现有文献总结,缺乏对新通信轴线的实证数据支撑 | 阐明衰老和癌症进展中细胞间通信的动态变化及其在组织微环境重塑中的作用,探索潜在治疗靶点 | 衰老和癌症转移过程中的细胞间相互作用,包括器官内和器官间通信 | 单细胞与空间转录组学 | 衰老相关疾病、癌症 | NA | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 832 | 2026-05-03 |
SPT6 maintains epidermal homeostasis by inhibiting an NF-κB-positive feedback loop to prevent excessive inflammation
2026-May, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-026-01410-1
PMID:41922599
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研究论文 | 研究SPT6通过抑制RELA基因增强子来阻断NF-κB正反馈环路,维持表皮免疫稳态和防止过度炎症的机制 | 首次发现SPT6作为转录延伸因子,通过结合RELA基因增强子抑制NF-κB正反馈环路,在表皮干细胞和祖细胞中主动抑制促炎信号通路以维持免疫静息状态 | 未提及具体局限性,但研究主要基于小鼠模型,需在人类皮肤疾病中进一步验证 | 探讨SPT6在表皮免疫稳态维持中的作用及其分子机制 | 表皮干细胞和祖细胞(EPSCs)、角质形成细胞 | 分子生物学 | 银屑病 | 条件性基因敲除、单细胞RNA测序 | 条件性敲除小鼠模型(K14-CreERT; Supt6) | 单细胞转录组数据 | 条件性敲除小鼠(K14-CreERT; Supt6) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 833 | 2026-05-03 |
Plasma ceramide mediates the association of peripheral T cells with Alzheimer's disease
2026-May, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.08.027
PMID:40835004
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术鉴定了阿尔茨海默病(AD)进展中外周T细胞亚群的动态变化,并发现血浆神经酰胺介导了CD4效应记忆(EM)T细胞与AD风险之间的关联 | 首次整合单细胞RNA测序、流式细胞术和孟德尔随机化方法,揭示CD4 EM和CD8 CM T细胞通过神经酰胺代谢途径影响AD风险,并提出免疫代谢通路的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和人群遗传数据,可能无法完全反映人类复杂疾病中的免疫-代谢相互作用,且神经酰胺介导效应仅占11.20%,其他潜在介质未充分探索 | 确定外周T细胞亚群对AD风险的因果贡献,并探究血液代谢物是否介导这种关联 | 阿尔茨海默病(AD)患者和APP/PS1小鼠模型中的T细胞亚群及血液代谢物 | machine learning | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,孟德尔随机化 | NA | 单细胞基因表达数据,流式细胞术数据,遗传变异数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 834 | 2026-05-03 |
Lung-Targeted HGF mRNA Restores Alveolar Structure in Experimental Emphysema
2026-May-01, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02323-2025
PMID:42067211
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研究论文 | 通过临床阶段SM92脂质纳米颗粒递送HGF mRNA,在实验性肺气肿模型中恢复肺泡结构 | 首次利用临床阶段SM92脂质纳米颗粒平台实现HGF mRNA的靶向肺部递送,并证明通过雾化和气管内滴注两种方式均能有效治疗肺气肿,通过激活肺泡II型细胞内源性修复通路 | 研究仅限于小鼠模型和患者来源肺类器官,临床转化性需进一步验证 | 评估HGF mRNA疗法在肺气肿治疗中的可行性和疗效 | 人类数据集、肺组织样本、弹性蛋白酶诱导和香烟烟雾诱导的小鼠模型、患者来源肺类器官 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病,肺气肿 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、图像、文本 | 人类数据集和肺组织样本,以及弹性蛋白酶诱导和香烟烟雾诱导的小鼠模型,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 835 | 2026-05-03 |
The role of CD34-high endothelial cells and FGF2 in vasa vasorum angiogenesis of Takayasu arteritis
2026-May-01, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-026-08140-9
PMID:42067750
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研究论文 | 研究CD34高表达内皮细胞和FGF2信号在Takayasu动脉炎血管外膜新生血管中的作用 | 首次在TAK患者主动脉壁中鉴定出CD34hi_ECs的显著扩增,并揭示FGF2-FGFR1轴可能介导TAK中的病理性血管新生 | 样本量较小,仅纳入3名TAK患者和3名对照进行scRNA-seq分析 | 探讨CD34高表达内皮细胞和FGF2信号在Takayasu动脉炎病理性血管外膜新生血管及炎症进展中的作用 | Takayasu动脉炎患者和健康对照者的主动脉组织和血清 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,细胞因子微球阵列 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 3名TAK患者和3名对照用于scRNA-seq和免疫组化,48名TAK患者和24名健康对照用于血清细胞因子测量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 836 | 2026-05-03 |
CD109 is associated with an immunosuppressive microenvironment and M2 macrophage polarization: pan-cancer analysis and functional validation
2026-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16100-4
PMID:42067796
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研究论文 | 通过泛癌分析及功能验证揭示了CD109与免疫抑制微环境和M2型巨噬细胞极化的关联 | 首次在泛癌水平系统评估CD109的表达、预后相关性及免疫调节作用,并结合单细胞RNA测序和体外功能验证阐明其与M2型巨噬细胞极化和免疫抑制微环境的关系 | 巨噬细胞相关功能效应仅在肺癌模型中验证,仍需在其他肿瘤类型中进一步研究 | 探讨CD109在多种癌症中的预后价值及其免疫调节作用 | CD109基因及其在肿瘤免疫微环境中的角色 | 生物信息学 | 泛癌,非小细胞肺癌 | RNA-seq,单细胞RNA测序,siRNA敲低,共培养实验,流式细胞术,qPCR,ELISA,迁移实验 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | GTEx和TCGA数据库中的多癌种样本,以及非小细胞肺癌队列的单细胞RNA测序样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 837 | 2026-05-03 |
Unraveling the spatial landscape of dystrophinopathies: a transcriptomic approach to Becker and Duchenne muscular dystrophies
2026-May-01, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70067
PMID:42067897
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研究论文 | 利用空间转录组学技术剖析贝克尔和杜氏肌营养不良症的空间景观 | 首次使用Visium空间转录组学结合单核RNA测序数据解卷积策略,研究肌营养不良症患者骨骼肌活检中的细胞类型比例、空间定位及细胞间通讯,并识别脂肪斑块及活跃病理区域的富集基因 | 未明确说明 | 探究贝克尔和杜氏肌营养不良症的组织病理学变化及其分子机制 | 肌营养不良症患者(8例)和健康对照者(4例)的骨骼肌活检样本 | 计算病理学 | 肌营养不良症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 8例患者和4例健康对照 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学 |
| 838 | 2026-05-03 |
Single-Cell Dissection of Malignant Cell Heterogeneity Reveals Functional Programs and Clinically Relevant Subtypes in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2026-May, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70104
PMID:42068156
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研究论文 | 综合单细胞RNA测序数据对头颈部鳞状细胞癌恶性细胞异质性进行解析,鉴定功能程序及临床相关亚型 | 首次整合58例患者的单细胞转录组数据,系统描绘恶性细胞异质性图谱,并开发出25基因恶性细胞评分(MCScore)用于预后和免疫治疗响应预测 | 主要依赖公开数据集进行分析,缺乏独立外部队列验证 | 阐明头颈部鳞状细胞癌恶性细胞异质性的功能程序及临床相关亚型 | 头颈部鳞状细胞癌的恶性细胞亚群 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | hdWGCNA、NMF | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 58例头颈部鳞状细胞癌患者的181,003个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 839 | 2026-05-03 |
Deep-learning-based de novo discovery and design of therapeutics that reverse disease-associated transcriptional phenotypes
2026-Apr-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.02.016
PMID:41850287
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研究论文 | 提出基于深度学习的药物发现平台GPS,通过逆转疾病相关的转录表型实现从头药物发现和优化 | 首次将转录组特征直接用于从头药物发现而非仅药物重定位,并开发仅从化学结构预测转录扰动特征的方法 | 未充分讨论模型在复杂疾病中的泛化性及化合物合成可行性 | 开发基于深度学习的药物发现平台,通过逆转疾病相关转录特征实现新药发现 | 肝细胞癌和特发性肺纤维化疾病模型 | 机器学习 | 肝细胞癌, 特发性肺纤维化 | RNA-seq | 深度学习模型(具体架构未明确)、树搜索优化方法 | 转录组数据、化学结构数据 | 多个疾病案例及两项验证(肝细胞癌:两个化合物系列;特发性肺纤维化:一个重定位候选和一种新抗纤维化化合物) | NA | NA | NA | NA |
| 840 | 2026-05-03 |
Comprehensive analysis of ATF3 as a diagnostic and prognostic biomarker from pan-cancer to clear cell renal cell carcinoma
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05113-x
PMID:42056650
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研究论文 | 全面分析ATF3从泛癌到肾透明细胞癌作为诊断和预后生物标志物的作用 | 首次系统评估ATF3在多种癌症类型中的表达、诊断效能、预后意义及其与肿瘤免疫微环境的关联,并利用单细胞RNA测序阐明其在肾透明细胞癌细胞水平的具体作用 | 主要依赖公共数据库分析,缺乏大规模临床样本验证;ATF3在泛癌中的功能机制尚未深入阐明 | 评估ATF3在泛癌和肾透明细胞癌中的诊断和预后价值,并探索其在肿瘤免疫微环境中的作用 | ATF3基因在多种癌症中的表达及功能 | 机器学习 | 肾透明细胞癌 | 实时荧光定量PCR, Western blot, 免疫荧光, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 公共数据库中多种癌症的样本数据及肾透明细胞癌细胞系 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |