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当前共找到 9342 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-09-24 |
Critical illness expands a transcriptionally distinct hypometabolic CD8+ T effector program associated with respiratory failure and mortality
2026-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.28.728555
PMID:42282739
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析危重病患者外周血CD8+ T细胞，发现一种与呼吸衰竭和死亡率相关的转录上独特的低代谢CD8+ T效应程序 | 发现了一种仅存在于危重病患者中的CD8效应亚群T effector state 2（T），该亚群具有效应激活和炎症应激特征但代谢转录物显著减少，且缺乏典型耗竭特征，传统蛋白质流式细胞术无法区分该转录程序 | 样本量相对较小（38例危重病患者和9例健康对照），需要在更大规模的前瞻性研究中进一步验证，且传统蛋白质流式细胞术无法识别该细胞状态可能限制其临床转化应用 | 在高维度上表征危重病患者循环CD8+ T细胞的免疫亚结构，特别是寻找与器官衰竭和死亡相关的CD8 T细胞功能障碍特征 | 38例危重病患者和9例健康对照的外周血CD8+ T细胞，以及一个更大的独立外部验证队列（n=91）的危重病脓毒症患者 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 38例危重病患者和9例健康对照的外周血CD8+ T细胞，外加91例独立外部验证队列的危重病脓毒症患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2026-09-24 |
Gigabase-scale deletion scanning of the human genome
2026-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.29.728882
PMID:42282737
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Shred-seq的新技术，通过将I-C型CRISPR-Cas3介导的缺失与噬菌体聚合酶基因分型相结合，实现了对人类基因组的大规模缺失扫描，从而系统性地鉴定细胞存活所必需的编码和非编码区域 | 首次实现了千碱基到兆碱基级别的大规模基因组缺失扫描，突破了以往仅在单个开放阅读框水平上研究必需性的局限；利用数千个基因组整合的Cas3启动位点进行单向缺失，并通过噬菌体聚合酶启动子进行高分辨率断点捕获；兼容单细胞RNA测序，可将特定缺失与转录表型直接关联；为预测性和生成性基因组结构-功能模型提供训练数据 | 本文属于概念验证研究，仅覆盖了人类基因组的14%（461 Mb），尚未实现全基因组覆盖；Cas3缺失的效率和特异性可能受靶位点可及性影响；对必需区域边界的精细定位仍依赖经验性方法 | 系统性地解析人类基因组中编码和非编码区域对细胞存活力的必需性，确定细胞存活所需的最小基因组内容 | 人类细胞系基因组中的编码基因和非编码区域 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas3缺失扫描，Shred-seq，噬菌体聚合酶基因分型，单细胞RNA测序 | NA | 基因组序列，转录组数据 | 36,257个独立缺失，来源于9,604个Cas3启动位点，单个缺失跨度100 bp至500 kb，总计覆盖461 Mb（人类基因组的14%），总缺失序列达2.55 Gb | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR缺失扫描 | NA | NA |
| 63 | 2026-09-24 |
Polyclonal selection of immune checkpoint mutations in thyroid autoimmunity
2026-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10493-9
PMID:41981327
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研究论文 | 该研究通过全外显子测序和靶向NanoSeq技术，在自身免疫性甲状腺疾病中发现了B细胞克隆在免疫检查点基因TNFRSF14和CD274中趋同获得功能丧失突变，并利用多种技术将突变定位到B细胞，证实部分为自身反应性，表明体细胞突变通过多克隆体细胞演化使自身反应性淋巴细胞逃避免疫耐受 | 首次在自身免疫性甲状腺疾病中综合运用全外显子测序和NanoSeq精准单分子DNA测序，系统搜索驱动突变，发现了大量独立免疫检查点突变克隆，包括TNFRSF14双等位基因缺失和携带多达4-6个驱动突变的克隆，并通过激光显微切割、甲基化测序、空间转录组学、免疫染色、单核DNA测序和抗体合成进行验证 | 每个克隆仅占细胞的一小部分（通常小于1%），突变克隆的检测可能受技术灵敏度限制，且研究主要聚焦于甲状腺自身免疫疾病，结论的普适性有待在其他自身免疫疾病中验证 | 探究自身免疫性甲状腺疾病中淋巴细胞如何通过体细胞突变逃避免疫耐受检查点，验证免疫调节基因体细胞突变导致自身反应性淋巴细胞绕过耐受检查点的假说 | 自身免疫性甲状腺疾病患者的甲状腺组织和B细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 自身免疫性甲状腺疾病 | 全外显子测序, 靶向NanoSeq, 甲基化测序, 空间转录组学, 免疫染色, 单核DNA测序, 抗体合成 | NA | 图像, 文本, 序列数据 | 高度炎症活检组织中检测到数十到数百个独立免疫检查点突变克隆，每个克隆占细胞比例通常小于1% | NA | 全外显子测序, 靶向单分子DNA测序, 甲基化测序, 空间转录组学, 单核DNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-09-24 |
HisCMCL: cross-modal contrastive learning with hierarchical multi-scale fusion for spatial expression prediction
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag342
PMID:42213081
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研究论文 | 提出了一种结合分层多尺度融合和跨模态对比学习的多模态框架 HisCMCL，用于从病理图像预测空间基因表达 | 结合多尺度特征与交叉注意力机制，融合空间位置信息，并采用对比学习策略实现图像与转录组特征的有效对齐，突破了现有模型局限于单尺度和单切片建模的限制 | 未明确提及 | 从病理图像推断空间转录组数据，作为高成本空间转录组技术的替代方案 | 四个公共数据集中的病理图像与空间基因表达数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 多模态框架（多尺度特征融合与跨模态对比学习） | 图像和基因表达数据 | 四个公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2026-09-24 |
Spermidine Mitigates Immune Cell Senescence and Boosts Vaccine Responses in Healthy Older Adults-A Pilot Study
2026-Jun, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70545
PMID:42169618
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研究论文 | 一项双盲、随机、安慰剂对照的先导研究，评估亚精胺在65岁以上老年人中接种第三剂SARS-CoV-2疫苗后的安全性和对疫苗诱导免疫的影响 | 首次在人体临床试验中证明亚精胺可以逆转免疫细胞衰老特征，并特异性地增强疫苗无应答者的疫苗免疫反应，同时通过单细胞RNA测序揭示了B细胞中TFEB靶基因和自噬相关基因表达的增加 | 这是一项先导研究，样本量较小（40名受试者），需要更大规模的临床试验来验证亚精胺对疫苗应答的改善效果 | 评估亚精胺补充剂在老年人中的安全性及其对疫苗诱导免疫的影响，探索靶向免疫细胞衰老来改善老年人疫苗应答的可能性 | 40名65岁以上的成年人，均已接种第三剂SARS-CoV-2疫苗 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 40名65岁以上成年人 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-09-24 |
A spatially coordinated keratinocyte-fibroblast circuit recruits MMP9+ myeloid cells to drive type I interferon-driven inflammation in photosensitive autoimmunity
2026-Jun, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-026-02502-w
PMID:42032302
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、UVB激发实验和体外建模，揭示了光敏性自身免疫中角质细胞-成纤维细胞空间协同回路招募MMP9+髓系细胞驱动I型干扰素炎症的机制。 | 首次识别MMP9+CD14+髓系细胞作为光敏性的关键介质，揭示了角质细胞激活真皮浅层成纤维细胞释放趋化因子（CCL2、CCL19、CCL7、CCL8）招募MMP9+CD14+细胞的空间协调回路机制，并通过临床概念验证证明抗I型干扰素治疗（anifrolumab）可阻止UVB诱导的髓系浸润。 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明UVB暴露与组织特异性自身免疫之间的机制联系，特别是光敏性在皮肤红斑狼疮和皮肌炎中的发病机制 | 皮肤红斑狼疮和皮肌炎患者的皮损皮肤及非皮损皮肤、角质细胞、成纤维细胞、MMP9+CD14+髓系细胞、细胞毒性CD4 T细胞、树突状细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性皮肤病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、UVB激发实验、体外建模 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2026-09-24 |
Transcription factor 21 deletion from podocyte precursors as a model for congenital nephrotic syndrome
2026-06-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00490.2025
PMID:42090190
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研究论文 | 该研究通过从小鼠足细胞前体细胞中敲除转录因子21（TCF21）构建先天性肾病综合征模型，并利用单细胞RNA测序分析肾脏损伤机制 | 首次报道了从足细胞前体细胞敲除TCF21的小鼠模型能够模拟儿童先天性肾病综合征，并揭示了TCF21在足细胞发育和健康维持中的关键作用，同时发现了肾小管间质对大量蛋白尿的响应机制 | 研究基于小鼠模型，其发现向人类先天性肾病综合征的转化仍需进一步验证 | 建立先天性肾病综合征的小鼠模型，研究TCF21缺失对足细胞发育和肾脏损伤的影响，并探索肾小管间质对大量蛋白尿的响应 | 小鼠肾脏足细胞前体细胞及肾脏组织 | 数字病理学 | 肾病综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-09-24 |
CeSpGRN: inferring cell-specific gene regulatory networks from single-cell multi-omics and spatial data
2026-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag324
PMID:42225598
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研究论文 | 提出了一种从单细胞多组学和空间数据中推断细胞特异性基因调控网络的方法CeSpGRN | 利用单细胞分辨率的区域信息，而非群体水平信息，推断细胞特异性基因调控网络；采用核加权高斯Copula图模型，并整合多组学或空间位置信息构建目标函数 | 未明确提及 | 从单细胞RNA测序、配对的scRNA-seq和scATAC-seq或空间转录组数据中推断细胞特异性基因调控网络 | 单细胞测序数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | 核加权高斯Copula图模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间位置数据 | 模拟数据集和真实数据集（具体样本量未提及） | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 69 | 2026-09-24 |
Species-specific roles of cellular communication network proteins in cartilage development: A comparative study using in vitro chondrogenic models
2026-Jun, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.70089
PMID:42256527
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研究论文 | 该研究通过整合鸡和小鼠胚胎肢芽微团培养及人间充质干细胞成软骨分化的bulk RNA测序数据，结合共表达、蛋白互作和直系同源分析，构建了以CCN为中心的跨物种调控网络 | 首次在多种成软骨模型中进行CCN蛋白的跨物种比较分析，揭示了CCN1/2为保守核心枢纽而CCN3-CCN6具有上下文依赖性，并发现IGF、EGFR、HIF-1信号高度保守而缺氧和机械感知/Hippo通路存在物种特异性差异 | 研究主要基于体外成软骨模型，可能无法完全反映体内软骨发育的复杂性；单细胞RNA-seq元分析依赖于已有数据集，样本来源和实验条件异质性可能影响结论 | 阐明CCN蛋白在软骨发育中的物种特异性作用及其网络级调控背景，为模型选择和CCN靶向软骨再生策略提供框架 | 鸡胚胎肢芽微团培养、小鼠胚胎肢芽微团培养、人间充质干细胞成软骨分化模型，以及人iPSC来源成软骨分化和胚胎肢芽单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-09-24 |
Basal gland localization and focal distribution of OLFM4-expressing cells in increasing severity of gastric intestinal metaplasia
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725297
PMID:42239144
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研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光、全切片图像分析和共聚焦显微镜，评估了CPS1、ANPEP和OLFM4三种蛋白标志物在胃黏膜肠上皮化生不同严重程度中的表达及空间分布 | 揭示了OLFM4阳性细胞定位于化生腺体基底部，并呈灶性分布随化生严重程度增加而扩展，提示存在干细胞样上皮区室可能促进胃癌进展 | 样本量有限（100例活检），仅评估了三种候选标志物的蛋白表达，未进行功能验证或前瞻性队列研究 | 评估三种候选蛋白标志物的表达和定位，以理解与胃黏膜肠上皮化生风险相关的细胞特征及其在化生组织中的空间分布 | 100例经OLGIM系统注释化生严重程度的人体胃组织活检样本，包括对照胃组织、胃黏膜肠上皮化生、异型增生和腺癌 | 数字病理学 | 胃癌 | 多重免疫荧光，全切片图像分析，共聚焦显微镜 | NA | 图像 | 100例胃组织活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 71 | 2026-09-24 |
Combinatorial and Inducible CRISPRa/i Enables Canalized hiPSC Forward Programming and Iterative Refinement via Single-Cell Genomics
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.31.729073
PMID:42282825
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研究论文 | 该文章开发了CIRI平台，一种在人类诱导多能干细胞中实现组合和诱导型CRISPR激活和干扰的合成基因调控逻辑平台，并利用单细胞基因组学验证其功能 | 开发了CIRI平台，首次在hiPSCs中实现组合和诱导型CRISPRa/i，通过单一dCas9实现多模式调控，并利用单细胞RNA测序筛选鉴定肌源性成熟的关键调控因子 | 摘要中未明确提及研究限制 | 建立人类诱导多能干细胞中的合成基因调控逻辑，并应用于前向编程和迭代优化 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其衍生物，如心脏类器官和骨骼肌细胞 | 合成生物学 | NA | CRISPR激活和干扰（CRISPRa/i）、单细胞RNA测序 | dCas9 | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 72 | 2026-09-24 |
Effector Vδ1 γδ T cells mediate anti-tumor immunity and are reprogrammed by imatinib in human gastrointestinal stromal tumor
2026-Jun-01, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9557741/v1
PMID:42282009
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研究论文 | 整合单细胞转录组学、免疫表型、T细胞受体谱分析及功能实验，研究人胃肠道间质瘤中γδ T细胞的抗肿瘤免疫作用及伊马替尼耐药对其的重编程影响 | 首次系统定义γδ T细胞在胃肠道间质瘤中的作用，发现Vδ1亚群占优势且与预后改善相关，揭示伊马替尼耐药肿瘤中Vδ1组成、效应功能和克隆性改变，并在小鼠模型中证明PD-L1阻断可增强伊马替尼疗效并恢复γδ T细胞功能 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究γδ T细胞在胃肠道间质瘤抗肿瘤免疫中的作用及其在伊马替尼耐药过程中的重编程机制 | 68例人胃肠道间质瘤标本中的循环和瘤内γδ T细胞，以及基因工程小鼠胃肠道间质瘤模型 | 数字病理学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞转录组学、免疫表型分析、T细胞受体谱分析、功能实验 | NA | 文本、图像 | 68例人胃肠道间质瘤标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2026-09-24 |
Identification and validation of a prognostic risk-scoring model in drug-resistant ALL and evaluation of immune micro-environment
2026-May-29, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-026-07080-3
PMID:42215742
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研究论文 | 该研究通过分析GEO和TARGET转录组数据，构建并验证了一个13基因耐药相关预后指数（RAPI-13），并探讨了耐药性ALL的免疫微环境及CD40激动剂联合化疗和PD-L1阻断的治疗潜力。 | 开发并验证了13基因耐药相关预后指数（RAPI-13），揭示了CD40激动剂通过极化M1型巨噬细胞恢复抗白血病免疫并逆转化疗耐药，提出了CD40为中心的免疫治疗联合方案。 | 摘要中未明确提及研究局限性，可能包括回顾性数据、样本量有限、需要进一步前瞻性临床验证等。 | 识别和验证耐药性急性淋巴细胞白血病（ALL）的预后风险评分模型，并评估免疫微环境在耐药中的作用。 | 儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）患者，包括化疗敏感和耐药患者。 | 机器学习 | 白血病 | 转录组测序，单细胞RNA-seq | LASSO回归 | 转录组数据，单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-09-24 |
Single-cell analysis of Plasmodium falciparum transcripts after drug perturbation identifies feedback regulation as well as increased transmission potential
2026-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.27.728291
PMID:42244604
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研究论文 | 本研究对数十万个单独感染的恶性疟原虫红细胞进行单细胞RNA测序，评估寄生虫对三种药物（青蒿素、阿托伐醌、ganaplacide）治疗的反应，揭示不同药物导致不同的转录谱和细胞群体 | 首次将单细胞RNA测序应用于数十万个单独感染的异步红细胞，评估疟原虫对三种不同化疗药物的反应，发现青蒿素治疗后富集表达配子体相关基因的细胞，表明可能增加传播潜力，而传统bulk分析无法揭示这种细胞异质性 | 研究使用异步感染的红细胞，可能无法完全捕捉特定生命周期阶段的药物反应；未进行体内验证实验；单细胞转录组数据的稀疏性可能影响低表达基因的检测 | 利用单细胞RNA测序技术表征疟原虫对药物治疗的响应，比较不同药物处理后的转录谱差异，并评估单细胞方法在药物分类和生命周期扰动分析中的应用潜力 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）感染的异步红细胞 | 单细胞转录组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 数十万个单独感染的异步红细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2026-09-24 |
Distinct senescent β-cell senotypes differentially drive islet aging and dysfunction
2026-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.25.727705
PMID:42244625
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研究论文 | 该研究通过单细胞空间蛋白质组学和转录组学，揭示了人类胰岛中两种不同的衰老β细胞亚型及其对胰岛衰老和功能障碍的差异化驱动作用 | 首次在单细胞水平上识别出人类内分泌胰腺中两种离散的衰老细胞亚群（CDKN1A高表达和CDKN2A高表达），区分了适应性衰老程序与适应不良性衰老程序，为T2D的衰老靶向治疗提供了机制指导框架 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 在单细胞水平上阐明人类内分泌胰腺中细胞衰老的异质性及其在正常衰老中的作用，区分适应性衰老与适应不良性衰老程序 | 人类胰腺组织及分散的胰岛 | 空间蛋白质组学、单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞空间蛋白质组学、单细胞RNA测序、多重单细胞RNA测序、功能实验 | NA | 图像、文本（基因表达数据） | 26名供体的完整胰腺组织（年龄20-80岁）及14名供体的分散胰岛（年龄34-69岁） | NA | 单细胞空间蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2026-09-24 |
CCL19+ fibroblasts define a proliferative niche in chronic lymphocytic leukemia
2026-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.15.623868
PMID:42244527
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术，揭示了慢性淋巴细胞白血病（CLL）在淋巴结增殖中心（PC）中的微环境特征，发现CCL19+成纤维细胞、CCR7+ CLL细胞、BAFF+巨噬细胞等关键细胞群及CD74-MIF等配体-受体相互作用，并验证CD74阻断可抑制CLL细胞生长 | 首次发现CCL19+成纤维细胞定义CLL增殖中心，阐明CCL19-CCR7轴介导CLL细胞向PC的招募机制，并通过信息学、空间和原位分析鉴定出PC中富集的BAFF+巨噬细胞、整合素αXβ2和Galectin9以及CD74-MIF等关键相互作用 | 摘要中未明确提及研究局限性，可能包括样本量有限、体外实验与体内微环境的差异、CD74阻断疗法的临床转化仍需进一步验证 | 深入表征反应性淋巴结和CLL淋巴结的微环境，识别CLL增殖中心的关键特征、细胞互作及潜在治疗靶点 | 慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的淋巴结组织及其中各类细胞（CLL细胞、成纤维细胞、巨噬细胞等） | 数字病理学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序、空间分析、原位分析 | NA | 单细胞转录组数据、图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2026-09-24 |
Intermittent parathyroid hormone employs autonomous and non-autonomous mechanisms to drive osteogenesis from Ebf3-expressing skeletal progenitor cells
2026-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.21.726951
PMID:42244729
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研究论文 | 该研究揭示了间歇性甲状旁腺激素通过细胞自主和非自主机制驱动Ebf3表达骨骼祖细胞成骨，并在人类细胞中得到验证 | 首次阐明iPTH同时通过抑制Ebf3、Ebf1和Foxc1实现细胞内在转录重编程，以及通过刺激破骨细胞骨吸收释放TGFβ招募祖细胞至骨表面的细胞外在微环境重塑，两种机制协同驱动成骨 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自绝经后妇女的CAR细胞，样本量有限，且具体分子调控网络仍需进一步验证 | 探究系统性激素信号如何协调成体组织中干细胞命运决定，特别是iPTH驱动骨骼祖细胞成骨的机制 | 小鼠骨髓中的Cxcl12丰富网状（CAR）细胞（Ebf3表达的多能间充质祖细胞），以及绝经后妇女接受特立帕肽治疗的人类CAR细胞 | 单细胞转录组学、发育生物学、骨生物学 | 骨质疏松症 | 诱导性谱系追踪、单细胞转录组学、条件性基因敲除 | 小鼠遗传模型、细胞谱系追踪模型 | 单细胞转录组数据、基因表达数据、组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-09-24 |
Leveraging Lineage Barcodes as Natural Augmentations for Contrastive Learning of Cell Fate in scRNA-seq Data
2026-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.28.620670
PMID:42239199
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研究论文 | 提出一种将谱系条形码作为自然数据增强的对比学习框架LCL，用于从scRNA-seq数据中解析细胞命运决定信号并预测未来细胞类型组成 | 将可遗传的谱系条形码视为自然数据增强，采用半监督架构对齐未标记细胞，把谱系结构迁移到缺乏显式条形码的临床数据集，并能从横断面数据建模纵向命运决定 | 摘要未明确说明该方法的局限性 | 解析细胞如何决定未来命运，并预测早期时间点的未来细胞类型组成，以支持精准治疗中的干细胞重编程或免疫功能调控 | scRNA-seq数据中的细胞，包括造血系统和成纤维细胞系统 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞谱系追踪 | 对比学习、半监督学习 | 文本、图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-09-24 |
PerturbPlan: An analytical framework for designing Perturb-seq experiments
2026-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.22.727199
PMID:42239142
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研究论文 | 该文章提出了一个用于设计Perturb-seq实验的解析框架PerturbPlan，通过推导新的解析功效公式，大幅降低计算成本，并开发了交互式网页应用帮助用户进行实验设计 | 推导了检测扰动-表达关联功效的新型解析公式，将运行时间减少高达七个数量级，并开发了首个支持灵活交互式设计单细胞CRISPR筛选实验的工具PerturbPlan | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 设计Perturb-seq实验，平衡统计功效和成本，为单细胞CRISPR筛选实验提供灵活交互式的设计工具 | Perturb-seq和靶向Perturb-seq（TAP-seq）实验设计 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, CRISPR筛选 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-09-24 |
scDIG: An R Shiny Application for Interactive Density-Based Gating of Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Data
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.20.726609
PMID:42239256
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scDIG的R Shiny应用程序，用于对单细胞蛋白质组和转录组数据进行交互式基于密度的门控分析 | 结合双峰指数驱动的特征选择、特征加权核密度估计和交互式基于轮廓的门控，直接在二维投影中定义细胞群 | 未明确说明 | 在单细胞嵌入空间中划定具有生物学意义的细胞群，平衡专家指导与可重复性 | 来自人类受试者的CITE-seq PBMC数据（心血管评估弗吉尼亚队列） | 单细胞分析 | 心血管疾病 | CITE-seq | 核密度估计、基于轮廓的门控 | 单细胞转录组和蛋白质组数据 | 未明确说明 | 未明确说明 | single-cell RNA-seq, single-cell proteomics | 未明确说明 | 未明确说明 |