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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-05-16 |
Deciphering the Cellular and Metabolic Landscape of Lymph Node Metastasis in Breast Cancer Using Single-Cell and Spatial Multi-Omics
2026-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.01.002
PMID:41580234
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研究论文 | 利用单细胞和空间多组学构建乳腺癌淋巴结转移的细胞和代谢图谱 | 首次全面描绘了淋巴结转移微环境的单细胞图谱,鉴定了早期播散癌细胞亚群,揭示了恶性转化过程中的代谢重编程和免疫调控网络,并通过计算药物重定位识别了潜在治疗靶点 | 数据来源主要是单细胞RNA测序和空间转录组学,缺乏功能验证实验;药物重定位结果需进一步临床验证 | 阐明乳腺癌淋巴结转移的细胞组成和分子机制,为转移性患者提供靶向治疗新见解 | 78例原发性乳腺癌及其配对淋巴结转移样本中的上皮细胞、淋巴细胞、巨噬细胞等 | 单细胞组学、空间转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、计算药物重定位 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 78例原发性乳腺癌及其配对淋巴结转移样本,4个转移淋巴结组织切片 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2026-05-16 |
Single-Cell Network Analysis Reveals Cell-Type-Specific Pathology following Retinal Detachment
2026-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.015
PMID:41621620
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞图形高斯模型分析,揭示视网膜脱离后细胞类型特异性的病理变化 | 首次利用单细胞图形高斯模型分析视网膜脱离后的细胞类型特异性基因模块,发现糖酵解、细胞凋亡、细胞外基质组织和白细胞迁移等通路在不同细胞类型中的差异调控 | T细胞浸润的发现仍属初步,需进一步验证;样本量可能有限 | 阐明视网膜脱离后细胞类型特异性病理机制,为理解视力障碍提供新见解 | 视网膜脱离患者的视网膜组织 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | 图形高斯模型 | 基因表达数据 | 视网膜脱离患者的视网膜组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-05-16 |
A comprehensive benchmarking study on computational tools for cross-omics label transfer from single-cell RNA to ATAC data
2026-04-01, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag026
PMID:41655240
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研究论文 | 该研究对27种计算工具进行了全面基准测试,评估它们从单细胞RNA数据到ATAC数据的跨组学标签转移性能 | 首次系统评估27种跨组学标签转移工具,涵盖多种人类和小鼠组织数据,并提出未来方法发展建议 | 研究发现数据不平衡、跨组学差异和半监督策略可能负面影响模型性能,且仅基于特定数据集评估 | 系统比较不同计算工具在scRNA-seq到scATAC-seq标签转移中的表现,为方法开发提供指导 | 27种计算工具在多种人类和小鼠组织单细胞数据上的标签转移性能 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | CNN, LSTM, 深度学习 | 单细胞基因表达数据, 单细胞染色质可及性数据 | 多种人类和小鼠组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台用于单细胞RNA和ATAC数据生成 |
| 64 | 2026-05-16 |
Oxidative stress reprograms benign prostatic hyperplasia microenvironments: insights from integrative multi-omics and machine learning
2026-Apr-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08055-8
PMID:41923163
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研究论文 | 结合多组学和机器学习,揭示氧化应激在良性前列腺增生微环境中的重编程作用,并识别相关生物标志物 | 首次整合多组学(批量转录组、单细胞RNA-seq、空间转录组)和机器学习,系统分析氧化应激在良性前列腺增生中的细胞程序变化,并实验验证ACOX2的功能 | 样本量适中,结果应视为假设生成性质,需在更大独立人群队列中验证 | 识别氧化应激相关的良性前列腺增生生物标志物,并表征与氧化应激相关的基质细胞状态 | 良性前列腺增生组织和细胞样本,包括批量转录组数据集(12例BPH、16例对照)、单细胞RNA-seq(124,616个细胞)和空间转录组数据,以及WPMY-1前列腺基质细胞 | 机器学习 | 前列腺疾病(良性前列腺增生) | 多组学(批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组)、机器学习 | WGCNA、四种机器学习算法(具体未明确,但包括诊断列线图)、一致性聚类 | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | 12例BPH和16例对照的批量转录组样本;124,616个细胞的单细胞RNA-seq数据 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组 | NA | NA |
| 65 | 2026-05-16 |
Dual-targeted lipid nanoparticles for TET3 siRNA delivery: nanobiotechnology strategy to remodel tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04312-6
PMID:41923247
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TET3在肝细胞癌M2型肿瘤相关巨噬细胞中高表达,并开发了双靶向脂质纳米颗粒递送TET3 siRNA,重塑肿瘤免疫微环境 | 首次揭示TET3通过羟甲基化增强IRF4转录活性驱动M2极化,并构建巨噬细胞特异性双靶向脂质纳米颗粒实现精准递送 | 未在更多临床样本中验证该策略的有效性和安全性,且纳米颗粒的长期毒性有待评估 | 鉴定肝细胞癌免疫抑制微环境的关键表观遗传调控因子并开发靶向纳米治疗平台 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的M2型肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 机器学习和纳米生物技术 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、siRNA递送 | NA | 单细胞转录组数据 | 肝细胞癌组织样本(未明确数量)和动物模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 66 | 2026-04-02 |
Spatial transcriptomics of urothelial carcinoma with basal/squamous differentiation identifies Galectin-7 as a specific marker of squamous lineage commitment
2026-Mar-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04927-z
PMID:41917522
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2026-05-16 |
Tumor-infiltrating immature innate lymphoid cells in colorectal cancer are biased toward ILC1/tissue-resident NK cell differentiation
2026-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71085-9
PMID:41896575
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研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序等技术分析结直肠癌及腹膜转移患者的肿瘤浸润未成熟先天淋巴细胞偏向ILC1/组织驻留NK细胞分化的特征 | 首次揭示结直肠癌及腹膜转移肿瘤中未成熟先天淋巴细胞(nILC)转录组偏向分化为ILC1/组织驻留NK细胞,并通过共培养实验验证其分化能力 | 未明确说明研究的局限性 | 探究结直肠癌及腹膜转移中先天淋巴细胞的功能及其分化偏向 | 结直肠癌及腹膜转移患者的肿瘤样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、分化实验 | NA | 基因表达数据 | 11名患者用于单细胞RNA测序,8名用于流式细胞术,24名用于分化实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-05-16 |
Splicing variants in MYRF cause partial loss of function in the retinal pigment epithelium leading to nanophthalmos
2026-Mar-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.194681
PMID:41746734
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研究论文 | 研究MYRF基因剪接变异导致视网膜色素上皮部分功能丧失从而引发小眼球症的机制 | 首次揭示MYRF基因C端剪接变异作为低效等位基因引起孤立性小眼球症,支持组织特异性阈值效应,并阐明MYRF C末端在RPE中的独特作用 | 未在人类患者RPE细胞中直接验证变体的功能影响,且动物模型仅限于小鼠 | 探究MYRF基因变异导致孤立性小眼球症与综合征性疾病的分子机制差异 | MYRF基因C端变异(dG-MYRF)及剪接变异,人RPE细胞,小鼠模型 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类RPE细胞系,小鼠胚胎(E15.5、E17.5、P0) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-05-16 |
Ultra-precision deconvolution of spatial transcriptomics decodes immune heterogeneity and fate-defining programs in tissues
2026-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70645-3
PMID:41862467
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研究论文 | 提出UCASpatial,一种用于空间转录组数据的超精度反卷积算法,揭示组织中的免疫异质性和命运决定程序 | 首次利用基于熵的加权方法实现空间转录组的超精度反卷积,能够准确识别低丰度细胞亚群并区分转录异质性细胞亚群 | 未提及具体局限性,但可能涉及算法对复杂组织微环境的普适性验证 | 开发并验证一种高精度空间转录组反卷积算法,用于解码复杂组织中的免疫细胞空间组织与功能特化 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型(C57BL/6小鼠) | 计算机视觉 | 结直肠癌,伤口愈合相关疾病 | 空间转录组学反卷积算法 | 基于熵的加权模型 | 空间转录组数据 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型(C57BL/6小鼠) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 70 | 2026-05-16 |
Fel d 1-Expressing Plant-Derived Bioparticle: A Novel Treatment for Cat Allergy
2026-Mar-19, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70280
PMID:41856757
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研究论文 | 本研究评估了一种由植物来源生物颗粒表达的Fel d 1过敏原(Fel d 1 eBP)对猫过敏的过敏原性和免疫原性 | 首次利用植物源生物颗粒表达猫主要过敏原Fel d 1,并证明其低过敏原性和诱导耐受的潜力,为猫过敏的过敏原免疫治疗提供了新候选方案 | 样本量较小(仅12名猫过敏者和12名非特应性对照),且为开放标签的0期研究,缺乏双盲对照和长期随访数据 | 探究Fel d 1 eBP的过敏原性和免疫调节特性,评估其作为猫过敏免疫治疗候选物的可行性 | 猫过敏受试者和非特应性对照者的T细胞、B细胞、嗜碱性粒细胞、单核细胞、幼稚B细胞和皮肤反应 | 数字病理学 | 猫过敏 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名猫过敏受试者和12名非特应性对照者的细胞样本,以及20名猫过敏个体的皮肤测试 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 71 | 2026-05-16 |
Müller glia-mediated regeneration restores neuronal diversity and retinal circuit organization in the adult zebrafish
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.15.711785
PMID:41889825
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研究论文 | 该研究通过诱导谱系追踪、单细胞RNA测序和形态学分析,发现成年斑马鱼中Müller胶质介导的再生能恢复神经元多样性和视网膜回路组织 | 首次在单细胞水平系统评估了成年斑马鱼Müller胶质介导的再生神经元与原生神经元的分子和结构相似性,揭示了损伤背景对再生神经元比例的影响 | 未详细说明再生神经元与原生神经元之间剩余差异的长期演变,且仅针对特定损伤模型(光照损伤和NMDA损伤) | 阐明Müller胶质来源的再生神经元能否恢复丢失神经元的身份、多样性和结构特征 | 成年斑马鱼视网膜中的Müller胶质及其再生神经元 | 再生神经科学 | 视网膜损伤 | 单细胞RNA测序、诱导谱系追踪、形态学分析 | NA | 单细胞转录组数据、形态学数据 | 成年斑马鱼视网膜样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-05-16 |
Single-cell multi-omic analysis of mitochondrial mutational mosaicism and dynamics
2026-03-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70399-y
PMID:41839886
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研究论文 | 通过单细胞ATAC-seq和POLG敲入HEK293细胞系,引入scmtMPM和scwMSS两个指标,研究线粒体DNA突变嵌合体和动态变化 | 首次提出scmtMPM和scwMSS两种指标,实现单细胞层面线粒体DNA突变负荷和体细胞嵌合体的量化分析 | 研究主要基于细胞系和有限的人类样本,突变景观的临床应用需进一步验证 | 揭示单细胞水平线粒体DNA突变景观的异质性和动态变化 | 人类健康供体和线粒体疾病患者样本中的单个细胞 | 机器学习 | 线粒体疾病 | 单细胞ATAC-seq | NA | 测序数据 | 人类健康供体和线粒体疾病患者样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 73 | 2026-05-16 |
ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics
2026-Mar-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.26.708361
PMID:41890081
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研究论文 | ChatSpatial是一个基于大语言模型(LLM)的对话式分析平台,通过预验证工具模式(schema)整合60多种空间转录组分析方法,实现跨Python和R生态系统的可重复、跨平台分析 | 创新性地采用模式强制编排机制(Schema-Enforced Orchestration),由LLM从预验证的工具模式中选择而非生成自由代码,确保分析工作流的近确定性可重复性 | NA | 解决空间转录组数据分析中跨平台工具兼容性差、可重复性低的难题,构建统一的对话式分析工作流 | 空间转录组数据及其分析方法和工具 | 自然语言处理 | 卵巢癌,口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 大语言模型(LLM) | 文本(对话指令及分析结果) | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2026-05-16 |
Spatially defined danger zone shapes gastric cancer progression through CCDC80+ fibroblast-induced CD8+ T cell dysfunction
2026-03-07, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02287-1
PMID:41793512
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研究论文 | 通过空间转录组学鉴定胃癌进展中的“危险区域”,揭示CCDC80+成纤维细胞驱动的CD8+ T细胞功能障碍机制 | 首次定义并表征胃癌中的“危险区域”空间结构,结合非负矩阵分解和XGBoost模型进行亚型分类和预后预测,并利用LightGBM模型直接从H&E切片预测危险区域评分 | 未明确提及,但可能包括样本量有限、机制验证依赖体外共培养体系、模型泛化性需进一步验证 | 探究胃癌肿瘤微环境的空间异质性及其对免疫治疗反应和预后的影响机制 | 侵袭性小鼠肿瘤和人类胃癌样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学 | XGBoost, LightGBM, 非负矩阵分解 | 空间转录组数据、H&E染色图像 | 小鼠肿瘤样本和人类胃癌样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-05-16 |
Selective B-cell subset depletion underlies increased infection risk in patients with MM treated with anti-BCMA vs anti-GPRC5D bsAbs
2026-Mar-05, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029572
PMID:41405507
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研究论文 | 探究抗BCMA与抗GPRC5D双特异性抗体在多发性骨髓瘤治疗中导致不同感染风险的选择性B细胞亚群耗竭机制 | 首次揭示抗BCMA双特异性抗体不仅耗竭浆细胞,还会从早期前B细胞阶段开始耗竭B细胞,而抗GPRC5D仅靶向浆细胞,为感染风险差异提供机制见解 | 需进一步验证MIcγ1小鼠模型作为阴性对照的结论在人类中的普适性,且临床感染风险与B细胞耗竭的直接因果关系未完全确立 | 阐明抗BCMA与抗GPRC5D双特异性抗体在多发性骨髓瘤患者中引起不同感染风险的机制 | 多发性骨髓瘤患者和健康供体的骨髓样本 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,新一代高通量流式细胞术 | NA | 基因表达数据,免疫表型数据 | 62例复发多发性骨髓瘤患者,31例用于流式细胞术,8例用于单细胞RNA测序,11例患者和8例健康供体用于初步单细胞RNA测序 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 76 | 2026-05-16 |
Optic Atrophy 1-Mediated Mitochondrial Hyperfusion Orchestrates Yes-Associated Protein 1 Nuclear Translocation to Sustain Ameloblastoma Stemness
2026-03, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.002
PMID:41478350
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研究论文 | 揭示了OPA1介导的线粒体过度融合通过YAP1核转位驱动成釉细胞瘤干性的机制 | 首次发现OPA1介导的线粒体过度融合通过抑制Hippo信号通路促进YAP1核转位,从而维持成釉细胞瘤干性,并提出OPA1作为潜在治疗靶点 | 未提及 | 阐明成釉细胞瘤干性维持的分子机制及潜在治疗靶点 | 成釉细胞瘤组织样本、hTERT-AM细胞系、患者来源的类器官 | 数字病理学 | 成釉细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 原发性成釉细胞瘤标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 77 | 2026-05-16 |
Targeting N-Cadherin and Tubulin α 1A in Neuroblastoma Bone Marrow Metastasis: Insights from Single-Cell Analysis and Drug Screening
2026-03, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.004
PMID:41485549
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析和药物筛选,揭示N-钙粘蛋白和微管蛋白α1A在神经母细胞瘤骨髓转移中的关键作用及潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法,鉴定CDH2和TUBA1A为神经母细胞瘤骨髓转移的关键基因,并发现2,3-二甲氧基-1,4-萘醌通过下调其表达发挥抑制活性 | 研究中未提及样本规模及体内实验验证的局限性 | 探究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 有和无骨髓转移的神经母细胞瘤患者样本及细胞系 | 单细胞组学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-05-16 |
SAGE: Spatially Aware Gene Selection and Dual-View Embedding Fusion for Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520333
PMID:41486374
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研究论文 | 提出SAGE框架,结合主题驱动基因选择与双视图嵌入融合,用于空间转录组数据中空间域的准确识别 | 首次将非负矩阵分解主题建模与分类器重要性评分结合进行基因选择,并通过共识精炼和对比图表示学习融合局部表达图与非局部主题驱动图 | 未提及具体局限性(从摘要中无法提取) | 提高空间转录组数据中空间域分割的准确性,并增强基因级别的可解释性 | 空间转录组数据中的组织切片空间域 | 数字病理学 | 乳腺癌、黑色素瘤 | 空间转录组学 | 非负矩阵分解、对比图表示学习 | 空间转录组数据 | 34个真实世界数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2026-05-16 |
Spatially Resolved Multiomics Reveals Metabolic Remodeling and Autophagy Activation in Adamantinomatous Craniopharyngiomas
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516965
PMID:41489092
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研究论文 | 通过空间分辨多组学揭示颅咽管瘤中代谢重塑和自噬激活的机制 | 首次整合单细胞空间转录组学和空间分辨代谢组学,揭示肿瘤上皮细胞亚群的空间分离与分子异质性,并发现“囊液-肿瘤细胞”和“胆碱/乙醇胺-PC/PE”代谢轴如何耦合自噬激活 | 未明确提及,但可能受限于样本量、平台分辨率或功能验证的深度 | 探究颅咽管瘤进展和复发的驱动因素 | 成釉细胞型颅咽管瘤组织及囊液样本 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单细胞空间转录组学,空间分辨代谢组学,AFADESI-MSI,批量代谢组学,多免疫组化 | NA | 空间转录组数据,代谢组数据,组织图像 | 未明确说明具体数量,可能包括多例ACP组织样本 | NanoString, NA, NA | 单细胞空间转录组学, 空间分辨代谢组学 | CosMx SMI, AFADESI-MSI | CosMx SMI用于单细胞空间转录组分析,AFADESI-MSI用于空间分辨代谢组分析 |
| 80 | 2026-05-16 |
Spatial Transcriptomics of TMJ Reveals a Remodeling Fibroblast-Immune Microenvironment Driving Arthritis Pain
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519816
PMID:41498747
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研究论文 | 通过seqFISH空间转录组学技术揭示颞下颌关节中成纤维细胞-免疫微环境重塑驱动关节炎疼痛的机制 | 首次利用seqFISH空间转录组学技术全面绘制成年小鼠颞下颌关节的细胞类型图谱,发现关节炎诱导的细胞数量和状态变化,并揭示成纤维细胞-免疫细胞微环境通过Igf1-Il33轴驱动疼痛的新机制 | NA | 研究颞下颌关节关节炎中细胞类型空间组织及其在疼痛中的作用 | 成年小鼠颞下颌关节及患者滑膜组织 | 机器学习 | 关节炎 | seqFISH空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 成年小鼠颞下颌关节样本(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学 | seqFISH | seqFISH空间转录组学技术 |