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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7521 | 2026-04-09 |
Neutrophils have altered response to acute respiratory viral infection in sputum of patients with rheumatoid arthritis
2026-May, The journal of allergy and clinical immunology. Global
DOI:10.1016/j.jacig.2026.100665
PMID:41852854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析类风湿关节炎患者与健康对照者在呼吸道感染前后痰液中的免疫细胞转录组差异 | 首次在类风湿关节炎患者痰液中应用单细胞RNA测序技术,揭示中性粒细胞在感染后30天内持续存在的转录组差异 | 样本量较小(仅5名女性捐赠者),且缺乏长期随访数据 | 探究类风湿关节炎患者肺部免疫细胞在急性呼吸道病毒感染前后的转录组变化 | 类风湿关节炎患者和健康对照者的痰液样本 | 单细胞转录组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5名女性捐赠者(2名健康,3名类风湿关节炎),共23,094个高质量细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Flex | 10x Flex单细胞RNA测序协议 |
| 7522 | 2026-04-09 |
Shear stress-induced endothelial HEG1 signalling regulates vascular tone and blood pressure
2026-Apr-07, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf742
PMID:40986512
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞中HEG1蛋白在血流剪切应力感应和血压调节中的关键作用及其分子机制 | 首次发现内皮HEG1通过CUL3介导的PHACTR1降解调控eNOS转录和NO产生,从而影响血管舒张和血压 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证相对有限,且未探讨HEG1信号通路在其他心血管疾病中的潜在作用 | 阐明内皮HEG1在血压调节中的作用及其分子机制 | 内皮细胞、小鼠模型、人类动脉和血浆样本 | 心血管生物学 | 高血压 | 单细胞RNA测序、计算流体动力学分析、蛋白质组学、转录组学、泛素化分析 | 内皮特异性Heg1敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、血流动力学数据 | 多个独立队列的人类动脉和血浆样本,以及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7523 | 2026-04-09 |
Img2Gene: Debiased Spatially Resolved Transcriptomics with Biological Context from Pathology Images
2026-Apr-07, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2026.3681769
PMID:41945845
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研究论文 | 提出一个名为Img2Gene的去偏框架,用于从病理全切片图像中预测基因表达水平,通过整合生物学上下文信息来解决数据稀疏性和模态异质性问题 | 首次将因果分析整合到基因表达预测任务中,以缓解数据稀疏性并实现无偏预测;利用基因集富集分析识别高度相关的通路信息作为生物学上下文;引入跨模态一致性损失来对齐不同模态的数据 | 未明确说明模型在临床样本或更大规模数据集上的泛化能力,也未讨论计算资源需求 | 开发一个能够从病理图像中准确、无偏地预测空间分辨转录组基因表达水平的计算框架 | 空间转录组数据与病理全切片图像的整合分析 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习框架(具体架构未明确说明,但涉及因果分析和跨模态对齐) | 图像(病理全切片图像)与基因表达数据 | 四个公共数据集(具体样本数量未说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7524 | 2026-04-09 |
The roles of NF-κB-activated theca cell subtypes in subclinical premature ovarian insufficiency
2026-Apr-05, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaag032
PMID:41818683
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序,探索了早发性卵巢功能不全患者卵泡微环境中细胞和分子的改变,特别是炎症通路的作用 | 首次在早发性卵巢功能不全患者中,通过单细胞测序鉴定出NF-κB激活的卵泡膜/基质细胞亚型,并揭示了其可能通过影响颗粒细胞分化参与疾病早期发病机制 | 样本量有限(单细胞测序每组仅n=1),初步发现需要更大样本量的研究进一步验证 | 探究早发性卵巢功能不全的早期发病机制,特别是卵泡微环境中炎症通路的角色 | 早发性卵巢功能不全患者的卵泡微环境细胞(颗粒细胞、卵泡膜/基质细胞等) | 单细胞组学 | 卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 单细胞测序:每组1例(共2例);批量RNA测序:每组4例(共8例) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7525 | 2026-04-09 |
Single-cell transcriptomics reveals cytotrophoblast subtypes and senescence in recurrent spontaneous abortion
2026-Apr-05, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaag030
PMID:41849438
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了复发性自然流产中细胞滋养层细胞的亚型特征及细胞衰老现象 | 首次在复发性自然流产中鉴定出三种细胞滋养层细胞亚型,并发现CTB2和CTB3亚型存在显著的细胞衰老特征 | 研究样本量有限,且未深入探讨细胞衰老的具体分子机制 | 探究复发性自然流产的发病机制,特别是滋养层细胞的功能异常 | 对照和复发性自然流产患者的绒毛组织 | 数字病理学 | 复发性自然流产 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,但包括对照和RSA两组绒毛组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7526 | 2026-04-09 |
NRF2/SLC7A11 axis-mediated metabolic reprogramming drives Benzo[a]pyrene-induced malignant transformation: Evidence from lung organoid and 16HBE cell models
2026-Apr-03, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究利用肺类器官和BaP诱导的恶性转化细胞模型,揭示了NRF2/SLC7A11轴介导的氨基酸代谢重编程在苯并[a]芘诱导的细胞恶性转化中的关键作用 | 首次在肺类器官和细胞模型中系统阐明了NRF2通过直接结合SLC7A11启动子调控氨基酸代谢,从而驱动BaP诱导的恶性转化的分子机制 | 研究主要基于体外模型(类器官和细胞系),缺乏体内动物模型的验证,且临床相关性有待进一步探索 | 阐明苯并[a]芘诱导肺癌发生的分子机制 | 肺类器官和BaP诱导的恶性转化人支气管上皮细胞(16HBE-T) | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7527 | 2026-04-09 |
scGraphDap: Integrating Functional State Pseudo-Labels and Graph Structure Learning for Robust Cell Type Annotation in Tumor Microenvironments
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3607687
PMID:40928910
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGraphDap的图神经网络框架,通过整合功能状态伪标签和图结构学习,以改善肿瘤微环境中的细胞类型注释和细胞间通讯推断 | 利用通路活性评分作为伪标签优化细胞-细胞图,以捕捉超越几何相似性的功能邻近性,并引入图域适应模块对齐不同患者间的细胞嵌入,增强跨个体泛化能力 | NA | 改善肿瘤微环境中基于非空间单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和细胞间通讯推断 | 肿瘤微环境中的细胞 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 来自15名患者的38,667个细胞,涵盖三种癌症 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7528 | 2026-04-09 |
AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3609408
PMID:40956752
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研究论文 | 本文提出了AutoGRN,一个用于基因调控网络推断的自动化图神经网络框架,通过遗传搜索算法优化GNN架构以适应单细胞RNA测序数据的特性 | AutoGRN通过将影响GRN推断性能的多种组件纳入搜索空间,并利用信息熵约束的遗传搜索算法,自动适应不同单细胞RNA测序数据集的特征,从而优化GNN架构,解决了固定架构难以泛化的问题 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个自动化框架以提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力 | 基因调控网络(GRN) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | 多个公共数据集(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7529 | 2026-04-09 |
scProca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771
PMID:41021958
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scProca的深度生成模型,用于整合和插补单细胞转录组学和蛋白质组学数据 | scProca通过交叉注意力机制整合细胞间关系,以处理异质性输入数据,并在高蛋白质稀疏性下保持鲁棒性,实现了最先进的整合和插补性能 | NA | 旨在通过整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据,更深入地理解复杂疾病的分子机制和细胞状态 | 单细胞转录组学和蛋白质组学数据 | 机器学习 | 复杂疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学和蛋白质组学共分析 | 深度生成模型(基于交叉注意力机制) | 单细胞转录组学和蛋白质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学和蛋白质组学共分析 | NA | NA |
| 7530 | 2026-04-09 |
TMEM158-mediated TGF-β signaling pathway modulates the sensitivity of TP53-deficient osteosarcoma to USP14 inhibitors
2026-Apr, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05487-0
PMID:41642468
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研究论文 | 本研究探讨了TMEM158介导的TGF-β信号通路在调节TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂敏感性中的作用 | 首次揭示了TMEM158作为关键调节因子,通过TGF-β信号通路介导TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂的敏感性,并发现其与USP14/UCHL5表达正相关且可作为独立预后标志物 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床转化需进一步验证;单细胞RNA测序数据的分析可能受样本量限制 | 阐明TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂敏感性的分子机制,探索TMEM158-TGF-β通路作为治疗靶点的潜力 | TP53缺陷型骨肉瘤细胞(原代肿瘤细胞、SAOS-2和U-2OS细胞系)、TP53缺陷型骨肉瘤小鼠模型、临床骨肉瘤数据库 | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 生物信息学分析(聚类分析、差异表达分析、功能富集分析)、qPCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 多个细胞系、动物模型及临床数据库数据(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7531 | 2026-04-09 |
Unraveling the role of cuproptosis in pulmonary fibrosis pathogenesis and prognosis: an integrative single-cell transcriptomics and microarray analysis
2026-Apr, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05510-4
PMID:41824199
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和微阵列分析,揭示了铜死亡在肺纤维化发病机制和预后中的作用,并建立了一个基于4个铜死亡相关基因的预后模型 | 首次将铜死亡与肺纤维化联系起来,并通过整合单细胞和批量RNA-seq数据构建了一个新的预后基因特征 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要在更大队列的临床样本中进行验证 | 阐明铜死亡在肺纤维化中的生物学功能并建立预后模型 | 博来霉素诱导的小鼠模型、特发性肺纤维化患者样本以及TGF-β1刺激的成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, qRT-PCR, 免疫组织化学分析 | LASSO回归, Cox回归 | 转录组数据 | GSE70866队列中的特发性肺纤维化患者数据以及博来霉素诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7532 | 2026-04-09 |
Enhancing Deep Learning Inference of Gene Regulatory Networks via Construction of Image Representation of Cell-Cell Interactions From scRNA-Seq Data
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3617167
PMID:41052197
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研究论文 | 本文提出了一种基于scRNA-seq数据构建细胞间相互作用图像表示(CelloGraph)并结合CNN进行基因调控网络推断的高精度计算方法 | 首次引入空间语义图像表示CelloGraph来描绘基因在细胞间的表达模式,并通过最大化细胞间相互作用的系统熵来确定细胞在空间网格中的位置,结合定制CNN进行模式识别 | 未明确说明方法在处理大规模数据集时的计算效率具体表现,以及在不同生物体系中的泛化能力验证 | 提高基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断的准确性和计算效率 | 基因调控网络(GRNs) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 卷积神经网络(CNN) | 图像表示(基于scRNA-seq数据构建) | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7533 | 2026-04-09 |
Nuclear prostaglandin E synthase 3 promotes hepatocellular carcinoma growth with immunosuppressive macrophage polarization via the SP1/TGF-β axis
2026-Mar-25, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-026-00431-6
PMID:41880053
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研究论文 | 本文揭示了核内前列腺素E合成酶3(PTGES3)通过SP1/TGF-β轴促进肝细胞癌生长并诱导免疫抑制性巨噬细胞极化的新机制 | 发现了PTGES3的非经典核功能,作为连接肿瘤内在生长与外在免疫重塑的双功能调节因子,并阐明了其通过SP1介导的TGF-β分泌驱动肿瘤增殖和免疫抑制微环境形成的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;机制研究虽深入,但潜在的其他信号通路或细胞类型相互作用可能未完全揭示 | 探究PTGES3在肝细胞癌进展和免疫微环境重塑中的作用及其分子机制 | 肝细胞癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、免疫活性小鼠模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、电泳迁移率变动分析、CUT&Tag技术、组织学分析 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 免疫活性小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7534 | 2026-04-09 |
Equine endometrial organoids preserve tissue structure and cycle-stage transcriptional identity†
2026-Mar-16, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf232
PMID:41074771
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研究论文 | 本研究评估了马子宫内膜类器官在生殖周期阶段和长期培养中的结构和分子保真度 | 首次详细表征了马子宫内膜类器官在生殖周期阶段的转录身份和组织结构保留情况 | 类器官中某些细胞类型(如纤毛细胞、内皮细胞)代表性不足,且周期特异性特征随培养时间延长而减弱 | 研究马子宫内膜类器官作为研究平台的适用性 | 马子宫内膜组织和类器官 | 数字病理学 | NA | 组织学、免疫组织化学、电子显微镜、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本(基因表达数据) | 从发情期和黄体期收集的活检样本生成的类器官 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 7535 | 2026-04-09 |
Somatic gene mutations in the motor cortex of patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis
2026-Mar-05, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf460
PMID:41378777
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研究论文 | 本研究利用尸检组织DNA和单细胞RNA测序数据,探索了散发性肌萎缩侧索硬化症(sALS)患者运动皮层中体细胞嵌合变异的存在及其在疾病发展中的作用 | 首次在sALS患者运动皮层中发现低等位基因频率体细胞变异的富集,并鉴定出导致FUS蛋白核质错误定位和聚集的体细胞突变p.E516X,同时通过单细胞RNA测序揭示了体细胞变异在兴奋性神经元中的特异性积累 | 研究基于尸检组织,可能无法完全反映疾病早期阶段的体细胞突变情况;样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究体细胞突变在散发性肌萎缩侧索硬化症(sALS)发病机制中的作用 | 散发性肌萎缩侧索硬化症(sALS)患者的尸检运动皮层组织 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 深度靶向panel测序, 单细胞RNA测序 | NA | DNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7536 | 2026-04-09 |
Class A scavenger receptors promote tumor progression and induce a unique macrophage phenotype in a mouse model of spontaneous breast cancer
2026-Mar-03, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiag026
PMID:41749430
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研究论文 | 本研究探讨了A类清道夫受体(SR-A)在自发性乳腺癌小鼠模型中促进肿瘤进展并诱导独特巨噬细胞表型的作用 | 首次在自发性乳腺癌模型中证实SR-A(而非FAP)缺失可显著延迟肿瘤发生并减少肺转移,并发现SR-A与乳腺癌细胞表面聚糖结合,通过单细胞RNA测序鉴定出具有高精氨酸酶1基因表达的SR-A依赖性肿瘤相关巨噬细胞亚群 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;SR-A特异性配体在肿瘤微环境中的完整作用机制尚未完全阐明 | 评估成纤维细胞激活蛋白酶(FAP)和SR-A在乳腺癌进展中的作用机制 | 自发性乳腺癌小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和乳腺癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,通路分析 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 自发性乳腺癌小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7537 | 2026-04-09 |
CanSig Benchmarks Methods for Reproducible Cancer Cell State Discovery from Single-Cell Transcriptomic Data
2026-Feb-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0940
PMID:41231245
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研究论文 | 开发了CanSig基准测试工具,用于评估从单细胞转录组数据中识别癌症细胞状态的方法 | CanSig整合了批次校正、生物信号保留和转录特征相关性指标,为方法评估提供标准化框架 | 仅评估了13种方法在5种癌症类型的数据上,可能未覆盖所有现有方法或癌症类型 | 提高单细胞RNA测序数据分析中癌症细胞状态发现的再现性和临床相关性 | 人类癌症单细胞转录组数据,包括胶质母细胞瘤、乳腺癌、肺腺癌、横纹肌肉瘤和皮肤鳞状细胞癌 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 185名患者和174,000个恶性细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7538 | 2026-04-09 |
Inactivation of Hes1 in Skeletal Undifferentiated Cells Increases Bone Volume
2026-Feb-04, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqag015
PMID:41685823
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研究论文 | 本研究探讨了在瘦素受体阳性细胞中失活Hes1基因对骨骼体积的影响 | 首次在LepR+细胞中特异性失活Hes1基因,揭示了其通过抑制RANKL表达减少骨吸收从而增加骨量的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,未涉及人类样本;骨量增加仅限于股骨小梁骨,未影响椎骨和皮质骨;性别差异仅在成骨细胞数量方面观察到 | 探究Notch信号通路靶基因Hes1在LepR+细胞中对骨骼稳态的调控作用 | LepR-Cre;Hes1Δ/Δ基因工程小鼠及其对照小鼠 | 骨骼生物学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序,骨组织形态计量学,细胞培养 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织形态学数据 | 5月龄雄性和雌性LepR-Cre;Hes1Δ/Δ小鼠及对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7539 | 2026-04-09 |
Innovative approaches targeting innate immune cells to promote organ transplant tolerance
2026, Frontiers in transplantation
DOI:10.3389/frtra.2026.1776806
PMID:41737588
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综述 | 本文综述了通过靶向先天免疫细胞以促进器官移植耐受的创新策略 | 提出利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示的先天免疫细胞异质性,开发选择性调节先天免疫反应而不损害整体免疫力的精准疗法,包括靶向髓系抑制检查点、调节代谢重编程、使用CRISPR/Cas9基因编辑以及过继转移调节性细胞 | NA | 探讨在最小化全身免疫抑制的同时实现长期同种异体移植物存活的策略 | 先天免疫细胞(包括中性粒细胞、单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞、髓源性抑制细胞、先天淋巴样细胞、自然杀伤细胞和γδ T细胞) | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 7540 | 2026-04-07 |
The immune-metabolism interactome in efferocytosis: a new paradigm for the central nervous system diseases revealed by single-cell sequencing analysis
2026-May, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70031
PMID:41693397
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综述 | 本文综述了胞葬作用在维持中枢神经系统稳态中的基本过程、免疫-代谢交互作用及其调控,并基于单细胞测序分析探讨了其在多种中枢神经系统疾病中的关键作用 | 提出了免疫-代谢相互作用组在胞葬作用中的新范式,并利用单细胞测序分析揭示了小胶质细胞在胞葬过程中的异质性 | NA | 总结胞葬作用在中枢神经系统发育、衰老及疾病中的作用,并探讨其潜在治疗策略 | 小胶质细胞、中枢神经系统疾病(如脑缺血、脑出血、创伤性脑损伤、重度抑郁症、多形性胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、帕金森病等) | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |