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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7081 | 2026-04-28 |
TriPDCL: A Tri-Pathway Prototype-Driven Contrastive Learning Framework for Cross-Modality Single-Cell Integration
2026-Apr-27, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.6c00436
PMID:41952315
|
研究论文 | 提出TriPDCL框架,一种基于原型的三路径对比学习方法,用于跨模态单细胞数据集成 | 通过迭代原型学习更新机制实现异质性信息的有效传递,并利用可学习的原型中心精确构建可靠的正负样本对 | 未在摘要中明确说明 | 解决多组学分析中跨模态异质性对齐和鲁棒学习两个主要挑战 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 对比学习(原型驱动) | 单细胞多组学数据 | 五个数据集 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 7082 | 2026-04-28 |
Molecular Traces of Microbial Cross-Kingdom Migration: From the Gut Ecosystem to the Intervertebral Disc Microenvironment
2026-Apr-24, The spine journal : official journal of the North American Spine Society
DOI:10.1016/j.spinee.2026.04.027
PMID:42035921
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研究论文 | 该研究通过多组学方法发现肠道微生物Phocaeicola vulgatus可能通过LPS-TLR4-MYD88信号轴激活软骨细胞炎症反应并重塑细胞间通讯网络,从而促进椎间盘退变 | 首次利用多组学联合分析揭示肠道微生物与椎间盘退变之间的跨界迁移分子机制,并发现Phocaeicola vulgatus通过LPS信号通路介导的微生物-宿主互作新机制 | 未提及具体的局限性信息 | 利用多组学方法鉴定肠道微生物中促进椎间盘退变的关键菌群,并阐明其通过调控宿主细胞功能参与椎间盘退变的具体分子机制 | 113例接受手术治疗的症状性腰椎退变患者的退变椎间盘组织和配对粪便样本 | 机器学习 | 椎间盘退变 | 宏基因组二代测序、单细胞RNA测序、批量RNA测序、AUCell评分、CellChat算法 | NA | 测序数据 | 113例患者的退变椎间盘组织和配对粪便样本 | NA | 宏基因组二代测序、单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 7083 | 2026-04-28 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals intra-tumoral heterogeneity and immunotherapy strategies in high-grade serous ovarian cancer
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115266
PMID:41907410
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示高级别浆液性卵巢癌的肿瘤内异质性和免疫治疗策略 | 首次系统描绘了HGSOC中七种主要细胞类型的变化,特别是发现高表达MHC Ⅰ类分子的上皮细胞与抗原呈递和肿瘤免疫监视的关联,并验证了其与CD8 T细胞激活的关系,为免疫治疗提供新靶点 | 未明确提及,但可能包括样本量有限、主要基于转录组分析缺乏功能验证、多重免疫组化验证的队列规模可能较小 | 解析高级别浆液性卵巢癌的肿瘤内异质性和免疫治疗潜在机制 | 高级别浆液性卵巢癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7084 | 2026-04-28 |
Integrated multi-omics identifies macrophage ARG1-mediated deacetylation with causal and diagnostic implications in ischemic stroke
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115269
PMID:41907424
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研究论文 | 通过整合多组学数据,发现巨噬细胞ARG1介导的去乙酰化在缺血性卒中中具有因果和诊断意义 | 整合多组学数据识别出ARG1作为缺血性卒中的因果因子,并基于去乙酰化相关基因将患者分为两个免疫分子亚型 | 研究主要基于小鼠模型和队列数据,ARG1在人类缺血性卒中的功能机制仍需进一步验证 | 探究去乙酰化相关基因在缺血性卒中中的因果和诊断作用 | 缺血性卒中患者和MCAO小鼠模型 | 机器学习 | 缺血性卒中 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 孟德尔随机化分析 | NA | 多组学数据(转录组、单细胞转录组等) | 患者队列和小鼠模型的样本数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7085 | 2026-04-28 |
AK5 suppresses breast cancer progression and modulates anti-PD-L1 efficacy via the miR-182-5p/PD-L1 axis
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115260
PMID:41907408
|
研究论文 | 本文揭示了腺苷酸激酶5(AK5)通过miR-182-5p/PD-L1轴抑制乳腺癌进展并调节抗PD-L1疗效 | 首次发现AK5通过其激酶活性依赖方式抑制miR-182-5p成熟,从而上调PD-L1表达,并在乳腺癌中发挥抑癌作用 | 未提及具体局限性 | 探究AK5在乳腺癌中的作用及其分子机制 | 乳腺癌细胞及小鼠模型 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组 |
| 7086 | 2026-04-28 |
SC-MO-GRN-DB: A comprehensive repository for single-cell multiomic gene regulatory networks
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115323
PMID:41907425
|
研究论文 | 开发了一个包含实验验证基因调控网络和单细胞多组学数据集的综合数据库SC-MO-GRN-DB | 首次整合了单细胞多组学数据与实验验证的基因调控网络,涵盖六种分子模式,为GRN推断方法提供标准化基准 | 未具体说明局限性 | 构建用于开发和验证单细胞多组学基因调控网络推断方法的公共资源库 | 人类和小鼠组织的单细胞多组学数据集及实验验证的基因调控网络 | 机器学习 | NA | scRNA-seq、scATAC-seq、scChIP-seq、scDNA-Met、scHi-C、scCRISPR-seq | NA | 序列数据、表观遗传数据、基因扰动筛选数据 | 超过200万个细胞,来自人类和小鼠组织的六种分子模式数据 | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、单细胞ChIP-seq、单细胞DNA甲基化、单细胞Hi-C、单细胞CRISPR-seq | NA | NA |
| 7087 | 2026-04-28 |
KRT15 identified by scRNA-Seq and machine learning as stemness regulator and prognostic biomarker in ESCC
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115020
PMID:41907411
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习鉴定KRT15作为食管鳞状细胞癌干性调控因子和预后生物标志物 | 首次结合单细胞测序和机器学习算法筛选出干细胞样亚群特异性标志物KRT15,并通过功能实验验证其在食管鳞状细胞癌中的干性和侵袭性调控作用 | 未提及具体局限性,但可能包括需要更多临床样本验证、机制研究不深入或缺乏体内实验验证 | 识别食管鳞状细胞癌中与干性相关的关键分子并评估其预后价值 | 食管鳞状细胞癌细胞中的肿瘤干细胞样亚群 | 机器学习, 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法(具体模型未指定) | 单细胞测序数据 | 未明确说明样本数量 | 未指定 | 单细胞RNA测序 | 未指定 | 未指定 |
| 7088 | 2026-04-28 |
Single-cell transcriptomic analyses reveal angiogenic vascular responses to chronic cerebral hypoperfusion
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115331
PMID:41907427
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示慢性脑低灌注引起的血管新生反应 | 首次在慢性脑低灌注模型中鉴定出尖端内皮细胞亚型,并阐明Apln/Aplnr信号通路在血管新生中的作用 | 仅在小鼠模型中进行验证,缺乏人类样本的数据支持 | 阐明慢性脑低灌注后血管损伤与修复的细胞和分子机制 | 接受不对称颈总动脉狭窄诱导的慢性脑低灌注的小鼠脑组织 | 单细胞转录组学 | 血管性认知障碍与痴呆 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠脑组织样本(具体数量未提及) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7089 | 2026-04-28 |
Universal Nanovial Screening Enables Functional Discovery of Metabolite-Reactive T-Cell Receptors for Cancer Therapy
2026-Apr-16, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c22721
PMID:41990155
|
研究论文 | 开发基于纳米小瓶的功能筛选平台,用于从人类血液中非常规T细胞高通量发现代谢物反应性T细胞受体 | 首次实现基于纳米技术的“功能优先”筛选策略,结合纳米小瓶、MR1或CD1d分子标记、细胞因子捕获抗体和分泌编码单细胞测序,高通量发现非常规T细胞的TCR及其功能关联 | NA | 开发高通量功能筛选平台,发现非常规T细胞的TCR用于癌症治疗 | 人类血液中非常规T细胞(包括黏膜相关恒定T细胞MAIT和恒定自然杀伤T细胞iNKT) | 单细胞测序 | 癌症 | 单细胞测序,纳米小瓶筛选 | NA | 单细胞测序数据 | 人类血液样本中分离的稀有MAIT和iNKT细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 功能筛选 | 纳米小瓶 | 基于纳米小瓶的MR1/CD1d分子和细胞因子捕获抗体标记平台,结合分泌编码单细胞测序 |
| 7090 | 2026-04-28 |
Reconstructing biologically coherent cellular profiles from imaging-based spatial transcriptomics
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.08.710395
PMID:41959255
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研究论文 | 提出了TRACER方法,通过基因一致性和空间共定位优化成像空间转录组学中的细胞表示,无需外部注释或参考图谱 | 利用数据直接观察到的基因-基因一致性和转录本空间共定位来精炼细胞表示,无需外部标注或参考图谱 | 未明确提及局限性 | 解决成像空间转录组学中细胞分割导致的混合细胞图谱和未检测细胞核缺失问题 | 成像空间转录组学数据中的细胞图谱 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组学 | NA | 图像、空间转录组数据 | 跨多种平台、组织和分割方法的样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7091 | 2026-04-28 |
Multi-omics analyses of the Alviniconcha holobiont reveal multi-faceted adaptations to deep-sea hydrothermal vents
2026-04, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3148-0
PMID:41692943
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了深海热液喷口Alviniconcha蜗牛全生物体多方面适应机制 | 首次提供了两种Alviniconcha蜗牛的染色体水平基因组,并整合空间转录组学揭示了鳃丝功能分区 | 未提及 | 研究深海热液喷口中Alviniconcha全生物体的分子和生理适应机制 | Alviniconcha adamantis和Alviniconcha marisindica两种蜗牛及其共生菌 | 基因组学、空间转录组学 | NA | 染色体级别基因组组装、空间转录组学 | NA | 基因组序列、空间转录组数据 | 两种Alviniconcha蜗牛物种 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7092 | 2026-04-28 |
Single-Cell Profiling Reveals Distinct Immune Communication Networks in Centenarians and Elderly Controls
2026-Apr, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70486
PMID:41979395
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析,揭示了百岁老人及其后代与老年对照者之间不同的免疫细胞通讯网络,鉴定出与健康衰老相关的免疫重塑模式 | 首次在单细胞水平上系统比较百岁老人、其后代和老年对照者的免疫细胞间通讯网络,发现健康衰老个体中由IL-15和IL-18等正调控因子介导的配体-受体相互作用增强,与效应免疫细胞毒性和免疫监视能力提高一致 | 仅分析外周血单个核细胞的免疫通讯,未涉及其他组织或器官;跨种族或跨队列的验证有限 | 探究免疫细胞间通讯在健康衰老和极端长寿中的变化及其机制 | 百岁老人、其子女以及老年对照者的外周血单个核细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | 包含百岁老人、其子女和老年对照者共多个样本的PBMC单细胞转录组数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 7093 | 2026-04-28 |
The Human Male Mammary Gland has Similar Epithelial Populations to Female but Distinct Composition and Transcriptional Properties
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.27.714915
PMID:41959192
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研究论文 | 论文通过单细胞RNA测序描绘了正常成人男性乳腺的细胞图谱,发现其与女性乳腺具有相同的上皮细胞类型,但组成和转录特性不同 | 首次以单细胞分辨率描述正常男性乳腺的细胞和转录特征,揭示了男性乳腺中管腔成熟细胞比例增加、基底细胞和管腔祖细胞减少的特异性组成,以及区别于女性的基因表达、RNA加工、炎症信号和雌激素受体通路活性差异 | 未提及具体局限性 | 填补正常男性乳腺单细胞层面表征的空白,为男性乳腺癌的细胞基础提供参考 | 正常成人乳腺组织样本(来自3名男性和14名女性捐赠者) | 数字病理学, 机器学习 | 男性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17名捐赠者(3名男性、14名女性),共174471个细胞(含18117个男性来源细胞) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 7094 | 2026-04-28 |
Resolving tooth development at single-cell resolution: advancing dental regeneration
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1785805
PMID:41909121
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综述 | 该文章综述了单细胞转录组学在小鼠和人类牙齿发育中的应用,为牙齿再生提供了理论和策略基础 | 通过单细胞分辨率解析牙齿发育过程,揭示了细胞异质性、谱系轨迹和分子信号网络,为牙科再生提供了新见解 | 未明确提及具体局限性 | 总结单细胞转录组学在牙齿发育研究中的进展,并探讨其在牙齿再生中的应用 | 小鼠和人类牙齿发育的细胞和分子机制 | 数字病理学 | 牙科疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7095 | 2026-04-28 |
Integrative pan-cancer analysis of dipeptidyl peptidase 4 with clinical and in vitro validation in prostate cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1616889
PMID:41909664
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研究论文 | 对二肽基肽酶4在泛癌中的综合生物信息学分析,并在前列腺癌中进行临床和体外验证 | 首次对DPP4进行泛癌水平的综合分析,结合转录组、基因组、免疫基因组及单细胞测序等多维度数据,并利用药物处理实验验证其在前列腺癌中的表达变化 | 未明确提及局限性,但样本量有限(仅97例前列腺癌患者),且仅使用两种前列腺癌细胞系进行体外验证 | 探究二肽基肽酶4在泛癌中的表达模式、免疫调节功能及预后价值,重点验证其在前列腺癌中的作用 | 多种癌症类型的肿瘤组织及前列腺癌患者队列(n=97)的临床样本,以及22Rv1和C4-2前列腺癌细胞系 | 机器学习, 生物信息学 | 前列腺癌, 肺癌, ……(泛癌分析涵盖多种癌症) | qPCR, 免疫组化, 单细胞测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 转录组数据, 基因组数据, 单细胞数据, 图像(免疫组化) | 97例前列腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 7096 | 2026-04-28 |
Amplification cycles through innate lymphoid cells at the onset of lupus nephritis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1756560
PMID:41909692
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研究论文 | 基于狼疮易感小鼠的单细胞转录组数据,构建数学模型描述狼疮肾炎中先天免疫细胞的早期动态,揭示先天性淋巴细胞在炎症放大中的作用 | 提出可扩展的数学框架分析免疫细胞相互作用动态,将先天性淋巴细胞作为自身抗体存在下炎症过程的放大器,并通过模型分析揭示正反馈回路、自发炎症事件及环境刺激的影响 | 未提及具体局限性 | 理解狼疮肾炎发病早期的细胞和分子机制,建立定量模型评估疾病严重程度并预测生物治疗反应 | 狼疮易感NZB/W F1小鼠的先天免疫细胞(包括组织相关先天性淋巴细胞和血管相关自然杀伤细胞) | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序 | 细胞间相互作用数学模型 | 单细胞转录组数据 | 狼疮易感NZB/W F1小鼠(具体样本量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7097 | 2026-04-28 |
Organoid-microglia system for modeling the immune microenvironment of the brain and retina
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1747589
PMID:41909700
|
综述 | 本文总结了将小胶质细胞整合到神经类器官中的策略,并探讨了其在模拟脑和视网膜免疫微环境中的应用 | 系统总结了共分化和移植等将小胶质细胞整合入神经类器官的方法,并介绍了芯片上器官、空间转录组学和多组学等新兴技术如何增强模型生理相关性 | 未明确指出具体限制,但作为综述,可能缺乏原始实验数据验证 | 探讨用于研究神经免疫相互作用的类器官-小胶质细胞模型的建立和应用 | 脑和视网膜类器官以及小胶质细胞 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍、阿尔茨海默病 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7098 | 2026-04-28 |
Venous endothelial remodeling mediated by MARCKS promotes angiogenesis and tumor progression in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1734982
PMID:41909714
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示MARCKS介导的静脉内皮重塑促进肝细胞癌的血管生成和肿瘤进展 | 首次鉴定静脉内皮细胞为肝细胞癌肿瘤血管生成的关键启动子,并基于静脉内皮细胞富集基因构建预后风险模型(VERS),发现MARCKS是潜在治疗靶点 | NA | 理解肝细胞癌内皮细胞异质性,识别肿瘤血管生成的关键调控因子,以改进抗血管生成治疗策略 | 肝细胞癌微环境中的内皮细胞 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7099 | 2026-04-27 |
Integrator subunit IntS11 orchestrates the temporal dynamics of neural lineage progression in Drosophila
2026-Apr-25, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01578-z
PMID:42035222
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研究文章 | 利用果蝇模型揭示Integrator亚基IntS11通过转录调控细胞周期基因和维持长3'UTR异构体来协调神经谱系进展的时间动态 | 首次发现IntS11作为神经谱系进展的阶段特异性调控因子,通过转录控制细胞周期基因维持神经母细胞增殖,并通过维持长3'UTR异构体稳定分化程序 | 未提及具体局限性,可能包括需要进一步在哺乳动物模型中验证 | 探究IntS11在神经谱系进展中的具体调控功能 | 果蝇神经母细胞及其后代细胞 | 数字病理学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序,ChIP-qPCR,FUCCI分析,活体成像,MARCM | NA | 基因表达数据 | 果蝇幼虫脑样本,具体数量未在摘要中给出 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7100 | 2026-04-27 |
Intragraft clonal expansion of cytotoxic CD8+ and CD4+ T cells in antibody-mediated kidney transplant rejection
2026-Apr-23, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2026.03.012
PMID:42034201
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了抗体介导的肾移植排斥反应中细胞毒性CD8+和CD4+ T细胞的克隆扩增现象 | 首次在抗体介导的排斥反应中系统证实CD4+和CD8+细胞毒性T细胞的克隆扩增,挑战了传统AMR与TCMR的二元分类框架 | 样本量有限(仅16例单细胞测序),且未涉及功能验证实验 | 探索抗体介导的肾移植排斥反应中T细胞的克隆性和空间组织特征 | 肾移植活检组织中的CD4+和CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | RNA-seq, 单细胞RNA/TCR测序, 多重免疫染色 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据, 空间蛋白组数据 | 192例批量转录组、16例单细胞RNA/TCR测序、18例和75例多重免疫染色 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |