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当前共找到 7432 篇文献，本页显示第 7001 - 7020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7001 | 2026-01-19 |
Spatial GWAS Atlas: a knowledgebase for decoding the genetic architecture of complex traits in spatial resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1103
PMID:41243976
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研究论文 | 本文介绍了Spatial GWAS Atlas，这是一个通过整合GWAS汇总统计数据和空间转录组数据，在单细胞分辨率下解析复杂性状遗传结构的首个综合性知识库 | 首次系统性地将GWAS汇总统计数据与空间转录组数据整合，构建了首个能够定位组织空间架构中遗传效应的综合性资源 | NA | 解码复杂性状在空间分辨率下的遗传结构 | 3854个经过整理的GWAS数据集（涵盖多种性状）和635个空间转录组数据集（涵盖多个物种、组织和平台） | 生物信息学 | 复杂性状与疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间坐标数据、GWAS汇总统计数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7002 | 2026-01-19 |
scGeneBank: cross-species screening of functional gene sets at single-cell resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1137
PMID:41251182
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研究论文 | 介绍了一个名为scGeneBank的数据库和分析门户，用于在单细胞分辨率下进行基因集驱动的探索和跨物种比较 | 整合了来自136个物种、104.9百万个细胞的1134个单细胞转录组数据集，并提供了八个交互式分析模块，支持跨物种、器官和细胞类型的基因集活性比较 | NA | 为单细胞转录组数据的基因集分析和跨物种比较提供一个统一的框架 | 单细胞转录组数据、基因集、细胞类型、器官和物种 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 1134个数据集，总计104.9百万个细胞，来自136个物种，覆盖430个器官和1070个解剖区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7003 | 2026-01-19 |
NONCODE v7.0: updated lncRNA resource integrating scRNA-seq data encompassing immune baseline, development, and disease
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1132
PMID:41261731
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研究论文 | 本文介绍了NONCODE v7.0数据库的更新，通过整合scRNA-seq数据，系统分析了lncRNA的表达，涵盖免疫基线、发育和疾病等多个方面 | 首次将大规模scRNA-seq数据整合到lncRNA数据库中，提供单细胞定制的功能模块，包括数据查询、交互可视化和比较分析，以识别细胞类型特异性差异表达的lncRNA | 数据库主要基于现有scRNA-seq数据集，可能未覆盖所有组织或疾病类型，且功能模块的深度分析可能受数据质量和注释限制 | 构建一个整合scRNA-seq数据的lncRNA资源数据库，以促进lncRNA在免疫、发育和疾病中的功能研究 | 人类长非编码RNA（lncRNA）及其在单细胞水平上的表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 2061个人类scRNA-seq样本，来自229个数据集，涵盖1400万高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7004 | 2026-01-19 |
PBMCpedia: a harmonized PBMC scRNA-seq database with unified mapping and enhanced celltype annotation
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1245
PMID:41277528
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研究论文 | PBMCpedia是一个统一的PBMC单细胞RNA测序数据库，通过标准化流程处理了来自24项研究的519个样本，提供增强的细胞类型注释和跨疾病比较功能 | 首次创建了一个透明、统一且疾病多样化的PBMC单细胞RNA测序资源库，整合了跨研究的转录组和蛋白质组数据，支持元数据感知的跨疾病、细胞类型、性别和年龄组比较 | 数据库主要基于公开可用数据，可能受原始研究的设计和质量限制，且样本覆盖的疾病类型和人口统计学特征可能不完全均衡 | 解决PBMC单细胞转录组研究中跨数据集整合的困难，为免疫状态分析提供一个标准化的资源平台 | 外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病、感染性疾病、神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、T细胞受体/B细胞受体库数据、表面蛋白测量数据 | 519个样本（超过430万个细胞），来自24项公开研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7005 | 2026-01-19 |
iFish: a comprehensive multi-omics database for fish genetics, transcriptional regulation, and epigenetic research
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1026
PMID:41091889
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研究论文 | 本文介绍了iFish，一个全面整合鱼类多组学数据的数据库，涵盖基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据 | 首次构建了一个涵盖88种鱼类、整合多组学数据的综合数据库，包括大规模变异识别、转录调控网络构建和跨物种保守性分析 | NA | 为鱼类遗传学、转录调控和表观遗传学研究提供全面的数据资源和工具平台 | 88种鱼类 | 生物信息学 | NA | 全基因组测序、RNA-seq、单细胞RNA-seq、miRNA-seq、表观遗传学测序、蛋白质组学 | NA | 基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组数据 | 涵盖884个全基因组测序数据集、9797个批量RNA-seq数据集、293个单细胞RNA-seq数据集、840个miRNA-seq数据集、1563个表观遗传学测序数据集和50个蛋白质组学项目 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7006 | 2026-01-19 |
LnCeVar 2.0: an updated resource and web tools for genomic variations disrupting ceRNA networks from single-cell/spatial transcriptomics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1009
PMID:41099605
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研究论文 | 本文介绍了LnCeVar 2.0，一个更新的数据库和网络工具，用于研究通过单细胞和空间转录组学数据破坏ceRNA网络的基因组变异 | 更新了数据库，增加了更多实验支持的癌症生物标志物、ceRNA相互作用和SNV-ceRNA事件，整合了单细胞RNA测序和空间转录组学数据集，并提供了新的推断工具来分析SNV对细胞类型、状态和功能的影响 | NA | 促进高分辨率研究SNV-ceRNA网络，并增进对复杂疾病生态系统中调控机制的理解 | 基因组变异、ceRNA网络、单细胞和空间转录组学数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、空间转录组学RNA测序 | NA | 基因组变异数据、转录组学数据 | 覆盖102种疾病、临床治疗和正常组织的812个单细胞RNA测序/空间转录组学RNA测序数据集，涉及2,673,603个细胞/斑点 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7007 | 2026-01-19 |
RNAPaceDB: a dedicated database to dissect RNA velocity across diverse cell types
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1045
PMID:41118514
|
研究论文 | 本文介绍了RNAPaceDB，一个专门用于解析不同细胞类型中RNA速度的数据库 | 整合了来自144个数据集的单细胞RNA测序数据，涵盖超过210万个细胞，并提供了基于六种计算模型生成的4380个速度流图，首次构建了一个专门用于探索跨细胞类型RNA速度模式的综合数据库 | 数据库依赖于现有公开数据集的质量和注释，且RNA速度计算模型的准确性可能影响结果的解读 | 构建一个综合数据库以解析RNA速度模式，促进对基因表达动态时间逻辑的理解 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | 多种疾病（涵盖41种疾病） | 单细胞RNA测序 | 六种计算模型（未指定具体名称） | 单细胞RNA测序数据 | 超过210万个细胞，来自144个数据集，涵盖81种细胞类型和41种疾病 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7008 | 2026-01-19 |
ViMIC 2.0: an updated database of human disease-related viral mutations, integration sites, and multi-omics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1106
PMID:41166154
|
研究论文 | 本文介绍了ViMIC 2.0数据库的更新内容，该数据库整合了与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点和多组学数据 | 相较于前一版本，ViMIC 2.0显著扩展了数据规模（病毒类型从8种增至28种，病毒突变条目从31,712增至64,168，相关疾病从77种增至177种，文献从2,539篇增至6,433篇），并新增了单细胞转录组测序（scRNA-seq）和基因组结合/占据谱等数据类型，同时增强了可视化分析功能 | NA | 为病毒学研究社区提供一个用户友好、更新及时且维护良好的资源数据库 | 与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点及多组学数据 | 生物信息学 | 病毒相关疾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）、基因组结合/占据谱分析、ChIP-seq、ChIP-on-chip、ATAC-seq、甲基化分析 | NA | 多组学数据、序列数据、表达谱数据、甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 甲基化分析, ChIP-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 7009 | 2026-01-19 |
CGRP/TSP1 Signaling Dampens Corneal Inflammation and Fibrosis by Targeting A2M During Corneal Stromal Wound Healing
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.1.10
PMID:41533912
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研究论文 | 本研究探讨了血小板反应蛋白-1（TSP1）在角膜基质伤口愈合中的具体作用及其机制，揭示了CGRP/TSP1/A2M信号轴在调节炎症和纤维化中的关键角色 | 首次通过单细胞测序和转录组分析，确定了TSP1通过调控A2M表达来抑制角膜炎症和纤维化，并发现CGRP信号可诱导TSP1和A2M，为角膜修复提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类患者数据仅作为验证，样本量有限，且未深入探讨CGRP/TSP1/A2M轴在其他类型角膜损伤中的普适性 | 研究TSP1在角膜基质伤口愈合中的作用及其分子机制 | 小鼠角膜基质损伤模型、人类端粒酶永生化角膜细胞、以及碱烧伤或真菌感染导致角膜瘢痕的患者样本 | 数字病理 | 角膜疾病 | 单细胞测序、bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 野生型和Thbs1缺陷型小鼠模型、人类细胞系及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7010 | 2026-01-05 |
Single-cell RNA sequencing unveils enhanced antitumor immunity in colorectal cancer with PD-1 blockade and LINC00673 deletion
2026-Jan-03, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00888-7
PMID:41484808
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7011 | 2026-01-19 |
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2026-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02614-y
PMID:40263451
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研究论文 | 本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白，在批量及单细胞转录组学数据中准确快速检测病毒序列的方法，能够检测超过10万种RNA病毒物种 | 该方法不依赖参考基因组，通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率，首次实现单细胞水平上病毒存在与宿主基因表达的并行分析 | 方法主要针对RNA病毒检测，可能不适用于DNA病毒；在单细胞水平预测病毒存在仍需进一步验证 | 开发一种新型病毒检测方法，用于病毒多样性监测和病毒-疾病相关性研究 | 恒河猴外周血单个核细胞中的病毒序列 | 生物信息学 | 埃博拉病毒病 | 高通量测序，单细胞转录组学 | NA | 转录组测序数据 | 来自患有埃博拉病毒病的恒河猴的外周血单个核细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7012 | 2026-01-19 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
|
研究论文 | 本研究利用小鼠精密肝切片（PCLS）这一三维组织培养系统，探究了白细胞介素-4（IL-4）在肝脏细胞重编程中的作用，并通过纵向单细胞转录组学和蛋白质水平验证，揭示了IL-4的促再生潜力 | 首次在保持肝脏复杂细胞相互作用的三维培养模型中，系统研究IL-4对肝脏细胞重编程的影响，并验证其在损伤肝脏组织中的促再生效果 | 研究基于小鼠模型，结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证；三维培养系统虽能模拟体内环境，但仍与完整器官存在差异 | 探究IL-4在肝脏再生中的具体作用机制及其治疗潜力 | 小鼠精密肝切片（PCLS），包括正常和硫代乙酰胺诱导的肝坏死/纤维化模型 | 单细胞转录组学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序，免疫组织化学染色，细胞内ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 8至10周龄C57BL/6小鼠的肝切片，培养5天，包括IL-4处理组和对照组 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 7013 | 2026-01-19 |
Activation and Spatial Redistribution of RNA Splicing Factors Trigger Hepatic Regeneration
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654
PMID:41033443
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研究论文 | 本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布变化 | 首次结合时空测序和单细胞RNA测序技术，系统阐明了剪接因子在肝脏再生启动中的空间重塑和分子机制，并识别出HNRNPU作为关键因子 | 研究主要基于小鼠模型和类器官，人类样本验证相对有限，且具体信号通路细节有待进一步探索 | 探究肝脏再生启动的精确空间和分子变化，以开发肝病潜在治疗靶点 | 再生肝脏、肝细胞类器官（Hep-Orgs）、基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序 | 肝病 | 时空测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及再生肝脏、类器官和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7014 | 2026-01-19 |
Molecular Landscape and Predictive Significance of Programmed Cell Death-Related Genes in Sepsis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/5280021
PMID:41542228
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研究论文 | 本研究通过转录组数据分析，揭示了程序性细胞死亡相关基因在脓毒症中的分子景观和预测意义，并构建了诊断模型 | 结合WGCNA和机器学习算法识别脓毒症相关的枢纽基因和预后相关特征基因，并在单细胞RNA-seq水平验证了特征基因，强调了S100A9和KLHL3等基因在中性粒细胞中的关联 | 研究基于公共数据库的转录组数据，可能受样本异质性和数据质量限制，且未进行实验验证 | 阐明脓毒症的转录组变化，特别是程序性细胞死亡的作用，并识别潜在的诊断生物标志物 | 脓毒症患者和对照样本的转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序，单细胞RNA-seq | 机器学习算法（八种） | 转录组数据 | 从GEO网站提取的脓毒症和对照样本数据，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7015 | 2026-01-19 |
Integrated Single Cell Spatial Analysis Reveals Dysregulated Basal Progenitor Cells in Ulcerative Colitis Pathogenesis: A Multi Omics Study
2026-Jan, Health science reports
IF:2.1Q3
DOI:10.1002/hsr2.71659
PMID:41542331
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间分析，揭示了溃疡性结肠炎发病机制中基底祖细胞的空间失调及其在疾病进展中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和机器学习，系统解析了UC中基底祖细胞的空间动态和功能基因矩阵，特别是FABP1主导的调控网络 | 研究样本量有限，且主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证和更深入的机制研究 | 探究溃疡性结肠炎中基底祖细胞的空间动态、功能角色及其在疾病进展中的作用 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照的肠道组织样本 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 空间表达数据 | UC和健康样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7016 | 2026-01-18 |
CD44-mediated copper accumulation drives Ly6Chi macrophages activation in ulcerative colitis
2026-Mar, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112315
PMID:41389969
|
研究论文 | 本研究揭示了在溃疡性结肠炎中，CD44介导的铜积累驱动Ly6Chi巨噬细胞活化的关键机制 | 首次阐明了CD44通过调控铜稳态（抑制铜输出蛋白ATP7A）导致铜积累，进而驱动Ly6Chi巨噬细胞活化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类患者组织中进行充分验证；具体的CD44-ATP7A调控分子通路细节有待进一步阐明 | 阐明溃疡性结肠炎炎症进展中Ly6Chi巨噬细胞活化的驱动机制 | Ly6Chi巨噬细胞、溃疡性结肠炎小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据 | 使用了公共单细胞RNA-seq数据集GSE264408，并涉及溃疡性结肠炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7017 | 2026-01-18 |
Aspartame promotes ovarian cancer progression: A multi-omics study integrating mendelian randomization, network toxicology, and in vitro validation
2026-Mar, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2025.115901
PMID:41391619
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研究论文 | 本研究采用多组学方法探究了人工甜味剂阿斯巴甜与卵巢癌之间的因果关系及其潜在机制 | 首次整合孟德尔随机化、网络毒理学、机器学习算法（LASSO、SVM、随机森林）以及体外实验验证，系统揭示了阿斯巴甜通过上调AURKA、CCND1和RAD51等关键基因表达促进卵巢癌进展的潜在机制 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型或大规模人群队列的直接验证，因果关系的确立仍需进一步研究 | 探究人工甜味剂阿斯巴甜与卵巢癌发生发展的因果关系及分子机制 | 卵巢癌（OC）、阿斯巴甜、核心靶基因（AURKA、CCND1、RAD51） | 生物信息学与计算生物学 | 卵巢癌 | 孟德尔随机化分析、网络毒理学、机器学习算法（LASSO、SVM、随机森林）、分子对接模拟、体外细胞实验 | LASSO、SVM、随机森林 | 基因组数据、转录组数据（bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq） | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7018 | 2026-01-18 |
JOSD2 alleviates hypertensive renal disease through deubiquitinating AKT in renal tubular epithelial cells
2026-Mar, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112330
PMID:41412561
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研究论文 | 本研究揭示了去泛素化酶JOSD2通过去泛素化AKT并促进其自噬降解，从而减轻高血压肾病中的肾小管上皮细胞损伤和纤维化 | 首次发现JOSD2是AKT的去泛素化酶，并阐明了JOSD2-AKT轴在高血压肾病中的保护作用机制 | 研究主要在动物模型中进行，尚未在人体样本或临床试验中验证 | 探索高血压肾病的新型治疗靶点 | 小鼠模型、肾小管上皮细胞 | NA | 高血压肾病 | 单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 野生型和Josd2敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7019 | 2026-01-18 |
Plasticizer mixture exposure-induced preeclampsia pathogenesis: Integrated single-cell and bulk transcriptomics, network toxicology, and molecular docking insights
2026-Mar, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2025.115912
PMID:41443393
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞与批量转录组学、网络毒理学和分子对接技术，揭示了增塑剂混合物暴露诱导子痫前期发病的机制 | 首次系统研究了ATBC、DEP、DMP和DOP四种增塑剂混合暴露对子痫前期的影响，并综合运用多种组学与计算生物学方法识别关键生物标志物和细胞亚群 | 研究主要基于生物信息学分析和体外验证，缺乏大规模人群流行病学证据和体内实验验证 | 阐明增塑剂混合物暴露导致子痫前期的生物学靶点和致病机制 | 子痫前期患者胎盘组织、绒毛细胞滋养层细胞 | 数字病理学 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, 免疫组化, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及PE患者和对照组胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7020 | 2026-01-18 |
Transcriptome Analysis Identifies Functional and Prognostic Hypoxia-Associated Genes in Multiple Myeloma
2026-Feb, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.70009
PMID:41013981
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研究论文 | 本研究通过转录组分析识别了多发性骨髓瘤中与缺氧相关的功能性和预后基因 | 首次在多发性骨髓瘤中系统识别并验证了缺氧相关基因，并揭示了其在骨髓微环境中的表达模式及与患者生存的关联 | 研究主要基于细胞系和公共数据集，需要进一步实验验证这些基因在临床样本中的具体功能机制 | 探究缺氧在多发性骨髓瘤进展中的作用机制，并识别相关的预后生物标志物 | 多发性骨髓瘤细胞系、MMRF CoMMpass项目中的患者数据、以及CD138+骨髓细胞样本 | 转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 转录组分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 3个多发性骨髓瘤细胞系、MMRF项目中的新诊断患者数据、以及自有样本的CD138+骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |