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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6881 | 2026-05-04 |
The Spatially Resolved Kidney Transcriptome Signatures in Rat Models of Trauma-Induced Acute Kidney Injury
2026-Apr-01, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0000001045
PMID:41396698
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研究论文 | 利用整体和空间转录组学在大鼠模型中定义了出血性休克、横纹肌溶解及其组合对肾脏的早期反应 | 首次在创伤诱导的急性肾损伤大鼠模型中应用商用小鼠空间转录组探针,实现了成本效益高且区域特异性的基因表达谱分析,并揭示了横纹肌溶解作为转录变化主要驱动因素及协同致死反应的分子机制 | 未提及 | 定义出血性休克和横纹肌溶解单独及组合对大鼠肾脏的早期转录反应机制 | 创伤诱导急性肾损伤的大鼠模型 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、整体转录组学 | NA | 文本、图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学、整体RNA测序 | 10x Visium, Illumina NovaSeq, MGI DNBSEQ | 商用小鼠空间转录组探针应用于大鼠肾组织、整体RNA测序 |
| 6882 | 2026-05-04 |
Molecular Characterization of the Effect of Glucagon-Like Peptide-1 Receptor Agonist Semaglutide in the Nephrotoxic Serum Nephritis Mouse Model
2026-Apr-01, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0000001067
PMID:41945470
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研究论文 | 探究胰高血糖素样肽-1受体激动剂Semaglutide在肾毒性血清肾炎小鼠模型中的作用机制 | 首次在非肥胖非糖尿病慢性肾病模型中揭示Semaglutide通过抗炎、抗纤维化及改善肾血流动力学独立于代谢效应的肾脏保护作用 | 仅在小鼠模型中进行研究,尚未在人类中验证;未涉及长期治疗效果评估 | 阐明Semaglutide在非肥胖非糖尿病慢性肾病模型中的肾脏保护机制 | 肾毒性血清肾炎小鼠模型 | 机器学习 | 慢性肾病 | 空间转录组测序、单细胞核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组学平台用于肾脏组织切片分析;10x Chromium单细胞核RNA测序用于肾细胞亚群分析 |
| 6883 | 2026-05-04 |
Cell type annotation for scATAC-seq via DNA large language model and graph domain adaptation
2026-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014226
PMID:42060707
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研究论文 | 提出scLLMDA框架,利用DNA大语言模型和图域自适应实现scATAC-seq细胞类型注释 | 首次结合DNA特异性语言模型和图神经网络进行域自适应,捕获峰值序列上下文嵌入与细胞邻域结构,解决了跨模态注释的模态不匹配和信号失真问题 | 文章未明确提到局限性,但可能依赖参考数据的质量与相似性,且大规模数据集的计算效率有待验证 | 开发更准确和鲁棒的scATAC-seq细胞类型注释方法 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | ATAC-seq | DNA大语言模型、图神经网络 | 序列数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 6884 | 2026-05-04 |
Cell confinement initiates a delayed but heritable loss of chromosomes
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117053
PMID:41811846
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研究论文 | 本研究通过染色体报告系统量化活细胞中在物理压缩后发生的染色体丢失现象,发现细胞压缩会触发延迟但可遗传的染色体丢失 | 首次使用染色体报告系统(ChReporters)在活细胞中定量测量物理压缩导致的染色体丢失,并揭示压缩后延迟出现的染色体错误分离机制 | 研究主要基于体外细胞实验,体内肿瘤微环境中更复杂的力学因素和多细胞相互作用未被充分模拟 | 探究细胞物理压缩如何引发可遗传的染色体丢失及其分子机制 | 活体哺乳动物细胞 | 计算机视觉 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 未明确说明样本数量,涉及多种细胞系和药物处理条件 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 6885 | 2026-05-04 |
scComm: a contrastive learning framework for deciphering cell-cell communications at single-cell resolution
2026-Mar-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04043-9
PMID:41877186
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研究论文 | 提出scComm框架,利用监督对比学习在单细胞分辨率下推断细胞间通讯,并在结直肠癌和肝癌研究中揭示新见解 | 首次将监督对比学习应用于单细胞分辨率的细胞间通讯推断,克服传统聚类方法忽视细胞内异质性的局限,并在多种癌症分析中展示优越性能 | 未提及计算资源需求或对大规模数据集的扩展性,也未讨论模型对噪声数据的鲁棒性 | 开发能高分辨率解析细胞间通讯的计算方法,以发现传统方法遗漏的生物学见解 | 单细胞RNA测序数据模拟样本,以及结直肠癌和肝癌患者的真实scRNA-seq数据 | 机器学习 | 结直肠癌, 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 对比学习网络 | 单细胞基因表达数据(模拟和真实数据) | 模拟数据集(具体数量未说明),以及结直肠癌和肝癌患者的scRNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6886 | 2026-05-04 |
Single-cell and spatial profiling reveal cDC2A-CXCL13+CD8+ T-epithelial cell crosstalk and cytotoxicity through TNFRSF9 in cutaneous and mucosal lichen planus
2026-Mar-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70506-z
PMID:41832141
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质组学分析揭示皮肤和黏膜扁平苔藓中cDC2A-CXCL13+CD8+ T细胞与上皮细胞通过TNFRSF9的相互作用和细胞毒性机制 | 首次整合单细胞转录组、空间转录组和蛋白质组学数据,系统揭示了cDC2A细胞在驱动CXCL13+CD8+ T细胞介导的上皮细胞毒性中的关键作用,并发现TNFRSF9通路是潜在治疗靶点 | 样本量有限(28例患者和18例对照),且仅分析了皮肤和黏膜两种亚型,未覆盖其他变体;功能性验证实验未在文中提及 | 解析皮肤和黏膜扁平苔藓的免疫微环境,阐明T细胞与上皮细胞相互作用的分子机制 | 皮肤和黏膜扁平苔藓患者的组织样本 | 数字病理学 | 扁平苔藓 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 28例患者和18例健康对照的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 6887 | 2026-05-04 |
stGrads: decoding spatial gene expression gradients through proximity-driven analysis in complex tissues
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag201
PMID:42061906
|
研究论文 | 提出stGrads计算框架,通过邻近驱动分析解码复杂组织中的空间基因表达梯度 | 首次将空间邻近建模与基于衰减的信号传播相结合,在基因表达和细胞组成水平上表征特定细胞类型诱导的空间梯度 | 未明确说明局限性 | 开发一种通用且高效的计算工具,用于表征复杂组织环境中的空间相互作用和功能响应 | 多种空间转录组数据集中的组织样本 | 计算机视觉、机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多个空间转录组数据集(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6888 | 2026-05-04 |
Nanoparticle-Mediated PPAR Modulation of Macrophage Polarization in Radiation Enteritis: A Narrative Review
2026, Drug design, development and therapy
DOI:10.2147/DDDT.S595650
PMID:41913737
|
综述 | 本文探讨了巨噬细胞极化与PPAR信号在放射性肠炎中的分子机制,综述了PPAR靶向治疗及纳米递送策略 | 系统整合了放射性肠炎中PPAR调节巨噬细胞极化的分子机制、纳米递送技术和多组学方法,提出了精准纳米药物的开发方向 | 作为叙述性综述,缺乏原始实验数据验证,未对纳入文献进行系统性偏倚评估 | 阐明放射性肠炎中PPAR信号调控巨噬细胞极化的机制,并综述靶向治疗与纳米递送策略 | 放射性肠炎中的巨噬细胞和PPAR信号通路 | 机器学习 | 放射性肠炎 | 单细胞转录组学、空间组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6889 | 2026-05-04 |
Gut-Brain Axis Dysregulation in Inflammatory Bowel Disease: Implications for Coagulation Abnormalities and Extraintestinal Manifestations
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S590621
PMID:41913906
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综述 | 探讨炎症性肠病中肠-脑轴失调对凝血异常及肠外表现的影响 | 提出通过整合多组学分析和人工智能辅助系统来管理IBD相关凝血功能障碍的新范式 | 缺乏严格随机对照试验的验证,肠-脑-肝轴对凝血的调控机制尚未阐明 | 阐明肠-脑轴在IBD相关凝血异常和肠外表现中的作用机制并探索新的管理策略 | 炎症性肠病(IBD)患者 | 机器学习 | 炎症性肠病 | 多组学分析,宏基因组学,代谢组学,单细胞转录组学 | NA | 宏基因组数据,代谢组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6890 | 2026-05-03 |
Plasma Proteomics Identifies Thousand-and-One-Amino Acid Kinase 3 as a Potential Biomarker of Rheumatoid Arthritis Activity and a Novel Therapeutic Target
2026-May, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70020
PMID:41429590
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research paper | 通过血浆蛋白质组学鉴定TAOK3作为类风湿关节炎活动性的潜在生物标志物和新治疗靶点 | 首次发现TAOK3与活动性类风湿关节炎的骨破坏相关,并验证其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 | 研究样本量有限,功能研究主要在体外和动物模型中进行,需进一步临床验证 | 识别与活动性类风湿关节炎骨破坏相关的新型生物标志物和治疗靶点 | 类风湿关节炎患者血浆样本、成纤维样滑膜细胞、胶原诱导关节炎小鼠模型 | machine learning | 类风湿关节炎 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、多重免疫组化 | NA | 蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据 | 160例RA患者和40例健康对照,两个独立验证队列(N1=50, N2=10) | NA | NA | NA | NA |
| 6891 | 2026-05-03 |
SPT6 maintains epidermal homeostasis by inhibiting an NF-κB-positive feedback loop to prevent excessive inflammation
2026-May, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-026-01410-1
PMID:41922599
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研究论文 | 研究SPT6通过抑制RELA基因增强子来阻断NF-κB正反馈环路,维持表皮免疫稳态和防止过度炎症的机制 | 首次发现SPT6作为转录延伸因子,通过结合RELA基因增强子抑制NF-κB正反馈环路,在表皮干细胞和祖细胞中主动抑制促炎信号通路以维持免疫静息状态 | 未提及具体局限性,但研究主要基于小鼠模型,需在人类皮肤疾病中进一步验证 | 探讨SPT6在表皮免疫稳态维持中的作用及其分子机制 | 表皮干细胞和祖细胞(EPSCs)、角质形成细胞 | 分子生物学 | 银屑病 | 条件性基因敲除、单细胞RNA测序 | 条件性敲除小鼠模型(K14-CreERT; Supt6) | 单细胞转录组数据 | 条件性敲除小鼠(K14-CreERT; Supt6) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6892 | 2026-05-03 |
Lung-Targeted HGF mRNA Restores Alveolar Structure in Experimental Emphysema
2026-May-01, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02323-2025
PMID:42067211
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研究论文 | 通过临床阶段SM92脂质纳米颗粒递送HGF mRNA,在实验性肺气肿模型中恢复肺泡结构 | 首次利用临床阶段SM92脂质纳米颗粒平台实现HGF mRNA的靶向肺部递送,并证明通过雾化和气管内滴注两种方式均能有效治疗肺气肿,通过激活肺泡II型细胞内源性修复通路 | 研究仅限于小鼠模型和患者来源肺类器官,临床转化性需进一步验证 | 评估HGF mRNA疗法在肺气肿治疗中的可行性和疗效 | 人类数据集、肺组织样本、弹性蛋白酶诱导和香烟烟雾诱导的小鼠模型、患者来源肺类器官 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病,肺气肿 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、图像、文本 | 人类数据集和肺组织样本,以及弹性蛋白酶诱导和香烟烟雾诱导的小鼠模型,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6893 | 2026-05-03 |
CD109 is associated with an immunosuppressive microenvironment and M2 macrophage polarization: pan-cancer analysis and functional validation
2026-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16100-4
PMID:42067796
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研究论文 | 通过泛癌分析及功能验证揭示了CD109与免疫抑制微环境和M2型巨噬细胞极化的关联 | 首次在泛癌水平系统评估CD109的表达、预后相关性及免疫调节作用,并结合单细胞RNA测序和体外功能验证阐明其与M2型巨噬细胞极化和免疫抑制微环境的关系 | 巨噬细胞相关功能效应仅在肺癌模型中验证,仍需在其他肿瘤类型中进一步研究 | 探讨CD109在多种癌症中的预后价值及其免疫调节作用 | CD109基因及其在肿瘤免疫微环境中的角色 | 生物信息学 | 泛癌,非小细胞肺癌 | RNA-seq,单细胞RNA测序,siRNA敲低,共培养实验,流式细胞术,qPCR,ELISA,迁移实验 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | GTEx和TCGA数据库中的多癌种样本,以及非小细胞肺癌队列的单细胞RNA测序样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6894 | 2026-05-03 |
Deep-learning-based de novo discovery and design of therapeutics that reverse disease-associated transcriptional phenotypes
2026-Apr-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.02.016
PMID:41850287
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研究论文 | 提出基于深度学习的药物发现平台GPS,通过逆转疾病相关的转录表型实现从头药物发现和优化 | 首次将转录组特征直接用于从头药物发现而非仅药物重定位,并开发仅从化学结构预测转录扰动特征的方法 | 未充分讨论模型在复杂疾病中的泛化性及化合物合成可行性 | 开发基于深度学习的药物发现平台,通过逆转疾病相关转录特征实现新药发现 | 肝细胞癌和特发性肺纤维化疾病模型 | 机器学习 | 肝细胞癌, 特发性肺纤维化 | RNA-seq | 深度学习模型(具体架构未明确)、树搜索优化方法 | 转录组数据、化学结构数据 | 多个疾病案例及两项验证(肝细胞癌:两个化合物系列;特发性肺纤维化:一个重定位候选和一种新抗纤维化化合物) | NA | NA | NA | NA |
| 6895 | 2026-05-03 |
Comprehensive analysis of ATF3 as a diagnostic and prognostic biomarker from pan-cancer to clear cell renal cell carcinoma
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05113-x
PMID:42056650
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研究论文 | 全面分析ATF3从泛癌到肾透明细胞癌作为诊断和预后生物标志物的作用 | 首次系统评估ATF3在多种癌症类型中的表达、诊断效能、预后意义及其与肿瘤免疫微环境的关联,并利用单细胞RNA测序阐明其在肾透明细胞癌细胞水平的具体作用 | 主要依赖公共数据库分析,缺乏大规模临床样本验证;ATF3在泛癌中的功能机制尚未深入阐明 | 评估ATF3在泛癌和肾透明细胞癌中的诊断和预后价值,并探索其在肿瘤免疫微环境中的作用 | ATF3基因在多种癌症中的表达及功能 | 机器学习 | 肾透明细胞癌 | 实时荧光定量PCR, Western blot, 免疫荧光, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 公共数据库中多种癌症的样本数据及肾透明细胞癌细胞系 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6896 | 2026-05-03 |
GPR124 regulates hyaloid blood vessel regression and is associated with endothelial-mesenchymal transition
2026-Apr-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-50835-1
PMID:42056280
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研究论文 | 本研究揭示了GPR124在调节玻璃体血管退化中的作用,并发现其与内皮-间质转化相关 | 首次识别GPR124作为玻璃体血管退化的关键调节因子,并发现其通过WNT/β-catenin信号和内皮-间质转化促进血管重塑 | 未明确GPR124下游的具体分子机制,且仅在小鼠模型中验证,缺乏人类数据 | 阐明GPR124在玻璃体血管退化过程中的功能和机制 | 小鼠玻璃体血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色 | 基因敲除小鼠模型(Gpr124条件性敲除) | 基因表达数据、图像 | 使用他莫昔芬诱导的内皮特异性Gpr124敲除小鼠模型,具体样本量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于分析玻璃体血管内皮细胞 |
| 6897 | 2026-05-03 |
scDecorr: feature decorrelation based representation learning enables self-supervised alignment of multiple single-cell experiments
2026-Apr-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-50586-z
PMID:42056283
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研究论文 | 提出scDecorr框架,利用特征去相关自监督学习实现单细胞RNA测序数据的稳健表示学习和跨批次整合 | 首次将特征去相关自监督学习用于单细胞数据整合,通过最大化扭曲嵌入相似性并去相关化组件来捕获生物信号、消除技术噪声,结合无监督域适应实现跨批次域不变表示 | 未提及具体局限性 | 开发高效的单细胞RNA测序数据表示学习和整合方法,以克服数据稀疏性、高变异性和技术批次效应 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自监督学习模型 | 基因表达数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6898 | 2026-05-03 |
Correction: Kobayashi et al. Pathogenesis of Graves' Disease Determined Using Single-Cell Sequencing with Thyroid Autoantigen Peptide Stimulation in B Cells. Cells 2025, 14, 1102
2026-Apr-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15090751
PMID:42059808
|
更正 | 对Kobayashi等人2025年发表于Cells期刊的关于Graves病发病机制研究的作者名单进行更正,补充遗漏的两位作者Takahiro Tsujikawa和Shigeru Hirano | NA | NA | 更正已发表论文中的作者信息错误 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6899 | 2026-05-03 |
An integrated single-cell transcriptomics and explainable AI approach for cancer stemness biomarker discovery in non-small cell lung cancer
2026-Apr-22, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 针对非小细胞肺癌中罕见癌细胞干性状态的识别难题,开发了整合单细胞转录组学与可解释人工智能的检测流程,并发现六个关键生物标志物 | 将单细胞RNA测序与可解释人工智能(SHAP特征归因)结合,克服了传统方法在识别罕见癌细胞干性状态时的局限,并鉴定出DLL1、ITGA6等六个关键候选生物标志物 | 研究仅基于2名患者样本,统计功效有限,但通过效应量验证支持了结果的可靠性 | 开发一种可重复的整合单细胞转录组学与可解释人工智能方法,用于非小细胞肺癌癌细胞干性生物标志物发现 | 非小细胞肺癌中的癌细胞干细胞样上皮细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归,LightGBM,XGBoost,CatBoost | 单细胞转录组数据 | 2名非小细胞肺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 利用scVI进行批次校正,CellTypist进行细胞注释 |
| 6900 | 2026-05-03 |
CAR-M2 immunotherapy resolves renal fibrosis via revascularization and apoptosis of profibrotic Cxcr2+ endothelial cells
2026-Apr-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102698
PMID:41887221
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研究论文 | 本研究通过可注射水凝胶递送靶向FAP并分泌IL-4的CAR-M2巨噬细胞,通过诱导促纤维化Cxcr2+内皮细胞凋亡和血管再生,有效缓解肾纤维化 | 首次利用CAR-M2免疫疗法靶向纤维化微环境,通过单细胞测序鉴定出与纤维化相关的Cxcr2+内皮细胞亚群并特异性清除,揭示了MMP2激活Rxra触发线粒体自噬的分子机制 | 仅在小鼠模型中验证,缺乏临床数据;CAR-M2的长期安全性和免疫原性未评估;HAMA-CS水凝胶的降解动力学和体内分布需进一步优化 | 开发针对肾纤维化的新型免疫治疗策略,靶向纤维化微环境中的血管稀疏和成纤维细胞活化 | 慢性肾病小鼠模型及肾脏组织中的基质细胞、内皮细胞、巨噬细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肾脏组织样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |