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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6601 | 2026-05-10 |
GZMK+CD8+ T cells target a specific acinar cell type in Sjögren's disease
2026-May, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.08.014
PMID:41162286
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学及空间免疫表型分析,揭示干燥综合征中GZMK+CD8+ T细胞靶向特定腺泡细胞类型及其致病机制 | 首次发现PRR4+CST3+WFDC2-浆黏液性腺泡细胞在干燥综合征中选择性丢失,并揭示了GZMK+CD8+ T细胞通过亚胞溶解效应机制损害线粒体完整性和激活先天免疫信号 | 研究仅限于唾液腺组织,可能不适用于其他外分泌腺体;体外实验可能无法完全反映体内复杂微环境 | 探究干燥综合征中唾液腺内不同细胞类型的相互作用及其在病理过程中的角色 | 人类小唾液腺组织样本,包括干燥综合征患者和非患者 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 干燥综合征患者和对照组的唾液腺样本(具体数量未在摘要中明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium用于单细胞测序,10x Visium用于空间转录组学分析 |
| 6602 | 2026-05-10 |
The transcriptome of CD14+CD163-HLA-DRlow monocytes predicts mortality in idiopathic pulmonary fibrosis
2026-May, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00804-2025
PMID:41360505
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组,预测特发性肺纤维化患者的死亡率 | 首次发现CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征可预测特发性肺纤维化患者的死亡风险,并识别出潜在的药物靶点 | 研究基于样本量有限(n=1054),且未在更大规模独立队列中验证;基因评分与功能的因果关系需进一步实验验证 | 探究免疫细胞特异性转录组特征与特发性肺纤维化死亡率之间的关联 | 特发性肺纤维化患者、健康对照及其他肺部疾病患者 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞反卷积分析 | LASSO回归 | 单细胞转录组数据、临床随访数据 | 1054例样本(特发性肺纤维化555例,其他499例) | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 未明确提及,可能基于10x Genomics平台,但文中仅描述scRNA-seq |
| 6603 | 2026-05-10 |
Multi-Scale Mapping of Gene Expression from Whole-slide Images for Identifying Phenotype-Associated Subpopulations
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521151
PMID:41736695
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研究论文 | 提出BiSCALE框架,从全切片图像预测组织和近细胞水平的基因表达,并关联临床表型 | 首次实现从全切片图像到组织和近细胞水平的双重尺度基因表达预测,结合Vision-Mamba融合模块和两阶段训练策略,解决了尺度和分布差异 | 仅基于三种癌症类型训练和验证,泛化性需进一步验证;近细胞分辨率仍受限于空间转录组数据质量 | 开发一种经济高效的方法,从常规病理切片多尺度预测基因表达,识别表型相关亚群 | 肿瘤组织和微环境中的细胞亚群 | 数字病理学 | 癌症(三种类型) | NA | Vision-Mamba融合模块 | 图像(全切片图像) | 2109个批量肿瘤样本和141,000个空间转录组斑点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6604 | 2026-05-10 |
Fibroblast pentose phosphate pathway activation upon decreased circPLCE1 exacerbates intestinal fibrosis in Crohn's disease
2026-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336415
PMID:41390174
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研究论文 | 该研究揭示了克罗恩病肠道纤维化中成纤维细胞戊糖磷酸途径的激活机制,并发现circPLCE1下调通过XYLB/Xu5P轴加剧纤维化 | 首次多层整合代谢组、单细胞RNA测序和空间转录组分析,发现circPLCE1/XYLB/Xu5P轴调控成纤维细胞戊糖磷酸途径在肠道纤维化中的作用 | 未提及明显局限性,但可能包括动物模型与人类疾病的差异及机制验证的局限性 | 探索克罗恩病肠道纤维化过程中成纤维细胞的代谢重编程及其上游调控因子 | 克罗恩病患者的狭窄与非狭窄肠段组织、原代人肠道肌成纤维细胞、葡聚糖硫酸钠诱导的肠道纤维化小鼠模型 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 代谢组学, 单细胞RNA测序, 空间转录组, circRNA转录组, 代谢流分析, 海马分析, RNA下拉实验 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据 | 来自克罗恩病患者狭窄和非狭窄肠段的配对黏膜和黏膜下组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组分析 |
| 6605 | 2026-05-10 |
Decoding the tumor immune landscape: emerging TIL subsets as prognostic biomarkers and therapeutic targets
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04913-2
PMID:41579172
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综述 | 综述了肿瘤浸润淋巴细胞中新兴亚群作为预后生物标志物和治疗靶点的作用 | 系统总结了超越传统CD3和CD8标记的TIL亚群在不同癌症中的功能,并聚焦于它们在免疫治疗中的预测价值 | 未提及具体的数据分析或实验验证,可能缺乏对某些新兴亚群的深入机制探讨 | 研究TIL亚群的异质性及其在癌症免疫中的预后和治疗意义 | 肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的多种亚群,包括CD4+T细胞、Tregs、TRM细胞、γδT细胞等 | 自然语言处理 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6606 | 2026-05-10 |
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09989-7
PMID:41639465
|
研究论文 | 通过构建CD8 T细胞状态图谱,系统定义驱动T细胞程序分化的转录因子 | 首次整合转录组和表观遗传数据构建九种CD8 T细胞状态图谱,结合体内CRISPR筛选与单细胞测序发现新型TEX选择性转录因子ZSCAN20和JDP2 | 未明确说明局限性 | 系统定义驱动CD8 T细胞状态分化的转录因子,为精准工程化T细胞免疫治疗提供平台 | CD8 T细胞的多种分化状态(包括终末耗竭T细胞、组织驻留记忆T细胞等) | 自然语言处理 | 癌症 | CRISPR筛选、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 九种CD8 T细胞状态的数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 6607 | 2026-05-10 |
Engineering tumor spatial heterogeneity in vitro
2026-02, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115757
PMID:41386498
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综述 | 综述了通过工程学方法在体外重建肿瘤空间异质性的技术进展及其在肿瘤生物学和治疗研究中的应用 | 系统整合了肿瘤空间异质性的生物学理解与工程学重建策略,为体外模型模拟体内微环境提供新思路 | 未具体讨论技术的可重复性、标准化及临床转化中的挑战 | 探讨肿瘤空间异质性的体外工程重建方法及其在肿瘤生物学和治疗创新中的指导作用 | 肿瘤空间异质性的体外模型,包括三维生物打印、类器官组装体、器官芯片及细胞外基质仿生支架等 | 数字病理学 | 肿瘤 | 三维生物打印、类器官组装体、器官芯片、细胞外基质仿生支架 | NA | 空间转录组学数据、多路成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6608 | 2026-05-10 |
miR-22-Galectin-1 as an integral signaling axis in regulating metabolism and immunity in HCC
2026-Jan-15, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00838-3
PMID:41540504
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研究论文 | 本研究探讨miR-22与半乳糖凝集素-1(Gal-1)的相互作用在肝细胞癌(HCC)发展和治疗中的作用 | 揭示了miR-22-Gal-1信号轴在调控HCC代谢和免疫中的双重作用,并证明了miR-22基因治疗依赖于Gal-1沉默 | 未提供明确的局限性说明 | 研究miR-22-Gal-1轴在HCC发展和治疗中的重要性 | 肝细胞癌(HCC)患者和小鼠模型 | NA | 肝细胞癌 | 基因治疗、RNA干扰、空间转录组学、转录组学分析 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | 人类HCC样本来自癌症基因组图谱数据库;小鼠模型为原位HCC小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6609 | 2026-05-09 |
Immune gene MMP9 as a potential key mediator in TCDD exposure-associated atherosclerosis: An integrated study based on network toxicology and experimental validation
2026-Jul, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2026.116073
PMID:41895505
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学和实验验证,发现免疫基因MMP9是TCDD暴露相关动脉粥样硬化的关键介质 | 首次通过系统生物信息学分析与实验结合,揭示MMP9作为TCDD暴露诱导动脉粥样硬化的核心免疫基因及其调控通路 | 主要依赖公开数据库和计算机模拟,体外模型仅涉及HUVEC细胞,缺乏体内动物模型验证 | 探索TCDD暴露与动脉粥样硬化之间的潜在分子机制,为环境相关动脉粥样硬化的风险评估、早期诊断和靶向干预提供新见解和候选靶点 | TCDD暴露相关动脉粥样硬化 | 网络毒理学 | 心血管疾病 | 网络毒理学, RT-qPCR, Western blot, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习, SHAP, WGCNA, 伪时间分析 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6610 | 2026-05-09 |
Distinct single-cell cellular states and ecosystems linked to HPV status distinguish therapeutic vulnerability of head and neck squamous cell carcinoma
2026-May-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10213-z
PMID:42098219
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research paper | 使用EcoTyper框架分析HPV感染对头颈部鳞状细胞癌肿瘤微环境中细胞状态和生态系统的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示HPV相关HNSCC中46种独特细胞状态和生态型,并关联预后与药物敏感性 | 尚未验证细胞状态在更大样本队列中的临床可重复性及机制细节 | 阐明HPV感染如何塑造HNSCC肿瘤微环境的细胞异质性和生态系统 | HPV阳性和阴性头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间基因表达 |
| 6611 | 2026-05-09 |
Spatial transcriptomics defines IM-crypt as a premalignant niche with bidirectional divergence in early gastric carcinogenesis
2026-May-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10179-y
PMID:42098407
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研究论文 | 利用空间转录组学定义IM隐窝为早期胃癌发生过程中具有双向分化的癌前微环境 | 首次通过空间转录组学在人类胃组织疾病进展过程中识别出OLFM4阳性过渡亚群,揭示了肠化生隐窝作为癌前微环境且具有向不同肠分化程序的双向转录轨迹,并发现USF2相关调控网络在隐窝和癌症区域的共享活性 | 未明确说明局限性 | 阐明早期胃癌发生过程中恶性转化和亚型分化的空间起源 | 人类胃组织样本,涵盖从胃炎、肠化生到早期胃癌的疾病进展阶段 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 涵盖疾病进展的不同阶段的人类胃组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间基因表达平台 |
| 6612 | 2026-05-09 |
Cross-Species Plant Single-Cell Analysis: Community Challenges and Shared Solutions
2026-May-08, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erag218
PMID:42099283
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综述 | 报告了2025年植物单细胞分析暑期研讨会的成果,包括社区面临的挑战和解决方案,并建立了PlantSCHub社区门户以支持可重复的植物单细胞分析 | 通过研讨会形式系统梳理植物单细胞分析的五大优先挑战领域,并提出跨物种整合、多模态轨迹与基因调控网络推断、空间锚定可视化以及AI科学家代理等概念路线图 | 未具体说明局限性 | 推动植物单细胞分析领域从孤立研究转变为互操作、不断发展的生态系统,加速发现和作物改良 | 植物单细胞分析社区的需求和解决方案 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 深度生成模型, AI基础模型 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 6613 | 2026-05-09 |
Refinement of renal T lymphocytes enrichment strategies: advancing the in-depth study of renal immune responses
2026-May-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-51954-5
PMID:42098282
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研究论文 | 优化从小鼠和人类肾脏中分离和纯化T淋巴细胞的方案,以提高细胞产量和存活率,并应用于肾脏疾病研究 | 首次系统评估不同组织破碎、酶消化和Percoll梯度离心条件,优化出机械剪切结合0.2% IV型胶原酶和0.02% DNase I消化45分钟,再经33-80% Percoll梯度离心的高效方案 | 该方案主要基于小鼠和人类肾脏组织,对不同物种或病理条件下的适用性需进一步验证;单细胞测序分析仅使用公共数据库数据,未进行独立验证 | 建立优化的肾脏T淋巴细胞分离纯化方案,支持肾脏免疫反应的深入研究 | 小鼠和人类肾脏组织中的T淋巴细胞,包括CD4 T细胞、CD8 T细胞和双阴性T细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 小鼠肾脏组织(缺血再灌注损伤、肾纤维化、顺铂诱导急性肾损伤模型)及正常人类肾脏组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 公共单细胞RNA-seq数据作为补充参考 |
| 6614 | 2026-05-09 |
NSUN6-Mediated m5C Modification of OAS2 Is Implicated in Neuronal PANoptosis during Perioperative Neurocognitive Disorders
2026-May-07, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-026-05770-7
PMID:42098355
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研究论文 | 该研究通过多组学技术揭示NSUN6介导的OAS2 m5C修饰在围术期神经认知障碍神经元PANoptosis中的作用 | 首次发现PANoptosis在围术期神经认知障碍中的角色,并揭示NSUN6通过OAS2的m5C修饰调控神经元PANoptosis的新机制 | 未提及具体局限性 | 探究PANoptosis在围术期神经认知障碍中的作用及潜在机制 | 围术期神经认知障碍小鼠模型及神经元 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序, meRIP-seq, RNA-seq, 免疫荧光, TUNEL染色 | NA | 基因表达数据, 序列数据 | 小鼠模型(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序, 甲基化RNA免疫沉淀测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6615 | 2026-05-09 |
Early transcriptional divergence underlies cell fate bias in bovine embryos
2026-May-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10198-9
PMID:42098360
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究牛胚胎从2细胞到8细胞阶段的转录不对称性 | 发现牛胚胎早期卵裂中姐妹卵裂球在压实前就出现渐进性转录差异,且与卵裂球大小相关 | 未提及具体限制 | 探究早期胚胎细胞谱系偏差的分子基础 | 牛胚胎的2细胞至8细胞阶段卵裂球 | 机器学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 牛胚胎从2细胞到8细胞阶段的多个胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6616 | 2026-05-09 |
A three-dimensional spatial transcriptome atlas reconstructs early organogenesis in primate Carnegie stages 9 and 10 embryos
2026-May-07, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-026-01956-2
PMID:42098384
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研究论文 | 构建了食蟹猴胚胎在卡内基阶段9和10的三维空间转录组图谱,揭示了早期器官发生的关键形态发生事件 | 首次提供高分辨率三维空间转录组图谱,解析早期灵长类胚胎发育中跨胚层的空间谱系域和区域特异性基因表达调控景观 | 受限于样本数量和时间点覆盖,可能未完全捕捉早期器官发生的动态变化 | 阐明灵长类早期器官发生的空间转录组程序 | 食蟹猴胚胎(卡内基阶段9和10) | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 多个食蟹猴胚胎(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高分辨率空间转录组学用于三维重建 |
| 6617 | 2026-05-09 |
Integrated analyses reveal a potential role for PFKFB4 in M2 macrophage polarization and hepatocellular carcinoma progression
2026-May-07, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04326-y
PMID:42098724
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研究论文 | 综合分析揭示PFKFB4在M2巨噬细胞极化和肝细胞癌进展中的潜在作用 | 首次通过单细胞转录组学、生物信息学、体外功能实验和体内验证的综合分析,阐明PFKFB4在肝细胞癌中通过激活MEK/ERK信号通路促进肿瘤进展,并通过肿瘤细胞介导的M2巨噬细胞极化影响免疫调节,揭示了其在代谢和免疫调控中的双重作用 | 未在更大样本队列或不同肝癌亚型中验证PFKFB4的表达和功能,且其调控MEK/ERK及M2极化的详细分子机制需进一步探索 | 探索PFKFB4在肝细胞癌进展中的作用及其对巨噬细胞极化的影响 | 肝细胞癌细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学, 生物信息学, 体外功能实验, 体内验证 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6618 | 2026-05-09 |
A bone-derived hormone permits rapid visual escape via GPR37 receptor in a subpopulation of VTA GABAergic neurons
2026-May-06, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.12.048
PMID:41679312
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研究论文 | 揭示了骨源性激素骨钙素通过GPR37受体增强VTA GABA能神经元亚群兴奋性,从而促进快速视觉逃逸的分子机制 | 首次发现骨源性激素骨钙素通过GPR37-cAMP-THIK-1通路调控中脑腹侧被盖区GABA能神经元亚群的兴奋性,建立骨-脑代谢轴与快速逃逸行为之间的新联系 | 未明确解释骨钙素信号如何特异性调控共释放神经元亚群,且实验仅在小鼠模型中进行 | 阐明骨源性激素骨钙素调节快速视觉逃逸行为的神经机制 | 小鼠中脑腹侧被盖区GABA能神经元亚群 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、电生理学 | NA | 转录组数据、电生理数据 | 小鼠模型(具体数量未详) | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 6619 | 2026-05-09 |
Periodontitis induces skeletal muscle atrophy by increasing circulating levels of activin A
2026-05-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72766-1
PMID:42091891
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研究论文 | 本研究揭示牙周炎通过增加循环中activin A的水平导致骨骼肌萎缩 | 首次发现牙周炎通过gingiva中activin A的高表达进入循环系统,从而诱导骨骼肌萎缩,并提出了通过局部注射siInhba来预防这种萎缩的新策略 | 未提及明显的局限性 | 探究牙周炎对骨骼肌的影响及其中介机制 | 雄性小鼠及人类牙周炎患者 | 机器学习 | 牙周炎 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及人类牙周炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6620 | 2026-05-09 |
Single-cell and spatial transcriptomic profiling of POU5F1 in Lung Adenocarcinoma: Dynamics, spatial niche, and prognosis via multi-algorithm ML
2026-May-06, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102800
PMID:42097097
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学以及多算法机器学习,系统研究POU5F1在肺腺癌中的动态变化、空间微环境及预后价值 | 首次综合运用因果推断、单细胞和空间转录组学、RNA速度分析及多算法机器学习,全面解析POU5F1在肺腺癌中的功能机制,并构建基于POU5F1相关差异表达基因的高性能预后模型 | 文中未明确说明局限性 | 阐明POU5F1在肺腺癌中的系统性功能和机制,并评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 肺腺癌细胞及组织样本 | 机器学习, 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNA速度分析, 孟德尔随机化, 机器学习 | 机器学习预后模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间基因表达 |