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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6501 | 2026-05-15 |
Unravelling bacterial complexity at high resolution with single-cell transcriptomics
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02333-3
PMID:42067624
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综述 | 综述细菌单细胞转录组学的高分辨率研究方法及其在理解细菌异质性、生理、代谢、抗生素耐药、致病性和微生物群落相互作用中的应用 | 系统梳理了细菌单细胞RNA测序的最新进展,包括开发的方法和从应用中获得的见解,强调该领域如何革新对细菌生理学、感染生物学和微生物群落相互作用的认知 | 讨论了技术上和计算上的挑战、标准化的必要性及实现方式 | 总结细菌单细胞RNA测序的最新进展和应用,展望未来发展 | 细菌单细胞转录组学研究 | 机器学习 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6502 | 2026-05-15 |
MXRA5 is identified and validated as a key gene related to epithelial-mesenchymal transition in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2026-05, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/dt5mf6
PMID:41105461
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研究论文 | 通过单细胞分析及机器学习方法识别并验证MXRA5为类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞中与上皮-间质转化相关的关键基因 | 首次结合单细胞分析及五种机器学习算法(XGBoost、Boruta、随机森林、LASSO、SVM-RFE)筛选出RA滑膜细胞中与EMT相关的关键基因MXRA5,并通过功能实验验证其作用 | 未提及具体局限性信息 | 利用单细胞分析及机器学习方法识别RA滑膜细胞中与EMT相关的重要基因并进行功能验证 | 类风湿关节炎患者的滑膜细胞,特别是成纤维样滑膜细胞 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | XGBoost,Boruta,随机森林,LASSO,SVM-RFE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6503 | 2026-05-15 |
Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus infection of the male reproductive tract induces pathology and inflammation
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02298-3
PMID:41882300
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研究论文 | 研究发现严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)感染雄性生殖道,导致病理变化和炎症反应 | 首次揭示SFTSV对雄性生殖器官的广泛趋向性,发现病毒引起睾丸间质细胞凋亡、焦亡和炎症,破坏睾酮生成,并鉴定出CCR2和SPP1巨噬细胞表达的S100A4蛋白是附睾过度炎症和纤维化的关键驱动因子 | 未提及具体局限性 | 探究SFTSV是否感染雄性生殖道及其对生殖健康的影响 | 小鼠模型及感染患者(男性) | 数字病理学 | 发热伴血小板减少综合征 | single-cell RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠和感染患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chrome单细胞基因表达分析 |
| 6504 | 2026-05-15 |
Construction of a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma Based on Cell Death-related Genes and Characterization of Immune Microenvironment
2026-Apr-22, Iranian journal of allergy, asthma, and immunology
DOI:10.18502/ijaai.v25i3.21259
PMID:42130143
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研究论文 | 基于细胞死亡相关基因构建肝细胞癌预后模型并表征免疫微环境 | 整合25种细胞死亡模式相关基因,通过多步骤分析筛选出6个预后基因并构建风险评分模型和列线图,结合单细胞RNA测序解析关键细胞类型和细胞间通讯 | 研究基于公开转录组数据集,样本规模有限,且单细胞分析结果需进一步实验验证 | 阐明与25种细胞死亡模式相关的基因在肝细胞癌发生发展中的作用,并构建预后模型 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | Cox比例风险模型,多变量回归模型 | 基因表达数据 | 多项公开数据集及临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6505 | 2026-05-15 |
Loss of MITF activity leads to emergent cell states from the melanocyte stem cell lineage
2026-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.23.695681
PMID:41993564
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研究论文 | 利用斑马鱼模型研究MITF活性缺失对黑素细胞干细胞谱系中细胞状态涌现的影响 | 首次通过活体成像结合单细胞转录组学和谱系追踪,揭示MITF活性缺失导致黑素细胞干细胞在胚胎发育过程中出现异常早期扩张及新的转录细胞状态 | 未明确说明研究的局限性 | 探究MITF在胚胎发育中保护黑素细胞干细胞及其成体色素生成潜能的作用机制 | 斑马鱼黑素细胞干细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | 单细胞转录组数据、活体成像数据 | 斑马鱼胚胎及幼体样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6506 | 2026-05-15 |
Self-regulating hydrogel for diabetic wound healing: From animal models to a pilot clinical study
2026-Apr-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aed4981
PMID:41920988
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研究论文 | 开发了一种自调节水凝胶GPP@ZnBG,用于糖尿病伤口愈合,并在动物模型和初步临床研究中验证其效果 | 提出了一种自pH调控的离子顺序释放策略,水凝胶能响应糖尿病伤口的高糖和氧化应激环境,先释放锌离子抗菌,后释放锌、钙、硅酸盐离子促进血管生成和组织修复 | 初步临床研究规模较小,且未报告长期随访数据,水凝胶的长期安全性和有效性需进一步验证 | 开发一种能自我调节的伤口敷料,通过响应糖尿病伤口微环境来释放治疗性离子,以促进感染控制和组织再生 | 糖尿病小鼠伤口模型和糖尿病患者的慢性伤口 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 糖尿病小鼠(未指定数量)和初步临床研究中的患者(未指定数量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 6507 | 2026-05-15 |
Senescence-associated gene pathways are differentially expressed in equine aging-related osteoarthritis
2026-Apr-01, American journal of veterinary research
IF:1.3Q2
DOI:10.2460/ajvr.25.09.0343
PMID:41468690
|
研究论文 | 本研究分析了马骨关节炎中关节和白细胞衰老相关基因的差异表达 | 首次利用单细胞RNA测序和mRNA测序数据,系统地比较了马骨关节炎局部(关节)和全身(外周血单核细胞)的衰老基因表达谱 | 未提及具体限制,但样本量较小,且缺乏功能验证实验 | 探究衰老相关基因在马骨关节炎中的表达模式,为开发针对衰老细胞的治疗策略提供依据 | 马关节滑液细胞和外周血单核细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 65个样本 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 6508 | 2026-05-15 |
Goblet of fire: how Chlamydia ignites region-specific colitis by hijacking goblet cells
2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI204928
PMID:41919496
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评论 | 本文通过TNF驱动的小鼠模型和单细胞RNA测序数据,揭示了沙眼衣原体通过劫持杯状细胞并激活IDO1/犬尿氨酸通路,促进结肠近端区域特异性炎症的机制 | 首次证明沙眼衣原体作为必要且充分的驱动因子,通过上调杯状细胞中IDO1表达,促进区域限制性肠道炎症,并发现该机制仅发生于近端结肠而非末端回肠 | 研究仅基于小鼠模型和有限的人类数据,需要进一步验证IDO1/犬尿氨酸通路在其他克罗恩病患者群体中的普适性 | 阐明细菌共生体驱动肠道区域特异性炎症的分子机制 | 克罗恩病患者的升结肠区域和TNF驱动的小鼠小肠克罗恩病模型 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及克罗恩病患者升结肠的单细胞RNA测序数据集(具体样本量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6509 | 2026-05-15 |
A single-cell atlas of Toxoplasma sexual development in the feline intestinal tract
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685900
PMID:41929010
|
研究论文 | 通过猫肠道的单细胞转录组学图谱,揭示了弓形虫在猫肠道内进行有性发育的基因调控机制 | 首次利用单细胞转录组学构建猫肠道内弓形虫有性发育的细胞图谱,并通过CRISPR-Cas9 Perturb-seq鉴定AP2X6为大配子母细胞发育的关键调节因子 | 未提及具体局限性 | 探究弓形虫在猫肠道中进行有性发育的基因调控网络 | 从猫肠道分离的弓形虫细胞,包括稀有细胞群体如配子细胞 | 单细胞转录组学 | 弓形虫病 | 单细胞转录组学、CRISPR-Cas9 Perturb-seq、荧光报告株、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个实验共15,068个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6510 | 2026-05-15 |
A Novel Sequencing Method for Quantification of ZIKV RNA in Individual Cells
2026-Mar-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5645
PMID:41924239
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研究论文 | 详细介绍了一种用于单个细胞中ZIKV RNA定量分析的新型测序方法 | 开发了ZIKV靶向单细胞RNA测序工作流程,整合病毒富集与宿主转录组数据,在单细胞水平实现ZIKV RNA定量 | NA | 开发一种在单细胞水平定量分析寨卡病毒RNA的新方法 | 新生小鼠全脑组织中的细胞 | 单细胞测序 | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新生小鼠的全脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6511 | 2026-05-15 |
Integrated single-cell and spatial analysis reveals context-dependent myeloid-T cell interactions in response to immune checkpoint blockade in head and neck cancer
2026-Mar-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2300
PMID:41837744
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研究论文 | 利用单细胞和空间组学技术,系统评估头颈部鳞状细胞癌免疫检查点阻断治疗中髓系细胞与T细胞的上下文依赖性相互作用 | 整合Visium空间转录组学和CosMx SMI单细胞空间组学,结合64重蛋白和1000基因RNA检测面板,揭示ICB响应中髓系-T细胞相互作用的空间和细胞类型特异性 | 未明确说明 | 系统评估头颈部鳞状细胞癌免疫检查点阻断治疗中肿瘤浸润免疫细胞的细胞间相互作用 | 23名ICB治疗患者的522,399个单细胞,以及8名患者的空间转录组数据 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学,单细胞空间组学,RNA-seq | NA | 单细胞RNA和蛋白,空间RNA,公开单细胞和bulk RNA-seq | 23名患者单细胞数据,8名患者空间转录组数据 | 10x Genomics,NanoString | 空间转录组学,单细胞空间组学 | 10x Visium,CosMx SMI | Visium基于点的空间转录组学,CosMx SMI单细胞空间组学使用64重蛋白面板和1000基因RNA面板 |
| 6512 | 2026-05-15 |
Plasma Proteome-Driven Identification of Druggable Immune Regulators of Alopecia Areata, Validated by Transcriptome and Single-Cell Mapping
2026-Mar-11, Skin appendage disorders
IF:1.4Q3
DOI:10.1159/000551293
PMID:42130663
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组驱动识别斑秃的可药物免疫调节因子,并经转录组和单细胞图谱验证 | 创新地建立了蛋白质组锚定的多组学框架,整合遗传工具、病变转录组学和单细胞免疫图谱,系统识别斑秃的可药物上游免疫调节因子,并首次将CD28作为具有良好安全性的可操作靶点 | 未提供具体限制信息 | 识别斑秃中可药物的上游免疫调节因子,并评估其安全性和治疗潜力 | 斑秃患者血浆蛋白质、病变组织转录组和头皮单细胞免疫图谱 | 机器学习 | 斑秃 | 蛋白质组学、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA数据 | 未提供具体样本数量,涉及UKB-PPP和deCODE两个大型蛋白质组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6513 | 2026-05-15 |
Population Analysis and Immunologic Landscape of Melanoma in People Living with HIV
2026-Mar-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3148
PMID:41504629
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研究论文 | 分析HIV感染者黑色素瘤的人群特征与免疫微环境 | 首次结合大规模人群数据与空间免疫转录组学及多重免疫荧光技术,揭示HIV感染者黑色素瘤特有的免疫抑制微环境特征及治疗延迟现象 | 空间转录组样本量较小(11例),且仅涉及72种免疫相关基因,可能遗漏关键免疫通路信息 | 阐明HIV感染者黑色素瘤的临床与免疫特征差异 | HIV阳性黑色素瘤患者与HIV阴性黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤, HIV感染 | 空间转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 电子健康记录, 空间转录组数据, 多重免疫荧光图像 | 1,087例HIV阳性及394,437例HIV阴性黑色素瘤患者;空间转录组n=11,多重免疫荧光n=29 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间免疫转录组学分析72种免疫相关基因,多重免疫荧光检测免疫细胞亚群 |
| 6514 | 2026-05-15 |
Transient activation of potent progenitor cells is required for spinal cord regeneration
2026-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.04.703854
PMID:41924399
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研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪和单细胞测序,揭示了斑马鱼脊髓再生过程中一种短暂激活的多能祖细胞的作用及分子调控机制 | 首次鉴定出Bach1转录因子作为双重激活和抑制因子,调控祖细胞在损伤后的短暂激活与再生完成后的静息恢复,并揭示了脊髓祖细胞的分子异质性和谱系偏向性 | 研究主要基于斑马鱼模型,其结果向哺乳动物或人类脊髓损伤治疗的转化潜力尚需进一步验证 | 阐明斑马鱼脊髓再生中关键祖细胞的分子身份、细胞贡献及其静息恢复的调控机制 | 成体斑马鱼脊髓损伤后的神经祖细胞 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼脊髓组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 6515 | 2026-05-15 |
Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels
2026-Feb-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108485
PMID:41649260
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和染色质可及性分析,揭示13纹地松鼠锥体主导视网膜发育的分子机制 | 发现13纹地松鼠锥体感光细胞不仅产生于早期神经祖细胞,还来自晚期神经祖细胞,这由转录因子异时性表达驱动 | 未提供 | 探究地松鼠锥体主导视网膜发育的基因调控机制 | 13纹地松鼠视网膜神经发生过程 | 数字病理学 | 视力障碍 | 单细胞RNA测序,scATAC-Seq | 未提供 | 基因表达数据 | 未提供 | 未提供 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 未提供 | 未提供 |
| 6516 | 2026-05-15 |
Hepatocyte-Specific MET Deletion Exacerbates Acetaminophen-Induced Hepatotoxicity in Mice
2026-02, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.09.010
PMID:41038273
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研究论文 | 本文揭示了肝细胞特异性MET缺失加剧对乙酰氨基酚诱导的小鼠肝毒性,并阐明了其通过抑制线粒体细胞死亡信号通路发挥保护作用的机制 | 首次在临床相关的对乙酰氨基酚诱导肝损伤模型中研究MET的作用,发现MET通过抑制JNK线粒体转位和激活AKT信号来减轻肝毒性 | 主要基于小鼠模型,人类相关性通过转录组分析支持,但缺乏直接的临床干预验证 | 明确MET在对乙酰氨基酚诱导肝损伤中的具体作用及其分子机制 | 肝细胞特异性MET敲除小鼠及人类急性肝衰竭患者肝脏样本 | 数字病理学 | 肝损伤(对乙酰氨基酚诱导) | RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学, 免疫印迹 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | 小鼠模型(具体数量未提及);人类急性肝衰竭患者肝脏样本(来自已发表单核RNA-seq和空间转录组数据) | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6517 | 2026-05-15 |
CBX3 confers ferroptosis resistance during blood-borne metastasis
2026-01-15, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01777-0
PMID:41540451
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析微流控富集的循环肿瘤细胞和配对脑转移肿瘤细胞,揭示CBX3通过上调GPX4表达赋予循环肿瘤细胞铁死亡抵抗性,促进血源性转移 | 首次揭示CBX3与EP300协同作用上调GPX4表达,保护循环肿瘤细胞免受铁死亡,并证明CBX3/GPX4共表达可作为转移进展的临床预测标志物 | 研究主要基于肺腺癌模型,其他癌症类型的普遍性需进一步验证;体内实验主要依赖细胞系模型,临床样本量有限 | 阐明循环肿瘤细胞在血液传播和远处器官转移中的存活机制 | 肺腺癌患者的循环肿瘤细胞和脑转移肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序 | NA | 基因表达数据、拷贝数变异数据 | 肺腺癌患者配对循环肿瘤细胞和脑转移肿瘤细胞样本,以及前瞻性队列中的肺腺癌和黑色素瘤患者血液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于循环肿瘤细胞和脑转移肿瘤细胞的单细胞RNA-seq |
| 6518 | 2026-05-15 |
A single-cell transcriptomic atlas of the periventricular proliferative zone in the late gestation fetal brain in the pigtail macaque
2026-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.08.698393
PMID:41542632
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了妊娠晚期猪尾猕猴胎儿脑室周围增殖区的细胞图谱 | 首次在非人灵长类动物中构建妊娠晚期室周增殖区的单细胞转录组图谱,为研究神经发育关键期提供了独特参考 | 未明确提及,但基于方法推断可能受限于样本量(单个物种)及细胞捕获技术的覆盖深度 | 构建妊娠晚期猕猴胎儿脑室周增殖区的单细胞转录组图谱,揭示神经发生和胶质细胞发生的细胞状态 | 猪尾猕猴胎儿脑室壁、室下区及邻近白/灰质组织样本 | 机器学些、数字病理学 | 神经发育疾病 | scRNA-Seq、10X Genomics、SoupX、Seurat、Monocle3 | NA | 单细胞转录组数据 | 单个妊娠晚期猕猴胎儿脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞3'测序流程,结合SoupX去除环境RNA和Seurat聚类分析 |
| 6519 | 2026-05-15 |
Novel Acinar Metaplastic States Uncovered in Exocrine Pancreas Disease
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101717
PMID:41453639
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研究论文 | 本论文通过单细胞转录组学分析,揭示了外分泌胰腺疾病中新型腺泡化生状态,并定义了保守的腺泡可塑性程序 | 首次在多种外分泌胰腺疾病模型中鉴定出先前未知的独特化生状态,包括“网关”腺泡-导管化生群体,并发现胰腺癌亚型在早期胰腺上皮内瘤变阶段就已确定 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织的验证依赖于空间转录组学,可能未能完全捕捉人类疾病的全部复杂性 | 全面定义临床相关的外分泌胰腺疾病中化生反应,并探究不同胰腺应激源是否驱动共享或情境特异性的腺泡-导管化生程序 | 小鼠急性、复发性和慢性胰腺炎模型,以及携带致癌Kras的模型;人类胰腺组织 | 单细胞转录组学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 超过300,000个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 10x Chromium, CosMx | FixNCut方法用于保存外分泌胰腺RNA完整性,CosMx空间转录组学用于人类组织验证 |
| 6520 | 2026-05-15 |
Myeloid-Derived CD38 Mediates Age-Related Endometrial Aging Through NAD+ Depletion
2026-01, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70356
PMID:41457457
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研究论文 | 通过代谢组学和单细胞RNA测序,揭示髓系来源的CD38通过消耗NAD+介导年龄相关性子宫内膜老化 | 首次明确髓系来源的CD38是子宫内膜NAD消耗的主要驱动因子,并证明补充NAD前体可逆转年龄相关的间质细胞衰老和内膜功能障碍 | 信息不足,未提及 | 阐明子宫老化的分子机制,为高龄女性植入失败提供治疗靶点 | 不同年龄小鼠的着床前子宫组织 | 机器翻译 | 老年性疾病 | 代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 代谢组学数据、单细胞转录组数据 | 不同年龄段小鼠子宫样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |